Novidades na ferramenta Duplicata do dataCleaning

Novos filtros e agrupamentos dos dados facilitam a identificação de determinações distintas para duplicatas de plantas em diferentes herbários. A ferramenta Duplicata visa auxiliar curadores e técnicos de herbários a identificar e corrigir erros e a atualizar e completar os dados.

Exsicatas da mesma coleta depositadas em herbários diferentes podem ter identificações distintas. A exsicata depositada no herbário FLOR (à esquerda) representa a coleta número 10806 de J. Mattos realizada em 15 de dezembro de 1962 em Conceição da Barra, Espírito Santo, Brasil. A exsicata do mesmo material depositada em SP (à direita) foi identificada como Eugenia hirta O.Berg. por M. Sobral em setembro de 1991, mas a duplicata de FLOR permanece sem atualização da identificação inicial.

 

Durante visitas promovidas pelo CRIA e INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos para discutir a qualidade dos dados disponibilizados online, curadores e técnicos dos herbários sugeriram algumas melhorias que foram implementadas recentemente. Essas melhorias incluem novos filtros e formas de visualização do relatório, e, quando disponível, a apresentação da imagem da exsicata. Registros "suspeitos" detectados pela ferramenta Duplicata são aqueles que possuem o mesmo nome, número de coletor e data de coleta, mas informações distintas nos campos "gênero + espécie + subespécie".

Um dos grandes problemas na identificação de duplicatas nos diferentes herbários através de um aplicativo era a falta de padronização do nome do coletor. A ferramenta agora reconhece variações na ordem da escrita do nome e iniciais dos coletores. Por exemplo, D. Alvarenga é reconhecido como sendo o mesmo que Alvarenga, D.. O sistema também reconhece como sendo o mesmo o coletor isolado ou o coletor principal quando registrado juntamente com os coletores secundários. Por exemplo, A.A. Ribeiro-filho é considerado isoladamente ou quando associado com outros coletores, como no caso A.A. Ribeiro-filho, L.C. Soares. 

A tabela apresentada pode ser ordenada por nome do coletor, família ou gênero, facilitando o trabalho do curador que quiser analisar os dados por família, por exemplo. Cada linha é clicável e permite navegação dinâmica. A tabela apresenta também o nome do determinador e data de determinação, assim como novos filtros como família ou gênero indeterminados para que seja possível rapidamente comparar esses registros com duplicatas de outros herbários participantes da rede speciesLink.

Esperamos com isso facilitar o trabalho de atualização da nomenclatura taxonômica dos acervos. Com o uso da ferramenta, herbários que não possuem especialistas de determinados grupos taxonômicos podem se beneficiar do trabalho de identificação do material em outros herbários e, dessa forma, contribuir para a melhora da qualidade dos dados da rede do Herbário Virtual.

 

Saiba mais!

• Acesse o dataCleaning e a ferramenta Duplicata
• Visitas a coleções promovem melhorias na qualidade dos dados
• Ferramenta dataCleaning da rede speciesLink é citada na revista TREE

Bioline International comemora 20 anos de existência

No início de dezembro celebramos o vigésimo aniversário do Bioline International, uma iniciativa pioneira que promove o acesso livre e aberto via internet de artigos científicos de revistas publicadas em países em desenvolvimento.

Embora o movimento Open Access seja hoje um fenômeno global, 20 anos atrás a comunicação científica pela internet estava apenas começando. O Bioline International tem muito orgulho em ter participado da história do movimento desde seu início e das transformações que trouxe para o avanço da comunicação acadêmica em todo o mundo. Para celebrar as ideias e atitudes de pessoas que tornaram possível sua existência, no dia 10 de dezembro comemoramos esse marco histórico com um encontro na sede do CRIA, contando com a presença de Barbara Kirsop, idealizadora da iniciativa, e Leslie Chan, parceiro da Universidade de Toronto imprescindível para a consolidação da rede internacionalmente.

Lançado em 1993 com base em uma infraestrutura pioneira desenvolvida pelo CRIA, o Bioline International conta com a participação ativa da Universidade de Toronto em Scarborough desde 2000. Uma das maiores contribuições do Bioline foi a parceria com países do continente africano que puderam divulgar para o mundo as pesquisas feitas na região, saindo de uma situação de isolamento para ganhar visibilidade e reconhecimento internacional, ampliando muito as possibilidades de divulgação dos trabalhos e de formação de parcerias.

Distribuição geográfica das revistas científicas que fazem parte do Bioline.

O vídeo "20th anniversary of Bioline International" ilustra um pouco como foi a celebração. Não deixe de assistir!


Veja abaixo algumas fotos do evento.

Saiba mais!

• Bioline International
• Celebrating 20 years of Bioline at CRIA
• Towards Open and Equitable Access to Research and Knowledge for Development

Novo aplicativo para fazer buscas na rede speciesLink

Visando facilitar a realização de buscas de nomes científicos na rede speciesLink, a equipe do CRIA desenvolveu o aplicativo spSearch, voltado para o navegador Firefox.

A rede speciesLink é uma iniciativa pioneira criada no Brasil que integra informações primárias sobre a biodiversidade, tornando-as disponíveis de forma livre e aberta na internet. Atualmente estão disponíveis mais de 6 milhões de registros de espécimes, providos por mais de 300 coleções biológicas. Para facilitar a realização de buscas de nomes científicos na rede speciesLink, a equipe do CRIA desenvolveu o spSearch, um aplicativo específico para navegadores Mozilla Firefox que permite que as buscas sejam feitas diretamente no navegador sem que seja necessário visitar previamente a página da rede.

Como funciona
Para incorporar o spSearch ao seu navegador é necessário fazer a instalação do aplicativo. Após instalado, o mecanismo de busca será exibido na barra de pesquisa localizada no canto superior direito da janela do Firefox, junto aos demais plugins de busca já instalados (veja figura abaixo). Para utilizar o mecanismo de busca, clique no ícone na barra de pesquisa e faça a seleção da rede speciesLink.

Após instalado, o aplicativo fica disponível na barra de pesquisa. 

Para realizar qualquer busca, basta digitar o nome cientifico (gênero ou espécie) de interesse no espaço fornecido e pressionar enter. O spSearch irá encaminhar a busca para a rede speciesLink e os resultados encontrados serão exibidos normalmente.

Exemplo de busca realizada com a ajuda do spSearch.

Instalação do spSearch
A ferramenta está disponível para uso em ambientes Windows, Mac OS e Linux.

Windows
Antes de instalar é recomendado que o Firefox seja encerrado. Baixe o spSearch de acordo com a versão do sistema operacional, execute o arquivo baixado e siga as instruções do assistente de instalação. Para saber qual é a versão do seu sistema operacional clique com o botão direito do mouse em "Meu Computador" e em seguida "Propriedades".

• spSearch Firefox plugin (Windows 32 bits) - [Download] 
• spSearch Firefox plugin (Windows 64 bits) - [Download] 

Mac OS e Linux
Faça o download do arquivo XML e copie-o para o diretório "searchplugins" do Firefox. É importante atentar-se que o caminho para o diretório searchplugin pode variar de acordo com a versão do Sistema Operacional.

• spSearch Firefox plugin (Mac OS e Linux) - [XML] (Clique com o botão direito do mouse e escolha "Salvar link como...")

Saiba mais!

• spSearch firefox plugin
• rede speciesLink

Ferramentas para converter e gerenciar coordenadas geográficas

Coordenadas geográficas do local de coleta de espécimes depositados em coleções biológicas são essenciais para entender a distribuição geográfica das espécies e subsidiar a conservação da biodiversidade. Visando auxiliar o georreferenciamento dos espécimes, disponibilizamos 5 ferramentas online que podem ser utilizadas abertamente por qualquer usuário.

Coleções biológicas do mundo todo estão disponibilizando cada vez mais seus acervos online, favorecendo a realização de estudos com diversos fins, sejam acadêmicos ou voltados à conservação da biodiversidade ou ao manejo de recursos naturais. Entretanto, atualmente a maior parte dos espécimes não possui informações sobre as coordenadas geográficas do local onde foram coletados ou têm somente descrições textuais sobre esse local, limitando a compreensão sobre a distribuição das espécies. Visando facilitar e ampliar a capacidade de georreferenciar os espécimes, o CRIA desenvolveu algumas ferramentas online para auxiliar os pesquisadores e curadores das coleções a gerenciar os registros incorporados à rede speciesLink. Ao todo existem 5 ferramentas complementares que podem ser utilizadas abertamente por qualquer usuário.


1. geoLoc :: Fornece coordenadas geográficas para um determinado município ou localidade. A busca pode ser feita pelo nome completo ou parcial da localidade ou município, sendo que a informação do estado é opcional.

Interface do geoLoc (http://splink.cria.org.br/geoloc).

Na lateral direita, o usuário pode escolher utilizar cada um dos 3 bancos de dados: IBGE, GEONet, speciesLink ou todos (all), que somam aproximadamente 550.000 registros de localidades brasileiras.

O formato de saída também pode ser escolhido: HTML ou MS-Excel.

O usuário pode buscar as localidades ou municípios individualmente ou em lote, importando uma planilha excel (veja o modelo).

Clicando na opção “ver mapa”, um mapa do Brasil é exibido mostrando os pontos onde as localidades foram encontradas. O usuário pode destacar cada localidade no mapa clicando no nome apresentado na tabela auxiliar.

O geoLoc é capaz de calcular uma coordenada para uma determinada distância e direção se a opção do mapa estiver selecionada. Para isso basta informar a distância no campo "distância (km)", a direção (N, S, E, W, NE, NW, SE ou SW) e clicar sobre a localidade de origem (na tabela). No mapa será exibido o conjunto de coordenadas do ponto selecionado e do ponto calculado, informando o erro inerente ao cálculo da distância.

Veja mais informações sobre o geoLoc.


2. conversor :: Permite a conversão de diferentes tipos de representação de coordenadas geográficas e datums disponíveis no Brasil.

Interface do conversor (http://splink.cria.org.br/conversor).

Embora as coordenadas possam ser expressas em diferentes formatos, como o clássico 'Graus, Minutos e Segundos' ou UTM, recomenda-se que o formato de graus decimais seja utilizado preferencialmente.

O principal motivo é que o formato GRAUS DECIMAIS não apresenta símbolos, reduzindo assim a chance de incorrer em erros, e é o principal formato utilizado pelos softwares de georreferenciamento. Recomenda-se também utilizar o datum WGS84.

O conversor facilita muito a conversão desses formatos, tanto individualmente quanto em lotes. Para isso, basta colocar as coordenadas em cada uma das linhas do lado esquerdo, selecionar o formato de entrada e saída, o datum e converter.

Veja mais informações sobre o conversor.


3. infoXY :: Visa auxiliar as coleções biológicas na validação dos dados geográficos a partir de coordenadas geográficas.

Interface do infoXY (http://splink.cria.org.br/infoxy).

Através da coordenada geográfica, retorna informações sobre o ponto, como o nome do país, estado ou região administrativa e o nome no município ou distrito. Se a coordenada cair no mar, a ferramenta calcula a distância até o país mais próximo.

Pode-se escolher o formato de saída (HTML ou MS-Excel) e ainda ver no mapa mundial a localização da coordenada.


4. speciesMapper :: Permite a visualização de coordenadas em um mapa.

Interface do speciesMapper (http://splink.cria.org.br/mapper).

Para utilizá-lo, basta inserir medidas de coordenadas geográficas em graus decimais para visualizar o(s) ponto(s) em um mapa.

É possível controlar o formato, tamanho e cor dos símbolos antes de fazer a projeção. As opções de mapas incluem o mundo, América Central e do Sul e Brasil.


5. spOutlier :: Detecta outliers (pontos fora do padrão esperado) para latitude, longitude e altitude.

Interface do spOutlier (http://splink.cria.org.br/outlier).

O spOutlier ferramenta usa técnicas modificadas por Chapman 1999 para detectar outliers para latitude, longitude e altitude. Permite também a identificação de pontos "na terra" e "no mar". Selecionando a opção "na terra", por exemplo, destaca os pontos que ocorrem no mar. Se nenhuma das opções for selecionada serão apenas indicados possíveis outliers.

Veja mais informações sobre o spOutlier.

Saiba mais!

• Rede speciesLink
• openModeller

Ferramenta dataCleaning da rede speciesLink é citada na revista TREE

O artigo “Biodiversity data should be published, cited, and peer reviewed”, publicado na edição de agosto de 2013 na revista Trends in Ecology & Evolution (TREE), cita a rede speciesLink como pioneira na produção de métricas úteis para melhorar a qualidade dos dados disponíveis.

O trabalho publicado por Mark J. Costello e colaboradores sugere que a publicação de dados brutos deve seguir o modelo de publicação de artigos e a qualidade desses dados garantida por meio de processos automatizados de verificação de qualidade, revisão por pares e decisões editoriais. Os autores discutem meios de incentivar a publicação dos dados, assim como melhorar a integração com outros conjuntos de dados.

A publicação de dados aumenta a visibilidade de resultados científicos. Segundo os autores, infraestrutura e capacidade de armazenamento já existem para dados de biodiversidade, mas sua taxa de publicação, mesmo em crescimento, ainda é menor do que a esperada. Além disso, pouca atenção tem sido dada à qualidade dos dados que já foram disponibilizados. A melhoria da qualidade dos dados é importante para garantir sua maior acurácia, diminuir o tempo de manejo pelo usuário e aumentar sua taxa de reuso.

Distribuição geográfica dos pontos de ocorrência dos espécimes coletados ou observados mantidos nas coleções participantes da rede speciesLink.

Em relação à qualidade, o artigo propõe um processo em etapas de controle e garantia de qualidade de dados antes da publicação, que inclui ferramentas automáticas. Como exemplo, os autores citam a rede speciesLink, que através da ferramenta dataCleaning disponibiliza aos usuários métricas relacionadas ao número de registros, espécies e localidades geográficas, validação de nomes, e completude dos dados e metadados.

A rede speciesLink, que no mês de julho de 2013 superou o marco de 6 milhões de registros de ocorrência de espécies da flora, fauna e microbiota, juntamente com o INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) têm trabalhado nesse desafio da melhoria da qualidade dos dados utilizando um conjunto de aplicativos que compõe a ferramenta dataCleaning. O trabalho de correção dos erros e de aumento da qualidade dos dados da rede speciesLink tem sido aprimorado graças aos eventos de treinamento, ao uso das ferramentas e ao enorme empenho dos responsáveis pelos acervos.

Veja o artigo completo, que é de livre acesso:

Mark J. Costello, William K. Michener, Mark Gahegan, Zhi-Qiang Zhang, Philip E. Bourne. Biodiversity data should be published, cited, and peer reviewed. Trends in Ecology & Evolution - 1 August 2013 (Vol. 28, Issue 8, pp. 454-461). [link].

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• INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Ferramentas de dataCleaning
• Posts sobre qualidade dos dados

Rede speciesLink supera 6 milhões de registros online

No mês de julho de 2013 a rede speciesLink superou o marco de 6 milhões de registros de ocorrência de espécies da flora, fauna e microbiota, disponíveis online de forma livre e aberta a qualquer pessoa interessada.

São cerca de 300 coleções e subcoleções biológicas e dez provedores de dados de observação contribuindo com informações não sensíveis de seus acervos para aumentar o conhecimento sobre a biodiversidade brasileira. Mais de 600.000 registros são dados repatriados e novos registros são acrescentados diariamente.

Médias mensais do número total de registros online, do número de registros georreferenciados e de provedores de dados.

Cerca de 70% dos registros online provêm de herbários, 25% de coleções de animais, 0,2% de microrganismos, 0,1% fósseis e 5,2% de coleções abrangentes. 33% dos dados são oriundos de coletas feitas na região Sudeste, 22% no Nordeste, 19% no Sul, 17% na região Norte e 9% na região Centro-Oeste. Hoje, apenas o estado do Amapá não possui nenhum acervo local integrado à rede, dependendo 100% dos dados de instituições de outros estados.

Proporção por região geográfica do Brasil entre o número de registros online da rede speciesLink. Os valores indicam o número de registros por km2 por região.

Qualidade e usabilidade dos dados
Em relação às coordenadas geográficas, cerca de 2 milhões de registros possuem coordenadas consistentes e 470 mil possuem coordenadas inconsistentes – a coordenada geográfica informada não cai na área geográfica do município informado. Para aumentar a usabilidade dos dados, 2,2 milhões dos registros foram georreferenciados por um aplicativo baseado na informação sobre o município de ocorrência. Cerca de 1,3 milhão de registros não têm coordenadas geográficas e nem referência ao município.

Coordenadas geográficas de todos os registros georeferenciados.

Comparando os nomes das espécies com diferentes dicionários e checklists, tem-se que mais de 3,5 milhões de registros são de nomes aceitos e pouco mais de 400 mil de sinônimos. O nome da espécie de mais de um milhão de registros não foi encontrado nas listas de referência, sendo que mais de 850 mil registros não têm a identificação da espécie.

Graças ao projeto Reflora, os herbários estão associando imagens aos dados textuais por meio do sistema Exsiccatae. São mais de 200 mil imagens dos vouchers, seis mil de material vivo e mil e trezentas de pólen. Além dessa, várias ferramentas, todas de acesso aberto, estão disponíveis para diferentes tipos de análises, dentre as quais destacamos:


•    Interface de busca - www.splink.org.br
•    Indicadores - splink.cria.org.br/indicators/
•    DataCleaning - splink.cria.org.br/dc
•    Lacunas - lacunas.inct.florabrasil.net
•    BioGeo - biogeo.inct.florabrasil.net

Esses resultados evidenciam, no Brasil, que a disponibilização de dados sobre a biodiversidade está aumentando de forma consistente, refletindo uma mudança cultural e o fomento de políticas públicas. Acima de tudo, eles são fruto de um trabalho em rede em que a contribuição de cada provedor de dados é essencial. Por isso, gostaríamos de agradecer a todos que contribuem para o desenvolvimento da rede speciesLink.

Muito obrigado!

Novas ferramentas no BRAHMS facilitam o envio de dados para a rede speciesLink

A versão 7.3 do BRAHMS, lançada na última sexta-feira, dia 14/06/2013, possui importantes implementações que facilitam o envio de dados para a rede speciesLink e permitem a inclusão de mais informações. 

Agora com apenas um clique os usuários podem exportar os dados de suas coleções no modelo de dados DarwinCore. No menu Admin, basta selecionar a opção XML/Darwin export options e depois Darwin Core (suitable for CRIA transfers) e em seguida selecionar o código da própria coleção.

Tela de exportação de dados para o CRIA na versão 7.3.2. em Admin – XML/Darwin export options – Darwin Core (suitable for CRIA transfers).

Outra importante novidade é a exportação dos campos de classificação taxonômica ORDER (ordem) e DIVISION (divisão/filo). A inclusão de dados nesses campos melhora a qualidade das informações disponíveis e aumenta a eficácia das buscas na rede. Informações que podem parecer óbvias internamente para cada coleção, são essenciais quando estamos lidando com a integração de dados de várias coleções na rede. Para plantas e fungos, por exemplo, normalmente as informações taxonômicas são preenchidas somente até família. Se um usuário deseja buscar os registros de todas as briófitas, por exemplo, terá que incluir no formulário de busca todas as famílias! Nesse caso, se todos os registros tivessem o campo divisão/filo preenchido, bastaria buscar por Marchantiophyta | Anthocerotophyta | Bryophyta. O mesmo ocorre para fungos. Muitas coleções possuem um só banco de dados para fungos e plantas. Novamente, para encontrar somente os fungos, o usuário teria que realizar uma busca por todas as famílias. Tem-se ainda que essas buscas retornariam somente os registros que possuem a determinação de família. Na rede speciesLink atualmente existem cerca de 3,4 milhões de registros sem a informação de divisão para plantas e fungos.

Staheliomyces cinctus (Phallaceae, Basidiomycota), um fungo raro que ocorre apenas na região Neotropical (foto: Mario Terra).

Completando as informações
As informações taxonômicas para as espécies podem ser inseridas rapidamente no BRAHMS no menu Taxa – Ver/editar famílias no banco de dados. Nessa tabela estão listadas as famílias com registros na sua coleção e basta incluir a informação de ordem e divisão uma única vez para cada família.

Essas modificações foram sugeridas aos desenvolvedores do BRAHMS após conversas com os usuários. Participe também, mande suas sugestões! E não se esqueça de sempre consultar as dicas de uso no menu superior direito da página de busca do speciesLink!

Saiba mais!

• Um manual chamado “Tutorial para extração dos dados no modelo DarwinCore (a partir da versão 7.3.1 do BRAHMS)“ com as instruções detalhadas está disponível em: http://splink.cria.org.br/splinker

• Para baixar a última versão do BRAHMS visite: http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/brahms/Software

OpenModeller: modelagem de nicho ecológico

O openModeller é uma ferramenta versátil para gerar modelos de distribuição potencial de espécies com base no nicho ecológico. Desenvolvido pelo CRIA, ele está sendo utilizado pela comunidade científica no mundo todo.

Modelos de distribuição potencial de espécies com base no nicho ecológico têm sido cada vez mais utilizados em diversas situações aplicadas e acadêmicas, como a indicação de áreas prioritárias para conservação da biodiversidade, a avaliação do potencial de invasão de espécies exóticas, o estudo de impactos de mudanças climáticas na biodiversidade e o acompanhamento de vetores de doenças infecciosas. Basicamente, modelos de nicho ecológico costumam ser gerados a partir de um conjunto de locais onde se sabe que a espécie ocorre e de um conjunto de variáveis ambientais (p.ex. climáticas, topográficas) que afetam a distribuição da espécie. O procedimento de modelagem é feito por algoritmos e os resultados podem ser projetados numa região geográfica indicando áreas supostamente adequadas à sobrevivência da espécie.

Panorama básico da modelagem de nicho ecológico.

O openModeller oferece um ambiente computacional para a modelagem de nicho ecológico com a proposta de disponibilizar um framework que auxilie a construção de modelos por pesquisadores e tomadores de decisão. O openModeller é o único software desta categoria que apresenta arquitetura modular, possui código aberto, está disponível gratuitamente, permite a inclusão de vários algoritmos de modelagem (p.ex. Maxent, GARP), tem versões em diferentes plataformas (p.ex. Windows, Mac OSX e GNU/Linux), suporta vários formatos de dados e foi planejado de maneira que várias interfaces pudessem ser criadas valendo-se do mesmo conjunto básico de funcionalidades (p.ex. gráfica, linha de comando, Web e serviço Web).

Modelo da distribuição potencial de Godmania dardanoi (Bignoniaceae), uma planta supostamente com deficiência de dados e possivelmente ameaçada de extinção. O volume de dados disponíveis na rede speciesLink é suficiente para gerar um modelo preliminar que indica uma área de distribuição potencial restrita ao semiárido brasileiro, possibilitando uma reavaliação do status de ameaça com base no conhecimento disponível [fonte BioGeo].

Breve histórico
O openModeller surgiu a partir do projeto speciesLink com o objetivo de demonstrar uma possível aplicação para dados de amostras depositadas em coleções biológicas. Ele foi desenvolvido como Software Livre e gratuito (sob licença GPL), incentivando a participação de pesquisadores e instituições em seu desenvolvimento. Historicamente houve parcerias com várias instituições, como a Universidade do Kansas, a Universidade de Reading, o projeto Incofish e a Universidade do Colorado, além do Global Biodiversity Information Facility (GBIF) que há muitos anos utiliza o serviço de modelagem do openModeller em seu portal na Web.

Em 2006, o openModeller foi objeto de um projeto temático da FAPESP com 4 anos de duração. Além do Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), participaram o Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE) e a Escola Politécnica da Universidade de São Paulo. Vários desenvolvimentos importantes foram viabilizados através deste projeto, que também gerou uma série de publicações. Em 2009 foi publicado o principal artigo sobre o openModeller na revista GeoInformatica (Muñoz et al. 2009). De acordo com o Google Scholar, o artigo já foi citado 62 vezes, tendo permanecido por muito tempo no topo da lista de artigos mais baixados na revista onde foi publicado.

Histórico de versões e downloads do openModeller (sem incluir a versão Desktop).

Desde a primeira versão do openModeller (lançada em 30 de abril de 2004), foram lançadas até hoje 22 versões, somando-se mais de 20 mil downloads de diversas partes do mundo. Se acrescentarmos os números da versão Desktop, o total de downloads ultrapassa 40 mil, feitos por pessoas de mais de 100 países. Outro exemplo da abrangência do uso do openModeller é a lista de discussão de usuários, que conta com mais de 200 especialistas de várias partes do mundo.

Iniciativas que têm utilizado o openModeller
Atualmente o desenvolvimento do openModeller prossegue através de vários projetos onde ele já está sendo utilizado. Um deles, financiado conjuntamente pelo CNPq e pela FACEPE no âmbito do Sistema Nacional sobre Biodiversidade, tem como foco a construção de uma base de dados de modelos de nicho ecológico para espécies da Flora do Brasil. Os outros projetos, EUBrazilOpenBio, BioVeL e i-Marine, envolvem parceiros da Comunidade Europeia, sendo o primeiro deles co-financiado pelo CNPq e Comissão Europeia e os demais financiados exclusivamente pela Comissão Europeia. O projeto EUBrazilOpenBio busca investigar, entre outras coisas, formas de usar o serviço de modelagem em nuvem. Como resultado já temos protótipos funcionando na Universidade Federal Fluminense e no Centro de Supercomputação de Barcelona. Por sua vez, o projeto BioVeL dedica-se ao tema de workflows científicos, sendo que uma das áreas-chave do projeto é a modelagem de nicho ecológico. Através do BioVeL, o openModeller também se tornou um dos principais estudos de caso da European Grid Infrastructure (EGI), que em breve irá oferecer um serviço de modelagem capaz de utilizar simultaneamente e sob demanda recursos computacionais de vários provedores que participam da EGI Federated Cloud.

Saiba mais!

• OpenModeller project home page
• Download do openModeller
• Publicações referentes ao projeto openModeller
• Lista de Discussão para usuários
• Lista de Discussão para desenvolvedores