21 de set de 2015

Além dos limites da Academia: a importância dos herbários virtuais para o amplo conhecimento da flora do Brasil

Texto: Maurício Mercadante


Há pouco mais de cinco anos decidi dedicar meu tempo livre à documentação fotográfica da flora do Cerrado, com o propósito de contribuir para o conhecimento e a conservação do bioma. Ao mesmo tempo, comecei a estudar a literatura botânica e montar uma biblioteca de referência, em papel e digital, para conhecer e identificar, com a ajuda dos especialistas, as espécies fotografadas. Não é uma tarefa fácil. Há uma grande carência de bons guias de plantas no Brasil, embora a situação tenha melhorado muito nos últimos anos.

Com o tempo venho aumentando o acervo de obras de referência, meu grau de conhecimento e minha habilidade para identificar as plantas. Dentre todos os recursos de apoio descobertos, aquele que teve maior impacto sobre minha capacidade de trabalho foi, indubitavelmente, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Minha curta vida de botânico amador ou autodidata pode ser dividida em antes e depois do speciesLink. Os herbários virtuais me franquearam o acesso a um enorme volume de informação que estaria, de outro modo, inacessível, e multiplicaram várias vezes minha capacidade para ler a literatura botânica e conhecer a flora do Cerrado e do Brasil. O primeiro impacto foi causado pelas imagens digitais, mas logo descobri que igualmente valiosas são as informações sobre localização e sobre as plantas coletadas que constam dos registros das amostras depositadas nos herbários.

A capacidade para conhecer aumenta muito também quando se pode dispor de boas fotografias das espécies. Minha limitada experiência sugere que há um grande volume de informação fotográfica acumulado pela comunidade botânica, que aumenta rapidamente graças às facilidades da fotografia digital (para constatar isso basta visitar as sessões de pôsteres dos Congressos de Botânica).  Boa parte dessa informação, todavia, não está disponível ou é de difícil acesso, o que dá quase no mesmo. Cabe perguntar: porque os bancos de dados sobre flora no Brasil não estão sendo massivamente alimentados com fotografias das espécies?

Em fevereiro deste ano recebi o surpreendente e honroso convite para criar uma fototeca no speciesLink. Agradeço ao CRIA a oportunidade, que para mim representa o maior prêmio que eu poderia almejar, na condição de modesto fotógrafo da flora brasileira com objetivos científicos e conservacionistas. A Fototeca Maurício Mercadante, FMM, hoje disponibiliza 3664 fotos em alta resolução, em 1645 registros, de 634 espécies, em 94 famílias. Uma gota no oceano da diversidade brasileira. Mas que pode representar, quero crer, uma contribuição relevante para a construção coletiva da Fototeca da Flora do Brasil.

16 de set de 2015

O PROJETO REFLORA É ENCERRADO COM MUITO ÊXITO!

Texto: Equipe REFLORA – Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF)


Na ocasião em que é concluído o projeto REFLORA associado ao INCT-HVFF, queremos compartilhar alguns resultados do sistema de informação.




Figura 1. Dados Repatriados Plotados em um Mapa

No início do projeto havia 4 conjuntos de dados repatriados: herbários de Nova Iorque, Missouri, Smithsonian e Paris (apenas registros do acervo de Saint-Hilaire). Hoje são 13 conjuntos de dados que incluem, além dos já citados, os herbários de Edimburgo, Field Museum, Genebra (2 acervos), Hamburgo, Munique, British Museum, Paris (dados do acervo de Glaziou) e Solanaceae Source (liderado pelo Museu de História Natural de Londres).

Dados repatriados:
  • são mais de 710 mil registros que representam 13% do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
  • são mais de 31mil espécies distintas (nomes aceitos), ou seja, 67% das espécies citadas na Lista de Espécies da Flora do Brasil fazem parte do acervo repatriado.
  • 31% dos dados são da região Norte, o que significa que 26% dos dados da região Norte no INCT-HVFF são repatriados
  • 260 mil registros têm data de coleta anterior a 1971. Quase 100 mil registros repatriados não têm data de coleta, mas a grande maioria tem como coletores Saint-Hilaire, Glaziou, Martius, Sellow, Riedel, Gardner, Pohl, Krukoff, Blanchet, Spruce e muitos outros naturalistas e botânicos dos séculos passados. Então cerca de 50% dos dados repatriados provavelmente não têm duplicatas em herbários brasileiros.
  •  Analisando a origem dos dados das espécies com até 5 registros no INCT-HVFF, 30% desses dados vêm de acervos repatriados. Espécies com poucos registros podem ser raras, endêmicas, pouco coletadas ou com dados ainda não integrados à rede.
  • Também foram integrados os dados do projeto Reflora da Profa. Carolyn Elinore Barnes Proença - Herbário Virtual Flora Brasiliensis (94 mil registros)
Imagens

Figura 2. Serviço on-line para comparar imagens


O projeto tinha como meta integrar 50 mil imagens. O sistema hoje armazena mais de um milhão de imagens, incluindo as 3.828 pranchas e 10.215 páginas da obra Flora Brasiliensis.

Do total de imagens armazenadas, 985.577 estão associadas a registros das coleções e estão assim qualificadas:
  • Voucher: 659.101
  • Material Vivo: 14.550
  • Pólen: 2.153
  • Etiquetas: 307.040
  • Flora Brasiliensis: 2.733

O INCT-HVFF disponibiliza 637.227 registros com imagens (~156 mil do material repatriado), o que representa cerca de 12% dos registros on-line – pouco mais de 5,4 milhões. Em 2015, até o dia 08 de setembro, através da interface de busca do herbário virtual foram visualizadas mais de 2,3 milhões de imagens. Já superamos o uso do ano de 2014. Aqui não está sendo computado o uso do serviço de imagens Exsiccatae pela Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Com relação aos comentários/anotações feitas por usuários sobre os registros e enviados aos curadores para melhorar a qualidade dos dados, 76% referem-se ao nome científico, 11% à identificação da espécie, 9% aos dados geográficos e 4% a outros assuntos. Isso mostra que o Herbário Virtual é também uma plataforma de colaboração e de apoio à e-taxonomia (ou cyber taxonomy).

Ainda no escopo do projeto Reflora foi recuperado parte do acervo do Prof. Augusto Chaves Batista. São 568 artigos publicados no Boletim do Instituto de Micologia da Universidade Federal de Pernambuco e mais 23 artigos de outras fontes que foram digitalizados e se encontram disponíveis na página http://batista.fungibrasil.net

Figura 3. Publicações online de Augusto Chaves Batista


Também foi estruturada uma Exposição Permanente sobre o projeto. Funciona em uma sala do Centro de Ciências Biológicas da UFPE e recebe estudantes de todos os níveis, além de pesquisadores e demais interessados. No âmbito do projeto foram realizadas ainda diversas visitas para treinamento de técnicos e curadores e desenvolvidos mais aplicativos de data cleaning.

Figura 4. Sala de visitação pública na UFPE

Tudo isso é resultado do projeto INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, com a fantástica rede social criada e graças ao apoio financeiro do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

4 de set de 2015

COLEÇÕES DE PEIXES NA REDE SPECIESLINK

Apesar do CRIA não ter nenhum projeto de apoio a esse grupo taxonômico, o número de registros compartilhados através da rede speciesLink tem evoluído ao longo do tempo. Hoje são 17 coleções biológicas dos estados do Amazonas, Espírito Santo, Mato Grosso, Paraná, Pará, Piauí, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul, São Paulo e Tocantins, o levantamento para a construção do Zoneamento Ecológico Econômico do Estado do Acre (2006) e os dados da coleção de peixes do Departamento de Ictiologia da Academia de Ciências Naturais da Filadélfia (ANSP).

A coleção ANSP foi a primeira coleção do exterior a contatar o CRIA espontaneamente para integrar seus dados à rede speciesLink. Isso sem dúvida é muito gratificante e resulta não só do trabalho de manutenção e desenvolvimento contínuo da rede, mas também pelo trabalho desenvolvido pelas coleções brasileiras com a catalogação de novos espécimes, melhoria da qualidade dos dados e atualização dos dados on-line. O resultado é que mais de 70% das coleções de peixes do Brasil atualizaram seus dados nos últimos 12 meses. Essas ações conjuntas é que tornam a rede speciesLink uma vitrine para o mundo.

A princípio, a coleção ANSP iria compartilhar apenas os dados de amostras coletadas no Brasil. Trata-se de aproximadamente 60.000 espécimes (7.733 lotes) a maioria de peixes de água doce, incluindo coleções de importância histórica (p.e., 1881-1882 Expedição de Herbert Huntingdon Smith) e expedições financiadas pela US National Science Foundation (p.e., 1993-1996 Projeto Calhamazon e 2012-2014 Projeto iXingu, NSF DEB-1257813). No entanto, dada a importância do acervo - o departamento é considerado um dos 5 centros de ictiologia mais importantes da América do Norte - todo o acervo digital foi integrado à rede, um total de cerca de 146 mil registros.


Também, graças ao apoio do CNPq para o desenvolvimento do servidor de imagens e serviços associados por meio do projeto de um dos Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia do país, o Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, foram associadas imagens a alguns registros do acervo para testes.



Acreditamos que o compartilhamento de imagens deverá ser um próximo passo dessa rede, mas necessita de financiamento adequado.

O resultado é que a rede speciesLink hoje disponibiliza pouco mais de 446 mil registros de peixes, todos de acesso livre e aberto, com cerca de 290 mil registros de espécimes coletados no Brasil.



São 10.367 espécies distintas (nomes aceitos utilizando como referência o Catálogo da Vida - http://www.catalogueoflife.org), mais de 28 mil registros de tipos e 1.826 registros de espécies ameaçadas de extinção.

Esperamos que o compartilhamento aberto dos dados desses acervos tão importantes fomente a pesquisa científica e a formação de recursos humanos, além de subsidiar a elaboração de políticas públicas. Esperamos também que a importância das coleções biológicas seja cada vez mais reconhecida e que esse reconhecimento seja traduzido em apoio para a sua manutenção, aprimoramento e crescimento contínuos.