Estatística de Uso dos Dados da rede speciesLink

Uma nova ferramenta para mostrar a importância das coleções biológicas do país e do exterior

O CRIA tem o prazer de anunciar o lançamento de uma nova ferramenta da rede speciesLink: “Estatísticas do Uso dos Dados”. Desenvolvida no escopo do projeto INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, com o apoio do CNPq, a ferramenta apresenta o número de registros e imagens utilizados pelos usuários por coleção ou grupo de coleções, ou por toda a rede, desde outubro de 2012, quando a nova interface de busca do specieslink foi lançada. Cada coleção pode analisar o uso dos dados do próprio acervo on-line, em qualquer período, em tempo real.

Uso dos dados da rede speciesLink entre 05 de outubro de 2012 e 22 de abril de 2016

Dos cerca de 1,6 bilhão de registros utilizados entre outubro de 2012 a abril de 2016, 80% foram de registros provenientes de herbários, sendo 98% de herbários associados ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, demonstrando o valor dos projetos de apoio a essa infraestrutura científica tão importante para o país.

Lembramos que esses números referem-se apenas ao acesso aos dados através da interface de busca da rede speciesLink. O acesso aos dados através de serviços web (p.ex. pela Lista de Espécies da Flora do Brasil, da Flora do Brasil 2020 e dos sistemas BioGeo e Lacunas) não é computado. Como também não são computados o acesso aos dados nos sistemas GBIF e SiBBr.

Trata-se de uma análise quantitativa, mas que evidencia o impacto do compartilhamento aberto de dados. Esperamos, com isso, oferecer uma métrica que contribua para que cada coleção possa mostrar a relevância do seu trabalho, reforçando também a importância do esforço coletivo dos projetos em rede. 

A imagem apresentada a seguir mostra a proporção entre o número médio de registros disponíveis on-line no período analisado e o número de registros utilizados. Para toda a rede speciesLink, foram utilizados cerca de 470 vezes o número de registros disponíveis.

Pode-se também dimensionar a importância da repatriação de dados. Novamente utilizando o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos como exemplo, tem-se que os 522 mil registros repatriados no âmbito do programa Reflora do CNPq, resultaram em cerca de 160 milhões de registros utilizados e 1,2 milhão de imagens servidas.

Outro elemento importante na análise do uso dos dados é o perfil do usuário e o tipo de uso dos dados, que são objetos de estudo de uma pesquisa em andamento, tema do nosso blog do dia 08 de abril de 2016.

A pesquisa até o momento indica um usuário qualificado (30% com doutorado, 20% doutorandos, 15% com mestrado, 15% mestrandos, 16% com ensino superior e 1% com ensino médio), sendo 86% associados a universidades, institutos de pesquisa e instituições governamentais. É importante observar que 6% são do setor privado, ligados à prestação de serviços e consultorias. 3% são de ONGs e mais 3% de escolas de ensino fundamental e médio.

Tem-se que 43% dos usuários utilizam os dados em suas pesquisas e 19% em ensino. Assim, além da pesquisa em taxonomia e sistemática, biogeografia, conservação e ecologia, e do ensino em botânica, ecologia, zoologia e micologia, destacamos entre outros usos, a produções das listas da fauna, flora e micota do país, o planejamento de novas coletas, a produção das listas de espécies ameaçadas de extinção, o estudo de impacto ambiental, a gestão ambiental e políticas públicas.

Solicitamos aos usuários da rede speciesLink que ainda não contribuíram com a pesquisa sobre o uso dos dados, que o façam.

Com essas ferramentas, esperamos contribuir para um maior reconhecimento da importância das coleções biológicas na promoção da ciência e educação e na elaboração de políticas públicas. Esperamos também demonstrar a importância da e-infraestrutura pública, que oferece dados, imagens e ferramentas a qualquer pessoa interessada, de forma livre e aberta.

Pesquisa sobre o uso dos dados e perfil do usuário da rede speciesLink

Objetivo: compreender quem está usando a rede e com que finalidade, para melhorar os serviços oferecidos

Com o apoio da Fapesp, o CRIA lançou em outubro de 2002 a rede speciesLink com informação sobre espécies e espécimes da fauna, flora e microbiota, integrando dados de acervos de 12 coleções biológicas do estado de São Paulo. Após uma década de evolução, a rede integra 415 conjuntos de dados de plantas, fungos, animais, microrganismos e fósseis. São mais de 7,6 milhões de registros textuais e mais de um milhão de imagens on-line, todos de acesso livre e aberto.

Visando agregar valor e funcionalidade à infraestrutura, foram desenvolvidas ferramentas para a visualização dos dados (produção de inventários, mapas, gráficos, catálogos) e melhoria da qualidade dos dados (indicadores de erros potenciais e relatórios de qualidade - dataCleaning), além de ferramentas de suporte à ciência colaborativa (BioGeo e Anotações), e o sistema para a análise das lacunas de dados e de conhecimento taxonômico e geográfico - Lacunas.

Análises do acesso aos dados através da interface de busca em 2015, mostram que mais de 4 bilhões de registros atenderam aos critérios de busca dos usuários Desses, cerca de 480 milhões de registros e mais de 3 milhões de imagens foram utilizados. Tem-se ainda que o sistema registra uma média de 30 mil visitas mensais, sendo 95% dos acessos de computadores localizados no Brasil.

Visando melhorar os serviços e identificar novas demandas, o CRIA preparou um questionário com o intuito de avaliar o perfil dos usuários e finalidade de utilização dos dados. O questionário foi disponibilizado on-line no dia 29 de março e até o momento foram recebidas 390 respostas que serviram de base para a análise preliminar apresentada a seguir. 

43% do uso da rede está relacionado com atividades de pesquisa, 19% para ensino e 37% para outras finalidades.  No uso em pesquisa, merece destaque a área de taxonomia e sistemática, seguida de biogeografia, conservação, ecologia e macroecologia. Nas atividades de ensino predomina o uso em botânica, seguida pela ecologia, zoologia, micologia e microbiologia. Com referência a “outros usos” a pesquisa indica a produção de listas de flora, fauna, micota e de espécies ameaçadas, o planejamento de novas coletas, estudos de impacto ambiental, políticas públicas e gestão ambiental, com alguns usos em menor escala, em bioprospecção e biotecnologia.

Quanto ao perfil dos usuários, a grande maioria reside no Brasil e tem pós graduação. Mais da metade atua em universidades, mas é importante destacar os serviços prestados pela rede a usuários do setor privado, escolas e ONGs.

25% das respostas incluíram comentários, sugestões e novas demandas como:

• ampliar a oferta de imagens de melhor qualidade; 
• melhorar e ampliar o BioGeo, ferramenta para produção e publicação de modelos de distribuição de espécies;
• desenvolver uma interface de busca por polígonos geográficos;
• uso de pacotes R;
• várias sugestões sobre ferramentas que trabalham com a qualidade dos nomes das espécies;
• organização dos dados de fenologia;
• várias sugestões sobre a interface de busca;
• aplicativos para celulares;
• tratamento de duplicatas;
• maior compatibilidade com Brahms; e,
• integração dos dados com outras fontes de informação.

Algumas destas sugestões já foram incluídas na nova proposta do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia Herbário Virtual da Flora e dos Fungos submetida ao CNPq em 2014, e aguarda avaliação e contratação.

Os resultados dessa pesquisa certamente irão orientar os trabalhos, não só quanto a desenvolvimentos futuros, mas também quanto ao estabelecimento de novas parcerias para complementar as informações disponíveis e para atender outros públicos e novas demandas.

Agradecemos a todos que colaboraram com as suas ideias e solicitamos àqueles que utilizam os dados da rede speciesLink que ainda não responderam à pesquisa, que o façam para que possamos atender cada vez melhor.

Clique aqui para acessar a pesquisa!

Apoio:

Press release
Major progress on global biodiversity observation system 

During a three day workshop in Germany, scientists and technical and legal experts made great steps towards the development of a cooperative and global monitoring system for changes in biodiversity. The workshop, which was a breakthrough in global collaboration, was organized for the first time as part of the EU Horizon 2020 project GLOBIS-B, coordinated by the University of Amsterdam. 

The fast growing global human population and climate change drive environmental modifications which might lead to poverty, social unrest and wars. But which dimensions of the environment are changing most dramatically, where are these changes happening and what will be the consequences for biodiversity? At the workshop in Leipzig, Germany, biodiversity scientists, technical experts from research infrastructures and advisors for legal interoperability of data defined so called Essential Biodiversity Variables (EBVs) to address these questions.

Essential Biodiversity Variables

Like climate variables, EBVs are constructed from various sources of data and are the underlying variables to assess changes in biodiversity through time. They can be used to measure the achievement of targets like the Aichi targets set by the Convention for Biological Diversity (CBD), to protect the world from further loss of biodiversity, support sustainable use of natural resources and enhance benefits from these. The variables should be capable of measuring changes in species distributions and abundances, for any type of organism, for any given time and any given area. In doing so, the measurements play an important role in policy decisions and are critical to the future work of the Inter-governmental Panel on Biodiversity and Ecosystem Services (IPBES); a sister panel to the well-known Inter-governmental Panel on Climate Change (IPCC).

GLOBIS-B workshop

The workshop was organized as part of the EU Horizon 2020 project GLOBIS-B (“GLOBal Infrastructures for Supporting Biodiversity research”). GLOBIS-B supports research infrastructures active in  biodiversity and ecosystems research from Australia, Brazil, China, Europe, South Africa and the USA to cooperate with their expertise. The project is coordinated by the University of Amsterdam as part of the LifeWatch European research infrastructure for biodiversity and ecosystems research.

“With this workshop we set the scene for a global harmonization process”, says Daniel Kissling, scientific coordinator of GLOBIS-B. This will improve the harmonization of data collection and technical data management, and help to address legal complications and constraints. “EBVs require big datasets on where species live”, continues Kissling. These data come from all kinds of places and have all kinds of formats. It is not always trivial that this data is made openly available and free. “With this project and the workshop we make a great breakthrough in global collaboration among holders of biodiversity data. This will facilitate the processing of big data and making them available for societal use”, concludes Kissling.

The main outcomes of the workshop were:

• The Living Planet Index will make over a quarter of a million data points freely available to be used in these measurements;
• eBird, the largest data collection of bird distributions in the world, will focus on measuring the change in patterns of bird occurrences globally;
• The Atlas of Living Australia together with the European LifeWatch capability will create a demonstrator proof-of-concept for the process of measuring and presenting an EBV;
• Consensus on using the 'Darwin Core Event' standard as a common model for mobilizing biological datasets from species sampling activities and using GBIF.org as a global aggregator for these data; 
• The Wildlife Picture Index will make their publically available data (2.6 million records) now accessible through the Darwin Core Event.

In June 2016 the participants will gather again in Seville, Spain for a follow up and to write a widely endorsed paper with recommendations on how to build the EBV’s for species populations.

For reference:

GLOBIS-B is a 3 year project, funded by the European Commission with the goal to enhance global collaboration among research infrastructures. The aim is to contribute to the development of Essential Biodiversity Variables by using the available data and technical capacity in these research infrastructures across the world.

The project is coordinated by the University of Amsterdam, The Netherlands, as a leading partner in the European LifeWatch research infrastructure. Other European project partners are: Cardiff University United Kingdom, Gnubila France, Consiglio Nazionala delle Ricerche (CNR) Italy, Martin-Luther-University Halle Germany and the Universidad de Alcalá Spain. For more information, consult the website www.globis-b.eu or send an e-mail to j.l.konijn@uva.nl

Edição Especial Redes de Herbários e Herbários Virtuais no Brasil 

Edição Especial organizada pela Rede Brasileira de Herbários e publicada pela UNISANTA - Volume 4, No. 7 (2015)

O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos publicou dois artigos na edição especial da revista Unisanta BioScience:

• Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia Herbário Virtual da Flora e dos Fungos e
• Programa Reflora associado ao Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia Herbário Virtual da Flora e dos Fungos: Ampliação, integração e disseminação digital de dados repatriados da flora brasileira

Os artigos descrevem a evolução do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) ao longo dos últimos 7 anos, com o apoio do CNPq. O INCT-HVFF hoje integra dados e imagens de 100 herbários nacionais associados e 16 ainda não associados, 22 herbários do exterior, um acervo de lâminas de grãos de pólen além de 2 bases taxonômicas (Solanaceae Source e Convolvulaceae) e do Herbário Virtual Flora Brasiliensis. Através da plataforma speciesLink, o INCT-HVFF provê cerca de 5,1 milhões de registros textuais e mais de um milhão de imagens, além de diversas ferramentas e aplicativos, que permitem a visualização e análise dos dados, todos de acesso livre e aberto a todos os interessados.

Fig. 1. Distribuição geográfica da rede de herbários nacionais (fonte: speciesLink, 01/03/2016)

Nessa mesma edição, também destacamos os artigos:

Herbário Virtual da Flora e dos Fungos A. de Saint-Hilaire, fruto de uma parceria entre o Instituto de Botânica da Secretaria do Meio Ambiente do Estado de São Paulo, o Muséum national d´Histoire naturelle de Paris (França), e o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA). O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire foi disponibilizado on-line em março de 2013 com o apoio da Fapesp.

Fig. 2. Sistema on-line do Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire

Registro Histórico e Herbário Virtual de Glaziou, fruto de uma parceria entre o Museu Nacional do Rio de Janeiro,  o Muséum national d´Histoire naturelle de Paris (França), e o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA). O Herbário Virtual Auguste Glaziou foi lançado on-line para acesso público em 2014 graças ao apoio do CNPq.

Fig. 3. Sistema on-line Herbário Virtual Auguste Glaziou

O índice da edição especial está disponível na página http://periodicos.unisanta.br/index.php/bio/issue/view/56/showToc e inclui artigos sobre:

• a Rede Brasileira de Herbários da Sociedade Botânica do Brasil;
• a Rede de Herbários do Rio Grande do Sul;
• Xilotecas Brasileiras;
• o Herbário Virtual IAN da Embrapa Amazônia Oriental; e,
• o Herbário Virtual Reflora, coordenado pelo JBRJ.

Boa Leitura!

A.B.E.L.H.A. e CRIA desenvolvem plataforma de pesquisa online

Friesella schottkyi Fototeca Cristiano Menezes (2016)

O Sistema de Informação Científica sobre Abelhas Neotropicais confere agilidade na busca pelo conhecimento científico disponível na Internet

Frieseomelitta varia
Fototeca Cristiano Menezes (2016)

A Associação Brasileira de Estudos das Abelhas (A.B.E.L.H.A.), em parceria com o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), está lançando o Sistema de Informação Científica sobre Abelhas Neotropicais (http://abelha.cria.org.br/), uma plataforma de pesquisa que tem por objetivo facilitar o acesso à informação científica disponível em diferentes sistemas on-line. A informação é apresentada em uma página única e permite ao usuário o acesso direto à sua fonte primária.

A plataforma é destinada principalmente a pesquisadores e estudantes universitários que buscam encontrar de maneira rápida e eficiente informações que podem dar suporte a seus estudos. Entretanto, o sistema é aberto para consulta de todos os públicos interessados.

A diretora-executiva da A.B.E.L.H.A., Ana Assad, ressalta a importância da ferramenta como forma de ampliar a disseminação das informações. “O Sistema tem a função de oferecer à comunidade científica e a interessados no tema dos polinizadores, em especial das abelhas, um caminho mais curto para que o conhecimento científico disponível seja não apenas utilizado em trabalhos acadêmicos, como também que tenham o seu alcance ampliado, incentivando novos estudos, aplicações e publicações”.

Tetragonisca angustula Fototeca Cristiano Menezes (2016)

Fontes científicas

O Sistema utiliza como fonte primária o Catálogo de Abelhas Moure, referência fundamental sobre a fauna neotropical de abelhas,  e integra dados de bases como Biodiversity Heritage Library (BHL), Bioline International, Fototeca Cristiano Menezes, rede speciesLink, o sistema de bibliografia do IBICT, oasisbr, além de outras informações especializadas.

Para consultar e iniciar a navegação, basta digitar o nome científico ou o nome comum da abelha. À medida que o nome é digitado, são as principais informações sobre a espécie escolhida e os resultados das buscas nas diferentes fontes.

O sistema está disponível na URL: http://abelha.cria.org.br

Alguns destaques da rede speciesLink em 2015

Texto: Dora Ann Lange Canhos

Apesar de 2015 ter sido um ano conturbado em todos os setores, inclusive e especialmente para a ciência e tecnologia,  a rede speciesLink teve importantes avanços relatados a seguir

Iniciamos o ano de 2015 com 7,1 milhões de registros on-line, compartilhados por 366 conjuntos de dados, a maioria de coleções biológicas do país e do exterior. Em outubro, a rede atingiu o marco de 7,8 milhões de registros e propôs à comunidade um esforço conjunto para fechar o ano com 8 milhões de registros. Infelizmente, ainda em outubro, o Instituto Jardim Botânico do Rio de Janeiro tomou a decisão de não mais participar da rede, o que nos surpreendeu principalmente por ter sido a única vez que uma coleção se desligou da rede. De qualquer forma, em 2015 foram integrados à rede 45 novos conjuntos de dados, sendo 24 do exterior. Juntas, essas novas coleções passaram a compartilhar 490 mil registros. Com a digitação de dados das coleções que já participavam da rede, cerca de 900 mil novos registros foram incluídos em 2015. Portanto, fechamos o ano com 7,4 milhões de registros textuais com mais de um milhão de imagens associadas. Trata-se de um resultado muito expressivo que mostra todo empenho das coleções biológicas do país e o interesse das coleções do exterior em desenvolver continuamente essa e-infraestrutura de interesse público.

Outro destaque é o fato da rede contar com a participação de pelo menos uma coleção biológica em cada estado da União (figura 1).

Figura 1. Distribuição geográfica dos provedores de dados da rede speciesLink

Além do compartilhamento de mais de 120 mil novas imagens de vouchers, em 2015 teve início a integração de imagens de material vivo. Foram incorporados ao acervo on-line dados e imagens de quatro fototecas, três de plantas e uma de abelhas que juntas compartilham mais de 4 mil registros de 1.550 espécies distintas com cerca de 13 mil imagens associadas. 

Figura 2. Imagens on-line da espécie Dimorphandra mollis Benth.

Outros destaques são:

• O compartilhamento de dados de herbários do INCT-Herbário Virtual com as redes GBIF (Global Biodiversity Information Facility) e SiBBr (Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira)
•  A parceria estabelecida com o projeto iDigBio, na qual o INCT-Herbário Virtual compartilha mais de três milhões de registros e as coleções da rede iDigBio compartilham 146 mil registros de espécimes coletados no Brasil.
• A integração dos dados dos acervos coletados no Brasil e mantidos no British Museum e no Jardim Botânico de Edimburgo.
• A integração do acervo de peixes da Academy of Natural Sciences da Filadélfia. Esse fato é importante, não só pelo compartilhamento dos cerca de 150 mil registros textuais e 128 imagens, mas pelo fato dessa ter sido a primeira coleção do exterior a espontaneamente solicitar participar da rede speciesLink.
• A integração de mais de 4 mil modelos de distribuição geográfica para 3.562 espécies de plantas e fungos publicadas pelo sistema BioGeo, desenvolvido no escopo do projeto INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, graças ao apoio do CNPq.

Também não podemos deixar de destacar o lançamento da Rede Comunitária de Educação e Pesquisa de Campinas (Redecomep) em janeiro de 2015, que provê uma rede de alta velocidade visando a democratização do acesso à informação e difusão do conhecimento. A colaboração com a RNP (Rede Nacional de Ensino e Pesquisa) certamente é um diferencial, sendo central para as ações do CRIA, tornando o acesso a seus sistemas muito mais rápido e seguro.

Quanto ao acesso e uso dos dados, fechamos o ano com a recuperação de 481 milhões de registros pelos usuários, o que representa mais de 1,3 milhão de registros recuperados por dia. Mais de três milhões de imagens foram recuperadas, o que representa cerca de 9 mil imagens por dia.

Cerca de 95% dos acessos são de usuários do Brasil, seguido pelos Estados Unidos, Reino Unido, Portugal, Argentina, Alemanha, China, Índia, França e Colômbia. 22% dos acessos do Brasil são do estado de São Paulo, seguido por Minas Gerais (11%), Rio de Janeiro (9%), Bahia (7%), Paraná (7%), Rio Grande do Sul (6%), Pernambuco (5%), Santa Catarina (4%), Brasília (4%)e Espírito Santo (3%).

As cidades com maior número de acessos são: São Paulo (10%), Rio de Janeiro (7%), Belo Horizonte (6%), Recife (4%), Brasília (4%), Curitiba (3%), Campinas (3%), Salvador (3%), Porto Alegre (3%) e Fortaleza (2%). Mas o mapa de distribuição de usuários mostra que a rede atinge todos os estados do país.

Figura 3. Mapa da origem dos acessos à rede speciesLink por cidades brasileiras (Fonte: Google Analytics, Jan a Dez 2015)

Por fim, é importante destacar em 2015, a publicação do artigo The importance of biodiversity e-infrastructures for megadiverse countries pela equipe do CRIA e colaboradores na PLOS Biology. O artigo ressalta os excelentes resultados dos investimentos do governo federal no programa de capacitação em taxonomia e no desenvolvimento do INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que resultou no crescimento da quantidade e qualidade de dados on-line por meio da rede speciesLink, e sua correlação com o avanço científico. Também coloca em pauta a ausência de estratégias e políticas que garantam a manutenção e o desenvolvimento contínuo das e-infraestruturas de interesse público. Trata-se de um problema local e global, que põem em risco uma gama de iniciativas de sucesso em várias disciplinas.

O artigo está disponível em: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002204

 
Gostaríamos de aproveitar a oportunidade para agradecer a todos os curadores e equipes das centenas de coleções biológicas que estão compartilhando seus dados públicos com a rede e aos dezenas de milhares de usuários que com o seu acesso demonstram a importância do trabalho das coleções biológicas e da equipe de informação/informática e que, com os seus feedbacks contribuem para melhorar a funcionalidade do sistema e a qualidade dos dados.