Herbário VIC se integra ao INCT-Herbário Virtual

Representando um dos maiores acervos de plantas do estado de Minas Gerais, o Herbário VIC da Universidade Federal de Viçosa (UFV) passou a disponibilizar parte do seu acervo na rede speciesLink. Estão disponíveis de forma aberta e livre cerca de 17.500 registros, compostos principalmente por angiospermas provenientes de diferentes ecossistemas e biomas do Brasil.

Prédio do Herbário VIC, na Universidade Federal de Viçosa (UFV).

O Herbário VIC foi fundado em 1930 por Ynes Mexia. Ele está sob a responsabilidade do Departamento de Biologia Vegetal da Universidade Federal de Viçosa (UFV). É um herbário regional, com 54.000 espécimes e 42 exemplares-tipo, sendo o terceiro acervo do Estado de Minas Gerais. Botânicos ilustres depositaram parte de suas coleções no acervo do VIC, como: Agnes Chase, Howard S. Irwin e J. G. Kuhlmann. Seu acervo é constituído por algas, fungos e plantas, principalmente, Angiospermas provenientes de diversos ecossistemas do estado de Minas Gerais: caatinga, campo rupestre, cerrado, florestas semideciduais e ombrófilas incluídas no domínio da Floresta Atlântica, bem como, de outras regiões do Brasil.

Exsicata do acervo do herbário VIC.

A comissão curadora é formada pelas professoras Rita Maria de Carvalho Okano e Flávia Cristina Pinto Garcia ( responsável pela informatização) e pelo professor Pedro Bond Schwartsburd. A informatização do Herbário VIC utilizando o Brahms teve início em 2010 com o projeto "Estruturação e Informatização de Coleções Biológicas da Universidade Federal de Viçosa", apoiado no Edital BIOTA Minas, FAPEMIG CRA-APQ-03537-09, sob coordenação de Flávia Garcia.

Fernanda Lobão (técnica do herbário VIC) consultando o acervo de fungos.

No momento estão disponíveis 17.480 (~32%) registros online, em sua maior parte de plantas com destaque para a família Fabaceae. O acervo cobre uma extensa área do território nacional com coletas em todas as regiões do Brasil, mas com maior densidade na região sudeste.

 

Saiba mais!

• VIC - Herbário da Universidade Federal de Viçosa 
• Acervo do herbário VIC disponível no INCT-Herbário Virtual / rede speciesLink

Herbário ICN integra imagens de 400 espécimes-tipo à rede INCT-Herbário Virtual

Durante visita realizada pela equipe do INCT-HVFF para discutir a qualidade dos dados integrados ao Herbário Virtual, foi realizada a associação de imagens aos registros textuais de cerca de 400 espécimes-tipo do herbário ICN. Em breve mais imagens serão disponibilizadas.

Integrantes do herbário ICN acompanhando a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual.

O Herbário ICN, da UFRGS, é uma das principais referências no Rio Grande do Sul em pesquisa para docentes, pesquisadores e alunos em diferentes áreas do conhecimento. É o maior acervo do estado, com cerca de 160.000 exemplares, abrangendo Angiospermas, Gimnospermas, Monilófitas, Briófitas, Algas, Fungos e Líquens, incluindo 440 espécimes-tipo de plantas, em sua grande maioria da flora do RS. Desde 2011 disponibiliza seus dados online na rede speciesLink de forma livre e aberta. Atualmente cerca de 90.000 (~56%) espécimes estão informatizados e disponíveis para consulta online, incluindo imagens de cerca de 400 espécimes-tipo.

O herbário ICN possui uma excelente infraestrutura para abrigar as coleções de plantas e fungos, além de uma equipe técnica permanente formada por vários biólogos que atuam na curadoria. Durante a visita foram realizadas atividades direcionadas à melhoria da qualidade dos dados diponibilizados utilizando ferramentas desenvolvidas pelo CRIA, como o relatório de data Cleaning, ferramentas geográficas e novidades na interface de busca do speciesLink. A equipe do herbário tem trabalhado ativamente na resolução da maior parte dos problemas do banco de dados da coleção, reduzindo erros de grafias de nomes de autores, nomes científicos, informações gerenciais e dados geográficos, mas até a visita não haviam imagens associadas.

Densidade de registros do herbário ICN disponibilizados na rede INCT-Herbário Virtual.

O herbário ICN já dispõe de um sistema preparado para digitalizar as exsicatas, contando com uma câmera digital e flashes montados em uma estrutura fixa que permite a obtenção de imagens rapidamente em ótima qualidade, o que contribui para agilizar a obtenção das imagens. O procedimento de envio das imagens foi discutido com a equipe técnica e cerca de 400 imagens dos espécimes-tipo foram integradas à rede, permitindo a consulta das informações de forma aberta e livre por qualquer pessoa interessada.

O equipamento usado para obtenção das exsicatas é simples, econômico e funcional.

Um ponto que merece destaque é a organização física das exsicatas na coleção, que está baseada sistema APG III, o mais recente utilizado na classificação de plantas. Isso exigiu bastante trabalho para organizar as dezenas de milhares de exsicatas nos armários, mobilizando a equipe técnica para completar a tarefa no menor tempo possível. Entretanto, depois disso as exsicatas ficaram fáceis de serem localizadas de acordo com a família e o gênero. No sistema APG III a tarefa de completar informações de ordem e filo, por exemplo, é facilitada. A inclusão de dados nesses campos melhora a qualidade das informações disponíveis e aumenta a eficácia das buscas na rede (veja mais detalhes aqui). A coleção atualmente utiliza o software Access para gerenciar seus dados, mas pretende começar a utilizar o software BRAHMS. Para isso, um treinamento de pelo menos uma semana está sendo planejado.

Saiba mais!

• Herbário ICN, UFRGS
• Acervo ICN disponível na rede INCT-Herbário Virtual
• Acervo ICN (somente com imagens)

Texto e imagens

• Ricardo Braga-Neto e Flávia Pezzini

Novas funcionalidades do sistema Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil

O sistema Lacunas (lacunas.inct.florabrasil.net) foi atualizado. Além da informação sobre o status dos dados de determinada espécie, gênero, família ou outro grupo taxonômico, agora também é possível avaliar a evolução qualitativa do Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, uma vez que os relatórios anteriores também estão disponíveis online.

FIGURA 1. SCREENSHOT DO WEBSITE DO SISTEMA LACUNAS DE CONHECIMENTO DA FLORA E DOS FUNGOS DO BRASIL. A SETA VERMELHA APONTA O MENU ONDE SE PODE ESCOLHER DIFERENTES VERSÕES DO RELATÓRIO.

O sistema Lacunas foi desenvolvido integrando dados e informações da rede speciesLink, da Lista de Espécies da Flora do Brasil (ed. 2012), da Instrução Normativa MMA no. 06 e da Lista de Espécies Ameaçadas de Extinção da Fundação Biodiversitas e produzindo relatórios sobre o status da informação disponível online (Fig. 2).

FIGURA 2. DIAGRAMA ILUSTRANDO COMO O RELATÓRIO LACUNAS É GERADO.

Os dados de ocorrência de plantas da rede speciesLink, a Lista da Biodiversitas e os Anexos I e II da Instrução Normativa MMA no. 06 são filtrados pela Lista de espécies da flora do Brasil, edição 2012, isto é, apenas registros com nomes de espécies presentes na Lista são considerados na preparação do relatório (mais detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html).

Assim, por um lado tem-se uma rede de herbários altamente dinâmica que apresenta uma média de duas atualizações por mês por provedor e por outro lado tem-se o sistema Lacunas que demanda tempo de processamento, o que inviabiliza que seja disponibilizado de forma dinâmica, em tempo real. Como um dos objetivos do sistema é facilitar a identificação de lacunas de dados online e dessa forma contribuir para a definição de estratégias de pesquisa e fomento, foi definido um intervalo de seis meses para a produção de novas versões do relatório. Assim, quando se faz uma busca no sistema Lacunas, o resultado obtido traz os registros que estavam disponíveis na rede speciesLink na data em que o relatório foi gerado (mais detalhes em Canhos et al. 2013).

O primeiro relatório data de setembro de 2012, utilizando a versão dinâmica da Lista de Espécies da Flora do Brasil. A partir de janeiro de 2013 os relatórios foram gerados utilizando a Lista de Espécies da Flora do Brasil edição 2012 como base, que apresenta 4.222 espécies de Algas, 31.900 Angiospermas, 1.531 Briófitas, 4.557 Fungos, 26 Gimnospermas e 1.212 Pteridófitas, totalizando 43.448 nomes aceitos de espécies.

Comparando os resultados do relatório Lacunas de janeiro de 2013 com o de julho de 2014, utilizando como filtros a seleção de nomes aceitos e seus sinônimos, a comparação fonética dos nomes e a inclusão de registros com ou sem coordenadas geográficas (ou seja, os critérios que procuram recuperar o maior número possível de registros), tem-se que mais de 1.600 espécies, anteriormente sem nenhum registro, passaram a ter dados online. Em termos percentuais o número de espécies sem registros caiu de 19% (8.176 de um total de 43.448) para 15%.

Analisando os dados considerando registros com coordenadas geográficas consistentes e distintas, incluindo sinônimos e realizando a comparação fonética dos nomes, tem-se que mais de 2.500 espécies, antes sem nenhum registro com coordenadas consistentes, passaram a ter pelo menos um ponto de ocorrência online, com coordenadas consistentes. Em termos percentuais o número de espécies sem registros com coordenadas geográficas consistentes caiu de 26% (11.188) para 20% (8.684). Além disso, o número de espécies com mais de 20 pontos com coordenadas consistentes e distintas, para as quais bons modelos de nicho ecológico podem ser gerados, aumentou em 5%. Trata-se, portanto, de uma avaliação qualitativa dos avanços na disponibilização de dados de herbários online.

Referências
Canhos, D. A. L., Sousa-Baena, M. S., Souza, S., Garcia, L. C., De Giovanni, R., Maia, L. C., & Bonacelli, M. B. M. (2014). Lacunas: a web interface to identify plant knowledge gaps to support informed decision-making. Biodiversity and conservation 23(1): 109-131.

Interface de busca e dicas de uso da rede speciesLink

O INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos preparou uma série de vídeos para auxiliar os usuários a explorar melhor os sistemas de informação. O primeiro vídeo traça um panorama sobre a rede speciesLink, explorando a interface de busca e fornecendo dicas de uso. Veja a seguir.

Saiba mais!

• Rede speciesLink
• Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA)

IEF (MG) cadastra coleções para o Sistema de Informações Biológicas

Até o dia 10 de julho de 2014, está aberto o cadastro de coleções biológicas do estado de Minas Gerais. Essas coleções farão parte do Sistema Integrado de Informações sobre Biodiversidade do Estado de Minas Gerais, fruto de uma parceria entre o Instituto Estadual de Florestas - IEF (MG) e o CRIA.  

Confira mais informações do site do IEF (http://www.ief.mg.gov.br/biodiversidade/sistema-de-informacoes-biologicas):

"O Instituto Estadual de Florestas, através da Diretoria de Pesquisa e Proteção à Biodiversidade, observando a necessidade de investir esforços na integração, sistematização e gestão das informações dispersas em coleções biológicas, artigos científicos, processos de licenciamento entre outros, firmou com o Centro de Referência em Informação Ambiental – CRIA contrato para customização e integração de banco de dados de coleções biológicas visando a implementação do Sistema Integrado de Informação sobre Biodiversidade do Estado de Minas Gerais. Este projeto é parte integrante do Programa Estruturador de “Qualidade Ambiental” do Governo de Minas Gerais e tem como objetivo geral a elaboração de um sistema que permita integrar a informação biológica gerada a partir dos diversos levantamentos conduzidos no Estado.

Considerando a relevância das informações inseridas nos acervos das coleções biológicas do Estado, serão selecionadas 30 coleções biológicas que fornecerão os dados que irão alimentar o referido Sistema de Informação que irá funcionar como base para a definição de políticas públicas que permitirão o uso sustentável e conservação dos recursos naturais em Minas Gerais.

Nesse cenário, convidamos a participarem do Processo Seletivo se cadastrando aqui até o dia 10 de julho de 2014.

Informamos que o cadastro também será utilizado no intuito de identificar as coleções (número de registros, grau de acervo informatizado) e curadores existentes no Estado.

Colocamo-nos à disposição para outros esclarecimentos através do email pesquisa.gprop@meioambiente.mg.gov.br."

Foto da chamada: F. Pezzini

INCT-HVFF promove a inclusão de imagens de fungos na rede speciesLink

Visando ampliar a qualidade das informações associadas aos registros textuais de fungos disponíveis na rede speciesLink, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está promovendo a inclusão de imagens macro e microscópicas de espécimes de fungos, ampliando a utilidade do sistema de informação para os micólogos.

Panorama geral

O sistema speciesLink é a base utilizada pelo INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) para integrar e tornar disponíveis dados primários sobre plantas e fungos no Brasil. Atualmente a rede INCT-HVFF possui mais de 4,7 milhões de registros online, dos quais mais de 90% são plantas. Embora os fungos tenham sido historicamente menos estudados, nas últimas décadas houve um aumento bastante significativo no interesse pela Micologia no Brasil, dada sua imensa importância para todos os ecossistemas terrestres. Jovens pesquisadores recentemente contratados por universidades públicas vem contribuindo para formar dezenas de novos alunos em muitos centros de pesquisa distribuídos pelo país e a produção de conhecimento, refletido pela qualidade e quantidade de artigos publicados, é muito expressiva.

Captura de tela do resultado de uma busca dos registros de fungos no herbário FLOR com imagens associadas.

Investimentos estratégicos em programas de pós-graduação, cursos de capacitação, infraestrutura das coleções e atividades de coleta em campo, aliados a oportunidades de bolsas de estudo no exterior, são etapas cruciais do desenvolvimento da Micologia no Brasil. Contudo, igualmente importantes são os investimentos na modernização e informatização das coleções, permitindo o desenvolvimento de sistemas que podem contribuir para acelerar a produção de conhecimento. A rede speciesLink reúne em um mesmo sistema informações básicas sobre os espécimes, com dados taxonômicos, geográficos e temporais, além de permitir a associação de imagens com cada espécime através do serviço Exsiccatae.

A inclusão de imagens de fungos é muito importante porque o processo de desidratação necessário para o acondicionamento nos herbários causa a perda de característicasmacroscópicas relevantes para o reconhecimento das espécies. Imagens que retratem a forma e coloração dos esporóforos são importantes, assim como detalhes de estruturas efêmeras e frágeis. Por outro lado, a maioria dos caracteres morfológicos que são determinantes para a identificação das espécies são estruturas celulares e as imagens microscópicas também são muito importantes  para a taxonomia dos fungos. Visando padronizar o processo de integração das imagens e orientar os micólogos interessados, o INCT-HVFF está desenvolvendo um procedimento para melhorar a gestão das imagens de fungos, descrito no guia abaixo.

Um aspecto importante da obtenção das imagens está relacionado à calibração e inclusão de escalas. Incluir uma régua na foto garante uma referência, mas é possível calibrar as imagens sem régua se algum objeto for conhecido ou mensurado.

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Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF

O guia visa orientar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a adotar um procedimento padronizado para enviar imagens de espécimes de fungos para a rede INCT-HVFF/speciesLink. As imagens compartilhadas pelos herbários são armazenadas em servidores localizados no CRIA e na RNP (Rede Nacional de Ensino e Pesquisa) e gerenciadas por sistemas especializados em servir imagens na rede em diferentes formatos e tamanhos. O guia cobre aspectos básicos relacionados à qualidade e obtenção das imagens, calibração e inclusão de escalas, além da preparação e procedimentos de envio dos metadados para a equipe do CRIA, responsável pela gestão das imagens. 

A resolução tem um impacto direto na qualidade da imagem. Quanto maior a resolução, maior a densidade de pixels e de informação que a imagem contém. O tamanho do pixel variou nas diferentes resoluções para manter a mesma dimensão entre as imagens.

É importante ressaltar que as imagens devem ser exclusivamente dos espécimes depositados nos herbários. Além das fotos, podem ser enviadas também ilustrações científicas baseadas nos espécimes. O acesso às imagens pode ser feito pelo formulário de busca da rede, pela interface administrativa do sistema Exsiccatae ou por meio de serviços web para uso pelas coleções. Além de permitir algumas operações básicas com as imagens, como medir uma distância, aproximar ou salvar a imagem, o sistema speciesLink permite ainda que as imagens de diferentes espécimes sejam comparadas diretamente a partir de resultados de buscas!

Captura de tela da interface de buscas do speciesLink usando o menu imagens para comparar diferentes espécimes de fungos micorrízicos arbusculares do herbário URM.

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Primeiras imagens disponíveis

As primeiras imagens incluídas na rede foram contribuições do herbário URM (Recife), que integrou aos registros textuais imagens de fungos endomicorrízicos do filo Glomeromycota e de fungos decompositores de madeira do filo Basidiomycota. O próximo a participar foi o herbário FLOR (Florianópolis) e os alunos do Micolab da UFSC, que enviaram imagens macro e microscópicas e nos ajudaram a discutir todo o processo, incluindo o sistema de tags usado para classificar as imagens. Em seguida, pesquisadores associados ao herbário INPA (Manaus) integraram imagens de fungos decompositores de serrapilheira e fungos gasteróides do filo Basidiomycota. Durante o segundo semestre de 2014 uma equipe do INCT-HVFF e do CRIA visitará as principais coleções de fungos no Brasil para divulgar a iniciativa e oferecer suporte para a integração das imagens aos dados dos espécimes de fungos que ocorrem no país. Ainda que o sistema esteja em fase experimental, a revolução que isso representará para a taxonomia e estudo dos fungos dependerá exclusivamente da participação ativa da comunidade científica. Participe!

Alunos do Micolab em Florianópolis na bancada mostrando o dia-a-dia no laboratório.

Saiba mais!

• Nota técnica: Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF
• Calibração e inclusão de escalas em imagens

Novos caminhos para a revista Check List

A revista Check List publica listas de espécies, mapas de distribuição geográfica e notas sobre a distribuição de táxons visando fornecer subsídios para preservar remanescentes naturais e espécies. Após mais de 5 anos de contribuição do CRIA, a revista passará agora para a plataforma Biotaxa.org. 

Por Henrique C. Costa e Diogo B. Provete

O conhecimento sobre a distribuição geográfica dos organismos é fundamental para que ações efetivas de conservação sejam desenvolvidas. Considerando que o planeta vem passando por uma crise decorrente das ações humanas sobre os ambientes naturais, acarretando a perda de habitat e a consequente extinção de espécies, os inventários sobre biodiversidade se tornam cada vez mais urgentes e relevantes.

Apesar da importância de inventários de biodiversidade, a divulgação desses dados em periódicos científicos é bastante limitada. Muitas revistas resistem contra sua publicação por considerá-los “simples demais”, exceto quando atrelados a estudos ecológicos ou biogeográficos aprofundados. Em consequência, diversos estudos resultantes de projetos de pesquisa em campo ou em coleções, e também de licenciamentos ambientais permaneciam restritos a relatórios técnicos desconhecidos pela comunidade acadêmica. Isso favorece a continuação de lacunas amostrais e do inadequado conhecimento biogeográfico da biodiversidade, denominado “déficit Wallaceano”.

Dentro deste contexto, a Check List: Journal of Species Lists and Distribution foi fundada em 2005, pelo Dr. Luís Felipe Toledo (hoje na UNICAMP), com o intuito de proporcionar um meio para a publicação de listas de espécies e notas de distribuição geográfica. Atualmente em seu 10º volume, sob chefia do MSc. Diogo Borges Provete (UFG), a Check List já publicou mais de 400 listas e 940 notas, abrangendo mais de 18 mil espécies dos mais variados táxons de todos os continentes. Sem dúvida, esses estudos ainda relegados por muitos, têm auxiliado no desenvolvimento científico ao redor do globo. Os dados publicados na Check List são constantemente citados em artigos de taxonomia, conservação, biogeografia, dentre outros, o que demonstra sua relevância, a despeito da opinião de alguns membros da academia.

Índice SJR vs. citações por artigo por ano.

Desde a fundação do periódico, foi fechada uma parceria com o CRIA, garantindo todo o suporte técnico necessário para a adequada manutenção da Check List. Esse frutífero relacionamento permitiu que a Check List crescesse a cada edição. Por exemplo, o número do submissões saltou de 76 em 2006 para 361 em 2011 e em 2012 recebemos 428 manuscritos, o maior número de submissões na história do periódico. Ao longo desses 10 anos, a média de submissões ficou em 235 por ano. Esse grande volume de submissões fez com que aumentássemos o nosso corpo editorial, novas especialidades foram criadas, junto com o aumento do número de editores assistentes, que são encarregados de pré-processar as submissões antes de serem enviadas para o editor de área.

Até este ano, a submissão e todo o gerenciamento do processo de revisão de centenas de manuscritos vinha sendo realizado pelo corpo editorial da Check List por meio de mensagens de e-mail trocadas entre editores, autores e revisores. No entanto, com o próprio crescimento do periódico em termos não só de número de submissões e artigos publicados (desde 2011 publicamos 6 edições por ano), mas de visibilidade internacional ficou evidente que este sistema era insustentável a curto prazo. Portanto, havia a necessidade de mudarmos para um sistema de submissão, gerenciamento, e publicação online, como o Open Journal Systems (OJS) de forma a garantir a agilidade e organização da revisão e das submissões. Além disso, outras funcionalidades, tais como arquivamento de meta-dados, sistema DOI tornaram-se necessárias para que o periódico continuasse a se desenvolver e ampliasse o seu reconhecimento perante a comunidade acadêmica.

Todo o corpo editorial e revisores trabalham de forma voluntária. E devido à limitações de pessoal, infelizmente essa importante transição na história da Check List culminará com o hiato da bem sucedida parceria com o CRIA. No entanto, cabe a nós, da Check List, reforçar o nosso agradecimento a toda equipe do CRIA, que ao longo de mais de 5 anos garantiu a manutenção da página do periódico na internet, além de ajudar em vários aspectos administrativos. Se hoje a Check List se destaca internacionalmente pela publicação de inventários de biodiversidade, foi graças à parceria mantida com o CRIA durante esses anos.

Saiba mais!

• Check List: Journal of Species Lists and Distribution
• Arquivo dos artigos publicados na Check List

Entrevista com Gustavo Hassemer (UFSC)

Mestre em Biologia Vegetal pela Universidade Federal de Santa Catarina, Gustavo Hassemer tem interesse em sistemática, conservação e biogeografia do gênero Plantago (Plantaginaceae) no Brasil. Boa parte do planejamento e execução de sua dissertação foi baseada no uso da rede speciesLink e do sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil. Confira a entrevista abaixo.

Topo do Morro da Igreja, com vista para a Pedra Furada, em Urubici, SC.

Qual a importância da disponibilidade livre e aberta dos dados na rede speciesLink?
A disponibilidade online de dados sobre as coletas existentes nos herbários facilita muito o trabalho dos botânicos, tanto na sistemática quanto em questões biogeográficas e de conservação. A principal vantagem é poder ter uma noção de antemão das coletas disponíveis nos diferentes herbários. Isso facilita muito o planejamento das ações na pesquisa, inclusive o planejamento das revisões de herbários.

Que ferramentas e aplicativos foram importantes para o seu trabalho?
Muito importante para a minha revisão biogeográfica de Plantago foi o acesso ao banco de dados de herbários disponibilizados pelo speciesLink, para obter informações sobre as coletas de interesse e também o sistema Biogeografia da Flora do Brasil.

Plantago turficola ocorrendo em turfeiras no topo do Morro da Igreja.

Lembrando que a rede speciesLink foi lançada em outubro de 2002, mas que apenas em junho de 2003 é que 3 herbários compartilharam pouco mais de 34 mil registros online, o desenvolvimento da sua dissertação seria possível nessa época?
Muito provavelmente o desenvolvimento do capítulo da minha dissertação referente aos modelos de distribuição ficaria bastante dificultado, ou mesmo impossibilitado.

No sistema BioGeo existem espécies com mais de um modelo supervisionado por você. Percebe-se o aumento do número de pontos aceitos para modelagem e a publicação de modelos com distribuição mais restrita. Houve um aumento na quantidade e qualidade dos dados durante a elaboração do estudo? A que você credita esse ganho de qualidade e de um maior número de registros disponíveis?
Sim. Aos esforços de coleta que eu e meus colegas da Botânica da UFSC fizemos para ampliar o número de coletas georreferenciadas de Plantago e também às revisões de coleções de herbários que executei, corrigindo a identificação de muitas coletas.

O desenvolvimento da dissertação trouxe algum feedback aos herbários participantes da rede speciesLink? Que tipo de feedback e quais herbários?
Sim. Principalmente no quesito da identificação e organização das coletas, e dos dados correspondentes disponibilizados pelo speciesLink, nos herbários que revisei as coleções (FLOR, ICN, MBM, UPCB).

À esquerda, coleta de Plantago turficola no topo do Morro da Igreja e à direita coleta deEryngium raulinii nos paredões rochosos na Serra do Corvo Branco, entre Urubici e Grão Pará, SC.

Algum modelo de nicho ecológico da espécie foi testado no campo?
Não, porque o tempo e recursos disponíveis no meu projeto de mestrado não permitiriam tais testes.

Novos pontos de ocorrência das espécies foram obtidos?
Sim, em virtude dos esforços de coleta.

Você procurou alguma ferramenta ou dado e não achou na rede speciesLink?
Percebi que as coleções de vários herbários estão bastante incompletas no speciesLink. Acredito que isso será corrigido no futuro, conforme os herbários aumentem a disponibilização online das coleções.

Campos de altitude nos Aparados da Serra Geral, em São José dos Ausentes, RS.

Você tem alguma sugestão para melhoria das funcionalidades da rede speciesLink?
Seria muito interessante o desenvolvimento de um sistema de dados que abrangesse a América do Sul, integrando os esforços botânicos e biogeográficos dos países da região. Contudo, sei que tal ideia não seria de fácil execução.

Você incluiu ou incluirá imagens das plantas vivas e/ou exsicatas na rede?
Tenho interesse em fazer isso num futuro breve, durante meu doutorado.

Você teve problemas com a falta de coordenadas geográficas de muitos espécimes?
Sim, isso limita bastante a utilização dessas coletas nos estudos.

Os espécimes sem coordenadas eram coletas antigas ou recentes?
As coletas antigas em geral não têm coordenadas, mas percebi que a maioria das coletas recentes também não têm.

Saiba mais!

• Estudos biogeográficos das plantas vasculares exclusivas de Santa Catarina, e das espécies de Plantago L. (Plantaginaceae) nativas no Brasil
• Hassemer, G. ; Baumann, M.C. ; TREVISAN, R. . Plantago rahniana (Plantaginaceae): A Narrow Endemic, New Species from Southern Brazil. Systematic Botany, 2014
• Modelos de Plantago no sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil
• Espécimes de Plantago revisados na rede speciesLink

Rede speciesLink supera 6,5 milhões de registros online

O sistema que integra dados de centenas de provedores de dentro e fora do Brasil é a maior referência nacional sobre informações primárias sobre a biodiversidade. Sua força está essencialmente na competência e atuação de cada componente da rede.

Número total de registros online (verde), de registros georreferenciados com dados originais (azul) e de provedores de dados (vermelho) ao longo do tempo. 

O Brasil é um dos países com maior diversidade biológica no mundo, mas a maioria das informações científicas que está em museus, herbários e coleções microbiológicas se encontrava dispersa e fragmentada, limitando a compreensão sobre a biodiversidade no país. A rede speciesLink foi idealizada e implementada pelo CRIA há mais de 10 anos para suprir essa carência e promover a geração de conhecimento. Desde então vem contribuindo para a integração de dados de diferentes provedores, oferecendo aplicativos e ferramentas que auxiliam os provedores na melhoria da qualidade dos dados. Em meados de abril, a rede superou o marco histórico de 6,5 milhões de registros disponíveis online, com acesso livre e aberto. "O desafio do trabalho em rede, a única forma possível de se trabalhar com as coleções biológicas distribuídas por todo o território nacional, é marcante, mas representa a base do sucesso da iniciativa", enfatiza Dora Canhos, diretora do CRIA. Assim, é extremamente importante reconhecer a força de cada elemento que compõe a rede, sejam provedores de dados, equipes de TI, comitês de coordenação, agências de fomento ou usuários.

Mapa com a localização dos provedores de dados no Brasil que compõe a rede speciesLink, destacando Brasília onde está o Internet Data Center (IDC) da Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP). É lá onde estão todos os equipamentos e servidores  que hospedam dados, informações, imagens, mapas, sistemas, ferramentas e serviços web de interesse e de acesso público.

Atualmente, existem 335 provedores de dados - 324 coleções e subcoleções biológicas e 11 coleções de dados de observação. Mais de 70% de dados são de herbários, o que reflete o apoio dado nos últimos 5 anos pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), por meio do CNPq, ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Quanto aos 30% restantes, cerca de 25% são de animais, 0,2% de microrganismos 0,1% de fósseis e 4,7% de coleções abrangentes, como OBIS-Br e SinBiota. Mais de 93% dos registros têm material testemunho associado e mais que 240 mil registros têm imagens associadas. Destacamos o trabalho da RNP, garantindo a conectividade necessária tanto para prover dados como também para usar essa infraestrutura aberta de dados e ferramentas de interesse público.

O sucesso da rede é também refletido pelo seu uso. Em 2013, por meio da interface de busca foram recuperados cerca de 387 milhões de registros, o que representa mais de 60 vezes o tamanho total do acervo disponível no ano passado. Em 2014, apenas entre janeiro e meados de abril, foram recuperados cerca de 169 milhões de registros pelos usuários. Por recuperados entende-se registros que foram visualizados um a um, plotados em mapas, utilizados em gráficos ou baixados (download). É importante ressaltar que esses números não incluem os registros servidos via serviços web (máquina - máquina).

A interface de busca da rede speciesLink permite grande flexibilidade nas buscas.

Desafios e incentivos
Ao mesmo tempo que se comemora esse novo marco, é importante ressaltar que ainda existe um longo caminho a percorrer. O número de registros online hoje representa somente 27% dos acervos das coleções participantes da rede, com um número estimado de mais de 24 milhões de registros. Trata-se de um desafio não só para as coleções que precisam digitar, disponibilizar e atestar a qualidade de seus acervos, mas para as equipes de TI que precisam trabalhar com uma quantidade cada vez maior de informações, com diferentes tipos de dados (textuais, imagens, sons, etc.), além de desenvolver novos aplicativos atendendo às demandas tanto dos provedores como dos usuários. Contudo, alguns depoimentos indicam que estamos no caminho certo e que a estratégia de integração dos provedores em escala nacional está sendo proveitosa e efetiva.

"É uma honra para o HERBAM participar dessa rede de disponibilização de dados sobre a biodiversidade brasileira. Realmente, neste aspecto foi primordial o apoio do INCT Herbário Virtual e também do Reflora que contribuiu com bolsistas, cursos de aperfeiçoamento, equipamentos, permitindo que um herbário situado no extremo norte do estado de Mato Grosso passe a ser conhecido e reconhecido mundialmente, bem como, permitindo apresentar ao mundo as espécies que fazem parte da flora de nosso estado" afirma a curadora, Célia Soares Lopes. 

Outro depoimento vem de Teresa Fernandes Silva do Nascimento, curadora no Instituto Oswaldo Cruz/Fiocruz-RJ. "A equipe da Coleção de Culicídeos da Fiocruz também se sente honrada por fazer parte dessa rede. Sabemos que muito trabalho ainda precisa ser realizado, entretanto já visualizamos os resultados e progresso desse sistema". 

Se você está envolvido de alguma forma com a rede e tem algum comentário a fazer, não deixe de contribuir comentando este post!

Saiba mais!

• Como participar da rede speciesLink?
• Dados e ferramentas
• Formulário de busca
• Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP)

Coleção de Fungos do Instituto de Botânica de SP incorpora dados à rede INCT-Herbário Virtual

Considerada uma das maiores coleções de fungos do Brasil, o herbário SP possui um longo histórico de pesquisa em Micologia neotropical. Desde abril de 2014, dados sobre cerca de 24.500 espécimes podem ser consultados pelo sistema speciesLink.

Alguns pesquisadores e alunos de pós-graduação associados ao Núcleo de Pesquisas em Micologia do IBt-SP.

A Coleção de Fungos do Herbário Maria Eneyda Pacheco Kauffmann Fidalgo (SP-Fungi) possui cerca de 35.000 exemplares de fungos e 400 espécimes-tipo, a maioria pertencente ao grupo dos basidiomicetos e fungos liquenizados. O herbário abriga a segunda maior coleção de fungos macroscópicos do Brasil, mas até pouco tempo ainda não estava integrada à rede INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF). A partir do começo de abril, cerca de 24.500 registros de espécimes foram integrados à rede, o que representa 70% do acervo. "A integração de dados de herbários que possuem espécimes de fungos é importante para ampliar o acesso às informações existentes sobre a diversidade micológica no Brasil, um passo essencial para avaliar o estado de conhecimento nessa área e, sobretudo, para fomentar a geração de políticas públicas que estimulem a conservação dos fungos no estado", ressalta a Dra. Adriana de Mello Gugliotta, curadora do herbário de fungos.

Acervo total e histórico da inclusão do número de registros online do herbário SP-Fungi.

A Micologia no Instituto de Botânica de São Paulo
Pesquisas em Micologia são desenvolvidas no Instituto de Botânica de São Paulo (IBt-SP) desde a metade do século XX, tendo início com a criação da Seção de Criptógamos em 1956 e a contratação do Dr. Alcides Ribeiro Teixeira, que convidou o Dr. Oswaldo Fidalgo e a Dra. Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo para desenvolver pesquisas em basidiomicetos a partir do início dos anos 60. Logo em seguida foram contratados os doutores João Salvador Furtado, que deu mais impulso ao estudo dos basidiomicetos, e Adauto Ivo Milanez, que iniciou pesquisas em fungos aquáticos. Nos anos seguintes foram contratadas mais duas doutoras, Vera Bononi, que prosseguiu com estudos sobre basidiomicetos, e Sandra Trufem, que se especializou no grupo dos zigomicetos e mais tarde em micorrizas. Em 1969, os fungos passaram a ser tratados de forma diferenciada das plantas e foi criada a Seção de Micologia e Liquenologia (SML), que chegou a contar com oito pesquisadores científicos em 1988 e onze em 1996, trabalhando com diferentes grupos de fungos.

Dra. Adriana de Mello Gugliotta, atual curadora da coleção de fungos, mostrando alguns espécimes de fungos macroscópicos.

Em 2009 houve uma reorganização estrutural e a SML passou a ser chamada de Núcleo de Pesquisa em Micologia (NPM). Atualmente conta com nove pesquisadores qualificados a orientar alunos de mestrado, doutorado e pós-doutorado, tanto do Programa de Pós-Graduação do Instituto de Botânica quanto de outras instituições de ensino superior no Brasil, o que representa um diferencial para agregar mais alunos e aumentar a produção científica. O NPM abriga e é responsável pelo Herbário de Fungos (SP-Fungi), parte do Herbário Científico Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo (SP). Além das 35.000 exsicatas de fungos, o NPM preserva parte da Coleção de Culturas de Algas, Cianobactérias e Fungos (CCIBt), constituída por cerca de 1.500 espécimes de fungos terrestres e aquáticos, que estão disponíveis para fins didáticos e científicos. A Dra. Adriana de Mello Gugliotta, especialista em fungos poliporóides, é a curadora do herbário SP-Fungi desde março de 2013, mas desde janeiro de 2006 já vem atuando na coleção ao lado do Dr. Michel Navarro Benatti, especialista em liquens. A produção acadêmica está aumentando com a participação de alunos de pós-graduação, dada a existência de pesquisadores experientes que podem orientar e a excelente infraestrutura para análises microscópicas e moleculares.

Dr. Michel Navarro Benatti, pesquisador do IBt-SP especialista em liquens.

Integração com o Herbário Virtual
A integração da coleção de fungos de SP foi efetivada durante uma visita da equipe do INCT-HVFF em parceria com o CRIA, que é responsável pela criação e manutenção da rede speciesLink, uma iniciativa pioneira que forma a base do sistema de informação adotado pelo INCT-Herbário Virtual. O sistema disponibiliza os dados providos pelas coleções, integrando tudo em uma plataforma de acesso livre e aberto, permitindo que os dados sejam trabalhados de várias formas de acordo com o interesse do usuário. Mapas, listas e gráficos podem ser obtidos facilmente com base nas buscas realizadas, ampliando ainda mais sua utilidade para a comunidade acadêmica e tomadores de decisão. A rede conta com ferramentas que auxiliam os curadores e pesquisadores a prezar pela qualidade dos dados, contribuindo para reduzir problemas nomenclaturais, geográficos e gerenciais da coleção.

Proporção de registros online (70,2%, verde), registros online georreferenciados (2,3% verde escuro) e registros offline (29,8% vermelho) do herbário SP-Fungi na rede speciesLink.

Embora ainda exista muito trabalho a ser feito para melhorar a qualidade dos dados disponíveis e incorporar os dados remanescentes da coleção (cerca de 30%), a integração em rede nacional deve contribuir para ampliar o interesse nos espécimes de fungos depositados no herbário SP, a melhorar a qualidade dos dados e a ampliar a geração de conhecimento desse grupo tão importante e pouco conhecido. O número de espécimes depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi por ano de coleta variou consideravelmente desde sua origem, mas quando se considera como unidade temporal um período maior, como uma década, é possível observar que houve uma atividade relativamente regular no volume de espécimes depositados a partir dos anos 50, com uma leve tendência à diminuição nos últimos anos. Em parte essa queda reflete uma mudança no critério de inclusão de espécimes visando incorporar ao acervo apenas espécimes identificados. Entretanto, uma grande parte dos dados dos alunos que estão terminando suas teses e dissertações ainda não foi depositada, então é esperado que esses valores aumentem em um futuro próximo devido às coletas mais recentes.

Número de espécimes de fungos depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi por ano de coleta.

Os espécimes de fungos depositados e disponibilizados online pelo herbário SP-Fungi foram coletados principalmente no Brasil (cerca de 75% do acervo), mas existem espécimes coletados em mais de 200 países. A distribuição geográfica das coletas está concentrada principalmente na região Sudeste, seguida das regiões Sul e Norte. Os estados com maior representatividade de coletas são: São Paulo (64,7%), Rio Grande do Sul (8%), Minas Gerais (6,8%) e Rio de Janeiro (4,6%), mas existem coletas espalhadas por todo o país.

Mapa com a distribuição das coordenadas geográficas dos espécimes de fungos de SP-Fungi presentes na rede speciesLink. Em azul, coordenadas georreferenciadas pelo município; em vermelho, coordenadas originais informadas pela coleção.

Contudo, alguns pontos relacionados ao georreferenciamento merecem atenção especial por parte da curadoria. Cerca de 10.000 registros não possuem informações sobre o município ou coordenada geográfica e apenas 818 (2,3%) registros foram georreferenciados na coleta e registrados pela coleção, o que representa uma proporção extremamente baixa de espécimes com coordenadas geográficas originais. Dentre os registros disponibilizados, 13.748 (56%) possuíam informações textuais sobre o município e foram georreferenciados a posteriori automaticamente com base no centróide do município. Entretanto, esse é um tipo de coordenada que apresenta grandes chances de ter baixa acurácia, pois o centróide do município provavelmente está localizado a uma distância considerável do ponto real da coleta.

Proporção do número de registros de fungos do herbário SP-Fungi por estado.

Perspectivas futuras
A coleção de fungos SP-Fungi abriga um acervo importantíssimo com concentração de coletas no bioma Mata Atlântica, cujos remanescentes não chegam a somar 10% da área original de cobertura. A existência de um programa de pós-graduação favorece a atração de alunos de mestrado, doutorado e pós-doutorado responsáveis pelo aumento na produtividade acadêmica e pela inclusão de novos espécimes no herbário. Contudo, para aumentar a utilidade desses dados é preciso prezar pela inclusão de informações completas sobre os espécimes, inclusive as geográficas, um passo fundamental para orientar políticas públicas que levarão à conservação dos fungos na região. O sistema speciesLink está sendo aprimorado para ampliar a utilidade para a comunidade acadêmica e em breve a integração de imagens dos espécimes de fungos estará disponível, o que representa um estímulo a mais para acelerar a geração de conhecimento sobre as espécies de fungos que ocorrem no Brasil.

Saiba mais!

• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos 
• Herbário SP-Fungi (página da rede speciesLink)
• Núcleo de Pesquisa em Micologia (IBt-SP)
• Acervo do herbário SP-Fungi na rede speciesLink

Créditos
Texto e fotos - Ricardo Braga-Neto