IEF (MG) cadastra coleções para o Sistema de Informações Biológicas

Até o dia 10 de julho de 2014, está aberto o cadastro de coleções biológicas do estado de Minas Gerais. Essas coleções farão parte do Sistema Integrado de Informações sobre Biodiversidade do Estado de Minas Gerais, fruto de uma parceria entre o Instituto Estadual de Florestas - IEF (MG) e o CRIA.  

Confira mais informações do site do IEF (http://www.ief.mg.gov.br/biodiversidade/sistema-de-informacoes-biologicas):

"O Instituto Estadual de Florestas, através da Diretoria de Pesquisa e Proteção à Biodiversidade, observando a necessidade de investir esforços na integração, sistematização e gestão das informações dispersas em coleções biológicas, artigos científicos, processos de licenciamento entre outros, firmou com o Centro de Referência em Informação Ambiental – CRIA contrato para customização e integração de banco de dados de coleções biológicas visando a implementação do Sistema Integrado de Informação sobre Biodiversidade do Estado de Minas Gerais. Este projeto é parte integrante do Programa Estruturador de “Qualidade Ambiental” do Governo de Minas Gerais e tem como objetivo geral a elaboração de um sistema que permita integrar a informação biológica gerada a partir dos diversos levantamentos conduzidos no Estado.

Considerando a relevância das informações inseridas nos acervos das coleções biológicas do Estado, serão selecionadas 30 coleções biológicas que fornecerão os dados que irão alimentar o referido Sistema de Informação que irá funcionar como base para a definição de políticas públicas que permitirão o uso sustentável e conservação dos recursos naturais em Minas Gerais.

Nesse cenário, convidamos a participarem do Processo Seletivo se cadastrando aqui até o dia 10 de julho de 2014.

Informamos que o cadastro também será utilizado no intuito de identificar as coleções (número de registros, grau de acervo informatizado) e curadores existentes no Estado.

Colocamo-nos à disposição para outros esclarecimentos através do email pesquisa.gprop@meioambiente.mg.gov.br."

Foto da chamada: F. Pezzini

INCT-HVFF promove a inclusão de imagens de fungos na rede speciesLink

Visando ampliar a qualidade das informações associadas aos registros textuais de fungos disponíveis na rede speciesLink, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está promovendo a inclusão de imagens macro e microscópicas de espécimes de fungos, ampliando a utilidade do sistema de informação para os micólogos.

Panorama geral

O sistema speciesLink é a base utilizada pelo INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) para integrar e tornar disponíveis dados primários sobre plantas e fungos no Brasil. Atualmente a rede INCT-HVFF possui mais de 4,7 milhões de registros online, dos quais mais de 90% são plantas. Embora os fungos tenham sido historicamente menos estudados, nas últimas décadas houve um aumento bastante significativo no interesse pela Micologia no Brasil, dada sua imensa importância para todos os ecossistemas terrestres. Jovens pesquisadores recentemente contratados por universidades públicas vem contribuindo para formar dezenas de novos alunos em muitos centros de pesquisa distribuídos pelo país e a produção de conhecimento, refletido pela qualidade e quantidade de artigos publicados, é muito expressiva.

Captura de tela do resultado de uma busca dos registros de fungos no herbário FLOR com imagens associadas.

Investimentos estratégicos em programas de pós-graduação, cursos de capacitação, infraestrutura das coleções e atividades de coleta em campo, aliados a oportunidades de bolsas de estudo no exterior, são etapas cruciais do desenvolvimento da Micologia no Brasil. Contudo, igualmente importantes são os investimentos na modernização e informatização das coleções, permitindo o desenvolvimento de sistemas que podem contribuir para acelerar a produção de conhecimento. A rede speciesLink reúne em um mesmo sistema informações básicas sobre os espécimes, com dados taxonômicos, geográficos e temporais, além de permitir a associação de imagens com cada espécime através do serviço Exsiccatae.

A inclusão de imagens de fungos é muito importante porque o processo de desidratação necessário para o acondicionamento nos herbários causa a perda de característicasmacroscópicas relevantes para o reconhecimento das espécies. Imagens que retratem a forma e coloração dos esporóforos são importantes, assim como detalhes de estruturas efêmeras e frágeis. Por outro lado, a maioria dos caracteres morfológicos que são determinantes para a identificação das espécies são estruturas celulares e as imagens microscópicas também são muito importantes  para a taxonomia dos fungos. Visando padronizar o processo de integração das imagens e orientar os micólogos interessados, o INCT-HVFF está desenvolvendo um procedimento para melhorar a gestão das imagens de fungos, descrito no guia abaixo.

Um aspecto importante da obtenção das imagens está relacionado à calibração e inclusão de escalas. Incluir uma régua na foto garante uma referência, mas é possível calibrar as imagens sem régua se algum objeto for conhecido ou mensurado.

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Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF

O guia visa orientar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a adotar um procedimento padronizado para enviar imagens de espécimes de fungos para a rede INCT-HVFF/speciesLink. As imagens compartilhadas pelos herbários são armazenadas em servidores localizados no CRIA e na RNP (Rede Nacional de Ensino e Pesquisa) e gerenciadas por sistemas especializados em servir imagens na rede em diferentes formatos e tamanhos. O guia cobre aspectos básicos relacionados à qualidade e obtenção das imagens, calibração e inclusão de escalas, além da preparação e procedimentos de envio dos metadados para a equipe do CRIA, responsável pela gestão das imagens. 

A resolução tem um impacto direto na qualidade da imagem. Quanto maior a resolução, maior a densidade de pixels e de informação que a imagem contém. O tamanho do pixel variou nas diferentes resoluções para manter a mesma dimensão entre as imagens.

É importante ressaltar que as imagens devem ser exclusivamente dos espécimes depositados nos herbários. Além das fotos, podem ser enviadas também ilustrações científicas baseadas nos espécimes. O acesso às imagens pode ser feito pelo formulário de busca da rede, pela interface administrativa do sistema Exsiccatae ou por meio de serviços web para uso pelas coleções. Além de permitir algumas operações básicas com as imagens, como medir uma distância, aproximar ou salvar a imagem, o sistema speciesLink permite ainda que as imagens de diferentes espécimes sejam comparadas diretamente a partir de resultados de buscas!

Captura de tela da interface de buscas do speciesLink usando o menu imagens para comparar diferentes espécimes de fungos micorrízicos arbusculares do herbário URM.

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Primeiras imagens disponíveis

As primeiras imagens incluídas na rede foram contribuições do herbário URM (Recife), que integrou aos registros textuais imagens de fungos endomicorrízicos do filo Glomeromycota e de fungos decompositores de madeira do filo Basidiomycota. O próximo a participar foi o herbário FLOR (Florianópolis) e os alunos do Micolab da UFSC, que enviaram imagens macro e microscópicas e nos ajudaram a discutir todo o processo, incluindo o sistema de tags usado para classificar as imagens. Em seguida, pesquisadores associados ao herbário INPA (Manaus) integraram imagens de fungos decompositores de serrapilheira e fungos gasteróides do filo Basidiomycota. Durante o segundo semestre de 2014 uma equipe do INCT-HVFF e do CRIA visitará as principais coleções de fungos no Brasil para divulgar a iniciativa e oferecer suporte para a integração das imagens aos dados dos espécimes de fungos que ocorrem no país. Ainda que o sistema esteja em fase experimental, a revolução que isso representará para a taxonomia e estudo dos fungos dependerá exclusivamente da participação ativa da comunidade científica. Participe!

Alunos do Micolab em Florianópolis na bancada mostrando o dia-a-dia no laboratório.

Saiba mais!

• Nota técnica: Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF
• Calibração e inclusão de escalas em imagens

Rede speciesLink supera 6,5 milhões de registros online

O sistema que integra dados de centenas de provedores de dentro e fora do Brasil é a maior referência nacional sobre informações primárias sobre a biodiversidade. Sua força está essencialmente na competência e atuação de cada componente da rede.

Número total de registros online (verde), de registros georreferenciados com dados originais (azul) e de provedores de dados (vermelho) ao longo do tempo. 

O Brasil é um dos países com maior diversidade biológica no mundo, mas a maioria das informações científicas que está em museus, herbários e coleções microbiológicas se encontrava dispersa e fragmentada, limitando a compreensão sobre a biodiversidade no país. A rede speciesLink foi idealizada e implementada pelo CRIA há mais de 10 anos para suprir essa carência e promover a geração de conhecimento. Desde então vem contribuindo para a integração de dados de diferentes provedores, oferecendo aplicativos e ferramentas que auxiliam os provedores na melhoria da qualidade dos dados. Em meados de abril, a rede superou o marco histórico de 6,5 milhões de registros disponíveis online, com acesso livre e aberto. "O desafio do trabalho em rede, a única forma possível de se trabalhar com as coleções biológicas distribuídas por todo o território nacional, é marcante, mas representa a base do sucesso da iniciativa", enfatiza Dora Canhos, diretora do CRIA. Assim, é extremamente importante reconhecer a força de cada elemento que compõe a rede, sejam provedores de dados, equipes de TI, comitês de coordenação, agências de fomento ou usuários.

Mapa com a localização dos provedores de dados no Brasil que compõe a rede speciesLink, destacando Brasília onde está o Internet Data Center (IDC) da Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP). É lá onde estão todos os equipamentos e servidores  que hospedam dados, informações, imagens, mapas, sistemas, ferramentas e serviços web de interesse e de acesso público.

Atualmente, existem 335 provedores de dados - 324 coleções e subcoleções biológicas e 11 coleções de dados de observação. Mais de 70% de dados são de herbários, o que reflete o apoio dado nos últimos 5 anos pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), por meio do CNPq, ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Quanto aos 30% restantes, cerca de 25% são de animais, 0,2% de microrganismos 0,1% de fósseis e 4,7% de coleções abrangentes, como OBIS-Br e SinBiota. Mais de 93% dos registros têm material testemunho associado e mais que 240 mil registros têm imagens associadas. Destacamos o trabalho da RNP, garantindo a conectividade necessária tanto para prover dados como também para usar essa infraestrutura aberta de dados e ferramentas de interesse público.

O sucesso da rede é também refletido pelo seu uso. Em 2013, por meio da interface de busca foram recuperados cerca de 387 milhões de registros, o que representa mais de 60 vezes o tamanho total do acervo disponível no ano passado. Em 2014, apenas entre janeiro e meados de abril, foram recuperados cerca de 169 milhões de registros pelos usuários. Por recuperados entende-se registros que foram visualizados um a um, plotados em mapas, utilizados em gráficos ou baixados (download). É importante ressaltar que esses números não incluem os registros servidos via serviços web (máquina - máquina).

A interface de busca da rede speciesLink permite grande flexibilidade nas buscas.

Desafios e incentivos
Ao mesmo tempo que se comemora esse novo marco, é importante ressaltar que ainda existe um longo caminho a percorrer. O número de registros online hoje representa somente 27% dos acervos das coleções participantes da rede, com um número estimado de mais de 24 milhões de registros. Trata-se de um desafio não só para as coleções que precisam digitar, disponibilizar e atestar a qualidade de seus acervos, mas para as equipes de TI que precisam trabalhar com uma quantidade cada vez maior de informações, com diferentes tipos de dados (textuais, imagens, sons, etc.), além de desenvolver novos aplicativos atendendo às demandas tanto dos provedores como dos usuários. Contudo, alguns depoimentos indicam que estamos no caminho certo e que a estratégia de integração dos provedores em escala nacional está sendo proveitosa e efetiva.

"É uma honra para o HERBAM participar dessa rede de disponibilização de dados sobre a biodiversidade brasileira. Realmente, neste aspecto foi primordial o apoio do INCT Herbário Virtual e também do Reflora que contribuiu com bolsistas, cursos de aperfeiçoamento, equipamentos, permitindo que um herbário situado no extremo norte do estado de Mato Grosso passe a ser conhecido e reconhecido mundialmente, bem como, permitindo apresentar ao mundo as espécies que fazem parte da flora de nosso estado" afirma a curadora, Célia Soares Lopes. 

Outro depoimento vem de Teresa Fernandes Silva do Nascimento, curadora no Instituto Oswaldo Cruz/Fiocruz-RJ. "A equipe da Coleção de Culicídeos da Fiocruz também se sente honrada por fazer parte dessa rede. Sabemos que muito trabalho ainda precisa ser realizado, entretanto já visualizamos os resultados e progresso desse sistema". 

Se você está envolvido de alguma forma com a rede e tem algum comentário a fazer, não deixe de contribuir comentando este post!

Saiba mais!

• Como participar da rede speciesLink?
• Dados e ferramentas
• Formulário de busca
• Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP)

Herbários IRAI, MBM e UPCB recebem visita para discutir a melhoria da qualidade dos dados

A visita da equipe do INCT-HVFF/REFLORA teve como objetivo discutir a qualidade dos dados e realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning disponível na rede speciesLink. A visita faz parte das atividades para melhoria da qualidade dos dados das coleções participantes do INCT-HVFF.

Desde o início de 2013, uma bolsista do REFLORA/INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) no Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) vem trabalhando com a melhoria da qualidade dos dados disponibilizados na rede speciesLink. As visitas individuais têm se mostrado bastante eficientes para a melhoria da qualidade dos dados dos herbários e para apresentar detalhadamente as ferramentas aos seus usuários.

A ferramenta dataCleaning procura evidenciar os dados que podem conter erros em relação às informações gerenciais de curadoria (número de tombo/catálogo, registros repetidos), aos dados taxonômicos (erros de grafia, diferentes nomes de autor para a mesma espécie), à data (ano de identificação anterior ao da coleta, ano de coleta maior do que a última atualização) ou aos dados de georreferenciamento (ausência de sinal em latitudes ou longitudes negativas, coordenadas que caem no mar, coordenadas que não caem no município indicado).

Mesmo que muitos usuários já tenham visto o relatório dataCleaning em palestras, a revisão dos dados suspeitos no próprio sistema do herbário e a consulta às exsicatas in loco facilita o entendimento do sistema e a identificação de possíveis melhorias no processo de informatização. Da mesma forma, ao visualizar os dados de todas as coleções na rede, os técnicos, bolsistas e curadores notam a importância da qualidade e da padronização das informações fornecidas por eles. Esse fato é especialmente relevante quando se trata da qualidade das coordenadas geográficas e da completude das informações taxonômicas.

Famílias mais representativas nos três herbários visitados: IRAI, MBM e UPCB

Herbários Visitados: IRAI, MBM e UPCB

A visita aconteceu entre os dias 10 e 14 de março de 2014. Os três herbários da região de Curitiba juntos disponibilizam cerca de 350 mil registros online, sendo 280 mil de espécimes coletados no Brasil. Das amostras coletadas no Brasil, mais de 50% são do estado do Paraná. São mais de 26 mil espécies distintas, 235 registros de typus e mais de 3 mil registros de espécies ameaçadas de extinção (Instrução Normativa MMA no. 06). Esses acervos disponibilizam cerca de 1.300 imagens de exsicatas associadas à base textual.

IRAI - Herbário do Parque da Ciência Newton Freire Maia

O IRAI está localizado nas dependências do Parque da Ciência Newton Freire Maia em Pinhais, Paraná e participa do INCT-HVFF desde maio de 2010. Seu acervo de 8.530 espécimes está 100% online, com 87% dos dados georreferenciados. A gestão do banco de dados é feita pelo curador Rony Ristow. O herbário utiliza o software BRAHMS 7.3.6 para manejo dos dados.

Rony Ristow, curador do Herbário IRAI em Pinhais (PR)

  

Histórico de movimentação de dados do IRAI, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2010

  

Infraestrutura do herbário IRAI, que utiliza caixas de metal para armazenar suas exsicatas. Destaque para as mini-exsicatas (imagens inferiores) que funcionam como um guia de espécies

O IRAI é um herbário novo, inaugurado em 2007, e com acervo ainda relativamente pequeno. Desde o início mostra cuidado com a qualidade dos dados, e procura atualizar as determinações de acordo com as duplicatas enviadas para herbários com especialistas. O curador mantém mini exsicatas, que são exsicatas menores, com o objetivo de ser um guia de referência para as espécies já identificadas.

MBM – Herbário do Museu Botânico Municipal

O MBM é um dos maiores herbários do país e o maior da flora sul brasileira, com um acervo de cerca de 400 mil amostras sendo mais de 60% informatizado! Possui 2.700 typus nomenclaturais, sendo que mais de 1.200 possuem imagens disponíveis na rede speciesLink. A coleção do Museu Botânico Municipal é reconhecida por sua importância, estando credenciada como Instituição Fiel Depositária de Componentes do Patrimônio Genético junto ao (CGEN). O MBM disponibiliza seus dados na rede speciesLink desde 2006 e atualmente mais de 250 mil registros (~64%) estão online.

Equipe do MBM com o curador Osmar dos Santos Ribas

Histórico de movimentação de dados do MBM, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2006

Infraestrutura do herbário MBM

O MBM apresenta um programa de permuta de duplicatas de material botânico, mantendo intercâmbio com 207 instituições congêneres, sendo 53 brasileiras e 154 internacionais. Anualmente o acervo é incrementado em cerca de 15.000 novos espécimes, sendo uma das maiores referências do país.

O herbário possui uma funcionária formada em Gestão da Informação e apresentou como monografia de conclusão de curso o trabalho intitulado: Mapeamento do fluxo informacional do Herbário do Museu Botânico Municipal de Curitiba, que pode ser usado como referência para outros herbários. O trabalho está disponível online. 

UPCB – Herbário do Departamento de Botânica – Universidade Federal do Paraná

O acervo conta hoje com cerca de 70.000 amostras de plantas (Angiospermas, Gimnospermas, Pteridófitas, Briófitas, Líquens, Macroalgas em coleções secas e Microalgas em coleções líquidas), com forte ênfase sobre a Flora do Paraná. É a segunda maior coleção do estado. O UPCB disponibiliza seus dados na rede speciesLink desde 2006, e atualmente mais de 90% do acervo está online.

 

Equipe do UPCB

Histórico de movimentação de dados do UPCB, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2006

Infraestrutura do UPCB, que recentemente trocou as caixas de metal por armários

Exemplos de exsicatas no UPCB, no sentido horário: fungos, macroalgas e microalgas em via líquida

O UPCB disponibilizará em breve cerca de 200 imagens dos tipos, associados aos dados textuais já online.

Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil:
Durante as visitas, também foi apresentada uma palestra aos pesquisadores e alunos sobre o sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil - Biogeo, que visa ampliar o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil. O sistema foi desenvolvido para modelar a distribuição potencial das espécies, e conta com a participação ativa de especialistas. O Biogeo possui hoje 80 especialistas cadastrados e mais de 1700 espécies com modelos.

Saiba mais!

• Ferramenta dataCleaning
• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos