Rede speciesLink supera 6 milhões de registros online

No mês de julho de 2013 a rede speciesLink superou o marco de 6 milhões de registros de ocorrência de espécies da flora, fauna e microbiota, disponíveis online de forma livre e aberta a qualquer pessoa interessada.

São cerca de 300 coleções e subcoleções biológicas e dez provedores de dados de observação contribuindo com informações não sensíveis de seus acervos para aumentar o conhecimento sobre a biodiversidade brasileira. Mais de 600.000 registros são dados repatriados e novos registros são acrescentados diariamente.

Médias mensais do número total de registros online, do número de registros georreferenciados e de provedores de dados.

Cerca de 70% dos registros online provêm de herbários, 25% de coleções de animais, 0,2% de microrganismos, 0,1% fósseis e 5,2% de coleções abrangentes. 33% dos dados são oriundos de coletas feitas na região Sudeste, 22% no Nordeste, 19% no Sul, 17% na região Norte e 9% na região Centro-Oeste. Hoje, apenas o estado do Amapá não possui nenhum acervo local integrado à rede, dependendo 100% dos dados de instituições de outros estados.

Proporção por região geográfica do Brasil entre o número de registros online da rede speciesLink. Os valores indicam o número de registros por km2 por região.

Qualidade e usabilidade dos dados
Em relação às coordenadas geográficas, cerca de 2 milhões de registros possuem coordenadas consistentes e 470 mil possuem coordenadas inconsistentes – a coordenada geográfica informada não cai na área geográfica do município informado. Para aumentar a usabilidade dos dados, 2,2 milhões dos registros foram georreferenciados por um aplicativo baseado na informação sobre o município de ocorrência. Cerca de 1,3 milhão de registros não têm coordenadas geográficas e nem referência ao município.

Coordenadas geográficas de todos os registros georeferenciados.

Comparando os nomes das espécies com diferentes dicionários e checklists, tem-se que mais de 3,5 milhões de registros são de nomes aceitos e pouco mais de 400 mil de sinônimos. O nome da espécie de mais de um milhão de registros não foi encontrado nas listas de referência, sendo que mais de 850 mil registros não têm a identificação da espécie.

Graças ao projeto Reflora, os herbários estão associando imagens aos dados textuais por meio do sistema Exsiccatae. São mais de 200 mil imagens dos vouchers, seis mil de material vivo e mil e trezentas de pólen. Além dessa, várias ferramentas, todas de acesso aberto, estão disponíveis para diferentes tipos de análises, dentre as quais destacamos:


•    Interface de busca - www.splink.org.br
•    Indicadores - splink.cria.org.br/indicators/
•    DataCleaning - splink.cria.org.br/dc
•    Lacunas - lacunas.inct.florabrasil.net
•    BioGeo - biogeo.inct.florabrasil.net

Esses resultados evidenciam, no Brasil, que a disponibilização de dados sobre a biodiversidade está aumentando de forma consistente, refletindo uma mudança cultural e o fomento de políticas públicas. Acima de tudo, eles são fruto de um trabalho em rede em que a contribuição de cada provedor de dados é essencial. Por isso, gostaríamos de agradecer a todos que contribuem para o desenvolvimento da rede speciesLink.

Muito obrigado!

O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire

As viagens de Auguste de Saint-Hilaire de exploração ao Brasil entre 1816 e 1822 resultaram na coleta de milhares de exemplares de plantas. Os espécimes e manuscritos do naturalista, as imagens, dados textuais e notas de seus cadernos de campo podem ser acessados online.

O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire tem por objetivo disponibilizar a coleção botânica de Auguste de Saint-Hilaire, incluindo as plantas coletadas durante suas viagens de exploração no Brasil, entre 1816 e 1822. Nesse período, Saint-Hilaire percorreu os Estados do Espírito Santo, Rio de Janeiro, Minas Gerais, Goiás, São Paulo, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, além do rio da Plata e a Província de Missiones na Argentina e parte leste do Paraguai.

As viagens de Saint-Hilaire resultaram na coleta de cerca de 30 mil exemplares, dos quais seis a sete mil espécies foram de plantas. As amostras foram criteriosamente catalogadas e enumeradas nos cadernos de coletas de campo. Seus cadernos de campo, além de descrever a flora das diferentes regiões por que passou, relatam a vida e os costumes brasileiros.

Auguste de Saint-Hilaire (1779-1851), alguns anos depois de sua viagem ao Brasil.
(Foto: F. Bouazzat, MNHN).

As espécies de autoria de Saint-Hilaire estão descritas nos três volumes da Flora brasiliae meridionali (1825, 1829 e 1832-1833), também disponíveis on-line, sendo que os exemplares botânicos correspondentes estão depositados no Herbário de Paris do Muséum National d'Histoire Naturelle e da universidade de Montpellier e de Clermont-Ferrand, França.

Entretanto não havia um resgate completo das correspondências destas exsicatas com os dados citados na Flora brasiliae meridionalis e, menos ainda, com as importantes observações constantes nos cadernos de coleta de Saint-Hilaire.

Todo o seu acervo está sendo digitalizado e disponibilizado on-line de forma integrada graças à parceria entre o Instituto de Botânica de São Paulo, o Muséum Nacional d´Histoire Naturelle (MNHN) de Paris, o Institut des Herbiers Universitaires, CLF, Clermont-Ferrand, França e o CRIA, com o apoio da Fapesp.

O site franco-brasileiro Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire:

http://hvsh.cria.org.br

Assim, o site franco-brasileiro Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire possibilita a consulta dinâmica on-line de todos os espécimes e manuscritos do naturalista Auguste de Saint-Hilaire, provendo links entre as imagens das amostras, os dados textuais associados e as notas de seus cadernos de campo. Esta ferramenta tem por objetivo facilitar o trabalho de taxonomia e sistemática, além de permitir a reconstrução mais precisa das rotas e da cronologia das explorações realizadas pelo naturalista. Todas as exsicatas estão sendo digitalizadas pelo herbário de Paris (P) e disponibilizadas online. O site também disponibiliza as principais publicações de Saint-Hilaire. A nomenclatura e as determinações são atualizadas dinamicamente, ligadas ao banco de dados Sonnerat/MNHN.

Recentemente foi publicado um artigo, também disponível no site, onde são apresentados detalhes sobre esse sistema e onde também é proposto um padrão para citar adequadamente as exsicatas de Saint-Hilaire.

Operações com a interface do herbário virtual de Saint-Hilaire. É possível selecionar o nome científico, número de coleta ou barcode. Veja mais em: http://hvsh.cria.org.br/HVSH_52155.html

Referência Bibliográfica:
Pignal, M.; Romaniuc-Neto, S.; Souza, S. de ; Chagnoux, S.; Canhos, D.A.L. 2013. Saint-Hilaire virtual herbarium, a new upgradeable tool to study Brazilian botany. Adansonia,  sér. 3, 35 (1): 7-18. http://hvsh.cria.org.br/articles

Herbário Virtual apresenta resultados em Brasília

Além de destacar os principais resultados do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, foram apresentados os elementos de inovação e as justificativas para a continuidade do instituto, recebendo elogios dos avaliadores do CNPq.

O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos participou do 2º Seminário de Acompanhamento e Avaliação dos INCTs (Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia), coordenado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), em parceria com o Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE) e o Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI). O evento foi realizado em Brasília nos dias 2 e 3 de julho de 2013.

Folder do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos apresentado em Brasília.

Na apresentação do projeto foi dado destaque à base prévia existente, que incluía o sistema de pós-graduação fomentando a formação de recursos humanos em taxonomia, os programas de pesquisa como o PELD, PPBio e Protax, implementados pelo CNPq, o apoio de várias Fundações de Amparo à Pesquisa à coleções biológicas e, principalmente, o trabalho coordenado pela Sociedade Botânica do Brasil, estimulando a discussão conjunta e a definição de estratégias para coleções de plantas e fungos do Brasil.

Foram apresentados os principais resultados do INCT Herbário Virtual:

1. Formação de Recursos Humanos
No período foram 134 dissertações e 75 teses defendidas sobre taxonomia, orientadas por pesquisadores associados ao projeto. Foram realizados 42 cursos de curta duração atendendo mais de 700 alunos. Foi também produzido o Manual de Procedimentos para Herbários (no prelo).

2. Publicações dos pesquisadores ligados ao INCT Herbário Virtual
É muito difícil separar a produção diretamente relacionada ao INCT das produções que usam os dados do INCT. Portanto, o critério adotado foi a de computar as publicações dos pesquisadores diretamente envolvidos com o projeto, incluindo curadores e responsáveis pelos herbários. Foram publicados 484 artigos em periódicos nacionais, 473 artigos em periódicos internacionais, 461 livros ou capítulos de livros nacionais e 13 livros ou capítulos de livros do exterior.

3. Repercussão das publicações
Consideramos importante registrar o número de artigos que citam a rede speciesLink, realizando uma busca no Google Scholar usando uma das palavras-chave botany, plants, botânica, plantas ou INCT em conjunto com a palavra-chave splink. Como resultado obtivemos 276 artigos entre 2009 e março de 2013. A busca por floradobrasil apresentou 916 artigos.

4. Divulgação e inserção social
Um componente importante dos INCTs é a divulgação e a inserção social. Esse item inclui a divulgação das atividades do INCT Herbário Virtual pela internet [http://inct.florabrasil.net] e a estruturação de uma sala de visitação pública na UFPE.

Sala de visitação pública na UFPE inaugurada em abril de 2013.

Confira o vídeo 'UFPE inaugura sala de exposição do INCT Herbário Virtual' sobre a sala de visitação pública na UFPE.


Foi destacada a participação da equipe do INCT em eventos e palestras no país e no exterior, com ênfase especial à conferência internacional 'The INCT Virtual Herbarium of Plants and Fungi and e-infraestructure for Biodiversity - Advancing Biodiversity e-science innovation through Global Cooperation; Realização: INCT-Herbário Virtual e EUBrazilOpenBio' – Set2012 (http://www.sti4bio.info).

Foram apresentadas as metas específicas para o Herbário Virtual online que apresentou como marco zero do projeto dados dos acervos de 35 herbários integrados na rede speciesLink, totalizando 1,5 milhão de registros online. O projeto teve início com a associação de 25 herbários, 18 já disponibilizando seus dados na rede speciesLink. As metas para 5 anos eram dobrar o número de registros online e o número de herbários na rede speciesLink. Essas metas foram ampliadas após 3 anos de projeto para 3,5 milhões de registros online e um total de 85 herbários compartilhando seus dados online.

Os números apresentados na reunião indicam 76 herbários do país e 5 do exterior associados ao INCT Herbário Virtual e mais 6 herbários não associados, mas com os dados de seus acervos integrados à rede speciesLink, totalizando 87 herbários.

Localização geográfica dos herbários nacionais participantes do INCT Herbário Virtual.

Quanto ao número de registros online, são mais de 4 milhões disponíveis de forma livre e aberta a todos os interessados, sendo cerca de 3,4 milhões de herbários nacionais e mais de 600 mil repatriados de herbários do exterior. O crescimento em relação ao marco zero do projeto é de mais de 500 mil novos registros por ano. Também foi dado destaque às cerca de 235 mil imagens de exsicatas e as pranchas e textos descritivos da obra Flora brasiliensis integrados aos registros do Herbário Virtual.

Evolução da entrada de herbários e registros de plantas e fungos na rede speciesLink.

Foi também destacado o trabalho de cada herbário participante, na digitação e atualização de seus dados online, resultando em um alto índice de atualização (94% dos herbários nacionais participantes do INCT atualizaram seus dados nos últimos 12 meses). Também foi dado destaque ao uso dos dados do Herbário Virtual pelos especialistas responsáveis pela elaboração da Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Gráfico mostrando o número de herbários que atualizaram seus dados online nos últimos 6 e 12 meses e há mais de um ano (azul).

Com relação ao conteúdo online, além dos dados da rede de herbários foi dado destaque à Coleção Bibliográfica de Augusto Chaves Batista, fundador do Instituto de Micologia da Universidade do Recife (http://batista.fungibrasil.net). São mais de 700 artigos com cerca de 4.600 descrições de fungos do Brasil, representando 3.340 espécies e variedades em mais de 1.160 gêneros e 160 famílias, com mais de 600 tipos no Herbário URM.

Artigos online de Augusto Chaves Batista.

Com relação à melhoria da qualidade dos dados foi dado destaque ao programa de visita de especialistas. Os resultados parciais mostram o envolvimento de 69 especialistas, atendendo 122 coleções, examinando mais de 42 mil espécimes de mais de 120 famílias. Ainda como parte desse item, foi destacado o desenvolvimento da ferramenta de georreferenciamento automático e de novos aplicativos para o relatório dataCleaning como verificação da data de coleta, inconsistência geográfica e completude de dados.

Foram apresentados o serviço Exsiccatae para as imagens enviadas pelos herbários da rede, a nova interface de busca e os sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Foram também apresentadas algumas estatísticas de uso do Herbário Virtual. Uma média de 20 milhões de registros são visualizados por mês, plotados em mapas (44%), gráficos (29%), downloads (23%) ou como listas e fichas de espécimes (4%). Em relação ao uso das ferramentas disponíveis, são produzidos por mês em média 30 mil mapas, 23 mil listas de espécimes, 20 mil downloads, 12,7 mil fichas, 9,5 mil gráficos, 5 mil buscas e mais de três mil e duzentas imagens.

Folders dos projetos BioGeo, Lacunas e Reflora, associados ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que foram apresentados em Brasília.

Elementos de inovação e continuidade
Foram apresentados como elementos de inovação do Herbário Virtual:
• o trabalho em rede, com a valorização dos acervos locais, fora dos grandes centros de pesquisa
• o desenvolvimento de sistemas interativos, integrando dados textuais e imagens
• a e-taxonomia e ferramentas didáticas
• as ferramentas que facilitam o acesso, recuperação e análise dos dados
• as ferramentas que facilitam a modelagem de nicho ecológico das espécies

Foram também destacadas algumas atividades para justificar a continuidade do apoio ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos:
• Gestão da rede
• Integração de novos acervos (mais de 140 herbários do Brasil cadastrados no Index Herbariorum), inclusive acervos históricos
• Continuidade das atividades (digitação, digitalização, aumento da qualidade dos dados, visita de especialistas)
• Agregação de novos dados (pólen, cistos de dinoflagelados, sementes, frutos, etc.)
• Integração com outras bases de dados
• Aplicação das ferramentas para o planejamento de novas coletas (Lacunas, teste do BioGeo)
• Apoio à Estratégia Global para a Conservação das Plantas da Convenção da Diversidade Biológica que apresenta como meta uma flora online de todas as plantas conhecidas

Estande do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Além da apresentação oral, foi montado um estande do INCT Herbário Virtual que recebeu visitas dos dirigentes do CNPq, MCTI, dos avaliadores e das equipes dos INCTs participantes. Foram preparados dois banners e 4 folders destacando a participação dos herbários nacionais e estrangeiros, a evolução da rede, as atividades do INCT nos projetos Reflora, com o serviço Exsiccatae, e SisBiota, com o desenvolvimento dos sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Da esquerda para a direita: Mariângela Menezes, João Renato Stehmann, Dora Ann Lange Canhos e Ana Maria Giulietti Harley.

Os resultados apresentados pelo INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos foram muito elogiados pelos avaliadores e realmente são muito significativos. A isso se deve o trabalho e o empenho de cada curador, responsável e técnico dos herbários, à equipe de desenvolvedores e técnicos de apoio em informática e à coordenação do INCT.

Parabéns a todos!

Leonor Costa Maia, Dora Ann Lange Canhos, João Renato Stehmann e Mariângela Menezes.

Saiba mais!

• INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Serviço Exsiccatae
• Folder do INCT-HVFF
• Folder do BioGeo
• Folder do Lacunas
• Folder do Reflora

O desafio para melhoria da qualidade dos dados no INCT-HVFF

O volume e o uso dos dados disponíveis de forma livre e aberta tem crescido exponencialmente. Mas sua utilidade a longo prazo está diretamente relacionada com sua qualidade, um desafio que pode ser alcançado com treinamentos e envolvimento de todos os interessados. 

Estudar a biodiversidade e integrar o conhecimento gerado representa um desafio imenso para o Brasil. O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) está abordando a questão de forma pioneira, atuando em pesquisa, formação de recursos humanos e transferência de conhecimento para a sociedade. O volume de dados disponíveis vem crescendo exponencialmente desde 2008, assim como o uso desses dados. Entretanto sua qualidade ainda é uma questão que merece atenção. Uma grande porcentagem dos registros não possui georreferenciamento, existem erros de grafia nos nomes taxonômicos e grande parte da informação está incompleta, por exemplo, sem dados sobre a classificação taxonômica, o que pode dificultar sua busca e recuperação.

Visita ao Herbário SPF (USP – São Paulo) em junho de 2013: é importante que os bolsistas responsáveis pela entrada de dados também participem do treinamento 

Estão disponíveis no site do CRIA ferramentas de dataCleaning que auxiliam os curadores a identificarem os registros suspeitos em suas coleções. O INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos possui uma bolsista responsável por visitar as coleções inicialmente com o objetivo de realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning, discutir a qualidade dos dados e conhecer os principais avanços e as principais dificuldades dos herbários. As visitas iniciais foram feitas individualmente em coleções próximas a Campinas, local sede do CRIA. A partir dessa experiência, um curso será montado, assim como guias de melhores práticas. A partir do segundo semestre de 2013, esse curso será oferecido em todas as regiões do país, para que representantes de todas as coleções participantes do INCT-HVFF recebam treinamento.

Equipe do CRIA/INCT HVFF, técnicos e bolsistas do SPF: a participação de todos é importante para a efetividade do treinamento para melhoria da qualidade dos dados.

Saiba mais!

• A rede speciesLink
• INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Ferramentas de dataCleaning

Novas ferramentas no BRAHMS facilitam o envio de dados para a rede speciesLink

A versão 7.3 do BRAHMS, lançada na última sexta-feira, dia 14/06/2013, possui importantes implementações que facilitam o envio de dados para a rede speciesLink e permitem a inclusão de mais informações. 

Agora com apenas um clique os usuários podem exportar os dados de suas coleções no modelo de dados DarwinCore. No menu Admin, basta selecionar a opção XML/Darwin export options e depois Darwin Core (suitable for CRIA transfers) e em seguida selecionar o código da própria coleção.

Tela de exportação de dados para o CRIA na versão 7.3.2. em Admin – XML/Darwin export options – Darwin Core (suitable for CRIA transfers).

Outra importante novidade é a exportação dos campos de classificação taxonômica ORDER (ordem) e DIVISION (divisão/filo). A inclusão de dados nesses campos melhora a qualidade das informações disponíveis e aumenta a eficácia das buscas na rede. Informações que podem parecer óbvias internamente para cada coleção, são essenciais quando estamos lidando com a integração de dados de várias coleções na rede. Para plantas e fungos, por exemplo, normalmente as informações taxonômicas são preenchidas somente até família. Se um usuário deseja buscar os registros de todas as briófitas, por exemplo, terá que incluir no formulário de busca todas as famílias! Nesse caso, se todos os registros tivessem o campo divisão/filo preenchido, bastaria buscar por Marchantiophyta | Anthocerotophyta | Bryophyta. O mesmo ocorre para fungos. Muitas coleções possuem um só banco de dados para fungos e plantas. Novamente, para encontrar somente os fungos, o usuário teria que realizar uma busca por todas as famílias. Tem-se ainda que essas buscas retornariam somente os registros que possuem a determinação de família. Na rede speciesLink atualmente existem cerca de 3,4 milhões de registros sem a informação de divisão para plantas e fungos.

Staheliomyces cinctus (Phallaceae, Basidiomycota), um fungo raro que ocorre apenas na região Neotropical (foto: Mario Terra).

Completando as informações
As informações taxonômicas para as espécies podem ser inseridas rapidamente no BRAHMS no menu Taxa – Ver/editar famílias no banco de dados. Nessa tabela estão listadas as famílias com registros na sua coleção e basta incluir a informação de ordem e divisão uma única vez para cada família.

Essas modificações foram sugeridas aos desenvolvedores do BRAHMS após conversas com os usuários. Participe também, mande suas sugestões! E não se esqueça de sempre consultar as dicas de uso no menu superior direito da página de busca do speciesLink!

Saiba mais!

• Um manual chamado “Tutorial para extração dos dados no modelo DarwinCore (a partir da versão 7.3.1 do BRAHMS)“ com as instruções detalhadas está disponível em: http://splink.cria.org.br/splinker

• Para baixar a última versão do BRAHMS visite: http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/brahms/Software

Lacunas: como mapear a ocorrência de espécies e identificar áreas pouco amostradas?

Sistema online permite a visualização de mapas de ocorrência de espécies de plantas e fungos do Brasil, além de agregar informações sobre o status dos dados sobre os espécimes disponíveis online, endemismos e o status de conservação das espécies.

O sistema Lacunas foi concebido pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) para prover uma ferramenta dinâmica para que os especialistas possam analisar o ‘status do conhecimento online’ sobre espécies da flora brasileira, facilmente identificando as espécies endêmicas, ameaçadas de extinção e suas distribuições geográficas, podendo identificar áreas subamostradas ou acervos que ainda não integraram seus dados online. A partir de uma interface web é possível produzir relatórios integrando registros de ocorrência de espécies de plantas e fungos disponíveis no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos com o conhecimento taxonômico da Lista de Espécies da Flora do Brasil (edição 2012) mais o status de conservação da espécie com base nas listas de espécies ameaçadas de extinção do MMA e da Fundação Biodiversitas. O Lacunas é uma ferramenta importante para a definição de estratégias para novas coletas priorizando espécies e/ou áreas não amostradas, além de identificar grupos taxonômicos para a digitação/digitalização dos dados.

Melocactus violaceus Pfeiff. depositado no Herbário da Reserva Natural Vale - CVRD 13441, LINHARES, ES, BRASIL, 05/09/2011. [lat: -19.137121 long: -39.888076 WGS84]. É considerada uma espécie 'Deficiente em Dados' pela Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA).

Funcionamento do Lacunas
O sistema conta com filtros taxonômicos e de georeferenciamento. Desta maneira é possível, por exemplo, fazer a busca por uma dada espécie, considerando seu nome aceito e sinônimos, e apenas registros georeferenciados. O filtro taxonômico começa com as seguintes opções: algas, angiospermas, briófitas (subdivididas em antóceros, hepáticas e musgos), fungos (com as opções lato senso e stricto senso), gimnospermas e pteridófitas. A partir da escolha inicial do grupo, novos filtros são apresentados ao usuário possibilitando o refinamento da busca, chegando até o nível de espécie. A importância das coordenadas geográficas de cada espécime depositado nos herbários é enorme, pois em última análise determinam a qualidade e quantidade dos pontos de ocorrência das espécies, informações essencias para modelar a distribuição potencial das espécies com base em seu nicho ecológico. O sistema agrupa as espécies em 4 categorias:

(I) sem registros no Herbário Virtual
(II) com 1 - 5 registros
(III) com 6 - 20
(IV) com >20 registros

Esta divisão visa indicar rapidamente se as espécies possuem um número suficiente de registros para produzirem modelos de distribuição geográfica com uso potencial para processos de tomada de decisão. Em geral, assume-se ser necessário mais de 20 pontos de ocorrência com coordenadas consistentes e distintas para produzir um bom modelo. Para espécies com até 5 pontos obtém-se um modelo exploratório e de 6 a 20 pontos um modelo preliminar. Até o nível de gênero o relatório produz um gráfico mostrando quantas espécies estão em cada categoria de número de registros.

Exemplo da interface do Lacunas analisando informações disponíveis para o gênero Melocactus, Cactaceae. Na coluna da esquerda estão listadas as espécies do gênero agrupadas pelos números de pontos de ocorrência disponíveis, incluindo o status de conservação (clique para ampliar).

A base primária de dados do Lacunas provém da rede speciesLink (http://www.splink.org.br/) e para cada espécie o sistema apresenta mapas de distribuição baseados em dados obtidos em tempo real, checados pelos nomes validados por especialistas na Lista de Espécies da Flora do Brasil (2012). O usuário tem a opção de selecionar apenas os nomes aceitos ou de incluir sinônimos, fazer uma busca exata ou fonética, e ainda escolher o tipo e a qualidade das coordenadas geográficas associadas a cada registro. Quando uma espécie é selecionada, surgem informações associadas, como informações oficiais sobre o status de conservação, endemismo, um mapa contendo os pontos de ocorrência, os estados brasileiros onde ocorre, número de registros de coleta por ano e os provedores dos dados, dentre outras informações.

Informações para Melocactus violaceus (Cactaceae), uma espécie endêmica do Brasil. Além de considerada como 'Deficiente em Dados' pelo Anexo II do MMA, foi classificada como vulnerável pela Fundação Biodiversitas.

Clicando-se no mapa, o usuário é levado diretamente para a interface do speciesLink, com acesso aos dados de todos espécimes coletados para determinada espécie. A partir dessa página é possível realizar várias análises, como criar um mapa, plotando todos os pontos de ocorrência, ou fazer download dos pontos no formato do OpenModeller ou MaxEnt, por exemplo. Os mapas podem ser exibidos pela interface do Google Maps ou Google Earth, sendo que nesses casos cada ponto do mapa é clicável e traz informação sobre a origem do espécime, determinador e local de coleta, com coordenadas em graus decimais e datum. Alguns registros possuem imagens das exsicatas ou material vivo gerenciadas pelo sistema Exsiccatae, permitindo que detalhes sejam verificados rapidamente.

Informações associadas a Melocactus violaceus (Cactaceae) por meio do Lacunas. A partir do relatório de pontos de ocorrência é possível verificar os dados pela interface do Google Maps ou ainda visualizar imagens das exsicatas.

Conservação da Biodiversidade
Além de iniciar a busca utilizando o filtro taxonômico, o Lacunas permite consultar diretamente quais espécies estão na Lista de Espécies Ameaçadas da Flora Brasileira, por meio de links para o Anexo I e Anexo II da Instrução Normativa MMA nº 06 disponíveis na página inicial do Lacunas. Caso a espécie também esteja na lista de espécies ameaçadas de extinção da Fundação Biodiversitas, ao seu nome estará associada uma sigla (EX: Extinta, EW: Extinta na Natureza, CR: Criticamente em Perigo, EN: Em Perigo, VU: Vulnerável). Estas siglas indicam o grau de ameaça seguindo os critérios da IUCN.

Detalhe da associação dos nomes das espécies com o status de conservação com base na Instrução Normativa MMA nº 06 e na Fundação Biodiversitas (clique para ampliar).

Independentemente do método de busca, os resultados sempre mostrarão o número de registros encontrados, na frente dos nomes das espécies, de acordo com os critérios estabelecidos pelo usuário. Além disso, se a espécie constar como endêmica na Lista de Espécies da Flora e dos Fungos do Brasil, ao lado do nome será apresentado o ícone  E . Caso a espécie esteja listada em um dos anexos da Instrução Normativa MMA nº 06, ao lado do seu nome será apresentado o ícone  1  para espécies ameaçadas de extinção (Anexo I) e  2  para as espécies com deficiência de dados (Anexo II).

Potenciais usos do Lacunas
Os relatórios apresentados pelo sistema Lacunas necessitam do conhecimento do especialista para poder servir de base para a elaboração de estratégias de pesquisa e fomento, assim como auxiliar o desenvolvimento de políticas públicas considerando os compromissos assumidos pelo Brasil na Convenção sobre Diversidade Biológica. Espera-se que o relatório sirva de subsídio aos especialistas para:

• Orientar novas coletas, tanto em relação às espécies como também às áreas geográficas prioritárias;
• Auxiliar na identificação de grupos prioritários para digitação ou georreferenciamento dos dados;
• Auxiliar na identificação de grupos pouco estudados, indicando a necessidade de formação de taxonomistas;
• Auxiliar na identificação e avaliação de espécies ameaçadas de extinção.

A tomada de decisão na área de conservação da biodiversidade idealmente deve ser baseada em dados de alta qualidade e precisão. O sistema Lacunas é um exemplo de como ferramentas e programas podem ajudar a aumentar a qualidade e usabilidade dos dados. O desenvolvimento de plataformas de análise de dados como esta possibilita a criação de novas estratégias para pesquisa científica e também nos processos de tomada de decisão.

O caso da espécie Melocactus violaceus (Cactaceae) ilustra como é possível usar o sistema Lacunas como apoio na avaliação do status de conservação de espécies. De acordo com a Lista Oficial da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, publicada pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), M. violaceus é uma espécie “Deficiente em Dados”. O MMA define espécie “Deficiente em Dados” como aquela cujas informações (distribuição geográfica, ameaças/impactos e usos, entre outras) são ainda deficientes, não permitindo enquadrá-la com segurança em uma condição de ameaçada.

Informações do relatório do Lacunas sobre Melocactus violaceus (clique para ampliar).

Porém, utilizando o Lacunas verificou-se que existem 66 registros para esta espécie, 20 deles com coordenadas distintas. Assim, a distribuição geográfica desta espécie se revelou bem documentada. Ainda é possível observar que M. violaceus têm sido coletada com regularidade, sendo que a ultima coleta ocorreu em 2012. Uma vez que estas informações estão facilmente disponíveis, especialistas podem usá-las na reavaliação do status de conservação desta e outras espécies.

 

Implicações práticas
O acesso aos dados é um fator-chave que liga ciência, políticas públicas e decisões legais. Desta maneira, além dos dados primários de biodiversidade estarem acessíveis, é necessária a criação de novas ferramentas para analisar e extrair conhecimento destes dados. Além disso, tais plataformas deveriam ser integradas, não somente dentro do país, mas também com interfaces de outros países, o que possibilitaria análises muito mais completas da biodiversidade. Muitas iniciativas estão sendo estruturadas, mas ainda é um grande desafio fazer com que as e-infraestruturas sejam de fato utilizadas no processo de tomada de decisão. A conscientização, tanto de cientistas quanto do poder público, de que apenas uma parceria sólida entre governo, cientistas, e mantenedores de e-infrastruturas pode promover o desenvolvimento de tais ferramentas é uma prioridade.

Interfaces como o Lacunas são cruciais para instrumentar a tomada de decisão. Nesse contexto o sistema Lacunas é inovador, sendo o resultado de uma parceria bem sucedida entre os mais de 80 herbários e pesquisadores associados do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos do Brasil e os profissionais de tecnologia da informação do CRIA. Espera-se que o Lacunas se torne uma ferramenta importante na definição de novas estratégias para pesquisa científica, direcionando novos trabalhos e assim ajudando a ampliar o conhecimento e a compreensão da biodiversidade brasileira, contribuindo para a definição de novas políticas de conservação e uso sustentável.

Saiba mais!

• Lacunas de conhecimento da flora e dos fungos do Brasil
• Rede speciesLink: disponibilizando informações sobre a biodiversidade
• Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Serviço Exsiccatae: imagens de espécimes online
• OpenModeller: modelagem de nicho ecológico

Texto - Mariane de Sousa-Baena, Ricardo Braga-Neto, Sidnei de Souza, Vanderlei Canhos e Dora Ann Lange Canhos

Como contemplar a biodiversidade na era digital?

Tese ressalta a importância de políticas públicas no contexto dos sistemas de informação.

  

Uma sociedade sustentável pressupõe o acesso à informação qualificada não apenas dos envolvidos na sua produção, mas também dos vários segmentos responsáveis pela formulação de políticas públicas. Este constitui o principal escopo da tese desenvolvida pela pesquisadora Dora Ann Lange Canhos, ao analisar os “Sistemas de informação em biodiversidade e a formulação de políticas públicas na era digital”, em estudo centrado no Brasil, considerado um país biodiverso. O trabalho adota como tema a influência das tecnologias da informação e comunicação na circulação do conhecimento técnico-científico e o seu efeito na elaboração de políticas públicas em biodiversidade. Considera que o avanço dessas tecnologias afeta a forma como o conhecimento é produzido e como os resultados são difundidos. Constata que são elas que possibilitam o envolvimento de mais atores na gênese do conhecimento, oriundos de diferentes disciplinas, especialidades, instituições, localidades, países, culturas e realidades sociais.

O estudo rompe com o paradigma tradicional de compartilhamento de dados e resultados científicos por meio apenas de publicações em livros e revistas especializados, não mais suficientes para atender à demanda contemporânea, que necessita não só de dados, não raro de forma instantânea, mas de conhecimentos de processos e análises que permitam maior transparência e reprodutividade dos resultados.

O trabalho leva em conta ainda que não basta a disponibilização dos dados on-line, mas que estes precisam estar organizados de forma padronizada em formatos úteis e utilizáveis, acessíveis, tanto por interfaces humanas como também via serviços web.

Além do papel da tecnologia e da necessidade científica de compartilhar dados, métodos e análises em diferentes escalas e disciplinas, a autora considera a importância do acesso e uso dos dados e aplicativos para os processos de tomada de decisão em escalas local e global. Entende que isto é particularmente verdadeiro quando o tema é meio ambiente e desenvolvimento sustentável. Na tese, a pesquisadora defende que a política para dados sobre diversidade deve promover o seu acesso livre e aberto, sem geração de custos para o usuário, e que as exceções sejam, essas sim, objeto de tratamento diferencial.

A autora destaca a importância de implantação de políticas públicas de longo prazo em relação ao desenvolvimento e manutenção contínua de infraestruturas de dados para armazenar, organizar, preservar, recuperar e disseminar on-line dados e informações sobre biodiversidade. Enfatiza a necessidade das agências e do poder público se capacitarem para se apropriarem desses dados e informações disponibilizadas nas e-infraestruturas, assim chamados os ambientes que também provêm ferramentas e serviços para colaboração e compartilhamento de recursos em pesquisas científicas.

A pesquisa assume características particulares, dado que Dora Canhos trabalha há 12 anos no Centro de Referência em Informação Ambiental (Cria), associação civil, sem fins lucrativos, que tem por objetivo disseminar o conhecimento científico e tecnológico, visando a conservação e a utilização sustentável de recursos naturais. A meta e estratégia do Centro são a disseminação de informação eletrônica como ferramenta na organização da comunidade científica e técnica do Brasil, especificamente na área biológica, com vistas à utilização racional da biodiversidade.

A pesquisadora considera que a sua inserção na vida acadêmica, mais especificamente no Programa de Pós-Graduação do Departamento de Política Científica e Tecnológica (DPCT), do Instituto de Geociência (IG) da Unicamp, contribuiu sobremaneira para a sua compreensão do que seja política científica e tecnológica, ampliando sua capacidade de atuação profissional. “Além disso, participei de um grupo que goza de grande respeito e influência no Brasil e que formou muita gente que atualmente milita na vida pública”, destaca ela.

Em relação à sua orientanda, a professora Maria Beatriz Machado Bonacelli destaca a feliz associação dos conhecimentos sobre o tema trazidos por Dora Canhos com o olhar e o rigor acadêmicos. A docente lembra que o Programa de Pós-graduação em Política Científica e Tecnológica, classificado com conceito seis pela Capes, está completando 25 anos, tempo em que formou 300 mestres e doutores, e que experiências como a da pesquisadora têm um profundo impacto na incorporação de novos conhecimentos na pós-graduação.

Na tese, a autora procura mostrar a oportunidade, a viabilidade e a importância de usar infraestruturas eletrônicas ou digitais (as e-infraestruturas) em biodiversidade para ampliar o acesso e a usabilidade dos dados no desenvolvimento científico e também para a elaboração e avaliação de políticas públicas, contribuindo inclusive para melhorar a qualidade, confiabilidade e completude dos dados e informações.

Ela defende uma política de sistemas livres e abertos, de longo prazo, enfatiza a necessidade da valorização de todos os segmentos que participam na base do trabalho de construção de infraestruturas de dados, porque considera que nos meios acadêmicos e nos institutos se valorizam as pesquisas e se ignoram as importantes contribuições de taxonomistas e outros especialistas envolvidos, os quais garantem a qualidade, organização e disseminação de dados e mesmo a implantação do sistema.

ETAPAS

A revolução das tecnologias de informação e comunicação é considerada hoje como um acontecimento histórico da mesma dimensão da Revolução Industrial (século XVIII). Esse é o lugar também ocupado pela internet e da chamada big data e mesmo da eScience. Ao procurar compreender a influência e o impacto das tecnologias da informação na circulação do conhecimento científico e avaliar o seu efeito na elaboração de políticas públicas em biodiversidade, a autora da tese distingue alguns elementos e privilegia o estudo de três casos.

Primeiramente, apresenta uma breve análise da evolução da comunicação científica, detendo-se nas civilizações antigas, na cultura clássica (600 AC a 500 DC), na Idade Média (500 a 1450), na Revolução Científica (1450 a 1700), nos séculos XVIII a XXI. Essa abordagem procura mostrar a importância da informação eletrônica hoje em relação às comunicações em épocas que a precederam e fatores que determinaram suas evoluções.

Em seguida, ao relacionar comunicação científica e meio ambiente, a abordagem apresenta os fundamentos teóricos da dinâmica da ciência e da tecnologia na atualidade. Conceitua o que deve ser entendido como dados, informação, conhecimento, sabedoria, gênese do conhecimento e comunicação científica, ciência aberta, bancos de informações, infraestrutura de dados e questão ambiental. Na terceira parte do trabalho, ao tratar de e-infraestruturas sobre a biodiversidade, a autora analisa três delas: a rede global “GBIF” (Global Biodiversity Information Facility), a rede mexicana “Conabio” (Comisión Nacional para el Conoscimiento y Uso de la Biodiversidad) e a rede brasileira “speciesLink”. Discute suas principais características e aponta seus aspectos positivos e fragilidades. Nessa abordagem, procurou delinear o que seria mais indicado para a formulação de uma política de informação brasileira voltada à biodiversidade. Por fim, ao relacionar e-infraestruturas e políticas públicas, a pesquisadora discute, a partir da rede brasileira “speciesLink”, a possibilidade de definir estratégias públicas brasileiras em biodiversidade, objetivo central da tese.

CONTEXTO

Os dados sobre a biodiversidade referem-se à ocorrência, na natureza, de plantas, animais, microrganismos e provêm de pesquisas realizadas em universidades e institutos de pesquisa. As amostras recolhidas são depositadas em coleções científicas e os dados divulgados por meio de redes digitais. A rede “speciesLink”, desenvolvida pelo Cria, sistema com o qual a pesquisadora trabalha, integra on-line os dados dos acervos de cerca de 300 coleções biológicas. Para garantir a universalidade do acesso, a informação precisa ser estruturada segundo padrões e protocolos internacionais. O processo demanda a captação, classificação das informações e sua organização para posterior disponibilização.

A tese se propõe a mostrar o que o Brasil vem fazendo nessa área. A organização eletrônica das coleções de informações dá origem às e-infraestruturas. As coleções de todo o mundo podem estar disponíveis de maneira mais ampla em um ambiente de e-science. A professora M. Beatriz Bonacelli lembra que a disponibilidade dessas informações para uso na ciência e na orientação das políticas públicas constitui um fato relativamente novo no Brasil e no mundo, e que demanda avanços.

Esse trabalho revela-se enorme. Há inicialmente necessidade de documentação e manutenção das coleções, com a participação de especialistas, taxonomistas e curadores. Não basta a disponibilização isolada dos dados on-line. Eles necessariamente precisam ser integrados e para tanto há necessidade de montagem de infraestrutura técnica especializada que garanta o recebimento dos dados sem que os responsáveis por estes percam o controle e o domínio sobre eles. No Brasil, o Cria realiza esse trabalho colocando os dados textuais e imagens das cerca de 300 coleções em um banco de dados único, como uma espécie de biblioteca, gerando a partir deles mapas, gráficos e análises disponibilizadas on-line, com vistas a facilitar o trabalho de pesquisadores e formuladores de políticas públicas.

Dora Canhos acrescenta que o sistema on-line possibilitou o trabalho com equipes multidisciplinares, multiculturais de diferentes instituições e países, o que muda a forma, a gênese do conhecimento, fundamental para a questão do meio ambiente. Hoje, além do trabalho do taxonomista na determinação da espécie há necessidade do ecólogo que determina a sua função e de como ela afeta os serviços ambientais; de pessoas que atuem em comunidades locais de forma a integrá-las na preservação dos espaços, etc. A complexidade da tarefa se reduz com a utilização da informação eletrônica, que alimenta o sistema de informação e lhe serve de apoio.

Ela diz que o desenvolvimento das e-infraestruturas é recente e os serviços científicos prestados por curadores e taxonomistas, ao disponibilizarem dados de qualidade on-line, precisam ser valorizados pelo poder público, assim como são valorizados as publicações, livros, aulas etc. E conclui: “Estamos vivenciando um momento de inflexão da comunicação científica, no qual a disseminação de dados on-line ganha importância, com consequências importantes para o desenvolvimento de estratégias e políticas públicas para Ciência, Tecnologia e Inovação”.

Publicação
Tese: “Sistemas de informação em biodiversidade e a formulação de políticas públicas na era digital”
Autora: Dora Ann Lange Canhos
Orientadora: Maria Beatriz Machado Bonacelli
Unidade: Instituto de Geociências (IG)

Fonte: Jornal da Unicamp, Edição nº 563
Texto: Carmo Gallo Netto
Fotos: Antoninho Perri
Edição de Imagens: Diana Melo

Serviço Exsiccatae: imagens de espécimes online

Atualmente disponibilizando imagens de cerca de 200 mil espécimes botânicos, o serviço Exsiccatae permite a integração de imagens de plantas e fungos coletados no Brasil, mantidos em herbários do país e do exterior, aos dados disponíveis na rede INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos via speciesLink.

Lançado oficialmente em agosto de 2011 durante o 62^o Congresso Nacional de Botânica, o serviço Exsiccatae é um produto do projeto "Ampliação, Integração e Disseminação Digital de Dados Repatriados da Flora Brasileira" coordenado pelo Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) e desenvolvido com apoio do CNPq como parte do Programa Reflora. O sistema integra um serviço de imagens de alta resolução com as informações textuais da rede speciesLink, de modo que cada espécime pode ter imagens associadas, seja da exsicata depositada no herbário ou de fotos em campo, enquanto ainda vivo, dentre outras possibilidades.

Flor do espécime HVASF008508 coletado em Custódia (PE), depositado no Herbário Vale do São Francisco e identificado como Herissantia crispa (Malvaceae).

O serviço está disponível para herbários nacionais e do exterior interessados em integrar imagens dos espécimes e foi desenvolvido a partir da experiência de implementação do Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire, fruto de uma parceria entre o Museu Nacional de História Natural de Paris, o Instituto de Botânica de São Paulo e o Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA. O sistema permite a visualização online de quase 200 mil espécimes, incluindo milhares de imagens de tipos depositados em coleções nacionais e internacionais.

Exsicata depositada no New York Botanical Garden do espécime NY00023334, coletado em 1973 por J. F. Ramos no INPA em Manaus (AM). O espécime representa o tipo de Ischnosiphon crassispicus L. Andersson, identificado pelo próprio Andersson em 1984.

Perspectivas emergentes
A visualização das imagens das exsicatas oferece oportunidades dos curadores e pesquisadores consultarem espécimes à distância, abrindo uma perspectiva para inovação em estudos taxonômicos (i.e. cybertaxonomy ou e-taxonomy) e a implementação de novas estratégias de identificação de material em herbários brasileiros. Um exemplo recente é a contribuição da pesquisadora Daniela Zappi (Royal Botanic Gardens, Kew) que revisou e comentou remotamente a identificação de espécimes da família Cactaceae depositados em diversos herbários. Além disso, a inclusão de imagens adicionais, seja do material vivo em campo ou de estruturas microscópicas (p.ex. pólen ou esporos) amplia significativamente o leque de aplicações. Imagens dos espécimes vivos são particularmente importantes para mostrar flores e frutos das plantas, e também são imprescindíveis para os fungos, como os cogumelos e as orelhas-de-pau, que perdem a cor e a forma quando desidratados. Essas características são cruciais para o reconhecimento das espécies.

Imagens da exsicata e de flores de Mansoa hirsuta (Bignoniaceae) representada pelo espécime HVASF000001 depositado no Herbário Vale do São Francisco (HVASF).

Imagens da exsicata e de flores de Kielmeyera coriacea (Clusiaceae) representada pelo espécime ESA112742 depositado no Herbário da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESA).

Imagens da exsicata e de flores de Hypenia salzmannii (Lamiaceae) representada pelo espécime HVASF003123 depositado no Herbário Vale do São Francisco (HVASF).

Imagens da exsicata e de flores de Arrojadoa rhodantha (Cactaceae) representada pelo espécime HVASF009655 depositado no Herbário Vale do São Francisco (HVASF).

Imagens da exsicata e de flores de Caperonia castaneifolia (Euphorbiaceae) representada pelo espécime HVASF013676 depositado no Herbário Vale do São Francisco (HVASF).

O Exsiccatae vem recebendo contribuições constantes dos provedores de dados e hoje já conta com cerca de 200 mil imagens de espécimes, das quais mais de 95% são de exsicatas. O acervo está em constante expansão e já conta com mais de 5 mil imagens de espécimes vivos e pouco mais de 1.000 imagens de pólen.

Imagens servidas pelo serviço Exsiccatae de acordo com o tipo de material que representam: voucher (exsicata), material vivo ou pólen.

Ferramentas online
O sistema oferece ferramentas de zoom, rotação, medidas em cm, correção de cores e download. As imagens das exsicatas possibilitam checar a etiqueta, permitindo que informações básicas sejam consultadas rapidamente e até mesmo erros de digitação corrigidos.

Visualização da exsicata NY00255129 coletada no Brasil por G. Gardner em 1836 e identificada por H. Kennedy em 19/12/1972 como Calathea barbata (Marantaceae). A linha em vermelho indica a medida realizada na interface do Exsiccatae.

Outras ferramentas importantes disponíveis a partir da interface de busca do speciesLink (no menu imagens) são a visualização das imagens como um catálogo e a comparação das imagens de diferentes exsicatas. O catálogo permite aos usuários checarem o material antes da manipulação física, reduzindo a necessidade de mexer em todas as exsicatas e acelerando o processo de compilação do material. Da mesma forma, a comparação virtual de exsicatas diferentes potencialmente pode reduzir o trabalho manual de bancada e reduzir o desgaste físico do material em boa parte dos casos.

Interface do Exsiccatae permite visualização das imagens como um catálogo.

Comparação das imagens de diferentes exsicatas de Cereus jamacaru (Cactaceae).

Serviço de imagens para herbários nacionais
Além da integração com a rede speciesLink, o Exsiccatae oferece um serviço web para os herbários nacionais usarem as imagens como preferirem. Atualmente, o Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ) é usuário do serviço possibilitando a associação de vouchers aos nomes publicados na Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Como contribuir com imagens
Incentivamos a participação de todos os herbários no sistema Exsiccatae. Para participar basta enviar um email para splink@cria.org.br e serão indicados todos os passos necessários.

Saiba mais!
O sistema Exsiccatae está integrado ao INCT-HVFF e à rede speciesLink.