30 de out de 2014

Herbário Hamburgense integra dados de espécimes coletados no Brasil com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

O Herbário Hamburgense integrou 1.668 registros e 722 imagens de amostras botânicas coletadas no Brasil com o INCT-Herbário Virtual do Brasil da Flora e dos Fungos. A coleção inclui 1.125 tipos e 866 registros coletados por Ernst Heinrich Georg Ule entre 1883 e 1907. 

O Herbário Hamburgense está localizado no Biocentre Klein Flottbek perto do Jardim Botânico Hamburgo.

O Herbário Hamburgense (HBG) é um dos maiores herbários da Alemanha, com mais de 1,8 milhões de espécimes. A coleção é rica em espécimes-tipo especialmente de áreas tropicais, como do Brasil (E. ULE), de Bornéu (H. Winkler, MS CLEMENS), da Índia (D. BRANDIS), da Austrália (A. DIETRICH, L. PREISS) e das ex-colônias alemãs na África e na região do Pacífico. O herbário foi fundado em 1883, integrando várias colecções importantes abrigadas em Hamburgo naquele momento.

Catálogo de amostras brasileiras de Ule está parcialmente disponível online. A digitalização dos espécimes-tipo de Ule mantidos no HBG será concluída em breve.

Depois disso, um grande número de coleções de todo o mundo foi adquirida pelo HBG, particularmente durante o auge do colonialismo alemão. Em 1919, o herbário foi incorporado à recém-fundada Universidade de Hamburgo. Surpreendentemente, o HBG atravessou a Segunda Guerra Mundial sem danos e, durante a guerra, uma quantidade substancial dos espécimes do herbário foi evacuada, primeiro transferidos para a Alemanha Central em 1943, depois para Leningrado (agora São Petersburgo) em 1945 e, finalmente, para Berlim Oriental na década de 1950. Estes espécimes permaneceram intocados por pesquisadores por mais de 40 anos, mas desde que eles foram devolvidos ao HBG, em 1990, eles estão disponíveis novamente de forma integral.

Proporção das categorias de espécimes-tipo brasileiros depositados no HBG.

O HBG agora compartilha com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos 1.668 registros de espécimes e 722 imagens de amostras coletadas no Brasil. Existem 866 registros disponíveis das amostras coletadas por Ernst Heinrich Georg Ule entre 1883 e 1907, das quais mais de 600 são tipos.

Infra-estrutura interna do Herbário Hamburgense para organizar os espécimes (Foto: Flickr JSTOR).

O Herbário Hamburgense está localizado no Biocentre Klein Flottbek perto do Jardim Botânico Hamburgo. Suas atividades de pesquisa e ensino estão ligados ao Departamento de Biodiversidade, Evolução e Ecologia de Plantas no Biocentre. Somos gratos ao Prof. Dr. Norbert Jürgens e sua equipe pela receptividade e determinação em participar da integração do HBG ao INCT-Herbário Virtual.




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Herbarium Hamburgense integrates data of specimens collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi

The Herbarium Hamburgense integrated 1,668 records and 722 images of botanical samples collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi. The collection includes 1,125 types and 866 records collected by Ernst Heinrich Georg Ule between 1883 and 1907. 

The Herbarium Hamburgense is located in the Biocentre Klein Flottbek close to the Hamburg Botanical Garden.

Herbarium Hamburgense (HBG) is one of the largest herbaria in Germany, with over 1.8 million specimens. It is rich in type specimens especially from tropical areas, e.g. Brazil (E. ULE), Borneo (H. WINKLER, M.S. CLEMENS), India (D. BRANDIS), Australia (A. DIETRICH, L. PREISS) and from former German colonies in Africa and the Pacific Area. The herbarium was founded in 1883, incorporating many important collections held at Hamburg at the time.

Ule’s catalogue of Brazilian samples is partially available online. The digitisation of the Ule type specimens kept at HBG will be finished soon. 

Afterwards, a large number of collections from all over the world was acquired by HBG, particularly during German’s colonialism heyday. In 1919 the herbarium was incorporated to the newly founded Hamburg University. Surprisingly, HBG went through the Second World War without damages, and during the war a substantial amount of the herbarium specimens was evacuated, first transferred to Central Germany in 1943, then to Leningrad (now St. Petersburg) in 1945, and finally to East Berlin in the 1950s. These specimens remained untouched by researchers for more than forty years, but since they were returned to HBG, in 1990, they are fully available again.

Proportion of Brazilian type specimens categories deposited at HBG.

HBG now shares 1,668 specimen records and 722 images of samples collected in Brazil with the Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi. There are 866 records available of samples collected by Ernst Heinrich Georg Ule between 1883 and 1907, from which more than 600 are types.

Herbarium Hamburgense internal infrastructure to organize the specimens (Photo: JSTOR Flickr).

The Herbarium Hamburgense is located at the Biocentre Klein Flottbek nearby the Hamburg Botanical Garden. Its research and teaching activities are associated with the Department of Biodiversity, Evolution and Ecology of Plants at the Biocentre. We are grateful to Prof. Dr. Norbert Jürgens and his team for the receptiveness and determination in participating of the integration of HBG to the Brazil’s Virtual Herbarium.




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9 de out de 2014

Integração do Herbário Anchieta-PACA ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Durante visita da equipe do INCT-Herbário Virtual ao Rio Grande do Sul, a curadora Maria Salete Marchioretto e o coordenador Padre Pedro Ignácio Schmitz, do Instituto Anchietano de Pesquisas, demonstraram interesse em integrar o Herbário Anchieta-PACA às redes speciesLink e INCT-Herbário Virtual, buscando fortalecer a coleção e ampliar o acesso a informações de enorme valor científico e histórico para o Brasil.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Fundado em 1932 pelo Padre Balduíno Rambo, o Herbário PACA (Porto Alegre, Colégio Anchieta) abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Conhecido originalmente como Herbarium Anchieta, o PACA abriga coleções repletas de tipos nomenclaturais, como a coleção de fungos do Padre Johannes Evangelista Rick, considerado o precursor da micologia no Brasil (Fungi Rickiani), a coleção de angiospermas do próprio Padre Balduíno (Flora Brasiliae Australis) e a coleção do Padre Aloysio Sehnem, com ênfase em pteridófitas e briófitas (Plantas do Sul do Brasil). O herbário recebe muitas visitas de pesquisadores de diferentes instituições de ensino e pesquisa, o que demonstra a importância do acesso às informações sobre os espécimes. Atualmente o PACA disponibiliza na internet uma lista com 539 espécimes-tipo de Angiospermas, Pteridófitas, Briófitas e Fungos, a maior parte com acesso às imagens das exsicatas, comentários e atualizações.

Infraestrutura física e manutenção do acervo

Curadora do PACA desde 1993, a Dra. Maria Salete Marchioretto coordena todo o trabalho de manutenção, organização, resgate, digitalização e disponibilização do acervo. Ela vem dedicando muito esforço para preservar as coleções, mesmo sendo a carência de pessoal uma limitação constante. "Passei por todos os processos de aprendizagem, desde coletar, passar o material na estufa, datilografar fichas, herborizar, guardar material na coleção, gerenciar empréstimos, passar material no freezer, digitar no banco de dados, fazer guias de remessa, enviar e responder correspondências..." - desabafa Salete. Por curtos períodos contou com funcionários, bolsistas (por meio da Rede de Herbários do RS) e estagiários (por meio da Prefeitura de São Leopoldo) que contribuíram no passado exercendo funções temporárias que não garantem a continuidade do trabalho. Atualmente a curadora tem somente uma bolsista ligada a um projeto de pesquisa, auxiliando-a dois turnos na manutenção da coleção.

A mudança da antiga sede da Unisinos no centro de São Leopoldo para o campus da Unisinos em março de 2014 levou o acervo para uma instalação moderna mais compacta e com sistema de refrigeração, eliminando a necessidade do controle com naftalina. A coleção de fungos está ordenada por gêneros, geralmente agrupados por família dentro de pequenas caixas de madeira guardadas em armários fechados. As coleções de Angiospermas, Gimnospermas, Pteridófitas e Briófitas estão organizadas em ordem alfabética de família. Quando a Dra. Salete assumiu a curadoria, apenas cerca de 20% dos espécimes estavam herborizados e havia muitos empréstimos de até 20 anos atrasados, mas com a intensificação da cobrança muitos exemplares foram resgatados. Além das coleções históricas, entre 2004 e 2005 o herbário HASU da Unisinos foi incorporado à coleção do herbário PACA, que ampliou ainda mais o acervo. O herbário tem ainda uma biblioteca setorial especializada, com obras raras, livros, periódicos nacionais e internacionais. 

A pesquisadora argentina, Andrea Romero, consultando literatura antiga da biblioteca do Herbário PACA durante visita para examinar espécimes de Ascomicetos do acervo.
A pesquisadora argentina Andrea Romero folheando um exemplar do acervo da biblioteca do Herbário PACA durante visita para examinar espécimes de Ascomycota.

Processo de informatização dos dados

O processo de informatização dos dados está avançado, de modo que as coleções Angiospermas, Gimnospermas e Pteridófitas estão quase todas informatizadas; a coleção de fungos está com um índice de 80 a 90% de informatização e a coleção de Briófitas cerca de 40% . O processo de informatização foi iniciado com um banco de dados desenvolvido especialmente para o herbário PACA no programa Access, mas a falta de pessoal para assessorar continuamente a curadora dificultou o desenvolvimento do trabalho. Um funcionário do Instituto Anchietano de Pesquisas que é também professor da Unisinos vem há mais de 5 anos dando suporte para a manutenção do banco de dados.

Padre Ignácio XXX e Maria Salete Marchioretto.
Padre Pedro Ignácio Schmitz, coordenador do Instituto Anchietano de Pesquisas, e a Dra. Maria Salete Marchioretto, curadora do Herbário PACA.
   

Integração com a rede speciesLink

A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos. A rede é considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil, contando com cerca de 5 milhões de registros de plantas e fungos, disponíveis de forma aberta e livre na internet. Durante visita da equipe do INCT-Herbário Virtual em setembro passado, o bolsista Ricardo Braga Neto teve a oportunidade de expor os benefícios da integração dos dados à rede e ficou acordado que a integração será realizada durante os próximos meses começando pela coleção de fungos. Segundo a curadora, sempre houve muita procura pelas coleções por pesquisadores, professores e alunos de graduação e pós-graduação, mas com a disponibilização dos dados ela acredita que haverá um acréscimo na procura do material, maior divulgação e maior prestígio para a instituição. 

Alunas de pós-graduação do Micolab da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) examinando a coleção de fungos do Herbário PACA.

Os próximos passos envolvem o cadastramento da coleção de fungos no sistema de gerenciamento da rede e a formalização da parceria. A equipe técnica do CRIA irá estudar o banco de dados utilizado pela coleção e a compatibilidade dos campos utilizados com o padrão DarwinCore. Uma visita está sendo planejada para efetivar a integração, realizar a instalação do software spLinker, configurar e mapear os campos de acordo com o modelo DarwinCore e testar o envio dos dados da coleção. A rede speciesLink possibilita a inclusão de imagens dos espécimes por meio do serviço Exsiccatae (INCT-Herbário Virtual/Reflora) e será possível associar imagens em alta resolução dos espécimes, ampliando a utilidade dos dados textuais e garantindo a preservação de informações preciosas. Muitas vezes as imagens reduzem a necessidade de manuseio das exsicatas, diminuindo o trabalho dos curadores e facilitando a consulta por qualquer interessado. As equipes do INCT-Herbário Virtual e do CRIA agradecem o interesse em formar a parceria e estão à disposição para dar o suporte necessário para fortalecer o Herbário Anchieta-PACA, ampliando sua visibilidade, o reconhecimento institucional e tornando a coleção cada vez mais viva.

Padre Rick, retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.
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CRIA

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Texto

  • Ricardo Braga-Neto e Maria Salete Marchioretto

Fotos

  • Ricardo Braga-Neto

7 de out de 2014

Rede speciesLink supera 7 milhões de registros

Considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil, nessa semana a rede speciesLink superou a marca de 7 milhões de registros online. A força da rede está essencialmente na integração de competências e na atuação de cada componente, sejam provedores de dados, membros da equipe do CRIA, comitês de coordenação, agências de fomento ou usuários.


http://www.splink.org.br/
A interface de busca da rede speciesLink permite fazer consultas sobre mais de 7 milhões de registros online. Veja o vídeo tutorial sobre a interface de busca e dicas de uso.

O Brasil é um dos países com maior diversidade biológica no mundo, mas a maioria das informações científicas disponíveis em museus, herbários e coleções microbiológicas do país e do exterior se encontrava dispersa e fragmentada, limitando a compreensão sobre a biodiversidade no país. Em outubro de 2001 a Fapesp aprovou a proposta de projeto apresentada pelo CRIA dando início ao desenvolvimento da rede speciesLink. Inicialmente restrita às coleções biológicas do estado de São Paulo, a rede foi ganhando força com o desenvolvimento de redes temáticas, com foco na integração de dados sobre polinizadores, microrganismos, plantas e fungos (INCT-Herbário Virtual), e iniciativas com foco geográfico, como a rede Taxonline do Paraná e as redes Capixaba e de Minas Gerais, que contaram com o apoio da Fundação Araucária, a Fundação de Amparo à Pesquisa do Espírito Santo e o Instituto Estadual de Florestas – IEF de Minas Gerais. No início de outubro desse ano, a rede superou o marco histórico de 7 milhões de registros disponíveis online, todos de acesso livre e aberto.

http://splink.cria.org.br/indicators/index?criaLANG=pt
Número total de registros online (verde), de registros georreferenciados com dados originais (azul) e de provedores de dados (vermelho) ao longo do tempo.



Dados integrados e utilização da rede speciesLink

Atualmente, existem 366 provedores de dados integrados à rede. A cobertura nacional inclui pelo menos um provedor de dados em cada estado da união e no Distrito Federal. Cerca de 70% de dados são de herbários, o que reflete o apoio dado nos últimos 5 anos pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), por meio do CNPq, ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Dos 30% dos registros restantes, cerca de 25% são de animais, 0,2% de microrganismos 0,1% de fósseis e 4,7% de coleções abrangentes, como OBIS-Br e SinBiota.




Além de integrar dados depositados em coleções nacionais, a rede speciesLink fornece a base para o repatriamento de dados de amostras coletadas no Brasil depositadas em herbários no exterior. A rede integra dados de 10 coleções biológicas do exterior que atualmente representam pouco mais de 10% do número total dos registros online. Do total, mais de 93% dos registros têm material testemunho associado e cerca de 545 mil registros têm imagens associadas. Um servidor de imagens e serviços web associados armazena e gerencia imagens das amostras, disponibilizando-as via internet a todos os interessados.

Exemplos de imagens de exsitacatas disponíveis na rede. Da esquerda para a direita: Piper crassinervium Kunth. (SP 269101). Det: Carvalho Silva, M. 06/2001. Col: Cordeiro, I.; Ferraz, D.K. 1278. Parque do Estado, Instituto de Botânica, trilha., São Paulo, São Paulo, Brasil, 24/03/1994. Coord munic: [lat: -23.54 long: -46.63 err: ±53584 WGS84]. Aniba panurensis (Meisn.) Mez. (NY 1171512). Det: K. Kubitzki 01/01/1973. Col: W. A. Rodrigues 8208. Reserva Florestal Ducke., Manaus, Amazonas, Brazil, 04/08/1966. Coord orig: [lat: -2.9548699 long: -59.9281883 WGS84]. Vriesea ensiformis (Vell.) Beer. (UEC 138769). Det: Wanderley, M.D.G.L. 04/2003. Col: Breier, T.B.; Budke, J.C. 422. Parque Estadual Carlos Botelho, Parcelas permanentes. Na parcela J1., Sete Barras, São Paulo, Brazil, 17/08/2002. Cód. barras: UEC043440. Coord orig: [lat: -24.166667 long: -47.916667 WGS84].

O sucesso da rede é também refletido pelo seu uso. Em 2013, por meio da interface de busca foram recuperados cerca de 387 milhões de registros, o que representa mais de 60 vezes o tamanho total do acervo disponível no ano passado. Em 2014, apenas entre janeiro e setembro, foram recuperados cerca de 378 milhões de registros pelos usuários. Por recuperados entende-se registros que foram visualizados um a um, plotados em mapas, utilizados em gráficos ou baixados pelos usuários (download). É importante ressaltar que esses números não incluem os registros servidos via serviços web (máquina - máquina).

Destaque deve ser dado à Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP), que além do serviço de armazenamento dos sistemas de informação (ferramentas e dados) em seu Internet Data Center (IDC) em Brasília, é responsável por prover a infraestrutura que permite ampliar a capilaridade da rede e pela conectividade necessária para viabilizar tanto a participação plena de centenas de provedores quanto o acesso eficiente aos dados e ferramentas de interesse público.

Página inicial da rede speciesLink.

Contribuição para o desenvolvimento científico

Relatos dos curadores e responsáveis pelos herbários participantes do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos mostram que o compartilhamento aberto dos dados em rede amplia a visibilidade dos herbários, resultando em maior apoio institucional e financiamento de projetos, contribuindo assim para a melhoria dos acervos e dando suporte à pesquisa e aos programas de pós-graduação. Portanto, mais do que a manutenção e o desenvolvimento contínuo de uma infraestrutura de dados e ferramentas, a rede speciesLink gradativamente vem se afirmando como um centro de promoção da e-science no Brasil, promovendo uma cultura de compartilhamento aberto de dados e de conhecimento.




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3 de out de 2014

Herbário VIC se integra ao INCT-Herbário Virtual

Representando um dos maiores acervos de plantas do estado de Minas Gerais, o Herbário VIC da Universidade Federal de Viçosa (UFV) passou a disponibilizar parte do seu acervo na rede speciesLink. Estão disponíveis de forma aberta e livre cerca de 17.500 registros, compostos principalmente por angiospermas provenientes de diferentes ecossistemas e biomas do Brasil.

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Prédio do Herbário VIC, na Universidade Federal de Viçosa (UFV).

O Herbário VIC foi fundado em 1930 por Ynes Mexia. Ele está sob a responsabilidade do Departamento de Biologia Vegetal da Universidade Federal de Viçosa (UFV). É um herbário regional, com 54.000 espécimes e 42 exemplares-tipo, sendo o terceiro acervo do Estado de Minas Gerais. Botânicos ilustres depositaram parte de suas coleções no acervo do VIC, como: Agnes Chase, Howard S. Irwin e J. G. Kuhlmann. Seu acervo é constituído por algas, fungos e plantas, principalmente, Angiospermas provenientes de diversos ecossistemas do estado de Minas Gerais: caatinga, campo rupestre, cerrado, florestas semideciduais e ombrófilas incluídas no domínio da Floresta Atlântica, bem como, de outras regiões do Brasil.

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Exsicata do acervo do herbário VIC.
A comissão curadora é formada pelas professoras Rita Maria de Carvalho Okano e Flávia Cristina Pinto Garcia ( responsável pela informatização) e pelo professor Pedro Bond Schwartsburd. A informatização do Herbário VIC utilizando o Brahms teve início em 2010 com o projeto "Estruturação e Informatização de Coleções Biológicas da Universidade Federal de Viçosa", apoiado no Edital BIOTA Minas, FAPEMIG CRA-APQ-03537-09, sob coordenação de Flávia Garcia.

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Fernanda Lobão (técnica do herbário VIC) consultando o acervo de fungos.

No momento estão disponíveis 17.480 (~32%) registros online, em sua maior parte de plantas com destaque para a família Fabaceae. O acervo cobre uma extensa área do território nacional com coletas em todas as regiões do Brasil, mas com maior densidade na região sudeste.

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1 de out de 2014

Herbário ICN integra imagens de 400 espécimes-tipo à rede INCT-Herbário Virtual

Durante visita realizada pela equipe do INCT-HVFF para discutir a qualidade dos dados integrados ao Herbário Virtual, foi realizada a associação de imagens aos registros textuais de cerca de 400 espécimes-tipo do herbário ICN. Em breve mais imagens serão disponibilizadas.

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Integrantes do herbário ICN acompanhando a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual.

O Herbário ICN, da UFRGS, é uma das principais referências no Rio Grande do Sul em pesquisa para docentes, pesquisadores e alunos em diferentes áreas do conhecimento. É o maior acervo do estado, com cerca de 160.000 exemplares, abrangendo Angiospermas, Gimnospermas, Monilófitas, Briófitas, Algas, Fungos e Líquens, incluindo 440 espécimes-tipo de plantas, em sua grande maioria da flora do RS. Desde 2011 disponibiliza seus dados online na rede speciesLink de forma livre e aberta. Atualmente cerca de 90.000 (~56%) espécimes estão informatizados e disponíveis para consulta online, incluindo imagens de cerca de 400 espécimes-tipo.

O herbário ICN possui uma excelente infraestrutura para abrigar as coleções de plantas e fungos, além de uma equipe técnica permanente formada por vários biólogos que atuam na curadoria. Durante a visita foram realizadas atividades direcionadas à melhoria da qualidade dos dados diponibilizados utilizando ferramentas desenvolvidas pelo CRIA, como o relatório de data Cleaning, ferramentas geográficas e novidades na interface de busca do speciesLink. A equipe do herbário tem trabalhado ativamente na resolução da maior parte dos problemas do banco de dados da coleção, reduzindo erros de grafias de nomes de autores, nomes científicos, informações gerenciais e dados geográficos, mas até a visita não haviam imagens associadas.

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Densidade de registros do herbário ICN disponibilizados na rede INCT-Herbário Virtual.

O herbário ICN já dispõe de um sistema preparado para digitalizar as exsicatas, contando com uma câmera digital e flashes montados em uma estrutura fixa que permite a obtenção de imagens rapidamente em ótima qualidade, o que contribui para agilizar a obtenção das imagens. O procedimento de envio das imagens foi discutido com a equipe técnica e cerca de 400 imagens dos espécimes-tipo foram integradas à rede, permitindo a consulta das informações de forma aberta e livre por qualquer pessoa interessada.

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O equipamento usado para obtenção das exsicatas é simples, econômico e funcional.

Um ponto que merece destaque é a organização física das exsicatas na coleção, que está baseada sistema APG III, o mais recente utilizado na classificação de plantas. Isso exigiu bastante trabalho para organizar as dezenas de milhares de exsicatas nos armários, mobilizando a equipe técnica para completar a tarefa no menor tempo possível. Entretanto, depois disso as exsicatas ficaram fáceis de serem localizadas de acordo com a família e o gênero. No sistema APG III a tarefa de completar informações de ordem e filo, por exemplo, é facilitada. A inclusão de dados nesses campos melhora a qualidade das informações disponíveis e aumenta a eficácia das buscas na rede (veja mais detalhes aqui). A coleção atualmente utiliza o software Access para gerenciar seus dados, mas pretende começar a utilizar o software BRAHMS. Para isso, um treinamento de pelo menos uma semana está sendo planejado.
ICN logo
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Texto e imagens

  • Ricardo Braga-Neto e Flávia Pezzini