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30 de nov. de 2014

Lacunas 2.0: integrando informações para expor lacunas no conhecimento

Nova versão do sistema Lacunas 2.0 exibe lacunas geográficas no conhecimento da flora e da micota no Brasil e integra modelos de distribuição potencial das espécies disponíveis no sistema BioGeo.

Texto - Dora Ann Lange Canhos, Mariane S. Sousa-Baena


Página inicial do sistema Lacunas.


O sistema Lacunas, lançado em junho de 2012, foi desenvolvido com o objetivo de identificar grupos prioritários para coletas, digitação e/ou georreferenciamento dos dados. O desenvolvimento da nova versão, Lacunas 2.0, teve por motivação exibir com maior clareza as lacunas geográficas e integrar os modelos de distribuição potencial das espécies, preparados por especialistas e disponíveis no sistema BioGeo (http://BioGeo.inct.florabrasil.net).

O sistema Lacunas 2.0 tem como fontes de dados:

  • Herbário Virtual da Flora e dos Fungos/rede speciesLink 
  • Lista de Espécies da Flora do Brasil (Lista do Brasil), edição 2014 
  • Instrução Normativa MMA nº 06 de 23 de setembro de 2008 
  • Revisão da Lista da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, Fundação Biodiversitas, 2005 
  • Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (acesso dinâmico) 


Diagrama da versão 2.0 do sistema Lacunas.

Os relatórios continuam sendo produzidos de maneira dinâmica, dependendo dos filtros selecionados pelo usuário (detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html) . Além dos itens apresentados no relatório Lacunas 1.0, para os grandes grupos, famílias e gêneros, agora é também apresentada uma tabela comparando a distribuição geográfica por estado de acordo com informações da Lista de Espécies da Flora do Brasil, com os dados textuais da rede speciesLink.

No relatório por grandes grupos ou família é apresentada uma tabela sumarizando quantas espécies são mencionadas como ocorrendo num determinado estado pela Lista do Brasil (2014), mas que não têm nenhum registro de ocorrência para aquele estado na rede speciesLink. Na figura acima podemos observar que 14 espécies de Euphorbiaceae (listadas a esquerda) ocorrem no Maranhão de acordo com a Lista do Brasil, mas não têm registros de coleta no speciesLink como apontado na tabela do lado direito.

Para cada espécie, o sistema checa se existe algum modelo do seu nicho ecológico disponível no BioGeo e integra essa informação ao relatório online. A página oferece links dinâmicos aos serviços da Lista de Espécies da Flora do Brasil, à rede speciesLink e ao BioGeo. O acesso dinâmico à rede speciesLink permite avaliar o status atual dos dados online.

O Lacunas 2.0 traz uma tabela comparando a informações sobre a ocorrência de espécies da Lista do Brasil e da rede speciesLink. As células em amarelo indicam que segundo a Lista da Flora a espécie nao ocorre naquele estado (nesse caso Bahia), mas existem registros de coleta no speciesLink em tal estado. Além disso, os mapas são clicáveis, e direcionam o usuário paro o respectivo sistema de onde a informação é proveniente. 

O acesso à pagina do BioGeo permite com que o usuário veja quantos pontos e quais algoritmos foram utilizados na modelagem, sendo possível analisar cada ponto de ocorrência em relação aos dados textuais fornecidos pela coleção, bem como em relação à precisão de suas coordenadas geográficas. Além disso é possível visualizar o modelo com os pontos utilizados em sua geração plotados sobre ele, e também nesse mesmo mapa ter informações sobre a procedência dos pontos.

Acessando o sistema BioGeo o usuário tem informações detalhadas sobre os modelos disponíveis no Lacunas 2.0, incluindo número de pontos utilizados na modelagem, precisão das coordenadas de tais pontos além de ferramentas de visualização do modelo.

O sistema está disponível online de acesso livre e aberto para todos os usuários interessados. Estão também disponíveis online os relatórios anteriores, desde setembro de 2012.


29 de jul. de 2014

Novas funcionalidades do sistema Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil

O sistema Lacunas (lacunas.inct.florabrasil.net) foi atualizado. Além da informação sobre o status dos dados de determinada espécie, gênero, família ou outro grupo taxonômico, agora também é possível avaliar a evolução qualitativa do Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, uma vez que os relatórios anteriores também estão disponíveis online.

FIGURA 1. SCREENSHOT DO WEBSITE DO SISTEMA LACUNAS DE CONHECIMENTO DA FLORA E DOS FUNGOS DO BRASIL. A SETA VERMELHA APONTA O MENU ONDE SE PODE ESCOLHER DIFERENTES VERSÕES DO RELATÓRIO.

O sistema Lacunas foi desenvolvido integrando dados e informações da rede speciesLink, da Lista de Espécies da Flora do Brasil (ed. 2012), da Instrução Normativa MMA no. 06 e da Lista de Espécies Ameaçadas de Extinção da Fundação Biodiversitas e produzindo relatórios sobre o status da informação disponível online (Fig. 2).

FIGURA 2. DIAGRAMA ILUSTRANDO COMO O RELATÓRIO LACUNAS É GERADO.
Os dados de ocorrência de plantas da rede speciesLink, a Lista da Biodiversitas e os Anexos I e II da Instrução Normativa MMA no. 06 são filtrados pela Lista de espécies da flora do Brasil, edição 2012, isto é, apenas registros com nomes de espécies presentes na Lista são considerados na preparação do relatório (mais detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html).

Assim, por um lado tem-se uma rede de herbários altamente dinâmica que apresenta uma média de duas atualizações por mês por provedor e por outro lado tem-se o sistema Lacunas que demanda tempo de processamento, o que inviabiliza que seja disponibilizado de forma dinâmica, em tempo real. Como um dos objetivos do sistema é facilitar a identificação de lacunas de dados online e dessa forma contribuir para a definição de estratégias de pesquisa e fomento, foi definido um intervalo de seis meses para a produção de novas versões do relatório. Assim, quando se faz uma busca no sistema Lacunas, o resultado obtido traz os registros que estavam disponíveis na rede speciesLink na data em que o relatório foi gerado (mais detalhes em Canhos et al. 2013).

O primeiro relatório data de setembro de 2012, utilizando a versão dinâmica da Lista de Espécies da Flora do Brasil. A partir de janeiro de 2013 os relatórios foram gerados utilizando a Lista de Espécies da Flora do Brasil edição 2012 como base, que apresenta 4.222 espécies de Algas, 31.900 Angiospermas, 1.531 Briófitas, 4.557 Fungos, 26 Gimnospermas e 1.212 Pteridófitas, totalizando 43.448 nomes aceitos de espécies.

Comparando os resultados do relatório Lacunas de janeiro de 2013 com o de julho de 2014, utilizando como filtros a seleção de nomes aceitos e seus sinônimos, a comparação fonética dos nomes e a inclusão de registros com ou sem coordenadas geográficas (ou seja, os critérios que procuram recuperar o maior número possível de registros), tem-se que mais de 1.600 espécies, anteriormente sem nenhum registro, passaram a ter dados online. Em termos percentuais o número de espécies sem registros caiu de 19% (8.176 de um total de 43.448) para 15%.

Analisando os dados considerando registros com coordenadas geográficas consistentes e distintas, incluindo sinônimos e realizando a comparação fonética dos nomes, tem-se que mais de 2.500 espécies, antes sem nenhum registro com coordenadas consistentes, passaram a ter pelo menos um ponto de ocorrência online, com coordenadas consistentes. Em termos percentuais o número de espécies sem registros com coordenadas geográficas consistentes caiu de 26% (11.188) para 20% (8.684). Além disso, o número de espécies com mais de 20 pontos com coordenadas consistentes e distintas, para as quais bons modelos de nicho ecológico podem ser gerados, aumentou em 5%. Trata-se, portanto, de uma avaliação qualitativa dos avanços na disponibilização de dados de herbários online.

Referências
Canhos, D. A. L., Sousa-Baena, M. S., Souza, S., Garcia, L. C., De Giovanni, R., Maia, L. C., & Bonacelli, M. B. M. (2014). Lacunas: a web interface to identify plant knowledge gaps to support informed decision-making. Biodiversity and conservation 23(1): 109-131.

19 de nov. de 2013

Conhecimento digital acessível e prioridades para o inventário de plantas no Brasil

Artigo publicado na revista Diversity and Distributions usa dados primários de biodiversidade disponíveis na internet para avaliar lacunas de conhecimento da flora do Brasil, considerando efeitos geográficos e ambientais sobre os padrões de distribuição.


Estima-se que o Brasil abriga cerca de 20% da diversidade mundial de angiospermas, possuindo a flora mais rica e endêmica dos Neotrópicos. Embora os estudos botânicos tenham iniciado há mais de um século, apenas uma parte do território nacional foi amostrada. Até pouco tempo atrás era inviável fazer uma avaliação quantitativa do esforço de coletas reunindo informações da maior parte dos herbários, pois os dados não estavam disponíveis em uma base consolidada. Entretanto, a integração e a disponibilização aberta desses dados na internet por meio da rede speciesLink tornou possível avaliar a representatividade geográfica, ambiental e taxonômica das coletas no país. A rede speciesLink constitui a base do sistema de informação que alimenta o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, contribuindo para integrar dados de herbários nacionais e do exterior.

Os resultados foram publicados recentemente na revista Diversity and Distributions por Mariane S. Sousa-Baena, Letícia C. Garcia e A. Townsend Peterson. "O objetivo foi utilizar os dados disponíveis para revelar os espaços geográficos onde estão as maiores lacunas de conhecimento, uma informação que pode ajudar a orientar a realização de novas coletas e também a elaboração de planos para a conservação da flora", explica Mariane.


A distribuição espacial da densidade de coleta de angiospermas indica uma concentração na região costeira (a) e uma tendência à agregação em torno de cidades e estradas (b).


Representatividade das coletas
No estudo, foram utilizados dados de cerca de 1,7 milhões de espécimes distribuídos em 88 herbários (83 do Brasil e 5 do exterior). As informações geográficas provêm de coordenadas originais informadas pela coleção ou derivadas do centróide do município (via aplicativo). Além da projeção bruta dos pontos de coleta, diferentes escalas espaciais foram utilizadas para analisar os padrões, incluindo divisões políticas estaduais, ecorregiões e píxeis com resolução espacial de 1o, 1/2o e 1/10o.

Para avaliar quão representativas são as coletas de angiospermas no Brasil, os autores utilizaram uma medida de completude (completeness) e com base no conhecimento de espécies observadas foi estimado o número esperado de espécies para cada píxel, estado ou ecorregião. Áreas com baixa completude têm maior chance de abrigar novos registros de espécies já descritas ou espécies novas, e portanto devem ser tratadas como prioridade para novos esforços de coleta. No mapa abaixo é possível perceber que poucos locais são bem conhecidos floristicamente, de forma que a maioria possui poucas ou até mesmo nenhuma amostra. Embora o mapa com píxeis mais extensos (1o) indique uma completude do inventário maior no Brasil como um todo, em uma escala mais fina (1/10o) é possível observar que na realidade píxeis bem amostrados estão restritos a alguns locais pontuais, separados por grandes lacunas de conhecimento.

Padrões geográficos da completude dos inventários florísticos no Brasil para diferentes resoluções espaciais. Cores quentes indicam altos valores de completude e frias valores baixos.


Incorporando informações ambientais
O estudo procura aprimorar a visão da distribuição espacial dos registros com informações sobre a variação ambiental, baseadas em informações climáticas, levando em conta a distância geográfica das lacunas de sítios bem conhecidos. Integrando todas estas informações foi possível identificar se as lacunas de amostragem eram climaticamente semelhantes ou distintas, e/ou geograficamente próximas ou distantes de sítios bem conhecidos. A taxa de variação nas condições ambientais é importante, pois áreas relativamente uniformes podem ser caracterizadas floristicamente por amostragens mais esparsas, enquanto áreas com maior variação nas condições ambientais requerem uma amostragem mais intensa. As quatro principais lacunas de amostragem reveladas indica a região da cabeça do cachorro no noroeste da Amazônia, a região da Serra do Tumucumaque no Amapá, uma ampla região no arco do desmatamento entre o Pará e o Mato Grosso, além de uma região de campos a oeste do Rio Grande do Sul.

Representação da variação climática no Brasil para píxeis de 1/2 grau (a), distância geográfica de sítios bem conhecidos (b) e de áreas geograficamente distantes e ambientalmente distintas daquelas de sítios bem conhecidos (c). Cores frias indicam distâncias menores, cores quentes distâncias maiores e píxeis pretos indicam sítios bem conhecidos floristicamente. A sobreposição do mapa 'c' com o mapa de uso da terra permite diferenciar áreas com cobertura natural (escuras) de áreas com forte alteração (claras) em (d), (e) e (f).

Algumas das lacunas identificadas estão localizadas em regiões de intensa pressão de conversão de terras que precisam de ser investigadas antes que desapareçam. A região Sudeste possui apenas pequenos fragmentos florestais isolados, e regiões no sul do Pará sofrem pressões de desmatamento ao longo da rodovia BR-163, onde inclusive existe uma lei (LEI Nº 12.678, DE 25 DE JUNHO DE 2012) que diminuiu e modificou o limite de diversos parques da região por pressões de mineradoras e hidrelétricas. Sem conhecer a flora, é impossível sabermos qual é a perda de espécies que o desmatamento contínuo poderá causar.

Perspectivas
Não existe consenso sobre quantas espécies de plantas existem no Brasil, mas as estimativas variam entre 40 e 50 mil espécies. De acordo com a Lista de Espécies da Flora do Brasil (2013), existem 32.000 espécies de angiospermas reconhecidas para o país. A flora da região Sudeste e Nordeste são melhor conhecidas, pois abriga a maior parte dos institutos de pesquisa e recursos humanos especializados, mas mesmo essas regiões têm importantes lacunas de conhecimento taxonômico quando se considera uma escala mais fina. A Amazônia permanece como a região mais desconhecida: cerca de 40% da área nunca foi amostrada e o conhecimento existente está concentrado em alguns sítios. Entretanto, regiões importantes no estado do Tocantins e o oeste do Mato Grosso também abrigam potencialmente muitas espécies desconhecidas.

O estudo ilustra o potencial de utilização de dados primários da biodiversidade integrados e compartilhados abertamente na internet para a pesquisa científica e para a definição de políticas de conservação no país. Ainda que uma parte dos dados existentes para o Brasil não esteja disponível online (por estarem em fase de digitação ou em herbários que ainda não estão compartilhando seus dados) e que seja necessário trabalhar a qualidade dos dados disponíveis na rede, eles já são um importante subsídio para o planejamento da conservação e para orientar a realização de novas coletas. Dessa forma, as expedições de campo podem se concentrar em áreas prioritárias, maximizando o retorno do investimento nos estudos da biodiversidade da nossa flora.


http://inct.florabrasil.net/


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19 de jun. de 2013

Lacunas: como mapear a ocorrência de espécies e identificar áreas pouco amostradas?

Sistema online permite a visualização de mapas de ocorrência de espécies de plantas e fungos do Brasil, além de agregar informações sobre o status dos dados sobre os espécimes disponíveis online, endemismos e o status de conservação das espécies.


O sistema Lacunas foi concebido pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) para prover uma ferramenta dinâmica para que os especialistas possam analisar o ‘status do conhecimento online’ sobre espécies da flora brasileira, facilmente identificando as espécies endêmicas, ameaçadas de extinção e suas distribuições geográficas, podendo identificar áreas subamostradas ou acervos que ainda não integraram seus dados online. A partir de uma interface web é possível produzir relatórios integrando registros de ocorrência de espécies de plantas e fungos disponíveis no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos com o conhecimento taxonômico da Lista de Espécies da Flora do Brasil (edição 2012) mais o status de conservação da espécie com base nas listas de espécies ameaçadas de extinção do MMA e da Fundação Biodiversitas. O Lacunas é uma ferramenta importante para a definição de estratégias para novas coletas priorizando espécies e/ou áreas não amostradas, além de identificar grupos taxonômicos para a digitação/digitalização dos dados.

Melocactus violaceus Pfeiff. depositado no Herbário da Reserva Natural Vale - CVRD 13441, LINHARES, ES, BRASIL, 05/09/2011. [lat: -19.137121 long: -39.888076 WGS84]. É considerada uma espécie 'Deficiente em Dados' pela Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA).


Funcionamento do Lacunas
O sistema conta com filtros taxonômicos e de georeferenciamento. Desta maneira é possível, por exemplo, fazer a busca por uma dada espécie, considerando seu nome aceito e sinônimos, e apenas registros georeferenciados. O filtro taxonômico começa com as seguintes opções: algas, angiospermas, briófitas (subdivididas em antóceros, hepáticas e musgos), fungos (com as opções lato senso e stricto senso), gimnospermas e pteridófitas. A partir da escolha inicial do grupo, novos filtros são apresentados ao usuário possibilitando o refinamento da busca, chegando até o nível de espécie. A importância das coordenadas geográficas de cada espécime depositado nos herbários é enorme, pois em última análise determinam a qualidade e quantidade dos pontos de ocorrência das espécies, informações essencias para modelar a distribuição potencial das espécies com base em seu nicho ecológico. O sistema agrupa as espécies em 4 categorias:

(I) sem registros no Herbário Virtual
(II) com 1 - 5 registros
(III) com 6 - 20
(IV) com >20 registros

Esta divisão visa indicar rapidamente se as espécies possuem um número suficiente de registros para produzirem modelos de distribuição geográfica com uso potencial para processos de tomada de decisão. Em geral, assume-se ser necessário mais de 20 pontos de ocorrência com coordenadas consistentes e distintas para produzir um bom modelo. Para espécies com até 5 pontos obtém-se um modelo exploratório e de 6 a 20 pontos um modelo preliminar. Até o nível de gênero o relatório produz um gráfico mostrando quantas espécies estão em cada categoria de número de registros.

Exemplo da interface do Lacunas analisando informações disponíveis para o gênero Melocactus, Cactaceae. Na coluna da esquerda estão listadas as espécies do gênero agrupadas pelos números de pontos de ocorrência disponíveis, incluindo o status de conservação (clique para ampliar).

A base primária de dados do Lacunas provém da rede speciesLink (http://www.splink.org.br/) e para cada espécie o sistema apresenta mapas de distribuição baseados em dados obtidos em tempo real, checados pelos nomes validados por especialistas na Lista de Espécies da Flora do Brasil (2012). O usuário tem a opção de selecionar apenas os nomes aceitos ou de incluir sinônimos, fazer uma busca exata ou fonética, e ainda escolher o tipo e a qualidade das coordenadas geográficas associadas a cada registro. Quando uma espécie é selecionada, surgem informações associadas, como informações oficiais sobre o status de conservação, endemismo, um mapa contendo os pontos de ocorrência, os estados brasileiros onde ocorre, número de registros de coleta por ano e os provedores dos dados, dentre outras informações.

Informações para Melocactus violaceus (Cactaceae), uma espécie endêmica do Brasil. Além de considerada como 'Deficiente em Dados' pelo Anexo II do MMA, foi classificada como vulnerável pela Fundação Biodiversitas.

Clicando-se no mapa, o usuário é levado diretamente para a interface do speciesLink, com acesso aos dados de todos espécimes coletados para determinada espécie. A partir dessa página é possível realizar várias análises, como criar um mapa, plotando todos os pontos de ocorrência, ou fazer download dos pontos no formato do OpenModeller ou MaxEnt, por exemplo. Os mapas podem ser exibidos pela interface do Google Maps ou Google Earth, sendo que nesses casos cada ponto do mapa é clicável e traz informação sobre a origem do espécime, determinador e local de coleta, com coordenadas em graus decimais e datum. Alguns registros possuem imagens das exsicatas ou material vivo gerenciadas pelo sistema Exsiccatae, permitindo que detalhes sejam verificados rapidamente.

Informações associadas a Melocactus violaceus (Cactaceae) por meio do Lacunas. A partir do relatório de pontos de ocorrência é possível verificar os dados pela interface do Google Maps ou ainda visualizar imagens das exsicatas.

Conservação da Biodiversidade
Além de iniciar a busca utilizando o filtro taxonômico, o Lacunas permite consultar diretamente quais espécies estão na Lista de Espécies Ameaçadas da Flora Brasileira, por meio de links para o Anexo I e Anexo II da Instrução Normativa MMA nº 06 disponíveis na página inicial do Lacunas. Caso a espécie também esteja na lista de espécies ameaçadas de extinção da Fundação Biodiversitas, ao seu nome estará associada uma sigla (EX: Extinta, EW: Extinta na Natureza, CR: Criticamente em Perigo, EN: Em Perigo, VU: Vulnerável). Estas siglas indicam o grau de ameaça seguindo os critérios da IUCN.

Detalhe da associação dos nomes das espécies com o status de conservação com base na Instrução Normativa MMA nº 06 e na Fundação Biodiversitas (clique para ampliar).

Independentemente do método de busca, os resultados sempre mostrarão o número de registros encontrados, na frente dos nomes das espécies, de acordo com os critérios estabelecidos pelo usuário. Além disso, se a espécie constar como endêmica na Lista de Espécies da Flora e dos Fungos do Brasil, ao lado do nome será apresentado o ícone  E . Caso a espécie esteja listada em um dos anexos da Instrução Normativa MMA nº 06, ao lado do seu nome será apresentado o ícone  para espécies ameaçadas de extinção (Anexo I) e  para as espécies com deficiência de dados (Anexo II).

Potenciais usos do Lacunas
Os relatórios apresentados pelo sistema Lacunas necessitam do conhecimento do especialista para poder servir de base para a elaboração de estratégias de pesquisa e fomento, assim como auxiliar o desenvolvimento de políticas públicas considerando os compromissos assumidos pelo Brasil na Convenção sobre Diversidade Biológica. Espera-se que o relatório sirva de subsídio aos especialistas para:
  • Orientar novas coletas, tanto em relação às espécies como também às áreas geográficas prioritárias;
  • Auxiliar na identificação de grupos prioritários para digitação ou georreferenciamento dos dados;
  • Auxiliar na identificação de grupos pouco estudados, indicando a necessidade de formação de taxonomistas;
  • Auxiliar na identificação e avaliação de espécies ameaçadas de extinção.

A tomada de decisão na área de conservação da biodiversidade idealmente deve ser baseada em dados de alta qualidade e precisão. O sistema Lacunas é um exemplo de como ferramentas e programas podem ajudar a aumentar a qualidade e usabilidade dos dados. O desenvolvimento de plataformas de análise de dados como esta possibilita a criação de novas estratégias para pesquisa científica e também nos processos de tomada de decisão.

O caso da espécie Melocactus violaceus (Cactaceae) ilustra como é possível usar o sistema Lacunas como apoio na avaliação do status de conservação de espécies. De acordo com a Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), M. violaceus é uma espécie “Deficiente em Dados”. O MMA define espécie “Deficiente em Dados” como aquela cujas informações (distribuição geográfica, ameaças/impactos e usos, entre outras) são ainda deficientes, não permitindo enquadrá-la com segurança em uma condição de ameaçada.

Informações do relatório do Lacunas sobre Melocactus violaceus (clique para ampliar).


Porém, utilizando o Lacunas verificou-se que existem 66 registros para esta espécie, 20 deles com coordenadas distintas. Assim, a distribuição geográfica desta espécie se revelou bem documentada. Ainda é possível observar que M. violaceus têm sido coletada com regularidade, sendo que a ultima coleta ocorreu em 2012. Uma vez que estas informações estão facilmente disponíveis, especialistas podem usá-las na reavaliação do status de conservação desta e outras espécies.

 

Implicações práticas
O acesso aos dados é um fator-chave que liga ciência, políticas públicas e decisões legais. Desta maneira, além dos dados primários de biodiversidade estarem acessíveis, é necessária a criação de novas ferramentas para analisar e extrair conhecimento destes dados. Além disso, tais plataformas deveriam ser integradas, não somente dentro do país, mas também com interfaces de outros países, o que possibilitaria análises muito mais completas da biodiversidade. Muitas iniciativas estão sendo estruturadas, mas ainda é um grande desafio fazer com que as e-infraestruturas sejam de fato utilizadas no processo de tomada de decisão. A conscientização, tanto de cientistas quanto do poder público, de que apenas uma parceria sólida entre governo, cientistas, e mantenedores de e-infrastruturas pode promover o desenvolvimento de tais ferramentas é uma prioridade.

Interfaces como o Lacunas são cruciais para instrumentar a tomada de decisão. Nesse contexto o sistema Lacunas é inovador, sendo o resultado de uma parceria bem sucedida entre os mais de 80 herbários e pesquisadores associados do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos do Brasil e os profissionais de tecnologia da informação do CRIA. Espera-se que o Lacunas se torne uma ferramenta importante na definição de novas estratégias para pesquisa científica, direcionando novos trabalhos e assim ajudando a ampliar o conhecimento e a compreensão da biodiversidade brasileira, contribuindo para a definição de novas políticas de conservação e uso sustentável.

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Texto - Mariane de Sousa-Baena, Ricardo Braga-Neto, Sidnei de Souza, Vanderlei Canhos e Dora Ann Lange Canhos

28 de mai. de 2013

Serviço Exsiccatae: imagens de espécimes online

Atualmente disponibilizando imagens de cerca de 200 mil espécimes botânicos, o serviço Exsiccatae permite a integração de imagens de plantas e fungos coletados no Brasil, mantidos em herbários do país e do exterior, aos dados disponíveis na rede INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos via speciesLink.


Lançado oficialmente em agosto de 2011 durante o 62o Congresso Nacional de Botânica, o serviço Exsiccatae é um produto do projeto "Ampliação, Integração e Disseminação Digital de Dados Repatriados da Flora Brasileira" coordenado pelo Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) e desenvolvido com apoio do CNPq como parte do Programa Reflora. O sistema integra um serviço de imagens de alta resolução com as informações textuais da rede speciesLink, de modo que cada espécime pode ter imagens associadas, seja da exsicata depositada no herbário ou de fotos em campo, enquanto ainda vivo, dentre outras possibilidades.

Flor do espécime HVASF008508 coletado em Custódia (PE), depositado no Herbário Vale do São Francisco e identificado como Herissantia crispa (Malvaceae).

O serviço está disponível para herbários nacionais e do exterior interessados em integrar imagens dos espécimes e foi desenvolvido a partir da experiência de implementação do Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire, fruto de uma parceria entre o Museu Nacional de História Natural de Paris, o Instituto de Botânica de São Paulo e o Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA. O sistema permite a visualização online de quase 200 mil espécimes, incluindo milhares de imagens de tipos depositados em coleções nacionais e internacionais.

Exsicata depositada no New York Botanical Garden do espécime NY00023334, coletado em 1973 por J. F. Ramos no INPA em Manaus (AM). O espécime representa o tipo de Ischnosiphon crassispicus L. Andersson, identificado pelo próprio Andersson em 1984.

Perspectivas emergentes
A visualização das imagens das exsicatas oferece oportunidades dos curadores e pesquisadores consultarem espécimes à distância, abrindo uma perspectiva para inovação em estudos taxonômicos (i.e. cybertaxonomy ou e-taxonomy) e a implementação de novas estratégias de identificação de material em herbários brasileiros. Um exemplo recente é a contribuição da pesquisadora Daniela Zappi (Royal Botanic Gardens, Kew) que revisou e comentou remotamente a identificação de espécimes da família Cactaceae depositados em diversos herbários. Além disso, a inclusão de imagens adicionais, seja do material vivo em campo ou de estruturas microscópicas (p.ex. pólen ou esporos) amplia significativamente o leque de aplicações. Imagens dos espécimes vivos são particularmente importantes para mostrar flores e frutos das plantas, e também são imprescindíveis para os fungos, como os cogumelos e as orelhas-de-pau, que perdem a cor e a forma quando desidratados. Essas características são cruciais para o reconhecimento das espécies.






O Exsiccatae vem recebendo contribuições constantes dos provedores de dados e hoje já conta com cerca de 200 mil imagens de espécimes, das quais mais de 95% são de exsicatas. O acervo está em constante expansão e já conta com mais de 5 mil imagens de espécimes vivos e pouco mais de 1.000 imagens de pólen.

Imagens servidas pelo serviço Exsiccatae de acordo com o tipo de material que representam: voucher (exsicata), material vivo ou pólen.

Ferramentas online
O sistema oferece ferramentas de zoom, rotação, medidas em cm, correção de cores e download. As imagens das exsicatas possibilitam checar a etiqueta, permitindo que informações básicas sejam consultadas rapidamente e até mesmo erros de digitação corrigidos.

Visualização da exsicata NY00255129 coletada no Brasil por G. Gardner em 1836 e identificada por H. Kennedy em 19/12/1972 como Calathea barbata (Marantaceae). A linha em vermelho indica a medida realizada na interface do Exsiccatae.

Outras ferramentas importantes disponíveis a partir da interface de busca do speciesLink (no menu imagens) são a visualização das imagens como um catálogo e a comparação das imagens de diferentes exsicatas. O catálogo permite aos usuários checarem o material antes da manipulação física, reduzindo a necessidade de mexer em todas as exsicatas e acelerando o processo de compilação do material. Da mesma forma, a comparação virtual de exsicatas diferentes potencialmente pode reduzir o trabalho manual de bancada e reduzir o desgaste físico do material em boa parte dos casos.
Interface do Exsiccatae permite visualização das imagens como um catálogo.

Comparação das imagens de diferentes exsicatas de Cereus jamacaru (Cactaceae).

Serviço de imagens para herbários nacionais
Além da integração com a rede speciesLink, o Exsiccatae oferece um serviço web para os herbários nacionais usarem as imagens como preferirem. Atualmente, o Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ) é usuário do serviço possibilitando a associação de vouchers aos nomes publicados na Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Como contribuir com imagens
Incentivamos a participação de todos os herbários no sistema Exsiccatae. Para participar basta enviar um email para splink@cria.org.br e serão indicados todos os passos necessários.

Saiba mais!
O sistema Exsiccatae está integrado ao INCT-HVFF e à rede speciesLink.