Novo relatório na saída "INVENTÁRIO" da rede speciesLink

 Equipe do CRIA

Na interface de busca da rede speciesLink, graças à parceria com o MapBiomas, os usuários da rede speciesLink agora podem produzir um inventário do uso e cobertura da terra nos pontos das coletas realizadas entre 1985 a 2021 das suas coleções ou no resultado da sua busca. 

Usaremos como exemplo o Herbário Pe. Camille Torrend - URM de fungos herborizados, que possui cerca de 93 mil registros online. A figura a seguir mostra o resultado da busca do acervo representado na rede speciesLink em NÚMEROS.

São mais de 8.500 espécies distintas. No entanto, para a análise dos dados do MapBiomas, só são utilizados os dados com coordenadas originais, portanto não são utilizadas as coordenadas obtidas por georeferenciamento automático por município. Ainda, como o MapBiomas possui dados de uso e cobertura da terra de 1985 a 2021, as coletas realizadas antes de 1985 ou depois de 2021 também não são consideradas.

Ao selecionar INVENTÁRIO como opção para visualizar o resultado da busca e optando por visualizar o uso e cobertura da terra no ano da coleta, o sistema encontra informações para 8.507 registros do acervo URM, representados no gráfico e tabela a seguir

O gráfico indica que a maioria das coletas foram feitas em áreas de formação florestal, seguida de pastagem, áreas urbanizadas, formação savânica e em áreas com mosaico de usos, conforme os dados de uso e cobertura da terra do MapBiomas, coleção 7. A tabela indica o número de registros para cada tipo de uso e cobertura da terra.

Trata-se, portanto, de mais um elemento para análise dos dados de acervos específicos ou do resultado de qualquer busca realizada no speciesLink, seja por país, regiões, estados, municípios, biomas ou unidades de conservação. 

Como sempre, toda crítica ou sugestão é bem vinda. 

Sustentabilidade com o Google - Amazônia

O CRIA, representado por sua diretora Dora Canhos, foi convidado para participar do evento "Sustentabilidade com o Google: ajudando a preservar a Amazônia e a construir um futuro mais sustentável". O evento foi realizado no dia 04 de abril de 2023 na cidade de Belém, no Pará. 

Google está apoiando várias iniciativas no uso de tecnologias e inovação, em particular inteligência artificial e aprendizado de máquina, para combaterem o desmatamento, capacitarem comunidades locais e indígenas e promoverem a bioeconomia na floresta amazônica brasileira. Essas iniciativas foram apresentadas no evento. 

Patrícia Florissi, diretora do escritório do Chief Technology Officer (CTO), Google Cloud, primeiro anunciou as ações junto ao MapBiomas, que utiliza a plataforma de análise geoespacial o Earth Engine e o Looker, convidando Tasso Azevedo, Coordenador Geral do MapBiomas para apresentar alguns de seus produtos. MapBiomas é um parceiro muito importante para o CRIA que agora conta com os dados de uso e cobertura da terra, MapBiomas coleção 7, acessíveis através da interface de busca da rede speciesLink.

Em seguida Patrícia apresentou o apoio dado ao CRIA na migração de todos os seus sistemas públicos de informação para a nuvem do Google Cloud. Apresentou também a nova fase do projeto que está estudando o uso de computação virtual, baseada em modelos de inteligência artificial, para pré-classificar imagens de espécimes em herbários, cujo processo será validado por uma rede de taxonomistas, do país e do exterior, participantes do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF).

Imagens de exsicatas da rede speciesLink

Para mais informações sobre o evento, acesse o Blog do Google Brasil Sustentabilidade com o Google: ajudando a preservar a Amazônia e a construir um futuro mais sustentável

speciesLink e MapBiomas

Equipe do CRIA

É com enorme satisfação que comunicamos a inclusão dos dados de uso e cobertura da terra do MapBiomas (Coleção 7) à rede speciesLink. A importância do MapBiomas, responsável pelo mapeamento anual da cobertura e uso da terra, é notória. Assim como é a rede speciesLink na integração de dados de ocorrência de espéces. Outra característica importante dessas iniciativas é o trabalho em rede e seus objetivos. 

O MapBiomas tem como propósito “Revelar as transformações do território brasileiro por meio da ciência, com precisão, agilidade e qualidade, e tornar acessível o conhecimento sobre a cobertura e o uso da terra, para buscar a conservação e o manejo sustentável dos recursos naturais, como forma de combate às mudanças climáticas”.

A rede speciesLink tem por objetivo fomentar a pesquisa, a educação e a formulação de políticas para promover a conservação e o uso sustentável da biodiversidade.

Os resultados alcançados também contaram com a participação de equipes do ICMBio, no Grupo de Trabalho da Biodiversidade, do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) e sua rede de herbários, do Google Cloud Platform no apoio técnico e concessão de créditos para o uso da plataforma e do apoio financeiro do Instituto Clima e Sociedade (iCS), uma organização filantrópica que apoia projetos e instituições dedicadas ao enfrentamento das mudanças climáticas no Brasil.

A primeira etapa do projeto envolveu a inclusão dos dados de uso e cobertura da terra do MapBiomas (1985 a 2021) como metadados em cada registro da rede speciesLink, coletado no Brasil, com coordenadas originais (informadas pelo provedor de dados). Como resultado, na visualização do registro online, é apresentado um diagrama com o histórico de uso e cobertura da terra do ponto da coleta no período de 1985 a 2021. No sistema online, ao passar o mouse no diagrama o usuário identifica o uso e cobertura da terra em cada ano.

A figura da exsicata do herbário do Cenargen mostra o registro da espécie Lessingianthus venosissimus coletada em Luziania, Goiás em 2003 em área de formação campestre que, a partir de 2004, passou a ser área de plantio de soja. 

Na interface de busca do speciesLink foi implementado um filtro para uso dos dados do MapBiomas coleção 7, destacado na figura a seguir.

O usuário pode optar por buscar os diferentes usos e cobertura da terra pelo ano da coleta do espécime (entre 1985 a 2021) ou pela coordenada da coleta nos diferentes anos dos mapas apresentados, inclusive comparando diferentes situações de cobertura da terra em áreas Naturais ou Antrópicas entre 1985 a 2021. Portanto pode recuperar registros coletados em áreas naturais que em 2021 são antrópicas. 

A seguir são apresentados dois exemplos de busca. A primeira inclui espécies botânicas coletadas entre 1985 e 2021 em áreas naturais do bioma Amazônia (A) que em 2021 são áreas antrópicas (B).

                                                   A                                                             B

Nesse exemplo a busca (A) recuperou 308.540 registros de 15.518 espécies distintas e a busca (B) 32.705 registros de 5.677 espécies distintas. Pode-se concluir que 10,6% dos registros e 36,5% das espécies foram potencialmente afetadas pela perda de área natural.

No segundo exemplo a seguir, foram incluídos todos os registros cuja coordenada de coleta se encontra em áreas naturais em 1985, independente do ano de coleta (A) e que em 2021 são áreas antrópicas (B).

                                                    A                                                             B

Nesse exemplo, a busca (A) recuperou 655.595 registros de 27.863 espécies distintas e a busca (B) 84.442 registros de 9.518 espécies distintas. Pode-se concluir que 13% dos registros e 34% das espécies foram potencialmente afetadas pela perda de área natural.

Esses são alguns exemplos. Pedimos que os usuários interessados testem essa interface e apresentem suas críticas e sugestões entrando em contato com a equipe através do email: contato@cria.org.br 

Obrigada!

Equipe do CRIA

Link para a interface de busca da rede speciesLink: https://specieslink.net/search

Link para o site do MapBiomas: https://mapbiomas.org

Novidades no speciesLink

 Equipe do CRIA

Em dezembro de 2022 anunciamos a integração dos mapas da Coleção 7 do MapBiomas, sobre a transformação do uso e cobertura da terra entre 1985 a 2021, na interface de busca da rede speciesLink. Esses dados são usados como filtros na busca por registros de ocorrência de espécies. É importante lembrar que só são indexados com os dados do MapBiomas os registros com coordenadas geográficas originais, portanto com coordenadas informadas pelo provedor de dados. Pouco mais de 8,2 milhões de registros atendem esse critério.

No post de dezembro, também procuramos explicar o processo de indexação de cada registro da rede, mostrando a transformação do uso e cobertura da terra entre 1985 a 2021 no ponto de coleta, indicando o ano de coleta. A figura a seguir apresenta um local de coleta que até 1993 era uma formação florestal que, a partir de 1994, passou a ser pastagem. O registro mostra que a coleta em 2011 foi realizada em uma área de pastagem.

A novidade agora é a possibilidade de buscar registros que atendem os critérios de uso da terra no ano da coleta dos espécimes. A busca por espécimes coletados ou observados em áreas naturais é obtida usando como filtro o Ano da Coleta e as categorias de uso da terra de áreas naturais, segundo dados do MapBiomas.

O sistema recuperou mais de 2 milhões de registros de coletas realizadas entre 1985 e 2021 com coordenadas originais. O usuário também pode visualizar a quantidade de registros na rede speciesLink com coletas em diferentes áreas naturais.

 A mesma busca foi feita para áreas antrópicas, com a recuperação de mais de 1,3 milhão de registros. As duas tabelas com a quantidade de registros por uso e cobertura da terra no ano da coleta são apresentadas a seguir.

Esperamos que essa ferramenta possa atender novas demandas de análise e uso dos dados. Por favor usem essas ferramentas e mandem suas críticas e sugestões para speciesLink@cria.org.br. 

Novas ideias para a rede speciesLink

Recentemente o CRIA foi provocado a pensar numa ideia de projeto que pudesse ter grande impacto, tendo como ponto de partida a rede speciesLink em seu estágio atual. Ou seja, sem deixar de fazer e de continuar melhorando o que já fazemos bem. Por outro lado, a ideia deveria ser capaz de expandir os horizontes da rede speciesLink, talvez alcançando novos públicos, talvez ampliando os tipos de dados com os quais já trabalhamos, talvez incorporando estratégias que possibilitem um influxo muito maior de dados, criando condições para novas aplicações e análises.

Gostaríamos de envolver toda a comunidade nesse tipo de discussão, e nesse sentido preparamos uma pesquisa que encontra-se aberta a todos que possam participar: https://forms.gle/3rHzXdM2MYu2PT5o9 Se você tem boas ideias, não deixe de compartilhar conosco!

Quem sabe a gente consiga encontrar uma forma de torná-la realidade.

Novidade na rede speciesLink

Esse post tem por objetivo informar sobre o uso dos dados do backbone taxonômico do GBIF (GBIF Backbone Taxonomy) que utiliza os dados do Catálogo da Vida para a classificação superior completa, acima das famílias. O CRIA checa o gênero e indica a classificação desde o reino até o gênero proposto pelo GBIF em um campo específico. Os dados enviados pelos provedores de dados não são alterados.

A seguir apresentamos um exemplo de um registro da rede speciesLink, indicando a classificação do GBIF:

Esperamos que essa nova referência possa facilitar o trabalho de correção e atualização dos nomes científicos pelos curadores.

Obrigada e um ótimo 2023 para todos nós!

Equipe do CRIA

Novidade na interface de busca da rede speciesLink

 

 Sidnei de Souza, Renato De Giovanni e Dora Ann Lange Canhos - CRIA

É com enorme satisfação que anunciamos que a coleção 7 do MapBiomas sobre uso e cobertura da terra a partir de imagens de satélite está online na interface de busca da rede speciesLink como novo filtro geográfico. São 37 anos mostrando o processo de conversão de vegetação nativa em áreas antrópicas. De acordo com o MapBiomas, “as alterações causadas pela ação do Homem entre 1985 e 2021 correspondem a um terço de toda área antropizada do país. Nesse período, o Brasil passou de 76% de cobertura da terra de vegetação nativa (florestas, savanas e outras formações não florestais), para 66%. Por outro lado, a área ocupada por agropecuária cresceu de 21% para 31% do país, com destaque para o crescimento de 228% das áreas de agricultura e que agora representam 7,4% do território nacional”. 

A coleção 7 do MapBiomas apresenta os mapas de uso da terra dos anos, de 1985 a 2021. Para cada ano o usuário pode escolher o tipo de uso e cobertura da terra que deseja analisar. A figura a seguir mostra as opções existentes, tanto para áreas naturais, como antrópicas.

Uma busca na rede speciesLink por registros botânicos coletados no bioma Cerrado em áreas que em 1985 eram naturais, retorna cerca de 428 mil registros de aproximadamente 17,5 mil espécies distintas. A mesma busca em áreas naturais do Cerrado em 2021, retorna cerca de 388 mil registros de 17 mil espécies distintas. 

A interface também permite fazer a mesma busca comparando diferentes anos e diferentes usos do solo. Podemos, por exemplo, buscar espécies coletadas em áreas do cerrado que eram naturais em 1985 e que são pastagens em 2021. Essa busca recuperou mais de 26 mil registros de mais de 5 mil espécies distintas. A mesma busca substituindo o mapa de uso do solo em 2021 de pastagem para plantação de soja retorna cerca de 6 mil registros de mais de 2 mil espécies distintas. Os resultados são um indicativo de como a biodiversidade pode ser afetada com a mudança do uso e cobertura da terra.

Para viabilizar esse tipo de busca, cada registro com coordenadas originais consistentes foi indexado com os dados do MapBiomas. Portanto, cada um apresenta a informação sobre o histórico do uso da terra do local da coleta, indicando o ano de coleta.

Passando o mouse no diagrama de uso e cobertura da terra para esse registro, vimos que o mesmo foi coletado em 1995 um uma área de formação savânica que em 2002 e 2003 era um mosaico de agricultura e pastagem e que, a partir de 2004, é uma área de plantação de soja.

Gostaríamos muito de receber o feedback dos usuários em relação ao uso e usabilidade do sistema. Esse tipo de busca responde alguma pergunta? Que outras perguntas podem ser atendidas? Como seria a melhor forma de mostrar o resultado da busca?

Como sempre, toda sugestão e comentários são bem vindos. Envie seus comentários para speciesLink@cria.org.br.

O desenvolvimento desse trabalho é fruto da parceria do CRIA com o MapBiomas e conta com a doação de recursos do Instituto Clima e Sociedade (iCS).

Mais um artigo sobre a experiência do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

 Dora Ann Lange Canhos

A equipe responsável pela coordenação do Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, um dos Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia, liderada nesta publicação pela Maria Regina de V. Barbosa, publicou o resumo do trabalho preparado para o simpósio "A Global Collections Network: building capacity and developing community" promovido pelo TDWG 2022 na Bulgária.

O título do trabalho é:
"Building Networks to Promote Knowledge of Brazil’s Biodiversity: The experience of the INCT - Virtual Herbarium"

com autoria de: 

Maria Regina de V. Barbosa, Ana Odete Vieira, Ariane L Peixoto, Dora Ann Lange Canhos, João R Stehmann, Mariângela Menezes e Leonor C Maia.

O trabalho foi publicado no: Biodiversity Information Science and Standards 6: e91462. https://doi.org/10.3897/biss.6.91462.

Boa Leitura!

Para quem ainda não assistiu, o INCT também apresenta um novo vídeo sobre 
"Boas práticas na produção de imagens" 

oferecido pela:

• professora Maria Candida Henrique Mamede, curadora do Herbário do Estado "Maria Eneyda P. Kaufmann Fidalgo" do Instituto de Botânica de São Paulo, 
• com a produção e edição de Caio Herique Mamede.

Boa Aula!

São Paulo School of Advanced Science on Sustainable and Inclusive Amazon (SPSAS)

 Carlos A. Joly

The objective of this SPSAS is to provide young post-docs with a multi and interdisciplinary vision, including the vision of indigenous and traditional populations, of the main problems that have historically hindered sustainable development, conservation, and social inclusion in the Amazon Basin, as well as to discuss the existing alternatives and jointly build new proposals for the solutions to these problems.

The SPSAS Sustainable and Inclusive Amazon will take place from November 21th to December 4th in a Hotel/Resort in the countryside of the State of São Paulo, that allows isolation from the urban and day-to-day hustle, promoting a greater focus and strong interaction between all participants.

The course will be based on lectures, discussions, work groups, and the development of a draft paper with a problem-solving perspective, where groups of students will be challenged to create scenarios for a certain issue/situation, to be defined by each group, or offered by the teachers. Through this challenge, students should develop possible scenarios/visions, indicate what data is required, and what models are available or need to be developed to test the scenarios. Participants will interact with renowned scientists, seeking the solution to the challenges presented in a multidisciplinary and multicultural context.

The program will be divided into 3 main axes:

Axis 1 - The Amazonian territory and its sustainability

Axis 2 - Amazonians as protagonists of biodiversity conservation and climate change mitigation

Axis 3 - The Amazon and its inhabitants in harmony with its environment and the Sustainable Development Goals (SDG)

Who can apply: SPSAS Amazon is for early career researchers that have earned his/her PhD from 2015 onward. Exceptionally PhD candidates (graduate students, currently registered in the last year of their Doctoral/PhD courses), can also be accepted. We encourage applications from students from different academic disciplines (natural, social, and human sciences, engineering, communication) provided their academic work and study is related to the themes of the school and related topics.

Application deadline: August 31th, 12:00 (GTM-03)

To promote the diversity of the School’s participants, equity in ethnic and gender representation will also be considered.

Expected number of students: 90

• 15 From the Brazilian Amazon Post Docs/Doctoral candidates who did their undergraduate studies in the Amazon Region.
• 15 Post Docs/PhD from AMAZONIA COUNTRIES (Bolivia, Colombia, Ecuador, Guyana, French Guyana, Peru, Suriname and Venezuela). 
• 15 Post Docs/Doctoral Fellows from OTHER REGIONS OF BRAZIL 
• 30 Post Docs from Institutions from the state of São Paulo (usually FAPESP requires 50% from São Paulo Institutions)
• 15 Post Docs from OTHER COUNTRIES. 

More information including the full program and how to apply is available at https://spsas-amazonia.biota.org.br/.

Novo filtro por uso e cobertura da terra no speciesLink

Renato De Giovanni

Como produto da parceria CRIA/MapBiomas, patrocinada pelo Instituto Clima e Sociedade (iCS), a rede speciesLink oferece uma nova possibilidade de filtragem em sua interface de busca com base no uso e cobertura da terra. Os dados são provenientes do MapBiomas, uma iniciativa pioneira que desde 2015 vem produzindo mapas anuais da cobertura e uso da terra no Brasil através de uma rede colaborativa de ONGs, universidades e startups de tecnologia.

Nesta versão inicial, é possível filtrar os registros disponíveis na rede speciesLink por categoria de uso e cobertura da terra nos anos 1985 e/ou 2020 da coleção 6 do MapBiomas. Apenas registros coletados no Brasil e georreferenciados na origem são considerados. As categorias disponíveis para filtragem são as mesmas da legenda do MapBiomas, que estão divididas em dois grandes grupos: áreas naturais, com subcategorias como formação florestal, formação savânica, rios, lagos, mangue, entre outros, e áreas antropizadas, com subcategorias como pastagem, mineração, agricultura, etc. É possível utilizar dois filtros simultâneos, permitindo buscas, por exemplo, por registros coletados em locais onde em 1985 havia cobertura natural mas que em 2020 o mesmo local encontra-se antropizado.

Novo filtro por uso e cobertura da terra.

A visualização dos resultados em mapa agora oferece também a possibilidade de ativar camadas de sobreposição relativas ao uso e cobertura da terra, permitindo selecionar o ano e as categorias desejadas. Registros do speciesLink coletados no Brasil e georreferenciados na origem agora incluem informações sobre as categorias de uso e cobertura da terra.

Novas camadas de sobreposição com base no uso e cobertura da terra.

Nas próximas versões os dados do MapBiomas na rede speciesLink deverão ser atualizados para a nova coleção 7, a ser lançada no final de agosto de 2022. Também serão incorporados os mapas de todos os anos intermediários. Além disso, em breve, os dados da rede speciesLink também estarão disponíveis através da interface do MapBiomas.

Tratando-se de uma versão inicial, ideias e sugestões são sempre bem-vindas! Esperamos, com esta nova funcionalidade, estimular novas pesquisas e diferentes tipos de busca unindo dados de biodiversidade a dados de uso e cobertura da terra.