30 de nov de 2014

Lacunas 2.0: integrando informações para expor lacunas no conhecimento

Nova versão do sistema Lacunas 2.0 exibe lacunas geográficas no conhecimento da flora e da micota no Brasil e integra modelos de distribuição potencial das espécies disponíveis no sistema BioGeo.

Texto - Dora Ann Lange Canhos, Mariane S. Sousa-Baena


Página inicial do sistema Lacunas.


O sistema Lacunas, lançado em junho de 2012, foi desenvolvido com o objetivo de identificar grupos prioritários para coletas, digitação e/ou georreferenciamento dos dados. O desenvolvimento da nova versão, Lacunas 2.0, teve por motivação exibir com maior clareza as lacunas geográficas e integrar os modelos de distribuição potencial das espécies, preparados por especialistas e disponíveis no sistema BioGeo (http://BioGeo.inct.florabrasil.net).

O sistema Lacunas 2.0 tem como fontes de dados:

  • Herbário Virtual da Flora e dos Fungos/rede speciesLink 
  • Lista de Espécies da Flora do Brasil (Lista do Brasil), edição 2014 
  • Instrução Normativa MMA nº 06 de 23 de setembro de 2008 
  • Revisão da Lista da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, Fundação Biodiversitas, 2005 
  • Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (acesso dinâmico) 


Diagrama da versão 2.0 do sistema Lacunas.

Os relatórios continuam sendo produzidos de maneira dinâmica, dependendo dos filtros selecionados pelo usuário (detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html) . Além dos itens apresentados no relatório Lacunas 1.0, para os grandes grupos, famílias e gêneros, agora é também apresentada uma tabela comparando a distribuição geográfica por estado de acordo com informações da Lista de Espécies da Flora do Brasil, com os dados textuais da rede speciesLink.

No relatório por grandes grupos ou família é apresentada uma tabela sumarizando quantas espécies são mencionadas como ocorrendo num determinado estado pela Lista do Brasil (2014), mas que não têm nenhum registro de ocorrência para aquele estado na rede speciesLink. Na figura acima podemos observar que 14 espécies de Euphorbiaceae (listadas a esquerda) ocorrem no Maranhão de acordo com a Lista do Brasil, mas não têm registros de coleta no speciesLink como apontado na tabela do lado direito.

Para cada espécie, o sistema checa se existe algum modelo do seu nicho ecológico disponível no BioGeo e integra essa informação ao relatório online. A página oferece links dinâmicos aos serviços da Lista de Espécies da Flora do Brasil, à rede speciesLink e ao BioGeo. O acesso dinâmico à rede speciesLink permite avaliar o status atual dos dados online.

O Lacunas 2.0 traz uma tabela comparando a informações sobre a ocorrência de espécies da Lista do Brasil e da rede speciesLink. As células em amarelo indicam que segundo a Lista da Flora a espécie nao ocorre naquele estado (nesse caso Bahia), mas existem registros de coleta no speciesLink em tal estado. Além disso, os mapas são clicáveis, e direcionam o usuário paro o respectivo sistema de onde a informação é proveniente. 

O acesso à pagina do BioGeo permite com que o usuário veja quantos pontos e quais algoritmos foram utilizados na modelagem, sendo possível analisar cada ponto de ocorrência em relação aos dados textuais fornecidos pela coleção, bem como em relação à precisão de suas coordenadas geográficas. Além disso é possível visualizar o modelo com os pontos utilizados em sua geração plotados sobre ele, e também nesse mesmo mapa ter informações sobre a procedência dos pontos.

Acessando o sistema BioGeo o usuário tem informações detalhadas sobre os modelos disponíveis no Lacunas 2.0, incluindo número de pontos utilizados na modelagem, precisão das coordenadas de tais pontos além de ferramentas de visualização do modelo.

O sistema está disponível online de acesso livre e aberto para todos os usuários interessados. Estão também disponíveis online os relatórios anteriores, desde setembro de 2012.


Coleção de fungos do Herbário PACA é integrada ao INCT-Herbário Virtual

O herbário PACA abriga a maior parte das coletas de fungos feitas pelo Padre Rick, pioneiro da micologia no Brasil. Mais de 11.000 registros já estão disponíveis online, com cerca de 300 imagens dos espécimes-tipo. Uma breve contextualização da contribuição do Padre Rick para a micologia no país, o processo de integração e as atividades desenvolvidas durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA são relatados a seguir.

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O Herbário PACA abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Depois da visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA em setembro passado, deu-se início à integração do acervo do herbário à rede speciesLink, começando pela coleção de fungos. O processo de informatização foi iniciado com a digitalização do caderno de tombo em um banco de dados no programa Access e agora a coleção já se encontra disponível online com acesso aberto e livre a mais de 11.000 espécimes de fungos, incluindo imagens sobre cerca de 300 tipos. A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos, sendo considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil.

Padre João Evangelista Rick (1869-1946)

Pioneiro da micologia no Brasil, o Padre Rick iniciou os estudos sobre fungos em 1896 ainda em sua terra natal, a Áustria. Sua vinda para o Brasil foi motivada antes de tudo pelo interesse na pesquisa com fungos e, depois de estudar português durante cerca de um ano em Portugal, aportou em solo brasileiro em 1903 com um microscópio e alguma literatura, incluindo obras de Saccardo, Fries, Rehm, Bresadola, Cooke e Müller. Dentre outras atividades, tornou-se professor de história natural em São Leopoldo (RS) e gerou um legado inestimável para o desenvolvimento da micologia na América do Sul. Segundo uma compilação feita por ele próprio, registrou 2.160 espécies e variedades de fungos pertencentes a 225 gêneros e 25 famílias, das quais 23 gêneros, 633 espécies e 145 variedades foram descritas como novas para a ciência. Em cerca de meio século de pesquisas, publicou 71 trabalhos, somando 1.226 páginas e mais de 47 pranchas.

Exsicatas de fungos com coletas do Pe. Rick depositadas no PACA.
Exsicatas de fungos depositadas no PACA.
 

Em contato com os melhores especialistas da época, com destaque para Bresadola e Lloyd, Rick fortaleceu sua formação micológica com base em parcerias internacionais. Durante muitos anos, enviou espécimes para a Europa e os Estados Unidos, de modo que muitos exemplares importantes estão depositados em Washington, Berlim, Estocolmo, Paris e Londres. Entretanto, a partir de 1929 começou a conservar as coletas de fungos no Brasil e, durante cerca de 20 anos de atividade, acumulou aproximadamente 13.000 espécimes que hoje compõem a coleção Fungi Rickiani, integrada em sua maior parte ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.
Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Um gigante de quase 2 metros de altura, o Pe. Rick era ao mesmo tempo admirado e incompreendido. Silencioso, passava dias coletando fungos nas florestas por onde andava, nas imediações dos colégios e casas paroquiais de colonização alemã. Rick costumava dizer que o mato era seu herbário e, segundo o Pe. Rambo que fora seu discípulo, a organização não era exatamente seu ponto forte. "Costumava deixar sempre à disposição dele algumas mesas compridas, o mais distante possível da minha própria mesa de trabalho, mas já no primeiro dia suas mesas estavam ocupadas com fungos e livros. No segundo dia começava a invasão da minha mesa. Não havendo mais lugar nela, o processo continuava contente e feliz pelo assoalho, até não sobrar nenhuma nesga desocupada", relatou Rambo. Foi ele próprio que, dois anos antes do falecimento de Rick, passou 6 meses organizando a coleção de fungos, catalogando os registros e acomodando os espécimes em envelopes de papel padronizados e guardados em armários à prova de insetos. Rick faleceu com 77 anos no Colégio Santo Inácio em Salvador do Sul em 1946, deixando um legado que abriu caminho para o desenvolvimento da Micologia no Brasil.

Padre João Evangelista Rick. Retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.

Informatização e integração ao Herbário Virtual

Poucos anos antes de nos deixar, o Pe. Rick concluiu que "o que realizamos em benefício da pesquisa dos fungos no Brasil, somente o distante futuro irá reconhecer, no momento em que o povo brasileiro tiver mais consciência do dever que tem para com a cultura. Quero que minha coleção esteja disponível para qualquer um que pretenda trabalhar com seriedade". A contribuição do Pe. Balduíno Rambo foi imprescindível para a organização da coleção de Rick, mas desde então um extenso trabalho de curadoria foi necessário para manter, organizar, informatizar e disponibilizar o acervo. Destaque deve ser dado à atual curadora, Dra. Maria Salete Marchioretto, que desde 1993 vem coordenando essas atividades no herbário PACA. Os dados estavam estruturados em um banco de dados no programa Access e a integração com a rede speciesLink foi realizada com suporte da equipe do CRIA. Dentre os 11.300 espécimes de fungos, cerca de 8.200 (>70%) são referentes a coletas feitas pelo próprio Pe. Rick. Diversos outros pesquisadores contribuíram também para a formação do acervo, como o Pe. Camille Torrend. As coletas foram realizadas principalmente na região Sul do país, estando repleta de espécimes-tipo. As coletas dos espécimes apresentam um pico de atividades na primeira metade do século XX e nos últimos 10 anos grande parte desses materiais foi reexaminada por pesquisadores que revisaram as identificações.

Atividades desenvolvidas durante a visita

Durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA foi realizada uma palestra sobre sistemas de informação aplicados ao estudo da biodiversidade no Brasil e um minicurso sobre integração de dados e ferramentas no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A nova bolsista do herbário PACA, Pâmela Corrêa, participou das atividades e vem ajudando a cuidar do acervo. A experiência com a coleção de fungos serviu de base para a integração do herbário PACA ao INCT-Herbário Virtual e em breve a coleção de angiospermas do Pe. Balduíno Rambo e de pteridófitas e briófitas do Pe. Aloysio Sehnem serão incorporadas à rede speciesLink.

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Dra. Maria Salete Marchioretto, Ricardo Braga-Neto e participantes do minicurso realizado na Unisinos em São Leopoldo.

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Saiba mais!

5 de nov de 2014

Herbários M e MSB (Munique) integram dados de espécimes coletados no Brasil com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Os herbários da Botanische Staatssammlung München (M) e da Universidade de Munique (MSB) estão compartilhando 5.409 registros, sendo 1.546 typus e 4.508 com imagens de amostras coletadas no Brasil com o Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

A Botanische Staatssammlung München (M) em Munique (Fotos: www.botanischestaatssammlung.de).

Os herbários M e MSB são mantidos juntos e historicamente formam uma entidade. Abrigam cerca de 3,2 milhões de espécimes de plantas,  líquens e fungos coletados em todo o mundo, mas seu acervo é particularmente representativo para a flora da Baviera e dos Alpes, para as plantas vasculares do Brasil, Chile, Ásia Central e partes da África. M é responsável por praticamente todo o material brasileiro devido ao seu antigo diretor Carl Friedrich Philipp von Martius (17 Abril 1794 – 13 Dezembro 1868).

Em outubro de 2014, 5.409 registros textuais e imagens associadas de amostras coletadas no Brasil foram repatriadas e integradas ao INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A maior parte dessas amostras foi coletada no século 19 e início do século 20. O acervo inclui material coletado por Martius (3.767 amostras), Pohl (422), Spruce (250), Sellow (166), Luetzelburg (157), Riedl (114), Krukoff (49), Blanchet (34) e muitos outros.

Mais de 1.500 amostras referem-se a tipos, incluindo 361 holótipos, 292 isótipos e 327 síntipos.



Catálogo online dos holótipos do Brasil do herbário M no Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Acesse o acervo M do Brasil em http://www.splink.org.br/index?lang=pt&group=plantas&ts_collectioncode=M&action=search





Saiba mais! 

The herbaria M and MSB (Munich, Germany) integrate their data of specimens collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi

The herbaria of the Botanische Staatssammlung München (M) and the University of Munich (MSB) are sharing 5.409 records, 1.546 typus and 5.408 images of specimens collected in Brazil and under their care with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi.


The Botanische Staatssammlung München (M and MSB). Images from: www.botanischestaatssammlung.de

The herbaria M and MSB have long been intercalated and historically belong together. They hold about 3.2 million specimens of plants, lichens, and fungi from around the world, although their collections are particularly representative for the flora of Bavaria and the Alps, vascular plants of Brazil, Chile, Middle Asia and parts of Africa. Practically all material from Brazil is under the responsibility of M, because of its former director Carl Friedrich Philipp von Martius (17 April 1794 – 13 December 1868).

In October 2014, 5,409 textual records and associated images of specimens collected in Brazil were repatriated and became part of Brazil’s Virtual Herbarium of Flora and Fungi. Most samples were collected during the 19th and early 20th centuries and include material collected by Martius (3,767 samples), Pohl (422), Spruce (250), Sellow (166), Luetzelburg (157), Riedl (114), Krukoff (49), Blanchet (34), and many others.

Over 1,500 samples refer to types, including 361 holotypes, 292 isotypes, and 327 syntypes.


M’s online catalogue of holotypes from Brazil

Check out M’s collection of Brazilian plants at http://www.splink.org.br/index?lang=pt&group=plantas&ts_collectioncode=M&action=search







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