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1 de ago. de 2013

Rede speciesLink supera 6 milhões de registros online

No mês de julho de 2013 a rede speciesLink superou o marco de 6 milhões de registros de ocorrência de espécies da flora, fauna e microbiota, disponíveis online de forma livre e aberta a qualquer pessoa interessada.




São cerca de 300 coleções e subcoleções biológicas e dez provedores de dados de observação contribuindo com informações não sensíveis de seus acervos para aumentar o conhecimento sobre a biodiversidade brasileira. Mais de 600.000 registros são dados repatriados e novos registros são acrescentados diariamente.


Médias mensais do número total de registros online, do número de registros georreferenciados e de provedores de dados.

Cerca de 70% dos registros online provêm de herbários, 25% de coleções de animais, 0,2% de microrganismos, 0,1% fósseis e 5,2% de coleções abrangentes. 33% dos dados são oriundos de coletas feitas na região Sudeste, 22% no Nordeste, 19% no Sul, 17% na região Norte e 9% na região Centro-Oeste. Hoje, apenas o estado do Amapá não possui nenhum acervo local integrado à rede, dependendo 100% dos dados de instituições de outros estados.

Proporção por região geográfica do Brasil entre o número de registros online da rede speciesLink. Os valores indicam o número de registros por km2 por região.


Qualidade e usabilidade dos dados
Em relação às coordenadas geográficas, cerca de 2 milhões de registros possuem coordenadas consistentes e 470 mil possuem coordenadas inconsistentes – a coordenada geográfica informada não cai na área geográfica do município informado. Para aumentar a usabilidade dos dados, 2,2 milhões dos registros foram georreferenciados por um aplicativo baseado na informação sobre o município de ocorrência. Cerca de 1,3 milhão de registros não têm coordenadas geográficas e nem referência ao município.

Coordenadas geográficas de todos os registros georeferenciados.

Comparando os nomes das espécies com diferentes dicionários e checklists, tem-se que mais de 3,5 milhões de registros são de nomes aceitos e pouco mais de 400 mil de sinônimos. O nome da espécie de mais de um milhão de registros não foi encontrado nas listas de referência, sendo que mais de 850 mil registros não têm a identificação da espécie.

Graças ao projeto Reflora, os herbários estão associando imagens aos dados textuais por meio do sistema Exsiccatae. São mais de 200 mil imagens dos vouchers, seis mil de material vivo e mil e trezentas de pólen. Além dessa, várias ferramentas, todas de acesso aberto, estão disponíveis para diferentes tipos de análises, dentre as quais destacamos:


•    Interface de busca - www.splink.org.br
•    Indicadores - splink.cria.org.br/indicators/
•    DataCleaning - splink.cria.org.br/dc
•    Lacunas - lacunas.inct.florabrasil.net
•    BioGeo - biogeo.inct.florabrasil.net

Esses resultados evidenciam, no Brasil, que a disponibilização de dados sobre a biodiversidade está aumentando de forma consistente, refletindo uma mudança cultural e o fomento de políticas públicas. Acima de tudo, eles são fruto de um trabalho em rede em que a contribuição de cada provedor de dados é essencial. Por isso, gostaríamos de agradecer a todos que contribuem para o desenvolvimento da rede speciesLink.

Muito obrigado!

15 de jul. de 2013

Herbário Virtual apresenta resultados em Brasília

Além de destacar os principais resultados do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, foram apresentados os elementos de inovação e as justificativas para a continuidade do instituto, recebendo elogios dos avaliadores do CNPq.


O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos participou do 2º Seminário de Acompanhamento e Avaliação dos INCTs (Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia), coordenado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), em parceria com o Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE) e o Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI). O evento foi realizado em Brasília nos dias 2 e 3 de julho de 2013.

Folder do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos apresentado em Brasília.

Na apresentação do projeto foi dado destaque à base prévia existente, que incluía o sistema de pós-graduação fomentando a formação de recursos humanos em taxonomia, os programas de pesquisa como o PELD, PPBio e Protax, implementados pelo CNPq, o apoio de várias Fundações de Amparo à Pesquisa à coleções biológicas e, principalmente, o trabalho coordenado pela Sociedade Botânica do Brasil, estimulando a discussão conjunta e a definição de estratégias para coleções de plantas e fungos do Brasil.

Foram apresentados os principais resultados do INCT Herbário Virtual:

1. Formação de Recursos Humanos
No período foram 134 dissertações e 75 teses defendidas sobre taxonomia, orientadas por pesquisadores associados ao projeto. Foram realizados 42 cursos de curta duração atendendo mais de 700 alunos. Foi também produzido o Manual de Procedimentos para Herbários (no prelo).

2. Publicações dos pesquisadores ligados ao INCT Herbário Virtual
É muito difícil separar a produção diretamente relacionada ao INCT das produções que usam os dados do INCT. Portanto, o critério adotado foi a de computar as publicações dos pesquisadores diretamente envolvidos com o projeto, incluindo curadores e responsáveis pelos herbários. Foram publicados 484 artigos em periódicos nacionais, 473 artigos em periódicos internacionais, 461 livros ou capítulos de livros nacionais e 13 livros ou capítulos de livros do exterior.

3. Repercussão das publicações
Consideramos importante registrar o número de artigos que citam a rede speciesLink, realizando uma busca no Google Scholar usando uma das palavras-chave botany, plants, botânica, plantas ou INCT em conjunto com a palavra-chave splink. Como resultado obtivemos 276 artigos entre 2009 e março de 2013. A busca por floradobrasil apresentou 916 artigos.

4. Divulgação e inserção social
Um componente importante dos INCTs é a divulgação e a inserção social. Esse item inclui a divulgação das atividades do INCT Herbário Virtual pela internet [http://inct.florabrasil.net] e a estruturação de uma sala de visitação pública na UFPE.

Sala de visitação pública na UFPE inaugurada em abril de 2013.

Confira o vídeo 'UFPE inaugura sala de exposição do INCT Herbário Virtual' sobre a sala de visitação pública na UFPE.


Foi destacada a participação da equipe do INCT em eventos e palestras no país e no exterior, com ênfase especial à conferência internacional 'The INCT Virtual Herbarium of Plants and Fungi and e-infraestructure for Biodiversity - Advancing Biodiversity e-science innovation through Global Cooperation; Realização: INCT-Herbário Virtual e EUBrazilOpenBio' – Set2012 (http://www.sti4bio.info).

Foram apresentadas as metas específicas para o Herbário Virtual online que apresentou como marco zero do projeto dados dos acervos de 35 herbários integrados na rede speciesLink, totalizando 1,5 milhão de registros online. O projeto teve início com a associação de 25 herbários, 18 já disponibilizando seus dados na rede speciesLink. As metas para 5 anos eram dobrar o número de registros online e o número de herbários na rede speciesLink. Essas metas foram ampliadas após 3 anos de projeto para 3,5 milhões de registros online e um total de 85 herbários compartilhando seus dados online.

Os números apresentados na reunião indicam 76 herbários do país e 5 do exterior associados ao INCT Herbário Virtual e mais 6 herbários não associados, mas com os dados de seus acervos integrados à rede speciesLink, totalizando 87 herbários.

Localização geográfica dos herbários nacionais participantes do INCT Herbário Virtual.

Quanto ao número de registros online, são mais de 4 milhões disponíveis de forma livre e aberta a todos os interessados, sendo cerca de 3,4 milhões de herbários nacionais e mais de 600 mil repatriados de herbários do exterior. O crescimento em relação ao marco zero do projeto é de mais de 500 mil novos registros por ano. Também foi dado destaque às cerca de 235 mil imagens de exsicatas e as pranchas e textos descritivos da obra Flora brasiliensis integrados aos registros do Herbário Virtual.

Evolução da entrada de herbários e registros de plantas e fungos na rede speciesLink.

Foi também destacado o trabalho de cada herbário participante, na digitação e atualização de seus dados online, resultando em um alto índice de atualização (94% dos herbários nacionais participantes do INCT atualizaram seus dados nos últimos 12 meses). Também foi dado destaque ao uso dos dados do Herbário Virtual pelos especialistas responsáveis pela elaboração da Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Gráfico mostrando o número de herbários que atualizaram seus dados online nos últimos 6 e 12 meses e há mais de um ano (azul).

Com relação ao conteúdo online, além dos dados da rede de herbários foi dado destaque à Coleção Bibliográfica de Augusto Chaves Batista, fundador do Instituto de Micologia da Universidade do Recife (http://batista.fungibrasil.net). São mais de 700 artigos com cerca de 4.600 descrições de fungos do Brasil, representando 3.340 espécies e variedades em mais de 1.160 gêneros e 160 famílias, com mais de 600 tipos no Herbário URM.

Artigos online de Augusto Chaves Batista.

Com relação à melhoria da qualidade dos dados foi dado destaque ao programa de visita de especialistas. Os resultados parciais mostram o envolvimento de 69 especialistas, atendendo 122 coleções, examinando mais de 42 mil espécimes de mais de 120 famílias. Ainda como parte desse item, foi destacado o desenvolvimento da ferramenta de georreferenciamento automático e de novos aplicativos para o relatório dataCleaning como verificação da data de coleta, inconsistência geográfica e completude de dados.

Foram apresentados o serviço Exsiccatae para as imagens enviadas pelos herbários da rede, a nova interface de busca e os sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Foram também apresentadas algumas estatísticas de uso do Herbário Virtual. Uma média de 20 milhões de registros são visualizados por mês, plotados em mapas (44%), gráficos (29%), downloads (23%) ou como listas e fichas de espécimes (4%). Em relação ao uso das ferramentas disponíveis, são produzidos por mês em média 30 mil mapas, 23 mil listas de espécimes, 20 mil downloads, 12,7 mil fichas, 9,5 mil gráficos, 5 mil buscas e mais de três mil e duzentas imagens.

Folders dos projetos BioGeo, Lacunas e Reflora, associados ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que foram apresentados em Brasília.

Elementos de inovação e continuidade
Foram apresentados como elementos de inovação do Herbário Virtual:
• o trabalho em rede, com a valorização dos acervos locais, fora dos grandes centros de pesquisa
• o desenvolvimento de sistemas interativos, integrando dados textuais e imagens
• a e-taxonomia e ferramentas didáticas
• as ferramentas que facilitam o acesso, recuperação e análise dos dados
• as ferramentas que facilitam a modelagem de nicho ecológico das espécies

Foram também destacadas algumas atividades para justificar a continuidade do apoio ao INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos:
• Gestão da rede
• Integração de novos acervos (mais de 140 herbários do Brasil cadastrados no Index Herbariorum), inclusive acervos históricos
• Continuidade das atividades (digitação, digitalização, aumento da qualidade dos dados, visita de especialistas)
• Agregação de novos dados (pólen, cistos de dinoflagelados, sementes, frutos, etc.)
• Integração com outras bases de dados
• Aplicação das ferramentas para o planejamento de novas coletas (Lacunas, teste do BioGeo)
• Apoio à Estratégia Global para a Conservação das Plantas da Convenção da Diversidade Biológica que apresenta como meta uma flora online de todas as plantas conhecidas

Estande do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Além da apresentação oral, foi montado um estande do INCT Herbário Virtual que recebeu visitas dos dirigentes do CNPq, MCTI, dos avaliadores e das equipes dos INCTs participantes. Foram preparados dois banners e 4 folders destacando a participação dos herbários nacionais e estrangeiros, a evolução da rede, as atividades do INCT nos projetos Reflora, com o serviço Exsiccatae, e SisBiota, com o desenvolvimento dos sistemas Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil (Lacunas) e Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (BioGeo).

Da esquerda para a direita: Mariângela Menezes, João Renato Stehmann, Dora Ann Lange Canhos e Ana Maria Giulietti Harley.

Os resultados apresentados pelo INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos foram muito elogiados pelos avaliadores e realmente são muito significativos. A isso se deve o trabalho e o empenho de cada curador, responsável e técnico dos herbários, à equipe de desenvolvedores e técnicos de apoio em informática e à coordenação do INCT.

Parabéns a todos!

Leonor Costa Maia, Dora Ann Lange Canhos, João Renato Stehmann e Mariângela Menezes.

Saiba mais!

28 de mai. de 2013

Serviço Exsiccatae: imagens de espécimes online

Atualmente disponibilizando imagens de cerca de 200 mil espécimes botânicos, o serviço Exsiccatae permite a integração de imagens de plantas e fungos coletados no Brasil, mantidos em herbários do país e do exterior, aos dados disponíveis na rede INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos via speciesLink.


Lançado oficialmente em agosto de 2011 durante o 62o Congresso Nacional de Botânica, o serviço Exsiccatae é um produto do projeto "Ampliação, Integração e Disseminação Digital de Dados Repatriados da Flora Brasileira" coordenado pelo Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) e desenvolvido com apoio do CNPq como parte do Programa Reflora. O sistema integra um serviço de imagens de alta resolução com as informações textuais da rede speciesLink, de modo que cada espécime pode ter imagens associadas, seja da exsicata depositada no herbário ou de fotos em campo, enquanto ainda vivo, dentre outras possibilidades.

Flor do espécime HVASF008508 coletado em Custódia (PE), depositado no Herbário Vale do São Francisco e identificado como Herissantia crispa (Malvaceae).

O serviço está disponível para herbários nacionais e do exterior interessados em integrar imagens dos espécimes e foi desenvolvido a partir da experiência de implementação do Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire, fruto de uma parceria entre o Museu Nacional de História Natural de Paris, o Instituto de Botânica de São Paulo e o Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA. O sistema permite a visualização online de quase 200 mil espécimes, incluindo milhares de imagens de tipos depositados em coleções nacionais e internacionais.

Exsicata depositada no New York Botanical Garden do espécime NY00023334, coletado em 1973 por J. F. Ramos no INPA em Manaus (AM). O espécime representa o tipo de Ischnosiphon crassispicus L. Andersson, identificado pelo próprio Andersson em 1984.

Perspectivas emergentes
A visualização das imagens das exsicatas oferece oportunidades dos curadores e pesquisadores consultarem espécimes à distância, abrindo uma perspectiva para inovação em estudos taxonômicos (i.e. cybertaxonomy ou e-taxonomy) e a implementação de novas estratégias de identificação de material em herbários brasileiros. Um exemplo recente é a contribuição da pesquisadora Daniela Zappi (Royal Botanic Gardens, Kew) que revisou e comentou remotamente a identificação de espécimes da família Cactaceae depositados em diversos herbários. Além disso, a inclusão de imagens adicionais, seja do material vivo em campo ou de estruturas microscópicas (p.ex. pólen ou esporos) amplia significativamente o leque de aplicações. Imagens dos espécimes vivos são particularmente importantes para mostrar flores e frutos das plantas, e também são imprescindíveis para os fungos, como os cogumelos e as orelhas-de-pau, que perdem a cor e a forma quando desidratados. Essas características são cruciais para o reconhecimento das espécies.






O Exsiccatae vem recebendo contribuições constantes dos provedores de dados e hoje já conta com cerca de 200 mil imagens de espécimes, das quais mais de 95% são de exsicatas. O acervo está em constante expansão e já conta com mais de 5 mil imagens de espécimes vivos e pouco mais de 1.000 imagens de pólen.

Imagens servidas pelo serviço Exsiccatae de acordo com o tipo de material que representam: voucher (exsicata), material vivo ou pólen.

Ferramentas online
O sistema oferece ferramentas de zoom, rotação, medidas em cm, correção de cores e download. As imagens das exsicatas possibilitam checar a etiqueta, permitindo que informações básicas sejam consultadas rapidamente e até mesmo erros de digitação corrigidos.

Visualização da exsicata NY00255129 coletada no Brasil por G. Gardner em 1836 e identificada por H. Kennedy em 19/12/1972 como Calathea barbata (Marantaceae). A linha em vermelho indica a medida realizada na interface do Exsiccatae.

Outras ferramentas importantes disponíveis a partir da interface de busca do speciesLink (no menu imagens) são a visualização das imagens como um catálogo e a comparação das imagens de diferentes exsicatas. O catálogo permite aos usuários checarem o material antes da manipulação física, reduzindo a necessidade de mexer em todas as exsicatas e acelerando o processo de compilação do material. Da mesma forma, a comparação virtual de exsicatas diferentes potencialmente pode reduzir o trabalho manual de bancada e reduzir o desgaste físico do material em boa parte dos casos.
Interface do Exsiccatae permite visualização das imagens como um catálogo.

Comparação das imagens de diferentes exsicatas de Cereus jamacaru (Cactaceae).

Serviço de imagens para herbários nacionais
Além da integração com a rede speciesLink, o Exsiccatae oferece um serviço web para os herbários nacionais usarem as imagens como preferirem. Atualmente, o Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ) é usuário do serviço possibilitando a associação de vouchers aos nomes publicados na Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Como contribuir com imagens
Incentivamos a participação de todos os herbários no sistema Exsiccatae. Para participar basta enviar um email para splink@cria.org.br e serão indicados todos os passos necessários.

Saiba mais!
O sistema Exsiccatae está integrado ao INCT-HVFF e à rede speciesLink.