24 de abr de 2014

Rede speciesLink supera 6,5 milhões de registros online

O sistema que integra dados de centenas de provedores de dentro e fora do Brasil é a maior referência nacional sobre informações primárias sobre a biodiversidade. Sua força está essencialmente na competência e atuação de cada componente da rede.

Número total de registros online (verde), de registros georreferenciados com dados originais (azul) e de provedores de dados (vermelho) ao longo do tempo. 

O Brasil é um dos países com maior diversidade biológica no mundo, mas a maioria das informações científicas que está em museus, herbários e coleções microbiológicas se encontrava dispersa e fragmentada, limitando a compreensão sobre a biodiversidade no país. A rede speciesLink foi idealizada e implementada pelo CRIA há mais de 10 anos para suprir essa carência e promover a geração de conhecimento. Desde então vem contribuindo para a integração de dados de diferentes provedores, oferecendo aplicativos e ferramentas que auxiliam os provedores na melhoria da qualidade dos dados. Em meados de abril, a rede superou o marco histórico de 6,5 milhões de registros disponíveis online, com acesso livre e aberto. "O desafio do trabalho em rede, a única forma possível de se trabalhar com as coleções biológicas distribuídas por todo o território nacional, é marcante, mas representa a base do sucesso da iniciativa", enfatiza Dora Canhos, diretora do CRIA. Assim, é extremamente importante reconhecer a força de cada elemento que compõe a rede, sejam provedores de dados, equipes de TI, comitês de coordenação, agências de fomento ou usuários.

Mapa com a localização dos provedores de dados no Brasil que compõe a rede speciesLink, destacando Brasília onde está o Internet Data Center (IDC) da Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP). É lá onde estão todos os equipamentos e servidores  que hospedam dados, informações, imagens, mapas, sistemas, ferramentas e serviços web de interesse e de acesso público.

Atualmente, existem 335 provedores de dados - 324 coleções e subcoleções biológicas e 11 coleções de dados de observação. Mais de 70% de dados são de herbários, o que reflete o apoio dado nos últimos 5 anos pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), por meio do CNPq, ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Quanto aos 30% restantes, cerca de 25% são de animais, 0,2% de microrganismos 0,1% de fósseis e 4,7% de coleções abrangentes, como OBIS-Br e SinBiota. Mais de 93% dos registros têm material testemunho associado e mais que 240 mil registros têm imagens associadas. Destacamos o trabalho da RNP, garantindo a conectividade necessária tanto para prover dados como também para usar essa infraestrutura aberta de dados e ferramentas de interesse público.

O sucesso da rede é também refletido pelo seu uso. Em 2013, por meio da interface de busca foram recuperados cerca de 387 milhões de registros, o que representa mais de 60 vezes o tamanho total do acervo disponível no ano passado. Em 2014, apenas entre janeiro e meados de abril, foram recuperados cerca de 169 milhões de registros pelos usuários. Por recuperados entende-se registros que foram visualizados um a um, plotados em mapas, utilizados em gráficos ou baixados (download). É importante ressaltar que esses números não incluem os registros servidos via serviços web (máquina - máquina).

http://www.splink.org.br/index?lang=pt&action=openform
A interface de busca da rede speciesLink permite grande flexibilidade nas buscas.

Desafios e incentivos
Ao mesmo tempo que se comemora esse novo marco, é importante ressaltar que ainda existe um longo caminho a percorrer. O número de registros online hoje representa somente 27% dos acervos das coleções participantes da rede, com um número estimado de mais de 24 milhões de registros. Trata-se de um desafio não só para as coleções que precisam digitar, disponibilizar e atestar a qualidade de seus acervos, mas para as equipes de TI que precisam trabalhar com uma quantidade cada vez maior de informações, com diferentes tipos de dados (textuais, imagens, sons, etc.), além de desenvolver novos aplicativos atendendo às demandas tanto dos provedores como dos usuários. Contudo, alguns depoimentos indicam que estamos no caminho certo e que a estratégia de integração dos provedores em escala nacional está sendo proveitosa e efetiva.
"É uma honra para o HERBAM participar dessa rede de disponibilização de dados sobre a biodiversidade brasileira. Realmente, neste aspecto foi primordial o apoio do INCT Herbário Virtual e também do Reflora que contribuiu com bolsistas, cursos de aperfeiçoamento, equipamentos, permitindo que um herbário situado no extremo norte do estado de Mato Grosso passe a ser conhecido e reconhecido mundialmente, bem como, permitindo apresentar ao mundo as espécies que fazem parte da flora de nosso estado" afirma a curadora, Célia Soares Lopes. 
Outro depoimento vem de Teresa Fernandes Silva do Nascimento, curadora no Instituto Oswaldo Cruz/Fiocruz-RJ. "A equipe da Coleção de Culicídeos da Fiocruz também se sente honrada por fazer parte dessa rede. Sabemos que muito trabalho ainda precisa ser realizado, entretanto já visualizamos os resultados e progresso desse sistema"
Se você está envolvido de alguma forma com a rede e tem algum comentário a fazer, não deixe de contribuir comentando este post!


Saiba mais!

16 de abr de 2014

Coleção de Fungos do Instituto de Botânica de SP incorpora dados à rede INCT-Herbário Virtual

Considerada uma das maiores coleções de fungos do Brasil, o herbário SP possui um longo histórico de pesquisa em Micologia neotropical. Desde abril de 2014, dados sobre cerca de 24.500 espécimes podem ser consultados pelo sistema speciesLink.

Alguns pesquisadores e alunos de pós-graduação associados ao Núcleo de Pesquisas em Micologia do IBt-SP.

A Coleção de Fungos do Herbário Maria Eneyda Pacheco Kauffmann Fidalgo (SP-Fungi) possui cerca de 35.000 exemplares de fungos e 400 espécimes-tipo, a maioria pertencente ao grupo dos basidiomicetos e fungos liquenizados. O herbário abriga a segunda maior coleção de fungos macroscópicos do Brasil, mas até pouco tempo ainda não estava integrada à rede INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF). A partir do começo de abril, cerca de 24.500 registros de espécimes foram integrados à rede, o que representa 70% do acervo. "A integração de dados de herbários que possuem espécimes de fungos é importante para ampliar o acesso às informações existentes sobre a diversidade micológica no Brasil, um passo essencial para avaliar o estado de conhecimento nessa área e, sobretudo, para fomentar a geração de políticas públicas que estimulem a conservação dos fungos no estado", ressalta a Dra. Adriana de Mello Gugliotta, curadora do herbário de fungos.

Acervo total e histórico da inclusão do número de registros online do herbário SP-Fungi.

A Micologia no Instituto de Botânica de São Paulo
Pesquisas em Micologia são desenvolvidas no Instituto de Botânica de São Paulo (IBt-SP) desde a metade do século XX, tendo início com a criação da Seção de Criptógamos em 1956 e a contratação do Dr. Alcides Ribeiro Teixeira, que convidou o Dr. Oswaldo Fidalgo e a Dra. Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo para desenvolver pesquisas em basidiomicetos a partir do início dos anos 60. Logo em seguida foram contratados os doutores João Salvador Furtado, que deu mais impulso ao estudo dos basidiomicetos, e Adauto Ivo Milanez, que iniciou pesquisas em fungos aquáticos. Nos anos seguintes foram contratadas mais duas doutoras, Vera Bononi, que prosseguiu com estudos sobre basidiomicetos, e Sandra Trufem, que se especializou no grupo dos zigomicetos e mais tarde em micorrizas. Em 1969, os fungos passaram a ser tratados de forma diferenciada das plantas e foi criada a Seção de Micologia e Liquenologia (SML), que chegou a contar com oito pesquisadores científicos em 1988 e onze em 1996, trabalhando com diferentes grupos de fungos.

Dra. Adriana de Mello Gugliotta, atual curadora da coleção de fungos, mostrando alguns espécimes de fungos macroscópicos.

Em 2009 houve uma reorganização estrutural e a SML passou a ser chamada de Núcleo de Pesquisa em Micologia (NPM). Atualmente conta com nove pesquisadores qualificados a orientar alunos de mestrado, doutorado e pós-doutorado, tanto do Programa de Pós-Graduação do Instituto de Botânica quanto de outras instituições de ensino superior no Brasil, o que representa um diferencial para agregar mais alunos e aumentar a produção científica. O NPM abriga e é responsável pelo Herbário de Fungos (SP-Fungi), parte do Herbário Científico Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo (SP). Além das 35.000 exsicatas de fungos, o NPM preserva parte da Coleção de Culturas de Algas, Cianobactérias e Fungos (CCIBt), constituída por cerca de 1.500 espécimes de fungos terrestres e aquáticos, que estão disponíveis para fins didáticos e científicos. A Dra. Adriana de Mello Gugliotta, especialista em fungos poliporóides, é a curadora do herbário SP-Fungi desde março de 2013, mas desde janeiro de 2006 já vem atuando na coleção ao lado do Dr. Michel Navarro Benatti, especialista em liquens. A produção acadêmica está aumentando com a participação de alunos de pós-graduação, dada a existência de pesquisadores experientes que podem orientar e a excelente infraestrutura para análises microscópicas e moleculares.

Dr. Michel Navarro Benatti, pesquisador do IBt-SP especialista em liquens.

Integração com o Herbário Virtual
A integração da coleção de fungos de SP foi efetivada durante uma visita da equipe do INCT-HVFF em parceria com o CRIA, que é responsável pela criação e manutenção da rede speciesLink, uma iniciativa pioneira que forma a base do sistema de informação adotado pelo INCT-Herbário Virtual. O sistema disponibiliza os dados providos pelas coleções, integrando tudo em uma plataforma de acesso livre e aberto, permitindo que os dados sejam trabalhados de várias formas de acordo com o interesse do usuário. Mapas, listas e gráficos podem ser obtidos facilmente com base nas buscas realizadas, ampliando ainda mais sua utilidade para a comunidade acadêmica e tomadores de decisão. A rede conta com ferramentas que auxiliam os curadores e pesquisadores a prezar pela qualidade dos dados, contribuindo para reduzir problemas nomenclaturais, geográficos e gerenciais da coleção.

Proporção de registros online (70,2%, verde), registros online georreferenciados (2,3% verde escuro) e registros offline (29,8% vermelho) do herbário SP-Fungi na rede speciesLink.

Embora ainda exista muito trabalho a ser feito para melhorar a qualidade dos dados disponíveis e incorporar os dados remanescentes da coleção (cerca de 30%), a integração em rede nacional deve contribuir para ampliar o interesse nos espécimes de fungos depositados no herbário SP, a melhorar a qualidade dos dados e a ampliar a geração de conhecimento desse grupo tão importante e pouco conhecido. O número de espécimes depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi por ano de coleta variou consideravelmente desde sua origem, mas quando se considera como unidade temporal um período maior, como uma década, é possível observar que houve uma atividade relativamente regular no volume de espécimes depositados a partir dos anos 50, com uma leve tendência à diminuição nos últimos anos. Em parte essa queda reflete uma mudança no critério de inclusão de espécimes visando incorporar ao acervo apenas espécimes identificados. Entretanto, uma grande parte dos dados dos alunos que estão terminando suas teses e dissertações ainda não foi depositada, então é esperado que esses valores aumentem em um futuro próximo devido às coletas mais recentes.

Número de espécimes de fungos depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi por ano de coleta.

Os espécimes de fungos depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi foram coletados principalmente no Brasil (cerca de 75% do acervo), mas existem espécimes coletados em mais de 200 países. A distribuição geográfica das coletas está concentrada principalmente na região Sudeste, seguida das regiões Sul e Norte. Os estados com maior representatividade de coletas são: São Paulo (64,7%), Rio Grande do Sul (8%), Minas Gerais (6,8%) e Rio de Janeiro (4,6%), mas existem coletas espalhadas por todo o país.

Mapa com a distribuição das coordenadas geográficas dos espécimes de fungos de SP-Fungi presentes na rede speciesLink. Em azul, coordenadas georreferenciadas pelo município; em vermelho, coordenadas originais informadas pela coleção.

Contudo, alguns pontos relacionados ao georreferenciamento merecem atenção especial por parte da curadoria. Cerca de 10.000 registros não possuem informações sobre o município ou coordenada geográfica e apenas 818 (2,3%) registros foram georreferenciados na coleta e registrados pela coleção, o que representa uma proporção extremamente baixa de espécimes com coordenadas geográficas originais. Dentre os registros disponibilizados, 13.748 (56%) possuíam informações textuais sobre o município e foram georreferenciados a posteriori automaticamente com base no centróide do município. Entretanto, esse é um tipo de coordenada que apresenta grandes chances de ter baixa acurácia, pois o centróide do município provavelmente está localizado a uma distância considerável do ponto real da coleta.

Proporção do número de registros de fungos do herbário SP-Fungi por estado.


Perspectivas futuras
A coleção de fungos SP-Fungi abriga um acervo importantíssimo com concentração de coletas no bioma Mata Atlântica, cujos remanescentes não chegam a somar 10% da área original de cobertura. A existência de um programa de pós-graduação favorece a atração de alunos de mestrado, doutorado e pós-doutorado responsáveis pelo aumento na produtividade acadêmica e pela inclusão de novos espécimes no herbário. Contudo, para aumentar a utilidade desses dados é preciso prezar pela inclusão de informações completas sobre os espécimes, inclusive as geográficas, um passo fundamental para orientar políticas públicas que levarão à conservação dos fungos na região. O sistema speciesLink está sendo aprimorado para ampliar a utilidade para a comunidade acadêmica e em breve a integração de imagens dos espécimes de fungos estará disponível, o que representa um estímulo a mais para acelerar a geração de conhecimento sobre as espécies de fungos que ocorrem no Brasil.



Saiba mais!

Créditos
Texto e fotos - Ricardo Braga-Neto

7 de abr de 2014

Herbários IRAI, MBM e UPCB recebem visita para discutir a melhoria da qualidade dos dados

A visita da equipe do INCT-HVFF/REFLORA teve como objetivo discutir a qualidade dos dados e realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning disponível na rede speciesLink. A visita faz parte das atividades para melhoria da qualidade dos dados das coleções participantes do INCT-HVFF.


Desde o início de 2013, uma bolsista do REFLORA/INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) no Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) vem trabalhando com a melhoria da qualidade dos dados disponibilizados na rede speciesLink. As visitas individuais têm se mostrado bastante eficientes para a melhoria da qualidade dos dados dos herbários e para apresentar detalhadamente as ferramentas aos seus usuários.

A ferramenta dataCleaning procura evidenciar os dados que podem conter erros em relação às informações gerenciais de curadoria (número de tombo/catálogo, registros repetidos), aos dados taxonômicos (erros de grafia, diferentes nomes de autor para a mesma espécie), à data (ano de identificação anterior ao da coleta, ano de coleta maior do que a última atualização) ou aos dados de georreferenciamento (ausência de sinal em latitudes ou longitudes negativas, coordenadas que caem no mar, coordenadas que não caem no município indicado).

Mesmo que muitos usuários já tenham visto o relatório dataCleaning em palestras, a revisão dos dados suspeitos no próprio sistema do herbário e a consulta às exsicatas in loco facilita o entendimento do sistema e a identificação de possíveis melhorias no processo de informatização. Da mesma forma, ao visualizar os dados de todas as coleções na rede, os técnicos, bolsistas e curadores notam a importância da qualidade e da padronização das informações fornecidas por eles. Esse fato é especialmente relevante quando se trata da qualidade das coordenadas geográficas e da completude das informações taxonômicas.



Famílias mais representativas nos três herbários visitados: IRAI, MBM e UPCB


Herbários Visitados: IRAI, MBM e UPCB

A visita aconteceu entre os dias 10 e 14 de março de 2014. Os três herbários da região de Curitiba juntos disponibilizam cerca de 350 mil registros online, sendo 280 mil de espécimes coletados no Brasil. Das amostras coletadas no Brasil, mais de 50% são do estado do Paraná. São mais de 26 mil espécies distintas, 235 registros de typus e mais de 3 mil registros de espécies ameaçadas de extinção (Instrução Normativa MMA no. 06). Esses acervos disponibilizam cerca de 1.300 imagens de exsicatas associadas à base textual.

IRAI - Herbário do Parque da Ciência Newton Freire Maia

O IRAI está localizado nas dependências do Parque da Ciência Newton Freire Maia em Pinhais, Paraná e participa do INCT-HVFF desde maio de 2010. Seu acervo de 8.530 espécimes está 100% online, com 87% dos dados georreferenciados. A gestão do banco de dados é feita pelo curador Rony Ristow. O herbário utiliza o software BRAHMS 7.3.6 para manejo dos dados.



Rony Ristow, curador do Herbário IRAI em Pinhais (PR)
  

Histórico de movimentação de dados do IRAI, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2010
  


Infraestrutura do herbário IRAI, que utiliza caixas de metal para armazenar suas exsicatas. Destaque para as mini-exsicatas (imagens inferiores) que funcionam como um guia de espécies

O IRAI é um herbário novo, inaugurado em 2007, e com acervo ainda relativamente pequeno. Desde o início mostra cuidado com a qualidade dos dados, e procura atualizar as determinações de acordo com as duplicatas enviadas para herbários com especialistas. O curador mantém mini exsicatas, que são exsicatas menores, com o objetivo de ser um guia de referência para as espécies já identificadas.

MBM – Herbário do Museu Botânico Municipal

O MBM é um dos maiores herbários do país e o maior da flora sul brasileira, com um acervo de cerca de 400 mil amostras sendo mais de 60% informatizado! Possui 2.700 typus nomenclaturais, sendo que mais de 1.200 possuem imagens disponíveis na rede speciesLink. A coleção do Museu Botânico Municipal é reconhecida por sua importância, estando credenciada como Instituição Fiel Depositária de Componentes do Patrimônio Genético junto ao (CGEN). O MBM disponibiliza seus dados na rede speciesLink desde 2006 e atualmente mais de 250 mil registros (~64%) estão online.


Equipe do MBM com o curador Osmar dos Santos Ribas

Histórico de movimentação de dados do MBM, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2006


Infraestrutura do herbário MBM
O MBM apresenta um programa de permuta de duplicatas de material botânico, mantendo intercâmbio com 207 instituições congêneres, sendo 53 brasileiras e 154 internacionais. Anualmente o acervo é incrementado em cerca de 15.000 novos espécimes, sendo uma das maiores referências do país.

O herbário possui uma funcionária formada em Gestão da Informação e apresentou como monografia de conclusão de curso o trabalho intitulado: Mapeamento do fluxo informacional do Herbário do Museu Botânico Municipal de Curitiba, que pode ser usado como referência para outros herbários. O trabalho está disponível online

UPCB – Herbário do Departamento de Botânica – Universidade Federal do Paraná

O acervo conta hoje com cerca de 70.000 amostras de plantas (Angiospermas, Gimnospermas, Pteridófitas, Briófitas, Líquens, Macroalgas em coleções secas e Microalgas em coleções líquidas), com forte ênfase sobre a Flora do Paraná. É a segunda maior coleção do estado. O UPCB disponibiliza seus dados na rede speciesLink desde 2006, e atualmente mais de 90% do acervo está online.

 
Equipe do UPCB















Histórico de movimentação de dados do UPCB, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2006


Infraestrutura do UPCB, que recentemente trocou as caixas de metal por armários


Exemplos de exsicatas no UPCB, no sentido horário: fungos, macroalgas e microalgas em via líquida


O UPCB disponibilizará em breve cerca de 200 imagens dos tipos, associados aos dados textuais já online.

Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil:
Durante as visitas, também foi apresentada uma palestra aos pesquisadores e alunos sobre o sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil - Biogeo, que visa ampliar o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil. O sistema foi desenvolvido para modelar a distribuição potencial das espécies, e conta com a participação ativa de especialistas. O Biogeo possui hoje 80 especialistas cadastrados e mais de 1700 espécies com modelos.


Saiba mais!