22 de jul de 2013

O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire

As viagens de Auguste de Saint-Hilaire de exploração ao Brasil entre 1816 e 1822 resultaram na coleta de milhares de exemplares de plantas. Os espécimes e manuscritos do naturalista, as imagens, dados textuais e notas de seus cadernos de campo podem ser acessados online.


O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire tem por objetivo disponibilizar a coleção botânica de Auguste de Saint-Hilaire, incluindo as plantas coletadas durante suas viagens de exploração no Brasil, entre 1816 e 1822. Nesse período, Saint-Hilaire percorreu os Estados do Espírito Santo, Rio de Janeiro, Minas Gerais, Goiás, São Paulo, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, além do rio da Plata e a Província de Missiones na Argentina e parte leste do Paraguai.

As viagens de Saint-Hilaire resultaram na coleta de cerca de 30 mil exemplares, dos quais seis a sete mil espécies foram de plantas. As amostras foram criteriosamente catalogadas e enumeradas nos cadernos de coletas de campo. Seus cadernos de campo, além de descrever a flora das diferentes regiões por que passou, relatam a vida e os costumes brasileiros.

Auguste de Saint-Hilaire (1779-1851), alguns anos depois de sua viagem ao Brasil.
(Foto: F. Bouazzat, MNHN).

As espécies de autoria de Saint-Hilaire estão descritas nos três volumes da Flora brasiliae meridionali (1825, 1829 e 1832-1833), também disponíveis on-line, sendo que os exemplares botânicos correspondentes estão depositados no Herbário de Paris do Muséum National d'Histoire Naturelle e da universidade de Montpellier e de Clermont-Ferrand, França.

Entretanto não havia um resgate completo das correspondências destas exsicatas com os dados citados na Flora brasiliae meridionalis e, menos ainda, com as importantes observações constantes nos cadernos de coleta de Saint-Hilaire.

Todo o seu acervo está sendo digitalizado e disponibilizado on-line de forma integrada graças à parceria entre o Instituto de Botânica de São Paulo, o Muséum Nacional d´Histoire Naturelle (MNHN) de Paris, o Institut des Herbiers Universitaires, CLF, Clermont-Ferrand, França e o CRIA, com o apoio da Fapesp.

O site franco-brasileiro Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire:

Assim, o site franco-brasileiro Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire possibilita a consulta dinâmica on-line de todos os espécimes e manuscritos do naturalista Auguste de Saint-Hilaire, provendo links entre as imagens das amostras, os dados textuais associados e as notas de seus cadernos de campo. Esta ferramenta tem por objetivo facilitar o trabalho de taxonomia e sistemática, além de permitir a reconstrução mais precisa das rotas e da cronologia das explorações realizadas pelo naturalista. Todas as exsicatas estão sendo digitalizadas pelo herbário de Paris (P) e disponibilizadas online. O site também disponibiliza as principais publicações de Saint-Hilaire. A nomenclatura e as determinações são atualizadas dinamicamente, ligadas ao banco de dados Sonnerat/MNHN.

Recentemente foi publicado um artigo, também disponível no site, onde são apresentados detalhes sobre esse sistema e onde também é proposto um padrão para citar adequadamente as exsicatas de Saint-Hilaire.

Operações com a interface do herbário virtual de Saint-Hilaire. É possível selecionar o nome científico, número de coleta ou barcode. Veja mais em: http://hvsh.cria.org.br/HVSH_52155.html

Referência Bibliográfica:
Pignal, M.; Romaniuc-Neto, S.; Souza, S. de ; Chagnoux, S.; Canhos, D.A.L. 2013. Saint-Hilaire virtual herbarium, a new upgradeable tool to study Brazilian botany. Adansonia,  sér. 3, 35 (1): 7-18. http://hvsh.cria.org.br/articles

15 de jul de 2013

Herbário Virtual apresenta resultados em Brasília

Além de destacar os principais resultados do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, foram apresentados os elementos de inovação e as justificativas para a continuidade do instituto, recebendo elogios dos avaliadores do CNPq.


O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos participou do 2º Seminário de Acompanhamento e Avaliação dos INCTs (Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia), coordenado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), em parceria com o Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE) e o Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI). O evento foi realizado em Brasília nos dias 2 e 3 de julho de 2013.

Folder do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos apresentado em Brasília.

Na apresentação do projeto foi dado destaque à base prévia existente, que incluía o sistema de pós-graduação fomentando a formação de recursos humanos em taxonomia, os programas de pesquisa como o PELD, PPBio e Protax, implementados pelo CNPq, o apoio de várias Fundações de Amparo à Pesquisa à coleções biológicas e, principalmente, o trabalho coordenado pela Sociedade Botânica do Brasil, estimulando a discussão conjunta e a definição de estratégias para coleções de plantas e fungos do Brasil.

Foram apresentados os principais resultados do INCT Herbário Virtual:

1. Formação de Recursos Humanos
No período foram 134 dissertações e 75 teses defendidas sobre taxonomia, orientadas por pesquisadores associados ao projeto. Foram realizados 42 cursos de curta duração atendendo mais de 700 alunos. Foi também produzido o Manual de Procedimentos para Herbários (no prelo).

2. Publicações dos pesquisadores ligados ao INCT Herbário Virtual
É muito difícil separar a produção diretamente relacionada ao INCT das produções que usam os dados do INCT. Portanto, o critério adotado foi a de computar as publicações dos pesquisadores diretamente envolvidos com o projeto, incluindo curadores e responsáveis pelos herbários. Foram publicados 484 artigos em periódicos nacionais, 473 artigos em periódicos internacionais, 461 livros ou capítulos de livros nacionais e 13 livros ou capítulos de livros do exterior.

3. Repercussão das publicações
Consideramos importante registrar o número de artigos que citam a rede speciesLink, realizando uma busca no Google Scholar usando uma das palavras-chave botany, plants, botânica, plantas ou INCT em conjunto com a palavra-chave splink. Como resultado obtivemos 276 artigos entre 2009 e março de 2013. A busca por floradobrasil apresentou 916 artigos.

4. Divulgação e inserção social
Um componente importante dos INCTs é a divulgação e a inserção social. Esse item inclui a divulgação das atividades do INCT Herbário Virtual pela internet [http://inct.florabrasil.net] e a estruturação de uma sala de visitação pública na UFPE.

Sala de visitação pública na UFPE inaugurada em abril de 2013.

Confira o vídeo 'UFPE inaugura sala de exposição do INCT Herbário Virtual' sobre a sala de visitação pública na UFPE.


Foi destacada a participação da equipe do INCT em eventos e palestras no país e no exterior, com ênfase especial à conferência internacional 'The INCT Virtual Herbarium of Plants and Fungi and e-infraestructure for Biodiversity - Advancing Biodiversity e-science innovation through Global Cooperation; Realização: INCT-Herbário Virtual e EUBrazilOpenBio' – Set2012 (http://www.sti4bio.info).

Foram apresentadas as metas específicas para o Herbário Virtual online que apresentou como marco zero do projeto dados dos acervos de 35 herbários integrados na rede speciesLink, totalizando 1,5 milhão de registros online. O projeto teve início com a associação de 25 herbários, 18 já disponibilizando seus dados na rede speciesLink. As metas para 5 anos eram dobrar o número de registros online e o número de herbários na rede speciesLink. Essas metas foram ampliadas após 3 anos de projeto para 3,5 milhões de registros online e um total de 85 herbários compartilhando seus dados online.

Os números apresentados na reunião indicam 76 herbários do país e 5 do exterior associados ao INCT Herbário Virtual e mais 6 herbários não associados, mas com os dados de seus acervos integrados à rede speciesLink, totalizando 87 herbários.

Localização geográfica dos herbários nacionais participantes do INCT Herbário Virtual.

Quanto ao número de registros online, são mais de 4 milhões disponíveis de forma livre e aberta a todos os interessados, sendo cerca de 3,4 milhões de herbários nacionais e mais de 600 mil repatriados de herbários do exterior. O crescimento em relação ao marco zero do projeto é de mais de 500 mil novos registros por ano. Também foi dado destaque às cerca de 235 mil imagens de exsicatas e as pranchas e textos descritivos da obra Flora brasiliensis integrados aos registros do Herbário Virtual.

Evolução da entrada de herbários e registros de plantas e fungos na rede speciesLink.

Foi também destacado o trabalho de cada herbário participante, na digitação e atualização de seus dados online, resultando em um alto índice de atualização (94% dos herbários nacionais participantes do INCT atualizaram seus dados nos últimos 12 meses). Também foi dado destaque ao uso dos dados do Herbário Virtual pelos especialistas responsáveis pela elaboração da Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Gráfico mostrando o número de herbários que atualizaram seus dados online nos últimos 6 e 12 meses e há mais de um ano (azul).

Com relação ao conteúdo online, além dos dados da rede de herbários foi dado destaque à Coleção Bibliográfica de Augusto Chaves Batista, fundador do Instituto de Micologia da Universidade do Recife (http://batista.fungibrasil.net). São mais de 700 artigos com cerca de 4.600 descrições de fungos do Brasil, representando 3.340 espécies e variedades em mais de 1.160 gêneros e 160 famílias, com mais de 600 tipos no Herbário URM.

Artigos online de Augusto Chaves Batista.

Com relação à melhoria da qualidade dos dados foi dado destaque ao programa de visita de especialistas. Os resultados parciais mostram o envolvimento de 69 especialistas, atendendo 122 coleções, examinando mais de 42 mil espécimes de mais de 120 famílias. Ainda como parte desse item, foi destacado o desenvolvimento da ferramenta de georreferenciamento automático e de novos aplicativos para o relatório dataCleaning como verificação da data de coleta, inconsistência geográfica e completude de dados.

Foram apresentados o serviço Exsiccatae para as imagens enviadas pelos herbários da rede, a nova interface de busca e os sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Foram também apresentadas algumas estatísticas de uso do Herbário Virtual. Uma média de 20 milhões de registros são visualizados por mês, plotados em mapas (44%), gráficos (29%), downloads (23%) ou como listas e fichas de espécimes (4%). Em relação ao uso das ferramentas disponíveis, são produzidos por mês em média 30 mil mapas, 23 mil listas de espécimes, 20 mil downloads, 12,7 mil fichas, 9,5 mil gráficos, 5 mil buscas e mais de três mil e duzentas imagens.

Folders dos projetos BioGeo, Lacunas e Reflora, associados ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que foram apresentados em Brasília.

Elementos de inovação e continuidade
Foram apresentados como elementos de inovação do Herbário Virtual:
• o trabalho em rede, com a valorização dos acervos locais, fora dos grandes centros de pesquisa
• o desenvolvimento de sistemas interativos, integrando dados textuais e imagens
• a e-taxonomia e ferramentas didáticas
• as ferramentas que facilitam o acesso, recuperação e análise dos dados
• as ferramentas que facilitam a modelagem de nicho ecológico das espécies

Foram também destacadas algumas atividades para justificar a continuidade do apoio ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos:
• Gestão da rede
• Integração de novos acervos (mais de 140 herbários do Brasil cadastrados no Index Herbariorum), inclusive acervos históricos
• Continuidade das atividades (digitação, digitalização, aumento da qualidade dos dados, visita de especialistas)
• Agregação de novos dados (pólen, cistos de dinoflagelados, sementes, frutos, etc.)
• Integração com outras bases de dados
• Aplicação das ferramentas para o planejamento de novas coletas (Lacunas, teste do BioGeo)
• Apoio à Estratégia Global para a Conservação das Plantas da Convenção da Diversidade Biológica que apresenta como meta uma flora online de todas as plantas conhecidas

Estande do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Além da apresentação oral, foi montado um estande do INCT Herbário Virtual que recebeu visitas dos dirigentes do CNPq, MCTI, dos avaliadores e das equipes dos INCTs participantes. Foram preparados dois banners e 4 folders destacando a participação dos herbários nacionais e estrangeiros, a evolução da rede, as atividades do INCT nos projetos Reflora, com o serviço Exsiccatae, e SisBiota, com o desenvolvimento dos sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Da esquerda para a direita: Mariângela Menezes, João Renato Stehmann, Dora Ann Lange Canhos e Ana Maria Giulietti Harley.

Os resultados apresentados pelo INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos foram muito elogiados pelos avaliadores e realmente são muito significativos. A isso se deve o trabalho e o empenho de cada curador, responsável e técnico dos herbários, à equipe de desenvolvedores e técnicos de apoio em informática e à coordenação do INCT.

Parabéns a todos!

Leonor Costa Maia, Dora Ann Lange Canhos, João Renato Stehmann e Mariângela Menezes.

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1 de jul de 2013

O desafio para melhoria da qualidade dos dados no INCT-HVFF

O volume e o uso dos dados disponíveis de forma livre e aberta tem crescido exponencialmente. Mas sua utilidade a longo prazo está diretamente relacionada com sua qualidade, um desafio que pode ser alcançado com treinamentos e envolvimento de todos os interessados. 


Estudar a biodiversidade e integrar o conhecimento gerado representa um desafio imenso para o Brasil. O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) está abordando a questão de forma pioneira, atuando em pesquisa, formação de recursos humanos e transferência de conhecimento para a sociedade. O volume de dados disponíveis vem crescendo exponencialmente desde 2008, assim como o uso desses dados. Entretanto sua qualidade ainda é uma questão que merece atenção. Uma grande porcentagem dos registros não possui georreferenciamento, existem erros de grafia nos nomes taxonômicos e grande parte da informação está incompleta, por exemplo, sem dados sobre a classificação taxonômica, o que pode dificultar sua busca e recuperação.

Visita ao Herbário SPF (USP – São Paulo) em junho de 2013: é importante que os bolsistas responsáveis pela entrada de dados também participem do treinamento 

Estão disponíveis no site do CRIA ferramentas de dataCleaning que auxiliam os curadores a identificarem os registros suspeitos em suas coleções. O INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos possui uma bolsista responsável por visitar as coleções inicialmente com o objetivo de realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning, discutir a qualidade dos dados e conhecer os principais avanços e as principais dificuldades dos herbários. As visitas iniciais foram feitas individualmente em coleções próximas a Campinas, local sede do CRIA. A partir dessa experiência, um curso será montado, assim como guias de melhores práticas. A partir do segundo semestre de 2013, esse curso será oferecido em todas as regiões do país, para que representantes de todas as coleções participantes do INCT-HVFF recebam treinamento.

Equipe do CRIA/INCT HVFF, técnicos e bolsistas do SPF: a participação de todos é importante para a efetividade do treinamento para melhoria da qualidade dos dados.

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