Herbário FLOR recebe visita para discutir a qualidade dos dados

A visita da equipe do INCT-HVFF, em parceria com o CRIA, teve como objetivo incentivar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a prezar pela qualidade dos dados dos espécimes. Particularmente, a visita visou aprofundar a participação dos micólogos e discutir a inclusão de imagens dos espécimes de fungos na rede speciesLink.

Professores e alunos do Micolab na UFSC. O aumento do número de alunos reflete maior interesse nos fungos, em grande parte motivado pela presença de jovens pesquisadores.

O Herbário FLOR da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) possui uma coleção online com cerca de 42.000 registros de espécimes de plantas vasculares, 6.000 de fungos e 1.000 de algas. O acervo do herbário está voltado especialmente para a flora e micota da região Sul do Brasil. O herbário faz parte da rede INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos desde julho de 2011 e vem contribuindo com um acréscimo de quase 10.000 registros por ano. A maior parte da coleção é de plantas, mas o número de espécimes de fungos tem grande potencial de aumentar com a participação de dezenas de alunos de graduação e de pós-graduação do Laboratório de Micologia (Micolab), liderado pelos Profs. Maria Alice Neves e Elisandro Ricardo Drechsler-Santos.

Histórico da evolução do número total de registros online e registros georreferenciados do herbário FLOR.

 
Zelando pela qualidade dos dados
O herbário FLOR tem uma bióloga contratada que é responsável pelo banco de dados, exercendo um papel chave para a qualidade das informações disponibilizadas. De uma forma geral, os dados taxonômicos estão bem cuidados, mas uma grande proporção dos registros não possui coordenadas geográficas originais, ou seja, informadas pela própria coleção. Isso se deve em parte à carência de informações nas coletas mais antigas, mas também à falta de uma cobrança sistemática por parte dos curadores e técnicos.

Silvia Venturi, bióloga responsável pelo banco de dados de FLOR, e Eduardo Michelena, seu estagiário.

Durante a visita, foram discutidas as melhores práticas para realizar o georreferenciamento. O formato de graus decimais foi sugerido como formato padrão, pois reduz muito a chance de inclusão de erros. Além disso, algumas dicas sobre a utilização de aparelhos de GPS em campo foram passadas, com ênfase para a configuração prévia do formato da coordenada para graus decimais e do datum para WGS84. Para coletas antigas ou recentes sem coordenadas é possível fazer o georreferenciamento retrospectivo, um conjunto de técnicas que atribui uma coordenada geográfica com base nas informações escritas sobre a localidade. Softwares populares, como o Google Earth, são adequados à tarefa, pois conciliam uma interface amigável dos mapas de satélite com um banco de dados com nomes de localidades que funcionam bem para a maior parte do planeta. Outra ferramenta de acesso aberto é o GeoLoc, que fornece coordenadas geográficas para um determinado município ou para o nome completo ou parcial da localidade. Também bastante útil é o conversor, ferramenta que permite a conversão de diferentes tipos de representação de coordenadas geográficas e datums disponíveis no Brasil. Ambas permitem que a conversão de coordenadas ou a busca por localidades seja feita individualmente ou em lotes.

Interface do geoLoc (http://splink.cria.org.br/geoloc).

Panorama da coleção de fungos
Atualmente não existe uma separação estrutural na rede speciesLink entre as coleções de fungos e plantas. Porém, devido ao preenchimento completo das informações do campo ‘Reino’ para todos os espécimes de fungos é possível analisar a coleção de fungos de FLOR de maneira independente. Hoje existem 5.875 espécimes de fungos com dados online, sendo o filo Basidiomycota o mais representado, com 4.911 amostras, seguido de Ascomycota, com 443 amostras.

Caixas com espécimes de fungos macroscópicos depositados no herbário FLOR. Atualmente existem cerca de 6.000 registros de fungos online, mas nenhum possui imagens associadas.

O acervo tem um viés mais voltado aos fungos decompositores da madeira, decorrente da contribuição da Profa. Clarice Loguércio Leite, que durante anos lecionou micologia na UFSC com foco nesse grupo de fungos, contribuindo para a formação de micólogos que hoje estão formando a nova geração. As principais famílias de fungos representadas em FLOR são Polyporaceae (1.513 registros), Hymenochaetaceae (661), Ganodermataceae (340) e Agaricaceae (244), mas o acervo está sendo diversificado com o fortalecimento do Micolab.
 

A contratação de jovens professores tem permitido a participação de diversos alunos em pesquisas com fungos.

Os espécimes de fungos depositados no herbário FLOR foram coletados principalmente no Brasil. A distribuição geográfica das coletas está concentrada principalmente na região Sul, com maior densidade no estado de Santa Catarina, mas o herbário FLOR também abriga coletas importantes feitas na Amazônia e no Nordeste.

Distribuição das localidades dos espécimes de fungos depositados em FLOR e presentes na rede speciesLink. Em azul, coordenadas georreferenciadas pelo município; em vermelho, coordenadas originais informadas pela coleção.

O dinamismo atual do Micolab é refletido pelo grande número de alunos participantes e pela diversidade de grupos de fungos estudados, mostrando que a micologia passa por um importante momento de desenvolvimento que deve contribuir para aumentar nosso conhecimento sobre a diversidade de fungos no Brasil. Contudo, alguns aprimoramentos do sistema speciesLink podem ajudar a tornar a ferramenta ainda mais útil para a comunidade científica. Uma delas é a associação das imagens dos espécimes aos dados textuais.

O Micolab conta com uma estrutura bastante completa que potencializa a formação dos jovens micólogos.

Imagens para espécimes de fungos
Um dos objetivos da visita foi levantar as demandas dos micólogos em relação à inclusão de imagens dos espécimes de fungos no INCT-Herbário Virtual, via rede speciesLink. Durante a visita foram discutidas questões relacionadas à padronização e operacionalização dessa demanda. Atualmente o INCT-Herbário Virtual não possui imagens de espécimes de fungos do herbário FLOR, mas os pesquisadores e alunos fazem uso cotidiano de imagens macro e microscópicas para auxiliar a identificação das espécies. Assim, há um interesse natural em associar as imagens aos registros textuais.

Alunos trabalhando no Micolab. Associar imagens dos espécimes de fungos vai ajudar a tornar acessíveis informações essenciais para a identificação das espécies.

Foram discutidas as principais categorias de imagens que usualmente estão associadas aos espécimes e houve uma dinâmica para informar quais campos são essenciais para cada grupo de fungos. Outros pontos importantes envolvem a questão das escalas, legendas e créditos das imagens. Essas informações estão sendo compiladas e transmitidas à equipe do CRIA, responsável pelo desenvolvimento do sistema.

Maria Alice Neves, docente da UFSC, que está ajudando a formar novos micólogos no Brasil.

Embora os fungos sejam menos conhecidos do que plantas e animais, o número de alunos e a estrutura existente no Micolab prometem contribuir para a geração de conhecimento sobre a diversidade e distribuição das espécies de fungos que ocorrem no Brasil, ajudando a reduzir essa falta de conhecimento histórica. A rede speciesLink, que mantém e disponibiliza os dados dos herbários vinculados ao INCT-Herbário Virtual, possui uma estrutura bastante completa, mas a qualidade dos dados é determinante para o tipo de uso que essas informações podem ter. A visita favoreceu não apenas a realização do trabalho proposto, mas o estreitamento de vínculos que tenderão a aumentar o comprometimento dos envolvidos em promover a melhoria da qualidade dos dados sobre fungos, bem como o aprimoramento do sistema, visando ampliar sua utilidade para a comunidade científica.


Saiba mais!

• INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Acervo geral do herbário FLOR na rede speciesLink
• Acervo de fungos do herbário FLOR na rede speciesLink
• Herbário FLOR (site UFSC)
• Herbário FLOR (página da rede speciesLink)
• Ferramentas para converter e gerenciar coordenadas geográficas
• Página do Micolab no facebook

Créditos
Texto e fotos - Ricardo Braga-Neto
*atualizado em 22.03.2014

Coleção de Peixes do Laboratório de Ictiologia Sistemática da Universidade Federal do Tocantins (UNT) integra os dados de seu acervo à rede speciesLink

São mais de 12 mil registros, com cerca de 11 mil georreferenciados pela coleção e 120 lotes de parátipos. Além disso, inclui uma das maiores coleções de raias de água doce do planeta, com centenas de exemplares coletadas no Alto e Médio rio Tocantins.

Distribuição geográfica dos registros da Coleção de Peixes do Laboratório de Ictiologia Sistemática da Universidade Federal do Tocantins (UNT) disponíveis online na rede speciesLink.

O foco geográfico da coleção é o estado do Tocantins, representado por 85% dos dados online. A coleção tem dados importantes e representativos da biodiversidade de peixes da bacia do Rio Araguaia como um todo, assim como de sub-bacias das bacias do Rio São Francisco e do Atlântico Leste. O acervo possui 427 espécies, usando como referência o Catálogo da Vida, sendo que sete dessas espécies estão incluídas na Lista da Fauna Ameaçada de Extinção do MMA. Os dez gêneros com maior quantidade de dados de ocorrência online na coleção UNT são: Moenkhausia (685 registros); Knodus (566 registros); Hemigrammus (499 registros); Hypostomus (441 registros); Potamotrygon (383 registros); Leporinus (365 registros); Astyanax (308 registros); Serrasalmus (277 registros); Geophagus (233 registros); Crenicichla (223 registros). 

O acervo inclui material coletado desde 1964, mas a maior parte dos registros foi coletada a partir de 1995.

Vale a pena conferir!

Dados dos acervos de peixes disponíveis na rede speciesLink

Existem mais de 260 mil registros de acesso livre e aberto na Internet sendo que mais de 230 mil são georreferenciados. Estes registros incluem 5.634 espécies (nomes aceitos segundo o Catálogo da Vida), sendo que destas 102 espécies estão na Lista da Fauna Ameaçada do MMA. 32% dos registros do Brasil são da região Norte, 27% do Sul, 22% do Sudeste, 13% do Centro Oeste e 6% do Nordeste. A rede possui dados de coletas entre 1923 a 2014 incluindo 4.281 parátipos, 881 holótipos, 30 lectótipos, 20 topótipos, 18 paralectótipos e 17 neótipos. 

Distribuição geográfica dos registros de espécies incluídas na Lista da Fauna Ameaçada do MMA provenientes de 16 coleções ictiológicas integrantes da rede speciesLink

Fonte dos dados: Coleção Ictiológica da Universidade Federal do Espírito Santo (CIUFES), Coleção de Peixes da Universidade Federal de Mato Grosso (CPUFMT), Coleção de Peixes DZSJRP (DZSJRP-Pisces), Coleção de Peixes INPA (INPA-Peixes), Coleção de Peixes do Laboratório de Ictiologia de Ribeirão Preto (LIRP), Coleção de Peixes (MBML-Peixes), Coleção de Peixes (MCP-Peixes), Coleção de Peixes MHNCI (MHNCI-Peixes), Museu de Zoologia da Universidade Estadual de Londrina - Coleção de Peixes (MZUEL-Peixes), Coleção de Peixes do Museu de Zoologia da USP (MZUSP), Coleção de Peixes (NPM), Coleção Ictiológica do Nupélia (NUP), Coleção de Peixes (UFRGS), Coleção de Peixes do Laboratório de Ictiologia Sistemática da Universidade Federal do Tocantins (UNT), Zoneamento Ecológico Econômico do Acre - Ictiofauna (ZEE_ICTIO), Coleção de Peixes do Museu de Zoologia da UNICAMP (ZUEC-PIS) disponível na rede speciesLink (http://www.splink.org.br) em 17 de Fevereiro de 2014 às 14:45.

Apostila "Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS" disponível para download

Direcionada a curadores, técnicos e estagiários de herbários, a apostila tem foco no software BRAHMS, mas as recomendações apresentadas são importantes qualquer que seja o programa utilizado pela coleção. 

A apostila foi elabora inicialmente como material didático do curso: “Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS" oferecido nos dias 09 e 10 de novembro de 2013, anterior ao 64^o Congresso Nacional de Botânica realizado em Belo Horizonte. O curso teve como objetivo treinar curadores, técnicos e estagiários de herbários em técnicas de curadoria de dados, visando melhorar a qualidade da informação disponibilizada na rede speciesLink. O software BRAHMS foi escolhido por ser o software mais usado pelos herbários nacionais participantes do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (47%) no manejo de seus dados. No entanto, a apostila contém informações úteis independentemente do software utilizado pela coleção.

Participantes do curso Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS no campus da UFMG em Belo Horizonte.

A apostila procura apresentar e esclarecer as principais dúvidas de curadores, técnicos e bolsistas dos herbários participantes do INCT-HVFF e está em constante atualização, a medida que surgem novas questões. Participaram dessa iniciativa membros da equipe do Herbário da Universidade de Brasília (UB), do CRIA e do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (HVFF).

Para baixar a apostila acesse: http://splink.cria.org.br/docs/Apostila_curso_curadoria_2013v01.pdf

Saiba mais!

• 64˚ Congresso Nacional de Botânica
• Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• rede speciesLink

Novidades na ferramenta Duplicata do dataCleaning

Novos filtros e agrupamentos dos dados facilitam a identificação de determinações distintas para duplicatas de plantas em diferentes herbários. A ferramenta Duplicata visa auxiliar curadores e técnicos de herbários a identificar e corrigir erros e a atualizar e completar os dados.

Exsicatas da mesma coleta depositadas em herbários diferentes podem ter identificações distintas. A exsicata depositada no herbário FLOR (à esquerda) representa a coleta número 10806 de J. Mattos realizada em 15 de dezembro de 1962 em Conceição da Barra, Espírito Santo, Brasil. A exsicata do mesmo material depositada em SP (à direita) foi identificada como Eugenia hirta O.Berg. por M. Sobral em setembro de 1991, mas a duplicata de FLOR permanece sem atualização da identificação inicial.

 

Durante visitas promovidas pelo CRIA e INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos para discutir a qualidade dos dados disponibilizados online, curadores e técnicos dos herbários sugeriram algumas melhorias que foram implementadas recentemente. Essas melhorias incluem novos filtros e formas de visualização do relatório, e, quando disponível, a apresentação da imagem da exsicata. Registros "suspeitos" detectados pela ferramenta Duplicata são aqueles que possuem o mesmo nome, número de coletor e data de coleta, mas informações distintas nos campos "gênero + espécie + subespécie".

Um dos grandes problemas na identificação de duplicatas nos diferentes herbários através de um aplicativo era a falta de padronização do nome do coletor. A ferramenta agora reconhece variações na ordem da escrita do nome e iniciais dos coletores. Por exemplo, D. Alvarenga é reconhecido como sendo o mesmo que Alvarenga, D.. O sistema também reconhece como sendo o mesmo o coletor isolado ou o coletor principal quando registrado juntamente com os coletores secundários. Por exemplo, A.A. Ribeiro-filho é considerado isoladamente ou quando associado com outros coletores, como no caso A.A. Ribeiro-filho, L.C. Soares. 

A tabela apresentada pode ser ordenada por nome do coletor, família ou gênero, facilitando o trabalho do curador que quiser analisar os dados por família, por exemplo. Cada linha é clicável e permite navegação dinâmica. A tabela apresenta também o nome do determinador e data de determinação, assim como novos filtros como família ou gênero indeterminados para que seja possível rapidamente comparar esses registros com duplicatas de outros herbários participantes da rede speciesLink.

Esperamos com isso facilitar o trabalho de atualização da nomenclatura taxonômica dos acervos. Com o uso da ferramenta, herbários que não possuem especialistas de determinados grupos taxonômicos podem se beneficiar do trabalho de identificação do material em outros herbários e, dessa forma, contribuir para a melhora da qualidade dos dados da rede do Herbário Virtual.

 

Saiba mais!

• Acesse o dataCleaning e a ferramenta Duplicata
• Visitas a coleções promovem melhorias na qualidade dos dados
• Ferramenta dataCleaning da rede speciesLink é citada na revista TREE

Bioline International comemora 20 anos de existência

No início de dezembro celebramos o vigésimo aniversário do Bioline International, uma iniciativa pioneira que promove o acesso livre e aberto via internet de artigos científicos de revistas publicadas em países em desenvolvimento.

Embora o movimento Open Access seja hoje um fenômeno global, 20 anos atrás a comunicação científica pela internet estava apenas começando. O Bioline International tem muito orgulho em ter participado da história do movimento desde seu início e das transformações que trouxe para o avanço da comunicação acadêmica em todo o mundo. Para celebrar as ideias e atitudes de pessoas que tornaram possível sua existência, no dia 10 de dezembro comemoramos esse marco histórico com um encontro na sede do CRIA, contando com a presença de Barbara Kirsop, idealizadora da iniciativa, e Leslie Chan, parceiro da Universidade de Toronto imprescindível para a consolidação da rede internacionalmente.

Lançado em 1993 com base em uma infraestrutura pioneira desenvolvida pelo CRIA, o Bioline International conta com a participação ativa da Universidade de Toronto em Scarborough desde 2000. Uma das maiores contribuições do Bioline foi a parceria com países do continente africano que puderam divulgar para o mundo as pesquisas feitas na região, saindo de uma situação de isolamento para ganhar visibilidade e reconhecimento internacional, ampliando muito as possibilidades de divulgação dos trabalhos e de formação de parcerias.

Distribuição geográfica das revistas científicas que fazem parte do Bioline.

O vídeo "20th anniversary of Bioline International" ilustra um pouco como foi a celebração. Não deixe de assistir!


Veja abaixo algumas fotos do evento.

Saiba mais!

• Bioline International
• Celebrating 20 years of Bioline at CRIA
• Towards Open and Equitable Access to Research and Knowledge for Development

Sistemas de informação de interesse público desenvolvidos pelo CRIA e instituições parceiras agora no IDC da RNP

Articulação entre o CRIA, a RNP e o CNPq garante melhor conectividade e segurança física para os equipamentos que hospedam dados, imagens, mapas, ferramentas e serviços web de interesse público voltados para a pesquisa em biodiversidade.

A segurança dos sistemas de interesse público desenvolvidos e mantidos pelo CRIA, como a rede speciesLink, sempre foi uma grande preocupação da equipe e, como consequência, por mais de uma década o tempo de interrupção do acesso aos sistemas hospedados sempre foi mínimo. Com o crescimento do número de provedores e usuários, do volume de dados e de ferramentas e aplicativos, aumentou também a importância dos sistemas para o desenvolvimento científico do país, trazendo uma nova dimensão ao trabalho do CRIA e instituições parceiras, tornando prioritário o investimento em mais segurança e acessibilidade.

A consolidação do Internet Data Center (IDC) da Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP) como centro de arquivo permanente de sistemas de informação criou a oportunidade para o CRIA hospedar os seus sistemas em um espaço físico com garantia de alta disponibilidade, segurança e operação ininterrupta. Os dois projetos que viabilizaram essa transferência foram o INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos e o EUBrazilOpenBio, ambos financiados pelo CNPq. Foram dois anos de negociação e preparação, inicialmente com a RNP – a discussão sobre a viabilidade e a estratégia técnica – e com o CNPq – a formalização do endosso político para abrigar os sistemas em regime de colocation no IDC.

Transporte dos equipamentos ao IDC/RNP em Brasília.

O processo de transferência física dos equipamentos para o IDC da RNP localizado em Brasília foi desenvolvido em duas fases: a primeira em março e a segunda em novembro de 2013. Após a instalação física dos equipamentos foram feitas adequações à nova infraestrutura lógica e validação das funcionalidades, sendo que todo o processo foi concluído no dia 27 de novembro de 2013.

Melhor segurança e conectividade

Hoje, todos os equipamentos e servidores do CRIA que hospedam dados, informações, imagens, mapas, sistemas, ferramentas e serviços web de interesse e de acesso público estão instalados no espaço físico do IDC/RNP (colocation) em Brasília, ou seja, no melhor lugar possível do país em termos de conectividade (estabilidade e rapidez) com uma infraestrutura excelente (elétrica, refrigeração, segurança). O sistema continua sendo gerenciado remotamente pela equipe do CRIA através de uma Virtual Private Network (VPN), infraestrutura virtual que permite gerenciar de forma segura e eficiente o tráfego de dados entre os servidores hospedados em Brasília e os servidores no CRIA em Campinas.

Topologia da rede CRIA.

Além da segurança física, merece destaque o avanço político. Os sistemas de interesse público, desenvolvidos e mantidos pelo CRIA e centenas de parceiros (a grande maioria de instituições públicas) estão hospedados no centro de dados de uma Organização Social (RNP) com contrato de gestão com os Ministérios de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI) e de Educação (MEC). Os sistemas estão hospedados no mesmo local onde estão os sistemas do MCTI, como a Plataforma Lattes, e do MEC, como o portal de periódicos da Capes, abrindo novas possibilidades para parcerias focadas na construção de infraestrutura nacional de suporte à e-ciência.

Esperamos com isso garantir um acesso mais rápido aos usuários, um serviço ainda mais robusto e seguro aos provedores de dados, além de evidenciar de forma mais clara a missão de interesse público que sempre norteou as ações do CRIA. Aproveitamos para agradecer à RNP pelos serviços prestados ao CRIA de forma tão eficiente e colaborativa.

Saiba mais!

• Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP)
• Internet Data Center (IDC)
• Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) 
• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• EUBrazilOpenBio

INCT-Herbário Virtual e CRIA participam do 64˚ Congresso Nacional de Botânica

Entre os dias 10 e 15 de novembro, aconteceu em Belo Horizonte o 64^o Congresso Nacional de Botânica. O INCT-HVFF e CRIA expuseram os principais resultados em um estande e contribuíram com palestras, apresentações de trabalhos e um curso que antecedeu ao congresso.

Mesa composta por Leonor Costa Maia, Ana Odete Santos Vieira, Livia Echternacht e Dora Ann Lange Canhos no simpósio Flora Virtual do Brasil: dados e ferramentas durante o 64 Congresso Nacional de Botânica.

A participação do INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) foi destacada no simpósio “Flora virtual do Brasil: dados e ferramentas”, no qual Leonor Costa Maia, coordenadora do Instituto, apresentou a palestra “INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos: há cinco anos aprimorando o trabalho em rede e incrementando o conhecimento sobre a diversidade brasileira”. Em seguida, Dora Ann Lange Canhos apresentou os sistemas Lacunas e BioGeo que podem ser úteis para o planejamento de coletas e para políticas públicas.

 Dora Canhos e Leonor Maia apresentaram um panorama dos 5 anos do INCT Herbário Virtual e ferramentas para planejamento de coletas (crédito das imagens: Gustavo Shimizu).

Durante todo o evento a equipe do INCT-HVFF mostrou os principais produtos do instituto em um estande, expondo vídeos, os sistemas online, fotos e distribuindo materiais para os interessados. Os usuários dos sistemas de informação puderam tirar dúvidas a respeito de como disponibilizar dados online, receberam dicas de como fazer consultas no speciesLink, como gerar modelos utilizando o BioGeo, como identificar áreas e táxons pouco amostrados utilizando o Lacunas, como inserir imagens nos dados textuais e como melhorar a qualidade dos dados utilizando o dataCleaning.

Estande do INCT-Herbário virtual mostrando videos, fotos e tirando dúvidas dos interessados.

Além desses trabalhos, dois pôsteres foram apresentados. No trabalho “Diagnóstico da qualidade dos dados disponibilizados por herbários brasileiros” foi apresentado um panorama geral sobre a qualidade dos mais de 4 milhões de registros atualmente online, mostrando a importância da curadoria de dados em cada um dos herbários participantes da rede e sugerindo ferramentas para correção de dados e formas de evitar a inclusão de novos erros.

O trabalho sobre o diagnóstico da qualidade dos dados disponibilizados por herbários brasileiros mostra a importância da curadoria de dados (crédito da imagem: Gustavo Shimizu).

No trabalho “Lacunas e BioGeo: Novas Ferramentas para o Planejamento de Coletas” foi apresentado um panorama dessas duas ferramentas que utilizam como base os registros disponíveis na rede speciesLink. O Lacunas permite a visualização de mapas de ocorrência de espécies de plantas e fungos do Brasil, e agrega informações sobre o status dos dados sobre os espécimes disponíveis online, endemismos e elementos para avaliar o conhecimento digital sobre as espécies ameaçadas de extinção. O BioGeo visa ampliar o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil, disponibilizando um ambiente computacional amigável para que especialistas possam modelar o nicho ecológico das espécies de seu interesse e publicar o modelo resultante para acesso público.

Um panorama sobre o Lacunas e o BioGeo foi apresentado também na forma de poster.

Como atividade pré-congresso, nos dias 9 e 10 de novembro, foi oferecido o curso “Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS” do qual participaram 11 pessoas, dentre curadores, técnicos e estagiários. O curso foi ministrado por Marina Melo (UB) e Flávia Pezzini (INCT-HVFF/CRIA) que mostraram os principais procedimentos para curadoria e melhoria da qualidade dos dados utilizando o software BRAHMS.

Participantes do curso Curadoria de dados de herbário com ênfase no software BRAHMS no campus da UFMG em Belo Horizonte. 

Durante o Congresso também foi lançado o “Manual de procedimentos para Herbários”, produto do INCT-HVFF, que visa divulgar as práticas para preservação de plantas e fungos.

A participação do público nas atividades oferecidas pelo INCT-HVFF foi muito positiva, mostrando que os serviços oferecidos são de grande utilidade para a comunidade. É imprescindível ressaltar que a força do INCT está na integração e participação de cada um dos mais de 90 herbários que compõem a rede compartilhando dados de forma aberta e livre na internet.


Saiba mais!

• 64˚ Congresso Nacional de Botânica
• Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• rede speciesLink

Polinizadores no Brasil recebe Prêmio Jabuti: e agora?

Pesquisadores responsáveis pelo livro Polinizadores do Brasil, ganhador do Prêmio Jabuti, enfatizam a necessidade de incorporar as propostas apresentadas às agendas e políticas nacionais de pesquisa e educação.

Premiação do Livro Polinizadores no Brasil (Foto: Vivian Koblinsky).

Passada a celebração pelo 3º lugar do Prêmio Jabuti na categoria Ciências Naturais do livro Polinizadores no Brasil, é importante aproveitar o momento para fomentar a discussão e contribuir para o estabelecimento de estratégias e políticas com financiamento contínuo e de longo prazo com o objetivo de conhecer, conservar, acessar e usar polinizadores naturais e comerciais em bases sustentáveis.

Cerca de 88% das plantas com flores e 35% das culturas agrícolas são dependentes de animais para polinização. Foto: Tom Wenseleers.

O diagnóstico apresentado ressaltou a importância dos acervos biológicos, dos sistemas de informação online e ferramentas computacionais, da capacitação e formação de recursos humanos e da pesquisa. Foram também propostas metas para orientar as ações estratégicas como:

• Dominar em 10 anos a biologia, a criação em escala e as técnicas do uso de polinizadores nativos em cultivos protegidos e abertos nas principais regiões do país;

• A inclusão dos temas “serviços ecossistêmicos” e “polinização” nos cursos de agronomia, medicina veterinária, zootecnia e biologia, e no planejamento estratégico dos projetos financiados com recursos públicos voltados para a recuperação ambiental de propriedades rurais e na agricultura familiar;

• Desenvolver tecnologias adequadas para o uso de Apis mellifera como polinizador na agricultura do Brasil;

• Utilizar outros polinizadores;

• Desenvolver planos de manejo para polinizadores em paisagens agrícolas; e,

• Incluir o tema “polinizadores” como um dos Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia do MCTI/CNPq.

Consideramos esse último item, INCT – Polinizadores, algo que pode ser alcançado em curtíssimo prazo, uma vez que o CNPq na última reunião de avaliação dos INCTs anunciou a proximidade de um novo edital. Os INCTs têm como característica ações interdisciplinares e o trabalho em rede, e consideramos central o desenvolvimento de uma moderna infraestrutura de apoio à rede para o compartilhamento livre e aberto de dados, informação, conhecimento e ferramentas.

O sistema do Catálogo de Abelhas Moure permite consultar informações online das espécies neotropicais (http://moure.cria.org.br/catalogue).

Atribuímos o sucesso do livro à articulação e trabalho dos 85 autores. Agora precisamos trabalhar para que as propostas apresentadas no livro sejam incorporadas às agendas e políticas nacionais de pesquisa e educação.

Vera Lúcia Imperatriz Fonseca, Dora Ann Lange Canhos, 

Denise Araujo Alves e Antonio Mauro Saraiva

Saiba mais!

• Polinizadores no Brasil: contribuição e perspectivas para a biodiversidade, uso sustentável, conservação e serviços ambientais
• Loja virtual da EDUSP
• Catálogo de Abelhas Moure

Conhecimento digital acessível e prioridades para o inventário de plantas no Brasil

Artigo publicado na revista Diversity and Distributions usa dados primários de biodiversidade disponíveis na internet para avaliar lacunas de conhecimento da flora do Brasil, considerando efeitos geográficos e ambientais sobre os padrões de distribuição.

Estima-se que o Brasil abriga cerca de 20% da diversidade mundial de angiospermas, possuindo a flora mais rica e endêmica dos Neotrópicos. Embora os estudos botânicos tenham iniciado há mais de um século, apenas uma parte do território nacional foi amostrada. Até pouco tempo atrás era inviável fazer uma avaliação quantitativa do esforço de coletas reunindo informações da maior parte dos herbários, pois os dados não estavam disponíveis em uma base consolidada. Entretanto, a integração e a disponibilização aberta desses dados na internet por meio da rede speciesLink tornou possível avaliar a representatividade geográfica, ambiental e taxonômica das coletas no país. A rede speciesLink constitui a base do sistema de informação que alimenta o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, contribuindo para integrar dados de herbários nacionais e do exterior.

Os resultados foram publicados recentemente na revista Diversity and Distributions por Mariane S. Sousa-Baena, Letícia C. Garcia e A. Townsend Peterson. "O objetivo foi utilizar os dados disponíveis para revelar os espaços geográficos onde estão as maiores lacunas de conhecimento, uma informação que pode ajudar a orientar a realização de novas coletas e também a elaboração de planos para a conservação da flora", explica Mariane.

A distribuição espacial da densidade de coleta de angiospermas indica uma concentração na região costeira (a) e uma tendência à agregação em torno de cidades e estradas (b).

Representatividade das coletas
No estudo, foram utilizados dados de cerca de 1,7 milhões de espécimes distribuídos em 88 herbários (83 do Brasil e 5 do exterior). As informações geográficas provêm de coordenadas originais informadas pela coleção ou derivadas do centróide do município (via aplicativo). Além da projeção bruta dos pontos de coleta, diferentes escalas espaciais foram utilizadas para analisar os padrões, incluindo divisões políticas estaduais, ecorregiões e píxeis com resolução espacial de 1^o, ¹/₂^o e ¹/₁₀^o.

Para avaliar quão representativas são as coletas de angiospermas no Brasil, os autores utilizaram uma medida de completude (completeness) e com base no conhecimento de espécies observadas foi estimado o número esperado de espécies para cada píxel, estado ou ecorregião. Áreas com baixa completude têm maior chance de abrigar novos registros de espécies já descritas ou espécies novas, e portanto devem ser tratadas como prioridade para novos esforços de coleta. No mapa abaixo é possível perceber que poucos locais são bem conhecidos floristicamente, de forma que a maioria possui poucas ou até mesmo nenhuma amostra. Embora o mapa com píxeis mais extensos (1^o) indique uma completude do inventário maior no Brasil como um todo, em uma escala mais fina (¹/₁₀^o) é possível observar que na realidade píxeis bem amostrados estão restritos a alguns locais pontuais, separados por grandes lacunas de conhecimento.

Padrões geográficos da completude dos inventários florísticos no Brasil para diferentes resoluções espaciais. Cores quentes indicam altos valores de completude e frias valores baixos.

Incorporando informações ambientais
O estudo procura aprimorar a visão da distribuição espacial dos registros com informações sobre a variação ambiental, baseadas em informações climáticas, levando em conta a distância geográfica das lacunas de sítios bem conhecidos. Integrando todas estas informações foi possível identificar se as lacunas de amostragem eram climaticamente semelhantes ou distintas, e/ou geograficamente próximas ou distantes de sítios bem conhecidos. A taxa de variação nas condições ambientais é importante, pois áreas relativamente uniformes podem ser caracterizadas floristicamente por amostragens mais esparsas, enquanto áreas com maior variação nas condições ambientais requerem uma amostragem mais intensa. As quatro principais lacunas de amostragem reveladas indica a região da cabeça do cachorro no noroeste da Amazônia, a região da Serra do Tumucumaque no Amapá, uma ampla região no arco do desmatamento entre o Pará e o Mato Grosso, além de uma região de campos a oeste do Rio Grande do Sul.

Representação da variação climática no Brasil para píxeis de 1/2 grau (a), distância geográfica de sítios bem conhecidos (b) e de áreas geograficamente distantes e ambientalmente distintas daquelas de sítios bem conhecidos (c). Cores frias indicam distâncias menores, cores quentes distâncias maiores e píxeis pretos indicam sítios bem conhecidos floristicamente. A sobreposição do mapa 'c' com o mapa de uso da terra permite diferenciar áreas com cobertura natural (escuras) de áreas com forte alteração (claras) em (d), (e) e (f).

Algumas das lacunas identificadas estão localizadas em regiões de intensa pressão de conversão de terras que precisam de ser investigadas antes que desapareçam. A região Sudeste possui apenas pequenos fragmentos florestais isolados, e regiões no sul do Pará sofrem pressões de desmatamento ao longo da rodovia BR-163, onde inclusive existe uma lei (LEI Nº 12.678, DE 25 DE JUNHO DE 2012) que diminuiu e modificou o limite de diversos parques da região por pressões de mineradoras e hidrelétricas. Sem conhecer a flora, é impossível sabermos qual é a perda de espécies que o desmatamento contínuo poderá causar.

Perspectivas
Não existe consenso sobre quantas espécies de plantas existem no Brasil, mas as estimativas variam entre 40 e 50 mil espécies. De acordo com a Lista de Espécies da Flora do Brasil (2013), existem 32.000 espécies de angiospermas reconhecidas para o país. A flora da região Sudeste e Nordeste são melhor conhecidas, pois abriga a maior parte dos institutos de pesquisa e recursos humanos especializados, mas mesmo essas regiões têm importantes lacunas de conhecimento taxonômico quando se considera uma escala mais fina. A Amazônia permanece como a região mais desconhecida: cerca de 40% da área nunca foi amostrada e o conhecimento existente está concentrado em alguns sítios. Entretanto, regiões importantes no estado do Tocantins e o oeste do Mato Grosso também abrigam potencialmente muitas espécies desconhecidas.

O estudo ilustra o potencial de utilização de dados primários da biodiversidade integrados e compartilhados abertamente na internet para a pesquisa científica e para a definição de políticas de conservação no país. Ainda que uma parte dos dados existentes para o Brasil não esteja disponível online (por estarem em fase de digitação ou em herbários que ainda não estão compartilhando seus dados) e que seja necessário trabalhar a qualidade dos dados disponíveis na rede, eles já são um importante subsídio para o planejamento da conservação e para orientar a realização de novas coletas. Dessa forma, as expedições de campo podem se concentrar em áreas prioritárias, maximizando o retorno do investimento nos estudos da biodiversidade da nossa flora.

Saiba mais!

• Sousa-Baena, M. S., Garcia, L. C., Peterson, A. T. (2013), Completeness of digital accessible knowledge of the plants of Brazil and priorities for survey and inventory. Diversity and Distributions. doi: 10.1111/ddi.12136.
• rede speciesLink
• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Novo aplicativo para fazer buscas na rede speciesLink

Visando facilitar a realização de buscas de nomes científicos na rede speciesLink, a equipe do CRIA desenvolveu o aplicativo spSearch, voltado para o navegador Firefox.

A rede speciesLink é uma iniciativa pioneira criada no Brasil que integra informações primárias sobre a biodiversidade, tornando-as disponíveis de forma livre e aberta na internet. Atualmente estão disponíveis mais de 6 milhões de registros de espécimes, providos por mais de 300 coleções biológicas. Para facilitar a realização de buscas de nomes científicos na rede speciesLink, a equipe do CRIA desenvolveu o spSearch, um aplicativo específico para navegadores Mozilla Firefox que permite que as buscas sejam feitas diretamente no navegador sem que seja necessário visitar previamente a página da rede.

Como funciona
Para incorporar o spSearch ao seu navegador é necessário fazer a instalação do aplicativo. Após instalado, o mecanismo de busca será exibido na barra de pesquisa localizada no canto superior direito da janela do Firefox, junto aos demais plugins de busca já instalados (veja figura abaixo). Para utilizar o mecanismo de busca, clique no ícone na barra de pesquisa e faça a seleção da rede speciesLink.

Após instalado, o aplicativo fica disponível na barra de pesquisa. 

Para realizar qualquer busca, basta digitar o nome cientifico (gênero ou espécie) de interesse no espaço fornecido e pressionar enter. O spSearch irá encaminhar a busca para a rede speciesLink e os resultados encontrados serão exibidos normalmente.

Exemplo de busca realizada com a ajuda do spSearch.

Instalação do spSearch
A ferramenta está disponível para uso em ambientes Windows, Mac OS e Linux.

Windows
Antes de instalar é recomendado que o Firefox seja encerrado. Baixe o spSearch de acordo com a versão do sistema operacional, execute o arquivo baixado e siga as instruções do assistente de instalação. Para saber qual é a versão do seu sistema operacional clique com o botão direito do mouse em "Meu Computador" e em seguida "Propriedades".

• spSearch Firefox plugin (Windows 32 bits) - [Download] 
• spSearch Firefox plugin (Windows 64 bits) - [Download] 

Mac OS e Linux
Faça o download do arquivo XML e copie-o para o diretório "searchplugins" do Firefox. É importante atentar-se que o caminho para o diretório searchplugin pode variar de acordo com a versão do Sistema Operacional.

• spSearch Firefox plugin (Mac OS e Linux) - [XML] (Clique com o botão direito do mouse e escolha "Salvar link como...")

Saiba mais!

• spSearch firefox plugin
• rede speciesLink