13 de jun de 2018

Indicador CITATIONS do GBIF - Global Biodiversity Information Facility

O CRIA, através da sua rede speciesLink, compartilha com outras redes os dados de 166 coleções e sub-coleções biológicas do Brasil, com destaque para os herbários associados ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. São cerca de 4,5 milhões de registros que hoje, no GBIF, representam 70% dos dados de ocorrência de espécimes que têm como origem coleções brasileiras.

Através desse post queremos divulgar um importante indicador que o GBIF disponibiliza para todas as coleções participantes, denominado CITATIONS. Para cada download de dados feito no GBIF é atribuído um identificador único denominado DOI (Digital Object Identifier) que o usuário deve citar como referência aos dados utilizados nas suas publicações. Com isso, é possível associar a fonte dos dados a cada publicação que cita esse DOI, atribuindo a cada coleção os artigos que usaram seus dados.

A figura a seguir mostra a página encontrada para a coleção URM - Herbário Pe. Camille Torrand da Universidade Federal de Pernambuco no GBIF.


A página do herbário URM apresenta informações como o número de registros no GBIF (87,669), o número de citações (13 CITATIONS) e a data da última atualização dos dados (05 de maio de 2018). Também apresenta a aba METRICS, com elementos indicando a qualidade, completude e distribuição taxonômica dos dados.

Mas nesse post queremos destacar o indicador CITATIONS que recupera todas as publicações que citaram DOIs dos downloads que possuem dados do herbário URM. A figura a seguir traz informações sobre duas dessas publicações.



Os artigos são clicáveis e acessando o DOI indicado, é possível obter a quantidade de dados utilizados de cada coleção.

O herbário URM apresenta 3 artigos de 2018 que citam o uso de seus dados. Certamente essa informação é um indicador que mostra a relevância e disponibilidade desse acervo. No entanto, o GBIF alerta ao fato que essa métrica ainda não reflete o uso real dos dados, uma vez que a maioria dos artigos ainda não usa o DOI dos downloads. Consideram ser necessário trabalhar junto aos pesquisadores e editores para melhorar a prática de citação dos dados. Voltando à página do herbário URM, clicando em ACTIVITY, o sistema mostra mais de 7 mil downloads que envolveram dados do acervo URM. É um indicativo que o número de citações em publicações que indicam o DOI do download é muito baixo.

Assim, queremos divulgar mais esse indicador disponível na rede Global que, na nossa opinião, demonstra a importância do compartilhamento aberto de dados e o reconhecimento da comunidade científica global aos dados, portanto, ao trabalho das coleções biológicas brasileiras. Vale a pena conferir!

Aproveito a oportunidade para agradecer ao Daniel Noesgaard (Science Communications Coordinator), Kyle Copas (Communications Manager) e Tim Hirsch (Deputy Director) todos do GBIF, que me explicaram o conceito e a metodologia usada para apresentar esses indicadores.

12 de abr de 2018

O INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos ultrapassa o marco de 6 milhões de registros online




O Herbário Virtual da Flora e dos Fungos hoje compartilha mais de 6,1 milhões de registros e 1,9 milhão de imagens online através da rede speciesLink. São 171 conjuntos de dados de herbários e fototecas do país e 26 do exterior, com herbários participantes em todas as regiões do país. Cerca de 5,8 milhões de registros são de coletas realizadas no Brasil.



Cycas revoluta (LUSC 6531)
Herbário de Lages da Universidade do Estado de Santa Catarina


Em 2017, o Herbário Virtual integrou 441 mil novos registros e 583.105 novas imagens à rede, sendo cerca de 260 mil novas imagens do Jardim Botânico de Nova Iorque. Esses totais representam uma média de 1.208 novos registros e 1.598 novas imagens por dia.

Em 2018, os herbários compartilham 184 mil novos registros e 39.801 novas imagens online. Essa evolução se dá não só através da integração de dados de novos herbários, mas graças ao trabalho de digitação e atualização dos dados online. As colunas do gráfico abaixo representam o número de atualizações mensais e a linha, o número de conjuntos de dados online em cada mês. Podemos observar que na maioria dos meses vários herbários atualizam seus dados mais de uma vez. O gráfico reflete o dinamismo da rede, resultante direto da ação do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.


Estatísticas do Uso dos Dados (inct.splink.org.br/showUsage)


Uma consequência direta do compartilhamento aberto de dados e imagens é o crescimento do seu uso. Mais de 530 milhões de registros do Herbário Virtual foram utilizados em 2017, o que representa uma média de 1,45 milhão de registros utilizados por dia. Também em 2017 foram visualizadas mais de 3 milhões de imagens, o que representa uma média de cerca de 9 mil imagens visualizadas por dia.

Em 2018 a consulta feita por usuários ao Herbário Virtual já é superior a 121 milhões de registros e 940 mil imagens.




As perspectivas são de contínuo crescimento, com a adesão de novos herbários ao sistema e a melhoria da qualidade dos dados dos acervos.

6 de fev de 2018

geoApis - Plataforma de informação sobre Apicultura e Meio Ambiente


http://abelha.org.br/geoapis
abelha.org.br/geoapis

A tecnologia aliada a uma nova cultura colaborativa pode ajudar a fortalecer a apicultura e proteger as abelhas no Brasil. 

Essa é a proposta da geoApis, uma plataforma digital inovadora que cria uma rede integrando associações apícolas e produtores de mel. A ferramenta permite o compartilhamento de informações de forma colaborativa, contribuindo para a profissionalização e melhor eficiência dos apiários.




 A geoApis é um novo sistema de informação comunitária desenvolvido pela Associação Brasileira de Estudo das Abelha (A.B.E.L.H.A.) em parceria com o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) e a MD Educação Ambiental.

 As associações que tiverem interesse em participar devem entrar em contato pelo e-mail o geoApis@abelha.org.br. A equipe da geoApis irá pessoalmente na entidade apresentar a plataforma, formalizar a parceria e dar treinamento.

8 de jan de 2018

Lacunas – versão janeiro de 2018

http://lacunas.inct.florabrasil.net



Em setembro de 2012 foi lançado o sistema Lacunas com o objetivo de cruzar os dados disponíveis no INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos com os dados publicados na lista oficial das espécies da flora e dos fungos que ocorrem no Brasil.

A ideia foi criar uma ferramenta para facilmente identificar as lacunas de dados taxonômicos e geográficos do INCT - Herbário Virtual. Com essa informação, o Comitê Gestor do INCT pode priorizar a integração de novos acervos, a digitação de dados e ações para melhorar a qualidade dos dados on-line.

O banco de dados do sistema permite buscas fonéticas, além de permitir a associação dos sinônimos a cada nome científico aceito. Assim o sistema permite comparar buscas exatas com fonéticas e buscas somente com nomes aceitos ou com a inclusão de sinônimos. Com isso é possível também avaliar qualitativamente a necessidade de atualização dos nomes e correção de erros de digitação pelas coleções.

Figura 1. Alguns elementos do relatório Lacunas para Angiospermas (Fonte: Lacunas, Jan/2018)


Uma nova versão dos relatórios é produzida, no mínimo a cada seis meses, o que permite observar a evolução qualitativa do Herbário Virtual.

A Lista de Espécies da Flora do Brasil, coordenada pelo Jardim Botânico do Rio de Janeiro, hoje denominada Flora do Brasil 2020, também evoluiu desde 2010, introduzindo novos elementos e novas espécies. Essas mudanças foram também introduzidas no Lacunas. Hoje, por exemplo, é possível avaliar o status dos dados dos diferentes grupos taxonômicos (algas, angiospermas, briófitas, fungos, gimnospermas e samambaias e licófitas) selecionando apenas espécies nativas, cultivadas ou naturalizadas.

Nesse período também houve a avaliação do CNCFlora do status de conservação das espécies da flora do Brasil e o MMA publicou nova portaria com o status das espécies ameaçadas de extinção. Esses dados também foram incorporados ao sistema.


O gráfico a seguir mostra uma análise do número de espécies sem registros no Herbário Virtual em janeiro de 2018, de acordo com dois critérios: (1) busca fonética, incluindo sinônimos, com ou sem coordenadas geográficas e (2) busca fonética, incluindo sinônimos, com coordenadas originais consistentes e distintas, ou seja, com coordenadas informadas pelas coleções. A segunda opção não considera os registros com coordenadas georreferenciadas automaticamente por aplicativo.



O gráfico mostra, de maneira clara, lacunas mais significativas de dados dos grupos Algas e Fungos. Esses grupos também têm mais problemas com o georreferenciamento de seus dados. Fungos que têm cerca de 35% das espécies citadas na Flora 2020 sem dados no Herbário Virtual, mas passa a ter 77% se considerarmos apenas registros com coordenadas consistentes e distintas, informadas pela coleção. Essa comparação mostra que além de integrar mais dados desses grupos taxonômicos é necessário trabalhar no seu georreferenciamento.

Até mesmo as espécies que constam na Lista Nacional Oficial de Espécies da Flora Ameaçadas de Extinção - Portaria nº 443 de 17 de dezembro de 2014 apresentam 2% das espécies sem registros no herbário virtual e 14% sem registros se considerarmos coordenadas geográficas consistentes e distintas, informadas pela coleção.

Muitas outras análises podem ser realizadas, inclusive por famílias e gêneros. Reiteramos que os relatórios estão disponíveis on-line, abertos a todos e os blogs do CRIA e do INCT-Herbário Virtual estão abertos a todos que queiram publicar suas análises.