Alguns destaques da rede speciesLink em 2015

Texto: Dora Ann Lange Canhos

Apesar de 2015 ter sido um ano conturbado em todos os setores, inclusive e especialmente para a ciência e tecnologia,  a rede speciesLink teve importantes avanços relatados a seguir

Iniciamos o ano de 2015 com 7,1 milhões de registros on-line, compartilhados por 366 conjuntos de dados, a maioria de coleções biológicas do país e do exterior. Em outubro, a rede atingiu o marco de 7,8 milhões de registros e propôs à comunidade um esforço conjunto para fechar o ano com 8 milhões de registros. Infelizmente, ainda em outubro, o Instituto Jardim Botânico do Rio de Janeiro tomou a decisão de não mais participar da rede, o que nos surpreendeu principalmente por ter sido a única vez que uma coleção se desligou da rede. De qualquer forma, em 2015 foram integrados à rede 45 novos conjuntos de dados, sendo 24 do exterior. Juntas, essas novas coleções passaram a compartilhar 490 mil registros. Com a digitação de dados das coleções que já participavam da rede, cerca de 900 mil novos registros foram incluídos em 2015. Portanto, fechamos o ano com 7,4 milhões de registros textuais com mais de um milhão de imagens associadas. Trata-se de um resultado muito expressivo que mostra todo empenho das coleções biológicas do país e o interesse das coleções do exterior em desenvolver continuamente essa e-infraestrutura de interesse público.

Outro destaque é o fato da rede contar com a participação de pelo menos uma coleção biológica em cada estado da União (figura 1).

Figura 1. Distribuição geográfica dos provedores de dados da rede speciesLink

Além do compartilhamento de mais de 120 mil novas imagens de vouchers, em 2015 teve início a integração de imagens de material vivo. Foram incorporados ao acervo on-line dados e imagens de quatro fototecas, três de plantas e uma de abelhas que juntas compartilham mais de 4 mil registros de 1.550 espécies distintas com cerca de 13 mil imagens associadas. 

Figura 2. Imagens on-line da espécie Dimorphandra mollis Benth.

Outros destaques são:

• O compartilhamento de dados de herbários do INCT-Herbário Virtual com as redes GBIF (Global Biodiversity Information Facility) e SiBBr (Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira)
•  A parceria estabelecida com o projeto iDigBio, na qual o INCT-Herbário Virtual compartilha mais de três milhões de registros e as coleções da rede iDigBio compartilham 146 mil registros de espécimes coletados no Brasil.
• A integração dos dados dos acervos coletados no Brasil e mantidos no British Museum e no Jardim Botânico de Edimburgo.
• A integração do acervo de peixes da Academy of Natural Sciences da Filadélfia. Esse fato é importante, não só pelo compartilhamento dos cerca de 150 mil registros textuais e 128 imagens, mas pelo fato dessa ter sido a primeira coleção do exterior a espontaneamente solicitar participar da rede speciesLink.
• A integração de mais de 4 mil modelos de distribuição geográfica para 3.562 espécies de plantas e fungos publicadas pelo sistema BioGeo, desenvolvido no escopo do projeto INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, graças ao apoio do CNPq.

Também não podemos deixar de destacar o lançamento da Rede Comunitária de Educação e Pesquisa de Campinas (Redecomep) em janeiro de 2015, que provê uma rede de alta velocidade visando a democratização do acesso à informação e difusão do conhecimento. A colaboração com a RNP (Rede Nacional de Ensino e Pesquisa) certamente é um diferencial, sendo central para as ações do CRIA, tornando o acesso a seus sistemas muito mais rápido e seguro.

Quanto ao acesso e uso dos dados, fechamos o ano com a recuperação de 481 milhões de registros pelos usuários, o que representa mais de 1,3 milhão de registros recuperados por dia. Mais de três milhões de imagens foram recuperadas, o que representa cerca de 9 mil imagens por dia.

Cerca de 95% dos acessos são de usuários do Brasil, seguido pelos Estados Unidos, Reino Unido, Portugal, Argentina, Alemanha, China, Índia, França e Colômbia. 22% dos acessos do Brasil são do estado de São Paulo, seguido por Minas Gerais (11%), Rio de Janeiro (9%), Bahia (7%), Paraná (7%), Rio Grande do Sul (6%), Pernambuco (5%), Santa Catarina (4%), Brasília (4%)e Espírito Santo (3%).

As cidades com maior número de acessos são: São Paulo (10%), Rio de Janeiro (7%), Belo Horizonte (6%), Recife (4%), Brasília (4%), Curitiba (3%), Campinas (3%), Salvador (3%), Porto Alegre (3%) e Fortaleza (2%). Mas o mapa de distribuição de usuários mostra que a rede atinge todos os estados do país.

Figura 3. Mapa da origem dos acessos à rede speciesLink por cidades brasileiras (Fonte: Google Analytics, Jan a Dez 2015)

Por fim, é importante destacar em 2015, a publicação do artigo The importance of biodiversity e-infrastructures for megadiverse countries pela equipe do CRIA e colaboradores na PLOS Biology. O artigo ressalta os excelentes resultados dos investimentos do governo federal no programa de capacitação em taxonomia e no desenvolvimento do INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que resultou no crescimento da quantidade e qualidade de dados on-line por meio da rede speciesLink, e sua correlação com o avanço científico. Também coloca em pauta a ausência de estratégias e políticas que garantam a manutenção e o desenvolvimento contínuo das e-infraestruturas de interesse público. Trata-se de um problema local e global, que põem em risco uma gama de iniciativas de sucesso em várias disciplinas.

O artigo está disponível em: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002204

 
Gostaríamos de aproveitar a oportunidade para agradecer a todos os curadores e equipes das centenas de coleções biológicas que estão compartilhando seus dados públicos com a rede e aos dezenas de milhares de usuários que com o seu acesso demonstram a importância do trabalho das coleções biológicas e da equipe de informação/informática e que, com os seus feedbacks contribuem para melhorar a funcionalidade do sistema e a qualidade dos dados.

CRIA completa 15 anos de atividades

Há 15 anos, no dia 08 de dezembro de 2000, foi realizada a Assembleia de Constituição do Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA. A lista de presença da assembleia foi assinada por Carlos Alfredo Joly, Marcio de Miranda Santos, Pedro Paulo Martoni Branco, Rosana Filomena Vazoller, Rubens Naves, Vanderlei Perez Canhos, Dora Ann Lange Canhos, Sidnei de Souza, Érica Speglish, Paula F. Drummond de Castro, Benedito Aparecido Cruz, Charles Rehder Carvalho Moreira, Alexandre Marino, Luciano Laterza Lopes, Marinez Ferreira de Siqueira, Lúcia Helena Manzochi e Maria Cristina Damião Freitas que tornaram-se, assim, sócios fundadores da instituição.

Além da aprovação de seu Estatuto Social, a Assembleia Geral de Constituição elegeu o primeiro Conselho Deliberativo do CRIA, que foi composto por Carlos Alfredo Joly, Giselda Durigan, Marcio de Miranda Santos, Pedro Paulo Martoni Branco, Rosana Filomena Vazoller e Rubens Naves.

Ao longo desses 15 anos, algumas pessoas se afastaram, novos colaboradores chegaram e outras permanecem lutando pelos ideais iniciados naquela data. O objetivo estatutário de “disseminar o conhecimento científico e tecnológico e promover a educação, visando a conservação e utilização sustentável dos recursos naturais e a formação da cidadania”, porém, permanece sólido.

Resgatando a visão institucional do nosso primeiro plano estratégico:

“visualizamos o CRIA como um centro de apoio à sociedade, dentro da temática meio ambiente. Como insumo de ação, temos a organização e disseminação da informação científica e tecnológica de qualidade. Acreditamos que a compreensão e a internalização dos conceitos fundamentais sobre biodiversidade irão contribuir para uma considerável melhora na qualidade de vida da população e do seu ambiente. Internalizar estes princípios e conceitos implica ainda mudanças significativas nos valores e nos estilos de vida das sociedades atuais. Daí a importância da educação, da informação e da conscientização pública, que, aliadas a instrumentos econômicos, jurídicos e a políticas públicas adequadas, têm a missão de alterar comportamentos e promover mudanças substantivas de valores e atitudes.”

Nesses anos fizemos grandes avanços e obtivemos resultados expressivos. Iniciamos o CRIA com o desenvolvimento do Sistema de Informação Ambiental do Programa Biota/Fapesp, o SinBiota, e da revista Biota Neotropica. Em seu primeiro ano também tiveram início os trabalhos de desenvolvimento da rede SiCol – Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biológico, para o Ministério de Ciência e Tecnologia e foi desenvolvido um novo sistema para o Bioline International, uma plataforma para a publicação de revistas e artigos de acesso livre e aberto.

No final de 2001 o CRIA teve o seu primeiro projeto aprovado pela Fapesp cujo objetivo era desenvolver uma rede integrada para acesso aos dados de 12 coleções biológicas do Estado de São Paulo, a rede speciesLink. Importantes barreiras técnicas e culturais precisaram ser ultrapassadas, mas a rede hoje conta com a colaboração de mais de 400 coleções e subcoleções, do Brasil e do exterior que, juntos, compartilham cerca de 7,5 milhões de registros e mais de um milhão de imagens. Nos últimos anos, o grande salto foi dado na botânica com o apoio do CNPq ao Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que integra a rede speciesLink.

Outros importantes projetos também fazem parte dessa história, como a Flora brasiliensis online, a Lista de Espécies da Flora do Brasil, o Herbário Virtual A. de Saint Hilaire, o Herbário Virtual Auguste Glaziou, o openModeller, o Catálogo de Abelhas Moure, o OBIS no Brasil, entre outros projetos colaborativos que ajudaram a tornar a informação sobre a biodiversidade mais acessível à comunidade científica e público em geral.

Essas conquistas não são só do CRIA, mas de toda a comunidade científica, em especial os curadores e técnicos das coleções biológicas do país e do exterior que compartilham seus dados on-line, os taxonomistas que contribuem com o seu conhecimento na identificação das amostras biológicas e vários outros, inclusive os usuários que identificam erros e solicitam novas demandas dos sistemas.

O CRIA hoje significa esse conjunto complexo de provedores e usuários dos dados e ferramentas e de sua equipe de informática para biodiversidade.

Em seu 15º ano iniciamos uma nova etapa, buscando uma maior proximidade com a iniciativa privada e prefeituras, sem perder as parcerias estabelecidas com as instituições públicas de ensino e pesquisa e agências de fomento, fundamentais para o alcance dos nossos objetivos.

Sem dúvida temos grandes desafios pela frente, mas hoje temos também um currículo respeitável que nos permite continuar contribuindo para a melhora da qualidade de vida da população e do ambiente em que vivemos.

Parceria iDigBio e o INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

iDigBio (Integrated Digitized Biocollections) é o centro coordenador do esforço nacional americano de digitação de dados de coleções biológicas (ADBC Advancing Digitazation of Biodiversity Collections) financiado pela NSF (National Science Foundation) e atualmente compartilha cerca de 50 milhões de registros de espécimes.

O CRIA, graças ao desenvolvimento da rede speciesLink, componente informacional do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF), e graças ao apoio do CNPq, vem trocando experiências com a equipe do iDigBio desde 2013. Em maio de 2014 participou do simpósio "Collections for the 21st Century”, e recentemente em novembro de 2015 participou do 2015 iDigBio Summit.

Em abril o INCT-HVFF iniciou o processo para compartilhar os dados com o SiBBr e GBIF através da ferramenta IPT (Internet Publishing Toolkit) desenvolvida pelo GBIF. Essa integração às redes GBIF/SiBBr foi concluída em junho de 2015 e em setembro os dados também foram integrados ao portal do iDigBio, aumentando ainda mais a inserção internacional do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Durante o mês de novembro, a equipe do CRIA estudou a interface de programação de aplicação (API) do iDigBio e desenvolveu mecanismos para recuperar dados de amostras coletadas no Brasil de coleções selecionadas. Para iniciar esse processo focamos em dados de plantas, fungos e abelhas, por conta do INCT – HVFF, da rede de polinizadores e o projeto com a Associação Brasileira de Estudos das Abelhas.

O resultado foi a integração de 16 conjuntos de dados que, juntos, compartilham 146 mil registros de espécimes coletados no Brasil. .

Dados dos seguintes herbários foram integrados ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos: Arizona State University Lichen Herbarium (ASU-Lichen), Arizona State University Vascular Plant Herbarium (ASU-Plants), United States National Fungus Collections (BPI), CAS Botany (BOT) (CAS-BOT), Duke University Herbarium (DUKE), University of Florida Herbarium (FLAS) (FLAS), Robert K. Godfrey Herbarium (FSU), Farlow Herbarium, Harvard University (HU-FH), Bernard Lowy Mycological Herbarium (LSUM), University of Michigan Herbarium (MICH) e Wisconsin State Herbarium (WIS). São cerca de 32 mil registros de 4.676 espécies distintas. Ao todo são 1.728 registros de tipos e 147 registros de espécies em listas vermelhas.

Das coleções entomológicas, foram selecionadas aquelas com registros de coletas de abelhas no Brasil, mas foram integrados todos os dados de material coletado no Brasil. São elas: Collaborative databasing of North American bee collections within a global informatics network project (AMNH-Bee), INHS Insect Collection (INHS-Insects), Snow Entomological Museum Collection (KU-SEMC), C.A. Triplehorn Insect Collection (OSUC), Ohio State University (OSUC-Insects), Entomology Division, Yale Peabody Museum (YPM-ENT). São cerca de 115 mil registros de 1.598 espécies distintas. Ao todo são 4.987 registros de tipos e 25 registros de espécies em listas vermelhas.

Vale a pena conferir!

Partnership between iDigBio and INCT – Virtual Herbarium of Flora and Fungi

iDigBio - Integrated Digitized Biocollections is the National Resource for Advancing Digitization of Biodiversity Collections (ADBC) funded by the National Science Foundation, and openly shares approximately 50 million specimen records.

CRIA (Reference Center on Environmental Information) thanks to the development of its speciesLink network, informational component of one of the country’s National Institutes of Science and Technology the Virtual Herbarium of Flora and Fungi(INCT-HVFF, acronym in Portuguese), and thanks to the support of CNPq (National Council for Scientific and Technological Development), has been exchanging experiences with iDigBio since 2013. In May 2014, CRIA participated in the symposium “Collections for the 21st Century”, and recently in November participated in the 2015 iDigBio Summit.

In April 2015, INCT-HVFF began the process of sharing its data with SiBBr and GBIF through GBIF’s Internet Publishing Toolkit (IPT). This process was concluded in June, and in September all 112 record sets, over 3 million records, were also indexed by iDigBio, increasing INCT-HVFF’s international significance.

During the month of November, CRIA’s staff studied iDigBio’s API and developed mechanisms to retrieve data of specimens collected in Brazil from selected record sets. To initiate this process we focused on plants, fungi, and bees, because of INCT-HVFF and another network within speciesLink – “Polinators” and a project CRIA has with the Brazilian Association of Studies on Bees.

The result was the integration of 16 record sets, that together share 146 thousand records of specimens collected in Brazil.

Data from the following herbaria were integrated to the Virtual Herbarium: Arizona State University Lichen Herbarium (ASU-Lichen), Arizona State University Vascular Plant Herbarium (ASU-Plants), United States National Fungus Collections (BPI), CAS Botany (BOT) (CAS-BOT), Duke University Herbarium (DUKE), University of Florida Herbarium (FLAS) (FLAS), Robert K. Godfrey Herbarium (FSU), Farlow Herbarium, Harvard University (HU-FH), Bernard Lowy Mycological Herbarium (LSUM), University of Michigan Herbarium (MICH), and Wisconsin State Herbarium (WIS). There are about 32 thousand records of 4,676 distinct specimens. There are 1,728 records of types and 147 records of endangered species.

As to entomological collections, we selected those with samples of bees collected in Brazil, but integrated data from all material collected in Brazil. They are: Collaborative databasing of North American bee collections within a global informatics network project (AMNH-Bee), INHS Insect Collection (INHS-Insects), Snow Entomological Museum Collection (KU-SEMC), C.A. Triplehorn Insect Collection (OSUC), Ohio State University (OSUC-Insects), Entomology Division, and Yale Peabody Museum (YPM-ENT). There are about 115 thousand records of 1,598 distinct specimens. There are 4,987 records of types and 25 records of endangered species.

It is worth checking!

Além dos limites da Academia: a importância dos herbários virtuais para o amplo conhecimento da flora do Brasil

Texto: Maurício Mercadante

Há pouco mais de cinco anos decidi dedicar meu tempo livre à documentação fotográfica da flora do Cerrado, com o propósito de contribuir para o conhecimento e a conservação do bioma. Ao mesmo tempo, comecei a estudar a literatura botânica e montar uma biblioteca de referência, em papel e digital, para conhecer e identificar, com a ajuda dos especialistas, as espécies fotografadas. Não é uma tarefa fácil. Há uma grande carência de bons guias de plantas no Brasil, embora a situação tenha melhorado muito nos últimos anos.

Com o tempo venho aumentando o acervo de obras de referência, meu grau de conhecimento e minha habilidade para identificar as plantas. Dentre todos os recursos de apoio descobertos, aquele que teve maior impacto sobre minha capacidade de trabalho foi, indubitavelmente, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Minha curta vida de botânico amador ou autodidata pode ser dividida em antes e depois do speciesLink. Os herbários virtuais me franquearam o acesso a um enorme volume de informação que estaria, de outro modo, inacessível, e multiplicaram várias vezes minha capacidade para ler a literatura botânica e conhecer a flora do Cerrado e do Brasil. O primeiro impacto foi causado pelas imagens digitais, mas logo descobri que igualmente valiosas são as informações sobre localização e sobre as plantas coletadas que constam dos registros das amostras depositadas nos herbários.

A capacidade para conhecer aumenta muito também quando se pode dispor de boas fotografias das espécies. Minha limitada experiência sugere que há um grande volume de informação fotográfica acumulado pela comunidade botânica, que aumenta rapidamente graças às facilidades da fotografia digital (para constatar isso basta visitar as sessões de pôsteres dos Congressos de Botânica).  Boa parte dessa informação, todavia, não está disponível ou é de difícil acesso, o que dá quase no mesmo. Cabe perguntar: porque os bancos de dados sobre flora no Brasil não estão sendo massivamente alimentados com fotografias das espécies?

Em fevereiro deste ano recebi o surpreendente e honroso convite para criar uma fototeca no speciesLink. Agradeço ao CRIA a oportunidade, que para mim representa o maior prêmio que eu poderia almejar, na condição de modesto fotógrafo da flora brasileira com objetivos científicos e conservacionistas. A Fototeca Maurício Mercadante, FMM, hoje disponibiliza 3664 fotos em alta resolução, em 1645 registros, de 634 espécies, em 94 famílias. Uma gota no oceano da diversidade brasileira. Mas que pode representar, quero crer, uma contribuição relevante para a construção coletiva da Fototeca da Flora do Brasil.

O PROJETO REFLORA É ENCERRADO COM MUITO ÊXITO!

Texto: Equipe REFLORA – Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF)

Na ocasião em que é concluído o projeto REFLORA associado ao INCT-HVFF, queremos compartilhar alguns resultados do sistema de informação.

Figura 1. Dados Repatriados Plotados em um Mapa

No início do projeto havia 4 conjuntos de dados repatriados: herbários de Nova Iorque, Missouri, Smithsonian e Paris (apenas registros do acervo de Saint-Hilaire). Hoje são 13 conjuntos de dados que incluem, além dos já citados, os herbários de Edimburgo, Field Museum, Genebra (2 acervos), Hamburgo, Munique, British Museum, Paris (dados do acervo de Glaziou) e Solanaceae Source (liderado pelo Museu de História Natural de Londres).

Dados repatriados:

• são mais de 710 mil registros que representam 13% do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• são mais de 31mil espécies distintas (nomes aceitos), ou seja, 67% das espécies citadas na Lista de Espécies da Flora do Brasil fazem parte do acervo repatriado.
• 31% dos dados são da região Norte, o que significa que 26% dos dados da região Norte no INCT-HVFF são repatriados
• 260 mil registros têm data de coleta anterior a 1971. Quase 100 mil registros repatriados não têm data de coleta, mas a grande maioria tem como coletores Saint-Hilaire, Glaziou, Martius, Sellow, Riedel, Gardner, Pohl, Krukoff, Blanchet, Spruce e muitos outros naturalistas e botânicos dos séculos passados. Então cerca de 50% dos dados repatriados provavelmente não têm duplicatas em herbários brasileiros.
•  Analisando a origem dos dados das espécies com até 5 registros no INCT-HVFF, 30% desses dados vêm de acervos repatriados. Espécies com poucos registros podem ser raras, endêmicas, pouco coletadas ou com dados ainda não integrados à rede.
• Também foram integrados os dados do projeto Reflora da Profa. Carolyn Elinore Barnes Proença - Herbário Virtual Flora Brasiliensis (94 mil registros)

Imagens

Figura 2. Serviço on-line para comparar imagens

O projeto tinha como meta integrar 50 mil imagens. O sistema hoje armazena mais de um milhão de imagens, incluindo as 3.828 pranchas e 10.215 páginas da obra Flora Brasiliensis.

Do total de imagens armazenadas, 985.577 estão associadas a registros das coleções e estão assim qualificadas:

• Voucher: 659.101
• Material Vivo: 14.550
• Pólen: 2.153
• Etiquetas: 307.040
• Flora Brasiliensis: 2.733

O INCT-HVFF disponibiliza 637.227 registros com imagens (~156 mil do material repatriado), o que representa cerca de 12% dos registros on-line – pouco mais de 5,4 milhões. Em 2015, até o dia 08 de setembro, através da interface de busca do herbário virtual foram visualizadas mais de 2,3 milhões de imagens. Já superamos o uso do ano de 2014. Aqui não está sendo computado o uso do serviço de imagens Exsiccatae pela Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Com relação aos comentários/anotações feitas por usuários sobre os registros e enviados aos curadores para melhorar a qualidade dos dados, 76% referem-se ao nome científico, 11% à identificação da espécie, 9% aos dados geográficos e 4% a outros assuntos. Isso mostra que o Herbário Virtual é também uma plataforma de colaboração e de apoio à e-taxonomia (ou cyber taxonomy).

Ainda no escopo do projeto Reflora foi recuperado parte do acervo do Prof. Augusto Chaves Batista. São 568 artigos publicados no Boletim do Instituto de Micologia da Universidade Federal de Pernambuco e mais 23 artigos de outras fontes que foram digitalizados e se encontram disponíveis na página http://batista.fungibrasil.net. 

Figura 3. Publicações online de Augusto Chaves Batista

Também foi estruturada uma Exposição Permanente sobre o projeto. Funciona em uma sala do Centro de Ciências Biológicas da UFPE e recebe estudantes de todos os níveis, além de pesquisadores e demais interessados. No âmbito do projeto foram realizadas ainda diversas visitas para treinamento de técnicos e curadores e desenvolvidos mais aplicativos de data cleaning.

Figura 4. Sala de visitação pública na UFPE

Tudo isso é resultado do projeto INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, com a fantástica rede social criada e graças ao apoio financeiro do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).