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23 de jan. de 2014

Novidades na ferramenta Duplicata do dataCleaning

Novos filtros e agrupamentos dos dados facilitam a identificação de determinações distintas para duplicatas de plantas em diferentes herbários. A ferramenta Duplicata visa auxiliar curadores e técnicos de herbários a identificar e corrigir erros e a atualizar e completar os dados.


Exsicatas da mesma coleta depositadas em herbários diferentes podem ter identificações distintas. A exsicata depositada no herbário FLOR (à esquerda) representa a coleta número 10806 de J. Mattos realizada em 15 de dezembro de 1962 em Conceição da Barra, Espírito Santo, Brasil. A exsicata do mesmo material depositada em SP (à direita) foi identificada como Eugenia hirta O.Berg. por M. Sobral em setembro de 1991, mas a duplicata de FLOR permanece sem atualização da identificação inicial.
 
Durante visitas promovidas pelo CRIA e INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos para discutir a qualidade dos dados disponibilizados online, curadores e técnicos dos herbários sugeriram algumas melhorias que foram implementadas recentemente. Essas melhorias incluem novos filtros e formas de visualização do relatório, e, quando disponível, a apresentação da imagem da exsicata. Registros "suspeitos" detectados pela ferramenta Duplicata são aqueles que possuem o mesmo nome, número de coletor e data de coleta, mas informações distintas nos campos "gênero + espécie + subespécie".

Um dos grandes problemas na identificação de duplicatas nos diferentes herbários através de um aplicativo era a falta de padronização do nome do coletor. A ferramenta agora reconhece variações na ordem da escrita do nome e iniciais dos coletores. Por exemplo, D. Alvarenga é reconhecido como sendo o mesmo que Alvarenga, D.. O sistema também reconhece como sendo o mesmo o coletor isolado ou o coletor principal quando registrado juntamente com os coletores secundários. Por exemplo, A.A. Ribeiro-filho é considerado isoladamente ou quando associado com outros coletores, como no caso A.A. Ribeiro-filho, L.C. Soares. 


A tabela apresentada pode ser ordenada por nome do coletor, família ou gênero, facilitando o trabalho do curador que quiser analisar os dados por família, por exemplo. Cada linha é clicável e permite navegação dinâmica. A tabela apresenta também o nome do determinador e data de determinação, assim como novos filtros como família ou gênero indeterminados para que seja possível rapidamente comparar esses registros com duplicatas de outros herbários participantes da rede speciesLink.

Esperamos com isso facilitar o trabalho de atualização da nomenclatura taxonômica dos acervos. Com o uso da ferramenta, herbários que não possuem especialistas de determinados grupos taxonômicos podem se beneficiar do trabalho de identificação do material em outros herbários e, dessa forma, contribuir para a melhora da qualidade dos dados da rede do Herbário Virtual.

 

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14 de out. de 2013

Herbários contribuem para o desenvolvimento da e-taxonomia no Brasil

Provedores de dados do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos compartilham imagens por meio da rede speciesLink e contribuem para a modernização da taxonomia online.

(English version)


Com o crescimento da rede INCT-HerbárioVirtual da Flora e dos Fungos, destaca-se cada vez mais o trabalho dos mais de 80 herbários que estão compartilhando seus dados de maneira livre e aberta na internet, viabilizando inúmeros trabalhos de pesquisa científica e contribuindo para o ensino da taxonomia nos cursos de graduação e pós-graduação do país. Para destacar a importância do compartilhamento de dados e de conhecimento apresentamos dois herbários que diferem, sobretudo, em idade e tamanho do acervo: o herbário do Jardim Botânico de Nova Iorque (NYBG), cujos dados do acervo referentes a coletas realizadas no Brasil estão sendo repatriados desde 2006, e o Herbário da Universidade de Tocantins (HUTO), há um ano integrando seus dados na rede speciesLink. O uso desses dois herbários como exemplo procura enfatizar a importância de cada um dos herbários participantes da rede, grande ou pequeno, com abrangência geográfica e/ou taxonômica grande ou restrita.

Evolução da entrada de imagens na rede speciesLink para NYBG e HUTO, incluindo o espaço em disco necessário para armazenar os dados.

Pequenos e grandes herbários
As amostras coletadas no Brasil e depositadas no herbário do Jardim Botânico de Nova Iorque (NYBG) representam o maior acervo de imagens de exsicatas disponibilizadas online da rede speciesLink  – mais de 120 mil – compartilhando também 330 mil registros textuais, dos quais cerca de 90% foram georreferenciados pela coleção. O acervo possui mais de 22 mil espécies e mais de 10 mil tipos. São dados de coletas realizadas desde 1768 em todos os 26 estados brasileiros e no Distrito Federal.

Por sua vez, o herbário HUTO da Fundação Universidade do Tocantins (UNITINS), criado em 2005, possui um acervo de cerca de oito mil exsicatas, sendo que os dados textuais de um pouco mais de três mil e quinhentas estão online. Cerca de 65% dos registros foram georreferenciados pela coleção e 95% são de coletas realizadas no próprio estado de Tocantins, principalmente a partir de 2004. O acervo online possui 829 espécies, muitas delas associadas às cerca de duas mil imagens disponibilizadas em alta resolução.


Infraestrutura física e equipe dos herbários NYBG e HUTO.


Perspectivas de desenvolvimento da e-taxonomia
Atualmente, 19 herbários nacionais e 2 do exterior (Jardim Botânico de Nova Iorque e o Museu Nacional de História Natural de Paris - coleção de Saint-Hilaire) estão escaneando ou fotografando seus respectivos acervos para disponibilizar mais de 250 mil imagens associadas aos dados textuais na rede speciesLink. O serviço Exsiccatae, gerenciador das imagens da rede speciesLink, oferece a possibilidade de produzir catálogos ou de comparar as imagens a partir do resultado de busca. Essas ferramentas têm possibilitado novas determinações por especialistas via internet que podem enviar seus comentários referentes à imagem avaliada diretamente para o curador, contribuindo para melhorar a qualidade dos dados e para o desenvolvimento da e-taxonomia no Brasil.

É importante ressaltar que a força do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está na participação de cada instituição disposta a compartilhar seus dados e conhecimento de forma integrada. Embora os herbários NYBG e HUTO sejam diferentes no tamanho de acervo, em infraestrutura física e na idade, ambos representam exemplos igualmente importantes para a infraestrutura pública de dados sobre a biodiversidade brasileira. Como estes, existem inúmeros outros exemplos de auxílio mútuo e de troca de experiências, o que vem efetivamente contribuindo para a modernização das pesquisas em biodiversidade no Brasil.

  
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Texto - Dora Canhos e Sidnei de Souza
Fotos - Acervo dos herbários
English version - Herbaria contribute to the development of e-taxonomy in Brazil

22 de jul. de 2013

O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire

As viagens de Auguste de Saint-Hilaire de exploração ao Brasil entre 1816 e 1822 resultaram na coleta de milhares de exemplares de plantas. Os espécimes e manuscritos do naturalista, as imagens, dados textuais e notas de seus cadernos de campo podem ser acessados online.


O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire tem por objetivo disponibilizar a coleção botânica de Auguste de Saint-Hilaire, incluindo as plantas coletadas durante suas viagens de exploração no Brasil, entre 1816 e 1822. Nesse período, Saint-Hilaire percorreu os Estados do Espírito Santo, Rio de Janeiro, Minas Gerais, Goiás, São Paulo, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, além do rio da Plata e a Província de Missiones na Argentina e parte leste do Paraguai.

As viagens de Saint-Hilaire resultaram na coleta de cerca de 30 mil exemplares, dos quais seis a sete mil espécies foram de plantas. As amostras foram criteriosamente catalogadas e enumeradas nos cadernos de coletas de campo. Seus cadernos de campo, além de descrever a flora das diferentes regiões por que passou, relatam a vida e os costumes brasileiros.

Auguste de Saint-Hilaire (1779-1851), alguns anos depois de sua viagem ao Brasil.
(Foto: F. Bouazzat, MNHN).

As espécies de autoria de Saint-Hilaire estão descritas nos três volumes da Flora brasiliae meridionali (1825, 1829 e 1832-1833), também disponíveis on-line, sendo que os exemplares botânicos correspondentes estão depositados no Herbário de Paris do Muséum National d'Histoire Naturelle e da universidade de Montpellier e de Clermont-Ferrand, França.

Entretanto não havia um resgate completo das correspondências destas exsicatas com os dados citados na Flora brasiliae meridionalis e, menos ainda, com as importantes observações constantes nos cadernos de coleta de Saint-Hilaire.

Todo o seu acervo está sendo digitalizado e disponibilizado on-line de forma integrada graças à parceria entre o Instituto de Botânica de São Paulo, o Muséum Nacional d´Histoire Naturelle (MNHN) de Paris, o Institut des Herbiers Universitaires, CLF, Clermont-Ferrand, França e o CRIA, com o apoio da Fapesp.

O site franco-brasileiro Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire:

Assim, o site franco-brasileiro Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire possibilita a consulta dinâmica on-line de todos os espécimes e manuscritos do naturalista Auguste de Saint-Hilaire, provendo links entre as imagens das amostras, os dados textuais associados e as notas de seus cadernos de campo. Esta ferramenta tem por objetivo facilitar o trabalho de taxonomia e sistemática, além de permitir a reconstrução mais precisa das rotas e da cronologia das explorações realizadas pelo naturalista. Todas as exsicatas estão sendo digitalizadas pelo herbário de Paris (P) e disponibilizadas online. O site também disponibiliza as principais publicações de Saint-Hilaire. A nomenclatura e as determinações são atualizadas dinamicamente, ligadas ao banco de dados Sonnerat/MNHN.

Recentemente foi publicado um artigo, também disponível no site, onde são apresentados detalhes sobre esse sistema e onde também é proposto um padrão para citar adequadamente as exsicatas de Saint-Hilaire.

Operações com a interface do herbário virtual de Saint-Hilaire. É possível selecionar o nome científico, número de coleta ou barcode. Veja mais em: http://hvsh.cria.org.br/HVSH_52155.html

Referência Bibliográfica:
Pignal, M.; Romaniuc-Neto, S.; Souza, S. de ; Chagnoux, S.; Canhos, D.A.L. 2013. Saint-Hilaire virtual herbarium, a new upgradeable tool to study Brazilian botany. Adansonia,  sér. 3, 35 (1): 7-18. http://hvsh.cria.org.br/articles

21 de jun. de 2013

Novas ferramentas no BRAHMS facilitam o envio de dados para a rede speciesLink

A versão 7.3 do BRAHMS, lançada na última sexta-feira, dia 14/06/2013, possui importantes implementações que facilitam o envio de dados para a rede speciesLink e permitem a inclusão de mais informações. 



Agora com apenas um clique os usuários podem exportar os dados de suas coleções no modelo de dados DarwinCore. No menu Admin, basta selecionar a opção XML/Darwin export options e depois Darwin Core (suitable for CRIA transfers) e em seguida selecionar o código da própria coleção.

Tela de exportação de dados para o CRIA na versão 7.3.2. em Admin – XML/Darwin export options – Darwin Core (suitable for CRIA transfers).

Outra importante novidade é a exportação dos campos de classificação taxonômica ORDER (ordem) e DIVISION (divisão/filo). A inclusão de dados nesses campos melhora a qualidade das informações disponíveis e aumenta a eficácia das buscas na rede. Informações que podem parecer óbvias internamente para cada coleção, são essenciais quando estamos lidando com a integração de dados de várias coleções na rede. Para plantas e fungos, por exemplo, normalmente as informações taxonômicas são preenchidas somente até família. Se um usuário deseja buscar os registros de todas as briófitas, por exemplo, terá que incluir no formulário de busca todas as famílias! Nesse caso, se todos os registros tivessem o campo divisão/filo preenchido, bastaria buscar por Marchantiophyta | Anthocerotophyta | Bryophyta. O mesmo ocorre para fungos. Muitas coleções possuem um só banco de dados para fungos e plantas. Novamente, para encontrar somente os fungos, o usuário teria que realizar uma busca por todas as famílias. Tem-se ainda que essas buscas retornariam somente os registros que possuem a determinação de família. Na rede speciesLink atualmente existem cerca de 3,4 milhões de registros sem a informação de divisão para plantas e fungos.

Staheliomyces cinctus (Phallaceae, Basidiomycota), um fungo raro que ocorre apenas na região Neotropical (foto: Mario Terra).

Completando as informações
As informações taxonômicas para as espécies podem ser inseridas rapidamente no BRAHMS no menu Taxa – Ver/editar famílias no banco de dados. Nessa tabela estão listadas as famílias com registros na sua coleção e basta incluir a informação de ordem e divisão uma única vez para cada família.

Essas modificações foram sugeridas aos desenvolvedores do BRAHMS após conversas com os usuários. Participe também, mande suas sugestões! E não se esqueça de sempre consultar as dicas de uso no menu superior direito da página de busca do speciesLink!

Saiba mais!
  • Um manual chamado “Tutorial para extração dos dados no modelo DarwinCore (a partir da versão 7.3.1 do BRAHMS)“ com as instruções detalhadas está disponível em: http://splink.cria.org.br/splinker

19 de jun. de 2013

Lacunas: como mapear a ocorrência de espécies e identificar áreas pouco amostradas?

Sistema online permite a visualização de mapas de ocorrência de espécies de plantas e fungos do Brasil, além de agregar informações sobre o status dos dados sobre os espécimes disponíveis online, endemismos e o status de conservação das espécies.


O sistema Lacunas foi concebido pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) para prover uma ferramenta dinâmica para que os especialistas possam analisar o ‘status do conhecimento online’ sobre espécies da flora brasileira, facilmente identificando as espécies endêmicas, ameaçadas de extinção e suas distribuições geográficas, podendo identificar áreas subamostradas ou acervos que ainda não integraram seus dados online. A partir de uma interface web é possível produzir relatórios integrando registros de ocorrência de espécies de plantas e fungos disponíveis no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos com o conhecimento taxonômico da Lista de Espécies da Flora do Brasil (edição 2012) mais o status de conservação da espécie com base nas listas de espécies ameaçadas de extinção do MMA e da Fundação Biodiversitas. O Lacunas é uma ferramenta importante para a definição de estratégias para novas coletas priorizando espécies e/ou áreas não amostradas, além de identificar grupos taxonômicos para a digitação/digitalização dos dados.

Melocactus violaceus Pfeiff. depositado no Herbário da Reserva Natural Vale - CVRD 13441, LINHARES, ES, BRASIL, 05/09/2011. [lat: -19.137121 long: -39.888076 WGS84]. É considerada uma espécie 'Deficiente em Dados' pela Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA).


Funcionamento do Lacunas
O sistema conta com filtros taxonômicos e de georeferenciamento. Desta maneira é possível, por exemplo, fazer a busca por uma dada espécie, considerando seu nome aceito e sinônimos, e apenas registros georeferenciados. O filtro taxonômico começa com as seguintes opções: algas, angiospermas, briófitas (subdivididas em antóceros, hepáticas e musgos), fungos (com as opções lato senso e stricto senso), gimnospermas e pteridófitas. A partir da escolha inicial do grupo, novos filtros são apresentados ao usuário possibilitando o refinamento da busca, chegando até o nível de espécie. A importância das coordenadas geográficas de cada espécime depositado nos herbários é enorme, pois em última análise determinam a qualidade e quantidade dos pontos de ocorrência das espécies, informações essencias para modelar a distribuição potencial das espécies com base em seu nicho ecológico. O sistema agrupa as espécies em 4 categorias:

(I) sem registros no Herbário Virtual
(II) com 1 - 5 registros
(III) com 6 - 20
(IV) com >20 registros

Esta divisão visa indicar rapidamente se as espécies possuem um número suficiente de registros para produzirem modelos de distribuição geográfica com uso potencial para processos de tomada de decisão. Em geral, assume-se ser necessário mais de 20 pontos de ocorrência com coordenadas consistentes e distintas para produzir um bom modelo. Para espécies com até 5 pontos obtém-se um modelo exploratório e de 6 a 20 pontos um modelo preliminar. Até o nível de gênero o relatório produz um gráfico mostrando quantas espécies estão em cada categoria de número de registros.

Exemplo da interface do Lacunas analisando informações disponíveis para o gênero Melocactus, Cactaceae. Na coluna da esquerda estão listadas as espécies do gênero agrupadas pelos números de pontos de ocorrência disponíveis, incluindo o status de conservação (clique para ampliar).

A base primária de dados do Lacunas provém da rede speciesLink (http://www.splink.org.br/) e para cada espécie o sistema apresenta mapas de distribuição baseados em dados obtidos em tempo real, checados pelos nomes validados por especialistas na Lista de Espécies da Flora do Brasil (2012). O usuário tem a opção de selecionar apenas os nomes aceitos ou de incluir sinônimos, fazer uma busca exata ou fonética, e ainda escolher o tipo e a qualidade das coordenadas geográficas associadas a cada registro. Quando uma espécie é selecionada, surgem informações associadas, como informações oficiais sobre o status de conservação, endemismo, um mapa contendo os pontos de ocorrência, os estados brasileiros onde ocorre, número de registros de coleta por ano e os provedores dos dados, dentre outras informações.

Informações para Melocactus violaceus (Cactaceae), uma espécie endêmica do Brasil. Além de considerada como 'Deficiente em Dados' pelo Anexo II do MMA, foi classificada como vulnerável pela Fundação Biodiversitas.

Clicando-se no mapa, o usuário é levado diretamente para a interface do speciesLink, com acesso aos dados de todos espécimes coletados para determinada espécie. A partir dessa página é possível realizar várias análises, como criar um mapa, plotando todos os pontos de ocorrência, ou fazer download dos pontos no formato do OpenModeller ou MaxEnt, por exemplo. Os mapas podem ser exibidos pela interface do Google Maps ou Google Earth, sendo que nesses casos cada ponto do mapa é clicável e traz informação sobre a origem do espécime, determinador e local de coleta, com coordenadas em graus decimais e datum. Alguns registros possuem imagens das exsicatas ou material vivo gerenciadas pelo sistema Exsiccatae, permitindo que detalhes sejam verificados rapidamente.

Informações associadas a Melocactus violaceus (Cactaceae) por meio do Lacunas. A partir do relatório de pontos de ocorrência é possível verificar os dados pela interface do Google Maps ou ainda visualizar imagens das exsicatas.

Conservação da Biodiversidade
Além de iniciar a busca utilizando o filtro taxonômico, o Lacunas permite consultar diretamente quais espécies estão na Lista de Espécies Ameaçadas da Flora Brasileira, por meio de links para o Anexo I e Anexo II da Instrução Normativa MMA nº 06 disponíveis na página inicial do Lacunas. Caso a espécie também esteja na lista de espécies ameaçadas de extinção da Fundação Biodiversitas, ao seu nome estará associada uma sigla (EX: Extinta, EW: Extinta na Natureza, CR: Criticamente em Perigo, EN: Em Perigo, VU: Vulnerável). Estas siglas indicam o grau de ameaça seguindo os critérios da IUCN.

Detalhe da associação dos nomes das espécies com o status de conservação com base na Instrução Normativa MMA nº 06 e na Fundação Biodiversitas (clique para ampliar).

Independentemente do método de busca, os resultados sempre mostrarão o número de registros encontrados, na frente dos nomes das espécies, de acordo com os critérios estabelecidos pelo usuário. Além disso, se a espécie constar como endêmica na Lista de Espécies da Flora e dos Fungos do Brasil, ao lado do nome será apresentado o ícone  E . Caso a espécie esteja listada em um dos anexos da Instrução Normativa MMA nº 06, ao lado do seu nome será apresentado o ícone  para espécies ameaçadas de extinção (Anexo I) e  para as espécies com deficiência de dados (Anexo II).

Potenciais usos do Lacunas
Os relatórios apresentados pelo sistema Lacunas necessitam do conhecimento do especialista para poder servir de base para a elaboração de estratégias de pesquisa e fomento, assim como auxiliar o desenvolvimento de políticas públicas considerando os compromissos assumidos pelo Brasil na Convenção sobre Diversidade Biológica. Espera-se que o relatório sirva de subsídio aos especialistas para:
  • Orientar novas coletas, tanto em relação às espécies como também às áreas geográficas prioritárias;
  • Auxiliar na identificação de grupos prioritários para digitação ou georreferenciamento dos dados;
  • Auxiliar na identificação de grupos pouco estudados, indicando a necessidade de formação de taxonomistas;
  • Auxiliar na identificação e avaliação de espécies ameaçadas de extinção.

A tomada de decisão na área de conservação da biodiversidade idealmente deve ser baseada em dados de alta qualidade e precisão. O sistema Lacunas é um exemplo de como ferramentas e programas podem ajudar a aumentar a qualidade e usabilidade dos dados. O desenvolvimento de plataformas de análise de dados como esta possibilita a criação de novas estratégias para pesquisa científica e também nos processos de tomada de decisão.

O caso da espécie Melocactus violaceus (Cactaceae) ilustra como é possível usar o sistema Lacunas como apoio na avaliação do status de conservação de espécies. De acordo com a Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), M. violaceus é uma espécie “Deficiente em Dados”. O MMA define espécie “Deficiente em Dados” como aquela cujas informações (distribuição geográfica, ameaças/impactos e usos, entre outras) são ainda deficientes, não permitindo enquadrá-la com segurança em uma condição de ameaçada.

Informações do relatório do Lacunas sobre Melocactus violaceus (clique para ampliar).


Porém, utilizando o Lacunas verificou-se que existem 66 registros para esta espécie, 20 deles com coordenadas distintas. Assim, a distribuição geográfica desta espécie se revelou bem documentada. Ainda é possível observar que M. violaceus têm sido coletada com regularidade, sendo que a ultima coleta ocorreu em 2012. Uma vez que estas informações estão facilmente disponíveis, especialistas podem usá-las na reavaliação do status de conservação desta e outras espécies.

 

Implicações práticas
O acesso aos dados é um fator-chave que liga ciência, políticas públicas e decisões legais. Desta maneira, além dos dados primários de biodiversidade estarem acessíveis, é necessária a criação de novas ferramentas para analisar e extrair conhecimento destes dados. Além disso, tais plataformas deveriam ser integradas, não somente dentro do país, mas também com interfaces de outros países, o que possibilitaria análises muito mais completas da biodiversidade. Muitas iniciativas estão sendo estruturadas, mas ainda é um grande desafio fazer com que as e-infraestruturas sejam de fato utilizadas no processo de tomada de decisão. A conscientização, tanto de cientistas quanto do poder público, de que apenas uma parceria sólida entre governo, cientistas, e mantenedores de e-infrastruturas pode promover o desenvolvimento de tais ferramentas é uma prioridade.

Interfaces como o Lacunas são cruciais para instrumentar a tomada de decisão. Nesse contexto o sistema Lacunas é inovador, sendo o resultado de uma parceria bem sucedida entre os mais de 80 herbários e pesquisadores associados do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos do Brasil e os profissionais de tecnologia da informação do CRIA. Espera-se que o Lacunas se torne uma ferramenta importante na definição de novas estratégias para pesquisa científica, direcionando novos trabalhos e assim ajudando a ampliar o conhecimento e a compreensão da biodiversidade brasileira, contribuindo para a definição de novas políticas de conservação e uso sustentável.

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Texto - Mariane de Sousa-Baena, Ricardo Braga-Neto, Sidnei de Souza, Vanderlei Canhos e Dora Ann Lange Canhos

28 de mai. de 2013

Serviço Exsiccatae: imagens de espécimes online

Atualmente disponibilizando imagens de cerca de 200 mil espécimes botânicos, o serviço Exsiccatae permite a integração de imagens de plantas e fungos coletados no Brasil, mantidos em herbários do país e do exterior, aos dados disponíveis na rede INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos via speciesLink.


Lançado oficialmente em agosto de 2011 durante o 62o Congresso Nacional de Botânica, o serviço Exsiccatae é um produto do projeto "Ampliação, Integração e Disseminação Digital de Dados Repatriados da Flora Brasileira" coordenado pelo Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) e desenvolvido com apoio do CNPq como parte do Programa Reflora. O sistema integra um serviço de imagens de alta resolução com as informações textuais da rede speciesLink, de modo que cada espécime pode ter imagens associadas, seja da exsicata depositada no herbário ou de fotos em campo, enquanto ainda vivo, dentre outras possibilidades.

Flor do espécime HVASF008508 coletado em Custódia (PE), depositado no Herbário Vale do São Francisco e identificado como Herissantia crispa (Malvaceae).

O serviço está disponível para herbários nacionais e do exterior interessados em integrar imagens dos espécimes e foi desenvolvido a partir da experiência de implementação do Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire, fruto de uma parceria entre o Museu Nacional de História Natural de Paris, o Instituto de Botânica de São Paulo e o Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA. O sistema permite a visualização online de quase 200 mil espécimes, incluindo milhares de imagens de tipos depositados em coleções nacionais e internacionais.

Exsicata depositada no New York Botanical Garden do espécime NY00023334, coletado em 1973 por J. F. Ramos no INPA em Manaus (AM). O espécime representa o tipo de Ischnosiphon crassispicus L. Andersson, identificado pelo próprio Andersson em 1984.

Perspectivas emergentes
A visualização das imagens das exsicatas oferece oportunidades dos curadores e pesquisadores consultarem espécimes à distância, abrindo uma perspectiva para inovação em estudos taxonômicos (i.e. cybertaxonomy ou e-taxonomy) e a implementação de novas estratégias de identificação de material em herbários brasileiros. Um exemplo recente é a contribuição da pesquisadora Daniela Zappi (Royal Botanic Gardens, Kew) que revisou e comentou remotamente a identificação de espécimes da família Cactaceae depositados em diversos herbários. Além disso, a inclusão de imagens adicionais, seja do material vivo em campo ou de estruturas microscópicas (p.ex. pólen ou esporos) amplia significativamente o leque de aplicações. Imagens dos espécimes vivos são particularmente importantes para mostrar flores e frutos das plantas, e também são imprescindíveis para os fungos, como os cogumelos e as orelhas-de-pau, que perdem a cor e a forma quando desidratados. Essas características são cruciais para o reconhecimento das espécies.






O Exsiccatae vem recebendo contribuições constantes dos provedores de dados e hoje já conta com cerca de 200 mil imagens de espécimes, das quais mais de 95% são de exsicatas. O acervo está em constante expansão e já conta com mais de 5 mil imagens de espécimes vivos e pouco mais de 1.000 imagens de pólen.

Imagens servidas pelo serviço Exsiccatae de acordo com o tipo de material que representam: voucher (exsicata), material vivo ou pólen.

Ferramentas online
O sistema oferece ferramentas de zoom, rotação, medidas em cm, correção de cores e download. As imagens das exsicatas possibilitam checar a etiqueta, permitindo que informações básicas sejam consultadas rapidamente e até mesmo erros de digitação corrigidos.

Visualização da exsicata NY00255129 coletada no Brasil por G. Gardner em 1836 e identificada por H. Kennedy em 19/12/1972 como Calathea barbata (Marantaceae). A linha em vermelho indica a medida realizada na interface do Exsiccatae.

Outras ferramentas importantes disponíveis a partir da interface de busca do speciesLink (no menu imagens) são a visualização das imagens como um catálogo e a comparação das imagens de diferentes exsicatas. O catálogo permite aos usuários checarem o material antes da manipulação física, reduzindo a necessidade de mexer em todas as exsicatas e acelerando o processo de compilação do material. Da mesma forma, a comparação virtual de exsicatas diferentes potencialmente pode reduzir o trabalho manual de bancada e reduzir o desgaste físico do material em boa parte dos casos.
Interface do Exsiccatae permite visualização das imagens como um catálogo.

Comparação das imagens de diferentes exsicatas de Cereus jamacaru (Cactaceae).

Serviço de imagens para herbários nacionais
Além da integração com a rede speciesLink, o Exsiccatae oferece um serviço web para os herbários nacionais usarem as imagens como preferirem. Atualmente, o Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ) é usuário do serviço possibilitando a associação de vouchers aos nomes publicados na Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Como contribuir com imagens
Incentivamos a participação de todos os herbários no sistema Exsiccatae. Para participar basta enviar um email para splink@cria.org.br e serão indicados todos os passos necessários.

Saiba mais!
O sistema Exsiccatae está integrado ao INCT-HVFF e à rede speciesLink.

22 de abr. de 2013

Flora brasiliensis

A Flora brasiliensis foi produzida entre 1840 e 1906 pelos editores Carl Friedrich Philipp von Martius, August Wilhelm Eichler e Ignatz Urban, com a participação de 65 especialistas de vários países. Contém tratamentos taxonômicos de 22.767 espécies, a maioria de angiospermas brasileiras, reunidos em 15 volumes, divididos em 40 partes, com um total de 10.367 páginas.

O projeto teve por objetivo desenvolver um sistema de informação on-line sobre a flora brasileira, tendo como base as imagens digitalizadas em alta resolução das pranchas de famílias selecionadas descritas na Flora brasiliensis de Martius.

Os patrocinadores foram a Natura, FAPESP, Fundação Vitae e foi executado pelo CRIA, UNICAMP e Jardim Botânico de Missouri.



Veja as pranchas e mais sobre o projeto aqui: http://florabrasiliensis.cria.org.br/