Workflows científicos automatizados

Texto: Renato De Giovanni

No final de 2014 foram apresentados os resultados do projeto BioVeL em evento realizado no Instituto Oceanográfico de Paris. Financiado pela comunidade europeia, o projeto BioVeL (laboratório virtual para pesquisa em biodiversidade) dedicou-se a criar uma infraestrutura computacional voltada à criação, execução e compartilhamento de workflows científicos automatizados. Um workflow é um conjunto de tarefas que devem ser executadas em determinada sequência para atingir um objetivo (figura 1). Workflows fazem parte da rotina de pesquisadores, que no entanto costumam realizá-los de maneira fragmentada utilizando diversas ferramentas que nem sempre conversam entre si, muitas vezes tornando o procedimento difícil de ser reproduzido e documentado.

Figura 1: Exemplo de workflow.

Ao longo dos últimos anos várias ferramentas computacionais foram desenvolvidas para facilitar a criação e execução de workflows automatizados, entre elas o gerenciador de workflows Taverna, utilizado pelo projeto BioVeL. O Taverna normalmente é usado em sua versão workbench que é instalada no computador do próprio usuário e dispõe de uma interface gráfica onde os workflows podem ser criados e em seguida executados. Workflows criados com o Taverna também podem ser executados em outros ambientes, como o portal do BioVeL.

Uma particularidade do projeto BioVeL foi utilizar serviços Web como principal recurso na construção de workflows. Ou seja, a maioria das tarefas dentro de cada workflow criado pelo projeto BioVeL na verdade executa o procedimento remotamente. Os serviços Web criados ou melhorados durante o projeto relacionam-se com as áreas de pesquisa em biodiversidade contempladas pelo projeto: taxonomia, modelagem de nicho ecológico, modelagem de ecossistemas, metagenômica, filogenia e modelagem de populações.

A atuação do CRIA no projeto teve como principal foco a área de modelagem de nicho ecológico. Com sua experiência, o CRIA participou ativamente na construção de workflows e aprimorou o serviço Web de modelagem de nicho ecológico que já vinha sendo usado por outros grupos e iniciativas, tais como o portal do GBIF, os usuários do openModeller Desktop e o Sistema de Biogeografia da Flora e dos Fungos do Brasil. Todos os workflows desenvolvidos no projeto encontram-se publicamente acessíveis na plataforma MyExperiment, bem como os respectivos serviços que estão todos registrados no BiodiversityCatalogue onde podem inclusive ser monitorados.

Veja abaixo um vídeo de apresentação do projeto.