Coleção de fungos do Herbário PACA é integrada ao INCT-Herbário Virtual

O herbário PACA abriga a maior parte das coletas de fungos feitas pelo Padre Rick, pioneiro da micologia no Brasil. Mais de 11.000 registros já estão disponíveis online, com cerca de 300 imagens dos espécimes-tipo. Uma breve contextualização da contribuição do Padre Rick para a micologia no país, o processo de integração e as atividades desenvolvidas durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA são relatados a seguir.

O Herbário PACA abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Depois da visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA em setembro passado, deu-se início à integração do acervo do herbário à rede speciesLink, começando pela coleção de fungos. O processo de informatização foi iniciado com a digitalização do caderno de tombo em um banco de dados no programa Access e agora a coleção já se encontra disponível online com acesso aberto e livre a mais de 11.000 espécimes de fungos, incluindo imagens sobre cerca de 300 tipos. A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos, sendo considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil.

Padre João Evangelista Rick (1869-1946)

Pioneiro da micologia no Brasil, o Padre Rick iniciou os estudos sobre fungos em 1896 ainda em sua terra natal, a Áustria. Sua vinda para o Brasil foi motivada antes de tudo pelo interesse na pesquisa com fungos e, depois de estudar português durante cerca de um ano em Portugal, aportou em solo brasileiro em 1903 com um microscópio e alguma literatura, incluindo obras de Saccardo, Fries, Rehm, Bresadola, Cooke e Müller. Dentre outras atividades, tornou-se professor de história natural em São Leopoldo (RS) e gerou um legado inestimável para o desenvolvimento da micologia na América do Sul. Segundo uma compilação feita por ele próprio, registrou 2.160 espécies e variedades de fungos pertencentes a 225 gêneros e 25 famílias, das quais 23 gêneros, 633 espécies e 145 variedades foram descritas como novas para a ciência. Em cerca de meio século de pesquisas, publicou 71 trabalhos, somando 1.226 páginas e mais de 47 pranchas.

Exsicatas de fungos depositadas no PACA.

 

Em contato com os melhores especialistas da época, com destaque para Bresadola e Lloyd, Rick fortaleceu sua formação micológica com base em parcerias internacionais. Durante muitos anos, enviou espécimes para a Europa e os Estados Unidos, de modo que muitos exemplares importantes estão depositados em Washington, Berlim, Estocolmo, Paris e Londres. Entretanto, a partir de 1929 começou a conservar as coletas de fungos no Brasil e, durante cerca de 20 anos de atividade, acumulou aproximadamente 13.000 espécimes que hoje compõem a coleção Fungi Rickiani, integrada em sua maior parte ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Um gigante de quase 2 metros de altura, o Pe. Rick era ao mesmo tempo admirado e incompreendido. Silencioso, passava dias coletando fungos nas florestas por onde andava, nas imediações dos colégios e casas paroquiais de colonização alemã. Rick costumava dizer que o mato era seu herbário e, segundo o Pe. Rambo que fora seu discípulo, a organização não era exatamente seu ponto forte. "Costumava deixar sempre à disposição dele algumas mesas compridas, o mais distante possível da minha própria mesa de trabalho, mas já no primeiro dia suas mesas estavam ocupadas com fungos e livros. No segundo dia começava a invasão da minha mesa. Não havendo mais lugar nela, o processo continuava contente e feliz pelo assoalho, até não sobrar nenhuma nesga desocupada", relatou Rambo. Foi ele próprio que, dois anos antes do falecimento de Rick, passou 6 meses organizando a coleção de fungos, catalogando os registros e acomodando os espécimes em envelopes de papel padronizados e guardados em armários à prova de insetos. Rick faleceu com 77 anos no Colégio Santo Inácio em Salvador do Sul em 1946, deixando um legado que abriu caminho para o desenvolvimento da Micologia no Brasil.

Padre João Evangelista Rick. Retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.

Informatização e integração ao Herbário Virtual

Poucos anos antes de nos deixar, o Pe. Rick concluiu que "o que realizamos em benefício da pesquisa dos fungos no Brasil, somente o distante futuro irá reconhecer, no momento em que o povo brasileiro tiver mais consciência do dever que tem para com a cultura. Quero que minha coleção esteja disponível para qualquer um que pretenda trabalhar com seriedade". A contribuição do Pe. Balduíno Rambo foi imprescindível para a organização da coleção de Rick, mas desde então um extenso trabalho de curadoria foi necessário para manter, organizar, informatizar e disponibilizar o acervo. Destaque deve ser dado à atual curadora, Dra. Maria Salete Marchioretto, que desde 1993 vem coordenando essas atividades no herbário PACA. Os dados estavam estruturados em um banco de dados no programa Access e a integração com a rede speciesLink foi realizada com suporte da equipe do CRIA. Dentre os 11.300 espécimes de fungos, cerca de 8.200 (>70%) são referentes a coletas feitas pelo próprio Pe. Rick. Diversos outros pesquisadores contribuíram também para a formação do acervo, como o Pe. Camille Torrend. As coletas foram realizadas principalmente na região Sul do país, estando repleta de espécimes-tipo. As coletas dos espécimes apresentam um pico de atividades na primeira metade do século XX e nos últimos 10 anos grande parte desses materiais foi reexaminada por pesquisadores que revisaram as identificações.

Atividades desenvolvidas durante a visita

Durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA foi realizada uma palestra sobre sistemas de informação aplicados ao estudo da biodiversidade no Brasil e um minicurso sobre integração de dados e ferramentas no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A nova bolsista do herbário PACA, Pâmela Corrêa, participou das atividades e vem ajudando a cuidar do acervo. A experiência com a coleção de fungos serviu de base para a integração do herbário PACA ao INCT-Herbário Virtual e em breve a coleção de angiospermas do Pe. Balduíno Rambo e de pteridófitas e briófitas do Pe. Aloysio Sehnem serão incorporadas à rede speciesLink.

Dra. Maria Salete Marchioretto, Ricardo Braga-Neto e participantes do minicurso realizado na Unisinos em São Leopoldo.

Saiba mais!

• Integração do Herbário Anchieta-PACA ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• PACA - Herbarium Anchieta - Fungi Rickiani
• Acervo de fungos do PACA disponível na rede speciesLink
• Pe. J. E. Rick, SJ. Cientista, colonizador, apóstolo social, professor. A. Rabuske e A. Rambo (Eds.) 2004. Editora Unisinos. ISBN 85-7431-219-3.

Herbários M e MSB (Munique) integram dados de espécimes coletados no Brasil com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Os herbários da Botanische Staatssammlung München (M) e da Universidade de Munique (MSB) estão compartilhando 5.409 registros, sendo 1.546 typus e 4.508 com imagens de amostras coletadas no Brasil com o Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

A Botanische Staatssammlung München (M) em Munique (Fotos: www.botanischestaatssammlung.de).

Os herbários M e MSB são mantidos juntos e historicamente formam uma entidade. Abrigam cerca de 3,2 milhões de espécimes de plantas,  líquens e fungos coletados em todo o mundo, mas seu acervo é particularmente representativo para a flora da Baviera e dos Alpes, para as plantas vasculares do Brasil, Chile, Ásia Central e partes da África. M é responsável por praticamente todo o material brasileiro devido ao seu antigo diretor Carl Friedrich Philipp von Martius (17 Abril 1794 – 13 Dezembro 1868).

Em outubro de 2014, 5.409 registros textuais e imagens associadas de amostras coletadas no Brasil foram repatriadas e integradas ao INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A maior parte dessas amostras foi coletada no século 19 e início do século 20. O acervo inclui material coletado por Martius (3.767 amostras), Pohl (422), Spruce (250), Sellow (166), Luetzelburg (157), Riedl (114), Krukoff (49), Blanchet (34) e muitos outros.

Mais de 1.500 amostras referem-se a tipos, incluindo 361 holótipos, 292 isótipos e 327 síntipos.

Catálogo online dos holótipos do Brasil do herbário M no Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Acesse o acervo M do Brasil em http://www.splink.org.br/index?lang=pt&group=plantas&ts_collectioncode=M&action=search

Saiba mais! 

• Espécimes do M e MSB disponíveis no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Metadados da coleção M na rede speciesLink
• Herbarium Botanische Staatssammlung München (M)
• Herbarium of the University of Munich (MSB)

The herbaria M and MSB (Munich, Germany) integrate their data of specimens collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi

The herbaria of the Botanische Staatssammlung München (M) and the University of Munich (MSB) are sharing 5.409 records, 1.546 typus and 5.408 images of specimens collected in Brazil and under their care with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi.

The Botanische Staatssammlung München (M and MSB). Images from: www.botanischestaatssammlung.de

The herbaria M and MSB have long been intercalated and historically belong together. They hold about 3.2 million specimens of plants, lichens, and fungi from around the world, although their collections are particularly representative for the flora of Bavaria and the Alps, vascular plants of Brazil, Chile, Middle Asia and parts of Africa. Practically all material from Brazil is under the responsibility of M, because of its former director Carl Friedrich Philipp von Martius (17 April 1794 – 13 December 1868).

In October 2014, 5,409 textual records and associated images of specimens collected in Brazil were repatriated and became part of Brazil’s Virtual Herbarium of Flora and Fungi. Most samples were collected during the 19th and early 20th centuries and include material collected by Martius (3,767 samples), Pohl (422), Spruce (250), Sellow (166), Luetzelburg (157), Riedl (114), Krukoff (49), Blanchet (34), and many others.

Over 1,500 samples refer to types, including 361 holotypes, 292 isotypes, and 327 syntypes.

M’s online catalogue of holotypes from Brazil

Check out M’s collection of Brazilian plants at http://www.splink.org.br/index?lang=pt&group=plantas&ts_collectioncode=M&action=search

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• M and MSB specimens available at the Brazilian Virtual Herbarium of Plants and Fungi
• M collection metadata at speciesLink network
• Herbarium Botanische Staatssammlung München (M)
• Herbarium of the University of Munich (MSB)

Herbário Hamburgense integra dados de espécimes coletados no Brasil com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

O Herbário Hamburgense integrou 1.668 registros e 722 imagens de amostras botânicas coletadas no Brasil com o INCT-Herbário Virtual do Brasil da Flora e dos Fungos. A coleção inclui 1.125 tipos e 866 registros coletados por Ernst Heinrich Georg Ule entre 1883 e 1907. 

O Herbário Hamburgense está localizado no Biocentre Klein Flottbek perto do Jardim Botânico Hamburgo.

O Herbário Hamburgense (HBG) é um dos maiores herbários da Alemanha, com mais de 1,8 milhões de espécimes. A coleção é rica em espécimes-tipo especialmente de áreas tropicais, como do Brasil (E. ULE), de Bornéu (H. Winkler, MS CLEMENS), da Índia (D. BRANDIS), da Austrália (A. DIETRICH, L. PREISS) e das ex-colônias alemãs na África e na região do Pacífico. O herbário foi fundado em 1883, integrando várias colecções importantes abrigadas em Hamburgo naquele momento.

Catálogo de amostras brasileiras de Ule está parcialmente disponível online. A digitalização dos espécimes-tipo de Ule mantidos no HBG será concluída em breve.

Depois disso, um grande número de coleções de todo o mundo foi adquirida pelo HBG, particularmente durante o auge do colonialismo alemão. Em 1919, o herbário foi incorporado à recém-fundada Universidade de Hamburgo. Surpreendentemente, o HBG atravessou a Segunda Guerra Mundial sem danos e, durante a guerra, uma quantidade substancial dos espécimes do herbário foi evacuada, primeiro transferidos para a Alemanha Central em 1943, depois para Leningrado (agora São Petersburgo) em 1945 e, finalmente, para Berlim Oriental na década de 1950. Estes espécimes permaneceram intocados por pesquisadores por mais de 40 anos, mas desde que eles foram devolvidos ao HBG, em 1990, eles estão disponíveis novamente de forma integral.

Proporção das categorias de espécimes-tipo brasileiros depositados no HBG.

O HBG agora compartilha com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos 1.668 registros de espécimes e 722 imagens de amostras coletadas no Brasil. Existem 866 registros disponíveis das amostras coletadas por Ernst Heinrich Georg Ule entre 1883 e 1907, das quais mais de 600 são tipos.

Infra-estrutura interna do Herbário Hamburgense para organizar os espécimes (Foto: Flickr JSTOR).

O Herbário Hamburgense está localizado no Biocentre Klein Flottbek perto do Jardim Botânico Hamburgo. Suas atividades de pesquisa e ensino estão ligados ao Departamento de Biodiversidade, Evolução e Ecologia de Plantas no Biocentre. Somos gratos ao Prof. Dr. Norbert Jürgens e sua equipe pela receptividade e determinação em participar da integração do HBG ao INCT-Herbário Virtual.

Saiba mais! 

• Espécimes do HBG disponíveis no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos
• Metadados da coleção HBG na rede speciesLink
• Site do Herbarium Hamburgense (Inglês)

Herbarium Hamburgense integrates data of specimens collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi

The Herbarium Hamburgense integrated 1,668 records and 722 images of botanical samples collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi. The collection includes 1,125 types and 866 records collected by Ernst Heinrich Georg Ule between 1883 and 1907. 

The Herbarium Hamburgense is located in the Biocentre Klein Flottbek close to the Hamburg Botanical Garden.

Herbarium Hamburgense (HBG) is one of the largest herbaria in Germany, with over 1.8 million specimens. It is rich in type specimens especially from tropical areas, e.g. Brazil (E. ULE), Borneo (H. WINKLER, M.S. CLEMENS), India (D. BRANDIS), Australia (A. DIETRICH, L. PREISS) and from former German colonies in Africa and the Pacific Area. The herbarium was founded in 1883, incorporating many important collections held at Hamburg at the time.

Ule’s catalogue of Brazilian samples is partially available online. The digitisation of the Ule type specimens kept at HBG will be finished soon. 

Afterwards, a large number of collections from all over the world was acquired by HBG, particularly during German’s colonialism heyday. In 1919 the herbarium was incorporated to the newly founded Hamburg University. Surprisingly, HBG went through the Second World War without damages, and during the war a substantial amount of the herbarium specimens was evacuated, first transferred to Central Germany in 1943, then to Leningrad (now St. Petersburg) in 1945, and finally to East Berlin in the 1950s. These specimens remained untouched by researchers for more than forty years, but since they were returned to HBG, in 1990, they are fully available again.

Proportion of Brazilian type specimens categories deposited at HBG.

HBG now shares 1,668 specimen records and 722 images of samples collected in Brazil with the Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi. There are 866 records available of samples collected by Ernst Heinrich Georg Ule between 1883 and 1907, from which more than 600 are types.

Herbarium Hamburgense internal infrastructure to organize the specimens (Photo: JSTOR Flickr).

The Herbarium Hamburgense is located at the Biocentre Klein Flottbek nearby the Hamburg Botanical Garden. Its research and teaching activities are associated with the Department of Biodiversity, Evolution and Ecology of Plants at the Biocentre. We are grateful to Prof. Dr. Norbert Jürgens and his team for the receptiveness and determination in participating of the integration of HBG to the Brazil’s Virtual Herbarium.

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• HBG specimens available at the Brazilian Virtual Herbarium of Plants and Fungi
• HBG collection metadata at speciesLink network
• Herbarium Hamburgense website

Integração do Herbário Anchieta-PACA ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Durante visita da equipe do INCT-Herbário Virtual ao Rio Grande do Sul, a curadora Maria Salete Marchioretto e o coordenador Padre Pedro Ignácio Schmitz, do Instituto Anchietano de Pesquisas, demonstraram interesse em integrar o Herbário Anchieta-PACA às redes speciesLink e INCT-Herbário Virtual, buscando fortalecer a coleção e ampliar o acesso a informações de enorme valor científico e histórico para o Brasil.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Fundado em 1932 pelo Padre Balduíno Rambo, o Herbário PACA (Porto Alegre, Colégio Anchieta) abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Conhecido originalmente como Herbarium Anchieta, o PACA abriga coleções repletas de tipos nomenclaturais, como a coleção de fungos do Padre Johannes Evangelista Rick, considerado o precursor da micologia no Brasil (Fungi Rickiani), a coleção de angiospermas do próprio Padre Balduíno (Flora Brasiliae Australis) e a coleção do Padre Aloysio Sehnem, com ênfase em pteridófitas e briófitas (Plantas do Sul do Brasil). O herbário recebe muitas visitas de pesquisadores de diferentes instituições de ensino e pesquisa, o que demonstra a importância do acesso às informações sobre os espécimes. Atualmente o PACA disponibiliza na internet uma lista com 539 espécimes-tipo de Angiospermas, Pteridófitas, Briófitas e Fungos, a maior parte com acesso às imagens das exsicatas, comentários e atualizações.

Infraestrutura física e manutenção do acervo

Curadora do PACA desde 1993, a Dra. Maria Salete Marchioretto coordena todo o trabalho de manutenção, organização, resgate, digitalização e disponibilização do acervo. Ela vem dedicando muito esforço para preservar as coleções, mesmo sendo a carência de pessoal uma limitação constante. "Passei por todos os processos de aprendizagem, desde coletar, passar o material na estufa, datilografar fichas, herborizar, guardar material na coleção, gerenciar empréstimos, passar material no freezer, digitar no banco de dados, fazer guias de remessa, enviar e responder correspondências..." - desabafa Salete. Por curtos períodos contou com funcionários, bolsistas (por meio da Rede de Herbários do RS) e estagiários (por meio da Prefeitura de São Leopoldo) que contribuíram no passado exercendo funções temporárias que não garantem a continuidade do trabalho. Atualmente a curadora tem somente uma bolsista ligada a um projeto de pesquisa, auxiliando-a dois turnos na manutenção da coleção.

A mudança da antiga sede da Unisinos no centro de São Leopoldo para o campus da Unisinos em março de 2014 levou o acervo para uma instalação moderna mais compacta e com sistema de refrigeração, eliminando a necessidade do controle com naftalina. A coleção de fungos está ordenada por gêneros, geralmente agrupados por família dentro de pequenas caixas de madeira guardadas em armários fechados. As coleções de Angiospermas, Gimnospermas, Pteridófitas e Briófitas estão organizadas em ordem alfabética de família. Quando a Dra. Salete assumiu a curadoria, apenas cerca de 20% dos espécimes estavam herborizados e havia muitos empréstimos de até 20 anos atrasados, mas com a intensificação da cobrança muitos exemplares foram resgatados. Além das coleções históricas, entre 2004 e 2005 o herbário HASU da Unisinos foi incorporado à coleção do herbário PACA, que ampliou ainda mais o acervo. O herbário tem ainda uma biblioteca setorial especializada, com obras raras, livros, periódicos nacionais e internacionais. 

A pesquisadora argentina Andrea Romero folheando um exemplar do acervo da biblioteca do Herbário PACA durante visita para examinar espécimes de Ascomycota.

Processo de informatização dos dados

O processo de informatização dos dados está avançado, de modo que as coleções Angiospermas, Gimnospermas e Pteridófitas estão quase todas informatizadas; a coleção de fungos está com um índice de 80 a 90% de informatização e a coleção de Briófitas cerca de 40% . O processo de informatização foi iniciado com um banco de dados desenvolvido especialmente para o herbário PACA no programa Access, mas a falta de pessoal para assessorar continuamente a curadora dificultou o desenvolvimento do trabalho. Um funcionário do Instituto Anchietano de Pesquisas que é também professor da Unisinos vem há mais de 5 anos dando suporte para a manutenção do banco de dados.

Padre Pedro Ignácio Schmitz, coordenador do Instituto Anchietano de Pesquisas, e a Dra. Maria Salete Marchioretto, curadora do Herbário PACA.

   

Integração com a rede speciesLink

A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos. A rede é considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil, contando com cerca de 5 milhões de registros de plantas e fungos, disponíveis de forma aberta e livre na internet. Durante visita da equipe do INCT-Herbário Virtual em setembro passado, o bolsista Ricardo Braga Neto teve a oportunidade de expor os benefícios da integração dos dados à rede e ficou acordado que a integração será realizada durante os próximos meses começando pela coleção de fungos. Segundo a curadora, sempre houve muita procura pelas coleções por pesquisadores, professores e alunos de graduação e pós-graduação, mas com a disponibilização dos dados ela acredita que haverá um acréscimo na procura do material, maior divulgação e maior prestígio para a instituição. 

Alunas de pós-graduação do Micolab da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) examinando a coleção de fungos do Herbário PACA.

Os próximos passos envolvem o cadastramento da coleção de fungos no sistema de gerenciamento da rede e a formalização da parceria. A equipe técnica do CRIA irá estudar o banco de dados utilizado pela coleção e a compatibilidade dos campos utilizados com o padrão DarwinCore. Uma visita está sendo planejada para efetivar a integração, realizar a instalação do software spLinker, configurar e mapear os campos de acordo com o modelo DarwinCore e testar o envio dos dados da coleção. A rede speciesLink possibilita a inclusão de imagens dos espécimes por meio do serviço Exsiccatae (INCT-Herbário Virtual/Reflora) e será possível associar imagens em alta resolução dos espécimes, ampliando a utilidade dos dados textuais e garantindo a preservação de informações preciosas. Muitas vezes as imagens reduzem a necessidade de manuseio das exsicatas, diminuindo o trabalho dos curadores e facilitando a consulta por qualquer interessado. As equipes do INCT-Herbário Virtual e do CRIA agradecem o interesse em formar a parceria e estão à disposição para dar o suporte necessário para fortalecer o Herbário Anchieta-PACA, ampliando sua visibilidade, o reconhecimento institucional e tornando a coleção cada vez mais viva.

Padre Rick, retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.

 

Saiba mais!

• Rede speciesLink supera 7 milhões de registros
• Página do Herbário PACA na Unisinos
• Acervo de typus do Herbário Anchieta-PACA
• Padre Pedro Ignácio Schmitz (IHU-online) 

Texto

• Ricardo Braga-Neto e Maria Salete Marchioretto

Fotos

• Ricardo Braga-Neto

Interface de busca e dicas de uso da rede speciesLink

O INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos preparou uma série de vídeos para auxiliar os usuários a explorar melhor os sistemas de informação. O primeiro vídeo traça um panorama sobre a rede speciesLink, explorando a interface de busca e fornecendo dicas de uso. Veja a seguir.

Saiba mais!

• Rede speciesLink
• Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA)

INCT-HVFF promove a inclusão de imagens de fungos na rede speciesLink

Visando ampliar a qualidade das informações associadas aos registros textuais de fungos disponíveis na rede speciesLink, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está promovendo a inclusão de imagens macro e microscópicas de espécimes de fungos, ampliando a utilidade do sistema de informação para os micólogos.

Panorama geral

O sistema speciesLink é a base utilizada pelo INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) para integrar e tornar disponíveis dados primários sobre plantas e fungos no Brasil. Atualmente a rede INCT-HVFF possui mais de 4,7 milhões de registros online, dos quais mais de 90% são plantas. Embora os fungos tenham sido historicamente menos estudados, nas últimas décadas houve um aumento bastante significativo no interesse pela Micologia no Brasil, dada sua imensa importância para todos os ecossistemas terrestres. Jovens pesquisadores recentemente contratados por universidades públicas vem contribuindo para formar dezenas de novos alunos em muitos centros de pesquisa distribuídos pelo país e a produção de conhecimento, refletido pela qualidade e quantidade de artigos publicados, é muito expressiva.

Captura de tela do resultado de uma busca dos registros de fungos no herbário FLOR com imagens associadas.

Investimentos estratégicos em programas de pós-graduação, cursos de capacitação, infraestrutura das coleções e atividades de coleta em campo, aliados a oportunidades de bolsas de estudo no exterior, são etapas cruciais do desenvolvimento da Micologia no Brasil. Contudo, igualmente importantes são os investimentos na modernização e informatização das coleções, permitindo o desenvolvimento de sistemas que podem contribuir para acelerar a produção de conhecimento. A rede speciesLink reúne em um mesmo sistema informações básicas sobre os espécimes, com dados taxonômicos, geográficos e temporais, além de permitir a associação de imagens com cada espécime através do serviço Exsiccatae.

A inclusão de imagens de fungos é muito importante porque o processo de desidratação necessário para o acondicionamento nos herbários causa a perda de característicasmacroscópicas relevantes para o reconhecimento das espécies. Imagens que retratem a forma e coloração dos esporóforos são importantes, assim como detalhes de estruturas efêmeras e frágeis. Por outro lado, a maioria dos caracteres morfológicos que são determinantes para a identificação das espécies são estruturas celulares e as imagens microscópicas também são muito importantes  para a taxonomia dos fungos. Visando padronizar o processo de integração das imagens e orientar os micólogos interessados, o INCT-HVFF está desenvolvendo um procedimento para melhorar a gestão das imagens de fungos, descrito no guia abaixo.

Um aspecto importante da obtenção das imagens está relacionado à calibração e inclusão de escalas. Incluir uma régua na foto garante uma referência, mas é possível calibrar as imagens sem régua se algum objeto for conhecido ou mensurado.

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Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF

O guia visa orientar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a adotar um procedimento padronizado para enviar imagens de espécimes de fungos para a rede INCT-HVFF/speciesLink. As imagens compartilhadas pelos herbários são armazenadas em servidores localizados no CRIA e na RNP (Rede Nacional de Ensino e Pesquisa) e gerenciadas por sistemas especializados em servir imagens na rede em diferentes formatos e tamanhos. O guia cobre aspectos básicos relacionados à qualidade e obtenção das imagens, calibração e inclusão de escalas, além da preparação e procedimentos de envio dos metadados para a equipe do CRIA, responsável pela gestão das imagens. 

A resolução tem um impacto direto na qualidade da imagem. Quanto maior a resolução, maior a densidade de pixels e de informação que a imagem contém. O tamanho do pixel variou nas diferentes resoluções para manter a mesma dimensão entre as imagens.

É importante ressaltar que as imagens devem ser exclusivamente dos espécimes depositados nos herbários. Além das fotos, podem ser enviadas também ilustrações científicas baseadas nos espécimes. O acesso às imagens pode ser feito pelo formulário de busca da rede, pela interface administrativa do sistema Exsiccatae ou por meio de serviços web para uso pelas coleções. Além de permitir algumas operações básicas com as imagens, como medir uma distância, aproximar ou salvar a imagem, o sistema speciesLink permite ainda que as imagens de diferentes espécimes sejam comparadas diretamente a partir de resultados de buscas!

Captura de tela da interface de buscas do speciesLink usando o menu imagens para comparar diferentes espécimes de fungos micorrízicos arbusculares do herbário URM.

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Primeiras imagens disponíveis

As primeiras imagens incluídas na rede foram contribuições do herbário URM (Recife), que integrou aos registros textuais imagens de fungos endomicorrízicos do filo Glomeromycota e de fungos decompositores de madeira do filo Basidiomycota. O próximo a participar foi o herbário FLOR (Florianópolis) e os alunos do Micolab da UFSC, que enviaram imagens macro e microscópicas e nos ajudaram a discutir todo o processo, incluindo o sistema de tags usado para classificar as imagens. Em seguida, pesquisadores associados ao herbário INPA (Manaus) integraram imagens de fungos decompositores de serrapilheira e fungos gasteróides do filo Basidiomycota. Durante o segundo semestre de 2014 uma equipe do INCT-HVFF e do CRIA visitará as principais coleções de fungos no Brasil para divulgar a iniciativa e oferecer suporte para a integração das imagens aos dados dos espécimes de fungos que ocorrem no país. Ainda que o sistema esteja em fase experimental, a revolução que isso representará para a taxonomia e estudo dos fungos dependerá exclusivamente da participação ativa da comunidade científica. Participe!

Alunos do Micolab em Florianópolis na bancada mostrando o dia-a-dia no laboratório.

Saiba mais!

• Nota técnica: Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF
• Calibração e inclusão de escalas em imagens

Novos caminhos para a revista Check List

A revista Check List publica listas de espécies, mapas de distribuição geográfica e notas sobre a distribuição de táxons visando fornecer subsídios para preservar remanescentes naturais e espécies. Após mais de 5 anos de contribuição do CRIA, a revista passará agora para a plataforma Biotaxa.org. 

Por Henrique C. Costa e Diogo B. Provete

O conhecimento sobre a distribuição geográfica dos organismos é fundamental para que ações efetivas de conservação sejam desenvolvidas. Considerando que o planeta vem passando por uma crise decorrente das ações humanas sobre os ambientes naturais, acarretando a perda de habitat e a consequente extinção de espécies, os inventários sobre biodiversidade se tornam cada vez mais urgentes e relevantes.

Apesar da importância de inventários de biodiversidade, a divulgação desses dados em periódicos científicos é bastante limitada. Muitas revistas resistem contra sua publicação por considerá-los “simples demais”, exceto quando atrelados a estudos ecológicos ou biogeográficos aprofundados. Em consequência, diversos estudos resultantes de projetos de pesquisa em campo ou em coleções, e também de licenciamentos ambientais permaneciam restritos a relatórios técnicos desconhecidos pela comunidade acadêmica. Isso favorece a continuação de lacunas amostrais e do inadequado conhecimento biogeográfico da biodiversidade, denominado “déficit Wallaceano”.

Dentro deste contexto, a Check List: Journal of Species Lists and Distribution foi fundada em 2005, pelo Dr. Luís Felipe Toledo (hoje na UNICAMP), com o intuito de proporcionar um meio para a publicação de listas de espécies e notas de distribuição geográfica. Atualmente em seu 10º volume, sob chefia do MSc. Diogo Borges Provete (UFG), a Check List já publicou mais de 400 listas e 940 notas, abrangendo mais de 18 mil espécies dos mais variados táxons de todos os continentes. Sem dúvida, esses estudos ainda relegados por muitos, têm auxiliado no desenvolvimento científico ao redor do globo. Os dados publicados na Check List são constantemente citados em artigos de taxonomia, conservação, biogeografia, dentre outros, o que demonstra sua relevância, a despeito da opinião de alguns membros da academia.

Índice SJR vs. citações por artigo por ano.

Desde a fundação do periódico, foi fechada uma parceria com o CRIA, garantindo todo o suporte técnico necessário para a adequada manutenção da Check List. Esse frutífero relacionamento permitiu que a Check List crescesse a cada edição. Por exemplo, o número do submissões saltou de 76 em 2006 para 361 em 2011 e em 2012 recebemos 428 manuscritos, o maior número de submissões na história do periódico. Ao longo desses 10 anos, a média de submissões ficou em 235 por ano. Esse grande volume de submissões fez com que aumentássemos o nosso corpo editorial, novas especialidades foram criadas, junto com o aumento do número de editores assistentes, que são encarregados de pré-processar as submissões antes de serem enviadas para o editor de área.

Até este ano, a submissão e todo o gerenciamento do processo de revisão de centenas de manuscritos vinha sendo realizado pelo corpo editorial da Check List por meio de mensagens de e-mail trocadas entre editores, autores e revisores. No entanto, com o próprio crescimento do periódico em termos não só de número de submissões e artigos publicados (desde 2011 publicamos 6 edições por ano), mas de visibilidade internacional ficou evidente que este sistema era insustentável a curto prazo. Portanto, havia a necessidade de mudarmos para um sistema de submissão, gerenciamento, e publicação online, como o Open Journal Systems (OJS) de forma a garantir a agilidade e organização da revisão e das submissões. Além disso, outras funcionalidades, tais como arquivamento de meta-dados, sistema DOI tornaram-se necessárias para que o periódico continuasse a se desenvolver e ampliasse o seu reconhecimento perante a comunidade acadêmica.

Todo o corpo editorial e revisores trabalham de forma voluntária. E devido à limitações de pessoal, infelizmente essa importante transição na história da Check List culminará com o hiato da bem sucedida parceria com o CRIA. No entanto, cabe a nós, da Check List, reforçar o nosso agradecimento a toda equipe do CRIA, que ao longo de mais de 5 anos garantiu a manutenção da página do periódico na internet, além de ajudar em vários aspectos administrativos. Se hoje a Check List se destaca internacionalmente pela publicação de inventários de biodiversidade, foi graças à parceria mantida com o CRIA durante esses anos.

Saiba mais!

• Check List: Journal of Species Lists and Distribution
• Arquivo dos artigos publicados na Check List