10 de out. de 2013

Herbários de Recife discutem melhoria na qualidade dos dados

Visita promovida pelo CRIA e INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos dá continuidade ao trabalho de identificar os principais avanços e dificuldades dos herbários nacionais, discutindo a qualidade dos dados disponibilizados.

Da esquerda para direita: Gabriel Mendes (UFP), Alcina Viana (IPA), Cheysa Figueredo (IPA), Angela Miranda (HST), Marlene Barbosa (UFP), Maria Elizabeth (PEUFR), Rita Pereira (IPA) e Flávia Pezzini (CRIA/INCT-HVFF).

De 30 de setembro a 4 de outubro, a equipe do Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) e do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) reuniu em Recife curadores, técnicos e bolsistas dos herbários da região para discutir a melhoria da qualidade dos dados compartilhados através da rede speciesLink. Participaram cinco herbários de Recife que fazem parte da rede do INCT-HVFF: URM (Herbário Pe. Camille Torrand), UFP (Herbário Geraldo Mariz), IPA (Herbário Dárdano de Andrade Lima), HST (Herbário Sérgio Tavares) e PEUFR (Herbário Professor Vasconcelos Sobrinho). O URM representa a maior coleção de fungos herborizados na América Latina, com 84.500 registros, dos quais mais de 90% estão online. O UFP possui 58.540 registros de plantas principalmente do Nordeste, dos quais cerca de 60% estão online. O HST conta com um acervo de 19.681 registros, 100% online e 680 registros com imagens associadas. O PEUFR possui um acervo de 51.473 registros, dos quais cerca de 35% estão online. O IPA é a mais antiga fonte de informação sobre a flora do Nordeste e abriga cerca de 81.000 registros, dos quais cerca de 80% estão online.

Análise conjunta da ferramenta dataCleaning para dignosticar erros e direcionar a correção.

A visita dá continuidade ao trabalho de identificar os principais avanços e dificuldades de cada herbário, discutindo a padronização e qualidade dos dados ao realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning. Esse contato próximo com os curadores, técnicos e bolsistas contribui muito para os familiarizar mais com a ferramenta e fazer uma análise comparativa dos erros de cada herbário. A ferramenta dataCleaning procura evidenciar os dados que podem conter erros, por exemplo, em relação às informações gerenciais de curadoria (número de tombo, registros repetidos), aos dados taxonômicos (erros de grafia, diferentes nomes de autor para a mesma espécie), à data (ano de identificação anterior ao da coleta, ano de coleta maior do que a última atualização) ou aos dados de georeferenciamento (ausência de sinal em latitudes ou longitudes negativas, coordenadas que caem no mar).

Herbário UFP, que abriga registros de plantas principalmente da região Nordeste.

Todos os herbários participantes frequentemente atualizam os dados enviados ao speciesLink e estão fortemente empenhados em sua correção. Por exemplo, para todos eles não há mais registros suspeitos relacionados a erros de grafia para Famílias e Gêneros. Além desse diagnóstico, os participantes levantaram questões importantes como a atualização dos nomes de estados e municípios (por exemplo, devemos atualizar o estado para as coletas feitas em Tocantins antes da sua criação?) e a padronização dos nomes dos coletores e determinadores. Sugestões para essas questões podem ser consultadas no repositório de documentos do speciesLink [disponível aqui]. Esses documentos foram desenvolvidos pela equipe do CRIA após a Conferência Internacional: o INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos e e-infraestruturas para Biodiversidade, ocorrida em setembro de 2012 na qual todos os herbários estavam presentes.

Leonor Costa Maia, coordenadora do INCT-HVFF e curadora do URM, e João Batista de Oliveira, biólogo do URM.

Outro ponto que merece atenção está relacionado a um dos formatos utilizado pelo BRAHMS, adotado por algumas coleções participantes, para inserir coordenadas geográficas. Existe um artifício criado pelos programadores para anotar informações sobre as coordenadas geográficas que pode gerar confusão. O BRAHMS permite a entrada de dados no formato de GMS (graus, minutos e segundos) por meio de um formato intermediário que se assemelha ao formato de GD (graus decimais), mas que o BRAHMS interpreta como formato GMS. Isso reduz a necessidade de incluir símbolos que costumam gerar erros, mas se não for devidamente informado pode gerar uma interpretação errônea.


Para ver mais fotos das visitas aos herbários, clique aqui. 

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Texto e Fotos - Ricardo Braga Neto e Flávia Pezzini

7 de out. de 2013

Polinizadores no Brasil é indicado ao Prêmio Jabuti

Resultado da mobilização da comunidade científica que estuda abelhas e polinizadores do Brasil, o livro apresenta uma análise global sobre a situação dos polinizadores no país, seu impacto na agricultura, na biodiversidade e no agronegócio.

Foto da capa: Giorgio Cristino Venturieri.
  
No dia 18 de setembro, o comitê organizador do Prêmio Jabuti anunciou os finalistas na primeira fase de sua 55ª edição. Entre os finalistas do mais importante prêmio literário brasileiro está o livro “Polinizadores no Brasil: Contribuição e Perspectivas para a Biodiversidade, Uso Sustentável, Conservação e Serviços Ambientais”, organizado por Vera L. Imperatriz-Fonseca (USP), Dora A. L. Canhos (CRIA), Denise A. Alves (USP) e Antonio M. Saraiva (USP), e publicado pela EDUSP.

Foto: Ivan Sazima.

Este é o primeiro livro publicado no país contextualizando o estado da arte sobre os polinizadores no Brasil, o seu impacto na biodiversidade, na agricultura e no agronegócio. Para isso, 85 pesquisadores da comunidade científica brasileira de 38 instituições de ensino e/ou pesquisa apresentaram uma análise profunda sobre o tema, dentro de suas áreas de especialidade, e elaboraram sugestões de políticas públicas e de ampliação da base de conhecimento sobre os polinizadores brasileiros.

Foto: Tom Wenseleers.

A publicação do livro ocorre num momento importante, em que a perda de polinizadores é pronunciada no cenário global, pois cerca de 88% das plantas com flores e 35% das culturas agrícolas são dependentes de animais para polinização, um serviço ambiental regulatório vital. Embora o declínio de populações de polinizadores seja uma preocupação mundial, esta é mais pronunciada nos trópicos, onde a grande maioria das espécies arbóreas depende de animais polinizadores e onde há uma forte pressão antrópica sobre áreas naturais preservadas para finalidades agrícolas.


Foto: Márcia Motta Maués.

Estamos em uma nova era, o Antropoceno, em que a população humana domina a Terra e cresce vertiginosamente. Essas pressões sobre os serviços ambientais valorizam toda a possibilidade de aumento de produção agrícola em pequenas áreas, sugerindo um novo desenho da paisagem, amigável aos polinizadores, e práticas de manejo mais adequadas. Além disso, as externalidades, como as mudanças climáticas globais, exigem um novo diálogo entre ciência e sociedade. O livro introduz as bases deste diálogo, e estimula a integração entre os setores público e privado.

Foto: Ivan Sazima.


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4 de out. de 2013

Curso sobre curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS

Dias 9 e 10 de novembro de 2013 o INCT- HVFF e a comissão organizadora do 64o Congresso Nacional de Botânica promoverão o curso intitulado: "Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS". Inscrições até 13 de outubro.



O INCT- Herbário Virtual da Flora e Fungos do Brasil em parceria com a comissão organizadora do 64o Congresso Nacional de Botânica que ocorrerá em Belo Horizonte, de 10 a 15 de novembro de 2013, promoverá o curso pré-congresso intitulado: "Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS"

Responsáveis: Flávia Pezzini (CRIA/INCT-HVFF) e Marina Melo (UNB)

Data/Horário: 09/11/2013 (sábado) das 8-12h e 14-18h e 10/11/2013 (domingo)
das 8-12h

Carga Horária: 12 horas

Público-alvo: curadores de herbário, técnicos de herbário e estagiários.

Requisitos: encaminhar requisição de inscrição (formulário abaixo preenchido).

O link para formulário:
https://docs.google.com/forms/d/1Epf5-LrkdUT7reQnxchRIYsZ3LCY1HriO8MRuelqp88/viewform

Prazo das inscrições: até 13/outubro/2013

Número de vagas: 5

Local do curso: UFMG/Belo Horizonte/MG

2 de out. de 2013

Um novo conceito estrutural para transmitir conhecimento sobre biodiversidade

Publicação organizada pelo GBIO (Global Biodiversity Informatics Outlook) define passos fundamentais para melhor explorar a abertura dos dados e o desenvolvimento da tecnologia da informação visando melhorar a tomada de decisão informada.


Uma nova iniciativa lançada hoje (02 de outubro) tem como meta coordenar ações e financiamentos globais para disponibilizar a melhor informação possível sobre a vida na terra e nossos impactos sobre ela. O GBIO define a base conceitual para se apropriar de todo o potencial da tecnologia da informação e da cultura de acesso aberto a dados para reunir evidências sobre biodiversidade e informar os processos de decisão.

Clique na imagem para ampliar.

A base conceitual proposta está descrita em um documento denominado Delivering Biodiversity Knowledge in the Information Age, convidando formuladores de políticas, gestores, pesquisadores, especialistas em informática, provedores de dados e outros para concentrar os esforços em torno de quatro áreas chave onde é necessário avançar:
  • Cultura: promoção de práticas e infraestruturas para o compartilhamento de dados, utilizando padrões comuns e arquivos permanentes, apoiados por incentivos e por uma comunidade de especialistas comprometidos.
  • Dados: trabalhando na necessidade de transformar todos os dados sobre espécies, passado e presente, em formatos digitais acessíveis e utilizáveis, desde coleções e literatura histórica até observações da ciência cidadã, sensoriamento remoto e sequenciamento genético.
  • Evidência: organizando e acessando dados de todas as fontes para prover visões claras, consistentes e contextualizadas; incluindo organização taxonômica, ocorrências integradas no tempo e espaço, interações de espécies e melhorando a qualidade dos dados através da curadoria colaborativa.
  • Compreensão: construção de modelos a partir de medidas e observações para dar suporte à pesquisa orientada por dados e planejamento baseado em evidências, incluindo ferramentas preditivas, melhor visualização e feedback para priorizar a captura de novos dados.

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25 de set. de 2013

Visitas a coleções promovem melhorias na qualidade dos dados

Trabalho conjunto do comitê gestor do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, da equipe do CRIA, e de curadores, técnicos e bolsistas de herbários nacionais está promovendo a melhoria da qualidade dos dados disponibilizados na rede speciesLink.

Técnica e bolsista do herbário ALCB em Salvador.

Desde o início de 2013, uma bolsista do REFLORA/INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) no Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) vem trabalhando com a melhoria da qualidade dos dados disponibilizados na rede speciesLink. As visitas aos herbários nacionais participantes do INCT-HVFF têm como objetivos: identificar os principais avanços e as principais dificuldades de cada herbário, discutir a qualidade dos dados e realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning, uma ferramenta desenvolvida pelo CRIA com o objetivo de auxiliar os curadores, técnicos e bolsistas a melhorar a qualidade dos dados disponibilizados online.

Equipe do HUESB, na UESB em Jequié, Bahia

A ferramenta dataCleaning procura evidenciar os dados que podem conter erros, por exemplo, em relação às informações gerenciais de curadoria (número de tombo, registros repetidos), aos dados taxonômicos (erros de grafia, diferentes nomes de autor para a mesma espécie), à data (ano de identificação anterior ao da coleta, ano de coleta maior do que a última atualização) ou aos dados de georeferenciamento (ausência de sinal em latitudes ou longitudes negativas, coordenadas que caem no mar). A partir da identificação dos dados suspeitos, cada coleção confere os dados originais, faz as correções necessárias e atualiza os dados no speciesLink. A rede defende a autonomia e responsabilidade do provedor pelos seus dados, mas é imprescindível que o formato dos dados seja coerente entre os provedores para permitir seu uso de forma integrada e abrangente.

Detalhes do UESC: armário com exsicatas, sala do herbário e consulta às amostras.

Visitas também promovem a melhoria da ferramenta dataCleaning
As visitas têm se mostrado bastante eficientes para a melhoria da qualidade dos dados dos herbários, pois revisar os dados suspeitos no próprio sistema do herbário e consultar as exsicatas in loco facilita o entendimento da ferramenta e a identificação dos erros. Em agosto de 2013, seis herbários pertencentes ao INCT-HVFF foram visitados em cinco cidades e dois novos herbários foram convidados a participar da rede (figura abaixo). Contudo, além de promover a melhoria na qualidade dos dados, as visitas realizadas pela bolsista do REFLORA/INCT-HVFF também contribuíram para melhorar a ferramenta, atendendo várias demandas dos herbários.

Localização dos herbários visitados em agosto de 2013.

Dentre as melhorias propostas, a equipe do HUEFS fez sugestões relevantes para acelerar o tempo de correção de erros pensando em aspectos práticos de como são armazenadas as exsicatas. Para este herbário, o tempo gasto na avaliação do relatório dataCleaning seria reduzido se todas as exsicatas de uma mesma família pudessem ser retiradas do armário e corrigidas de uma só vez. Hoje, em alguns dos itens do dataCleaning, cada registro suspeito é visualizado individualmente, não podendo ser agrupado por família. Esse processo de aprimoramento tem auxiliado a traçar uma estratégia para os próximos treinamentos e para o desenvolvimento do material de apoio.


Para ver mais fotos das visitas aos herbários, clique aqui.

Para fazer uma busca na rede speciesLink insira os termos abaixo:



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Texto – Ricardo Braga Neto e Flávia Pezzini
Fotos – Flávia Pezzini

14 de ago. de 2013

Visitas às coleções de Sergipe e da Bahia

Nos próximos 15 dias, diversos herbários de Sergipe e da Bahia receberão a visita da bolsista do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos responsável pela qualidade dos dados.


Alunos do laboratório de Liquenologia (LALIC) com a professora Dra. Marcela Cáceres no campus Professor Alberto Carvalho da UFS, em Itabaiana - SE. O Herbário ISE possui cerca 16.000 registros de líquens e pertence a rede INCT - HVFF desde o início de 2013.
O herbário ISE, de Itabaiana - SE foi o primeiro a ser visitado nos dia 13 e 14/08/2013. Até dia 28/08, a bolsista percorrerá as cidade de Itabaiana (SE), Salvador, Cruz das Almas, Feira de Santana, Jequié e Ilhéus (todas na BA), visitando mais de 9 herbários. O objetivo é realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning, discutir a qualidade dos dados e conhecer os principais avanços e as principais dificuldades dos herbários. A melhoria da qualidade dos dados é uma preocupação constante tanto do INCT-HVFF quanto do CRIA, e bons resultados tem sido alcançados graças aos eventos de treinamento, ao uso das ferramentas e ao enorme empenho dos responsáveis pelos acervos.

Acompanhe as notícias sobre as visitas pelo Facebook do CRIA e também pelo Twitter.

6 de ago. de 2013

Ferramenta dataCleaning da rede speciesLink é citada na revista TREE

O artigo “Biodiversity data should be published, cited, and peer reviewed”, publicado na edição de agosto de 2013 na revista Trends in Ecology & Evolution (TREE), cita a rede speciesLink como pioneira na produção de métricas úteis para melhorar a qualidade dos dados disponíveis.



O trabalho publicado por Mark J. Costello e colaboradores sugere que a publicação de dados brutos deve seguir o modelo de publicação de artigos e a qualidade desses dados garantida por meio de processos automatizados de verificação de qualidade, revisão por pares e decisões editoriais. Os autores discutem meios de incentivar a publicação dos dados, assim como melhorar a integração com outros conjuntos de dados.

A publicação de dados aumenta a visibilidade de resultados científicos. Segundo os autores, infraestrutura e capacidade de armazenamento já existem para dados de biodiversidade, mas sua taxa de publicação, mesmo em crescimento, ainda é menor do que a esperada. Além disso, pouca atenção tem sido dada à qualidade dos dados que já foram disponibilizados. A melhoria da qualidade dos dados é importante para garantir sua maior acurácia, diminuir o tempo de manejo pelo usuário e aumentar sua taxa de reuso.

Distribuição geográfica dos pontos de ocorrência dos espécimes coletados ou observados mantidos nas coleções participantes da rede speciesLink.

Em relação à qualidade, o artigo propõe um processo em etapas de controle e garantia de qualidade de dados antes da publicação, que inclui ferramentas automáticas. Como exemplo, os autores citam a rede speciesLink, que através da ferramenta dataCleaning disponibiliza aos usuários métricas relacionadas ao número de registros, espécies e localidades geográficas, validação de nomes, e completude dos dados e metadados.

A rede speciesLink, que no mês de julho de 2013 superou o marco de 6 milhões de registros de ocorrência de espécies da flora, fauna e microbiota, juntamente com o INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) têm trabalhado nesse desafio da melhoria da qualidade dos dados utilizando um conjunto de aplicativos que compõe a ferramenta dataCleaning. O trabalho de correção dos erros e de aumento da qualidade dos dados da rede speciesLink tem sido aprimorado graças aos eventos de treinamento, ao uso das ferramentas e ao enorme empenho dos responsáveis pelos acervos.

Veja o artigo completo, que é de livre acesso:
Mark J. Costello, William K. Michener, Mark Gahegan, Zhi-Qiang Zhang, Philip E. Bourne. Biodiversity data should be published, cited, and peer reviewed. Trends in Ecology & Evolution - 1 August 2013 (Vol. 28, Issue 8, pp. 454-461). [link].

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1 de ago. de 2013

Rede speciesLink supera 6 milhões de registros online

No mês de julho de 2013 a rede speciesLink superou o marco de 6 milhões de registros de ocorrência de espécies da flora, fauna e microbiota, disponíveis online de forma livre e aberta a qualquer pessoa interessada.




São cerca de 300 coleções e subcoleções biológicas e dez provedores de dados de observação contribuindo com informações não sensíveis de seus acervos para aumentar o conhecimento sobre a biodiversidade brasileira. Mais de 600.000 registros são dados repatriados e novos registros são acrescentados diariamente.


Médias mensais do número total de registros online, do número de registros georreferenciados e de provedores de dados.

Cerca de 70% dos registros online provêm de herbários, 25% de coleções de animais, 0,2% de microrganismos, 0,1% fósseis e 5,2% de coleções abrangentes. 33% dos dados são oriundos de coletas feitas na região Sudeste, 22% no Nordeste, 19% no Sul, 17% na região Norte e 9% na região Centro-Oeste. Hoje, apenas o estado do Amapá não possui nenhum acervo local integrado à rede, dependendo 100% dos dados de instituições de outros estados.

Proporção por região geográfica do Brasil entre o número de registros online da rede speciesLink. Os valores indicam o número de registros por km2 por região.


Qualidade e usabilidade dos dados
Em relação às coordenadas geográficas, cerca de 2 milhões de registros possuem coordenadas consistentes e 470 mil possuem coordenadas inconsistentes – a coordenada geográfica informada não cai na área geográfica do município informado. Para aumentar a usabilidade dos dados, 2,2 milhões dos registros foram georreferenciados por um aplicativo baseado na informação sobre o município de ocorrência. Cerca de 1,3 milhão de registros não têm coordenadas geográficas e nem referência ao município.

Coordenadas geográficas de todos os registros georeferenciados.

Comparando os nomes das espécies com diferentes dicionários e checklists, tem-se que mais de 3,5 milhões de registros são de nomes aceitos e pouco mais de 400 mil de sinônimos. O nome da espécie de mais de um milhão de registros não foi encontrado nas listas de referência, sendo que mais de 850 mil registros não têm a identificação da espécie.

Graças ao projeto Reflora, os herbários estão associando imagens aos dados textuais por meio do sistema Exsiccatae. São mais de 200 mil imagens dos vouchers, seis mil de material vivo e mil e trezentas de pólen. Além dessa, várias ferramentas, todas de acesso aberto, estão disponíveis para diferentes tipos de análises, dentre as quais destacamos:


•    Interface de busca - www.splink.org.br
•    Indicadores - splink.cria.org.br/indicators/
•    DataCleaning - splink.cria.org.br/dc
•    Lacunas - lacunas.inct.florabrasil.net
•    BioGeo - biogeo.inct.florabrasil.net

Esses resultados evidenciam, no Brasil, que a disponibilização de dados sobre a biodiversidade está aumentando de forma consistente, refletindo uma mudança cultural e o fomento de políticas públicas. Acima de tudo, eles são fruto de um trabalho em rede em que a contribuição de cada provedor de dados é essencial. Por isso, gostaríamos de agradecer a todos que contribuem para o desenvolvimento da rede speciesLink.

Muito obrigado!

22 de jul. de 2013

O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire

As viagens de Auguste de Saint-Hilaire de exploração ao Brasil entre 1816 e 1822 resultaram na coleta de milhares de exemplares de plantas. Os espécimes e manuscritos do naturalista, as imagens, dados textuais e notas de seus cadernos de campo podem ser acessados online.


O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire tem por objetivo disponibilizar a coleção botânica de Auguste de Saint-Hilaire, incluindo as plantas coletadas durante suas viagens de exploração no Brasil, entre 1816 e 1822. Nesse período, Saint-Hilaire percorreu os Estados do Espírito Santo, Rio de Janeiro, Minas Gerais, Goiás, São Paulo, Santa Catarina, Rio Grande do Sul, além do rio da Plata e a Província de Missiones na Argentina e parte leste do Paraguai.

As viagens de Saint-Hilaire resultaram na coleta de cerca de 30 mil exemplares, dos quais seis a sete mil espécies foram de plantas. As amostras foram criteriosamente catalogadas e enumeradas nos cadernos de coletas de campo. Seus cadernos de campo, além de descrever a flora das diferentes regiões por que passou, relatam a vida e os costumes brasileiros.

Auguste de Saint-Hilaire (1779-1851), alguns anos depois de sua viagem ao Brasil.
(Foto: F. Bouazzat, MNHN).

As espécies de autoria de Saint-Hilaire estão descritas nos três volumes da Flora brasiliae meridionali (1825, 1829 e 1832-1833), também disponíveis on-line, sendo que os exemplares botânicos correspondentes estão depositados no Herbário de Paris do Muséum National d'Histoire Naturelle e da universidade de Montpellier e de Clermont-Ferrand, França.

Entretanto não havia um resgate completo das correspondências destas exsicatas com os dados citados na Flora brasiliae meridionalis e, menos ainda, com as importantes observações constantes nos cadernos de coleta de Saint-Hilaire.

Todo o seu acervo está sendo digitalizado e disponibilizado on-line de forma integrada graças à parceria entre o Instituto de Botânica de São Paulo, o Muséum Nacional d´Histoire Naturelle (MNHN) de Paris, o Institut des Herbiers Universitaires, CLF, Clermont-Ferrand, França e o CRIA, com o apoio da Fapesp.

O site franco-brasileiro Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire:

Assim, o site franco-brasileiro Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire possibilita a consulta dinâmica on-line de todos os espécimes e manuscritos do naturalista Auguste de Saint-Hilaire, provendo links entre as imagens das amostras, os dados textuais associados e as notas de seus cadernos de campo. Esta ferramenta tem por objetivo facilitar o trabalho de taxonomia e sistemática, além de permitir a reconstrução mais precisa das rotas e da cronologia das explorações realizadas pelo naturalista. Todas as exsicatas estão sendo digitalizadas pelo herbário de Paris (P) e disponibilizadas online. O site também disponibiliza as principais publicações de Saint-Hilaire. A nomenclatura e as determinações são atualizadas dinamicamente, ligadas ao banco de dados Sonnerat/MNHN.

Recentemente foi publicado um artigo, também disponível no site, onde são apresentados detalhes sobre esse sistema e onde também é proposto um padrão para citar adequadamente as exsicatas de Saint-Hilaire.

Operações com a interface do herbário virtual de Saint-Hilaire. É possível selecionar o nome científico, número de coleta ou barcode. Veja mais em: http://hvsh.cria.org.br/HVSH_52155.html

Referência Bibliográfica:
Pignal, M.; Romaniuc-Neto, S.; Souza, S. de ; Chagnoux, S.; Canhos, D.A.L. 2013. Saint-Hilaire virtual herbarium, a new upgradeable tool to study Brazilian botany. Adansonia,  sér. 3, 35 (1): 7-18. http://hvsh.cria.org.br/articles

15 de jul. de 2013

Herbário Virtual apresenta resultados em Brasília

Além de destacar os principais resultados do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, foram apresentados os elementos de inovação e as justificativas para a continuidade do instituto, recebendo elogios dos avaliadores do CNPq.


O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos participou do 2º Seminário de Acompanhamento e Avaliação dos INCTs (Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia), coordenado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), em parceria com o Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE) e o Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI). O evento foi realizado em Brasília nos dias 2 e 3 de julho de 2013.

Folder do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos apresentado em Brasília.

Na apresentação do projeto foi dado destaque à base prévia existente, que incluía o sistema de pós-graduação fomentando a formação de recursos humanos em taxonomia, os programas de pesquisa como o PELD, PPBio e Protax, implementados pelo CNPq, o apoio de várias Fundações de Amparo à Pesquisa à coleções biológicas e, principalmente, o trabalho coordenado pela Sociedade Botânica do Brasil, estimulando a discussão conjunta e a definição de estratégias para coleções de plantas e fungos do Brasil.

Foram apresentados os principais resultados do INCT Herbário Virtual:

1. Formação de Recursos Humanos
No período foram 134 dissertações e 75 teses defendidas sobre taxonomia, orientadas por pesquisadores associados ao projeto. Foram realizados 42 cursos de curta duração atendendo mais de 700 alunos. Foi também produzido o Manual de Procedimentos para Herbários (no prelo).

2. Publicações dos pesquisadores ligados ao INCT Herbário Virtual
É muito difícil separar a produção diretamente relacionada ao INCT das produções que usam os dados do INCT. Portanto, o critério adotado foi a de computar as publicações dos pesquisadores diretamente envolvidos com o projeto, incluindo curadores e responsáveis pelos herbários. Foram publicados 484 artigos em periódicos nacionais, 473 artigos em periódicos internacionais, 461 livros ou capítulos de livros nacionais e 13 livros ou capítulos de livros do exterior.

3. Repercussão das publicações
Consideramos importante registrar o número de artigos que citam a rede speciesLink, realizando uma busca no Google Scholar usando uma das palavras-chave botany, plants, botânica, plantas ou INCT em conjunto com a palavra-chave splink. Como resultado obtivemos 276 artigos entre 2009 e março de 2013. A busca por floradobrasil apresentou 916 artigos.

4. Divulgação e inserção social
Um componente importante dos INCTs é a divulgação e a inserção social. Esse item inclui a divulgação das atividades do INCT Herbário Virtual pela internet [http://inct.florabrasil.net] e a estruturação de uma sala de visitação pública na UFPE.

Sala de visitação pública na UFPE inaugurada em abril de 2013.

Confira o vídeo 'UFPE inaugura sala de exposição do INCT Herbário Virtual' sobre a sala de visitação pública na UFPE.


Foi destacada a participação da equipe do INCT em eventos e palestras no país e no exterior, com ênfase especial à conferência internacional 'The INCT Virtual Herbarium of Plants and Fungi and e-infraestructure for Biodiversity - Advancing Biodiversity e-science innovation through Global Cooperation; Realização: INCT-Herbário Virtual e EUBrazilOpenBio' – Set2012 (http://www.sti4bio.info).

Foram apresentadas as metas específicas para o Herbário Virtual online que apresentou como marco zero do projeto dados dos acervos de 35 herbários integrados na rede speciesLink, totalizando 1,5 milhão de registros online. O projeto teve início com a associação de 25 herbários, 18 já disponibilizando seus dados na rede speciesLink. As metas para 5 anos eram dobrar o número de registros online e o número de herbários na rede speciesLink. Essas metas foram ampliadas após 3 anos de projeto para 3,5 milhões de registros online e um total de 85 herbários compartilhando seus dados online.

Os números apresentados na reunião indicam 76 herbários do país e 5 do exterior associados ao INCT Herbário Virtual e mais 6 herbários não associados, mas com os dados de seus acervos integrados à rede speciesLink, totalizando 87 herbários.

Localização geográfica dos herbários nacionais participantes do INCT Herbário Virtual.

Quanto ao número de registros online, são mais de 4 milhões disponíveis de forma livre e aberta a todos os interessados, sendo cerca de 3,4 milhões de herbários nacionais e mais de 600 mil repatriados de herbários do exterior. O crescimento em relação ao marco zero do projeto é de mais de 500 mil novos registros por ano. Também foi dado destaque às cerca de 235 mil imagens de exsicatas e as pranchas e textos descritivos da obra Flora brasiliensis integrados aos registros do Herbário Virtual.

Evolução da entrada de herbários e registros de plantas e fungos na rede speciesLink.

Foi também destacado o trabalho de cada herbário participante, na digitação e atualização de seus dados online, resultando em um alto índice de atualização (94% dos herbários nacionais participantes do INCT atualizaram seus dados nos últimos 12 meses). Também foi dado destaque ao uso dos dados do Herbário Virtual pelos especialistas responsáveis pela elaboração da Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Gráfico mostrando o número de herbários que atualizaram seus dados online nos últimos 6 e 12 meses e há mais de um ano (azul).

Com relação ao conteúdo online, além dos dados da rede de herbários foi dado destaque à Coleção Bibliográfica de Augusto Chaves Batista, fundador do Instituto de Micologia da Universidade do Recife (http://batista.fungibrasil.net). São mais de 700 artigos com cerca de 4.600 descrições de fungos do Brasil, representando 3.340 espécies e variedades em mais de 1.160 gêneros e 160 famílias, com mais de 600 tipos no Herbário URM.

Artigos online de Augusto Chaves Batista.

Com relação à melhoria da qualidade dos dados foi dado destaque ao programa de visita de especialistas. Os resultados parciais mostram o envolvimento de 69 especialistas, atendendo 122 coleções, examinando mais de 42 mil espécimes de mais de 120 famílias. Ainda como parte desse item, foi destacado o desenvolvimento da ferramenta de georreferenciamento automático e de novos aplicativos para o relatório dataCleaning como verificação da data de coleta, inconsistência geográfica e completude de dados.

Foram apresentados o serviço Exsiccatae para as imagens enviadas pelos herbários da rede, a nova interface de busca e os sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Foram também apresentadas algumas estatísticas de uso do Herbário Virtual. Uma média de 20 milhões de registros são visualizados por mês, plotados em mapas (44%), gráficos (29%), downloads (23%) ou como listas e fichas de espécimes (4%). Em relação ao uso das ferramentas disponíveis, são produzidos por mês em média 30 mil mapas, 23 mil listas de espécimes, 20 mil downloads, 12,7 mil fichas, 9,5 mil gráficos, 5 mil buscas e mais de três mil e duzentas imagens.

Folders dos projetos BioGeo, Lacunas e Reflora, associados ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que foram apresentados em Brasília.

Elementos de inovação e continuidade
Foram apresentados como elementos de inovação do Herbário Virtual:
• o trabalho em rede, com a valorização dos acervos locais, fora dos grandes centros de pesquisa
• o desenvolvimento de sistemas interativos, integrando dados textuais e imagens
• a e-taxonomia e ferramentas didáticas
• as ferramentas que facilitam o acesso, recuperação e análise dos dados
• as ferramentas que facilitam a modelagem de nicho ecológico das espécies

Foram também destacadas algumas atividades para justificar a continuidade do apoio ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos:
• Gestão da rede
• Integração de novos acervos (mais de 140 herbários do Brasil cadastrados no Index Herbariorum), inclusive acervos históricos
• Continuidade das atividades (digitação, digitalização, aumento da qualidade dos dados, visita de especialistas)
• Agregação de novos dados (pólen, cistos de dinoflagelados, sementes, frutos, etc.)
• Integração com outras bases de dados
• Aplicação das ferramentas para o planejamento de novas coletas (Lacunas, teste do BioGeo)
• Apoio à Estratégia Global para a Conservação das Plantas da Convenção da Diversidade Biológica que apresenta como meta uma flora online de todas as plantas conhecidas

Estande do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Além da apresentação oral, foi montado um estande do INCT Herbário Virtual que recebeu visitas dos dirigentes do CNPq, MCTI, dos avaliadores e das equipes dos INCTs participantes. Foram preparados dois banners e 4 folders destacando a participação dos herbários nacionais e estrangeiros, a evolução da rede, as atividades do INCT nos projetos Reflora, com o serviço Exsiccatae, e SisBiota, com o desenvolvimento dos sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Da esquerda para a direita: Mariângela Menezes, João Renato Stehmann, Dora Ann Lange Canhos e Ana Maria Giulietti Harley.

Os resultados apresentados pelo INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos foram muito elogiados pelos avaliadores e realmente são muito significativos. A isso se deve o trabalho e o empenho de cada curador, responsável e técnico dos herbários, à equipe de desenvolvedores e técnicos de apoio em informática e à coordenação do INCT.

Parabéns a todos!

Leonor Costa Maia, Dora Ann Lange Canhos, João Renato Stehmann e Mariângela Menezes.

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