28 de nov de 2013

INCT-Herbário Virtual e CRIA participam do 64˚ Congresso Nacional de Botânica

Entre os dias 10 e 15 de novembro, aconteceu em Belo Horizonte o 64o Congresso Nacional de Botânica. O INCT-HVFF e CRIA expuseram os principais resultados em um estande e contribuíram com palestras, apresentações de trabalhos e um curso que antecedeu ao congresso.

Mesa composta por Leonor Costa Maia, Ana Odete Santos Vieira, Livia Echternacht e Dora Ann Lange Canhos no simpósio Flora Virtual do Brasil: dados e ferramentas durante o 64 Congresso Nacional de Botânica.

A participação do INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) foi destacada no simpósio “Flora virtual do Brasil: dados e ferramentas”, no qual Leonor Costa Maia, coordenadora do Instituto, apresentou a palestra “INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos: há cinco anos aprimorando o trabalho em rede e incrementando o conhecimento sobre a diversidade brasileira”. Em seguida, Dora Ann Lange Canhos apresentou os sistemas Lacunas e BioGeo que podem ser úteis para o planejamento de coletas e para políticas públicas.

 Dora Canhos e Leonor Maia apresentaram um panorama dos 5 anos do INCT Herbário Virtual e ferramentas para planejamento de coletas (crédito das imagens: Gustavo Shimizu).

Durante todo o evento a equipe do INCT-HVFF mostrou os principais produtos do instituto em um estande, expondo vídeos, os sistemas online, fotos e distribuindo materiais para os interessados. Os usuários dos sistemas de informação puderam tirar dúvidas a respeito de como disponibilizar dados online, receberam dicas de como fazer consultas no speciesLink, como gerar modelos utilizando o BioGeo, como identificar áreas e táxons pouco amostrados utilizando o Lacunas, como inserir imagens nos dados textuais e como melhorar a qualidade dos dados utilizando o dataCleaning.

Estande do INCT-Herbário virtual mostrando videos, fotos e tirando dúvidas dos interessados.

Além desses trabalhos, dois pôsteres foram apresentados. No trabalho “Diagnóstico da qualidade dos dados disponibilizados por herbários brasileiros” foi apresentado um panorama geral sobre a qualidade dos mais de 4 milhões de registros atualmente online, mostrando a importância da curadoria de dados em cada um dos herbários participantes da rede e sugerindo ferramentas para correção de dados e formas de evitar a inclusão de novos erros.

O trabalho sobre o diagnóstico da qualidade dos dados disponibilizados por herbários brasileiros mostra a importância da curadoria de dados (crédito da imagem: Gustavo Shimizu).

No trabalho “Lacunas e BioGeo: Novas Ferramentas para o Planejamento de Coletas” foi apresentado um panorama dessas duas ferramentas que utilizam como base os registros disponíveis na rede speciesLink. O Lacunas permite a visualização de mapas de ocorrência de espécies de plantas e fungos do Brasil, e agrega informações sobre o status dos dados sobre os espécimes disponíveis online, endemismos e elementos para avaliar o conhecimento digital sobre as espécies ameaçadas de extinção. O BioGeo visa ampliar o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil, disponibilizando um ambiente computacional amigável para que especialistas possam modelar o nicho ecológico das espécies de seu interesse e publicar o modelo resultante para acesso público.

Um panorama sobre o Lacunas e o BioGeo foi apresentado também na forma de poster.

Como atividade pré-congresso, nos dias 9 e 10 de novembro, foi oferecido o curso “Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS” do qual participaram 11 pessoas, dentre curadores, técnicos e estagiários. O curso foi ministrado por Marina Melo (UB) e Flávia Pezzini (INCT-HVFF/CRIA) que mostraram os principais procedimentos para curadoria e melhoria da qualidade dos dados utilizando o software BRAHMS.

Participantes do curso Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS no campus da UFMG em Belo Horizonte. 

Durante o Congresso também foi lançado o “Manual de procedimentos para Herbários”, produto do INCT-HVFF, que visa divulgar as práticas para preservação de plantas e fungos.

A participação do público nas atividades oferecidas pelo INCT-HVFF foi muito positiva, mostrando que os serviços oferecidos são de grande utilidade para a comunidade. É imprescindível ressaltar que a força do INCT está na integração e participação de cada um dos mais de 90 herbários que compõem a rede compartilhando dados de forma aberta e livre na internet.


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25 de nov de 2013

Polinizadores no Brasil recebe Prêmio Jabuti: e agora?

Pesquisadores responsáveis pelo livro Polinizadores do Brasil, ganhador do Prêmio Jabuti, enfatizam a necessidade de incorporar as propostas apresentadas às agendas e políticas nacionais de pesquisa e educação.

Premiação do Livro Polinizadores no Brasil (Foto: Vivian Koblinsky).

Passada a celebração pelo 3º lugar do Prêmio Jabuti na categoria Ciências Naturais do livro Polinizadores no Brasil, é importante aproveitar o momento para fomentar a discussão e contribuir para o estabelecimento de estratégias e políticas com financiamento contínuo e de longo prazo com o objetivo de conhecer, conservar, acessar e usar polinizadores naturais e comerciais em bases sustentáveis.

Cerca de 88% das plantas com flores e 35% das culturas agrícolas são dependentes de animais para polinização. Foto: Tom Wenseleers.

O diagnóstico apresentado ressaltou a importância dos acervos biológicos, dos sistemas de informação online e ferramentas computacionais, da capacitação e formação de recursos humanos e da pesquisa. Foram também propostas metas para orientar as ações estratégicas como:

• Dominar em 10 anos a biologia, a criação em escala e as técnicas do uso de polinizadores nativos em cultivos protegidos e abertos nas principais regiões do país;
• A inclusão dos temas “serviços ecossistêmicos” e “polinização” nos cursos de agronomia, medicina veterinária, zootecnia e biologia, e no planejamento estratégico dos projetos financiados com recursos públicos voltados para a recuperação ambiental de propriedades rurais e na agricultura familiar;
• Desenvolver tecnologias adequadas para o uso de Apis mellifera como polinizador na agricultura do Brasil;
• Utilizar outros polinizadores;
• Desenvolver planos de manejo para polinizadores em paisagens agrícolas; e,
• Incluir o tema “polinizadores” como um dos Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia do MCTI/CNPq.

Consideramos esse último item, INCT – Polinizadores, algo que pode ser alcançado em curtíssimo prazo, uma vez que o CNPq na última reunião de avaliação dos INCTs anunciou a proximidade de um novo edital. Os INCTs têm como característica ações interdisciplinares e o trabalho em rede, e consideramos central o desenvolvimento de uma moderna infraestrutura de apoio à rede para o compartilhamento livre e aberto de dados, informação, conhecimento e ferramentas.

http://moure.cria.org.br/catalogue
O sistema do Catálogo de Abelhas Moure permite consultar informações online das espécies neotropicais (http://moure.cria.org.br/catalogue).


Atribuímos o sucesso do livro à articulação e trabalho dos 85 autores. Agora precisamos trabalhar para que as propostas apresentadas no livro sejam incorporadas às agendas e políticas nacionais de pesquisa e educação.


Vera Lúcia Imperatriz Fonseca, Dora Ann Lange Canhos, 
Denise Araujo Alves e Antonio Mauro Saraiva





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19 de nov de 2013

Conhecimento digital acessível e prioridades para o inventário de plantas no Brasil

Artigo publicado na revista Diversity and Distributions usa dados primários de biodiversidade disponíveis na internet para avaliar lacunas de conhecimento da flora do Brasil, considerando efeitos geográficos e ambientais sobre os padrões de distribuição.


Estima-se que o Brasil abriga cerca de 20% da diversidade mundial de angiospermas, possuindo a flora mais rica e endêmica dos Neotrópicos. Embora os estudos botânicos tenham iniciado há mais de um século, apenas uma parte do território nacional foi amostrada. Até pouco tempo atrás era inviável fazer uma avaliação quantitativa do esforço de coletas reunindo informações da maior parte dos herbários, pois os dados não estavam disponíveis em uma base consolidada. Entretanto, a integração e a disponibilização aberta desses dados na internet por meio da rede speciesLink tornou possível avaliar a representatividade geográfica, ambiental e taxonômica das coletas no país. A rede speciesLink constitui a base do sistema de informação que alimenta o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, contribuindo para integrar dados de herbários nacionais e do exterior.

Os resultados foram publicados recentemente na revista Diversity and Distributions por Mariane S. Sousa-Baena, Letícia C. Garcia e A. Townsend Peterson. "O objetivo foi utilizar os dados disponíveis para revelar os espaços geográficos onde estão as maiores lacunas de conhecimento, uma informação que pode ajudar a orientar a realização de novas coletas e também a elaboração de planos para a conservação da flora", explica Mariane.


A distribuição espacial da densidade de coleta de angiospermas indica uma concentração na região costeira (a) e uma tendência à agregação em torno de cidades e estradas (b).


Representatividade das coletas
No estudo, foram utilizados dados de cerca de 1,7 milhões de espécimes distribuídos em 88 herbários (83 do Brasil e 5 do exterior). As informações geográficas provêm de coordenadas originais informadas pela coleção ou derivadas do centróide do município (via aplicativo). Além da projeção bruta dos pontos de coleta, diferentes escalas espaciais foram utilizadas para analisar os padrões, incluindo divisões políticas estaduais, ecorregiões e píxeis com resolução espacial de 1o, 1/2o e 1/10o.

Para avaliar quão representativas são as coletas de angiospermas no Brasil, os autores utilizaram uma medida de completude (completeness) e com base no conhecimento de espécies observadas foi estimado o número esperado de espécies para cada píxel, estado ou ecorregião. Áreas com baixa completude têm maior chance de abrigar novos registros de espécies já descritas ou espécies novas, e portanto devem ser tratadas como prioridade para novos esforços de coleta. No mapa abaixo é possível perceber que poucos locais são bem conhecidos floristicamente, de forma que a maioria possui poucas ou até mesmo nenhuma amostra. Embora o mapa com píxeis mais extensos (1o) indique uma completude do inventário maior no Brasil como um todo, em uma escala mais fina (1/10o) é possível observar que na realidade píxeis bem amostrados estão restritos a alguns locais pontuais, separados por grandes lacunas de conhecimento.

Padrões geográficos da completude dos inventários florísticos no Brasil para diferentes resoluções espaciais. Cores quentes indicam altos valores de completude e frias valores baixos.


Incorporando informações ambientais
O estudo procura aprimorar a visão da distribuição espacial dos registros com informações sobre a variação ambiental, baseadas em informações climáticas, levando em conta a distância geográfica das lacunas de sítios bem conhecidos. Integrando todas estas informações foi possível identificar se as lacunas de amostragem eram climaticamente semelhantes ou distintas, e/ou geograficamente próximas ou distantes de sítios bem conhecidos. A taxa de variação nas condições ambientais é importante, pois áreas relativamente uniformes podem ser caracterizadas floristicamente por amostragens mais esparsas, enquanto áreas com maior variação nas condições ambientais requerem uma amostragem mais intensa. As quatro principais lacunas de amostragem reveladas indica a região da cabeça do cachorro no noroeste da Amazônia, a região da Serra do Tumucumaque no Amapá, uma ampla região no arco do desmatamento entre o Pará e o Mato Grosso, além de uma região de campos a oeste do Rio Grande do Sul.

Representação da variação climática no Brasil para píxeis de 1/2 grau (a), distância geográfica de sítios bem conhecidos (b) e de áreas geograficamente distantes e ambientalmente distintas daquelas de sítios bem conhecidos (c). Cores frias indicam distâncias menores, cores quentes distâncias maiores e píxeis pretos indicam sítios bem conhecidos floristicamente. A sobreposição do mapa 'c' com o mapa de uso da terra permite diferenciar áreas com cobertura natural (escuras) de áreas com forte alteração (claras) em (d), (e) e (f).

Algumas das lacunas identificadas estão localizadas em regiões de intensa pressão de conversão de terras que precisam de ser investigadas antes que desapareçam. A região Sudeste possui apenas pequenos fragmentos florestais isolados, e regiões no sul do Pará sofrem pressões de desmatamento ao longo da rodovia BR-163, onde inclusive existe uma lei (LEI Nº 12.678, DE 25 DE JUNHO DE 2012) que diminuiu e modificou o limite de diversos parques da região por pressões de mineradoras e hidrelétricas. Sem conhecer a flora, é impossível sabermos qual é a perda de espécies que o desmatamento contínuo poderá causar.

Perspectivas
Não existe consenso sobre quantas espécies de plantas existem no Brasil, mas as estimativas variam entre 40 e 50 mil espécies. De acordo com a Lista de Espécies da Flora do Brasil (2013), existem 32.000 espécies de angiospermas reconhecidas para o país. A flora da região Sudeste e Nordeste são melhor conhecidas, pois abriga a maior parte dos institutos de pesquisa e recursos humanos especializados, mas mesmo essas regiões têm importantes lacunas de conhecimento taxonômico quando se considera uma escala mais fina. A Amazônia permanece como a região mais desconhecida: cerca de 40% da área nunca foi amostrada e o conhecimento existente está concentrado em alguns sítios. Entretanto, regiões importantes no estado do Tocantins e o oeste do Mato Grosso também abrigam potencialmente muitas espécies desconhecidas.

O estudo ilustra o potencial de utilização de dados primários da biodiversidade integrados e compartilhados abertamente na internet para a pesquisa científica e para a definição de políticas de conservação no país. Ainda que uma parte dos dados existentes para o Brasil não esteja disponível online (por estarem em fase de digitação ou em herbários que ainda não estão compartilhando seus dados) e que seja necessário trabalhar a qualidade dos dados disponíveis na rede, eles já são um importante subsídio para o planejamento da conservação e para orientar a realização de novas coletas. Dessa forma, as expedições de campo podem se concentrar em áreas prioritárias, maximizando o retorno do investimento nos estudos da biodiversidade da nossa flora.


http://inct.florabrasil.net/


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11 de nov de 2013

Novo aplicativo para fazer buscas na rede speciesLink

Visando facilitar a realização de buscas de nomes científicos na rede speciesLink, a equipe do CRIA desenvolveu o aplicativo spSearch, voltado para o navegador Firefox.


A rede speciesLink é uma iniciativa pioneira criada no Brasil que integra informações primárias sobre a biodiversidade, tornando-as disponíveis de forma livre e aberta na internet. Atualmente estão disponíveis mais de 6 milhões de registros de espécimes, providos por mais de 300 coleções biológicas. Para facilitar a realização de buscas de nomes científicos na rede speciesLink, a equipe do CRIA desenvolveu o spSearch, um aplicativo específico para navegadores Mozilla Firefox que permite que as buscas sejam feitas diretamente no navegador sem que seja necessário visitar previamente a página da rede.

Como funciona
Para incorporar o spSearch ao seu navegador é necessário fazer a instalação do aplicativo. Após instalado, o mecanismo de busca será exibido na barra de pesquisa localizada no canto superior direito da janela do Firefox, junto aos demais plugins de busca já instalados (veja figura abaixo). Para utilizar o mecanismo de busca, clique no ícone na barra de pesquisa e faça a seleção da rede speciesLink.

Após instalado, o aplicativo fica disponível na barra de pesquisa. 

Para realizar qualquer busca, basta digitar o nome cientifico (gênero ou espécie) de interesse no espaço fornecido e pressionar enter. O spSearch irá encaminhar a busca para a rede speciesLink e os resultados encontrados serão exibidos normalmente.

Exemplo de busca realizada com a ajuda do spSearch.

Instalação do spSearch
A ferramenta está disponível para uso em ambientes Windows, Mac OS e Linux.

Windows
Antes de instalar é recomendado que o Firefox seja encerrado. Baixe o spSearch de acordo com a versão do sistema operacional, execute o arquivo baixado e siga as instruções do assistente de instalação. Para saber qual é a versão do seu sistema operacional clique com o botão direito do mouse em "Meu Computador" e em seguida "Propriedades".
  • spSearch Firefox plugin (Windows 32 bits) - [Download
  • spSearch Firefox plugin (Windows 64 bits) - [Download

Mac OS e Linux
Faça o download do arquivo XML e copie-o para o diretório "searchplugins" do Firefox. É importante atentar-se que o caminho para o diretório searchplugin pode variar de acordo com a versão do Sistema Operacional.
  • spSearch Firefox plugin (Mac OS e Linux) - [XML] (Clique com o botão direito do mouse e escolha "Salvar link como...")



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4 de nov de 2013

Biogeografia da Flora e dos Fungos do Brasil

Compreender melhor a distribuição geográfica de espécies é fundamental para promover a conservação da biodiversidade. Visando ampliar o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil, foi desenvolvido um sistema para modelar a distribuição potencial das espécies, contando com a participação ativa de especialistas.

http://biogeo.inct.florabrasil.net/proc/89
Projeção de consenso entre os modelos de nicho ecológico para Passiflora mucronata (Bernacci & Giovanni 2013), indicando a área potencial de distribuição da espécie no Brasil. Prancha disponível no Herbario Virtual Flora Brasiliensis.

Visando expandir o conhecimento sobre a biogeografia das espécies de plantas e fungos do Brasil, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) desenvolveu em parceria com o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) um sistema para modelar a distribuição potencial de espécies, contando com a participação ativa de especialistas. O sistema, Biogeografia da Flora e dos Fungos do Brasil (Biogeo), foi desenvolvido no âmbito do Sistema Nacional de Pesquisa em Biodiversidade (SISBIOTA Brasil), utilizando a rede speciesLink como base de dados da ocorrência das espécies.

O sistema visa contribuir para ampliar a compreensão das necessidades ambientais das espécies, investigar diversas questões envolvendo pesquisa e conservação, indicar espécies com maior carência de dados e orientar novas coletas. O sistema abre a perspectiva para as comunidades botânica e micológica construírem um banco de dados sobre plantas e fungos que no futuro poderá conter pelo menos um modelo de distribuição potencial para cada espécie.

Parkia pendula registrada no sul da Bahia por Fábio Coppola (Flickr). Conhecida na região como Juerana, é uma árvore emergente que possui uma distribuição composta de áreas na costa do Nordeste e áreas na Amazônia.

Como funciona
A interface do sistema possui uma seção aberta, onde todos os modelos publicados podem ser visualizados, e uma seção reservada aos supervisores cadastrados, os quais são responsáveis pelo processo de modelagem das espécies. Atualmente o sistema tem 55 supervisores cadastrados e cerca de 700 espécies com modelos gerados, incluindo angiospermas, samambaias e fungos macroscópicos. Todos esses modelos podem ser vistos a partir do menu de navegação na barra superior (clicando em Taxonomia pode-se visualizar as opções disponíveis, realçadas com fundo branco) ou buscados pelo nome científico no canto superior direito.

http://biogeo.inct.florabrasil.net/proc/4582
Modelos gerados para Pycnoporus sanguineus, um fungo amplamente distribuído em regiões tropicais e subtropicais do mundo (Braga-Neto 2013). A) Corpo de frutificação: produz os esporos que são dispersos pelo vento. B) Pontos de ocorrência: Dos 594 registros disponíveis na rede speciesLink, apenas 7,9% foram incluídos na modelagem. C) Modelo de consenso: Ainda que o número de pontos seja suficiente para incluir todos os algoritmos, o modelo pode ser considerado preliminar porque existem grandes lacunas de registros com coordenadas geográficas, influenciando a qualidade final do modelo. Crédito da foto: Damon Tighe (Flickriver).

O Biogeo busca padronizar a geração de modelos e compartilhar os resultados de forma livre e aberta, permitindo que os experimentos possam ser facilmente reproduzidos e verificados pelos usuários. O sistema permite que vários modelos sejam gerados ao longo do tempo para a mesma espécie, porém somente um deles é exibido como referência. O modelo de referência é sempre o último modelo aprovado para a espécie, pois se espera que cada novo modelo seja melhor que os anteriores. Os modelos gerados ficam disponíveis para serem avaliados pelos especialistas, que podem aprovar ou descartar o resultado. O sistema utiliza dados de ocorrência de espécies disponíveis na rede speciesLink, a Lista de Espécies da Flora do Brasil 2012 como base taxonômica e variáveis ambientais bioclimáticas do WorldClim que afetam a distribuição de grande parte das espécies vegetais:
  • Altitude (modelo digital de elevação)
  • Variação média de temperatura no dia 
  • Temperatura máxima no mês mais quente 
  • Temperatura mínima no mês mais frio 
  • Precipitação no trimestre mais úmido 
  • Precipitação no trimestre mais seco 
  • Precipitação no trimestre mais quente
  • Precipitação no trimestre mais frio
O funcionamento do Biogeo é baseado na ferramenta openModeller, podendo utilizar até 5 algoritmos de modelagem, dependendo do número de pontos de ocorrência. Para espécies com menos de 5 pontos gera-se apenas um modelo de dissimilaridade ambiental através do cálculo da distância euclideana ao ponto de ocorrência mais próximo. De 5 a 9 pontos gera-se um modelo com o algoritmo Maxent; de 10 a 19 pontos são gerados dois modelos, um com o Maxent e outro com o GARP Best Subsets (GARP BS). A partir de 20 pontos são utilizados 5 algoritmos: Maxent, GARP BS, Distância Mahalanobis, ENFA e Máquina Vetores de Suporte de classe única (SVM).

A estratégia de modelagem de nicho ecológico depende do número de pontos de ocorrência disponíveis para cada espécie. Com menos de 5 pontos gera-se um modelo inicial com o objetivo de guiar novas coletas. Entre 5 e 19 pontos os modelos ainda são considerados exploratórios, mas servem como uma estimativa preliminar do nicho da espécie, sendo gerados com um ou dois algoritmos. Modelos gerados a partir de 20 pontos permitem a inclusão de todos os algoritmos, tendendo a ser mais robustos.

O trabalho é realizado separadamente para cada espécie e basicamente envolve: 1) a seleção dos nomes a serem utilizados na busca de registros de ocorrência; 2) a seleção dos registros de ocorrência a serem utilizados no procedimento de modelagem; e 3) a avaliação do modelo gerado. Embora a maior parte dos modelos originais sejam contínuos (i.e., preveem a ocorrência potencial da espécie em uma gama de valores entre 0 e 1), os modelos são também transformados em modelos binários (i.e., prevendo a ocorrência potencial da espécie em valores iguais a 0 ou 1) com base em um limiar de corte, visando facilitar a geração de um modelo de consenso que exibe apenas os locais onde há concordância entre os algoritmos utilizados. Para mostrar o funcionamento escolhemos a espécie Parkia pendula (Willd.) Benth. ex Walp. como exemplo.

http://fsi.cria.org.br/fsicache/fsi1?type=image&width=1600&height=2400&rect=0,0,1,1&profile=fsi&source=herbaria/NY/NY01190430_01.tif&
Exsicata de Parkia pendula coletada em 1979 na Estação Experimental de Silvicultura Tropical, entre Manaus e Boa Vista. A amostra está depositada no herbário do Jardim Botânico de Nova Iorque (NY 1190430), mas não foi incluída na geração dos modelos de nicho ecológico porque não possui coordenadas geográficas do local de coleta com boa precisão.


Explorando o Biogeo
O primeiro passo para gerar os modelos de Parkia pendula envolveu a seleção dos nomes a serem utilizados na busca de registros de ocorrência, considerando a possibilidade de haver sinônimos na base de dados da Lista de Espécies da Flora do Brasil ou no Tropicos. Em seguida o supervisor selecionou 50 pontos de ocorrência com a ajuda de filtros automáticos de qualidade que visam evitar a inclusão de registros com problemas de georreferenciamento ou identificação. Os pontos de ocorrência selecionados provêm de 18 herbários integrados à rede speciesLink.

Registros de Parkia pendula utilizados no procedimento de modelagem (Lima 2013).

Em seguida, os modelos foram projetados no espaço geográfico para visualização. Como existem mais de 20 pontos disponíveis para esta espécie, foram gerados modelos com base nos 5 algoritmos. No momento, a geração e a projeção dos modelos estão restritas ao território brasileiro porque a ampliação da cobertura geográfica depende de uma série de alterações não triviais, como conhecer os datums utilizados em outros países, ampliar a base de dados de estados e municípios, além de outros detalhes.

Projeções dos modelos de nicho ecológico gerados para Parkia pendula (Lima 2013). A) Extensão geográfica abordada nos modelos. B) Pontos de ocorrência. C) SVM one-class. D) Maxent original. E) Maxent binário. F) Distância Mahalanobis original. G) Distância Mahalanobis binário. H) ENFA original. I) ENFA binário. J) GARP BS original. K) GARP BS binário. L) Modelo de consenso. As áreas em vermelho em C, E, G, I e K indicam modelos binários (presença ou ausência). Os modelos D, F, H e J são contínuos e as cores quentes indicam maior probabilidade de ocorrência. As áreas em vermelho no modelo de consenso L indicam concordância entre os 5 algoritmos, em laranja 4 e em amarelo 3. 


Como avaliar os modelos gerados?
Os modelos gerados NÃO representam a distribuição real da espécie, mas sim a distribuição potencial em áreas ambientalmente adequadas à espécie de acordo com os pontos e variáveis ambientais utilizados no procedimento de modelagem. Vários motivos históricos podem ter contribuído para que a espécie não tenha ocupado todas as áreas potencialmente adequadas. Assim, a projeção do modelo é frequentemente maior que a distribuição real. O procedimento de modelagem visa gerar resultados melhores e mais precisos ao longo do tempo à medida que mais registros de ocorrência são disponibilizados. Para avaliar a qualidade dos modelos existem algumas estatísticas, como omissão interna e omissão média. Modelos com pelo menos 20 pontos de ocorrência podem ser avaliados também por meio da AUC (Area under the curve). Os modelos aprovados incluem um perfil ambiental disponível na página de detalhes do procedimento de modelagem. Procedimentos com um mínimo de 10 pontos incluem histogramas das variáveis ambientais com base nos pontos de ocorrência selecionados para a modelagem.

http://biogeo.inct.florabrasil.net/proc/3449
Condições ambientais nos pontos de ocorrência indicando para cada variável a amplitude de variação e distribuição de frequência dos valores.


Como participar?
O cadastro de usuários está aberto a todos os especialistas interessados. Não é preciso ser um profundo conhecedor de modelagem para utilizar o sistema, pois se utiliza um procedimento padronizado com algoritmos e variáveis ambientais previamente escolhidas. Por outro lado, é importante que o usuário tenha um bom conhecimento sobre a taxonomia, a nomenclatura e a distribuição geográfica das espécies em questão.


Para participar, entre em contato pelo email acima, informando nome, instituição e grupo(s) taxonômico(s) que deseja monitorar.


http://inct.florabrasil.net/


Saiba mais!
  • Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil
  • INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
  • EUBrazilOpenBio
  • Modelagem de nicho ecológico em geral :: Peterson A.T., Soberón, J., Pearson, R.G., Anderson, R.P., Martínez-Meyer, H., Nakamura, M., Araújo, M.B., 2011. Ecological Niches and Geographical Distributions. Princeton University Press, Princeton.
  • GARP Best Subsets :: Anderson R.P., Lew, D., Peterson, A.T., 2003. Evaluating predictive models of species’ distributions: criteria for selecting optimal models. Ecological Modelling, 162: 211–232.
  • Distância Mahalanobis :: Farber, O., Kadmon, R., 2003. Assessment of alternative approaches for bioclimatic modeling with special emphasis on the Mahalanobis distance. Ecological Modelling, 160: 115–130.
  • ENFA :: Hirzel, A.H., Hausser, J., Chessel, D., Perrin, N., 2002. Ecological-niche factor analysis: How to compute habitat-suitability maps without absence data? Ecology, 83 (7): 2027–2036.
  • Maxent :: Phillips, S.J., Anderson, R.P., Schapire, R.E., 2006. Maximum entropy modelling of species geographic distributions. Ecological Modelling, 190: 231–259.
  • SVM one-class :: Schölkopf, B., Platt, J., Shawe-Taylor, J., Smola, A.J., Williamson, R.C., 2001. Estimating the support of a high-dimensional distribution. Neural Computation, 13: 1443-1471.