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30 de nov. de 2014

Coleção de fungos do Herbário PACA é integrada ao INCT-Herbário Virtual

O herbário PACA abriga a maior parte das coletas de fungos feitas pelo Padre Rick, pioneiro da micologia no Brasil. Mais de 11.000 registros já estão disponíveis online, com cerca de 300 imagens dos espécimes-tipo. Uma breve contextualização da contribuição do Padre Rick para a micologia no país, o processo de integração e as atividades desenvolvidas durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA são relatados a seguir.

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O Herbário PACA abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Depois da visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA em setembro passado, deu-se início à integração do acervo do herbário à rede speciesLink, começando pela coleção de fungos. O processo de informatização foi iniciado com a digitalização do caderno de tombo em um banco de dados no programa Access e agora a coleção já se encontra disponível online com acesso aberto e livre a mais de 11.000 espécimes de fungos, incluindo imagens sobre cerca de 300 tipos. A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos, sendo considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil.

Padre João Evangelista Rick (1869-1946)

Pioneiro da micologia no Brasil, o Padre Rick iniciou os estudos sobre fungos em 1896 ainda em sua terra natal, a Áustria. Sua vinda para o Brasil foi motivada antes de tudo pelo interesse na pesquisa com fungos e, depois de estudar português durante cerca de um ano em Portugal, aportou em solo brasileiro em 1903 com um microscópio e alguma literatura, incluindo obras de Saccardo, Fries, Rehm, Bresadola, Cooke e Müller. Dentre outras atividades, tornou-se professor de história natural em São Leopoldo (RS) e gerou um legado inestimável para o desenvolvimento da micologia na América do Sul. Segundo uma compilação feita por ele próprio, registrou 2.160 espécies e variedades de fungos pertencentes a 225 gêneros e 25 famílias, das quais 23 gêneros, 633 espécies e 145 variedades foram descritas como novas para a ciência. Em cerca de meio século de pesquisas, publicou 71 trabalhos, somando 1.226 páginas e mais de 47 pranchas.

Exsicatas de fungos com coletas do Pe. Rick depositadas no PACA.
Exsicatas de fungos depositadas no PACA.
 

Em contato com os melhores especialistas da época, com destaque para Bresadola e Lloyd, Rick fortaleceu sua formação micológica com base em parcerias internacionais. Durante muitos anos, enviou espécimes para a Europa e os Estados Unidos, de modo que muitos exemplares importantes estão depositados em Washington, Berlim, Estocolmo, Paris e Londres. Entretanto, a partir de 1929 começou a conservar as coletas de fungos no Brasil e, durante cerca de 20 anos de atividade, acumulou aproximadamente 13.000 espécimes que hoje compõem a coleção Fungi Rickiani, integrada em sua maior parte ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.
Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Um gigante de quase 2 metros de altura, o Pe. Rick era ao mesmo tempo admirado e incompreendido. Silencioso, passava dias coletando fungos nas florestas por onde andava, nas imediações dos colégios e casas paroquiais de colonização alemã. Rick costumava dizer que o mato era seu herbário e, segundo o Pe. Rambo que fora seu discípulo, a organização não era exatamente seu ponto forte. "Costumava deixar sempre à disposição dele algumas mesas compridas, o mais distante possível da minha própria mesa de trabalho, mas já no primeiro dia suas mesas estavam ocupadas com fungos e livros. No segundo dia começava a invasão da minha mesa. Não havendo mais lugar nela, o processo continuava contente e feliz pelo assoalho, até não sobrar nenhuma nesga desocupada", relatou Rambo. Foi ele próprio que, dois anos antes do falecimento de Rick, passou 6 meses organizando a coleção de fungos, catalogando os registros e acomodando os espécimes em envelopes de papel padronizados e guardados em armários à prova de insetos. Rick faleceu com 77 anos no Colégio Santo Inácio em Salvador do Sul em 1946, deixando um legado que abriu caminho para o desenvolvimento da Micologia no Brasil.

Padre João Evangelista Rick. Retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.

Informatização e integração ao Herbário Virtual

Poucos anos antes de nos deixar, o Pe. Rick concluiu que "o que realizamos em benefício da pesquisa dos fungos no Brasil, somente o distante futuro irá reconhecer, no momento em que o povo brasileiro tiver mais consciência do dever que tem para com a cultura. Quero que minha coleção esteja disponível para qualquer um que pretenda trabalhar com seriedade". A contribuição do Pe. Balduíno Rambo foi imprescindível para a organização da coleção de Rick, mas desde então um extenso trabalho de curadoria foi necessário para manter, organizar, informatizar e disponibilizar o acervo. Destaque deve ser dado à atual curadora, Dra. Maria Salete Marchioretto, que desde 1993 vem coordenando essas atividades no herbário PACA. Os dados estavam estruturados em um banco de dados no programa Access e a integração com a rede speciesLink foi realizada com suporte da equipe do CRIA. Dentre os 11.300 espécimes de fungos, cerca de 8.200 (>70%) são referentes a coletas feitas pelo próprio Pe. Rick. Diversos outros pesquisadores contribuíram também para a formação do acervo, como o Pe. Camille Torrend. As coletas foram realizadas principalmente na região Sul do país, estando repleta de espécimes-tipo. As coletas dos espécimes apresentam um pico de atividades na primeira metade do século XX e nos últimos 10 anos grande parte desses materiais foi reexaminada por pesquisadores que revisaram as identificações.

Atividades desenvolvidas durante a visita

Durante a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual-REFLORA foi realizada uma palestra sobre sistemas de informação aplicados ao estudo da biodiversidade no Brasil e um minicurso sobre integração de dados e ferramentas no INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A nova bolsista do herbário PACA, Pâmela Corrêa, participou das atividades e vem ajudando a cuidar do acervo. A experiência com a coleção de fungos serviu de base para a integração do herbário PACA ao INCT-Herbário Virtual e em breve a coleção de angiospermas do Pe. Balduíno Rambo e de pteridófitas e briófitas do Pe. Aloysio Sehnem serão incorporadas à rede speciesLink.

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Dra. Maria Salete Marchioretto, Ricardo Braga-Neto e participantes do minicurso realizado na Unisinos em São Leopoldo.

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7 de out. de 2014

Rede speciesLink supera 7 milhões de registros

Considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil, nessa semana a rede speciesLink superou a marca de 7 milhões de registros online. A força da rede está essencialmente na integração de competências e na atuação de cada componente, sejam provedores de dados, membros da equipe do CRIA, comitês de coordenação, agências de fomento ou usuários.


http://www.splink.org.br/
A interface de busca da rede speciesLink permite fazer consultas sobre mais de 7 milhões de registros online. Veja o vídeo tutorial sobre a interface de busca e dicas de uso.

O Brasil é um dos países com maior diversidade biológica no mundo, mas a maioria das informações científicas disponíveis em museus, herbários e coleções microbiológicas do país e do exterior se encontrava dispersa e fragmentada, limitando a compreensão sobre a biodiversidade no país. Em outubro de 2001 a Fapesp aprovou a proposta de projeto apresentada pelo CRIA dando início ao desenvolvimento da rede speciesLink. Inicialmente restrita às coleções biológicas do estado de São Paulo, a rede foi ganhando força com o desenvolvimento de redes temáticas, com foco na integração de dados sobre polinizadores, microrganismos, plantas e fungos (INCT-Herbário Virtual), e iniciativas com foco geográfico, como a rede Taxonline do Paraná e as redes Capixaba e de Minas Gerais, que contaram com o apoio da Fundação Araucária, a Fundação de Amparo à Pesquisa do Espírito Santo e o Instituto Estadual de Florestas – IEF de Minas Gerais. No início de outubro desse ano, a rede superou o marco histórico de 7 milhões de registros disponíveis online, todos de acesso livre e aberto.

http://splink.cria.org.br/indicators/index?criaLANG=pt
Número total de registros online (verde), de registros georreferenciados com dados originais (azul) e de provedores de dados (vermelho) ao longo do tempo.



Dados integrados e utilização da rede speciesLink

Atualmente, existem 366 provedores de dados integrados à rede. A cobertura nacional inclui pelo menos um provedor de dados em cada estado da união e no Distrito Federal. Cerca de 70% de dados são de herbários, o que reflete o apoio dado nos últimos 5 anos pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), por meio do CNPq, ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Dos 30% dos registros restantes, cerca de 25% são de animais, 0,2% de microrganismos 0,1% de fósseis e 4,7% de coleções abrangentes, como OBIS-Br e SinBiota.




Além de integrar dados depositados em coleções nacionais, a rede speciesLink fornece a base para o repatriamento de dados de amostras coletadas no Brasil depositadas em herbários no exterior. A rede integra dados de 10 coleções biológicas do exterior que atualmente representam pouco mais de 10% do número total dos registros online. Do total, mais de 93% dos registros têm material testemunho associado e cerca de 545 mil registros têm imagens associadas. Um servidor de imagens e serviços web associados armazena e gerencia imagens das amostras, disponibilizando-as via internet a todos os interessados.

Exemplos de imagens de exsitacatas disponíveis na rede. Da esquerda para a direita: Piper crassinervium Kunth. (SP 269101). Det: Carvalho Silva, M. 06/2001. Col: Cordeiro, I.; Ferraz, D.K. 1278. Parque do Estado, Instituto de Botânica, trilha., São Paulo, São Paulo, Brasil, 24/03/1994. Coord munic: [lat: -23.54 long: -46.63 err: ±53584 WGS84]. Aniba panurensis (Meisn.) Mez. (NY 1171512). Det: K. Kubitzki 01/01/1973. Col: W. A. Rodrigues 8208. Reserva Florestal Ducke., Manaus, Amazonas, Brazil, 04/08/1966. Coord orig: [lat: -2.9548699 long: -59.9281883 WGS84]. Vriesea ensiformis (Vell.) Beer. (UEC 138769). Det: Wanderley, M.D.G.L. 04/2003. Col: Breier, T.B.; Budke, J.C. 422. Parque Estadual Carlos Botelho, Parcelas permanentes. Na parcela J1., Sete Barras, São Paulo, Brazil, 17/08/2002. Cód. barras: UEC043440. Coord orig: [lat: -24.166667 long: -47.916667 WGS84].

O sucesso da rede é também refletido pelo seu uso. Em 2013, por meio da interface de busca foram recuperados cerca de 387 milhões de registros, o que representa mais de 60 vezes o tamanho total do acervo disponível no ano passado. Em 2014, apenas entre janeiro e setembro, foram recuperados cerca de 378 milhões de registros pelos usuários. Por recuperados entende-se registros que foram visualizados um a um, plotados em mapas, utilizados em gráficos ou baixados pelos usuários (download). É importante ressaltar que esses números não incluem os registros servidos via serviços web (máquina - máquina).

Destaque deve ser dado à Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP), que além do serviço de armazenamento dos sistemas de informação (ferramentas e dados) em seu Internet Data Center (IDC) em Brasília, é responsável por prover a infraestrutura que permite ampliar a capilaridade da rede e pela conectividade necessária para viabilizar tanto a participação plena de centenas de provedores quanto o acesso eficiente aos dados e ferramentas de interesse público.

Página inicial da rede speciesLink.

Contribuição para o desenvolvimento científico

Relatos dos curadores e responsáveis pelos herbários participantes do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos mostram que o compartilhamento aberto dos dados em rede amplia a visibilidade dos herbários, resultando em maior apoio institucional e financiamento de projetos, contribuindo assim para a melhoria dos acervos e dando suporte à pesquisa e aos programas de pós-graduação. Portanto, mais do que a manutenção e o desenvolvimento contínuo de uma infraestrutura de dados e ferramentas, a rede speciesLink gradativamente vem se afirmando como um centro de promoção da e-science no Brasil, promovendo uma cultura de compartilhamento aberto de dados e de conhecimento.




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3 de jul. de 2014

INCT-HVFF promove a inclusão de imagens de fungos na rede speciesLink

Visando ampliar a qualidade das informações associadas aos registros textuais de fungos disponíveis na rede speciesLink, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos está promovendo a inclusão de imagens macro e microscópicas de espécimes de fungos, ampliando a utilidade do sistema de informação para os micólogos.




Panorama geral

O sistema speciesLink é a base utilizada pelo INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) para integrar e tornar disponíveis dados primários sobre plantas e fungos no Brasil. Atualmente a rede INCT-HVFF possui mais de 4,7 milhões de registros online, dos quais mais de 90% são plantas. Embora os fungos tenham sido historicamente menos estudados, nas últimas décadas houve um aumento bastante significativo no interesse pela Micologia no Brasil, dada sua imensa importância para todos os ecossistemas terrestres. Jovens pesquisadores recentemente contratados por universidades públicas vem contribuindo para formar dezenas de novos alunos em muitos centros de pesquisa distribuídos pelo país e a produção de conhecimento, refletido pela qualidade e quantidade de artigos publicados, é muito expressiva.
Captura de tela do resultado da busca dos registros de fungos no herbário FLOR com imagens associadas.
Captura de tela do resultado de uma busca dos registros de fungos no herbário FLOR com imagens associadas.
Investimentos estratégicos em programas de pós-graduação, cursos de capacitação, infraestrutura das coleções e atividades de coleta em campo, aliados a oportunidades de bolsas de estudo no exterior, são etapas cruciais do desenvolvimento da Micologia no Brasil. Contudo, igualmente importantes são os investimentos na modernização e informatização das coleções, permitindo o desenvolvimento de sistemas que podem contribuir para acelerar a produção de conhecimento. A rede speciesLink reúne em um mesmo sistema informações básicas sobre os espécimes, com dados taxonômicos, geográficos e temporais, além de permitir a associação de imagens com cada espécime através do serviço Exsiccatae.
A inclusão de imagens de fungos é muito importante porque o processo de desidratação necessário para o acondicionamento nos herbários causa a perda de característicasmacroscópicas relevantes para o reconhecimento das espécies. Imagens que retratem a forma e coloração dos esporóforos são importantes, assim como detalhes de estruturas efêmeras e frágeis. Por outro lado, a maioria dos caracteres morfológicos que são determinantes para a identificação das espécies são estruturas celulares e as imagens microscópicas também são muito importantes  para a taxonomia dos fungos. Visando padronizar o processo de integração das imagens e orientar os micólogos interessados, o INCT-HVFF está desenvolvendo um procedimento para melhorar a gestão das imagens de fungos, descrito no guia abaixo.
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Um aspecto importante da obtenção das imagens está relacionado à calibração e inclusão de escalas. Incluir uma régua na foto garante uma referência, mas é possível calibrar as imagens sem régua se algum objeto for conhecido ou mensurado.
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Guia de envio de imagens de fungos para a rede INCT-HVFF

O guia visa orientar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a adotar um procedimento padronizado para enviar imagens de espécimes de fungos para a rede INCT-HVFF/speciesLink. As imagens compartilhadas pelos herbários são armazenadas em servidores localizados no CRIA e na RNP (Rede Nacional de Ensino e Pesquisa) e gerenciadas por sistemas especializados em servir imagens na rede em diferentes formatos e tamanhos. O guia cobre aspectos básicos relacionados à qualidade e obtenção das imagens, calibração e inclusão de escalas, além da preparação e procedimentos de envio dos metadados para a equipe do CRIA, responsável pela gestão das imagens. 
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A resolução tem um impacto direto na qualidade da imagem. Quanto maior a resolução, maior a densidade de pixels e de informação que a imagem contém. O tamanho do pixel variou nas diferentes resoluções para manter a mesma dimensão entre as imagens.
É importante ressaltar que as imagens devem ser exclusivamente dos espécimes depositados nos herbários. Além das fotos, podem ser enviadas também ilustrações científicas baseadas nos espécimes. O acesso às imagens pode ser feito pelo formulário de busca da rede, pela interface administrativa do sistema Exsiccatae ou por meio de serviços web para uso pelas coleções. Além de permitir algumas operações básicas com as imagens, como medir uma distância, aproximar ou salvar a imagem, o sistema speciesLink permite ainda que as imagens de diferentes espécimes sejam comparadas diretamente a partir de resultados de buscas!
Captura de tela da interface de buscas do speciesLink usando o menu imagens para comparar diferentes espécimes de fungos arbusculares.
Captura de tela da interface de buscas do speciesLink usando o menu imagens para comparar diferentes espécimes de fungos micorrízicos arbusculares do herbário URM.
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Primeiras imagens disponíveis

As primeiras imagens incluídas na rede foram contribuições do herbário URM (Recife), que integrou aos registros textuais imagens de fungos endomicorrízicos do filo Glomeromycota e de fungos decompositores de madeira do filo Basidiomycota. O próximo a participar foi o herbário FLOR (Florianópolis) e os alunos do Micolab da UFSC, que enviaram imagens macro e microscópicas e nos ajudaram a discutir todo o processo, incluindo o sistema de tags usado para classificar as imagens. Em seguida, pesquisadores associados ao herbário INPA (Manaus) integraram imagens de fungos decompositores de serrapilheira e fungos gasteróides do filo Basidiomycota. Durante o segundo semestre de 2014 uma equipe do INCT-HVFF e do CRIA visitará as principais coleções de fungos no Brasil para divulgar a iniciativa e oferecer suporte para a integração das imagens aos dados dos espécimes de fungos que ocorrem no país. Ainda que o sistema esteja em fase experimental, a revolução que isso representará para a taxonomia e estudo dos fungos dependerá exclusivamente da participação ativa da comunidade científica. Participe!
Alunos do Micolab em Florianópolis na bancada mostrando o dia-a-dia no laboratório.
Alunos do Micolab em Florianópolis na bancada mostrando o dia-a-dia no laboratório.
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11 de jun. de 2014

Novos caminhos para a revista Check List

A revista Check List publica listas de espécies, mapas de distribuição geográfica e notas sobre a distribuição de táxons visando fornecer subsídios para preservar remanescentes naturais e espécies. Após mais de 5 anos de contribuição do CRIA, a revista passará agora para a plataforma Biotaxa.org. 


Por Henrique C. Costa e Diogo B. Provete

O conhecimento sobre a distribuição geográfica dos organismos é fundamental para que ações efetivas de conservação sejam desenvolvidas. Considerando que o planeta vem passando por uma crise decorrente das ações humanas sobre os ambientes naturais, acarretando a perda de habitat e a consequente extinção de espécies, os inventários sobre biodiversidade se tornam cada vez mais urgentes e relevantes.

Apesar da importância de inventários de biodiversidade, a divulgação desses dados em periódicos científicos é bastante limitada. Muitas revistas resistem contra sua publicação por considerá-los “simples demais”, exceto quando atrelados a estudos ecológicos ou biogeográficos aprofundados. Em consequência, diversos estudos resultantes de projetos de pesquisa em campo ou em coleções, e também de licenciamentos ambientais permaneciam restritos a relatórios técnicos desconhecidos pela comunidade acadêmica. Isso favorece a continuação de lacunas amostrais e do inadequado conhecimento biogeográfico da biodiversidade, denominado “déficit Wallaceano”.



Dentro deste contexto, a Check List: Journal of Species Lists and Distribution foi fundada em 2005, pelo Dr. Luís Felipe Toledo (hoje na UNICAMP), com o intuito de proporcionar um meio para a publicação de listas de espécies e notas de distribuição geográfica. Atualmente em seu 10º volume, sob chefia do MSc. Diogo Borges Provete (UFG), a Check List já publicou mais de 400 listas e 940 notas, abrangendo mais de 18 mil espécies dos mais variados táxons de todos os continentes. Sem dúvida, esses estudos ainda relegados por muitos, têm auxiliado no desenvolvimento científico ao redor do globo. Os dados publicados na Check List são constantemente citados em artigos de taxonomia, conservação, biogeografia, dentre outros, o que demonstra sua relevância, a despeito da opinião de alguns membros da academia.

Índice SJR vs. citações por artigo por ano.

Desde a fundação do periódico, foi fechada uma parceria com o CRIA, garantindo todo o suporte técnico necessário para a adequada manutenção da Check List. Esse frutífero relacionamento permitiu que a Check List crescesse a cada edição. Por exemplo, o número do submissões saltou de 76 em 2006 para 361 em 2011 e em 2012 recebemos 428 manuscritos, o maior número de submissões na história do periódico. Ao longo desses 10 anos, a média de submissões ficou em 235 por ano. Esse grande volume de submissões fez com que aumentássemos o nosso corpo editorial, novas especialidades foram criadas, junto com o aumento do número de editores assistentes, que são encarregados de pré-processar as submissões antes de serem enviadas para o editor de área.

Até este ano, a submissão e todo o gerenciamento do processo de revisão de centenas de manuscritos vinha sendo realizado pelo corpo editorial da Check List por meio de mensagens de e-mail trocadas entre editores, autores e revisores. No entanto, com o próprio crescimento do periódico em termos não só de número de submissões e artigos publicados (desde 2011 publicamos 6 edições por ano), mas de visibilidade internacional ficou evidente que este sistema era insustentável a curto prazo. Portanto, havia a necessidade de mudarmos para um sistema de submissão, gerenciamento, e publicação online, como o Open Journal Systems (OJS) de forma a garantir a agilidade e organização da revisão e das submissões. Além disso, outras funcionalidades, tais como arquivamento de meta-dados, sistema DOI tornaram-se necessárias para que o periódico continuasse a se desenvolver e ampliasse o seu reconhecimento perante a comunidade acadêmica.

Todo o corpo editorial e revisores trabalham de forma voluntária. E devido à limitações de pessoal, infelizmente essa importante transição na história da Check List culminará com o hiato da bem sucedida parceria com o CRIA. No entanto, cabe a nós, da Check List, reforçar o nosso agradecimento a toda equipe do CRIA, que ao longo de mais de 5 anos garantiu a manutenção da página do periódico na internet, além de ajudar em vários aspectos administrativos. Se hoje a Check List se destaca internacionalmente pela publicação de inventários de biodiversidade, foi graças à parceria mantida com o CRIA durante esses anos.

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24 de abr. de 2014

Rede speciesLink supera 6,5 milhões de registros online

O sistema que integra dados de centenas de provedores de dentro e fora do Brasil é a maior referência nacional sobre informações primárias sobre a biodiversidade. Sua força está essencialmente na competência e atuação de cada componente da rede.

Número total de registros online (verde), de registros georreferenciados com dados originais (azul) e de provedores de dados (vermelho) ao longo do tempo. 

O Brasil é um dos países com maior diversidade biológica no mundo, mas a maioria das informações científicas que está em museus, herbários e coleções microbiológicas se encontrava dispersa e fragmentada, limitando a compreensão sobre a biodiversidade no país. A rede speciesLink foi idealizada e implementada pelo CRIA há mais de 10 anos para suprir essa carência e promover a geração de conhecimento. Desde então vem contribuindo para a integração de dados de diferentes provedores, oferecendo aplicativos e ferramentas que auxiliam os provedores na melhoria da qualidade dos dados. Em meados de abril, a rede superou o marco histórico de 6,5 milhões de registros disponíveis online, com acesso livre e aberto. "O desafio do trabalho em rede, a única forma possível de se trabalhar com as coleções biológicas distribuídas por todo o território nacional, é marcante, mas representa a base do sucesso da iniciativa", enfatiza Dora Canhos, diretora do CRIA. Assim, é extremamente importante reconhecer a força de cada elemento que compõe a rede, sejam provedores de dados, equipes de TI, comitês de coordenação, agências de fomento ou usuários.

Mapa com a localização dos provedores de dados no Brasil que compõe a rede speciesLink, destacando Brasília onde está o Internet Data Center (IDC) da Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP). É lá onde estão todos os equipamentos e servidores  que hospedam dados, informações, imagens, mapas, sistemas, ferramentas e serviços web de interesse e de acesso público.

Atualmente, existem 335 provedores de dados - 324 coleções e subcoleções biológicas e 11 coleções de dados de observação. Mais de 70% de dados são de herbários, o que reflete o apoio dado nos últimos 5 anos pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), por meio do CNPq, ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Quanto aos 30% restantes, cerca de 25% são de animais, 0,2% de microrganismos 0,1% de fósseis e 4,7% de coleções abrangentes, como OBIS-Br e SinBiota. Mais de 93% dos registros têm material testemunho associado e mais que 240 mil registros têm imagens associadas. Destacamos o trabalho da RNP, garantindo a conectividade necessária tanto para prover dados como também para usar essa infraestrutura aberta de dados e ferramentas de interesse público.

O sucesso da rede é também refletido pelo seu uso. Em 2013, por meio da interface de busca foram recuperados cerca de 387 milhões de registros, o que representa mais de 60 vezes o tamanho total do acervo disponível no ano passado. Em 2014, apenas entre janeiro e meados de abril, foram recuperados cerca de 169 milhões de registros pelos usuários. Por recuperados entende-se registros que foram visualizados um a um, plotados em mapas, utilizados em gráficos ou baixados (download). É importante ressaltar que esses números não incluem os registros servidos via serviços web (máquina - máquina).

http://www.splink.org.br/index?lang=pt&action=openform
A interface de busca da rede speciesLink permite grande flexibilidade nas buscas.

Desafios e incentivos
Ao mesmo tempo que se comemora esse novo marco, é importante ressaltar que ainda existe um longo caminho a percorrer. O número de registros online hoje representa somente 27% dos acervos das coleções participantes da rede, com um número estimado de mais de 24 milhões de registros. Trata-se de um desafio não só para as coleções que precisam digitar, disponibilizar e atestar a qualidade de seus acervos, mas para as equipes de TI que precisam trabalhar com uma quantidade cada vez maior de informações, com diferentes tipos de dados (textuais, imagens, sons, etc.), além de desenvolver novos aplicativos atendendo às demandas tanto dos provedores como dos usuários. Contudo, alguns depoimentos indicam que estamos no caminho certo e que a estratégia de integração dos provedores em escala nacional está sendo proveitosa e efetiva.
"É uma honra para o HERBAM participar dessa rede de disponibilização de dados sobre a biodiversidade brasileira. Realmente, neste aspecto foi primordial o apoio do INCT Herbário Virtual e também do Reflora que contribuiu com bolsistas, cursos de aperfeiçoamento, equipamentos, permitindo que um herbário situado no extremo norte do estado de Mato Grosso passe a ser conhecido e reconhecido mundialmente, bem como, permitindo apresentar ao mundo as espécies que fazem parte da flora de nosso estado" afirma a curadora, Célia Soares Lopes. 
Outro depoimento vem de Teresa Fernandes Silva do Nascimento, curadora no Instituto Oswaldo Cruz/Fiocruz-RJ. "A equipe da Coleção de Culicídeos da Fiocruz também se sente honrada por fazer parte dessa rede. Sabemos que muito trabalho ainda precisa ser realizado, entretanto já visualizamos os resultados e progresso desse sistema"
Se você está envolvido de alguma forma com a rede e tem algum comentário a fazer, não deixe de contribuir comentando este post!


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20 de mar. de 2014

Herbário FLOR recebe visita para discutir a qualidade dos dados

A visita da equipe do INCT-HVFF, em parceria com o CRIA, teve como objetivo incentivar curadores, técnicos, pesquisadores e alunos a prezar pela qualidade dos dados dos espécimes. Particularmente, a visita visou aprofundar a participação dos micólogos e discutir a inclusão de imagens dos espécimes de fungos na rede speciesLink.

Professores e alunos do Micolab na UFSC. O aumento do número de alunos reflete maior interesse nos fungos, em grande parte motivado pela presença de jovens pesquisadores.

O Herbário FLOR da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) possui uma coleção online com cerca de 42.000 registros de espécimes de plantas vasculares, 6.000 de fungos e 1.000 de algas. O acervo do herbário está voltado especialmente para a flora e micota da região Sul do Brasil. O herbário faz parte da rede INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos desde julho de 2011 e vem contribuindo com um acréscimo de quase 10.000 registros por ano. A maior parte da coleção é de plantas, mas o número de espécimes de fungos tem grande potencial de aumentar com a participação de dezenas de alunos de graduação e de pós-graduação do Laboratório de Micologia (Micolab), liderado pelos Profs. Maria Alice Neves e Elisandro Ricardo Drechsler-Santos.

Histórico da evolução do número total de registros online e registros georreferenciados do herbário FLOR.
 
Zelando pela qualidade dos dados
O herbário FLOR tem uma bióloga contratada que é responsável pelo banco de dados, exercendo um papel chave para a qualidade das informações disponibilizadas. De uma forma geral, os dados taxonômicos estão bem cuidados, mas uma grande proporção dos registros não possui coordenadas geográficas originais, ou seja, informadas pela própria coleção. Isso se deve em parte à carência de informações nas coletas mais antigas, mas também à falta de uma cobrança sistemática por parte dos curadores e técnicos.

Silvia Venturi, bióloga responsável pelo banco de dados de FLOR, e Eduardo Michelena, seu estagiário.

Durante a visita, foram discutidas as melhores práticas para realizar o georreferenciamento. O formato de graus decimais foi sugerido como formato padrão, pois reduz muito a chance de inclusão de erros. Além disso, algumas dicas sobre a utilização de aparelhos de GPS em campo foram passadas, com ênfase para a configuração prévia do formato da coordenada para graus decimais e do datum para WGS84. Para coletas antigas ou recentes sem coordenadas é possível fazer o georreferenciamento retrospectivo, um conjunto de técnicas que atribui uma coordenada geográfica com base nas informações escritas sobre a localidade. Softwares populares, como o Google Earth, são adequados à tarefa, pois conciliam uma interface amigável dos mapas de satélite com um banco de dados com nomes de localidades que funcionam bem para a maior parte do planeta. Outra ferramenta de acesso aberto é o GeoLoc, que fornece coordenadas geográficas para um determinado município ou para o nome completo ou parcial da localidade. Também bastante útil é o conversor, ferramenta que permite a conversão de diferentes tipos de representação de coordenadas geográficas e datums disponíveis no Brasil. Ambas permitem que a conversão de coordenadas ou a busca por localidades seja feita individualmente ou em lotes.

Interface do geoLoc (http://splink.cria.org.br/geoloc).

Panorama da coleção de fungos
Atualmente não existe uma separação estrutural na rede speciesLink entre as coleções de fungos e plantas. Porém, devido ao preenchimento completo das informações do campo ‘Reino’ para todos os espécimes de fungos é possível analisar a coleção de fungos de FLOR de maneira independente. Hoje existem 5.875 espécimes de fungos com dados online, sendo o filo Basidiomycota o mais representado, com 4.911 amostras, seguido de Ascomycota, com 443 amostras.

Caixas com espécimes de fungos macroscópicos depositados no herbário FLOR. Atualmente existem cerca de 6.000 registros de fungos online, mas nenhum possui imagens associadas.

O acervo tem um viés mais voltado aos fungos decompositores da madeira, decorrente da contribuição da Profa. Clarice Loguércio Leite, que durante anos lecionou micologia na UFSC com foco nesse grupo de fungos, contribuindo para a formação de micólogos que hoje estão formando a nova geração. As principais famílias de fungos representadas em FLOR são Polyporaceae (1.513 registros), Hymenochaetaceae (661), Ganodermataceae (340) e Agaricaceae (244), mas o acervo está sendo diversificado com o fortalecimento do Micolab.
 
A contratação de jovens professores tem permitido a participação de diversos alunos em pesquisas com fungos.

Os espécimes de fungos depositados no herbário FLOR foram coletados principalmente no Brasil. A distribuição geográfica das coletas está concentrada principalmente na região Sul, com maior densidade no estado de Santa Catarina, mas o herbário FLOR também abriga coletas importantes feitas na Amazônia e no Nordeste.

Distribuição das localidades dos espécimes de fungos depositados em FLOR e presentes na rede speciesLink. Em azul, coordenadas georreferenciadas pelo município; em vermelho, coordenadas originais informadas pela coleção.

O dinamismo atual do Micolab é refletido pelo grande número de alunos participantes e pela diversidade de grupos de fungos estudados, mostrando que a micologia passa por um importante momento de desenvolvimento que deve contribuir para aumentar nosso conhecimento sobre a diversidade de fungos no Brasil. Contudo, alguns aprimoramentos do sistema speciesLink podem ajudar a tornar a ferramenta ainda mais útil para a comunidade científica. Uma delas é a associação das imagens dos espécimes aos dados textuais.

O Micolab conta com uma estrutura bastante completa que potencializa a formação dos jovens micólogos.

Imagens para espécimes de fungos
Um dos objetivos da visita foi levantar as demandas dos micólogos em relação à inclusão de imagens dos espécimes de fungos no INCT-Herbário Virtual, via rede speciesLink. Durante a visita foram discutidas questões relacionadas à padronização e operacionalização dessa demanda. Atualmente o INCT-Herbário Virtual não possui imagens de espécimes de fungos do herbário FLOR, mas os pesquisadores e alunos fazem uso cotidiano de imagens macro e microscópicas para auxiliar a identificação das espécies. Assim, há um interesse natural em associar as imagens aos registros textuais.

Alunos trabalhando no Micolab. Associar imagens dos espécimes de fungos vai ajudar a tornar acessíveis informações essenciais para a identificação das espécies.

Foram discutidas as principais categorias de imagens que usualmente estão associadas aos espécimes e houve uma dinâmica para informar quais campos são essenciais para cada grupo de fungos. Outros pontos importantes envolvem a questão das escalas, legendas e créditos das imagens. Essas informações estão sendo compiladas e transmitidas à equipe do CRIA, responsável pelo desenvolvimento do sistema.

Maria Alice Neves, docente da UFSC, que está ajudando a formar novos micólogos no Brasil.

Embora os fungos sejam menos conhecidos do que plantas e animais, o número de alunos e a estrutura existente no Micolab prometem contribuir para a geração de conhecimento sobre a diversidade e distribuição das espécies de fungos que ocorrem no Brasil, ajudando a reduzir essa falta de conhecimento histórica. A rede speciesLink, que mantém e disponibiliza os dados dos herbários vinculados ao INCT-Herbário Virtual, possui uma estrutura bastante completa, mas a qualidade dos dados é determinante para o tipo de uso que essas informações podem ter. A visita favoreceu não apenas a realização do trabalho proposto, mas o estreitamento de vínculos que tenderão a aumentar o comprometimento dos envolvidos em promover a melhoria da qualidade dos dados sobre fungos, bem como o aprimoramento do sistema, visando ampliar sua utilidade para a comunidade científica.


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Créditos
Texto e fotos - Ricardo Braga-Neto
*atualizado em 22.03.2014

23 de dez. de 2013

Bioline International comemora 20 anos de existência

No início de dezembro celebramos o vigésimo aniversário do Bioline International, uma iniciativa pioneira que promove o acesso livre e aberto via internet de artigos científicos de revistas publicadas em países em desenvolvimento.


Embora o movimento Open Access seja hoje um fenômeno global, 20 anos atrás a comunicação científica pela internet estava apenas começando. O Bioline International tem muito orgulho em ter participado da história do movimento desde seu início e das transformações que trouxe para o avanço da comunicação acadêmica em todo o mundo. Para celebrar as ideias e atitudes de pessoas que tornaram possível sua existência, no dia 10 de dezembro comemoramos esse marco histórico com um encontro na sede do CRIA, contando com a presença de Barbara Kirsop, idealizadora da iniciativa, e Leslie Chan, parceiro da Universidade de Toronto imprescindível para a consolidação da rede internacionalmente.

Lançado em 1993 com base em uma infraestrutura pioneira desenvolvida pelo CRIA, o Bioline International conta com a participação ativa da Universidade de Toronto em Scarborough desde 2000. Uma das maiores contribuições do Bioline foi a parceria com países do continente africano que puderam divulgar para o mundo as pesquisas feitas na região, saindo de uma situação de isolamento para ganhar visibilidade e reconhecimento internacional, ampliando muito as possibilidades de divulgação dos trabalhos e de formação de parcerias.

Distribuição geográfica das revistas científicas que fazem parte do Bioline.

O vídeo "20th anniversary of Bioline International" ilustra um pouco como foi a celebração. Não deixe de assistir!


Veja abaixo algumas fotos do evento.













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