23 de mar. de 2015

INCT REFLORA – NOVOS DADOS REPATRIADOS

Graças à visita da pesquisadora Tiina Särkinen do Jardim Botânico de Edimburgo ao CRIA e ao apoio do CNPq ao INCT-Reflora, foram concluídos os trabalhos de repatriamento dos dados de espécimes coletados no Brasil e depositados e mantidos nos herbários do Royal Botanic Garden Edinburgh (RBGE) e do Natural History Museum (NHM) de Londres.


 O RBGE possui cerca de 3 milhões de exemplares representando dois terços da flora do mundo. Apesar do Jardim ter sido fundado em 1670, o herbário foi criado no século 19. Além de várias coletas de Gardner e Spruce no início do século 20, destaque deve ser dado ao acervo do Cerrado, coletado pelo pesquisador James (Jimmy) Ratter. Ao todo, o acervo brasileiro do RBGE integrado ao INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos possui mais de 2 mil registros de tipos.


A coleção botânica do Museu de História Natural de Londres possui cerca de 6 milhões de espécimes sendo que, até o momento, somente cerca de 8% foram digitalizados. Aproximadamente 88% dos dados repatriados com informações sobre o ano de coleta são anteriores a 1970. O acervo online do Brasil possui cerca de 7 mil registros de tipos.

Juntos, esses acervos disponibilizam em torno de 24 mil registros com destaque para as famílias Fabaceae, Solanaceae, Orchidaceae, Melastomataceae e Rubiaceae e coletas realizadas nos estados do Rio de Janeiro, Minas Gerais, Bahia, Amazonas e São Paulo.

Também foram integrados ao Herbário Virtual da Flora e dos Fungos os dados do Solanaceae Source, um banco de dados desenvolvido por um projeto colaborativo do Planetary Biodiversity Inventory (PBI), envolvendo várias instituições e pesquisadores. As fontes de dados trazem descrições, imagens e registros de espécies de Solanaceae.

Juntos, esses três conjuntos de dados possuem 9.854 registros de tipos, 530 registros de espécies ameaçadas e 6.560 espécies aceitas distintas. São dados de amostras coletadas entre 1768 e 2014 (Figura 1), incluindo amostras obtidas por Glaziou, Blanchet, Burchell, Martius, Gardner e muitos outros.

Figura 1. Ano de coleta dos dados botânicos repatriados

O Natural History Museum de Londres também se mostrou disposto a compartilhar dados de espécimes coletados no Brasil dos acervos das divisões de entomologia (polinizadores), paleontologia e zoologia. Apesar desses acervos não fazerem parte dos objetivos do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, os dados foram repatriados e integrados à rede speciesLink por tratar-se de uma importante oportunidade para o país e para o futuro programa Refauna do CNPq.

Foram repatriados cerca de 22 mil registros, sendo 3.487 registros de tipos, 217 de espécies ameaçadas de extinção e 2.566 espécies aceitas distintas. Os registros referem-se a amostras coletadas entre 1768 e 2012.

9 de fev. de 2015

Balanço 2014: speciesLink fecha o ano com média de 1,4 milhão de registros utilizados por dia

Texto: Dora Canhos, Mariane Sousa-Baena, Eduardo Baena

A rede speciesLink fecha o ano de 2014 compartilhando 7.144.483 registros textuais e mais de 900 mil imagens provenientes de 371 conjuntos de dados (Fig. 1). Mais de 94% dos registros têm material testemunho associado, depositados em coleções biológicas do país e do exterior, estas responsáveis por cerca de 10% dos dados online.



Figura 1. Localização dos provedores nacionais de dados da rede speciesLink. Veja a relação em   http://www.splink.org.br/showNetwork 

Mais de 5 milhões são registros de coleções botânicas, que estão evoluindo graças ao apoio do CNPq ao desenvolvimento do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF), coordenado pela Dra. Leonor Costa Maia da Universidade Federal de Pernambuco.

Em 2014 a base textual da rede speciesLink aumentou 14%, com a inclusão de 870 mil novos registros. Mais de 600 mil novas imagens de plantas foram compartilhadas em 2014, representando um aumento de 236%. O acréscimo de conteúdo e o aprimoramento das ferramentas provavelmente são responsáveis pelo aumento de 163% no acesso à interface de busca.

A nova interface de busca, desenvolvida no escopo do INCT-HVFF, lançada em outubro de 2012 possui uma série de comandos que permitem ao usuário visualizar as imagens e dados textuais, comparar e medir imagens (Fig. 2), produzir gráficos e mapas dinamicamente, e baixar os dados (download). Em 2014, uma média diária de 1,4 milhão de registros foram utilizados, o que representa um crescimento anual de 32% em relação a 2013.


Figura 2. Imagens de material vivo de Asteraceae vistas em mosaico.

Outro indicador importante é a procedência dos usuários. De acordo com o Google Analytics, mais de 95% dos acessos à rede speciesLink são procedentes do Brasil. A tabela a seguir mostra os estados que mais acessam o sistema e que mais contribuem com dados.

Estado
Acesso ao sistema
Contribuição de dados
(%)
Colocação
(%)
Colocação
São Paulo
22,1%
1
22,1%
1
Rio de Janeiro
11,3%
2
9,8%
3
Minas Gerais
10,8%
3
6%
6
Bahia
7,1%
4
7,2%
4
Paraná
6,9%
5
10%
2
Rio Grande do Sul
5,9%
6
6,9%
5
Pernambuco
5,5%
7
3,9%
10
Santa Catarina
4,5%
8
1,95%
11
Distrito Federal
4,3%
9
4,86%
9
Espírito Santo
3,5%
10
4,9%
8
.......
......
......
5,4%
7
Amazonas
1,4%
16

Os seis estados que mais contribuem com dados são também aqueles que mais acessam a rede speciesLink. O estado de Santa Catarina está em 11º lugar na contribuição de dados e 8º em acesso enquanto o estado do Amazonas está em 7º lugar na contribuição dos dados e 16º em acesso.
A maioria dos acessos ao sistema é feito a partir das cidades do Rio de Janeiro, São Paulo, Belo Horizonte, Recife, Campinas, Brasília, Curitiba, Porto Alegre, Salvador e Vitória (Fig. 3).


Figura 3. Uso da rede speciesLink no Brasil. Os círculos representam as sessões únicas abertas por cidade no speciesLink em 2014. Uma sessão é o período no qual o usuário está utilizando ativamente a rede. Quanto maior e mais escuro o círculo, maior o uso da rede na região. Fonte: Google Analytics.

A rede integra dados dos acervos de 123 instituições nacionais e 11 Universidades/Instituições de Pesquisa do Exterior. As coleções biológicas participantes são mantidas por 88 universidades do país, 31 institutos de pesquisa e fundações, além de uma Secretaria Estadual do Meio Ambiente e 3 empresas privadas.

Várias coleções universitárias estão associadas a programas de pós-graduação, o que amplia o uso do sistema, indicando uma possível correlação entre o compartilhamento e o uso dos dados.

Destaque também deve ser dado à evolução dos sistemas Lacunas e BioGeo desenvolvidos, no escopo do projeto INCT-HVFF. Ao longo de 2014, foram produzidos três relatórios nos meses de janeiro, junho e outubro apresentando as lacunas de dados do Herbário Virtual. A partir de outubro, além das lacunas taxonômicas, o sistema passou a incluir as lacunas geográficas, (http://blog.cria.org.br/2014/11/lacunas-2014.html) integrando os modelos de distribuição geográfica para mais de três mil espécies, desenvolvidos no sistema BioGeo.

30 de jan. de 2015

Entrou oficialmente em operação, no dia 26 de Janeiro, a Rede Comunitária de Educação e Pesquisa de Campinas.

Texto: Luiz Henrique Pires Barione

Também conhecida como Rede Metropolitana de Campinas, ou Redecomep, é uma iniciativa do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI) e do Ministério da Educação (MEC), coordenada pela RNP, com o apoio da Agência Brasileira de Inovação Finep (Financiadora de Estudos e Projetos) e tem como objetivo a implementação de redes de alta velocidade nas regiões metropolitanas do país servidas pelos Pontos de Presença da RNP.




Fonte: REDECOMEP Campinas (Janeiro 2015)

Para a viabilização de um projeto grandioso e complexo tecnicamente como esse, além do investimento na compra de equipamentos e da instalação de aproximadamente 80 km de rede óptica em anel conectando as 14 instituições participantes, vale destacar a importância das parcerias firmadas com a Prefeitura e a Companhia Paulista de Força e Luz (CPFL). Igualmente importantes foram os esforços na articulação com as demais instituições, por parte da RNP, que idealizou e coordenou todo o trabalho de implementação e da Universidade de Campinas, que participou ativamente das diversas reuniões realizadas e atualmente é a instituição responsável por toda a administração da rede metropolitana.

A RNP explicou que a nova rede faz parte da segunda fase do programa Redecomep, onde o foco é a capilaridade da rede Ipê, o backbone da RNP, com a criação de redes de alta velocidade para colaboração entre instituições de pesquisa em cidades do interior do país. Representa uma oportunidade para contribuir com a democratização do acesso à informação e para a ampliação das áreas de excelência na produção e difusão de conhecimento. Também facilita o desenvolvimento de pesquisas científicas, a integração entre universidades e unidades de pesquisa e a troca de informações inserindo o país no cenário mundial de experimentação de redes ópticas de alto desempenho, oferecendo condições de igualdade aos pesquisadores brasileiros em projetos colaborativos internacionais.

Como o modelo adotado baseia-se na implantação de uma infraestrutura de fibras ópticas própria e na formação de consórcios entre as instituições participantes, espera-se que a rede, fruto da aplicação de recursos públicos para apoio ao desenvolvimento do sistema nacional de ciência, tecnologia e inovação possa crescer e se auto sustentar por pelo menos 20 anos.

O lançamento oficial aconteceu em cerimônia que foi realizada no último dia 26 de Janeiro, às 14h, no Auditório do Conselho Universitário da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), localizado no prédio da reitoria, na Cidade Universitária Zeferino Vaz, em Barão Geraldo, Campinas.

Estiveram presentes o coordenador-geral da Unicamp, Alvaro Penteado Crósta, e pró-reitores; autoridades do Exército Brasileiro e do Poder Executivo Municipal, e diretores da RNP e de instituições, órgãos e institutos que compõem a rede tais como a Pontifícia Universidade Católica Campinas (PUCC), o Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM), o Centro de Tecnologia da Informação Renato Archer (CTI), o Centro de Pesquisa e Desenvolvimento em Telecomunicações (CPqD), a Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA), a Embrapa Monitoramento por satélite (CNPM), o Instituto Agronômico de Campinas (IAC), o Instituto de Tecnologia de Alimentos (ITAL), a  Coordenadoria de Assistência Técnica Integral (CATI), o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), a Escola Preparatória de Cadetes do Exército (EsPECx), a empresa Informática de Municípios Associados S/A (IMA),  além da própria RNP e da Unicamp

Trata-se de mais um importante passo para o CRIA estreitar as parcerias com as instituições de ensino e pesquisa e com a prefeitura de Campinas no campo da conservação da biodiversidade e do desenvolvimento sustentável da nossa cidade e região. Estreitamos também a parceria com a RNP, importante organização social do país que hoje é responsável pela hospedagem dos equipamentos e servidores com os sistemas de interesse público desenvolvidos e mantidos pelo CRIA.

13 de jan. de 2015

Workflows científicos automatizados

Texto: Renato De Giovanni

No final de 2014 foram apresentados os resultados do projeto BioVeL em evento realizado no Instituto Oceanográfico de Paris. Financiado pela comunidade europeia, o projeto BioVeL (laboratório virtual para pesquisa em biodiversidade) dedicou-se a criar uma infraestrutura computacional voltada à criação, execução e compartilhamento de workflows científicos automatizados. Um workflow é um conjunto de tarefas que devem ser executadas em determinada sequência para atingir um objetivo (figura 1). Workflows fazem parte da rotina de pesquisadores, que no entanto costumam realizá-los de maneira fragmentada utilizando diversas ferramentas que nem sempre conversam entre si, muitas vezes tornando o procedimento difícil de ser reproduzido e documentado.

Figura 1: Exemplo de workflow.
Ao longo dos últimos anos várias ferramentas computacionais foram desenvolvidas para facilitar a criação e execução de workflows automatizados, entre elas o gerenciador de workflows Taverna, utilizado pelo projeto BioVeL. O Taverna normalmente é usado em sua versão workbench que é instalada no computador do próprio usuário e dispõe de uma interface gráfica onde os workflows podem ser criados e em seguida executados. Workflows criados com o Taverna também podem ser executados em outros ambientes, como o portal do BioVeL.

Uma particularidade do projeto BioVeL foi utilizar serviços Web como principal recurso na construção de workflows. Ou seja, a maioria das tarefas dentro de cada workflow criado pelo projeto BioVeL na verdade executa o procedimento remotamente. Os serviços Web criados ou melhorados durante o projeto relacionam-se com as áreas de pesquisa em biodiversidade contempladas pelo projeto: taxonomia, modelagem de nicho ecológico, modelagem de ecossistemas, metagenômica, filogenia e modelagem de populações.

A atuação do CRIA no projeto teve como principal foco a área de modelagem de nicho ecológico. Com sua experiência, o CRIA participou ativamente na construção de workflows e aprimorou o serviço Web de modelagem de nicho ecológico que já vinha sendo usado por outros grupos e iniciativas, tais como o portal do GBIF, os usuários do openModeller Desktop e o Sistema de Biogeografia da Flora e dos Fungos do Brasil. Todos os workflows desenvolvidos no projeto encontram-se publicamente acessíveis na plataforma MyExperiment, bem como os respectivos serviços que estão todos registrados no BiodiversityCatalogue onde podem inclusive ser monitorados.

Veja abaixo um vídeo de apresentação do projeto.
 

19 de dez. de 2014

Herbário CGMS abriga importante coleção da flora do Mato Grosso do Sul

A equipe do INCT-Herbário Virtual visitou o Herbário Fundação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (CGMS) visando contribuir para a integração, aprimoramento da qualidade e disseminação de seus dados.


Equipe do CGMS presente nos dias da visita. A pesquisadora Dra. Letícia Couto Garcia (segunda à direita), que já foi pesquisadora pós-doc no CRIA, também estava presente.

O Herbário CGMS da Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, campus Campo Grande detém uma coleção com cerca de 45.000 espécimes, além de 10.000 em processo de incorporação devido a doação de duplicatas provenientes do Herbário HMS, extinto e distribuído recentemente.

Cadernos de campo de Vali Pott e Arnildo Pott desde a época das coletas pela Embrapa Gado de Corte que estão armazenados no CGMS e continuam sendo utilizados. Grande parte do acervo do herbário HMS, quando desfeito, foi doado ao CGMS.

A coleção do CGMS, a maior do Mato Grosso do Sul, é heterogênea com espécimes oriundos de diferentes regiões do estado. Deste modo, o Herbário CGMS conta com espécimes do Pantanal, Chaco, Cerrado, Florestas Estacionais da planície e das morrarias. Na coleção estão incorporados predominantemente espécimes de Angiospermas, além de alguns exemplares de Pteridófitas, Briófitas e Líquens.

Localização dos registros disponíveis online para o Herbário CGMS. O herbário possui coletas de regiões únicas no Brasil, como o Chaco. No destaque, mapa com registros do MS.

O herbário disponibiliza seus dados online da rede speciesLink desde julho de 2011, apresentando atualmente mais de 80% do acervo informatizado, sendo 58% desses registros georreferenciados. 

Durante a primeira semana de dezembro, a equipe do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos e do CRIA visitou o herbário CGMS visando contribuir para o aprimoramento da qualidade dos dados disponibilizados pela rede speciesLink, fornecendo suporte e treinamento nas ferramentas disponíveis. O principal tema abordado foi a revisão das coordenadas geográficas disponíveis. Erros nos símbolos de graus, minutos e segundos podem não ser interpretados pelo sistema levando a disponibilização de uma coordenada equivocada. Corrigir os erros antigos é importante, mas a mensagem principal é o treinamento da nova geração de botânicos e ecólogos em geral sobre a importância de fornecimento de dados precisos, especialmente coordenadas geográficas consistentes.

Histórico de envio de dados à rede speciesLink (total em verde e georeferenciados em azul). No destaque, as 20 famílias com maior número de registros e os principais coletores do CGMS.

A importância da integração dos dados do herbário CGMS na rede INCT-Herbário Virtual é enorme, pois amplia o acesso às informações depositadas no herbário, fornecendo dados essenciais para o desenvolvimento de pesquisas científicas e para a conservação da biodiversidade. Esse dados podem ser utilizados no futuro para responder uma variada gama de perguntas e durante o treinamento os participantes tem a oportunidade de ver como os dados disponibilizados por cada herbário tem uma grande importância em todo o banco. Como por exemplo as abordagens apresentadas pela Dra. Letícia Couto Garcia, atualmente pesquisadora visitante da UFMS e antiga pesquisadora pós-doc do CRIA. A Dra. Letícia apresentou análises quantificando diferenças no entendimento do governo e da comunidade científica sobre a disponibilidade de dados para a atribuição de categorias de ameaça das espécies de plantas, no qual conclui-se que pelo menos 40% das espécies listadas como deficientes de dados possuem informação de qualidade relacionadas à sua distribuição disponível; e sobre o uso de dados primários para identificar lacunas de conhecimento da flora brasileira incorporando tanto informações geográficas quanto ambientais, que mostram o Mato Grosso do Sul com uma importante lacuna.

A pesquisadora Dra. Letícia Couto Garcia para o treinamento realizou uma análise atual focada no Mato Grosso do Sul, mostrando importantes lacunas de conhecimento da flora baseado em dados geográficos e ambientais (mapa superior à esquerda). Cores frias indicam distâncias menores de áreas geograficamente distantes e ambientalmente distintas daquelas de sítios bem conhecidos e cores quentes distâncias maiores indicam sítios menos conhecidos floristicamente e distintos ambientalmente. A sobreposição do mapa com o mapa de uso da vegetação remanescente permite diferenciar áreas com cobertura natural (escuras) de áreas com forte alteração (transparentes)  [crédito da imagem: L.C. Garcia]



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30 de nov. de 2014

Lacunas 2.0: integrando informações para expor lacunas no conhecimento

Nova versão do sistema Lacunas 2.0 exibe lacunas geográficas no conhecimento da flora e da micota no Brasil e integra modelos de distribuição potencial das espécies disponíveis no sistema BioGeo.

Texto - Dora Ann Lange Canhos, Mariane S. Sousa-Baena


Página inicial do sistema Lacunas.


O sistema Lacunas, lançado em junho de 2012, foi desenvolvido com o objetivo de identificar grupos prioritários para coletas, digitação e/ou georreferenciamento dos dados. O desenvolvimento da nova versão, Lacunas 2.0, teve por motivação exibir com maior clareza as lacunas geográficas e integrar os modelos de distribuição potencial das espécies, preparados por especialistas e disponíveis no sistema BioGeo (http://BioGeo.inct.florabrasil.net).

O sistema Lacunas 2.0 tem como fontes de dados:

  • Herbário Virtual da Flora e dos Fungos/rede speciesLink 
  • Lista de Espécies da Flora do Brasil (Lista do Brasil), edição 2014 
  • Instrução Normativa MMA nº 06 de 23 de setembro de 2008 
  • Revisão da Lista da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, Fundação Biodiversitas, 2005 
  • Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (acesso dinâmico) 


Diagrama da versão 2.0 do sistema Lacunas.

Os relatórios continuam sendo produzidos de maneira dinâmica, dependendo dos filtros selecionados pelo usuário (detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html) . Além dos itens apresentados no relatório Lacunas 1.0, para os grandes grupos, famílias e gêneros, agora é também apresentada uma tabela comparando a distribuição geográfica por estado de acordo com informações da Lista de Espécies da Flora do Brasil, com os dados textuais da rede speciesLink.

No relatório por grandes grupos ou família é apresentada uma tabela sumarizando quantas espécies são mencionadas como ocorrendo num determinado estado pela Lista do Brasil (2014), mas que não têm nenhum registro de ocorrência para aquele estado na rede speciesLink. Na figura acima podemos observar que 14 espécies de Euphorbiaceae (listadas a esquerda) ocorrem no Maranhão de acordo com a Lista do Brasil, mas não têm registros de coleta no speciesLink como apontado na tabela do lado direito.

Para cada espécie, o sistema checa se existe algum modelo do seu nicho ecológico disponível no BioGeo e integra essa informação ao relatório online. A página oferece links dinâmicos aos serviços da Lista de Espécies da Flora do Brasil, à rede speciesLink e ao BioGeo. O acesso dinâmico à rede speciesLink permite avaliar o status atual dos dados online.

O Lacunas 2.0 traz uma tabela comparando a informações sobre a ocorrência de espécies da Lista do Brasil e da rede speciesLink. As células em amarelo indicam que segundo a Lista da Flora a espécie nao ocorre naquele estado (nesse caso Bahia), mas existem registros de coleta no speciesLink em tal estado. Além disso, os mapas são clicáveis, e direcionam o usuário paro o respectivo sistema de onde a informação é proveniente. 

O acesso à pagina do BioGeo permite com que o usuário veja quantos pontos e quais algoritmos foram utilizados na modelagem, sendo possível analisar cada ponto de ocorrência em relação aos dados textuais fornecidos pela coleção, bem como em relação à precisão de suas coordenadas geográficas. Além disso é possível visualizar o modelo com os pontos utilizados em sua geração plotados sobre ele, e também nesse mesmo mapa ter informações sobre a procedência dos pontos.

Acessando o sistema BioGeo o usuário tem informações detalhadas sobre os modelos disponíveis no Lacunas 2.0, incluindo número de pontos utilizados na modelagem, precisão das coordenadas de tais pontos além de ferramentas de visualização do modelo.

O sistema está disponível online de acesso livre e aberto para todos os usuários interessados. Estão também disponíveis online os relatórios anteriores, desde setembro de 2012.


Coleção de fungos do Herbário PACA é integrada ao INCT-Herbário Virtual

O herbário PACA abriga a maior parte das coletas de fungos feitas pelo Padre Rick, pioneiro da micologia no Brasil. Mais de 11.000 registros já estão disponíveis online, com cerca de 300 imagens dos espécimes-tipo. Uma breve contextualização da contribuição do Padre Rick para a micologia no país, o processo de integração e as atividades desenvolvidas durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA são relatados a seguir.

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O Herbário PACA abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Depois da visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA em setembro passado, deu-se início à integração do acervo do herbário à rede speciesLink, começando pela coleção de fungos. O processo de informatização foi iniciado com a digitalização do caderno de tombo em um banco de dados no programa Access e agora a coleção já se encontra disponível online com acesso aberto e livre a mais de 11.000 espécimes de fungos, incluindo imagens sobre cerca de 300 tipos. A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos, sendo considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil.

Padre João Evangelista Rick (1869-1946)

Pioneiro da micologia no Brasil, o Padre Rick iniciou os estudos sobre fungos em 1896 ainda em sua terra natal, a Áustria. Sua vinda para o Brasil foi motivada antes de tudo pelo interesse na pesquisa com fungos e, depois de estudar português durante cerca de um ano em Portugal, aportou em solo brasileiro em 1903 com um microscópio e alguma literatura, incluindo obras de Saccardo, Fries, Rehm, Bresadola, Cooke e Müller. Dentre outras atividades, tornou-se professor de história natural em São Leopoldo (RS) e gerou um legado inestimável para o desenvolvimento da micologia na América do Sul. Segundo uma compilação feita por ele próprio, registrou 2.160 espécies e variedades de fungos pertencentes a 225 gêneros e 25 famílias, das quais 23 gêneros, 633 espécies e 145 variedades foram descritas como novas para a ciência. Em cerca de meio século de pesquisas, publicou 71 trabalhos, somando 1.226 páginas e mais de 47 pranchas.

Exsicatas de fungos com coletas do Pe. Rick depositadas no PACA.
Exsicatas de fungos depositadas no PACA.
 

Em contato com os melhores especialistas da época, com destaque para Bresadola e Lloyd, Rick fortaleceu sua formação micológica com base em parcerias internacionais. Durante muitos anos, enviou espécimes para a Europa e os Estados Unidos, de modo que muitos exemplares importantes estão depositados em Washington, Berlim, Estocolmo, Paris e Londres. Entretanto, a partir de 1929 começou a conservar as coletas de fungos no Brasil e, durante cerca de 20 anos de atividade, acumulou aproximadamente 13.000 espécimes que hoje compõem a coleção Fungi Rickiani, integrada em sua maior parte ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.
Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Um gigante de quase 2 metros de altura, o Pe. Rick era ao mesmo tempo admirado e incompreendido. Silencioso, passava dias coletando fungos nas florestas por onde andava, nas imediações dos colégios e casas paroquiais de colonização alemã. Rick costumava dizer que o mato era seu herbário e, segundo o Pe. Rambo que fora seu discípulo, a organização não era exatamente seu ponto forte. "Costumava deixar sempre à disposição dele algumas mesas compridas, o mais distante possível da minha própria mesa de trabalho, mas já no primeiro dia suas mesas estavam ocupadas com fungos e livros. No segundo dia começava a invasão da minha mesa. Não havendo mais lugar nela, o processo continuava contente e feliz pelo assoalho, até não sobrar nenhuma nesga desocupada", relatou Rambo. Foi ele próprio que, dois anos antes do falecimento de Rick, passou 6 meses organizando a coleção de fungos, catalogando os registros e acomodando os espécimes em envelopes de papel padronizados e guardados em armários à prova de insetos. Rick faleceu com 77 anos no Colégio Santo Inácio em Salvador do Sul em 1946, deixando um legado que abriu caminho para o desenvolvimento da Micologia no Brasil.

Padre João Evangelista Rick. Retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.

Informatização e integração ao Herbário Virtual

Poucos anos antes de nos deixar, o Pe. Rick concluiu que "o que realizamos em benefício da pesquisa dos fungos no Brasil, somente o distante futuro irá reconhecer, no momento em que o povo brasileiro tiver mais consciência do dever que tem para com a cultura. Quero que minha coleção esteja disponível para qualquer um que pretenda trabalhar com seriedade". A contribuição do Pe. Balduíno Rambo foi imprescindível para a organização da coleção de Rick, mas desde então um extenso trabalho de curadoria foi necessário para manter, organizar, informatizar e disponibilizar o acervo. Destaque deve ser dado à atual curadora, Dra. Maria Salete Marchioretto, que desde 1993 vem coordenando essas atividades no herbário PACA. Os dados estavam estruturados em um banco de dados no programa Access e a integração com a rede speciesLink foi realizada com suporte da equipe do CRIA. Dentre os 11.300 espécimes de fungos, cerca de 8.200 (>70%) são referentes a coletas feitas pelo próprio Pe. Rick. Diversos outros pesquisadores contribuíram também para a formação do acervo, como o Pe. Camille Torrend. As coletas foram realizadas principalmente na região Sul do país, estando repleta de espécimes-tipo. As coletas dos espécimes apresentam um pico de atividades na primeira metade do século XX e nos últimos 10 anos grande parte desses materiais foi reexaminada por pesquisadores que revisaram as identificações.

Atividades desenvolvidas durante a visita

Durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA foi realizada uma palestra sobre sistemas de informação aplicados ao estudo da biodiversidade no Brasil e um minicurso sobre integração de dados e ferramentas no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A nova bolsista do herbário PACA, Pâmela Corrêa, participou das atividades e vem ajudando a cuidar do acervo. A experiência com a coleção de fungos serviu de base para a integração do herbário PACA ao INCT-Herbário Virtual e em breve a coleção de angiospermas do Pe. Balduíno Rambo e de pteridófitas e briófitas do Pe. Aloysio Sehnem serão incorporadas à rede speciesLink.

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Dra. Maria Salete Marchioretto, Ricardo Braga-Neto e participantes do minicurso realizado na Unisinos em São Leopoldo.

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Saiba mais!

5 de nov. de 2014

Herbários M e MSB (Munique) integram dados de espécimes coletados no Brasil com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Os herbários da Botanische Staatssammlung München (M) e da Universidade de Munique (MSB) estão compartilhando 5.409 registros, sendo 1.546 typus e 4.508 com imagens de amostras coletadas no Brasil com o Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

A Botanische Staatssammlung München (M) em Munique (Fotos: www.botanischestaatssammlung.de).

Os herbários M e MSB são mantidos juntos e historicamente formam uma entidade. Abrigam cerca de 3,2 milhões de espécimes de plantas,  líquens e fungos coletados em todo o mundo, mas seu acervo é particularmente representativo para a flora da Baviera e dos Alpes, para as plantas vasculares do Brasil, Chile, Ásia Central e partes da África. M é responsável por praticamente todo o material brasileiro devido ao seu antigo diretor Carl Friedrich Philipp von Martius (17 Abril 1794 – 13 Dezembro 1868).

Em outubro de 2014, 5.409 registros textuais e imagens associadas de amostras coletadas no Brasil foram repatriadas e integradas ao INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A maior parte dessas amostras foi coletada no século 19 e início do século 20. O acervo inclui material coletado por Martius (3.767 amostras), Pohl (422), Spruce (250), Sellow (166), Luetzelburg (157), Riedl (114), Krukoff (49), Blanchet (34) e muitos outros.

Mais de 1.500 amostras referem-se a tipos, incluindo 361 holótipos, 292 isótipos e 327 síntipos.



Catálogo online dos holótipos do Brasil do herbário M no Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Acesse o acervo M do Brasil em http://www.splink.org.br/index?lang=pt&group=plantas&ts_collectioncode=M&action=search





Saiba mais! 

The herbaria M and MSB (Munich, Germany) integrate their data of specimens collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi

The herbaria of the Botanische Staatssammlung München (M) and the University of Munich (MSB) are sharing 5.409 records, 1.546 typus and 5.408 images of specimens collected in Brazil and under their care with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi.


The Botanische Staatssammlung München (M and MSB). Images from: www.botanischestaatssammlung.de

The herbaria M and MSB have long been intercalated and historically belong together. They hold about 3.2 million specimens of plants, lichens, and fungi from around the world, although their collections are particularly representative for the flora of Bavaria and the Alps, vascular plants of Brazil, Chile, Middle Asia and parts of Africa. Practically all material from Brazil is under the responsibility of M, because of its former director Carl Friedrich Philipp von Martius (17 April 1794 – 13 December 1868).

In October 2014, 5,409 textual records and associated images of specimens collected in Brazil were repatriated and became part of Brazil’s Virtual Herbarium of Flora and Fungi. Most samples were collected during the 19th and early 20th centuries and include material collected by Martius (3,767 samples), Pohl (422), Spruce (250), Sellow (166), Luetzelburg (157), Riedl (114), Krukoff (49), Blanchet (34), and many others.

Over 1,500 samples refer to types, including 361 holotypes, 292 isotypes, and 327 syntypes.


M’s online catalogue of holotypes from Brazil

Check out M’s collection of Brazilian plants at http://www.splink.org.br/index?lang=pt&group=plantas&ts_collectioncode=M&action=search







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