Lacunas 2.0: integrando informações para expor lacunas no conhecimento

Nova versão do sistema Lacunas 2.0 exibe lacunas geográficas no conhecimento da flora e da micota no Brasil e integra modelos de distribuição potencial das espécies disponíveis no sistema BioGeo.

Texto - Dora Ann Lange Canhos, Mariane S. Sousa-Baena

Página inicial do sistema Lacunas.

O sistema Lacunas, lançado em junho de 2012, foi desenvolvido com o objetivo de identificar grupos prioritários para coletas, digitação e/ou georreferenciamento dos dados. O desenvolvimento da nova versão, Lacunas 2.0, teve por motivação exibir com maior clareza as lacunas geográficas e integrar os modelos de distribuição potencial das espécies, preparados por especialistas e disponíveis no sistema BioGeo (http://BioGeo.inct.florabrasil.net).

O sistema Lacunas 2.0 tem como fontes de dados:

• Herbário Virtual da Flora e dos Fungos/rede speciesLink 
• Lista de Espécies da Flora do Brasil (Lista do Brasil), edição 2014 
• Instrução Normativa MMA nº 06 de 23 de setembro de 2008 
• Revisão da Lista da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, Fundação Biodiversitas, 2005 
• Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (acesso dinâmico) 

Diagrama da versão 2.0 do sistema Lacunas.

Os relatórios continuam sendo produzidos de maneira dinâmica, dependendo dos filtros selecionados pelo usuário (detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html) . Além dos itens apresentados no relatório Lacunas 1.0, para os grandes grupos, famílias e gêneros, agora é também apresentada uma tabela comparando a distribuição geográfica por estado de acordo com informações da Lista de Espécies da Flora do Brasil, com os dados textuais da rede speciesLink.

No relatório por grandes grupos ou família é apresentada uma tabela sumarizando quantas espécies são mencionadas como ocorrendo num determinado estado pela Lista do Brasil (2014), mas que não têm nenhum registro de ocorrência para aquele estado na rede speciesLink. Na figura acima podemos observar que 14 espécies de Euphorbiaceae (listadas a esquerda) ocorrem no Maranhão de acordo com a Lista do Brasil, mas não têm registros de coleta no speciesLink como apontado na tabela do lado direito.

Para cada espécie, o sistema checa se existe algum modelo do seu nicho ecológico disponível no BioGeo e integra essa informação ao relatório online. A página oferece links dinâmicos aos serviços da Lista de Espécies da Flora do Brasil, à rede speciesLink e ao BioGeo. O acesso dinâmico à rede speciesLink permite avaliar o status atual dos dados online.

O Lacunas 2.0 traz uma tabela comparando a informações sobre a ocorrência de espécies da Lista do Brasil e da rede speciesLink. As células em amarelo indicam que segundo a Lista da Flora a espécie nao ocorre naquele estado (nesse caso Bahia), mas existem registros de coleta no speciesLink em tal estado. Além disso, os mapas são clicáveis, e direcionam o usuário paro o respectivo sistema de onde a informação é proveniente. 

O acesso à pagina do BioGeo permite com que o usuário veja quantos pontos e quais algoritmos foram utilizados na modelagem, sendo possível analisar cada ponto de ocorrência em relação aos dados textuais fornecidos pela coleção, bem como em relação à precisão de suas coordenadas geográficas. Além disso é possível visualizar o modelo com os pontos utilizados em sua geração plotados sobre ele, e também nesse mesmo mapa ter informações sobre a procedência dos pontos.

Acessando o sistema BioGeo o usuário tem informações detalhadas sobre os modelos disponíveis no Lacunas 2.0, incluindo número de pontos utilizados na modelagem, precisão das coordenadas de tais pontos além de ferramentas de visualização do modelo.

O sistema está disponível online de acesso livre e aberto para todos os usuários interessados. Estão também disponíveis online os relatórios anteriores, desde setembro de 2012.

Coleção de fungos do Herbário PACA é integrada ao INCT-Herbário Virtual

O herbário PACA abriga a maior parte das coletas de fungos feitas pelo Padre Rick, pioneiro da micologia no Brasil. Mais de 11.000 registros já estão disponíveis online, com cerca de 300 imagens dos espécimes-tipo. Uma breve contextualização da contribuição do Padre Rick para a micologia no país, o processo de integração e as atividades desenvolvidas durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA são relatados a seguir.

O Herbário PACA abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Depois da visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA em setembro passado, deu-se início à integração do acervo do herbário à rede speciesLink, começando pela coleção de fungos. O processo de informatização foi iniciado com a digitalização do caderno de tombo em um banco de dados no programa Access e agora a coleção já se encontra disponível online com acesso aberto e livre a mais de 11.000 espécimes de fungos, incluindo imagens sobre cerca de 300 tipos. A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos, sendo considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil.

Padre João Evangelista Rick (1869-1946)

Pioneiro da micologia no Brasil, o Padre Rick iniciou os estudos sobre fungos em 1896 ainda em sua terra natal, a Áustria. Sua vinda para o Brasil foi motivada antes de tudo pelo interesse na pesquisa com fungos e, depois de estudar português durante cerca de um ano em Portugal, aportou em solo brasileiro em 1903 com um microscópio e alguma literatura, incluindo obras de Saccardo, Fries, Rehm, Bresadola, Cooke e Müller. Dentre outras atividades, tornou-se professor de história natural em São Leopoldo (RS) e gerou um legado inestimável para o desenvolvimento da micologia na América do Sul. Segundo uma compilação feita por ele próprio, registrou 2.160 espécies e variedades de fungos pertencentes a 225 gêneros e 25 famílias, das quais 23 gêneros, 633 espécies e 145 variedades foram descritas como novas para a ciência. Em cerca de meio século de pesquisas, publicou 71 trabalhos, somando 1.226 páginas e mais de 47 pranchas.

Exsicatas de fungos depositadas no PACA.

 

Em contato com os melhores especialistas da época, com destaque para Bresadola e Lloyd, Rick fortaleceu sua formação micológica com base em parcerias internacionais. Durante muitos anos, enviou espécimes para a Europa e os Estados Unidos, de modo que muitos exemplares importantes estão depositados em Washington, Berlim, Estocolmo, Paris e Londres. Entretanto, a partir de 1929 começou a conservar as coletas de fungos no Brasil e, durante cerca de 20 anos de atividade, acumulou aproximadamente 13.000 espécimes que hoje compõem a coleção Fungi Rickiani, integrada em sua maior parte ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Um gigante de quase 2 metros de altura, o Pe. Rick era ao mesmo tempo admirado e incompreendido. Silencioso, passava dias coletando fungos nas florestas por onde andava, nas imediações dos colégios e casas paroquiais de colonização alemã. Rick costumava dizer que o mato era seu herbário e, segundo o Pe. Rambo que fora seu discípulo, a organização não era exatamente seu ponto forte. "Costumava deixar sempre à disposição dele algumas mesas compridas, o mais distante possível da minha própria mesa de trabalho, mas já no primeiro dia suas mesas estavam ocupadas com fungos e livros. No segundo dia começava a invasão da minha mesa. Não havendo mais lugar nela, o processo continuava contente e feliz pelo assoalho, até não sobrar nenhuma nesga desocupada", relatou Rambo. Foi ele próprio que, dois anos antes do falecimento de Rick, passou 6 meses organizando a coleção de fungos, catalogando os registros e acomodando os espécimes em envelopes de papel padronizados e guardados em armários à prova de insetos. Rick faleceu com 77 anos no Colégio Santo Inácio em Salvador do Sul em 1946, deixando um legado que abriu caminho para o desenvolvimento da Micologia no Brasil.

Padre João Evangelista Rick. Retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.

Informatização e integração ao Herbário Virtual

Poucos anos antes de nos deixar, o Pe. Rick concluiu que "o que realizamos em benefício da pesquisa dos fungos no Brasil, somente o distante futuro irá reconhecer, no momento em que o povo brasileiro tiver mais consciência do dever que tem para com a cultura. Quero que minha coleção esteja disponível para qualquer um que pretenda trabalhar com seriedade". A contribuição do Pe. Balduíno Rambo foi imprescindível para a organização da coleção de Rick, mas desde então um extenso trabalho de curadoria foi necessário para manter, organizar, informatizar e disponibilizar o acervo. Destaque deve ser dado à atual curadora, Dra. Maria Salete Marchioretto, que desde 1993 vem coordenando essas atividades no herbário PACA. Os dados estavam estruturados em um banco de dados no programa Access e a integração com a rede speciesLink foi realizada com suporte da equipe do CRIA. Dentre os 11.300 espécimes de fungos, cerca de 8.200 (>70%) são referentes a coletas feitas pelo próprio Pe. Rick. Diversos outros pesquisadores contribuíram também para a formação do acervo, como o Pe. Camille Torrend. As coletas foram realizadas principalmente na região Sul do país, estando repleta de espécimes-tipo. As coletas dos espécimes apresentam um pico de atividades na primeira metade do século XX e nos últimos 10 anos grande parte desses materiais foi reexaminada por pesquisadores que revisaram as identificações.

Atividades desenvolvidas durante a visita

Durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA foi realizada uma palestra sobre sistemas de informação aplicados ao estudo da biodiversidade no Brasil e um minicurso sobre integração de dados e ferramentas no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A nova bolsista do herbário PACA, Pâmela Corrêa, participou das atividades e vem ajudando a cuidar do acervo. A experiência com a coleção de fungos serviu de base para a integração do herbário PACA ao INCT-Herbário Virtual e em breve a coleção de angiospermas do Pe. Balduíno Rambo e de pteridófitas e briófitas do Pe. Aloysio Sehnem serão incorporadas à rede speciesLink.

Dra. Maria Salete Marchioretto, Ricardo Braga-Neto e participantes do minicurso realizado na Unisinos em São Leopoldo.

Saiba mais!

• Integração do Herbário Anchieta-PACA ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• PACA - Herbarium Anchieta - Fungi Rickiani
• Acervo de fungos do PACA disponível na rede speciesLink
• Pe. J. E. Rick, SJ. Cientista, colonizador, apóstolo social, professor. A. Rabuske e A. Rambo (Eds.) 2004. Editora Unisinos. ISBN 85-7431-219-3.

Integração do Herbário Anchieta-PACA ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Durante visita da equipe do INCT-Herbário Virtual ao Rio Grande do Sul, a curadora Maria Salete Marchioretto e o coordenador Padre Pedro Ignácio Schmitz, do Instituto Anchietano de Pesquisas, demonstraram interesse em integrar o Herbário Anchieta-PACA às redes speciesLink e INCT-Herbário Virtual, buscando fortalecer a coleção e ampliar o acesso a informações de enorme valor científico e histórico para o Brasil.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Fundado em 1932 pelo Padre Balduíno Rambo, o Herbário PACA (Porto Alegre, Colégio Anchieta) abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Conhecido originalmente como Herbarium Anchieta, o PACA abriga coleções repletas de tipos nomenclaturais, como a coleção de fungos do Padre Johannes Evangelista Rick, considerado o precursor da micologia no Brasil (Fungi Rickiani), a coleção de angiospermas do próprio Padre Balduíno (Flora Brasiliae Australis) e a coleção do Padre Aloysio Sehnem, com ênfase em pteridófitas e briófitas (Plantas do Sul do Brasil). O herbário recebe muitas visitas de pesquisadores de diferentes instituições de ensino e pesquisa, o que demonstra a importância do acesso às informações sobre os espécimes. Atualmente o PACA disponibiliza na internet uma lista com 539 espécimes-tipo de Angiospermas, Pteridófitas, Briófitas e Fungos, a maior parte com acesso às imagens das exsicatas, comentários e atualizações.

Infraestrutura física e manutenção do acervo

Curadora do PACA desde 1993, a Dra. Maria Salete Marchioretto coordena todo o trabalho de manutenção, organização, resgate, digitalização e disponibilização do acervo. Ela vem dedicando muito esforço para preservar as coleções, mesmo sendo a carência de pessoal uma limitação constante. "Passei por todos os processos de aprendizagem, desde coletar, passar o material na estufa, datilografar fichas, herborizar, guardar material na coleção, gerenciar empréstimos, passar material no freezer, digitar no banco de dados, fazer guias de remessa, enviar e responder correspondências..." - desabafa Salete. Por curtos períodos contou com funcionários, bolsistas (por meio da Rede de Herbários do RS) e estagiários (por meio da Prefeitura de São Leopoldo) que contribuíram no passado exercendo funções temporárias que não garantem a continuidade do trabalho. Atualmente a curadora tem somente uma bolsista ligada a um projeto de pesquisa, auxiliando-a dois turnos na manutenção da coleção.

A mudança da antiga sede da Unisinos no centro de São Leopoldo para o campus da Unisinos em março de 2014 levou o acervo para uma instalação moderna mais compacta e com sistema de refrigeração, eliminando a necessidade do controle com naftalina. A coleção de fungos está ordenada por gêneros, geralmente agrupados por família dentro de pequenas caixas de madeira guardadas em armários fechados. As coleções de Angiospermas, Gimnospermas, Pteridófitas e Briófitas estão organizadas em ordem alfabética de família. Quando a Dra. Salete assumiu a curadoria, apenas cerca de 20% dos espécimes estavam herborizados e havia muitos empréstimos de até 20 anos atrasados, mas com a intensificação da cobrança muitos exemplares foram resgatados. Além das coleções históricas, entre 2004 e 2005 o herbário HASU da Unisinos foi incorporado à coleção do herbário PACA, que ampliou ainda mais o acervo. O herbário tem ainda uma biblioteca setorial especializada, com obras raras, livros, periódicos nacionais e internacionais. 

A pesquisadora argentina Andrea Romero folheando um exemplar do acervo da biblioteca do Herbário PACA durante visita para examinar espécimes de Ascomycota.

Processo de informatização dos dados

O processo de informatização dos dados está avançado, de modo que as coleções Angiospermas, Gimnospermas e Pteridófitas estão quase todas informatizadas; a coleção de fungos está com um índice de 80 a 90% de informatização e a coleção de Briófitas cerca de 40% . O processo de informatização foi iniciado com um banco de dados desenvolvido especialmente para o herbário PACA no programa Access, mas a falta de pessoal para assessorar continuamente a curadora dificultou o desenvolvimento do trabalho. Um funcionário do Instituto Anchietano de Pesquisas que é também professor da Unisinos vem há mais de 5 anos dando suporte para a manutenção do banco de dados.

Padre Pedro Ignácio Schmitz, coordenador do Instituto Anchietano de Pesquisas, e a Dra. Maria Salete Marchioretto, curadora do Herbário PACA.

   

Integração com a rede speciesLink

A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos. A rede é considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil, contando com cerca de 5 milhões de registros de plantas e fungos, disponíveis de forma aberta e livre na internet. Durante visita da equipe do INCT-Herbário Virtual em setembro passado, o bolsista Ricardo Braga Neto teve a oportunidade de expor os benefícios da integração dos dados à rede e ficou acordado que a integração será realizada durante os próximos meses começando pela coleção de fungos. Segundo a curadora, sempre houve muita procura pelas coleções por pesquisadores, professores e alunos de graduação e pós-graduação, mas com a disponibilização dos dados ela acredita que haverá um acréscimo na procura do material, maior divulgação e maior prestígio para a instituição. 

Alunas de pós-graduação do Micolab da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) examinando a coleção de fungos do Herbário PACA.

Os próximos passos envolvem o cadastramento da coleção de fungos no sistema de gerenciamento da rede e a formalização da parceria. A equipe técnica do CRIA irá estudar o banco de dados utilizado pela coleção e a compatibilidade dos campos utilizados com o padrão DarwinCore. Uma visita está sendo planejada para efetivar a integração, realizar a instalação do software spLinker, configurar e mapear os campos de acordo com o modelo DarwinCore e testar o envio dos dados da coleção. A rede speciesLink possibilita a inclusão de imagens dos espécimes por meio do serviço Exsiccatae (INCT-Herbário Virtual/Reflora) e será possível associar imagens em alta resolução dos espécimes, ampliando a utilidade dos dados textuais e garantindo a preservação de informações preciosas. Muitas vezes as imagens reduzem a necessidade de manuseio das exsicatas, diminuindo o trabalho dos curadores e facilitando a consulta por qualquer interessado. As equipes do INCT-Herbário Virtual e do CRIA agradecem o interesse em formar a parceria e estão à disposição para dar o suporte necessário para fortalecer o Herbário Anchieta-PACA, ampliando sua visibilidade, o reconhecimento institucional e tornando a coleção cada vez mais viva.

Padre Rick, retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.

 

Saiba mais!

• Rede speciesLink supera 7 milhões de registros
• Página do Herbário PACA na Unisinos
• Acervo de typus do Herbário Anchieta-PACA
• Padre Pedro Ignácio Schmitz (IHU-online) 

Texto

• Ricardo Braga-Neto e Maria Salete Marchioretto

Fotos

• Ricardo Braga-Neto

Herbário VIC se integra ao INCT-Herbário Virtual

Representando um dos maiores acervos de plantas do estado de Minas Gerais, o Herbário VIC da Universidade Federal de Viçosa (UFV) passou a disponibilizar parte do seu acervo na rede speciesLink. Estão disponíveis de forma aberta e livre cerca de 17.500 registros, compostos principalmente por angiospermas provenientes de diferentes ecossistemas e biomas do Brasil.

Prédio do Herbário VIC, na Universidade Federal de Viçosa (UFV).

O Herbário VIC foi fundado em 1930 por Ynes Mexia. Ele está sob a responsabilidade do Departamento de Biologia Vegetal da Universidade Federal de Viçosa (UFV). É um herbário regional, com 54.000 espécimes e 42 exemplares-tipo, sendo o terceiro acervo do Estado de Minas Gerais. Botânicos ilustres depositaram parte de suas coleções no acervo do VIC, como: Agnes Chase, Howard S. Irwin e J. G. Kuhlmann. Seu acervo é constituído por algas, fungos e plantas, principalmente, Angiospermas provenientes de diversos ecossistemas do estado de Minas Gerais: caatinga, campo rupestre, cerrado, florestas semideciduais e ombrófilas incluídas no domínio da Floresta Atlântica, bem como, de outras regiões do Brasil.

Exsicata do acervo do herbário VIC.

A comissão curadora é formada pelas professoras Rita Maria de Carvalho Okano e Flávia Cristina Pinto Garcia ( responsável pela informatização) e pelo professor Pedro Bond Schwartsburd. A informatização do Herbário VIC utilizando o Brahms teve início em 2010 com o projeto "Estruturação e Informatização de Coleções Biológicas da Universidade Federal de Viçosa", apoiado no Edital BIOTA Minas, FAPEMIG CRA-APQ-03537-09, sob coordenação de Flávia Garcia.

Fernanda Lobão (técnica do herbário VIC) consultando o acervo de fungos.

No momento estão disponíveis 17.480 (~32%) registros online, em sua maior parte de plantas com destaque para a família Fabaceae. O acervo cobre uma extensa área do território nacional com coletas em todas as regiões do Brasil, mas com maior densidade na região sudeste.

 

Saiba mais!

• VIC - Herbário da Universidade Federal de Viçosa 
• Acervo do herbário VIC disponível no INCT-Herbário Virtual / rede speciesLink

Herbário ICN integra imagens de 400 espécimes-tipo à rede INCT-Herbário Virtual

Durante visita realizada pela equipe do INCT-HVFF para discutir a qualidade dos dados integrados ao Herbário Virtual, foi realizada a associação de imagens aos registros textuais de cerca de 400 espécimes-tipo do herbário ICN. Em breve mais imagens serão disponibilizadas.

Integrantes do herbário ICN acompanhando a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual.

O Herbário ICN, da UFRGS, é uma das principais referências no Rio Grande do Sul em pesquisa para docentes, pesquisadores e alunos em diferentes áreas do conhecimento. É o maior acervo do estado, com cerca de 160.000 exemplares, abrangendo Angiospermas, Gimnospermas, Monilófitas, Briófitas, Algas, Fungos e Líquens, incluindo 440 espécimes-tipo de plantas, em sua grande maioria da flora do RS. Desde 2011 disponibiliza seus dados online na rede speciesLink de forma livre e aberta. Atualmente cerca de 90.000 (~56%) espécimes estão informatizados e disponíveis para consulta online, incluindo imagens de cerca de 400 espécimes-tipo.

O herbário ICN possui uma excelente infraestrutura para abrigar as coleções de plantas e fungos, além de uma equipe técnica permanente formada por vários biólogos que atuam na curadoria. Durante a visita foram realizadas atividades direcionadas à melhoria da qualidade dos dados diponibilizados utilizando ferramentas desenvolvidas pelo CRIA, como o relatório de data Cleaning, ferramentas geográficas e novidades na interface de busca do speciesLink. A equipe do herbário tem trabalhado ativamente na resolução da maior parte dos problemas do banco de dados da coleção, reduzindo erros de grafias de nomes de autores, nomes científicos, informações gerenciais e dados geográficos, mas até a visita não haviam imagens associadas.

Densidade de registros do herbário ICN disponibilizados na rede INCT-Herbário Virtual.

O herbário ICN já dispõe de um sistema preparado para digitalizar as exsicatas, contando com uma câmera digital e flashes montados em uma estrutura fixa que permite a obtenção de imagens rapidamente em ótima qualidade, o que contribui para agilizar a obtenção das imagens. O procedimento de envio das imagens foi discutido com a equipe técnica e cerca de 400 imagens dos espécimes-tipo foram integradas à rede, permitindo a consulta das informações de forma aberta e livre por qualquer pessoa interessada.

O equipamento usado para obtenção das exsicatas é simples, econômico e funcional.

Um ponto que merece destaque é a organização física das exsicatas na coleção, que está baseada sistema APG III, o mais recente utilizado na classificação de plantas. Isso exigiu bastante trabalho para organizar as dezenas de milhares de exsicatas nos armários, mobilizando a equipe técnica para completar a tarefa no menor tempo possível. Entretanto, depois disso as exsicatas ficaram fáceis de serem localizadas de acordo com a família e o gênero. No sistema APG III a tarefa de completar informações de ordem e filo, por exemplo, é facilitada. A inclusão de dados nesses campos melhora a qualidade das informações disponíveis e aumenta a eficácia das buscas na rede (veja mais detalhes aqui). A coleção atualmente utiliza o software Access para gerenciar seus dados, mas pretende começar a utilizar o software BRAHMS. Para isso, um treinamento de pelo menos uma semana está sendo planejado.

Saiba mais!

• Herbário ICN, UFRGS
• Acervo ICN disponível na rede INCT-Herbário Virtual
• Acervo ICN (somente com imagens)

Texto e imagens

• Ricardo Braga-Neto e Flávia Pezzini

Novas funcionalidades do sistema Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil

O sistema Lacunas (lacunas.inct.florabrasil.net) foi atualizado. Além da informação sobre o status dos dados de determinada espécie, gênero, família ou outro grupo taxonômico, agora também é possível avaliar a evolução qualitativa do Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, uma vez que os relatórios anteriores também estão disponíveis online.

FIGURA 1. SCREENSHOT DO WEBSITE DO SISTEMA LACUNAS DE CONHECIMENTO DA FLORA E DOS FUNGOS DO BRASIL. A SETA VERMELHA APONTA O MENU ONDE SE PODE ESCOLHER DIFERENTES VERSÕES DO RELATÓRIO.

O sistema Lacunas foi desenvolvido integrando dados e informações da rede speciesLink, da Lista de Espécies da Flora do Brasil (ed. 2012), da Instrução Normativa MMA no. 06 e da Lista de Espécies Ameaçadas de Extinção da Fundação Biodiversitas e produzindo relatórios sobre o status da informação disponível online (Fig. 2).

FIGURA 2. DIAGRAMA ILUSTRANDO COMO O RELATÓRIO LACUNAS É GERADO.

Os dados de ocorrência de plantas da rede speciesLink, a Lista da Biodiversitas e os Anexos I e II da Instrução Normativa MMA no. 06 são filtrados pela Lista de espécies da flora do Brasil, edição 2012, isto é, apenas registros com nomes de espécies presentes na Lista são considerados na preparação do relatório (mais detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html).

Assim, por um lado tem-se uma rede de herbários altamente dinâmica que apresenta uma média de duas atualizações por mês por provedor e por outro lado tem-se o sistema Lacunas que demanda tempo de processamento, o que inviabiliza que seja disponibilizado de forma dinâmica, em tempo real. Como um dos objetivos do sistema é facilitar a identificação de lacunas de dados online e dessa forma contribuir para a definição de estratégias de pesquisa e fomento, foi definido um intervalo de seis meses para a produção de novas versões do relatório. Assim, quando se faz uma busca no sistema Lacunas, o resultado obtido traz os registros que estavam disponíveis na rede speciesLink na data em que o relatório foi gerado (mais detalhes em Canhos et al. 2013).

O primeiro relatório data de setembro de 2012, utilizando a versão dinâmica da Lista de Espécies da Flora do Brasil. A partir de janeiro de 2013 os relatórios foram gerados utilizando a Lista de Espécies da Flora do Brasil edição 2012 como base, que apresenta 4.222 espécies de Algas, 31.900 Angiospermas, 1.531 Briófitas, 4.557 Fungos, 26 Gimnospermas e 1.212 Pteridófitas, totalizando 43.448 nomes aceitos de espécies.

Comparando os resultados do relatório Lacunas de janeiro de 2013 com o de julho de 2014, utilizando como filtros a seleção de nomes aceitos e seus sinônimos, a comparação fonética dos nomes e a inclusão de registros com ou sem coordenadas geográficas (ou seja, os critérios que procuram recuperar o maior número possível de registros), tem-se que mais de 1.600 espécies, anteriormente sem nenhum registro, passaram a ter dados online. Em termos percentuais o número de espécies sem registros caiu de 19% (8.176 de um total de 43.448) para 15%.

Analisando os dados considerando registros com coordenadas geográficas consistentes e distintas, incluindo sinônimos e realizando a comparação fonética dos nomes, tem-se que mais de 2.500 espécies, antes sem nenhum registro com coordenadas consistentes, passaram a ter pelo menos um ponto de ocorrência online, com coordenadas consistentes. Em termos percentuais o número de espécies sem registros com coordenadas geográficas consistentes caiu de 26% (11.188) para 20% (8.684). Além disso, o número de espécies com mais de 20 pontos com coordenadas consistentes e distintas, para as quais bons modelos de nicho ecológico podem ser gerados, aumentou em 5%. Trata-se, portanto, de uma avaliação qualitativa dos avanços na disponibilização de dados de herbários online.

Referências
Canhos, D. A. L., Sousa-Baena, M. S., Souza, S., Garcia, L. C., De Giovanni, R., Maia, L. C., & Bonacelli, M. B. M. (2014). Lacunas: a web interface to identify plant knowledge gaps to support informed decision-making. Biodiversity and conservation 23(1): 109-131.

Interface de busca e dicas de uso da rede speciesLink

O INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos preparou uma série de vídeos para auxiliar os usuários a explorar melhor os sistemas de informação. O primeiro vídeo traça um panorama sobre a rede speciesLink, explorando a interface de busca e fornecendo dicas de uso. Veja a seguir.

Saiba mais!

• Rede speciesLink
• Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA)

INCT-HVFF promove a inclusão de imagens de fungos na rede speciesLink

Visando ampliar a qualidade das informações associadas aos registros textuais de fungos disponíveis na rede speciesLink, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está promovendo a inclusão de imagens macro e microscópicas de espécimes de fungos, ampliando a utilidade do sistema de informação para os micólogos.

Panorama geral

O sistema speciesLink é a base utilizada pelo INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) para integrar e tornar disponíveis dados primários sobre plantas e fungos no Brasil. Atualmente a rede INCT-HVFF possui mais de 4,7 milhões de registros online, dos quais mais de 90% são plantas. Embora os fungos tenham sido historicamente menos estudados, nas últimas décadas houve um aumento bastante significativo no interesse pela Micologia no Brasil, dada sua imensa importância para todos os ecossistemas terrestres. Jovens pesquisadores recentemente contratados por universidades públicas vem contribuindo para formar dezenas de novos alunos em muitos centros de pesquisa distribuídos pelo país e a produção de conhecimento, refletido pela qualidade e quantidade de artigos publicados, é muito expressiva.

Captura de tela do resultado de uma busca dos registros de fungos no herbário FLOR com imagens associadas.

Investimentos estratégicos em programas de pós-graduação, cursos de capacitação, infraestrutura das coleções e atividades de coleta em campo, aliados a oportunidades de bolsas de estudo no exterior, são etapas cruciais do desenvolvimento da Micologia no Brasil. Contudo, igualmente importantes são os investimentos na modernização e informatização das coleções, permitindo o desenvolvimento de sistemas que podem contribuir para acelerar a produção de conhecimento. A rede speciesLink reúne em um mesmo sistema informações básicas sobre os espécimes, com dados taxonômicos, geográficos e temporais, além de permitir a associação de imagens com cada espécime através do serviço Exsiccatae.

A inclusão de imagens de fungos é muito importante porque o processo de desidratação necessário para o acondicionamento nos herbários causa a perda de característicasmacroscópicas relevantes para o reconhecimento das espécies. Imagens que retratem a forma e coloração dos esporóforos são importantes, assim como detalhes de estruturas efêmeras e frágeis. Por outro lado, a maioria dos caracteres morfológicos que são determinantes para a identificação das espécies são estruturas celulares e as imagens microscópicas também são muito importantes  para a taxonomia dos fungos. Visando padronizar o processo de integração das imagens e orientar os micólogos interessados, o INCT-HVFF está desenvolvendo um procedimento para melhorar a gestão das imagens de fungos, descrito no guia abaixo.

Um aspecto importante da obtenção das imagens está relacionado à calibração e inclusão de escalas. Incluir uma régua na foto garante uma referência, mas é possível calibrar as imagens sem régua se algum objeto for conhecido ou mensurado.

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Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF

O guia visa orientar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a adotar um procedimento padronizado para enviar imagens de espécimes de fungos para a rede INCT-HVFF/speciesLink. As imagens compartilhadas pelos herbários são armazenadas em servidores localizados no CRIA e na RNP (Rede Nacional de Ensino e Pesquisa) e gerenciadas por sistemas especializados em servir imagens na rede em diferentes formatos e tamanhos. O guia cobre aspectos básicos relacionados à qualidade e obtenção das imagens, calibração e inclusão de escalas, além da preparação e procedimentos de envio dos metadados para a equipe do CRIA, responsável pela gestão das imagens. 

A resolução tem um impacto direto na qualidade da imagem. Quanto maior a resolução, maior a densidade de pixels e de informação que a imagem contém. O tamanho do pixel variou nas diferentes resoluções para manter a mesma dimensão entre as imagens.

É importante ressaltar que as imagens devem ser exclusivamente dos espécimes depositados nos herbários. Além das fotos, podem ser enviadas também ilustrações científicas baseadas nos espécimes. O acesso às imagens pode ser feito pelo formulário de busca da rede, pela interface administrativa do sistema Exsiccatae ou por meio de serviços web para uso pelas coleções. Além de permitir algumas operações básicas com as imagens, como medir uma distância, aproximar ou salvar a imagem, o sistema speciesLink permite ainda que as imagens de diferentes espécimes sejam comparadas diretamente a partir de resultados de buscas!

Captura de tela da interface de buscas do speciesLink usando o menu imagens para comparar diferentes espécimes de fungos micorrízicos arbusculares do herbário URM.

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Primeiras imagens disponíveis

As primeiras imagens incluídas na rede foram contribuições do herbário URM (Recife), que integrou aos registros textuais imagens de fungos endomicorrízicos do filo Glomeromycota e de fungos decompositores de madeira do filo Basidiomycota. O próximo a participar foi o herbário FLOR (Florianópolis) e os alunos do Micolab da UFSC, que enviaram imagens macro e microscópicas e nos ajudaram a discutir todo o processo, incluindo o sistema de tags usado para classificar as imagens. Em seguida, pesquisadores associados ao herbário INPA (Manaus) integraram imagens de fungos decompositores de serrapilheira e fungos gasteróides do filo Basidiomycota. Durante o segundo semestre de 2014 uma equipe do INCT-HVFF e do CRIA visitará as principais coleções de fungos no Brasil para divulgar a iniciativa e oferecer suporte para a integração das imagens aos dados dos espécimes de fungos que ocorrem no país. Ainda que o sistema esteja em fase experimental, a revolução que isso representará para a taxonomia e estudo dos fungos dependerá exclusivamente da participação ativa da comunidade científica. Participe!

Alunos do Micolab em Florianópolis na bancada mostrando o dia-a-dia no laboratório.

Saiba mais!

• Nota técnica: Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF
• Calibração e inclusão de escalas em imagens

Coleção de Fungos do Instituto de Botânica de SP incorpora dados à rede INCT-Herbário Virtual

Considerada uma das maiores coleções de fungos do Brasil, o herbário SP possui um longo histórico de pesquisa em Micologia neotropical. Desde abril de 2014, dados sobre cerca de 24.500 espécimes podem ser consultados pelo sistema speciesLink.

Alguns pesquisadores e alunos de pós-graduação associados ao Núcleo de Pesquisas em Micologia do IBt-SP.

A Coleção de Fungos do Herbário Maria Eneyda Pacheco Kauffmann Fidalgo (SP-Fungi) possui cerca de 35.000 exemplares de fungos e 400 espécimes-tipo, a maioria pertencente ao grupo dos basidiomicetos e fungos liquenizados. O herbário abriga a segunda maior coleção de fungos macroscópicos do Brasil, mas até pouco tempo ainda não estava integrada à rede INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF). A partir do começo de abril, cerca de 24.500 registros de espécimes foram integrados à rede, o que representa 70% do acervo. "A integração de dados de herbários que possuem espécimes de fungos é importante para ampliar o acesso às informações existentes sobre a diversidade micológica no Brasil, um passo essencial para avaliar o estado de conhecimento nessa área e, sobretudo, para fomentar a geração de políticas públicas que estimulem a conservação dos fungos no estado", ressalta a Dra. Adriana de Mello Gugliotta, curadora do herbário de fungos.

Acervo total e histórico da inclusão do número de registros online do herbário SP-Fungi.

A Micologia no Instituto de Botânica de São Paulo
Pesquisas em Micologia são desenvolvidas no Instituto de Botânica de São Paulo (IBt-SP) desde a metade do século XX, tendo início com a criação da Seção de Criptógamos em 1956 e a contratação do Dr. Alcides Ribeiro Teixeira, que convidou o Dr. Oswaldo Fidalgo e a Dra. Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo para desenvolver pesquisas em basidiomicetos a partir do início dos anos 60. Logo em seguida foram contratados os doutores João Salvador Furtado, que deu mais impulso ao estudo dos basidiomicetos, e Adauto Ivo Milanez, que iniciou pesquisas em fungos aquáticos. Nos anos seguintes foram contratadas mais duas doutoras, Vera Bononi, que prosseguiu com estudos sobre basidiomicetos, e Sandra Trufem, que se especializou no grupo dos zigomicetos e mais tarde em micorrizas. Em 1969, os fungos passaram a ser tratados de forma diferenciada das plantas e foi criada a Seção de Micologia e Liquenologia (SML), que chegou a contar com oito pesquisadores científicos em 1988 e onze em 1996, trabalhando com diferentes grupos de fungos.

Dra. Adriana de Mello Gugliotta, atual curadora da coleção de fungos, mostrando alguns espécimes de fungos macroscópicos.

Em 2009 houve uma reorganização estrutural e a SML passou a ser chamada de Núcleo de Pesquisa em Micologia (NPM). Atualmente conta com nove pesquisadores qualificados a orientar alunos de mestrado, doutorado e pós-doutorado, tanto do Programa de Pós-Graduação do Instituto de Botânica quanto de outras instituições de ensino superior no Brasil, o que representa um diferencial para agregar mais alunos e aumentar a produção científica. O NPM abriga e é responsável pelo Herbário de Fungos (SP-Fungi), parte do Herbário Científico Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo (SP). Além das 35.000 exsicatas de fungos, o NPM preserva parte da Coleção de Culturas de Algas, Cianobactérias e Fungos (CCIBt), constituída por cerca de 1.500 espécimes de fungos terrestres e aquáticos, que estão disponíveis para fins didáticos e científicos. A Dra. Adriana de Mello Gugliotta, especialista em fungos poliporóides, é a curadora do herbário SP-Fungi desde março de 2013, mas desde janeiro de 2006 já vem atuando na coleção ao lado do Dr. Michel Navarro Benatti, especialista em liquens. A produção acadêmica está aumentando com a participação de alunos de pós-graduação, dada a existência de pesquisadores experientes que podem orientar e a excelente infraestrutura para análises microscópicas e moleculares.

Dr. Michel Navarro Benatti, pesquisador do IBt-SP especialista em liquens.

Integração com o Herbário Virtual
A integração da coleção de fungos de SP foi efetivada durante uma visita da equipe do INCT-HVFF em parceria com o CRIA, que é responsável pela criação e manutenção da rede speciesLink, uma iniciativa pioneira que forma a base do sistema de informação adotado pelo INCT-Herbário Virtual. O sistema disponibiliza os dados providos pelas coleções, integrando tudo em uma plataforma de acesso livre e aberto, permitindo que os dados sejam trabalhados de várias formas de acordo com o interesse do usuário. Mapas, listas e gráficos podem ser obtidos facilmente com base nas buscas realizadas, ampliando ainda mais sua utilidade para a comunidade acadêmica e tomadores de decisão. A rede conta com ferramentas que auxiliam os curadores e pesquisadores a prezar pela qualidade dos dados, contribuindo para reduzir problemas nomenclaturais, geográficos e gerenciais da coleção.

Proporção de registros online (70,2%, verde), registros online georreferenciados (2,3% verde escuro) e registros offline (29,8% vermelho) do herbário SP-Fungi na rede speciesLink.

Embora ainda exista muito trabalho a ser feito para melhorar a qualidade dos dados disponíveis e incorporar os dados remanescentes da coleção (cerca de 30%), a integração em rede nacional deve contribuir para ampliar o interesse nos espécimes de fungos depositados no herbário SP, a melhorar a qualidade dos dados e a ampliar a geração de conhecimento desse grupo tão importante e pouco conhecido. O número de espécimes depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi por ano de coleta variou consideravelmente desde sua origem, mas quando se considera como unidade temporal um período maior, como uma década, é possível observar que houve uma atividade relativamente regular no volume de espécimes depositados a partir dos anos 50, com uma leve tendência à diminuição nos últimos anos. Em parte essa queda reflete uma mudança no critério de inclusão de espécimes visando incorporar ao acervo apenas espécimes identificados. Entretanto, uma grande parte dos dados dos alunos que estão terminando suas teses e dissertações ainda não foi depositada, então é esperado que esses valores aumentem em um futuro próximo devido às coletas mais recentes.

Número de espécimes de fungos depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi por ano de coleta.

Os espécimes de fungos depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi foram coletados principalmente no Brasil (cerca de 75% do acervo), mas existem espécimes coletados em mais de 200 países. A distribuição geográfica das coletas está concentrada principalmente na região Sudeste, seguida das regiões Sul e Norte. Os estados com maior representatividade de coletas são: São Paulo (64,7%), Rio Grande do Sul (8%), Minas Gerais (6,8%) e Rio de Janeiro (4,6%), mas existem coletas espalhadas por todo o país.

Mapa com a distribuição das coordenadas geográficas dos espécimes de fungos de SP-Fungi presentes na rede speciesLink. Em azul, coordenadas georreferenciadas pelo município; em vermelho, coordenadas originais informadas pela coleção.

Contudo, alguns pontos relacionados ao georreferenciamento merecem atenção especial por parte da curadoria. Cerca de 10.000 registros não possuem informações sobre o município ou coordenada geográfica e apenas 818 (2,3%) registros foram georreferenciados na coleta e registrados pela coleção, o que representa uma proporção extremamente baixa de espécimes com coordenadas geográficas originais. Dentre os registros disponibilizados, 13.748 (56%) possuíam informações textuais sobre o município e foram georreferenciados a posteriori automaticamente com base no centróide do município. Entretanto, esse é um tipo de coordenada que apresenta grandes chances de ter baixa acurácia, pois o centróide do município provavelmente está localizado a uma distância considerável do ponto real da coleta.

Proporção do número de registros de fungos do herbário SP-Fungi por estado.

Perspectivas futuras
A coleção de fungos SP-Fungi abriga um acervo importantíssimo com concentração de coletas no bioma Mata Atlântica, cujos remanescentes não chegam a somar 10% da área original de cobertura. A existência de um programa de pós-graduação favorece a atração de alunos de mestrado, doutorado e pós-doutorado responsáveis pelo aumento na produtividade acadêmica e pela inclusão de novos espécimes no herbário. Contudo, para aumentar a utilidade desses dados é preciso prezar pela inclusão de informações completas sobre os espécimes, inclusive as geográficas, um passo fundamental para orientar políticas públicas que levarão à conservação dos fungos na região. O sistema speciesLink está sendo aprimorado para ampliar a utilidade para a comunidade acadêmica e em breve a integração de imagens dos espécimes de fungos estará disponível, o que representa um estímulo a mais para acelerar a geração de conhecimento sobre as espécies de fungos que ocorrem no Brasil.

Saiba mais!

• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos 
• Herbário SP-Fungi (página da rede speciesLink)
• Núcleo de Pesquisa em Micologia (IBt-SP)
• Acervo do herbário SP-Fungi na rede speciesLink

Créditos
Texto e fotos - Ricardo Braga-Neto