Um novo conceito estrutural para transmitir conhecimento sobre biodiversidade

Publicação organizada pelo GBIO (Global Biodiversity Informatics Outlook) define passos fundamentais para melhor explorar a abertura dos dados e o desenvolvimento da tecnologia da informação visando melhorar a tomada de decisão informada.

Uma nova iniciativa lançada hoje (02 de outubro) tem como meta coordenar ações e financiamentos globais para disponibilizar a melhor informação possível sobre a vida na terra e nossos impactos sobre ela. O GBIO define a base conceitual para se apropriar de todo o potencial da tecnologia da informação e da cultura de acesso aberto a dados para reunir evidências sobre biodiversidade e informar os processos de decisão.

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A base conceitual proposta está descrita em um documento denominado Delivering Biodiversity Knowledge in the Information Age, convidando formuladores de políticas, gestores, pesquisadores, especialistas em informática, provedores de dados e outros para concentrar os esforços em torno de quatro áreas chave onde é necessário avançar:

• Cultura: promoção de práticas e infraestruturas para o compartilhamento de dados, utilizando padrões comuns e arquivos permanentes, apoiados por incentivos e por uma comunidade de especialistas comprometidos.
• Dados: trabalhando na necessidade de transformar todos os dados sobre espécies, passado e presente, em formatos digitais acessíveis e utilizáveis, desde coleções e literatura histórica até observações da ciência cidadã, sensoriamento remoto e sequenciamento genético.
• Evidência: organizando e acessando dados de todas as fontes para prover visões claras, consistentes e contextualizadas; incluindo organização taxonômica, ocorrências integradas no tempo e espaço, interações de espécies e melhorando a qualidade dos dados através da curadoria colaborativa.
• Compreensão: construção de modelos a partir de medidas e observações para dar suporte à pesquisa orientada por dados e planejamento baseado em evidências, incluindo ferramentas preditivas, melhor visualização e feedback para priorizar a captura de novos dados.

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• Global Biodiversity Informatics Outlook: www.biodiversityinformatics.org 
• Download do documento: http://www.gbif.org/orc/?doc_id=5353 
• Contato: Tim Hirsch | GBIF Secretariat | thirsch@gbif.org

Visitas a coleções promovem melhorias na qualidade dos dados

Trabalho conjunto do comitê gestor do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, da equipe do CRIA, e de curadores, técnicos e bolsistas de herbários nacionais está promovendo a melhoria da qualidade dos dados disponibilizados na rede speciesLink.

Técnica e bolsista do herbário ALCB em Salvador.

Desde o início de 2013, uma bolsista do REFLORA/INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) no Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) vem trabalhando com a melhoria da qualidade dos dados disponibilizados na rede speciesLink. As visitas aos herbários nacionais participantes do INCT-HVFF têm como objetivos: identificar os principais avanços e as principais dificuldades de cada herbário, discutir a qualidade dos dados e realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning, uma ferramenta desenvolvida pelo CRIA com o objetivo de auxiliar os curadores, técnicos e bolsistas a melhorar a qualidade dos dados disponibilizados online.

Equipe do HUESB, na UESB em Jequié, Bahia

A ferramenta dataCleaning procura evidenciar os dados que podem conter erros, por exemplo, em relação às informações gerenciais de curadoria (número de tombo, registros repetidos), aos dados taxonômicos (erros de grafia, diferentes nomes de autor para a mesma espécie), à data (ano de identificação anterior ao da coleta, ano de coleta maior do que a última atualização) ou aos dados de georeferenciamento (ausência de sinal em latitudes ou longitudes negativas, coordenadas que caem no mar). A partir da identificação dos dados suspeitos, cada coleção confere os dados originais, faz as correções necessárias e atualiza os dados no speciesLink. A rede defende a autonomia e responsabilidade do provedor pelos seus dados, mas é imprescindível que o formato dos dados seja coerente entre os provedores para permitir seu uso de forma integrada e abrangente.

Detalhes do UESC: armário com exsicatas, sala do herbário e consulta às amostras.

Visitas também promovem a melhoria da ferramenta dataCleaning
As visitas têm se mostrado bastante eficientes para a melhoria da qualidade dos dados dos herbários, pois revisar os dados suspeitos no próprio sistema do herbário e consultar as exsicatas in loco facilita o entendimento da ferramenta e a identificação dos erros. Em agosto de 2013, seis herbários pertencentes ao INCT-HVFF foram visitados em cinco cidades e dois novos herbários foram convidados a participar da rede (figura abaixo). Contudo, além de promover a melhoria na qualidade dos dados, as visitas realizadas pela bolsista do REFLORA/INCT-HVFF também contribuíram para melhorar a ferramenta, atendendo várias demandas dos herbários.

Localização dos herbários visitados em agosto de 2013.

Dentre as melhorias propostas, a equipe do HUEFS fez sugestões relevantes para acelerar o tempo de correção de erros pensando em aspectos práticos de como são armazenadas as exsicatas. Para este herbário, o tempo gasto na avaliação do relatório dataCleaning seria reduzido se todas as exsicatas de uma mesma família pudessem ser retiradas do armário e corrigidas de uma só vez. Hoje, em alguns dos itens do dataCleaning, cada registro suspeito é visualizado individualmente, não podendo ser agrupado por família. Esse processo de aprimoramento tem auxiliado a traçar uma estratégia para os próximos treinamentos e para o desenvolvimento do material de apoio.

Para ver mais fotos das visitas aos herbários, clique aqui.

Para fazer uma busca na rede speciesLink insira os termos abaixo:

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• ferramenta dataCleaning
• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Texto – Ricardo Braga Neto e Flávia Pezzini
Fotos – Flávia Pezzini

Visitas às coleções de Sergipe e da Bahia

Nos próximos 15 dias, diversos herbários de Sergipe e da Bahia receberão a visita da bolsista do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos responsável pela qualidade dos dados.

Alunos do laboratório de Liquenologia (LALIC) com a professora Dra. Marcela Cáceres no campus Professor Alberto Carvalho da UFS, em Itabaiana - SE. O Herbário ISE possui cerca 16.000 registros de líquens e pertence a rede INCT - HVFF desde o início de 2013.

O herbário ISE, de Itabaiana - SE foi o primeiro a ser visitado nos dia 13 e 14/08/2013. Até dia 28/08, a bolsista percorrerá as cidade de Itabaiana (SE), Salvador, Cruz das Almas, Feira de Santana, Jequié e Ilhéus (todas na BA), visitando mais de 9 herbários. O objetivo é realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning, discutir a qualidade dos dados e conhecer os principais avanços e as principais dificuldades dos herbários. A melhoria da qualidade dos dados é uma preocupação constante tanto do INCT-HVFF quanto do CRIA, e bons resultados tem sido alcançados graças aos eventos de treinamento, ao uso das ferramentas e ao enorme empenho dos responsáveis pelos acervos.

Acompanhe as notícias sobre as visitas pelo Facebook do CRIA e também pelo Twitter.

Ferramenta dataCleaning da rede speciesLink é citada na revista TREE

O artigo “Biodiversity data should be published, cited, and peer reviewed”, publicado na edição de agosto de 2013 na revista Trends in Ecology & Evolution (TREE), cita a rede speciesLink como pioneira na produção de métricas úteis para melhorar a qualidade dos dados disponíveis.

O trabalho publicado por Mark J. Costello e colaboradores sugere que a publicação de dados brutos deve seguir o modelo de publicação de artigos e a qualidade desses dados garantida por meio de processos automatizados de verificação de qualidade, revisão por pares e decisões editoriais. Os autores discutem meios de incentivar a publicação dos dados, assim como melhorar a integração com outros conjuntos de dados.

A publicação de dados aumenta a visibilidade de resultados científicos. Segundo os autores, infraestrutura e capacidade de armazenamento já existem para dados de biodiversidade, mas sua taxa de publicação, mesmo em crescimento, ainda é menor do que a esperada. Além disso, pouca atenção tem sido dada à qualidade dos dados que já foram disponibilizados. A melhoria da qualidade dos dados é importante para garantir sua maior acurácia, diminuir o tempo de manejo pelo usuário e aumentar sua taxa de reuso.

Distribuição geográfica dos pontos de ocorrência dos espécimes coletados ou observados mantidos nas coleções participantes da rede speciesLink.

Em relação à qualidade, o artigo propõe um processo em etapas de controle e garantia de qualidade de dados antes da publicação, que inclui ferramentas automáticas. Como exemplo, os autores citam a rede speciesLink, que através da ferramenta dataCleaning disponibiliza aos usuários métricas relacionadas ao número de registros, espécies e localidades geográficas, validação de nomes, e completude dos dados e metadados.

A rede speciesLink, que no mês de julho de 2013 superou o marco de 6 milhões de registros de ocorrência de espécies da flora, fauna e microbiota, juntamente com o INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) têm trabalhado nesse desafio da melhoria da qualidade dos dados utilizando um conjunto de aplicativos que compõe a ferramenta dataCleaning. O trabalho de correção dos erros e de aumento da qualidade dos dados da rede speciesLink tem sido aprimorado graças aos eventos de treinamento, ao uso das ferramentas e ao enorme empenho dos responsáveis pelos acervos.

Veja o artigo completo, que é de livre acesso:

Mark J. Costello, William K. Michener, Mark Gahegan, Zhi-Qiang Zhang, Philip E. Bourne. Biodiversity data should be published, cited, and peer reviewed. Trends in Ecology & Evolution - 1 August 2013 (Vol. 28, Issue 8, pp. 454-461). [link].

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• Ferramentas de dataCleaning
• Posts sobre qualidade dos dados

Rede speciesLink supera 6 milhões de registros online

No mês de julho de 2013 a rede speciesLink superou o marco de 6 milhões de registros de ocorrência de espécies da flora, fauna e microbiota, disponíveis online de forma livre e aberta a qualquer pessoa interessada.

São cerca de 300 coleções e subcoleções biológicas e dez provedores de dados de observação contribuindo com informações não sensíveis de seus acervos para aumentar o conhecimento sobre a biodiversidade brasileira. Mais de 600.000 registros são dados repatriados e novos registros são acrescentados diariamente.

Médias mensais do número total de registros online, do número de registros georreferenciados e de provedores de dados.

Cerca de 70% dos registros online provêm de herbários, 25% de coleções de animais, 0,2% de microrganismos, 0,1% fósseis e 5,2% de coleções abrangentes. 33% dos dados são oriundos de coletas feitas na região Sudeste, 22% no Nordeste, 19% no Sul, 17% na região Norte e 9% na região Centro-Oeste. Hoje, apenas o estado do Amapá não possui nenhum acervo local integrado à rede, dependendo 100% dos dados de instituições de outros estados.

Proporção por região geográfica do Brasil entre o número de registros online da rede speciesLink. Os valores indicam o número de registros por km2 por região.

Qualidade e usabilidade dos dados
Em relação às coordenadas geográficas, cerca de 2 milhões de registros possuem coordenadas consistentes e 470 mil possuem coordenadas inconsistentes – a coordenada geográfica informada não cai na área geográfica do município informado. Para aumentar a usabilidade dos dados, 2,2 milhões dos registros foram georreferenciados por um aplicativo baseado na informação sobre o município de ocorrência. Cerca de 1,3 milhão de registros não têm coordenadas geográficas e nem referência ao município.

Coordenadas geográficas de todos os registros georeferenciados.

Comparando os nomes das espécies com diferentes dicionários e checklists, tem-se que mais de 3,5 milhões de registros são de nomes aceitos e pouco mais de 400 mil de sinônimos. O nome da espécie de mais de um milhão de registros não foi encontrado nas listas de referência, sendo que mais de 850 mil registros não têm a identificação da espécie.

Graças ao projeto Reflora, os herbários estão associando imagens aos dados textuais por meio do sistema Exsiccatae. São mais de 200 mil imagens dos vouchers, seis mil de material vivo e mil e trezentas de pólen. Além dessa, várias ferramentas, todas de acesso aberto, estão disponíveis para diferentes tipos de análises, dentre as quais destacamos:


•    Interface de busca - www.splink.org.br
•    Indicadores - splink.cria.org.br/indicators/
•    DataCleaning - splink.cria.org.br/dc
•    Lacunas - lacunas.inct.florabrasil.net
•    BioGeo - biogeo.inct.florabrasil.net

Esses resultados evidenciam, no Brasil, que a disponibilização de dados sobre a biodiversidade está aumentando de forma consistente, refletindo uma mudança cultural e o fomento de políticas públicas. Acima de tudo, eles são fruto de um trabalho em rede em que a contribuição de cada provedor de dados é essencial. Por isso, gostaríamos de agradecer a todos que contribuem para o desenvolvimento da rede speciesLink.

Muito obrigado!

Herbário Virtual apresenta resultados em Brasília

Além de destacar os principais resultados do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, foram apresentados os elementos de inovação e as justificativas para a continuidade do instituto, recebendo elogios dos avaliadores do CNPq.

O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos participou do 2º Seminário de Acompanhamento e Avaliação dos INCTs (Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia), coordenado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), em parceria com o Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE) e o Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI). O evento foi realizado em Brasília nos dias 2 e 3 de julho de 2013.

Folder do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos apresentado em Brasília.

Na apresentação do projeto foi dado destaque à base prévia existente, que incluía o sistema de pós-graduação fomentando a formação de recursos humanos em taxonomia, os programas de pesquisa como o PELD, PPBio e Protax, implementados pelo CNPq, o apoio de várias Fundações de Amparo à Pesquisa à coleções biológicas e, principalmente, o trabalho coordenado pela Sociedade Botânica do Brasil, estimulando a discussão conjunta e a definição de estratégias para coleções de plantas e fungos do Brasil.

Foram apresentados os principais resultados do INCT Herbário Virtual:

1. Formação de Recursos Humanos
No período foram 134 dissertações e 75 teses defendidas sobre taxonomia, orientadas por pesquisadores associados ao projeto. Foram realizados 42 cursos de curta duração atendendo mais de 700 alunos. Foi também produzido o Manual de Procedimentos para Herbários (no prelo).

2. Publicações dos pesquisadores ligados ao INCT Herbário Virtual
É muito difícil separar a produção diretamente relacionada ao INCT das produções que usam os dados do INCT. Portanto, o critério adotado foi a de computar as publicações dos pesquisadores diretamente envolvidos com o projeto, incluindo curadores e responsáveis pelos herbários. Foram publicados 484 artigos em periódicos nacionais, 473 artigos em periódicos internacionais, 461 livros ou capítulos de livros nacionais e 13 livros ou capítulos de livros do exterior.

3. Repercussão das publicações
Consideramos importante registrar o número de artigos que citam a rede speciesLink, realizando uma busca no Google Scholar usando uma das palavras-chave botany, plants, botânica, plantas ou INCT em conjunto com a palavra-chave splink. Como resultado obtivemos 276 artigos entre 2009 e março de 2013. A busca por floradobrasil apresentou 916 artigos.

4. Divulgação e inserção social
Um componente importante dos INCTs é a divulgação e a inserção social. Esse item inclui a divulgação das atividades do INCT Herbário Virtual pela internet [http://inct.florabrasil.net] e a estruturação de uma sala de visitação pública na UFPE.

Sala de visitação pública na UFPE inaugurada em abril de 2013.

Confira o vídeo 'UFPE inaugura sala de exposição do INCT Herbário Virtual' sobre a sala de visitação pública na UFPE.


Foi destacada a participação da equipe do INCT em eventos e palestras no país e no exterior, com ênfase especial à conferência internacional 'The INCT Virtual Herbarium of Plants and Fungi and e-infraestructure for Biodiversity - Advancing Biodiversity e-science innovation through Global Cooperation; Realização: INCT-Herbário Virtual e EUBrazilOpenBio' – Set2012 (http://www.sti4bio.info).

Foram apresentadas as metas específicas para o Herbário Virtual online que apresentou como marco zero do projeto dados dos acervos de 35 herbários integrados na rede speciesLink, totalizando 1,5 milhão de registros online. O projeto teve início com a associação de 25 herbários, 18 já disponibilizando seus dados na rede speciesLink. As metas para 5 anos eram dobrar o número de registros online e o número de herbários na rede speciesLink. Essas metas foram ampliadas após 3 anos de projeto para 3,5 milhões de registros online e um total de 85 herbários compartilhando seus dados online.

Os números apresentados na reunião indicam 76 herbários do país e 5 do exterior associados ao INCT Herbário Virtual e mais 6 herbários não associados, mas com os dados de seus acervos integrados à rede speciesLink, totalizando 87 herbários.

Localização geográfica dos herbários nacionais participantes do INCT Herbário Virtual.

Quanto ao número de registros online, são mais de 4 milhões disponíveis de forma livre e aberta a todos os interessados, sendo cerca de 3,4 milhões de herbários nacionais e mais de 600 mil repatriados de herbários do exterior. O crescimento em relação ao marco zero do projeto é de mais de 500 mil novos registros por ano. Também foi dado destaque às cerca de 235 mil imagens de exsicatas e as pranchas e textos descritivos da obra Flora brasiliensis integrados aos registros do Herbário Virtual.

Evolução da entrada de herbários e registros de plantas e fungos na rede speciesLink.

Foi também destacado o trabalho de cada herbário participante, na digitação e atualização de seus dados online, resultando em um alto índice de atualização (94% dos herbários nacionais participantes do INCT atualizaram seus dados nos últimos 12 meses). Também foi dado destaque ao uso dos dados do Herbário Virtual pelos especialistas responsáveis pela elaboração da Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Gráfico mostrando o número de herbários que atualizaram seus dados online nos últimos 6 e 12 meses e há mais de um ano (azul).

Com relação ao conteúdo online, além dos dados da rede de herbários foi dado destaque à Coleção Bibliográfica de Augusto Chaves Batista, fundador do Instituto de Micologia da Universidade do Recife (http://batista.fungibrasil.net). São mais de 700 artigos com cerca de 4.600 descrições de fungos do Brasil, representando 3.340 espécies e variedades em mais de 1.160 gêneros e 160 famílias, com mais de 600 tipos no Herbário URM.

Artigos online de Augusto Chaves Batista.

Com relação à melhoria da qualidade dos dados foi dado destaque ao programa de visita de especialistas. Os resultados parciais mostram o envolvimento de 69 especialistas, atendendo 122 coleções, examinando mais de 42 mil espécimes de mais de 120 famílias. Ainda como parte desse item, foi destacado o desenvolvimento da ferramenta de georreferenciamento automático e de novos aplicativos para o relatório dataCleaning como verificação da data de coleta, inconsistência geográfica e completude de dados.

Foram apresentados o serviço Exsiccatae para as imagens enviadas pelos herbários da rede, a nova interface de busca e os sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Foram também apresentadas algumas estatísticas de uso do Herbário Virtual. Uma média de 20 milhões de registros são visualizados por mês, plotados em mapas (44%), gráficos (29%), downloads (23%) ou como listas e fichas de espécimes (4%). Em relação ao uso das ferramentas disponíveis, são produzidos por mês em média 30 mil mapas, 23 mil listas de espécimes, 20 mil downloads, 12,7 mil fichas, 9,5 mil gráficos, 5 mil buscas e mais de três mil e duzentas imagens.

Folders dos projetos BioGeo, Lacunas e Reflora, associados ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que foram apresentados em Brasília.

Elementos de inovação e continuidade
Foram apresentados como elementos de inovação do Herbário Virtual:
• o trabalho em rede, com a valorização dos acervos locais, fora dos grandes centros de pesquisa
• o desenvolvimento de sistemas interativos, integrando dados textuais e imagens
• a e-taxonomia e ferramentas didáticas
• as ferramentas que facilitam o acesso, recuperação e análise dos dados
• as ferramentas que facilitam a modelagem de nicho ecológico das espécies

Foram também destacadas algumas atividades para justificar a continuidade do apoio ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos:
• Gestão da rede
• Integração de novos acervos (mais de 140 herbários do Brasil cadastrados no Index Herbariorum), inclusive acervos históricos
• Continuidade das atividades (digitação, digitalização, aumento da qualidade dos dados, visita de especialistas)
• Agregação de novos dados (pólen, cistos de dinoflagelados, sementes, frutos, etc.)
• Integração com outras bases de dados
• Aplicação das ferramentas para o planejamento de novas coletas (Lacunas, teste do BioGeo)
• Apoio à Estratégia Global para a Conservação das Plantas da Convenção da Diversidade Biológica que apresenta como meta uma flora online de todas as plantas conhecidas

Estande do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Além da apresentação oral, foi montado um estande do INCT Herbário Virtual que recebeu visitas dos dirigentes do CNPq, MCTI, dos avaliadores e das equipes dos INCTs participantes. Foram preparados dois banners e 4 folders destacando a participação dos herbários nacionais e estrangeiros, a evolução da rede, as atividades do INCT nos projetos Reflora, com o serviço Exsiccatae, e SisBiota, com o desenvolvimento dos sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Da esquerda para a direita: Mariângela Menezes, João Renato Stehmann, Dora Ann Lange Canhos e Ana Maria Giulietti Harley.

Os resultados apresentados pelo INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos foram muito elogiados pelos avaliadores e realmente são muito significativos. A isso se deve o trabalho e o empenho de cada curador, responsável e técnico dos herbários, à equipe de desenvolvedores e técnicos de apoio em informática e à coordenação do INCT.

Parabéns a todos!

Leonor Costa Maia, Dora Ann Lange Canhos, João Renato Stehmann e Mariângela Menezes.

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• INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Serviço Exsiccatae
• Folder do INCT-HVFF
• Folder do BioGeo
• Folder do Lacunas
• Folder do Reflora

O desafio para melhoria da qualidade dos dados no INCT-HVFF

O volume e o uso dos dados disponíveis de forma livre e aberta tem crescido exponencialmente. Mas sua utilidade a longo prazo está diretamente relacionada com sua qualidade, um desafio que pode ser alcançado com treinamentos e envolvimento de todos os interessados. 

Estudar a biodiversidade e integrar o conhecimento gerado representa um desafio imenso para o Brasil. O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) está abordando a questão de forma pioneira, atuando em pesquisa, formação de recursos humanos e transferência de conhecimento para a sociedade. O volume de dados disponíveis vem crescendo exponencialmente desde 2008, assim como o uso desses dados. Entretanto sua qualidade ainda é uma questão que merece atenção. Uma grande porcentagem dos registros não possui georreferenciamento, existem erros de grafia nos nomes taxonômicos e grande parte da informação está incompleta, por exemplo, sem dados sobre a classificação taxonômica, o que pode dificultar sua busca e recuperação.

Visita ao Herbário SPF (USP – São Paulo) em junho de 2013: é importante que os bolsistas responsáveis pela entrada de dados também participem do treinamento 

Estão disponíveis no site do CRIA ferramentas de dataCleaning que auxiliam os curadores a identificarem os registros suspeitos em suas coleções. O INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos possui uma bolsista responsável por visitar as coleções inicialmente com o objetivo de realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning, discutir a qualidade dos dados e conhecer os principais avanços e as principais dificuldades dos herbários. As visitas iniciais foram feitas individualmente em coleções próximas a Campinas, local sede do CRIA. A partir dessa experiência, um curso será montado, assim como guias de melhores práticas. A partir do segundo semestre de 2013, esse curso será oferecido em todas as regiões do país, para que representantes de todas as coleções participantes do INCT-HVFF recebam treinamento.

Equipe do CRIA/INCT HVFF, técnicos e bolsistas do SPF: a participação de todos é importante para a efetividade do treinamento para melhoria da qualidade dos dados.

Saiba mais!

• A rede speciesLink
• INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Ferramentas de dataCleaning

Novas ferramentas no BRAHMS facilitam o envio de dados para a rede speciesLink

A versão 7.3 do BRAHMS, lançada na última sexta-feira, dia 14/06/2013, possui importantes implementações que facilitam o envio de dados para a rede speciesLink e permitem a inclusão de mais informações. 

Agora com apenas um clique os usuários podem exportar os dados de suas coleções no modelo de dados DarwinCore. No menu Admin, basta selecionar a opção XML/Darwin export options e depois Darwin Core (suitable for CRIA transfers) e em seguida selecionar o código da própria coleção.

Tela de exportação de dados para o CRIA na versão 7.3.2. em Admin – XML/Darwin export options – Darwin Core (suitable for CRIA transfers).

Outra importante novidade é a exportação dos campos de classificação taxonômica ORDER (ordem) e DIVISION (divisão/filo). A inclusão de dados nesses campos melhora a qualidade das informações disponíveis e aumenta a eficácia das buscas na rede. Informações que podem parecer óbvias internamente para cada coleção, são essenciais quando estamos lidando com a integração de dados de várias coleções na rede. Para plantas e fungos, por exemplo, normalmente as informações taxonômicas são preenchidas somente até família. Se um usuário deseja buscar os registros de todas as briófitas, por exemplo, terá que incluir no formulário de busca todas as famílias! Nesse caso, se todos os registros tivessem o campo divisão/filo preenchido, bastaria buscar por Marchantiophyta | Anthocerotophyta | Bryophyta. O mesmo ocorre para fungos. Muitas coleções possuem um só banco de dados para fungos e plantas. Novamente, para encontrar somente os fungos, o usuário teria que realizar uma busca por todas as famílias. Tem-se ainda que essas buscas retornariam somente os registros que possuem a determinação de família. Na rede speciesLink atualmente existem cerca de 3,4 milhões de registros sem a informação de divisão para plantas e fungos.

Staheliomyces cinctus (Phallaceae, Basidiomycota), um fungo raro que ocorre apenas na região Neotropical (foto: Mario Terra).

Completando as informações
As informações taxonômicas para as espécies podem ser inseridas rapidamente no BRAHMS no menu Taxa – Ver/editar famílias no banco de dados. Nessa tabela estão listadas as famílias com registros na sua coleção e basta incluir a informação de ordem e divisão uma única vez para cada família.

Essas modificações foram sugeridas aos desenvolvedores do BRAHMS após conversas com os usuários. Participe também, mande suas sugestões! E não se esqueça de sempre consultar as dicas de uso no menu superior direito da página de busca do speciesLink!

Saiba mais!

• Um manual chamado “Tutorial para extração dos dados no modelo DarwinCore (a partir da versão 7.3.1 do BRAHMS)“ com as instruções detalhadas está disponível em: http://splink.cria.org.br/splinker

• Para baixar a última versão do BRAHMS visite: http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/brahms/Software

Lacunas: como mapear a ocorrência de espécies e identificar áreas pouco amostradas?

Sistema online permite a visualização de mapas de ocorrência de espécies de plantas e fungos do Brasil, além de agregar informações sobre o status dos dados sobre os espécimes disponíveis online, endemismos e o status de conservação das espécies.

O sistema Lacunas foi concebido pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) para prover uma ferramenta dinâmica para que os especialistas possam analisar o ‘status do conhecimento online’ sobre espécies da flora brasileira, facilmente identificando as espécies endêmicas, ameaçadas de extinção e suas distribuições geográficas, podendo identificar áreas subamostradas ou acervos que ainda não integraram seus dados online. A partir de uma interface web é possível produzir relatórios integrando registros de ocorrência de espécies de plantas e fungos disponíveis no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos com o conhecimento taxonômico da Lista de Espécies da Flora do Brasil (edição 2012) mais o status de conservação da espécie com base nas listas de espécies ameaçadas de extinção do MMA e da Fundação Biodiversitas. O Lacunas é uma ferramenta importante para a definição de estratégias para novas coletas priorizando espécies e/ou áreas não amostradas, além de identificar grupos taxonômicos para a digitação/digitalização dos dados.

Melocactus violaceus Pfeiff. depositado no Herbário da Reserva Natural Vale - CVRD 13441, LINHARES, ES, BRASIL, 05/09/2011. [lat: -19.137121 long: -39.888076 WGS84]. É considerada uma espécie 'Deficiente em Dados' pela Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA).

Funcionamento do Lacunas
O sistema conta com filtros taxonômicos e de georeferenciamento. Desta maneira é possível, por exemplo, fazer a busca por uma dada espécie, considerando seu nome aceito e sinônimos, e apenas registros georeferenciados. O filtro taxonômico começa com as seguintes opções: algas, angiospermas, briófitas (subdivididas em antóceros, hepáticas e musgos), fungos (com as opções lato senso e stricto senso), gimnospermas e pteridófitas. A partir da escolha inicial do grupo, novos filtros são apresentados ao usuário possibilitando o refinamento da busca, chegando até o nível de espécie. A importância das coordenadas geográficas de cada espécime depositado nos herbários é enorme, pois em última análise determinam a qualidade e quantidade dos pontos de ocorrência das espécies, informações essencias para modelar a distribuição potencial das espécies com base em seu nicho ecológico. O sistema agrupa as espécies em 4 categorias:

(I) sem registros no Herbário Virtual
(II) com 1 - 5 registros
(III) com 6 - 20
(IV) com >20 registros

Esta divisão visa indicar rapidamente se as espécies possuem um número suficiente de registros para produzirem modelos de distribuição geográfica com uso potencial para processos de tomada de decisão. Em geral, assume-se ser necessário mais de 20 pontos de ocorrência com coordenadas consistentes e distintas para produzir um bom modelo. Para espécies com até 5 pontos obtém-se um modelo exploratório e de 6 a 20 pontos um modelo preliminar. Até o nível de gênero o relatório produz um gráfico mostrando quantas espécies estão em cada categoria de número de registros.

Exemplo da interface do Lacunas analisando informações disponíveis para o gênero Melocactus, Cactaceae. Na coluna da esquerda estão listadas as espécies do gênero agrupadas pelos números de pontos de ocorrência disponíveis, incluindo o status de conservação (clique para ampliar).

A base primária de dados do Lacunas provém da rede speciesLink (http://www.splink.org.br/) e para cada espécie o sistema apresenta mapas de distribuição baseados em dados obtidos em tempo real, checados pelos nomes validados por especialistas na Lista de Espécies da Flora do Brasil (2012). O usuário tem a opção de selecionar apenas os nomes aceitos ou de incluir sinônimos, fazer uma busca exata ou fonética, e ainda escolher o tipo e a qualidade das coordenadas geográficas associadas a cada registro. Quando uma espécie é selecionada, surgem informações associadas, como informações oficiais sobre o status de conservação, endemismo, um mapa contendo os pontos de ocorrência, os estados brasileiros onde ocorre, número de registros de coleta por ano e os provedores dos dados, dentre outras informações.

Informações para Melocactus violaceus (Cactaceae), uma espécie endêmica do Brasil. Além de considerada como 'Deficiente em Dados' pelo Anexo II do MMA, foi classificada como vulnerável pela Fundação Biodiversitas.

Clicando-se no mapa, o usuário é levado diretamente para a interface do speciesLink, com acesso aos dados de todos espécimes coletados para determinada espécie. A partir dessa página é possível realizar várias análises, como criar um mapa, plotando todos os pontos de ocorrência, ou fazer download dos pontos no formato do OpenModeller ou MaxEnt, por exemplo. Os mapas podem ser exibidos pela interface do Google Maps ou Google Earth, sendo que nesses casos cada ponto do mapa é clicável e traz informação sobre a origem do espécime, determinador e local de coleta, com coordenadas em graus decimais e datum. Alguns registros possuem imagens das exsicatas ou material vivo gerenciadas pelo sistema Exsiccatae, permitindo que detalhes sejam verificados rapidamente.

Informações associadas a Melocactus violaceus (Cactaceae) por meio do Lacunas. A partir do relatório de pontos de ocorrência é possível verificar os dados pela interface do Google Maps ou ainda visualizar imagens das exsicatas.

Conservação da Biodiversidade
Além de iniciar a busca utilizando o filtro taxonômico, o Lacunas permite consultar diretamente quais espécies estão na Lista de Espécies Ameaçadas da Flora Brasileira, por meio de links para o Anexo I e Anexo II da Instrução Normativa MMA nº 06 disponíveis na página inicial do Lacunas. Caso a espécie também esteja na lista de espécies ameaçadas de extinção da Fundação Biodiversitas, ao seu nome estará associada uma sigla (EX: Extinta, EW: Extinta na Natureza, CR: Criticamente em Perigo, EN: Em Perigo, VU: Vulnerável). Estas siglas indicam o grau de ameaça seguindo os critérios da IUCN.

Detalhe da associação dos nomes das espécies com o status de conservação com base na Instrução Normativa MMA nº 06 e na Fundação Biodiversitas (clique para ampliar).

Independentemente do método de busca, os resultados sempre mostrarão o número de registros encontrados, na frente dos nomes das espécies, de acordo com os critérios estabelecidos pelo usuário. Além disso, se a espécie constar como endêmica na Lista de Espécies da Flora e dos Fungos do Brasil, ao lado do nome será apresentado o ícone  E . Caso a espécie esteja listada em um dos anexos da Instrução Normativa MMA nº 06, ao lado do seu nome será apresentado o ícone  1  para espécies ameaçadas de extinção (Anexo I) e  2  para as espécies com deficiência de dados (Anexo II).

Potenciais usos do Lacunas
Os relatórios apresentados pelo sistema Lacunas necessitam do conhecimento do especialista para poder servir de base para a elaboração de estratégias de pesquisa e fomento, assim como auxiliar o desenvolvimento de políticas públicas considerando os compromissos assumidos pelo Brasil na Convenção sobre Diversidade Biológica. Espera-se que o relatório sirva de subsídio aos especialistas para:

• Orientar novas coletas, tanto em relação às espécies como também às áreas geográficas prioritárias;
• Auxiliar na identificação de grupos prioritários para digitação ou georreferenciamento dos dados;
• Auxiliar na identificação de grupos pouco estudados, indicando a necessidade de formação de taxonomistas;
• Auxiliar na identificação e avaliação de espécies ameaçadas de extinção.

A tomada de decisão na área de conservação da biodiversidade idealmente deve ser baseada em dados de alta qualidade e precisão. O sistema Lacunas é um exemplo de como ferramentas e programas podem ajudar a aumentar a qualidade e usabilidade dos dados. O desenvolvimento de plataformas de análise de dados como esta possibilita a criação de novas estratégias para pesquisa científica e também nos processos de tomada de decisão.

O caso da espécie Melocactus violaceus (Cactaceae) ilustra como é possível usar o sistema Lacunas como apoio na avaliação do status de conservação de espécies. De acordo com a Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), M. violaceus é uma espécie “Deficiente em Dados”. O MMA define espécie “Deficiente em Dados” como aquela cujas informações (distribuição geográfica, ameaças/impactos e usos, entre outras) são ainda deficientes, não permitindo enquadrá-la com segurança em uma condição de ameaçada.

Informações do relatório do Lacunas sobre Melocactus violaceus (clique para ampliar).

Porém, utilizando o Lacunas verificou-se que existem 66 registros para esta espécie, 20 deles com coordenadas distintas. Assim, a distribuição geográfica desta espécie se revelou bem documentada. Ainda é possível observar que M. violaceus têm sido coletada com regularidade, sendo que a ultima coleta ocorreu em 2012. Uma vez que estas informações estão facilmente disponíveis, especialistas podem usá-las na reavaliação do status de conservação desta e outras espécies.

 

Implicações práticas
O acesso aos dados é um fator-chave que liga ciência, políticas públicas e decisões legais. Desta maneira, além dos dados primários de biodiversidade estarem acessíveis, é necessária a criação de novas ferramentas para analisar e extrair conhecimento destes dados. Além disso, tais plataformas deveriam ser integradas, não somente dentro do país, mas também com interfaces de outros países, o que possibilitaria análises muito mais completas da biodiversidade. Muitas iniciativas estão sendo estruturadas, mas ainda é um grande desafio fazer com que as e-infraestruturas sejam de fato utilizadas no processo de tomada de decisão. A conscientização, tanto de cientistas quanto do poder público, de que apenas uma parceria sólida entre governo, cientistas, e mantenedores de e-infrastruturas pode promover o desenvolvimento de tais ferramentas é uma prioridade.

Interfaces como o Lacunas são cruciais para instrumentar a tomada de decisão. Nesse contexto o sistema Lacunas é inovador, sendo o resultado de uma parceria bem sucedida entre os mais de 80 herbários e pesquisadores associados do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos do Brasil e os profissionais de tecnologia da informação do CRIA. Espera-se que o Lacunas se torne uma ferramenta importante na definição de novas estratégias para pesquisa científica, direcionando novos trabalhos e assim ajudando a ampliar o conhecimento e a compreensão da biodiversidade brasileira, contribuindo para a definição de novas políticas de conservação e uso sustentável.

Saiba mais!

• Lacunas de conhecimento da flora e dos fungos do Brasil
• Rede speciesLink: disponibilizando informações sobre a biodiversidade
• Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Serviço Exsiccatae: imagens de espécimes online
• OpenModeller: modelagem de nicho ecológico

Texto - Mariane de Sousa-Baena, Ricardo Braga-Neto, Sidnei de Souza, Vanderlei Canhos e Dora Ann Lange Canhos

Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Com a missão de prover infraestrutura de dados à comunidade científica, ao poder público e à sociedade, o Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está favorecendo a integração de informações sobre plantas e fungos no Brasil de forma aberta e livre.

O Brasil é um dos países mais diversos no planeta em espécies de plantas e fungos, abrigando cerca de 15 a 20% das espécies conhecidas e contendo ainda milhares de espécies novas a serem descobertas pela ciência. O desafio de se estudar essa biodiversidade e integrar o conhecimento gerado é imenso, mas está sendo abordado de forma pioneira pelo Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF), que vem atuando na pesquisa, formação de recursos humanos e transferência de conhecimento para a sociedade. 

O gênero Ischnosiphon contém cerca de 35 espécies de ervas terrestres, distribuídas nos Neotrópicos (foto: Pedro Ivo Simões). 

De uma forma geral, o INCT-HVFF visa fomentar o compartilhamento livre e aberto de dados e informações de herbários em um formato útil; integrar informações dos acervos dos herbários do país e de acervos no exterior que possuem coletas realizadas em solo brasileiro; melhorar a qualidade dos acervos dos herbários brasileiros; disponibilizar dados sobre a ocorrência de espécies no Brasil, base fundamental para a tomada de decisão e formulação de políticas públicas sobre biodiversidade; ampliar a base de conhecimento sobre a diversidade da flora e dos fungos macroscópicos do Brasil; estimular a formulação de políticas públicas voltadas à sustentabilidade dos herbários, à formação de taxonomistas e aos estudos sobre biodiversidade; e fornecer subsídios para que a sustentabilidade ambiental se torne um critério tão importante quanto o desenvolvimento social e econômico na formulação e análise de políticas públicas. 

Mycena lacrimans, a única espécie de fungo bioluminescente conhecida na Amazônia 
(foto: Ricardo Braga-Neto).

Participação do CRIA no Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Dentre as principais ações focais, o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) é responsável pelo desenvolvimento e manutenção do sistema de informação online do INCT-HVFF por meio da rede speciesLink, pelo suporte aos 75 herbários nacionais participantes e 5 do exterior, e pela linha de pesquisa sobre o uso de dados de ocorrência de espécies para a formulação de políticas públicas. Os herbários participantes estão disponibilizando cerca de 4 milhões de registros sobre espécimes coletados no Brasil, com informações sobre mais de 35 mil espécies de plantas e de fungos. Aproximadamente 76% dos registros disponibilizados estão georreferenciados, seja com base em dados originais (cerca de 33%) ou derivados secundariamente pelo município (cerca de 43%).

Número total de registros online (verde), de registros georreferenciados com dados originais (azul) e de coleções e subcoleções provedoras de dados (linha vermelha) ao longo do tempo. 
Atualizado em 14/05/13.

Mais de 180 mil registros possuem imagens, dos quais mais de 95% são imagens de exsicatas depositadas nos herbários. Contudo, existe um número crescente de registros com imagens de material vivo, o que ajuda muito a obter mais informações sobre os espécimes em campo, uma informação particularmente importante para fungos macroscópicos, mas relevante também para flores e frutos. Atualmente existem cerca de 80 mil registros referentes a materiais tipo de espécies de plantas e fungos.

Exemplos de imagens de exsicatas disponíveis no Herbário Virtual. Da esquerda pra direita: Caesalpinia echinata, Bertholletia excelsa e Swetenia macrophylla.

A maior parte dos registros está concentrada nas regiões Sudeste e Nordeste do Brasil (32% dos dados referem-se a coletas realizadas na região Sudeste e 26% na região Nordeste), com 16% na região Sul, 15% na região Norte e 11% na região Centro-Oeste. A região Norte é a que possui menor densidade de coletas, 0,138 registros/km², embora uma grande parte da biodiversidade esteja concentrada na Amazônia.

Distribuição geográfica dos herbários pertencentes ao INCT-HVFF. O tamanho do círculo é proporcional ao número de registros total do herbário (crédito: Flávia Pezzini).

O CRIA também desenvolve sistemas para auxiliar o trabalho de especialistas na definição das espécies e áreas prioritárias para a coleta. Um exemplo é o sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil. O objetivo principal é expandir o conhecimento sobre a biogeografia das plantas e fungos através de dados de ocorrência disponíveis em herbários, contando com a participação ativa de especialistas e com o uso de técnicas de modelagem de nicho ecológico usando a ferramenta openModeller. O sistema tem como meta ter pelo menos um modelo de distribuição potencial para cada espécie de plantas e fungos que ocorrem no Brasil. Espera-se que os resultados possam orientar novas coletas, indicando áreas de ocorrência potencial, além de compreender melhor as necessidades ambientais de cada espécie e contribuir para diversas questões envolvendo pesquisa e conservação.

Modelo preliminar da distribuição geográfica com base no nicho ecológico de Schizophyllum commune, um fungo amplamente distribuído. Ainda que seja uma espécie bem conhecida e coletada, a carência de registros georreferenciados limita a performance do modelo, indicando que novas coletas devam priorizar a obtenção desses dados com aparelhos de GPS.

O INCT-HVFF é coordenado pela Profa. Leonor Costa Maia da Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) e conta com a participação de representantes de várias instituições associadas de dentro e fora do país.

Neoregelia eleutheropetala, uma espécie de bromélia que ocorre na Amazônia (foto: Mario Terra).

Saiba mais!

• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Rede speciesLink
• Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil

Rede speciesLink: disponibilizando informações sobre a biodiversidade

A rede speciesLink é uma iniciativa pioneira que integra informações primárias sobre a biodiversidade, tornando-as disponíveis de forma livre e aberta na internet.

O Brasil é um dos países com maior biodiversidade no mundo, mas boa parte das informações científicas que está disponível em museus, herbários e coleções microbiológicas se encontrava dispersa e fragmentada, limitando a compreensão sobre a identidade e distribuição dos táxons. A rede speciesLink foi idealizada e implementada pelo CRIA há mais de 10 anos para suprir essa carência e vem permitindo a integração de dados de diferentes provedores e a aceleração na geração de conhecimento.

O projeto foi iniciado em 2001 financiado pela FAPESP e contava com participação de apenas 12 coleções. Hoje a rede speciesLink disponibiliza quase 6 milhões de registros online, sendo que mais de 4,5 milhões estão georreferenciados. A rede conta com cerca de 300 coleções provedoras de dados, sendo 166 coleções zoológicas, 107 herbários de plantas e fungos, 21 coleções de microrganismos e uma coleção fóssil, dentre outras mais abrangentes, que constantemente atualizam seus dados e enriquece a rede.

Ao longo desses anos, o sistema tem sido constantemente aperfeiçoado e novas ferramentas desenvolvidas, visando auxiliar os curadores na melhoria da qualidade dos dados disponibilizados, além de permitir aos usuários maior flexibilidade na busca e diferentes formas de visualização das informações, dentre outras inovações. Para qualquer consulta feita é possível gerar tabelas, mapas e gráficos, organizados por famílias, estados ou coleção. No caso de herbários, existem mais de 200 mil imagens das exsicatas associadas aos dados textuais.

Para consultar os dados disponíveis na rede speciesLink clique aqui e abra o formulário de busca. A interface é intuitiva e tem grande flexibilidade, oferecendo opções taxonômicas, geográficas e gerenciais. É possível consultar dados de espécies que estejam em listas vermelhas, espécimes que possuem coordenadas geográficas, que tenham imagens ou sejam tipos, dentre muitas opções. Não se esqueça de consultar as dicas de uso disponíveis no canto superior direito!

Saiba mais!
Como participar da rede speciesLink?

Instituições de suporte
MCTI, CNPq, FINEP, FAPESP, FAPES, CRIA, INPA, SEMA e JRS Biodiversity Foundation.

Paulo Vanzolini morre em São Paulo

Zoólogo e compositor, Paulo Vanzolini deixou grande contribuição para a ciência. Ele faleceu neste domingo aos 89 anos, vítima de complicações de uma pneumonia.

Além de um ícone do samba paulistano, compositor de clássicos como "Ronda" e "Volta por Cima", Paulo Vanzolini teve grande expressão na zoologia. Ele contribuiu com dados sobre répteis no debate da teoria dos refúgios, desenvolvida em 1969 pelo alemão Jürgen Haffer com aves na Amazônia, e atuou como diretor do Museu de Zoologia da USP (MZUSP), onde trabalhou por mais de 50 anos.

Vanzolini sempre enfatizou a necessidade de realizar expedições científicas para coletar espécimes em regiões pouco exploradas do Brasil e seu trabalho foi extremamente importante para estruturar o acervo de exemplares do MZUSP, que hoje chega a cerca de 300 mil espécimes. Embora a maior parte desse acervo ainda não esteja online, muitos espécimes coletados e identificados por ele estão disponíveis na rede speciesLink, incluindo também espécies que foram batizadas em sua homenagem.

Saiba mais!

A rede speciesLink visa integrar informações sobre espécies e espécimes disponíveis em museus, herbários e coleções de cultura, tornando os dados amplamente acessíveis pela internet. Desenvolvida pelo CRIA, a rede atualmente integra dados de cerca de 300 provedores diferentes, disponibilizando aproximadamente 5,8 milhões de registros online de coleções de todo o Brasil e repatriando dados de coleções de fora do país.