15 de jan. de 2024

Comunicado Sobre a API do iServiço Web da rede speciesLink

A antiga API que permite a recuperação de dados da rede speciesLink será desativada em 31 de janeiro de 2024. Mas, não se preocupe, uma nova API já está em funcionamento para que você tenha tempo de fazer a migração com tranquilidade. O endereço para acesso (access point) é https://specieslink.net/ws/1.0/ . Nesse endereço você encontrará toda a documentação necessária para seu uso.

Procuramos manter as funcionalidades o mais próximo possível das já existentes na API antiga. Caso tenha algum problema, dúvida ou sugestão, entre em contato conosco através do email contato@cria.org.br 

Equipe do CRIA

27 de dez. de 2023

A peregrinação da infraestrutura de dados abertos do CRIA

Equipe do CRIA

O CRIA foi constituído em dezembro de 2000 como uma sociedade civil sem fins lucrativos, e recebeu o título de Organização da Sociedade Civil de Interesse Público, OSCIP, em 2002. Trabalhamos em rede com a comunidade científica na organização e disseminação de dados, informações e conhecimento sobre biodiversidade, criando e mantendo infraestruturas digitais de acesso público e aberto.

Ao longo dos seus 23 anos, o CRIA desenvolveu vários sistemas de acesso público. Esse artigo indica alguns marcos sobre a infraestrutura física necessária para manter esses sistemas.

2001 - 2013

  No início dos desenvolvimentos de seus sistemas de informação, o CRIA contou com o apoio da Fapesp, sob o mandato do diretor científico José Fernando Perez. Além do apoio ao SinBiota (Sistema de Informação do Programa Biota/Fapesp), o CRIA recebeu recursos para o desenvolvimento da rede speciesLink, da ferramenta openModeller e do site Flora Brasiliensis, que também contou com o apoio da Natura e Fundação Vitae. Nesta fase inicial do CRIA, toda infraestrutura necessária -  computadores, rede e roteador - foi adquirida com recursos da Fapesp. O CRIA, instalado em sua nova sede em Barão Geraldo em Campinas, se conectava à internet através de uma fibra ótica aérea instalada nos postes entre o roteador na sede do CRIA e o roteador da Fapesp na Unicamp.

Com exceção do SinBiota, transferido em julho de 2011 para a Unicamp por solicitação do Prof. Carlos Joly, coordenador do programa Biota, e do Dr. Carlos Henrique de Brito Cruz, na época Diretor Científico da Fapesp, todos os demais sistemas continuaram online sob a curadoria do CRIA, gerando novos produtos. 

2013 - 2018

https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhsPUav0NOs0fdYoSFDNZaIpO8-2CntJr2KN-mRGjefoF4d0LkiyOaUFZbPU-3V-IN4iqX9T-T7D-5vxqy3uuMh0nuqExKiU8GvX8rvrhhrFs8o37wcxu4oPM44ydixzNXwXJC_AbpjVik/s400/idc2.png Em 2013 os equipamentos que abrigavam os sistemas de informação desenvolvidos pelo CRIA e instituições parceiras foram transferidos para o Internet Data Center (IDC) da RNP em Brasília, resultado de uma articulação entre o CRIA, RNP e CNPq. Além da redução dos custos, essa mudança melhorou a segurança e conectividade no acesso aos sistemas. Para gerenciar os sistemas no IDC em Brasília, a RNP integrou o CRIA à Redecomep, Rede Comunitárias de Educação e Pesquisa de alta velocidade da região de Campinas. 



2018 - 2021

  No final de 2018, com a celebração do 20º. termo aditivo ao Contrato de Gestão entre o MCTIC e a RNP, foi dado um importante passo visando assegurar a permanência da e-infraestrutura speciesLink. Esse termo aditivo assegurou o apoio da RNP na migração dos sistemas que compõem a rede speciesLink do Internet Data Center (IDC) em Brasília para o serviço em nuvem do Centro de Dados Compartilhados (CDC/RNP) em Recife. A transferência de todos os sistemas públicos de informação mantidos pelo CRIA para o CDC/RNP foi concluída no mês de abril de 2019, com o auxílio da equipe da RNP.

2021 - ...

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/2f/Google_2015_logo.svg/251px-Google_2015_logo.svg.png  Em 2021 o CRIA recebeu um comunicado da RNP sobre a impossibilidade de manter os serviços do CDC/RNP que provia os serviços em nuvem para a manutenção de todos os sistemas públicos do CRIA. Foi dado início à busca de novos parceiros que pudessem prover esses serviços ou recursos para a aquisição de uma nova infraestrutura física para o CRIA. Em 2021, com auxílio do Tasso Azevedo, coordenador geral do MapBiomas, o CRIA enviou uma proposta ao Google e imediatamente recebeu créditos para utilizar os serviços do Google Cloud Platform (CGP) por um período estimado de seis meses.

Foi dado início à terceira transferência de todos os sistemas do CRIA, do Centro de Dados Compartilhados da RNP (CDC/RNP), para a plataforma em nuvem do Google (GCP). Novos créditos foram cedidos pelo próprio Google em 2022 e 2023 que, com a otimização do seu uso, deverão durar até maio de 2024.

O processo de transferência para o GCP foi muito mais complexo por envolver a reestruturação de toda a infraestrutura de dados do CRIA. Além da transferência propriamente dita ao GCP, o CRIA se preocupou com a otimização do uso dos recursos para que os créditos concedidos durassem mais tempo. Além dos créditos, recebemos apoio técnico da equipe do Google principalmente no processamento das imagens da rede speciesLink. Na época tínhamos mais de 4,5 milhões de imagens que tinham que ser reprocessadas em um curto período de tempo.

Internet e a rede de provedores de dados

Apesar de não abrigar os sistemas e dados de acesso público mantidos pelo CRIA, a RNP continua fundamental para o avanço e disseminação do conhecimento científico sobre a biodiversidade do país. A RNP é responsável pela Rede Ipê, oferecendo acesso à internet de qualidade às instituições acadêmicas do país. 

A figura a seguir apresenta a localização dos provedores de dados da rede speciesLink no Brasil, Colômbia, Estados Unidos e Europa.

A integração dos dados das coleções em todos os estados do Brasil, na Colômbia, Estados Unidos e  Europa, bem como o acesso aos dados do speciesLink por usuários e outras infraestruturas do mundo  (GBIF, iDigBio, VertNet e SiBBr) é possível graças à infraestrutura da rede Ipê.

A força do speciesLink, sem dúvida, está nas parcerias estabelecidas e no trabalho em rede. 

Obrigada a todos que contribuiram com seus dados, conhecimentos e sugestões!

Um ótimo 2024 para todos nós!


17 de nov. de 2023

Diário de Viagem (Spix e Martius) - Parte II

Em busca das paisagens amazônicas vistas pelos naturalistas


Luiza de Paula e Fernando de Matos
Contadores de Histórias, CRIA

Ao final do Congresso, a 3 de Novembro de 2023, movidos pelo desejo de ver as paisagens amazônicas vividas pelos naturalistas Martius e Spix, decidimos seguir viagem para a ilha de Cotijuba. Saímos em comitiva, com outros três colegas botânicos de variadas partes do Brasil: Eduardo Fernandez, Thuane Bochorny e Eduardo Amorim. Pegamos um barco no Terminal de Icoaraci, que fica a aproximadamente 20 quilômetros do centro de Belém. Foram levantadas âncoras em pleno sol de meio-dia, o rio estava tranquilo e navegamos por quarenta minutos ao som de Calypso, banda de origem paraense, com estilo musical afro-caribenho.



Figuras: (1) Barcos no terminal de Icoaraci, Belém. (2) Comitiva de botânicos no barco em direção à Ilha de Cotijuba. Na primeira fila: Luiza de Paula e Fernando Bittencourt de Matos; na segunda fila: Eduardo Fernandez, Thuane Bochorny e Eduardo Amorim (da esquerda para direita).

A Ilha de Cotijuba é uma das 42 ilhas que compõem a cidade de Belém, no Pará. É uma área de preservação ambiental e a terceira maior ilha da região. Cerca de 8 mil pessoas moram na ilha. São aproximadamente 60 km² e uma extensão de 20 quilômetros de praias quase intocadas. Há mais de 10 praias espalhadas pela costa da ilha, todas de água doce e quente. É um lugar de muita simplicidade, onde não existem grandes hotéis e pousadas luxuosas. As construções são básicas e preservam o estilo bucólico da ilha. Decidimos seguir para a “Praia Do Vai-Quem-Quer”, que é a mais famosa e procurada da ilha. Ela fica a um pouco mais de 6 quilômetros de onde chegam os barcos, então é preciso ir com algum transporte até lá. Não fomos de charrete, como provavelmente viajavam os naturalistas antigamente, mas escolhemos um meio de transporte pouco convencional, conhecido localmente como motorrete, para nos levar até a hospedagem. Percorremos diversas paisagens paradisíacas, que nos faziam lembrar as pranchas Amazônicas litografadas na obra Flora Brasiliensis. Andamos a cavalo e nos sentimos revisitando locais mágicos registrados pelos naturalistas.


Figuras (3). Motorrete, meio de transporte típico na Ilha de Cotijuba. (4). Eduardo Fernandez fazendo passeio a cavalo pela Ilha de Cotijuba.

Em um dado local, próximo a um igarapé, visualizamos um cenário muito parecido à prancha de abertura do primeiro volume da obra. Essa prancha ilustra uma mata de igapó às margens do rio Amazonas, nas proximidades da cidade de Santarém, no Pará. Inundadas durante até 10 meses no ano, essas matas abrigam uma amostra valiosa da biodiversidade amazônica. Ali, na Ilha de Cotijuba, estavam elementos típicos da Amazônia registrada por Martius. Ao fundo, sobressaindo-se às copas das outras árvores, vimos algumas graciosas palmeiras de “açaí” (Euterpe oleracea), espécie descrita primeiramente por Martius. No primeiro plano, ao lado esquerdo, figurava uma das flores mais exuberantes da região: a “munguba” (Pachira aquatica), também conhecida como “castanheira-da-água” ou “mamorana”. Mais a fundo, e menos visíveis aos viajantes menos atentos, cacaueiros (Theobroma cacao) adentravam a vegetação. A título de comparação, apresentamos uma fotografia retirada por um Samsung Galaxy A34 em 2023 e a Prancha 1 da Flora Brasiliensis, publicado em 1906.



Figuras (5) Fotografia retirada por um Samsung Galaxy A34 em 2023 em um igarapé da Ilha de Cotijuba (6). Prancha 1 da Flora Brasiliensis, publicado em 1906

Fomos muito bem recebidos pelos moradores locais, que ficaram curiosos com aquele grupo de botânicos de outras regiões brasileiras, entre elas Rio de Janeiro, Minas Gerais e Paraná. Durante o dia, revezamos nossas atividades entre tentar descobrir a identificação de alguma espécie nativa desconhecida ou apreciar os deliciosos pratos feitos pelos anfitriões, entre eles o peixe filhote, com molho de tucupi e a emblemática planta do jambu, que foi símbolo do congresso de botânica. O jambu é uma planta da família Asteraceae, e quando suas folhas e flores são mastigadas, dão uma sensação de formigamento nos lábios e na língua devido à sua ação anestésica local. Essa sensação abre o apetite de qualquer viajante.

O RETORNO E AS TEMPESTADES 

A viagem de retorno estava agendada para o dia 4 de Novembro. Contudo, empecilhos supervenientes nos obrigaram a adiar o retorno a Belém. O primeiro dia estava ensolarado, com poucas nuvens por cima do variegado tapete da vegetação do igarapé. Nos diziam os moradores, entretanto, que a região é sujeita a violentas trovoadas. Como quase todas as colônias na região amazônica, situadas nas proximidades dos grandes rios, são sujeitas de maneira semelhante a tempestades, é lícito considerar como causa geral desse fenômeno o encontro de correntes de ar de diferentes regiões do mundo. A tarde anterior, portanto, após um dia ensolarado, havia sido assinalada por violenta tempestade e agora, no dia da partida, mas um pouco mais cedo que o dia prévio, também o céu se nublava de repente. Forte vento de oeste cavava a praia, e obrigava-nos a seguir esperando na nossa hospedagem. Outra tempestade se aproximava. Tivemos que pernoitar mais um dia nesse lugar, e apesar de termos perdido o vôo de volta pra casa, ficamos satisfeitos de acordar mais um dia no meio da floresta. 

Na manhã seguinte, com os nossos votos, saudades e esperanças, abandonamo-nos à segurança do bem construído barco e nos entregamos a todas as impressões magníficas com que uma viagem em rios amazônicos pode enriquecer a alma e o espírito. Chegamos a Belém e logo em seguida adquirimos novos vôos que nos levariam novamente para as nossas casas. Lá de cima do avião, pensávamos como seria antigamente: a mata virgem revestia outrora toda a região; atualmente, porém, já havia sido desbastada em grandes trechos. Quais histórias nos restariam para contar? 

Esperamos que esses relatos sirvam de inspiração para curiosos e animados viajantes e naturalistas, que desejam conhecer, preservar e contar histórias sobre a Floresta Amazônica e os demais biomas brasileiros. 

Saudações, 

Luiza de Paula e Fernando de Matos

Agradecimentos: Agradecemos aos companheiros de viagem, Eduardo Fernandez, Thuane Bochorny e Eduardo Amorim, pelas revisões e sugestões no texto. 

Diário de Viagem (Spix e Martius)

Luiza de Paula e Fernando de Matos
Contadores de Histórias, CRIA

Estimados leitores,

Entre as obras dos naturalistas estrangeiros que percorreram o Brasil colonial, os três volumes do livro Viagem pelo Brasil (1817-1820), deixados pelos cientistas bávaros Johann Baptist von Spix e Carl Friedrich Philipp von Martius, são notáveis por sua reputação, destacando-se como uma narrativa de viagem, um inventário científico da natureza local, e um testemunho autêntico, vibrante e colorido sobre a sociedade da época. Um dos inúmeros desdobramentos da Viagem pelo Brasil foi a Flora Brasiliensis, obra monumental que contém tratamentos taxonômicos para quase 23 mil espécies de plantas, incluindo quase 4 mil ilustrações de plantas e paisagens brasileiras. Em tempos apocalípticos, revisitar as obras desses viajantes nos ajuda a refletir sobre o nosso passado, presente e futuro, bem como sobre a enorme importância da popularização da ciência para o mundo.

É nesse contexto que o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) se uniu ao Google Arts and Culture (GA&C), para realizar o projeto de Exposição Virtual intitulado: “Vida e obra dos naturalistas viajantes Spix e Martius”. Nesse projeto, foi produzido um conjunto de histórias, divido em duas partes. A primeira delas ficou à cargo da Dra. Karen Macknow Lisboa (USP) e visou apresentar todo o cenário que antecede a obra Flora Brasiliensis, incluindo o contexto histórico, a expedição de Spix & Martius e seu legado. A segunda parte ficou sob nossa responsabilidade e teve como foco a Flora Brasiliensis, explorando sua construção, as paisagens descritas, algumas das espécies de plantas mais emblemáticas, bem como o trabalho dos botânicos envolvidos. No total, foram elaboradas 55 histórias, explorando o universo de imagens e metadados da obra que estão sendo disponibilizados na plataforma GA&C como resultado da parceria com o CRIA. 

Inspirados pelos relatos dos naturalistas, descrevemos aqui nossas aventuras e processos criativos durante esse projeto, com uma linguagem que às vezes remete aos viajantes do século XX.

PARTE I - A ESCOLHA DOS VIAJANTES E SUAS HISTÓRIAS

A honrosa escolha para a escrita e revisão das histórias recaiu sobre nós dois, jovens cientistas brasileiros, botânicos e naturalistas: Luiza de Paula e Fernando de Matos. Recebemos, portanto, a 08 de Novembro de 2022, o aviso de seguir viagem pelos textos e pranchas da Flora Brasiliensis, na missão de elaborar histórias de popularização da informação contida nessa magnífica obra. No último ano, percorremos os textos em latim com descrições minuciosas de lugares e espécies botânicas da Flora Brasiliensis. Além disso, mergulhamos nas litogravuras de paisagens e plantas que ilustram essa obra. Deveríamos, sobretudo, além das observações e pesquisas científicas nas nossas especialidades, contactar, quanto possível, pesquisadores do INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos e outros colaboradores, afim de escrevermos histórias conjuntas, no melhor espírito da Flora Brasiliensis de Martius, que contou com a participação de 65 pesquisadores de diferentes países. Além desses deveres que havíamos assumido, foram-nos feitos também, em relação aos restantes ramos das ciências naturais, especiais pedidos, com histórias encomendadas e sugeridas.

Nossas interações, remotas e hipermediadas, configuraram uma espécie de viagem no tempo. Poucos de nós se conheciam pessoalmente, mas as afinidades pelas expedições naturalistas nos aproximaram durante as 49 reuniões virtuais que realizamos, quando percorríamos de forma conjunta, nós e os integrantes do CRIA, o roteiro da viagem de Spix e Martius pelo Brasil. Foi por meio de nossas conexões virtuais, mas nada superficiais, que vivenciamos os episódios vividos pelos naturalistas, que serviram de base para as nossas histórias. Algumas foram histórias vividas, outras imaginadas e sonhadas, criadas no espaço imaterial das redes e de nossas mentes.

Percorremos todos os cinco biomas brasileiros, e escrevemos, por exemplo, histórias sobre “As árvores que nasceram antes de Cristo na Amazônia”, “5 ninfas guardiãs da vegetação do Brasil”, “Os aromas da Caatinga”, “O Cerrado, a fruta e o lobo”.

PREPARATIVOS PARA A VIAGEM

Com as histórias prontas, foi-nos sugerido pelo CRIA, participar do 73º Congresso Nacional de Botânica, realizado em Belém do Pará, no intuito de divulgarmos nosso trabalho. De imediato, aceitamos o convite. Primeiramente, porque tínhamos o desejo de compartilhar nossa experiência com nossos colegas botânicos. Além disso, porque tínhamos a imensa curiosidade de revisitar locais percorridos pelos viajantes, que tiveram Belém como a porta de entrada para territórios Amazônicos. 

A fim de satisfazer essas obrigações e desejos, tratamos de reunir todos os apetrechos para viagem tão esperada, e rapidamente fizemos os necessários preparativos. Depois de tudo, quanto possível, pronto, e remetidos os livros, instrumentos, celulares, computadores, máquinas fotográficas, aplicativos de reunião, chapéu, óculos de sol, protetor solar, botas, vestimentas de campo, roupas de banho e roupas formais para a palestra e minicurso do congresso. Preparamos uma mala multifuncional, pois seria uma viagem com objetivos variados, e encetamos a viagem a 27 de outubro de 2023, a Luiza, de Belo Horizonte, e o Fernando, de Curitiba, para Belém do Pará.

MINICURSOS E PALESTRAS

Ali, na Cidade das Mangueiras, às 8h da manhã do dia 28 de Outubro de 2023, após um ano de trocas, nos conhecemos pessoalmente pela primeira vez na Universidade Federal do Pará (UFPA), onde ministraríamos o minicurso intitulado:

“Revisitando a Flora Brasiliensis: storytelling como ferramenta de apoio à popularização da ciência no Brasil”. 

Registramos esse momento:

Na sequência, recebemos os alunos, que gentilmente nos contaram sobre suas experiências com o tema da divulgação científica, o que aguçou a nossa curiosidade e criou um clima muito colaborativo. Entre os participantes estavam professores de botânica do ensino superior, doutorandos, mestrandos e estudantes de biologia. Passamos 8 horas com eles numa sala da UFPA, com um misto de alegria e entusiasmo. Compartilhamos experiências, mostramos alguns exemplos, e fizemos exercícios de escrita. Os textos improvisados versaram sobre samambaias azuis, avós cuidadoras de plantas, tempos decoloniais, tacacás, jambus, Flora Brasiliensis e naturalistas. Debater a popularização da ciência na UFPA, tendo como pano de fundo o Rio Guamá e a floresta Amazônica foi experiência muito gratificante. A contemplação desta mágica visão arrebata o espectador, especialmente quando ele não teve antes oportunidade de conhecer tal floresta tropical.


A 31 de outubro, reunimo-nos com os integrantes do CRIA e INCT, para o simpósio: “Herbário virtual: ciência, arte e inovação”. A nossa palestra, intitulada “Legado digital da viagem de Spix e Martius pelo Brasil: ciência, arte e cultura”, teve uma audiência diversa e rendeu ótimos debates. Essa foi a primeira vez que apresentamos os resultados do nosso projeto para o público geral, pois nossas histórias de divulgação científica ainda não encontram-se online, o lançamento oficial da GA&C está previsto para o primeiro semestre de 2024. Em 40 minutos de palestra, apresentamos o website da Flora Brasiliensis, a página do Google Arts & Culture, a coleção do CRIA dentro da GA&C (ainda não disponível online), e algumas de nossas histórias de popularização da ciência. Como o tempo era curto, selecionamos apenas uma história de cada tipo, começando com a biografia de Martius, seguindo com uma história de paisagem (Martius na Amazônia, um passeio botânico pela litogravura n. 1 da Flora Brasiliensis), e finalizando com uma espécie de planta (espiga-de-sangue, Helosis cayanensis).

Mostramos como as histórias estão interligadas por meio de hiperlinks e comentamos sobre as possibilidades de abordagens com a Flora Brasiliensis digital (ciência, arte e cultura). Também apresentamos uma de nossas “galerias de bolso” sobre os cinco biomas do Brasil, criada com uma ferramenta recém lançada pela Google. Ao final da palestra, convidamos todos os presentes para entrarem em contato conosco caso tivessem interesse em fazer parte da nossa rede colaborativa e produzir suas próprias histórias para este projeto. Cerca de 30 potenciais histórias surgiram desse convite, o que nos encheu de alegria e nos deu uma forte sensação de dever cumprido.

No simpósio, discutimos também sobre os temas dos outros palestrantes, como os avanços e conquistas do INCT-Herbário Virtual (Dr. João Renato Stehmann), os recursos disponíveis na interface de busca da rede speciesLink (Dra. Dora Canhos) e o Catálogo de Plantas das Unidades de Conservação do Brasil (Dra. Thuane Bochorny). Discutir temas relacionados à divulgação científica num contexto de conservação da biodiversidade foi ao mesmo tempo desafiador e satisfatório.

Na foto estão: João Renato Stehmann (UFMG), Silvia Rodrigues Machado (UNESP), Leonor Costa Maia (UFPE), Lana da Silva Sylvestre (UFRJ), Luiza Fonseca Amorim de Paula (CRIA), Dora Ann Lange Canhos (CRIA) e Fernando Bittencourt de Matos (CRIA).

14 de nov. de 2023

Herbário da Unitins comemora 18 anos de contribuição para o avanço do conhecimento sobre a diversidade da flora tocantinense

 Ao longo de quase duas décadas, cerca de 10 mil amostras de plantas foram coletadas nos diferentes ecossistemas do Tocantins

(Artigo publicado em 10/11/2023 no Portal de Notícias da UNITINS - Ruy Bucar)

Pesquisador Eduardo Ribeiro, no laboratório do Herbário, contribuindo com a descoberta de novas variedades de plantas (Fotos: Nonato Silva/Dicom Unitins)


O Herbário da Universidade Estadual do Tocantins (UNITINS) completou 18 anos de existência no dia 10 de novembro pp, com muitos motivos para comemorar. Ao longo desse período de quase duas décadas, o HUTO desenvolveu uma série de pesquisas que foram fundamentais para revelar a verdadeira diversidade da flora tocantinense e coletou amostras de plantas que formam o seu acervo.

O professor e pesquisador Eduardo Ribeiro, coordenador do HUTO, conta um pouco a saga do Herbário da UNITINS, que deu origem a outro antes de conquistar um espaço definitivo na estrutura da Universidade. O pesquisador relembra que no dia 17 de janeiro de 2005 foi coletada a primeira amostra de planta que iria dar início ao acervo. Desde então já foram catalogadas mais de dez mil amostras de plantas nos diferentes ecossistemas do Tocantins, que hoje integram a coleção científica do Herbário.

“O HUTO foi o segundo herbário criado no Estado do Tocantins, sendo que o primeiro, o Herbário do Tocantins (HTO), implantado em 1992, na então Unitins, Câmpus de Porto Nacional, com a criação da Universidade Federal do Tocantins (UFT) foi incorporado ao acervo da instituição”, relata Eduardo Ribeiro, que defende que o HUTO cumpre um papel relevante, constituindo-se num importante instrumento de registro histórico da vegetação do estado do Tocantins.

Ribeiro aponta que o Estado vem passando por um acelerado processo de modificação da sua vegetação, o que, segundo ele, pode ocasionar no desaparecimento de espécies de plantas. “Ampliar os esforços de coletas botânicas para o HUTO, torna-se imprescindível para que se tenha catalogada essa diversidade de plantas do Tocantins, antes que seja tarde”, alerta o pesquisador.

Parceria

Em 2011 aderiu ao Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia (INCT) Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-Herbário Virtual), financiado pelo CNPq, sediado na Universidade Federal de Pernambuco (UFPE). Através dessa parceria com INCT-Herbário Virtual, o HUTO tem recebido apoio através da disponibilização de equipamentos de informática e de bolsa de apoio técnico, contribuído no processo de informatização da coleção e na melhoria da qualidade dos dados, que são disponibilizados de modo livre e aberto a qualquer interessado, podendo ser acessado através do link https://specieslink.net/col/HUTO/. Em 2015 o HUTO foi registrado no Index Herbariorum (IH) gerenciado pelo New York Botanical Garden (NYBG), com sede nos Estados Unidos.

Novas descobertas

As expedições de coletas botânicas para o HUTO têm contribuído com a descoberta de espécies novas, o que significa que elas ainda eram desconhecidas pela ciência, a exemplo de duas espécies encontradas recentemente, como a Symphyllophyton gradatum e a Symphyllophyton strictifolium, consideradas endêmicas no Tocantins e que estão depositadas no HUTO. Ribeiro conta que tais espécies estão classificadas como criticamente em perigo de extinção.

“Através de coletas botânicas para o HUTO, foram feitas importantes descobertas para a flora tocantinense. Como os primeiros registros para o estado do Tocantins, podemos destacar a Monteverdia rigida uma planta típica da região da Caatinga; a Cereus adelmarii considerada endêmica do estado do Mato Grosso; a Stachytarpheta integrifolia até então considerada endêmica do estado de Goiás; a Phragmipedium vittatum ameaçada de extinção e a Griffinia nocturna espécie ameaçada de extinção no mais alto nível de classificação”, relata Eduardo Ribeiro, que defende que a ampliação do esforço de coletas botânicas para o Herbário se torna importante para que se tenha um diagnóstico o mais real possível da biodiversidade florística do Tocantins.

Ribeiro observa que estas coletas são indispensáveis para se entender o estado de conservação dessas espécies, bem como identificar o potencial de usos sustentável quer seja para fins farmacológicos, alimentícios, paisagísticos ou outras possibilidades de usos.

Apoio ao Ensino

O Herbário tem sido importante no desenvolvimento de pesquisas científicas na área da Botânica, mas também tem sido útil no apoio às atividades de ensino do curso de Engenharia Agronômica de UNITINS, além de receber visitas de estudantes de outras instituições de ensino superior, a exemplo do Instituto Federal do Tocantins (IFTO), Centro Universtiário Católica do Tocantins (UniCatólica) e Centro Universitário Unitop. Como atividade de extensão, o HUTO recebe visitas de estudantes dos níveis fundamental e médio de todo o Estado, como forma de promover a popularização do conhecimento científico.

Durante as visitas, os estudantes têm oportunidade de conhecer as espécies que compõem a flora tocantinense, sua importância, as pesquisas botânicas desenvolvidas na instituição e a importância do herbário na documentação da flora e na conservação da biodiversidade.

“É com grande alegria que celebramos os 18 anos do Herbário da UNITINS, pois sabemos que é uma importante ferramenta para a pesquisa e estudos acadêmicos de alunos e pesquisadores que podem dispor desse vasto material para ser utilizado em pesquisas, principalmente do que temos aqui no nosso Estado. Agradeço imensamente o professor Eduardo Ribeiro, pela coordenação do projeto e toda sua equipe pelo excelente trabalho desenvolvido”, declara a vice-reitora, professora Darlene Teixeira Castro.

Acervo de plantas fossilizadas

Além de documentar a diversidade da flora atual do Tocantins, o HUTO dispõe ainda de um importante acervo composto por amostras de plantas fossilizadas que representam a flora passada. Trata-se de uma flora já extinta, que ocorreu no Período Permiano da Era Paleozóica, que remonta a um período entre 250 a 295 milhões de anos passados, que ocorre no Monumento Natural das Árvores Fossilizadas do Tocantins (MONAF), situado no município de Filadélfia (TO).

O que é um herbário?

Um herbário é como se fosse uma biblioteca, só que em vez de livros, no caso do herbário, essa biblioteca é composta de plantas devidamente coletadas e preparadas seguindo técnicas científicas. Nos herbários, as plantas são armazenadas na forma de exsicatas, que vão compor o acervo, servido para retratar a diversidade vegetal de uma determinada região.

O herbário permite a documentação permanente da diversidade florística de uma determinada região, sendo importante para retratar a composição de áreas que se modificam ao longo do tempo, seja pela ação antrópica ou por efeitos de perturbações naturais, que alteram a cobertura vegetal.





7 de nov. de 2023

O papel do speciesLink no INCT-HVFF

 Equipe do CRIA

No dia 31 de outubro de 2023, o CRIA apresentou a palestra “Sistema de Indexação e a Interface de Busca da rede speciesLink” no 73º. Congresso de Botânica em Belém. A seguir apresentamos alguns pontos levantados.

A rede speciesLink tem por objetivo:

  • Viabilizar a participação plena das coleções biológicas, mantendo sua total autonomia sobre seus dados;

  • Aumentar a qualidade, valor, uso e usabilidade dos dados;

  • Fomentar a pesquisa, educação, conservação e recuperação de áreas degradadas e oferecer dados e informações de qualidade conhecida para a formulação de políticas públicas; e,

  • Dar projeção ao papel e à importância das coleções biológicas.

As ações do CRIA incluem:

  • Receber e servir dados de ocorrência de espécies, de forma livre, aberta e online,
  • Viabilizar a participação plena das coleções biológicas

    • A coleção utiliza o software de sua preferência

    • O CRIA aceita diferentes processos de envio dos dados

    • Oferece auxílio no mapeamento dos dados para o padrão DarwinCore

    • Oferece um helpdesk para atendimento às coleções

  • Prover as ferramentas para avaliar a qualidade dos dados

  • Prover as ferramentas para busca, recuperação e visualização dos dados

  • Garantir que qualquer alteração do registro é feita pela coleção, no seu sistema local, portanto os registros somente são alterados no speciesLink quando a coleção atualiza os seus dados online.

A palestra tratou da qualificação do nome científico e das coordenadas geográficas dos registros enviados pela coleção que têm por objetivo indicar a qualidade do dado e aumentar o seu uso e usabilidade. 

Como qualificador do nome científico, cada registro recebe uma etiqueta indicando seu status taxonômico: aceito, sinônimo, ambíguo, não encontrado, só gênero. O status taxonômico é um dos filtros disponíveis na interface de busca da rede speciesLink.



As listas taxonômicas utilizadas como referência para as coleções botânicas da rede speciesLink são Algaebase, MycoBank, Flora e Funga do Brasil e GBIF Backbone Taxonomy. As listas são atualizadas a cada 6 meses e todos os registros botânicos são reindexados.

Outra característica associada ao nome é se a espécie é endêmica do Brasil, sua origem (nativa, naturalizada ou cultivada) e sua forma de vida (arbusto, árvore, trepadeira, etc.), extraídos da Flora e Funga do Brasil. Essas características também são buscáveis na rede speciesLink.



Também foram demonstrados os filtros geográficos da rede speciesLink como países, regiões, estados, municípios, biomas, divisão hidrográfica, unidades de conservação, terras indígenas, além do uso dos dados de Uso e Cobertura da Terra – MapBiomas Col. 7.1.

A apresentação deu destaque à busca por espécies arbóreas  nativas cujo ponto de coleta em 1985 estava em área natural do estado do Pará e que, em 2021, está em área antropizada. Trata-se de uma comparação antes e depois. O resultado das buscas nos dois anos, 1985 e 2021 foi apresentado comparando os mapas a seguir.



Foi também apresentado o seguinte quadro com os números da perda potencial.


A interface de busca também produz diversos inventários, como uma lista e gráficos das espécies recuperadas. O gráfico a seguir apresenta o inventário com o número de registros online das espécies de árvores nativas que potencialmente foram afetadas por essa mudança de uso e cobertura da terra. Esses dados podem, sempre com o conhecimento de especialistas,  auxiliar o trabalho de seleção das espécies para a recuperação de áreas degradadas.



Outro indicador apresentado foi o número de registros e imagens do INCT-HVFF utilizadas a partir de 2012, quando esse indicador foi lançado. 



O ano de 2023 indica um uso médio de 169 milhões de registros e de 85 mil imagens por dia. O salto enorme do número de registros utilizados entre 2020 e 2023, cerca de 530 milhões/ano para cerca de 51 bilhões/ano se deve ao apoio do Google com a doação de créditos para o uso do Google Cloud Platform e alocação de sua equipe para auxiliar o CRIA, não só no uso da plataforma, mas também no processamento das mais de 4 milhões de imagens em um curto espaço de tempo. Também houve uma mudança do software utilizado no banco de dados, que possibilitou a busca e recuperação de registros de forma muito mais rápida.

Aproveitamos para novamente agradecer a RNP pelo apoio prestado ao CRIA que incluiu nossa participação na rede COMEP, a transferência dos equipamentos do CRIA ao IDC (Internet Data Center) em Brasília e a transferência de todos os sistemas públicos do CRIA ao CDC (Centro de Dados Compartilhados) em Recife. A RNP continua desempenhando um papel central na rede speciesLink, que é a ligação internet entre os institutos de pesquisa e universidades participantes da rede.

Por fim, durante o simpósio também anunciamos a integração dos dados e imagens do acervo de coletas realizadas na América do Sul do herbário Kew à rede speciesLink. A imagem a seguir apresenta o Herbário K em números e um painel com algumas imagens associadas.


No evento também foi anunciada a integração de imagens do acervo do Missouri Botanical Garden no speciesLink. São imagens de alta resolução que certamente irão auxiliar trabalhos de pesquisa e educação.



Acreditamos que uma melhor compreensão do processo de indexação dos registros e do uso da interface de busca possa incrementar o uso dos dados e imagens do speciesLink, além de estimular novas demandas.

Finalizamos ressaltando a importância do INCT-HVFF (Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos), uma parceria de centenas de herbários e instituições de pesquisa do país e do exterior, envolvendo milhares de pesquisadores, e o CRIA. Trata-se de um programa do CNPq que estimula o trabalho de cooperação científica em redes nacionais e internacionais. Os resultados alcançados também refletem o apoio financeiro recebido desde 2008.

Websites:

23 de out. de 2023

BRAHMS, CRIA and speciesLink

 Denis Filer, Senior Research Associate
Department of Biology, University of Oxford

The BRAHMS project has worked with CRIA for many years, facilitating the transfer of data between BRAHMS and speciesLink. This CRIA website has grown into a tremendous national repository of online biodiversity data, a hugely valuable resource for curators and researchers across Brazil and elsewhere.
Logging into the Portuguese version of Brahms

BRAHMS v7 included a function to export specimen data in a format suitable for speciesLink uploads. This older version of BRAHMS, while still widely used in Brazil, has now been superseded by a modernised technology system, v8. With this new version, we are actively working with CRIA to make sure all data transfers are further streamlined and simplified.

Another handy new feature in BRAHMS v8 is the ability to configure the Web Links toolbar. You can now register any website you wish and add search parameters as appropriate. The example provided here is for speciesLink. Search links can be based on a number of parameters, typically the Genus and Species name or the catalogue number for the current record. In either of these cases, the result is a dynamic link to speciesLink, with listings for the current species or specimen being displayed and updated as you browse through your data grid.

The Web Links toolbar is configured to include a direct link to speciesLink

The data grid here has a single filter applied for the genus Virola. The Web Link connection uses the genus + species names - but could equally use the specimen catalogue number.


The Web Links editor on the BRAHMS Management menu includes options to select icons and toolbar text; add the URL with search parameters using any data fields from the relevant table; set whether the link is personal or shared; and choose the tables the Web Link is associated with. Any text inside "< >" is converted to an actual data value, for example, Virola%20multinervia.

The new BRAHMS v8 system is now licensed by Oxford University Innovation (OUI). OUI are aware that many herbaria including those of Brazil have limited budgets and often no budget for software. While the system still has to be licensed and paid for, OUI have developed a perpetual license scheme to avoid recurring fees.

Data migration from v7 to the new system is automated. If you would like to see the new BRAHMS in action with your own data updated from v7, you can email BRAHMS@biology.ox.ac.uk. 

Further information about recent developments can be found on
https://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/brahms/News and in the newsletter article ‘Innovations and project

3 de ago. de 2023

A presença do CRIA e parceiros no evento Diálogos Amazônicos

 

Equipe do CRIA

Os Diálogos Amazônicos são eventos que ocorrem em Belém no período de 4 a 6 de agosto, e têm por objetivo contribuir para a formulação de novas estratégias de desenvolvimento da região, em bases sustentáveis. Os resultados dos debates nos Diálogos serão apresentados aos líderes dos países amazônicos, que irão se reunir nos dias 8 e 9 de agosto na Cúpula da Amazônia, que visa promover a cooperação entre as nações amazônicas, principalmente no combate a mudanças climáticas e na conservação e uso sustentável da biodiversidade.

O CRIA, no dia 05 de agosto, apresentará a rede speciesLink, infraestrutura que apoia o compartilhamento de dados e informações em biodiversidade por cerca de 200 instituições do Brasil e do exterior, inclusive por algumas localizadas na Amazônia.

No evento serão destacadas as parcerias com:

  • Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

  • Embrapa Amazônia Oriental

  • MapBiomas

  • Uma Concertação pela Amazônia


Essas instituições  buscam, de forma colaborativa e em rede, tornar o conhecimento científico componente estruturante de iniciativas de pesquisa, preservação, conservação, restauração e uso sustentável da biodiversidade, tendo como princípio a ciência aberta.

As principais funcionalidades do speciesLink serão apresentadas, buscando mostrar como o sistema contribui para a gestão da biodiversidade, inclusive  no que se refere aos impactos das mudanças da cobertura e uso da terra sobre a diversidade de plantas, animais e microorganismos, aspectos a serem considerados na formulação de políticas públicas, ações de restauração de áreas degradadas e no fomento de novas pesquisas e atividades educacionais.

O evento não será transmitido online, mas pretendemos divulgar seus resultados no Blog do CRIA. Convidamos todos que estiverem em Belém para participar do evento e, dessa forma, contribuir para o debate.


Evento: Rede speciesLink: infraestrutura digital de e-ciência, de acesso livre que integra dados e informações sobre biodiversidade e uso e cobertura do solo na Amazônia e PanAmazônia.

Data: Sábado, 05 de agosto de 2023 das 14h às 16h

Local: Universidade Federal do Pará (UFPA) - Sala PB5 (Bloco P Básico)