Herbário CGMS abriga importante coleção da flora do Mato Grosso do Sul

A equipe do INCT-Herbário Virtual visitou o Herbário Fundação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (CGMS) visando contribuir para a integração, aprimoramento da qualidade e disseminação de seus dados.

Equipe do CGMS presente nos dias da visita. A pesquisadora Dra. Letícia Couto Garcia (segunda à direita), que já foi pesquisadora pós-doc no CRIA, também estava presente.

O Herbário CGMS da Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, campus Campo Grande detém uma coleção com cerca de 45.000 espécimes, além de 10.000 em processo de incorporação devido a doação de duplicatas provenientes do Herbário HMS, extinto e distribuído recentemente.

Cadernos de campo de Vali Pott e Arnildo Pott desde a época das coletas pela Embrapa Gado de Corte que estão armazenados no CGMS e continuam sendo utilizados. Grande parte do acervo do herbário HMS, quando desfeito, foi doado ao CGMS.

A coleção do CGMS, a maior do Mato Grosso do Sul, é heterogênea com espécimes oriundos de diferentes regiões do estado. Deste modo, o Herbário CGMS conta com espécimes do Pantanal, Chaco, Cerrado, Florestas Estacionais da planície e das morrarias. Na coleção estão incorporados predominantemente espécimes de Angiospermas, além de alguns exemplares de Pteridófitas, Briófitas e Líquens.

Localização dos registros disponíveis online para o Herbário CGMS. O herbário possui coletas de regiões únicas no Brasil, como o Chaco. No destaque, mapa com registros do MS.

O herbário disponibiliza seus dados online da rede speciesLink desde julho de 2011, apresentando atualmente mais de 80% do acervo informatizado, sendo 58% desses registros georreferenciados. 

Durante a primeira semana de dezembro, a equipe do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos e do CRIA visitou o herbário CGMS visando contribuir para o aprimoramento da qualidade dos dados disponibilizados pela rede speciesLink, fornecendo suporte e treinamento nas ferramentas disponíveis. O principal tema abordado foi a revisão das coordenadas geográficas disponíveis. Erros nos símbolos de graus, minutos e segundos podem não ser interpretados pelo sistema levando a disponibilização de uma coordenada equivocada. Corrigir os erros antigos é importante, mas a mensagem principal é o treinamento da nova geração de botânicos e ecólogos em geral sobre a importância de fornecimento de dados precisos, especialmente coordenadas geográficas consistentes.

Histórico de envio de dados à rede speciesLink (total em verde e georeferenciados em azul). No destaque, as 20 famílias com maior número de registros e os principais coletores do CGMS.

A importância da integração dos dados do herbário CGMS na rede INCT-Herbário Virtual é enorme, pois amplia o acesso às informações depositadas no herbário, fornecendo dados essenciais para o desenvolvimento de pesquisas científicas e para a conservação da biodiversidade. Esse dados podem ser utilizados no futuro para responder uma variada gama de perguntas e durante o treinamento os participantes tem a oportunidade de ver como os dados disponibilizados por cada herbário tem uma grande importância em todo o banco. Como por exemplo as abordagens apresentadas pela Dra. Letícia Couto Garcia, atualmente pesquisadora visitante da UFMS e antiga pesquisadora pós-doc do CRIA. A Dra. Letícia apresentou análises quantificando diferenças no entendimento do governo e da comunidade científica sobre a disponibilidade de dados para a atribuição de categorias de ameaça das espécies de plantas, no qual conclui-se que pelo menos 40% das espécies listadas como deficientes de dados possuem informação de qualidade relacionadas à sua distribuição disponível; e sobre o uso de dados primários para identificar lacunas de conhecimento da flora brasileira incorporando tanto informações geográficas quanto ambientais, que mostram o Mato Grosso do Sul com uma importante lacuna.

A pesquisadora Dra. Letícia Couto Garcia para o treinamento realizou uma análise atual focada no Mato Grosso do Sul, mostrando importantes lacunas de conhecimento da flora baseado em dados geográficos e ambientais (mapa superior à esquerda). Cores frias indicam distâncias menores de áreas geograficamente distantes e ambientalmente distintas daquelas de sítios bem conhecidos e cores quentes distâncias maiores indicam sítios menos conhecidos floristicamente e distintos ambientalmente. A sobreposição do mapa com o mapa de uso da vegetação remanescente permite diferenciar áreas com cobertura natural (escuras) de áreas com forte alteração (transparentes)  [crédito da imagem: L.C. Garcia]

Saiba mais!

• Veja no blog do CRIA mais informações sobre as análises apresentadas: http://blog.cria.org.br/
• Veja os registros do CGMS disponíveis  na rede speciesLink

Rede speciesLink supera 7 milhões de registros

Considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil, nessa semana a rede speciesLink superou a marca de 7 milhões de registros online. A força da rede está essencialmente na integração de competências e na atuação de cada componente, sejam provedores de dados, membros da equipe do CRIA, comitês de coordenação, agências de fomento ou usuários.

A interface de busca da rede speciesLink permite fazer consultas sobre mais de 7 milhões de registros online. Veja o vídeo tutorial sobre a interface de busca e dicas de uso.

O Brasil é um dos países com maior diversidade biológica no mundo, mas a maioria das informações científicas disponíveis em museus, herbários e coleções microbiológicas do país e do exterior se encontrava dispersa e fragmentada, limitando a compreensão sobre a biodiversidade no país. Em outubro de 2001 a Fapesp aprovou a proposta de projeto apresentada pelo CRIA dando início ao desenvolvimento da rede speciesLink. Inicialmente restrita às coleções biológicas do estado de São Paulo, a rede foi ganhando força com o desenvolvimento de redes temáticas, com foco na integração de dados sobre polinizadores, microrganismos, plantas e fungos (INCT-Herbário Virtual), e iniciativas com foco geográfico, como a rede Taxonline do Paraná e as redes Capixaba e de Minas Gerais, que contaram com o apoio da Fundação Araucária, a Fundação de Amparo à Pesquisa do Espírito Santo e o Instituto Estadual de Florestas – IEF de Minas Gerais. No início de outubro desse ano, a rede superou o marco histórico de 7 milhões de registros disponíveis online, todos de acesso livre e aberto.

Número total de registros online (verde), de registros georreferenciados com dados originais (azul) e de provedores de dados (vermelho) ao longo do tempo.

Dados integrados e utilização da rede speciesLink

Atualmente, existem 366 provedores de dados integrados à rede. A cobertura nacional inclui pelo menos um provedor de dados em cada estado da união e no Distrito Federal. Cerca de 70% de dados são de herbários, o que reflete o apoio dado nos últimos 5 anos pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), por meio do CNPq, ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Dos 30% dos registros restantes, cerca de 25% são de animais, 0,2% de microrganismos 0,1% de fósseis e 4,7% de coleções abrangentes, como OBIS-Br e SinBiota.

Além de integrar dados depositados em coleções nacionais, a rede speciesLink fornece a base para o repatriamento de dados de amostras coletadas no Brasil depositadas em herbários no exterior. A rede integra dados de 10 coleções biológicas do exterior que atualmente representam pouco mais de 10% do número total dos registros online. Do total, mais de 93% dos registros têm material testemunho associado e cerca de 545 mil registros têm imagens associadas. Um servidor de imagens e serviços web associados armazena e gerencia imagens das amostras, disponibilizando-as via internet a todos os interessados.

Exemplos de imagens de exsitacatas disponíveis na rede. Da esquerda para a direita: Piper crassinervium Kunth. (SP 269101). Det: Carvalho Silva, M. 06/2001. Col: Cordeiro, I.; Ferraz, D.K. 1278. Parque do Estado, Instituto de Botânica, trilha., São Paulo, São Paulo, Brasil, 24/03/1994. Coord munic: [lat: -23.54 long: -46.63 err: ±53584 WGS84]. Aniba panurensis (Meisn.) Mez. (NY 1171512). Det: K. Kubitzki 01/01/1973. Col: W. A. Rodrigues 8208. Reserva Florestal Ducke., Manaus, Amazonas, Brazil, 04/08/1966. Coord orig: [lat: -2.9548699 long: -59.9281883 WGS84]. Vriesea ensiformis (Vell.) Beer. (UEC 138769). Det: Wanderley, M.D.G.L. 04/2003. Col: Breier, T.B.; Budke, J.C. 422. Parque Estadual Carlos Botelho, Parcelas permanentes. Na parcela J1., Sete Barras, São Paulo, Brazil, 17/08/2002. Cód. barras: UEC043440. Coord orig: [lat: -24.166667 long: -47.916667 WGS84].

O sucesso da rede é também refletido pelo seu uso. Em 2013, por meio da interface de busca foram recuperados cerca de 387 milhões de registros, o que representa mais de 60 vezes o tamanho total do acervo disponível no ano passado. Em 2014, apenas entre janeiro e setembro, foram recuperados cerca de 378 milhões de registros pelos usuários. Por recuperados entende-se registros que foram visualizados um a um, plotados em mapas, utilizados em gráficos ou baixados pelos usuários (download). É importante ressaltar que esses números não incluem os registros servidos via serviços web (máquina - máquina).

Destaque deve ser dado à Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP), que além do serviço de armazenamento dos sistemas de informação (ferramentas e dados) em seu Internet Data Center (IDC) em Brasília, é responsável por prover a infraestrutura que permite ampliar a capilaridade da rede e pela conectividade necessária para viabilizar tanto a participação plena de centenas de provedores quanto o acesso eficiente aos dados e ferramentas de interesse público.

Página inicial da rede speciesLink.

Contribuição para o desenvolvimento científico

Relatos dos curadores e responsáveis pelos herbários participantes do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos mostram que o compartilhamento aberto dos dados em rede amplia a visibilidade dos herbários, resultando em maior apoio institucional e financiamento de projetos, contribuindo assim para a melhoria dos acervos e dando suporte à pesquisa e aos programas de pós-graduação. Portanto, mais do que a manutenção e o desenvolvimento contínuo de uma infraestrutura de dados e ferramentas, a rede speciesLink gradativamente vem se afirmando como um centro de promoção da e-science no Brasil, promovendo uma cultura de compartilhamento aberto de dados e de conhecimento.

Saiba mais!

• Interface de busca e dicas de uso da rede speciesLink [video]
• Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP)
• Como participar da rede speciesLink?
• Dados e ferramentas
• Formulário de busca

IEF (MG) cadastra coleções para o Sistema de Informações Biológicas

Até o dia 10 de julho de 2014, está aberto o cadastro de coleções biológicas do estado de Minas Gerais. Essas coleções farão parte do Sistema Integrado de Informações sobre Biodiversidade do Estado de Minas Gerais, fruto de uma parceria entre o Instituto Estadual de Florestas - IEF (MG) e o CRIA.  

Confira mais informações do site do IEF (http://www.ief.mg.gov.br/biodiversidade/sistema-de-informacoes-biologicas):

"O Instituto Estadual de Florestas, através da Diretoria de Pesquisa e Proteção à Biodiversidade, observando a necessidade de investir esforços na integração, sistematização e gestão das informações dispersas em coleções biológicas, artigos científicos, processos de licenciamento entre outros, firmou com o Centro de Referência em Informação Ambiental – CRIA contrato para customização e integração de banco de dados de coleções biológicas visando a implementação do Sistema Integrado de Informação sobre Biodiversidade do Estado de Minas Gerais. Este projeto é parte integrante do Programa Estruturador de “Qualidade Ambiental” do Governo de Minas Gerais e tem como objetivo geral a elaboração de um sistema que permita integrar a informação biológica gerada a partir dos diversos levantamentos conduzidos no Estado.

Considerando a relevância das informações inseridas nos acervos das coleções biológicas do Estado, serão selecionadas 30 coleções biológicas que fornecerão os dados que irão alimentar o referido Sistema de Informação que irá funcionar como base para a definição de políticas públicas que permitirão o uso sustentável e conservação dos recursos naturais em Minas Gerais.

Nesse cenário, convidamos a participarem do Processo Seletivo se cadastrando aqui até o dia 10 de julho de 2014.

Informamos que o cadastro também será utilizado no intuito de identificar as coleções (número de registros, grau de acervo informatizado) e curadores existentes no Estado.

Colocamo-nos à disposição para outros esclarecimentos através do email pesquisa.gprop@meioambiente.mg.gov.br."

Foto da chamada: F. Pezzini

Entrevista com Gustavo Hassemer (UFSC)

Mestre em Biologia Vegetal pela Universidade Federal de Santa Catarina, Gustavo Hassemer tem interesse em sistemática, conservação e biogeografia do gênero Plantago (Plantaginaceae) no Brasil. Boa parte do planejamento e execução de sua dissertação foi baseada no uso da rede speciesLink e do sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil. Confira a entrevista abaixo.

Topo do Morro da Igreja, com vista para a Pedra Furada, em Urubici, SC.

Qual a importância da disponibilidade livre e aberta dos dados na rede speciesLink?
A disponibilidade online de dados sobre as coletas existentes nos herbários facilita muito o trabalho dos botânicos, tanto na sistemática quanto em questões biogeográficas e de conservação. A principal vantagem é poder ter uma noção de antemão das coletas disponíveis nos diferentes herbários. Isso facilita muito o planejamento das ações na pesquisa, inclusive o planejamento das revisões de herbários.

Que ferramentas e aplicativos foram importantes para o seu trabalho?
Muito importante para a minha revisão biogeográfica de Plantago foi o acesso ao banco de dados de herbários disponibilizados pelo speciesLink, para obter informações sobre as coletas de interesse e também o sistema Biogeografia da Flora do Brasil.

Plantago turficola ocorrendo em turfeiras no topo do Morro da Igreja.

Lembrando que a rede speciesLink foi lançada em outubro de 2002, mas que apenas em junho de 2003 é que 3 herbários compartilharam pouco mais de 34 mil registros online, o desenvolvimento da sua dissertação seria possível nessa época?
Muito provavelmente o desenvolvimento do capítulo da minha dissertação referente aos modelos de distribuição ficaria bastante dificultado, ou mesmo impossibilitado.

No sistema BioGeo existem espécies com mais de um modelo supervisionado por você. Percebe-se o aumento do número de pontos aceitos para modelagem e a publicação de modelos com distribuição mais restrita. Houve um aumento na quantidade e qualidade dos dados durante a elaboração do estudo? A que você credita esse ganho de qualidade e de um maior número de registros disponíveis?
Sim. Aos esforços de coleta que eu e meus colegas da Botânica da UFSC fizemos para ampliar o número de coletas georreferenciadas de Plantago e também às revisões de coleções de herbários que executei, corrigindo a identificação de muitas coletas.

O desenvolvimento da dissertação trouxe algum feedback aos herbários participantes da rede speciesLink? Que tipo de feedback e quais herbários?
Sim. Principalmente no quesito da identificação e organização das coletas, e dos dados correspondentes disponibilizados pelo speciesLink, nos herbários que revisei as coleções (FLOR, ICN, MBM, UPCB).

À esquerda, coleta de Plantago turficola no topo do Morro da Igreja e à direita coleta deEryngium raulinii nos paredões rochosos na Serra do Corvo Branco, entre Urubici e Grão Pará, SC.

Algum modelo de nicho ecológico da espécie foi testado no campo?
Não, porque o tempo e recursos disponíveis no meu projeto de mestrado não permitiriam tais testes.

Novos pontos de ocorrência das espécies foram obtidos?
Sim, em virtude dos esforços de coleta.

Você procurou alguma ferramenta ou dado e não achou na rede speciesLink?
Percebi que as coleções de vários herbários estão bastante incompletas no speciesLink. Acredito que isso será corrigido no futuro, conforme os herbários aumentem a disponibilização online das coleções.

Campos de altitude nos Aparados da Serra Geral, em São José dos Ausentes, RS.

Você tem alguma sugestão para melhoria das funcionalidades da rede speciesLink?
Seria muito interessante o desenvolvimento de um sistema de dados que abrangesse a América do Sul, integrando os esforços botânicos e biogeográficos dos países da região. Contudo, sei que tal ideia não seria de fácil execução.

Você incluiu ou incluirá imagens das plantas vivas e/ou exsicatas na rede?
Tenho interesse em fazer isso num futuro breve, durante meu doutorado.

Você teve problemas com a falta de coordenadas geográficas de muitos espécimes?
Sim, isso limita bastante a utilização dessas coletas nos estudos.

Os espécimes sem coordenadas eram coletas antigas ou recentes?
As coletas antigas em geral não têm coordenadas, mas percebi que a maioria das coletas recentes também não têm.

Saiba mais!

• Estudos biogeográficos das plantas vasculares exclusivas de Santa Catarina, e das espécies de Plantago L. (Plantaginaceae) nativas no Brasil
• Hassemer, G. ; Baumann, M.C. ; TREVISAN, R. . Plantago rahniana (Plantaginaceae): A Narrow Endemic, New Species from Southern Brazil. Systematic Botany, 2014
• Modelos de Plantago no sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil
• Espécimes de Plantago revisados na rede speciesLink

Herbários IRAI, MBM e UPCB recebem visita para discutir a melhoria da qualidade dos dados

A visita da equipe do INCT-HVFF/REFLORA teve como objetivo discutir a qualidade dos dados e realizar uma análise conjunta do relatório dataCleaning disponível na rede speciesLink. A visita faz parte das atividades para melhoria da qualidade dos dados das coleções participantes do INCT-HVFF.

Desde o início de 2013, uma bolsista do REFLORA/INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) no Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) vem trabalhando com a melhoria da qualidade dos dados disponibilizados na rede speciesLink. As visitas individuais têm se mostrado bastante eficientes para a melhoria da qualidade dos dados dos herbários e para apresentar detalhadamente as ferramentas aos seus usuários.

A ferramenta dataCleaning procura evidenciar os dados que podem conter erros em relação às informações gerenciais de curadoria (número de tombo/catálogo, registros repetidos), aos dados taxonômicos (erros de grafia, diferentes nomes de autor para a mesma espécie), à data (ano de identificação anterior ao da coleta, ano de coleta maior do que a última atualização) ou aos dados de georreferenciamento (ausência de sinal em latitudes ou longitudes negativas, coordenadas que caem no mar, coordenadas que não caem no município indicado).

Mesmo que muitos usuários já tenham visto o relatório dataCleaning em palestras, a revisão dos dados suspeitos no próprio sistema do herbário e a consulta às exsicatas in loco facilita o entendimento do sistema e a identificação de possíveis melhorias no processo de informatização. Da mesma forma, ao visualizar os dados de todas as coleções na rede, os técnicos, bolsistas e curadores notam a importância da qualidade e da padronização das informações fornecidas por eles. Esse fato é especialmente relevante quando se trata da qualidade das coordenadas geográficas e da completude das informações taxonômicas.

Famílias mais representativas nos três herbários visitados: IRAI, MBM e UPCB

Herbários Visitados: IRAI, MBM e UPCB

A visita aconteceu entre os dias 10 e 14 de março de 2014. Os três herbários da região de Curitiba juntos disponibilizam cerca de 350 mil registros online, sendo 280 mil de espécimes coletados no Brasil. Das amostras coletadas no Brasil, mais de 50% são do estado do Paraná. São mais de 26 mil espécies distintas, 235 registros de typus e mais de 3 mil registros de espécies ameaçadas de extinção (Instrução Normativa MMA no. 06). Esses acervos disponibilizam cerca de 1.300 imagens de exsicatas associadas à base textual.

IRAI - Herbário do Parque da Ciência Newton Freire Maia

O IRAI está localizado nas dependências do Parque da Ciência Newton Freire Maia em Pinhais, Paraná e participa do INCT-HVFF desde maio de 2010. Seu acervo de 8.530 espécimes está 100% online, com 87% dos dados georreferenciados. A gestão do banco de dados é feita pelo curador Rony Ristow. O herbário utiliza o software BRAHMS 7.3.6 para manejo dos dados.

Rony Ristow, curador do Herbário IRAI em Pinhais (PR)

  

Histórico de movimentação de dados do IRAI, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2010

  

Infraestrutura do herbário IRAI, que utiliza caixas de metal para armazenar suas exsicatas. Destaque para as mini-exsicatas (imagens inferiores) que funcionam como um guia de espécies

O IRAI é um herbário novo, inaugurado em 2007, e com acervo ainda relativamente pequeno. Desde o início mostra cuidado com a qualidade dos dados, e procura atualizar as determinações de acordo com as duplicatas enviadas para herbários com especialistas. O curador mantém mini exsicatas, que são exsicatas menores, com o objetivo de ser um guia de referência para as espécies já identificadas.

MBM – Herbário do Museu Botânico Municipal

O MBM é um dos maiores herbários do país e o maior da flora sul brasileira, com um acervo de cerca de 400 mil amostras sendo mais de 60% informatizado! Possui 2.700 typus nomenclaturais, sendo que mais de 1.200 possuem imagens disponíveis na rede speciesLink. A coleção do Museu Botânico Municipal é reconhecida por sua importância, estando credenciada como Instituição Fiel Depositária de Componentes do Patrimônio Genético junto ao (CGEN). O MBM disponibiliza seus dados na rede speciesLink desde 2006 e atualmente mais de 250 mil registros (~64%) estão online.

Equipe do MBM com o curador Osmar dos Santos Ribas

Histórico de movimentação de dados do MBM, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2006

Infraestrutura do herbário MBM

O MBM apresenta um programa de permuta de duplicatas de material botânico, mantendo intercâmbio com 207 instituições congêneres, sendo 53 brasileiras e 154 internacionais. Anualmente o acervo é incrementado em cerca de 15.000 novos espécimes, sendo uma das maiores referências do país.

O herbário possui uma funcionária formada em Gestão da Informação e apresentou como monografia de conclusão de curso o trabalho intitulado: Mapeamento do fluxo informacional do Herbário do Museu Botânico Municipal de Curitiba, que pode ser usado como referência para outros herbários. O trabalho está disponível online. 

UPCB – Herbário do Departamento de Botânica – Universidade Federal do Paraná

O acervo conta hoje com cerca de 70.000 amostras de plantas (Angiospermas, Gimnospermas, Pteridófitas, Briófitas, Líquens, Macroalgas em coleções secas e Microalgas em coleções líquidas), com forte ênfase sobre a Flora do Paraná. É a segunda maior coleção do estado. O UPCB disponibiliza seus dados na rede speciesLink desde 2006, e atualmente mais de 90% do acervo está online.

 

Equipe do UPCB

Histórico de movimentação de dados do UPCB, desde sua entrada na rede speciesLink em abril de 2006

Infraestrutura do UPCB, que recentemente trocou as caixas de metal por armários

Exemplos de exsicatas no UPCB, no sentido horário: fungos, macroalgas e microalgas em via líquida

O UPCB disponibilizará em breve cerca de 200 imagens dos tipos, associados aos dados textuais já online.

Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil:
Durante as visitas, também foi apresentada uma palestra aos pesquisadores e alunos sobre o sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil - Biogeo, que visa ampliar o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil. O sistema foi desenvolvido para modelar a distribuição potencial das espécies, e conta com a participação ativa de especialistas. O Biogeo possui hoje 80 especialistas cadastrados e mais de 1700 espécies com modelos.

Saiba mais!

• Ferramenta dataCleaning
• INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos