29 de jul de 2014

Novas funcionalidades do sistema Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil

O sistema Lacunas (lacunas.inct.florabrasil.net) foi atualizado. Além da informação sobre o status dos dados de determinada espécie, gênero, família ou outro grupo taxonômico, agora também é possível avaliar a evolução qualitativa do Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, uma vez que os relatórios anteriores também estão disponíveis online.

FIGURA 1. SCREENSHOT DO WEBSITE DO SISTEMA LACUNAS DE CONHECIMENTO DA FLORA E DOS FUNGOS DO BRASIL. A SETA VERMELHA APONTA O MENU ONDE SE PODE ESCOLHER DIFERENTES VERSÕES DO RELATÓRIO.

O sistema Lacunas foi desenvolvido integrando dados e informações da rede speciesLink, da Lista de Espécies da Flora do Brasil (ed. 2012), da Instrução Normativa MMA no. 06 e da Lista de Espécies Ameaçadas de Extinção da Fundação Biodiversitas e produzindo relatórios sobre o status da informação disponível online (Fig. 2).

FIGURA 2. DIAGRAMA ILUSTRANDO COMO O RELATÓRIO LACUNAS É GERADO.
Os dados de ocorrência de plantas da rede speciesLink, a Lista da Biodiversitas e os Anexos I e II da Instrução Normativa MMA no. 06 são filtrados pela Lista de espécies da flora do Brasil, edição 2012, isto é, apenas registros com nomes de espécies presentes na Lista são considerados na preparação do relatório (mais detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html).

Assim, por um lado tem-se uma rede de herbários altamente dinâmica que apresenta uma média de duas atualizações por mês por provedor e por outro lado tem-se o sistema Lacunas que demanda tempo de processamento, o que inviabiliza que seja disponibilizado de forma dinâmica, em tempo real. Como um dos objetivos do sistema é facilitar a identificação de lacunas de dados online e dessa forma contribuir para a definição de estratégias de pesquisa e fomento, foi definido um intervalo de seis meses para a produção de novas versões do relatório. Assim, quando se faz uma busca no sistema Lacunas, o resultado obtido traz os registros que estavam disponíveis na rede speciesLink na data em que o relatório foi gerado (mais detalhes em Canhos et al. 2013).

O primeiro relatório data de setembro de 2012, utilizando a versão dinâmica da Lista de Espécies da Flora do Brasil. A partir de janeiro de 2013 os relatórios foram gerados utilizando a Lista de Espécies da Flora do Brasil edição 2012 como base, que apresenta 4.222 espécies de Algas, 31.900 Angiospermas, 1.531 Briófitas, 4.557 Fungos, 26 Gimnospermas e 1.212 Pteridófitas, totalizando 43.448 nomes aceitos de espécies.

Comparando os resultados do relatório Lacunas de janeiro de 2013 com o de julho de 2014, utilizando como filtros a seleção de nomes aceitos e seus sinônimos, a comparação fonética dos nomes e a inclusão de registros com ou sem coordenadas geográficas (ou seja, os critérios que procuram recuperar o maior número possível de registros), tem-se que mais de 1.600 espécies, anteriormente sem nenhum registro, passaram a ter dados online. Em termos percentuais o número de espécies sem registros caiu de 19% (8.176 de um total de 43.448) para 15%.

Analisando os dados considerando registros com coordenadas geográficas consistentes e distintas, incluindo sinônimos e realizando a comparação fonética dos nomes, tem-se que mais de 2.500 espécies, antes sem nenhum registro com coordenadas consistentes, passaram a ter pelo menos um ponto de ocorrência online, com coordenadas consistentes. Em termos percentuais o número de espécies sem registros com coordenadas geográficas consistentes caiu de 26% (11.188) para 20% (8.684). Além disso, o número de espécies com mais de 20 pontos com coordenadas consistentes e distintas, para as quais bons modelos de nicho ecológico podem ser gerados, aumentou em 5%. Trata-se, portanto, de uma avaliação qualitativa dos avanços na disponibilização de dados de herbários online.

Referências
Canhos, D. A. L., Sousa-Baena, M. S., Souza, S., Garcia, L. C., De Giovanni, R., Maia, L. C., & Bonacelli, M. B. M. (2014). Lacunas: a web interface to identify plant knowledge gaps to support informed decision-making. Biodiversity and conservation 23(1): 109-131.

21 de jul de 2014

Interface de busca e dicas de uso da rede speciesLink

O INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos preparou uma série de vídeos para auxiliar os usuários a explorar melhor os sistemas de informação. O primeiro vídeo traça um panorama sobre a rede speciesLink, explorando a interface de busca e fornecendo dicas de uso. Veja a seguir.

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Saiba mais!

4 de jul de 2014

IEF (MG) cadastra coleções para o Sistema de Informações Biológicas

Até o dia 10 de julho de 2014, está aberto o cadastro de coleções biológicas do estado de Minas Gerais. Essas coleções farão parte do Sistema Integrado de Informações sobre Biodiversidade do Estado de Minas Gerais, fruto de uma parceria entre o Instituto Estadual de Florestas - IEF (MG) e o CRIA.  



Confira mais informações do site do IEF (http://www.ief.mg.gov.br/biodiversidade/sistema-de-informacoes-biologicas):

"O Instituto Estadual de Florestas, através da Diretoria de Pesquisa e Proteção à Biodiversidade, observando a necessidade de investir esforços na integração, sistematização e gestão das informações dispersas em coleções biológicas, artigos científicos, processos de licenciamento entre outros, firmou com o Centro de Referência em Informação Ambiental – CRIA contrato para customização e integração de banco de dados de coleções biológicas visando a implementação do Sistema Integrado de Informação sobre Biodiversidade do Estado de Minas Gerais. Este projeto é parte integrante do Programa Estruturador de “Qualidade Ambiental” do Governo de Minas Gerais e tem como objetivo geral a elaboração de um sistema que permita integrar a informação biológica gerada a partir dos diversos levantamentos conduzidos no Estado.

Considerando a relevância das informações inseridas nos acervos das coleções biológicas do Estado, serão selecionadas 30 coleções biológicas que fornecerão os dados que irão alimentar o referido Sistema de Informação que irá funcionar como base para a definição de políticas públicas que permitirão o uso sustentável e conservação dos recursos naturais em Minas Gerais.

Nesse cenário, convidamos a participarem do Processo Seletivo se cadastrando aqui até o dia 10 de julho de 2014.

Informamos que o cadastro também será utilizado no intuito de identificar as coleções (número de registros, grau de acervo informatizado) e curadores existentes no Estado.

Colocamo-nos à disposição para outros esclarecimentos através do email pesquisa.gprop@meioambiente.mg.gov.br."



Foto da chamada: F. Pezzini

3 de jul de 2014

INCT-HVFF promove a inclusão de imagens de fungos na rede speciesLink

Visando ampliar a qualidade das informações associadas aos registros textuais de fungos disponíveis na rede speciesLink, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está promovendo a inclusão de imagens macro e microscópicas de espécimes de fungos, ampliando a utilidade do sistema de informação para os micólogos.




Panorama geral

O sistema speciesLink é a base utilizada pelo INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) para integrar e tornar disponíveis dados primários sobre plantas e fungos no Brasil. Atualmente a rede INCT-HVFF possui mais de 4,7 milhões de registros online, dos quais mais de 90% são plantas. Embora os fungos tenham sido historicamente menos estudados, nas últimas décadas houve um aumento bastante significativo no interesse pela Micologia no Brasil, dada sua imensa importância para todos os ecossistemas terrestres. Jovens pesquisadores recentemente contratados por universidades públicas vem contribuindo para formar dezenas de novos alunos em muitos centros de pesquisa distribuídos pelo país e a produção de conhecimento, refletido pela qualidade e quantidade de artigos publicados, é muito expressiva.
Captura de tela do resultado da busca dos registros de fungos no herbário FLOR com imagens associadas.
Captura de tela do resultado de uma busca dos registros de fungos no herbário FLOR com imagens associadas.
Investimentos estratégicos em programas de pós-graduação, cursos de capacitação, infraestrutura das coleções e atividades de coleta em campo, aliados a oportunidades de bolsas de estudo no exterior, são etapas cruciais do desenvolvimento da Micologia no Brasil. Contudo, igualmente importantes são os investimentos na modernização e informatização das coleções, permitindo o desenvolvimento de sistemas que podem contribuir para acelerar a produção de conhecimento. A rede speciesLink reúne em um mesmo sistema informações básicas sobre os espécimes, com dados taxonômicos, geográficos e temporais, além de permitir a associação de imagens com cada espécime através do serviço Exsiccatae.
A inclusão de imagens de fungos é muito importante porque o processo de desidratação necessário para o acondicionamento nos herbários causa a perda de característicasmacroscópicas relevantes para o reconhecimento das espécies. Imagens que retratem a forma e coloração dos esporóforos são importantes, assim como detalhes de estruturas efêmeras e frágeis. Por outro lado, a maioria dos caracteres morfológicos que são determinantes para a identificação das espécies são estruturas celulares e as imagens microscópicas também são muito importantes  para a taxonomia dos fungos. Visando padronizar o processo de integração das imagens e orientar os micólogos interessados, o INCT-HVFF está desenvolvendo um procedimento para melhorar a gestão das imagens de fungos, descrito no guia abaixo.
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Um aspecto importante da obtenção das imagens está relacionado à calibração e inclusão de escalas. Incluir uma régua na foto garante uma referência, mas é possível calibrar as imagens sem régua se algum objeto for conhecido ou mensurado.
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Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF

O guia visa orientar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a adotar um procedimento padronizado para enviar imagens de espécimes de fungos para a rede INCT-HVFF/speciesLink. As imagens compartilhadas pelos herbários são armazenadas em servidores localizados no CRIA e na RNP (Rede Nacional de Ensino e Pesquisa) e gerenciadas por sistemas especializados em servir imagens na rede em diferentes formatos e tamanhos. O guia cobre aspectos básicos relacionados à qualidade e obtenção das imagens, calibração e inclusão de escalas, além da preparação e procedimentos de envio dos metadados para a equipe do CRIA, responsável pela gestão das imagens. 
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A resolução tem um impacto direto na qualidade da imagem. Quanto maior a resolução, maior a densidade de pixels e de informação que a imagem contém. O tamanho do pixel variou nas diferentes resoluções para manter a mesma dimensão entre as imagens.
É importante ressaltar que as imagens devem ser exclusivamente dos espécimes depositados nos herbários. Além das fotos, podem ser enviadas também ilustrações científicas baseadas nos espécimes. O acesso às imagens pode ser feito pelo formulário de busca da rede, pela interface administrativa do sistema Exsiccatae ou por meio de serviços web para uso pelas coleções. Além de permitir algumas operações básicas com as imagens, como medir uma distância, aproximar ou salvar a imagem, o sistema speciesLink permite ainda que as imagens de diferentes espécimes sejam comparadas diretamente a partir de resultados de buscas!
Captura de tela da interface de buscas do speciesLink usando o menu imagens para comparar diferentes espécimes de fungos arbusculares.
Captura de tela da interface de buscas do speciesLink usando o menu imagens para comparar diferentes espécimes de fungos micorrízicos arbusculares do herbário URM.
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Primeiras imagens disponíveis

As primeiras imagens incluídas na rede foram contribuições do herbário URM (Recife), que integrou aos registros textuais imagens de fungos endomicorrízicos do filo Glomeromycota e de fungos decompositores de madeira do filo Basidiomycota. O próximo a participar foi o herbário FLOR (Florianópolis) e os alunos do Micolab da UFSC, que enviaram imagens macro e microscópicas e nos ajudaram a discutir todo o processo, incluindo o sistema de tags usado para classificar as imagens. Em seguida, pesquisadores associados ao herbário INPA (Manaus) integraram imagens de fungos decompositores de serrapilheira e fungos gasteróides do filo Basidiomycota. Durante o segundo semestre de 2014 uma equipe do INCT-HVFF e do CRIA visitará as principais coleções de fungos no Brasil para divulgar a iniciativa e oferecer suporte para a integração das imagens aos dados dos espécimes de fungos que ocorrem no país. Ainda que o sistema esteja em fase experimental, a revolução que isso representará para a taxonomia e estudo dos fungos dependerá exclusivamente da participação ativa da comunidade científica. Participe!
Alunos do Micolab em Florianópolis na bancada mostrando o dia-a-dia no laboratório.
Alunos do Micolab em Florianópolis na bancada mostrando o dia-a-dia no laboratório.
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