Herbário FLOR recebe visita para discutir a qualidade dos dados

A visita da equipe do INCT-HVFF, em parceria com o CRIA, teve como objetivo incentivar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a prezar pela qualidade dos dados dos espécimes. Particularmente, a visita visou aprofundar a participação dos micólogos e discutir a inclusão de imagens dos espécimes de fungos na rede speciesLink.

Professores e alunos do Micolab na UFSC. O aumento do número de alunos reflete maior interesse nos fungos, em grande parte motivado pela presença de jovens pesquisadores.

O Herbário FLOR da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) possui uma coleção online com cerca de 42.000 registros de espécimes de plantas vasculares, 6.000 de fungos e 1.000 de algas. O acervo do herbário está voltado especialmente para a flora e micota da região Sul do Brasil. O herbário faz parte da rede INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos desde julho de 2011 e vem contribuindo com um acréscimo de quase 10.000 registros por ano. A maior parte da coleção é de plantas, mas o número de espécimes de fungos tem grande potencial de aumentar com a participação de dezenas de alunos de graduação e de pós-graduação do Laboratório de Micologia (Micolab), liderado pelos Profs. Maria Alice Neves e Elisandro Ricardo Drechsler-Santos.

Histórico da evolução do número total de registros online e registros georreferenciados do herbário FLOR.

 
Zelando pela qualidade dos dados
O herbário FLOR tem uma bióloga contratada que é responsável pelo banco de dados, exercendo um papel chave para a qualidade das informações disponibilizadas. De uma forma geral, os dados taxonômicos estão bem cuidados, mas uma grande proporção dos registros não possui coordenadas geográficas originais, ou seja, informadas pela própria coleção. Isso se deve em parte à carência de informações nas coletas mais antigas, mas também à falta de uma cobrança sistemática por parte dos curadores e técnicos.

Silvia Venturi, bióloga responsável pelo banco de dados de FLOR, e Eduardo Michelena, seu estagiário.

Durante a visita, foram discutidas as melhores práticas para realizar o georreferenciamento. O formato de graus decimais foi sugerido como formato padrão, pois reduz muito a chance de inclusão de erros. Além disso, algumas dicas sobre a utilização de aparelhos de GPS em campo foram passadas, com ênfase para a configuração prévia do formato da coordenada para graus decimais e do datum para WGS84. Para coletas antigas ou recentes sem coordenadas é possível fazer o georreferenciamento retrospectivo, um conjunto de técnicas que atribui uma coordenada geográfica com base nas informações escritas sobre a localidade. Softwares populares, como o Google Earth, são adequados à tarefa, pois conciliam uma interface amigável dos mapas de satélite com um banco de dados com nomes de localidades que funcionam bem para a maior parte do planeta. Outra ferramenta de acesso aberto é o GeoLoc, que fornece coordenadas geográficas para um determinado município ou para o nome completo ou parcial da localidade. Também bastante útil é o conversor, ferramenta que permite a conversão de diferentes tipos de representação de coordenadas geográficas e datums disponíveis no Brasil. Ambas permitem que a conversão de coordenadas ou a busca por localidades seja feita individualmente ou em lotes.

Interface do geoLoc (http://splink.cria.org.br/geoloc).

Panorama da coleção de fungos
Atualmente não existe uma separação estrutural na rede speciesLink entre as coleções de fungos e plantas. Porém, devido ao preenchimento completo das informações do campo ‘Reino’ para todos os espécimes de fungos é possível analisar a coleção de fungos de FLOR de maneira independente. Hoje existem 5.875 espécimes de fungos com dados online, sendo o filo Basidiomycota o mais representado, com 4.911 amostras, seguido de Ascomycota, com 443 amostras.

Caixas com espécimes de fungos macroscópicos depositados no herbário FLOR. Atualmente existem cerca de 6.000 registros de fungos online, mas nenhum possui imagens associadas.

O acervo tem um viés mais voltado aos fungos decompositores da madeira, decorrente da contribuição da Profa. Clarice Loguércio Leite, que durante anos lecionou micologia na UFSC com foco nesse grupo de fungos, contribuindo para a formação de micólogos que hoje estão formando a nova geração. As principais famílias de fungos representadas em FLOR são Polyporaceae (1.513 registros), Hymenochaetaceae (661), Ganodermataceae (340) e Agaricaceae (244), mas o acervo está sendo diversificado com o fortalecimento do Micolab.
 

A contratação de jovens professores tem permitido a participação de diversos alunos em pesquisas com fungos.

Os espécimes de fungos depositados no herbário FLOR foram coletados principalmente no Brasil. A distribuição geográfica das coletas está concentrada principalmente na região Sul, com maior densidade no estado de Santa Catarina, mas o herbário FLOR também abriga coletas importantes feitas na Amazônia e no Nordeste.

Distribuição das localidades dos espécimes de fungos depositados em FLOR e presentes na rede speciesLink. Em azul, coordenadas georreferenciadas pelo município; em vermelho, coordenadas originais informadas pela coleção.

O dinamismo atual do Micolab é refletido pelo grande número de alunos participantes e pela diversidade de grupos de fungos estudados, mostrando que a micologia passa por um importante momento de desenvolvimento que deve contribuir para aumentar nosso conhecimento sobre a diversidade de fungos no Brasil. Contudo, alguns aprimoramentos do sistema speciesLink podem ajudar a tornar a ferramenta ainda mais útil para a comunidade científica. Uma delas é a associação das imagens dos espécimes aos dados textuais.

O Micolab conta com uma estrutura bastante completa que potencializa a formação dos jovens micólogos.

Imagens para espécimes de fungos
Um dos objetivos da visita foi levantar as demandas dos micólogos em relação à inclusão de imagens dos espécimes de fungos no INCT-Herbário Virtual, via rede speciesLink. Durante a visita foram discutidas questões relacionadas à padronização e operacionalização dessa demanda. Atualmente o INCT-Herbário Virtual não possui imagens de espécimes de fungos do herbário FLOR, mas os pesquisadores e alunos fazem uso cotidiano de imagens macro e microscópicas para auxiliar a identificação das espécies. Assim, há um interesse natural em associar as imagens aos registros textuais.

Alunos trabalhando no Micolab. Associar imagens dos espécimes de fungos vai ajudar a tornar acessíveis informações essenciais para a identificação das espécies.

Foram discutidas as principais categorias de imagens que usualmente estão associadas aos espécimes e houve uma dinâmica para informar quais campos são essenciais para cada grupo de fungos. Outros pontos importantes envolvem a questão das escalas, legendas e créditos das imagens. Essas informações estão sendo compiladas e transmitidas à equipe do CRIA, responsável pelo desenvolvimento do sistema.

Maria Alice Neves, docente da UFSC, que está ajudando a formar novos micólogos no Brasil.

Embora os fungos sejam menos conhecidos do que plantas e animais, o número de alunos e a estrutura existente no Micolab prometem contribuir para a geração de conhecimento sobre a diversidade e distribuição das espécies de fungos que ocorrem no Brasil, ajudando a reduzir essa falta de conhecimento histórica. A rede speciesLink, que mantém e disponibiliza os dados dos herbários vinculados ao INCT-Herbário Virtual, possui uma estrutura bastante completa, mas a qualidade dos dados é determinante para o tipo de uso que essas informações podem ter. A visita favoreceu não apenas a realização do trabalho proposto, mas o estreitamento de vínculos que tenderão a aumentar o comprometimento dos envolvidos em promover a melhoria da qualidade dos dados sobre fungos, bem como o aprimoramento do sistema, visando ampliar sua utilidade para a comunidade científica.


Saiba mais!

• INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Acervo geral do herbário FLOR na rede speciesLink
• Acervo de fungos do herbário FLOR na rede speciesLink
• Herbário FLOR (site UFSC)
• Herbário FLOR (página da rede speciesLink)
• Ferramentas para converter e gerenciar coordenadas geográficas
• Página do Micolab no facebook

Créditos
Texto e fotos - Ricardo Braga-Neto
*atualizado em 22.03.2014

Biogeografia da Flora e dos Fungos do Brasil

Compreender melhor a distribuição geográfica de espécies é fundamental para promover a conservação da biodiversidade. Visando ampliar o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil, foi desenvolvido um sistema para modelar a distribuição potencial das espécies, contando com a participação ativa de especialistas.

Projeção de consenso entre os modelos de nicho ecológico para Passiflora mucronata (Bernacci & Giovanni 2013), indicando a área potencial de distribuição da espécie no Brasil. Prancha disponível no Herbario Virtual Flora Brasiliensis.

Visando expandir o conhecimento sobre a biogeografia das espécies de plantas e fungos do Brasil, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) desenvolveu em parceria com o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) um sistema para modelar a distribuição potencial de espécies, contando com a participação ativa de especialistas. O sistema, Biogeografia da Flora e dos Fungos do Brasil (Biogeo), foi desenvolvido no âmbito do Sistema Nacional de Pesquisa em Biodiversidade (SISBIOTA Brasil), utilizando a rede speciesLink como base de dados da ocorrência das espécies.

O sistema visa contribuir para ampliar a compreensão das necessidades ambientais das espécies, investigar diversas questões envolvendo pesquisa e conservação, indicar espécies com maior carência de dados e orientar novas coletas. O sistema abre a perspectiva para as comunidades botânica e micológica construírem um banco de dados sobre plantas e fungos que no futuro poderá conter pelo menos um modelo de distribuição potencial para cada espécie.

Parkia pendula registrada no sul da Bahia por Fábio Coppola (Flickr). Conhecida na região como Juerana, é uma árvore emergente que possui uma distribuição composta de áreas na costa do Nordeste e áreas na Amazônia.

Como funciona
A interface do sistema possui uma seção aberta, onde todos os modelos publicados podem ser visualizados, e uma seção reservada aos supervisores cadastrados, os quais são responsáveis pelo processo de modelagem das espécies. Atualmente o sistema tem 55 supervisores cadastrados e cerca de 700 espécies com modelos gerados, incluindo angiospermas, samambaias e fungos macroscópicos. Todos esses modelos podem ser vistos a partir do menu de navegação na barra superior (clicando em Taxonomia pode-se visualizar as opções disponíveis, realçadas com fundo branco) ou buscados pelo nome científico no canto superior direito.

Modelos gerados para Pycnoporus sanguineus, um fungo amplamente distribuído em regiões tropicais e subtropicais do mundo (Braga-Neto 2013). A) Corpo de frutificação: produz os esporos que são dispersos pelo vento. B) Pontos de ocorrência: Dos 594 registros disponíveis na rede speciesLink, apenas 7,9% foram incluídos na modelagem. C) Modelo de consenso: Ainda que o número de pontos seja suficiente para incluir todos os algoritmos, o modelo pode ser considerado preliminar porque existem grandes lacunas de registros com coordenadas geográficas, influenciando a qualidade final do modelo. Crédito da foto: Damon Tighe (Flickriver).

O Biogeo busca padronizar a geração de modelos e compartilhar os resultados de forma livre e aberta, permitindo que os experimentos possam ser facilmente reproduzidos e verificados pelos usuários. O sistema permite que vários modelos sejam gerados ao longo do tempo para a mesma espécie, porém somente um deles é exibido como referência. O modelo de referência é sempre o último modelo aprovado para a espécie, pois se espera que cada novo modelo seja melhor que os anteriores. Os modelos gerados ficam disponíveis para serem avaliados pelos especialistas, que podem aprovar ou descartar o resultado. O sistema utiliza dados de ocorrência de espécies disponíveis na rede speciesLink, a Lista de Espécies da Flora do Brasil 2012 como base taxonômica e variáveis ambientais bioclimáticas do WorldClim que afetam a distribuição de grande parte das espécies vegetais:

• Altitude (modelo digital de elevação)
• Variação média de temperatura no dia 
• Temperatura máxima no mês mais quente 
• Temperatura mínima no mês mais frio 
• Precipitação no trimestre mais úmido 
• Precipitação no trimestre mais seco 
• Precipitação no trimestre mais quente
• Precipitação no trimestre mais frio

O funcionamento do Biogeo é baseado na ferramenta openModeller, podendo utilizar até 5 algoritmos de modelagem, dependendo do número de pontos de ocorrência. Para espécies com menos de 5 pontos gera-se apenas um modelo de dissimilaridade ambiental através do cálculo da distância euclideana ao ponto de ocorrência mais próximo. De 5 a 9 pontos gera-se um modelo com o algoritmo Maxent; de 10 a 19 pontos são gerados dois modelos, um com o Maxent e outro com o GARP Best Subsets (GARP BS). A partir de 20 pontos são utilizados 5 algoritmos: Maxent, GARP BS, Distância Mahalanobis, ENFA e Máquina Vetores de Suporte de classe única (SVM).

A estratégia de modelagem de nicho ecológico depende do número de pontos de ocorrência disponíveis para cada espécie. Com menos de 5 pontos gera-se um modelo inicial com o objetivo de guiar novas coletas. Entre 5 e 19 pontos os modelos ainda são considerados exploratórios, mas servem como uma estimativa preliminar do nicho da espécie, sendo gerados com um ou dois algoritmos. Modelos gerados a partir de 20 pontos permitem a inclusão de todos os algoritmos, tendendo a ser mais robustos.

O trabalho é realizado separadamente para cada espécie e basicamente envolve: 1) a seleção dos nomes a serem utilizados na busca de registros de ocorrência; 2) a seleção dos registros de ocorrência a serem utilizados no procedimento de modelagem; e 3) a avaliação do modelo gerado. Embora a maior parte dos modelos originais sejam contínuos (i.e., preveem a ocorrência potencial da espécie em uma gama de valores entre 0 e 1), os modelos são também transformados em modelos binários (i.e., prevendo a ocorrência potencial da espécie em valores iguais a 0 ou 1) com base em um limiar de corte, visando facilitar a geração de um modelo de consenso que exibe apenas os locais onde há concordância entre os algoritmos utilizados. Para mostrar o funcionamento escolhemos a espécie Parkia pendula (Willd.) Benth. ex Walp. como exemplo.

Exsicata de Parkia pendula coletada em 1979 na Estação Experimental de Silvicultura Tropical, entre Manaus e Boa Vista. A amostra está depositada no herbário do Jardim Botânico de Nova Iorque (NY 1190430), mas não foi incluída na geração dos modelos de nicho ecológico porque não possui coordenadas geográficas do local de coleta com boa precisão.

Explorando o Biogeo
O primeiro passo para gerar os modelos de Parkia pendula envolveu a seleção dos nomes a serem utilizados na busca de registros de ocorrência, considerando a possibilidade de haver sinônimos na base de dados da Lista de Espécies da Flora do Brasil ou no Tropicos. Em seguida o supervisor selecionou 50 pontos de ocorrência com a ajuda de filtros automáticos de qualidade que visam evitar a inclusão de registros com problemas de georreferenciamento ou identificação. Os pontos de ocorrência selecionados provêm de 18 herbários integrados à rede speciesLink.

Registros de Parkia pendula utilizados no procedimento de modelagem (Lima 2013).

Em seguida, os modelos foram projetados no espaço geográfico para visualização. Como existem mais de 20 pontos disponíveis para esta espécie, foram gerados modelos com base nos 5 algoritmos. No momento, a geração e a projeção dos modelos estão restritas ao território brasileiro porque a ampliação da cobertura geográfica depende de uma série de alterações não triviais, como conhecer os datums utilizados em outros países, ampliar a base de dados de estados e municípios, além de outros detalhes.

Projeções dos modelos de nicho ecológico gerados para Parkia pendula (Lima 2013). A) Extensão geográfica abordada nos modelos. B) Pontos de ocorrência. C) SVM one-class. D) Maxent original. E) Maxent binário. F) Distância Mahalanobis original. G) Distância Mahalanobis binário. H) ENFA original. I) ENFA binário. J) GARP BS original. K) GARP BS binário. L) Modelo de consenso. As áreas em vermelho em C, E, G, I e K indicam modelos binários (presença ou ausência). Os modelos D, F, H e J são contínuos e as cores quentes indicam maior probabilidade de ocorrência. As áreas em vermelho no modelo de consenso L indicam concordância entre os 5 algoritmos, em laranja 4 e em amarelo 3. 

Como avaliar os modelos gerados?

Os modelos gerados NÃO representam a distribuição real da espécie, mas sim a distribuição potencial em áreas ambientalmente adequadas à espécie de acordo com os pontos e variáveis ambientais utilizados no procedimento de modelagem. Vários motivos históricos podem ter contribuído para que a espécie não tenha ocupado todas as áreas potencialmente adequadas. Assim, a projeção do modelo é frequentemente maior que a distribuição real. O procedimento de modelagem visa gerar resultados melhores e mais precisos ao longo do tempo à medida que mais registros de ocorrência são disponibilizados. Para avaliar a qualidade dos modelos existem algumas estatísticas, como omissão interna e omissão média. Modelos com pelo menos 20 pontos de ocorrência podem ser avaliados também por meio da AUC (Area under the curve). Os modelos aprovados incluem um perfil ambiental disponível na página de detalhes do procedimento de modelagem. Procedimentos com um mínimo de 10 pontos incluem histogramas das variáveis ambientais com base nos pontos de ocorrência selecionados para a modelagem.

Condições ambientais nos pontos de ocorrência indicando para cada variável a amplitude de variação e distribuição de frequência dos valores.

Como participar?

O cadastro de usuários está aberto a todos os especialistas interessados. Não é preciso ser um profundo conhecedor de modelagem para utilizar o sistema, pois se utiliza um procedimento padronizado com algoritmos e variáveis ambientais previamente escolhidas. Por outro lado, é importante que o usuário tenha um bom conhecimento sobre a taxonomia, a nomenclatura e a distribuição geográfica das espécies em questão.

 biogeo@inct.florabrasil.net

Para participar, entre em contato pelo email acima, informando nome, instituição e grupo(s) taxonômico(s) que deseja monitorar.

Saiba mais!

• Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil
• Perguntas & Respostas (FAQ do Biogeo)
• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• EUBrazilOpenBio
• Modelagem de nicho ecológico em geral :: Peterson A.T., Soberón, J., Pearson, R.G., Anderson, R.P., Martínez-Meyer, H., Nakamura, M., Araújo, M.B., 2011. Ecological Niches and Geographical Distributions. Princeton University Press, Princeton.
• GARP Best Subsets :: Anderson R.P., Lew, D., Peterson, A.T., 2003. Evaluating predictive models of species’ distributions: criteria for selecting optimal models. Ecological Modelling, 162: 211–232.
• Distância Mahalanobis :: Farber, O., Kadmon, R., 2003. Assessment of alternative approaches for bioclimatic modeling with special emphasis on the Mahalanobis distance. Ecological Modelling, 160: 115–130.
• ENFA :: Hirzel, A.H., Hausser, J., Chessel, D., Perrin, N., 2002. Ecological-niche factor analysis: How to compute habitat-suitability maps without absence data? Ecology, 83 (7): 2027–2036.
• Maxent :: Phillips, S.J., Anderson, R.P., Schapire, R.E., 2006. Maximum entropy modelling of species geographic distributions. Ecological Modelling, 190: 231–259.
• SVM one-class :: Schölkopf, B., Platt, J., Shawe-Taylor, J., Smola, A.J., Williamson, R.C., 2001. Estimating the support of a high-dimensional distribution. Neural Computation, 13: 1443-1471.

Brasil e União Européia se unem para combater a perda de biodiversidade

2020 representa um marco importante para alcançar as metas internacionais para a conservação da biodiversidade. O objetivo da União Européia é "deter a perda de biodiversidade e serviços ecossistêmicos na UE até 2020 e restaurá-los na medida do possível, intensificando a contribuição da UE para evitar a perda da biodiversidade global".

Por Stephanie Parker, Trust-IT Services Ltd. *

Atualmente as e-infraestruturas se tornaram fundamentais para as áreas de pesquisa e inovação tecnológica em geral. Elas viabilizam a estreita colaboração entre pesquisadores dos mais diversos países, provendo acesso a um volume de informações científicas sem precedente. O programa Horizon 2020 norteará o próximo ciclo de financiamentos da Comissão Européia; é uma iniciativa que visa facilitar o acesso de pesquisadores de um amplo espectro de disciplinas a ferramentas digitais por meio do desenvolvimento e utilização de e-infraestruturas. Projetos financiados dentro do Horizon 2020 têm como meta principal enfrentar os grandes desafios da sociedade do século 21, como, por exemplo, as questões complexas ligadas a perda de biodiversidade.

O projeto EUBrazilOpenBio é um passo importante na criação de estratégias eficazes para enfrentar desafios associados a perda da biodiversidade no Brasil e Europa através do uso de dados compartilhados e da infraestrutura de computação em nuvem. O projeto é focado no uso compartilhado de recursos já existentes em diversos países, de maneira a agregar infraestruturas desenvolvidas em outros projetos, maximizando tempo e investimentos. Ao promover o conceito de acesso livre e aberto e a integração de sistemas, o EUBrazilOpenBio demonstrou que o financiamento de pequena escala permite avanços significativos na integração de e-infraestruturas, beneficiando-se de investimentos prévios realizados no Brasil e Europa.

De acordo com Wouter Los, coordenador do projeto LifeWatch, um legado importante do projeto EUBrazilOpenBio foi o desenvolvimento de tecnologias amigáveis (user-friendly) para apoiar a cooperação internacional. "O EUBrazilOpenBio abriu novos caminhos para a integração de comunidades levando em conta processos tecnológicos e sociológicos". Los ainda ressalta que “o projeto servirá como exemplo para orientar futuras iniciativas de apoio à investigação colaborativa sobre biodiversidade. A criação de novos modelos de cooperação sustentável para o desenvolvimento de sistemas distribuídos, bem como para fomentar novas interações com parceiros públicos e privados, é fundamental nesta nova era de pesquisa”.

Visando orientar ações futuras, o consórcio EUBrazilOpenBio elaborou um plano de ação, intitulado "Uma visão para acelerar a cooperação entre o Brasil e a Europa, reforçando os laços com as comunidades de pesquisa e negócios". A ideia é impulsionar novas abordagens multidisciplinares para a biodiversidade, incluindo instituições de pesquisa com programas de pós-graduação reconhecidos internacionalmente e o uso de infraestruturas compartilhadas. O plano também identifica oportunidades para as pequenas e médias empresas envolvidas com serviços de computação em nuvem, incluindo a criação de serviços de agregação de valor em torno de dados de acesso livre e aberto.

O objetivo final do projeto foi demonstrar que as abordagens novas e criativas para a descoberta científica tornarão possível dominar os principais desafios técnicos relacionados ao compartilhamento e uso de dados sobre biodiversidade. O Brasil e a Europa têm muito a contribuir para o aprimoramento da infraestrutura de dados e de serviços web. Ao agregar a diversidade de talentos que existe na área de informática a todas as outras áreas de pesquisa em biodiversidade, a cooperação internacional pode tornar a pesquisa colaborativa mais eficiente, mais aberta e multidisciplinar.

*Publicado originalmente em inglês no dia 23 de outubro de 2013.

Saiba mais!

 

[tradução atualizada em 29.10 às 14:12]

Herbários contribuem para o desenvolvimento da e-taxonomia no Brasil

Provedores de dados do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos compartilham imagens por meio da rede speciesLink e contribuem para a modernização da taxonomia online.

(English version)

Com o crescimento da rede INCT-HerbárioVirtual da Flora e dos Fungos, destaca-se cada vez mais o trabalho dos mais de 80 herbários que estão compartilhando seus dados de maneira livre e aberta na internet, viabilizando inúmeros trabalhos de pesquisa científica e contribuindo para o ensino da taxonomia nos cursos de graduação e pós-graduação do país. Para destacar a importância do compartilhamento de dados e de conhecimento apresentamos dois herbários que diferem, sobretudo, em idade e tamanho do acervo: o herbário do Jardim Botânico de Nova Iorque (NYBG), cujos dados do acervo referentes a coletas realizadas no Brasil estão sendo repatriados desde 2006, e o Herbário da Universidade de Tocantins (HUTO), há um ano integrando seus dados na rede speciesLink. O uso desses dois herbários como exemplo procura enfatizar a importância de cada um dos herbários participantes da rede, grande ou pequeno, com abrangência geográfica e/ou taxonômica grande ou restrita.

Evolução da entrada de imagens na rede speciesLink para NYBG e HUTO, incluindo o espaço em disco necessário para armazenar os dados.

Pequenos e grandes herbários
As amostras coletadas no Brasil e depositadas no herbário do Jardim Botânico de Nova Iorque (NYBG) representam o maior acervo de imagens de exsicatas disponibilizadas online da rede speciesLink  – mais de 120 mil – compartilhando também 330 mil registros textuais, dos quais cerca de 90% foram georreferenciados pela coleção. O acervo possui mais de 22 mil espécies e mais de 10 mil tipos. São dados de coletas realizadas desde 1768 em todos os 26 estados brasileiros e no Distrito Federal.

Imagens do NYBG | Veja todos os registros do NYBG no speciesLink.

Por sua vez, o herbário HUTO da Fundação Universidade do Tocantins (UNITINS), criado em 2005, possui um acervo de cerca de oito mil exsicatas, sendo que os dados textuais de um pouco mais de três mil e quinhentas estão online. Cerca de 65% dos registros foram georreferenciados pela coleção e 95% são de coletas realizadas no próprio estado de Tocantins, principalmente a partir de 2004. O acervo online possui 829 espécies, muitas delas associadas às cerca de duas mil imagens disponibilizadas em alta resolução.

Imagens do HUTO | Veja todos os registros do HUTO no speciesLink.

Infraestrutura física e equipe dos herbários NYBG e HUTO.

Perspectivas de desenvolvimento da e-taxonomia

Atualmente, 19 herbários nacionais e 2 do exterior (Jardim Botânico de Nova Iorque e o Museu Nacional de História Natural de Paris - coleção de Saint-Hilaire) estão escaneando ou fotografando seus respectivos acervos para disponibilizar mais de 250 mil imagens associadas aos dados textuais na rede speciesLink. O serviço Exsiccatae, gerenciador das imagens da rede speciesLink, oferece a possibilidade de produzir catálogos ou de comparar as imagens a partir do resultado de busca. Essas ferramentas têm possibilitado novas determinações por especialistas via internet que podem enviar seus comentários referentes à imagem avaliada diretamente para o curador, contribuindo para melhorar a qualidade dos dados e para o desenvolvimento da e-taxonomia no Brasil.

É importante ressaltar que a força do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está na participação de cada instituição disposta a compartilhar seus dados e conhecimento de forma integrada. Embora os herbários NYBG e HUTO sejam diferentes no tamanho de acervo, em infraestrutura física e na idade, ambos representam exemplos igualmente importantes para a infraestrutura pública de dados sobre a biodiversidade brasileira. Como estes, existem inúmeros outros exemplos de auxílio mútuo e de troca de experiências, o que vem efetivamente contribuindo para a modernização das pesquisas em biodiversidade no Brasil.

  
Saiba mais!

• Rede speciesLink
• Serviço Exsiccatae

Texto - Dora Canhos e Sidnei de Souza
Fotos - Acervo dos herbários
English version - Herbaria contribute to the development of e-taxonomy in Brazil

Herbários de Recife discutem melhoria na qualidade dos dados

Visita promovida pelo CRIA e INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos dá continuidade ao trabalho de identificar os principais avanços e dificuldades dos herbários nacionais, discutindo a qualidade dos dados disponibilizados.

Da esquerda para direita: Gabriel Mendes (UFP), Alcina Viana (IPA), Cheysa Figueredo (IPA), Angela Miranda (HST), Marlene Barbosa (UFP), Maria Elizabeth (PEUFR), Rita Pereira (IPA) e Flávia Pezzini (CRIA/INCT-HVFF).

De 30 de setembro a 4 de outubro, a equipe do Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) e do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) reuniu em Recife curadores, técnicos e bolsistas dos herbários da região para discutir a melhoria da qualidade dos dados compartilhados através da rede speciesLink. Participaram cinco herbários de Recife que fazem parte da rede do INCT-HVFF: URM (Herbário Pe. Camille Torrand), UFP (Herbário Geraldo Mariz), IPA (Herbário Dárdano de Andrade Lima), HST (Herbário Sérgio Tavares) e PEUFR (Herbário Professor Vasconcelos Sobrinho). O URM representa a maior coleção de fungos herborizados na América Latina, com 84.500 registros, dos quais mais de 90% estão online. O UFP possui 58.540 registros de plantas principalmente do Nordeste, dos quais cerca de 60% estão online. O HST conta com um acervo de 19.681 registros, 100% online e 680 registros com imagens associadas. O PEUFR possui um acervo de 51.473 registros, dos quais cerca de 35% estão online. O IPA é a mais antiga fonte de informação sobre a flora do Nordeste e abriga cerca de 81.000 registros, dos quais cerca de 80% estão online.

Análise conjunta da ferramenta dataCleaning para dignosticar erros e direcionar a correção.

A visita dá continuidade ao trabalho de identificar os principais avanços e dificuldades de cada herbário, discutindo a padronização e qualidade dos dados ao realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning. Esse contato próximo com os curadores, técnicos e bolsistas contribui muito para os familiarizar mais com a ferramenta e fazer uma análise comparativa dos erros de cada herbário. A ferramenta dataCleaning procura evidenciar os dados que podem conter erros, por exemplo, em relação às informações gerenciais de curadoria (número de tombo, registros repetidos), aos dados taxonômicos (erros de grafia, diferentes nomes de autor para a mesma espécie), à data (ano de identificação anterior ao da coleta, ano de coleta maior do que a última atualização) ou aos dados de georeferenciamento (ausência de sinal em latitudes ou longitudes negativas, coordenadas que caem no mar).

Herbário UFP, que abriga registros de plantas principalmente da região Nordeste.

Todos os herbários participantes frequentemente atualizam os dados enviados ao speciesLink e estão fortemente empenhados em sua correção. Por exemplo, para todos eles não há mais registros suspeitos relacionados a erros de grafia para Famílias e Gêneros. Além desse diagnóstico, os participantes levantaram questões importantes como a atualização dos nomes de estados e municípios (por exemplo, devemos atualizar o estado para as coletas feitas em Tocantins antes da sua criação?) e a padronização dos nomes dos coletores e determinadores. Sugestões para essas questões podem ser consultadas no repositório de documentos do speciesLink [disponível aqui]. Esses documentos foram desenvolvidos pela equipe do CRIA após a Conferência Internacional: o INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos e e-infraestruturas para Biodiversidade, ocorrida em setembro de 2012 na qual todos os herbários estavam presentes.

Leonor Costa Maia, coordenadora do INCT-HVFF e curadora do URM, e João Batista de Oliveira, biólogo do URM.

Outro ponto que merece atenção está relacionado a um dos formatos utilizado pelo BRAHMS, adotado por algumas coleções participantes, para inserir coordenadas geográficas. Existe um artifício criado pelos programadores para anotar informações sobre as coordenadas geográficas que pode gerar confusão. O BRAHMS permite a entrada de dados no formato de GMS (graus, minutos e segundos) por meio de um formato intermediário que se assemelha ao formato de GD (graus decimais), mas que o BRAHMS interpreta como formato GMS. Isso reduz a necessidade de incluir símbolos que costumam gerar erros, mas se não for devidamente informado pode gerar uma interpretação errônea.

Para ver mais fotos das visitas aos herbários, clique aqui. 

Saiba mais!

• ferramenta dataCleaning
• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Texto e Fotos - Ricardo Braga Neto e Flávia Pezzini

Visitas às coleções de Sergipe e da Bahia

Nos próximos 15 dias, diversos herbários de Sergipe e da Bahia receberão a visita da bolsista do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos responsável pela qualidade dos dados.

Alunos do laboratório de Liquenologia (LALIC) com a professora Dra. Marcela Cáceres no campus Professor Alberto Carvalho da UFS, em Itabaiana - SE. O Herbário ISE possui cerca 16.000 registros de líquens e pertence a rede INCT - HVFF desde o início de 2013.

O herbário ISE, de Itabaiana - SE foi o primeiro a ser visitado nos dia 13 e 14/08/2013. Até dia 28/08, a bolsista percorrerá as cidade de Itabaiana (SE), Salvador, Cruz das Almas, Feira de Santana, Jequié e Ilhéus (todas na BA), visitando mais de 9 herbários. O objetivo é realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning, discutir a qualidade dos dados e conhecer os principais avanços e as principais dificuldades dos herbários. A melhoria da qualidade dos dados é uma preocupação constante tanto do INCT-HVFF quanto do CRIA, e bons resultados tem sido alcançados graças aos eventos de treinamento, ao uso das ferramentas e ao enorme empenho dos responsáveis pelos acervos.

Acompanhe as notícias sobre as visitas pelo Facebook do CRIA e também pelo Twitter.

Herbário Virtual apresenta resultados em Brasília

Além de destacar os principais resultados do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, foram apresentados os elementos de inovação e as justificativas para a continuidade do instituto, recebendo elogios dos avaliadores do CNPq.

O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos participou do 2º Seminário de Acompanhamento e Avaliação dos INCTs (Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia), coordenado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), em parceria com o Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE) e o Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI). O evento foi realizado em Brasília nos dias 2 e 3 de julho de 2013.

Folder do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos apresentado em Brasília.

Na apresentação do projeto foi dado destaque à base prévia existente, que incluía o sistema de pós-graduação fomentando a formação de recursos humanos em taxonomia, os programas de pesquisa como o PELD, PPBio e Protax, implementados pelo CNPq, o apoio de várias Fundações de Amparo à Pesquisa à coleções biológicas e, principalmente, o trabalho coordenado pela Sociedade Botânica do Brasil, estimulando a discussão conjunta e a definição de estratégias para coleções de plantas e fungos do Brasil.

Foram apresentados os principais resultados do INCT Herbário Virtual:

1. Formação de Recursos Humanos
No período foram 134 dissertações e 75 teses defendidas sobre taxonomia, orientadas por pesquisadores associados ao projeto. Foram realizados 42 cursos de curta duração atendendo mais de 700 alunos. Foi também produzido o Manual de Procedimentos para Herbários (no prelo).

2. Publicações dos pesquisadores ligados ao INCT Herbário Virtual
É muito difícil separar a produção diretamente relacionada ao INCT das produções que usam os dados do INCT. Portanto, o critério adotado foi a de computar as publicações dos pesquisadores diretamente envolvidos com o projeto, incluindo curadores e responsáveis pelos herbários. Foram publicados 484 artigos em periódicos nacionais, 473 artigos em periódicos internacionais, 461 livros ou capítulos de livros nacionais e 13 livros ou capítulos de livros do exterior.

3. Repercussão das publicações
Consideramos importante registrar o número de artigos que citam a rede speciesLink, realizando uma busca no Google Scholar usando uma das palavras-chave botany, plants, botânica, plantas ou INCT em conjunto com a palavra-chave splink. Como resultado obtivemos 276 artigos entre 2009 e março de 2013. A busca por floradobrasil apresentou 916 artigos.

4. Divulgação e inserção social
Um componente importante dos INCTs é a divulgação e a inserção social. Esse item inclui a divulgação das atividades do INCT Herbário Virtual pela internet [http://inct.florabrasil.net] e a estruturação de uma sala de visitação pública na UFPE.

Sala de visitação pública na UFPE inaugurada em abril de 2013.

Confira o vídeo 'UFPE inaugura sala de exposição do INCT Herbário Virtual' sobre a sala de visitação pública na UFPE.


Foi destacada a participação da equipe do INCT em eventos e palestras no país e no exterior, com ênfase especial à conferência internacional 'The INCT Virtual Herbarium of Plants and Fungi and e-infraestructure for Biodiversity - Advancing Biodiversity e-science innovation through Global Cooperation; Realização: INCT-Herbário Virtual e EUBrazilOpenBio' – Set2012 (http://www.sti4bio.info).

Foram apresentadas as metas específicas para o Herbário Virtual online que apresentou como marco zero do projeto dados dos acervos de 35 herbários integrados na rede speciesLink, totalizando 1,5 milhão de registros online. O projeto teve início com a associação de 25 herbários, 18 já disponibilizando seus dados na rede speciesLink. As metas para 5 anos eram dobrar o número de registros online e o número de herbários na rede speciesLink. Essas metas foram ampliadas após 3 anos de projeto para 3,5 milhões de registros online e um total de 85 herbários compartilhando seus dados online.

Os números apresentados na reunião indicam 76 herbários do país e 5 do exterior associados ao INCT Herbário Virtual e mais 6 herbários não associados, mas com os dados de seus acervos integrados à rede speciesLink, totalizando 87 herbários.

Localização geográfica dos herbários nacionais participantes do INCT Herbário Virtual.

Quanto ao número de registros online, são mais de 4 milhões disponíveis de forma livre e aberta a todos os interessados, sendo cerca de 3,4 milhões de herbários nacionais e mais de 600 mil repatriados de herbários do exterior. O crescimento em relação ao marco zero do projeto é de mais de 500 mil novos registros por ano. Também foi dado destaque às cerca de 235 mil imagens de exsicatas e as pranchas e textos descritivos da obra Flora brasiliensis integrados aos registros do Herbário Virtual.

Evolução da entrada de herbários e registros de plantas e fungos na rede speciesLink.

Foi também destacado o trabalho de cada herbário participante, na digitação e atualização de seus dados online, resultando em um alto índice de atualização (94% dos herbários nacionais participantes do INCT atualizaram seus dados nos últimos 12 meses). Também foi dado destaque ao uso dos dados do Herbário Virtual pelos especialistas responsáveis pela elaboração da Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Gráfico mostrando o número de herbários que atualizaram seus dados online nos últimos 6 e 12 meses e há mais de um ano (azul).

Com relação ao conteúdo online, além dos dados da rede de herbários foi dado destaque à Coleção Bibliográfica de Augusto Chaves Batista, fundador do Instituto de Micologia da Universidade do Recife (http://batista.fungibrasil.net). São mais de 700 artigos com cerca de 4.600 descrições de fungos do Brasil, representando 3.340 espécies e variedades em mais de 1.160 gêneros e 160 famílias, com mais de 600 tipos no Herbário URM.

Artigos online de Augusto Chaves Batista.

Com relação à melhoria da qualidade dos dados foi dado destaque ao programa de visita de especialistas. Os resultados parciais mostram o envolvimento de 69 especialistas, atendendo 122 coleções, examinando mais de 42 mil espécimes de mais de 120 famílias. Ainda como parte desse item, foi destacado o desenvolvimento da ferramenta de georreferenciamento automático e de novos aplicativos para o relatório dataCleaning como verificação da data de coleta, inconsistência geográfica e completude de dados.

Foram apresentados o serviço Exsiccatae para as imagens enviadas pelos herbários da rede, a nova interface de busca e os sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Foram também apresentadas algumas estatísticas de uso do Herbário Virtual. Uma média de 20 milhões de registros são visualizados por mês, plotados em mapas (44%), gráficos (29%), downloads (23%) ou como listas e fichas de espécimes (4%). Em relação ao uso das ferramentas disponíveis, são produzidos por mês em média 30 mil mapas, 23 mil listas de espécimes, 20 mil downloads, 12,7 mil fichas, 9,5 mil gráficos, 5 mil buscas e mais de três mil e duzentas imagens.

Folders dos projetos BioGeo, Lacunas e Reflora, associados ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que foram apresentados em Brasília.

Elementos de inovação e continuidade
Foram apresentados como elementos de inovação do Herbário Virtual:
• o trabalho em rede, com a valorização dos acervos locais, fora dos grandes centros de pesquisa
• o desenvolvimento de sistemas interativos, integrando dados textuais e imagens
• a e-taxonomia e ferramentas didáticas
• as ferramentas que facilitam o acesso, recuperação e análise dos dados
• as ferramentas que facilitam a modelagem de nicho ecológico das espécies

Foram também destacadas algumas atividades para justificar a continuidade do apoio ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos:
• Gestão da rede
• Integração de novos acervos (mais de 140 herbários do Brasil cadastrados no Index Herbariorum), inclusive acervos históricos
• Continuidade das atividades (digitação, digitalização, aumento da qualidade dos dados, visita de especialistas)
• Agregação de novos dados (pólen, cistos de dinoflagelados, sementes, frutos, etc.)
• Integração com outras bases de dados
• Aplicação das ferramentas para o planejamento de novas coletas (Lacunas, teste do BioGeo)
• Apoio à Estratégia Global para a Conservação das Plantas da Convenção da Diversidade Biológica que apresenta como meta uma flora online de todas as plantas conhecidas

Estande do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Além da apresentação oral, foi montado um estande do INCT Herbário Virtual que recebeu visitas dos dirigentes do CNPq, MCTI, dos avaliadores e das equipes dos INCTs participantes. Foram preparados dois banners e 4 folders destacando a participação dos herbários nacionais e estrangeiros, a evolução da rede, as atividades do INCT nos projetos Reflora, com o serviço Exsiccatae, e SisBiota, com o desenvolvimento dos sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Da esquerda para a direita: Mariângela Menezes, João Renato Stehmann, Dora Ann Lange Canhos e Ana Maria Giulietti Harley.

Os resultados apresentados pelo INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos foram muito elogiados pelos avaliadores e realmente são muito significativos. A isso se deve o trabalho e o empenho de cada curador, responsável e técnico dos herbários, à equipe de desenvolvedores e técnicos de apoio em informática e à coordenação do INCT.

Parabéns a todos!

Leonor Costa Maia, Dora Ann Lange Canhos, João Renato Stehmann e Mariângela Menezes.

Saiba mais!

• INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Serviço Exsiccatae
• Folder do INCT-HVFF
• Folder do BioGeo
• Folder do Lacunas
• Folder do Reflora

Lacunas: como mapear a ocorrência de espécies e identificar áreas pouco amostradas?

Sistema online permite a visualização de mapas de ocorrência de espécies de plantas e fungos do Brasil, além de agregar informações sobre o status dos dados sobre os espécimes disponíveis online, endemismos e o status de conservação das espécies.

O sistema Lacunas foi concebido pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) para prover uma ferramenta dinâmica para que os especialistas possam analisar o ‘status do conhecimento online’ sobre espécies da flora brasileira, facilmente identificando as espécies endêmicas, ameaçadas de extinção e suas distribuições geográficas, podendo identificar áreas subamostradas ou acervos que ainda não integraram seus dados online. A partir de uma interface web é possível produzir relatórios integrando registros de ocorrência de espécies de plantas e fungos disponíveis no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos com o conhecimento taxonômico da Lista de Espécies da Flora do Brasil (edição 2012) mais o status de conservação da espécie com base nas listas de espécies ameaçadas de extinção do MMA e da Fundação Biodiversitas. O Lacunas é uma ferramenta importante para a definição de estratégias para novas coletas priorizando espécies e/ou áreas não amostradas, além de identificar grupos taxonômicos para a digitação/digitalização dos dados.

Melocactus violaceus Pfeiff. depositado no Herbário da Reserva Natural Vale - CVRD 13441, LINHARES, ES, BRASIL, 05/09/2011. [lat: -19.137121 long: -39.888076 WGS84]. É considerada uma espécie 'Deficiente em Dados' pela Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA).

Funcionamento do Lacunas
O sistema conta com filtros taxonômicos e de georeferenciamento. Desta maneira é possível, por exemplo, fazer a busca por uma dada espécie, considerando seu nome aceito e sinônimos, e apenas registros georeferenciados. O filtro taxonômico começa com as seguintes opções: algas, angiospermas, briófitas (subdivididas em antóceros, hepáticas e musgos), fungos (com as opções lato senso e stricto senso), gimnospermas e pteridófitas. A partir da escolha inicial do grupo, novos filtros são apresentados ao usuário possibilitando o refinamento da busca, chegando até o nível de espécie. A importância das coordenadas geográficas de cada espécime depositado nos herbários é enorme, pois em última análise determinam a qualidade e quantidade dos pontos de ocorrência das espécies, informações essencias para modelar a distribuição potencial das espécies com base em seu nicho ecológico. O sistema agrupa as espécies em 4 categorias:

(I) sem registros no Herbário Virtual
(II) com 1 - 5 registros
(III) com 6 - 20
(IV) com >20 registros

Esta divisão visa indicar rapidamente se as espécies possuem um número suficiente de registros para produzirem modelos de distribuição geográfica com uso potencial para processos de tomada de decisão. Em geral, assume-se ser necessário mais de 20 pontos de ocorrência com coordenadas consistentes e distintas para produzir um bom modelo. Para espécies com até 5 pontos obtém-se um modelo exploratório e de 6 a 20 pontos um modelo preliminar. Até o nível de gênero o relatório produz um gráfico mostrando quantas espécies estão em cada categoria de número de registros.

Exemplo da interface do Lacunas analisando informações disponíveis para o gênero Melocactus, Cactaceae. Na coluna da esquerda estão listadas as espécies do gênero agrupadas pelos números de pontos de ocorrência disponíveis, incluindo o status de conservação (clique para ampliar).

A base primária de dados do Lacunas provém da rede speciesLink (http://www.splink.org.br/) e para cada espécie o sistema apresenta mapas de distribuição baseados em dados obtidos em tempo real, checados pelos nomes validados por especialistas na Lista de Espécies da Flora do Brasil (2012). O usuário tem a opção de selecionar apenas os nomes aceitos ou de incluir sinônimos, fazer uma busca exata ou fonética, e ainda escolher o tipo e a qualidade das coordenadas geográficas associadas a cada registro. Quando uma espécie é selecionada, surgem informações associadas, como informações oficiais sobre o status de conservação, endemismo, um mapa contendo os pontos de ocorrência, os estados brasileiros onde ocorre, número de registros de coleta por ano e os provedores dos dados, dentre outras informações.

Informações para Melocactus violaceus (Cactaceae), uma espécie endêmica do Brasil. Além de considerada como 'Deficiente em Dados' pelo Anexo II do MMA, foi classificada como vulnerável pela Fundação Biodiversitas.

Clicando-se no mapa, o usuário é levado diretamente para a interface do speciesLink, com acesso aos dados de todos espécimes coletados para determinada espécie. A partir dessa página é possível realizar várias análises, como criar um mapa, plotando todos os pontos de ocorrência, ou fazer download dos pontos no formato do OpenModeller ou MaxEnt, por exemplo. Os mapas podem ser exibidos pela interface do Google Maps ou Google Earth, sendo que nesses casos cada ponto do mapa é clicável e traz informação sobre a origem do espécime, determinador e local de coleta, com coordenadas em graus decimais e datum. Alguns registros possuem imagens das exsicatas ou material vivo gerenciadas pelo sistema Exsiccatae, permitindo que detalhes sejam verificados rapidamente.

Informações associadas a Melocactus violaceus (Cactaceae) por meio do Lacunas. A partir do relatório de pontos de ocorrência é possível verificar os dados pela interface do Google Maps ou ainda visualizar imagens das exsicatas.

Conservação da Biodiversidade
Além de iniciar a busca utilizando o filtro taxonômico, o Lacunas permite consultar diretamente quais espécies estão na Lista de Espécies Ameaçadas da Flora Brasileira, por meio de links para o Anexo I e Anexo II da Instrução Normativa MMA nº 06 disponíveis na página inicial do Lacunas. Caso a espécie também esteja na lista de espécies ameaçadas de extinção da Fundação Biodiversitas, ao seu nome estará associada uma sigla (EX: Extinta, EW: Extinta na Natureza, CR: Criticamente em Perigo, EN: Em Perigo, VU: Vulnerável). Estas siglas indicam o grau de ameaça seguindo os critérios da IUCN.

Detalhe da associação dos nomes das espécies com o status de conservação com base na Instrução Normativa MMA nº 06 e na Fundação Biodiversitas (clique para ampliar).

Independentemente do método de busca, os resultados sempre mostrarão o número de registros encontrados, na frente dos nomes das espécies, de acordo com os critérios estabelecidos pelo usuário. Além disso, se a espécie constar como endêmica na Lista de Espécies da Flora e dos Fungos do Brasil, ao lado do nome será apresentado o ícone  E . Caso a espécie esteja listada em um dos anexos da Instrução Normativa MMA nº 06, ao lado do seu nome será apresentado o ícone  1  para espécies ameaçadas de extinção (Anexo I) e  2  para as espécies com deficiência de dados (Anexo II).

Potenciais usos do Lacunas
Os relatórios apresentados pelo sistema Lacunas necessitam do conhecimento do especialista para poder servir de base para a elaboração de estratégias de pesquisa e fomento, assim como auxiliar o desenvolvimento de políticas públicas considerando os compromissos assumidos pelo Brasil na Convenção sobre Diversidade Biológica. Espera-se que o relatório sirva de subsídio aos especialistas para:

• Orientar novas coletas, tanto em relação às espécies como também às áreas geográficas prioritárias;
• Auxiliar na identificação de grupos prioritários para digitação ou georreferenciamento dos dados;
• Auxiliar na identificação de grupos pouco estudados, indicando a necessidade de formação de taxonomistas;
• Auxiliar na identificação e avaliação de espécies ameaçadas de extinção.

A tomada de decisão na área de conservação da biodiversidade idealmente deve ser baseada em dados de alta qualidade e precisão. O sistema Lacunas é um exemplo de como ferramentas e programas podem ajudar a aumentar a qualidade e usabilidade dos dados. O desenvolvimento de plataformas de análise de dados como esta possibilita a criação de novas estratégias para pesquisa científica e também nos processos de tomada de decisão.

O caso da espécie Melocactus violaceus (Cactaceae) ilustra como é possível usar o sistema Lacunas como apoio na avaliação do status de conservação de espécies. De acordo com a Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), M. violaceus é uma espécie “Deficiente em Dados”. O MMA define espécie “Deficiente em Dados” como aquela cujas informações (distribuição geográfica, ameaças/impactos e usos, entre outras) são ainda deficientes, não permitindo enquadrá-la com segurança em uma condição de ameaçada.

Informações do relatório do Lacunas sobre Melocactus violaceus (clique para ampliar).

Porém, utilizando o Lacunas verificou-se que existem 66 registros para esta espécie, 20 deles com coordenadas distintas. Assim, a distribuição geográfica desta espécie se revelou bem documentada. Ainda é possível observar que M. violaceus têm sido coletada com regularidade, sendo que a ultima coleta ocorreu em 2012. Uma vez que estas informações estão facilmente disponíveis, especialistas podem usá-las na reavaliação do status de conservação desta e outras espécies.

 

Implicações práticas
O acesso aos dados é um fator-chave que liga ciência, políticas públicas e decisões legais. Desta maneira, além dos dados primários de biodiversidade estarem acessíveis, é necessária a criação de novas ferramentas para analisar e extrair conhecimento destes dados. Além disso, tais plataformas deveriam ser integradas, não somente dentro do país, mas também com interfaces de outros países, o que possibilitaria análises muito mais completas da biodiversidade. Muitas iniciativas estão sendo estruturadas, mas ainda é um grande desafio fazer com que as e-infraestruturas sejam de fato utilizadas no processo de tomada de decisão. A conscientização, tanto de cientistas quanto do poder público, de que apenas uma parceria sólida entre governo, cientistas, e mantenedores de e-infrastruturas pode promover o desenvolvimento de tais ferramentas é uma prioridade.

Interfaces como o Lacunas são cruciais para instrumentar a tomada de decisão. Nesse contexto o sistema Lacunas é inovador, sendo o resultado de uma parceria bem sucedida entre os mais de 80 herbários e pesquisadores associados do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos do Brasil e os profissionais de tecnologia da informação do CRIA. Espera-se que o Lacunas se torne uma ferramenta importante na definição de novas estratégias para pesquisa científica, direcionando novos trabalhos e assim ajudando a ampliar o conhecimento e a compreensão da biodiversidade brasileira, contribuindo para a definição de novas políticas de conservação e uso sustentável.

Saiba mais!

• Lacunas de conhecimento da flora e dos fungos do Brasil
• Rede speciesLink: disponibilizando informações sobre a biodiversidade
• Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Serviço Exsiccatae: imagens de espécimes online
• OpenModeller: modelagem de nicho ecológico

Texto - Mariane de Sousa-Baena, Ricardo Braga-Neto, Sidnei de Souza, Vanderlei Canhos e Dora Ann Lange Canhos