30 de mar. de 2015

LISTA DE ESPÉCIES DA FLORA AMEAÇADA DE EXTINÇÃO DE 2014 AGORA INTEGRADA AO LACUNAS

Texto: Dora Ann Lange Canhos, Mariane Sousa-Baena


O relatório Lacunas de março de 2015 apresenta como novidade a integração dos dados da lista de espécies da flora ameaçada de extinção publicada na Portaria 443 do MMA no dia 17 de dezembro de 2014.

O relatório Lacunas de março de 2015 integra dados do INCT –Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, da Lista de Espécies da Flora do Brasil e agora da Portaria 443 do MMA disponibilizada pelo Centro Nacional de Conservação da Flora (CNCFlora).

Além de verificar diariamente se foram desenvolvidos novos modelos de distribuição geográfica das espécies da flora brasileira no sistema Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil e apresentar esses modelos na página da espécie, o sistema agora utiliza o serviço web do CNCFlora para acessar o respectivo relatório de avaliação de risco de extinção. Assim, através do relatório Lacunas, o usuário além do status dos dados disponíveis no herbário virtual, também tem acesso à informação publicada na Lista de Espécies da Flora do Brasil, ao modelo de nicho ecológico da espécie, aos dados do Herbário Virtual na rede speciesLink em tempo real e aos dados da nova lista de espécies ameaçadas. A agregação dessas informações permite ao usuário fazer análises comparativas rapidamente e, assim, ter um panorama geral do status de conhecimento e ameaça de uma dada espécie.

A figura a seguir mostra a primeira parte do relatório da espécie Handroanthus spongiosus (Rizzinin) S.Grose da família Bignoniaceae considerada em perigo (EN) na Portaria 443 do MMA.


A figura apresenta como lacunas geográficas (ausência de dados) os estados de Alagoas, Paraíba e Sergipe e a rede speciesLink indica a ocorrência da espécie no estado de Minas Gerais (mais detalhes do sistema Lacunas em http://blog.cria.org.br/2014/11/lacunas-2014.html), que não é indicado pelo especialista responsável pela informação na Lista de Espécies da Flora do Brasil.

Ao acessar o modelo de nicho ecológico da espécie [Sousa-Baena, M. S. & Baena, E.G. 2015 Handroanthus spongiosus (v2) in Biogeografia da Flora e dos Fungos do Brasil, INCT Herbário Virtual (http://biogeo.inct.florabrasil.net/proc/16322)], o usuário verifica que foi utilizado um ponto de ocorrência da espécie no município de Manga, Minas Gerais (HASF 3998) na geração do modelo e o modelo apresenta regiões do estado como ideais para a ocupação da espécie.

A figura mostra o modelo de nicho ecológico de Handroanthus spongiosus, onde cores quentes representam regiões ideais à ocupação da espécie. Os pontos utilizados na geração do modelo estão plotados em amarelo.

De acordo com o CNCFlora, a espécie está protegida pelo Parque Estadual da Mata Seca, localizado em Manga, no estado de Minas Gerais.




Esse é apenas um exemplo da utilidade da ferramenta Lacunas, indicando que o especialista responsável da Lista de Espécies da Flora do Brasil poderia considerar a inclusão do estado de Minas Gerais nos dados de distribuição geográfica da espécie.

Ainda, como apontado na ficha da espécie do CNCFlora, por se tratar de uma espécie em perigo, novos investimentos deveriam ser feitos em pesquisa cientifica e também em novas coletas. O relatório Lacunas sinaliza a ausência de informações disponíveis online sobre a ocorrência dessa espécie nos estados de Alagoas, Paraíba e Sergipe e aponta possíveis áreas de coleta, de acordo com o seu nicho ecológico potencial. Essa sinalização tanto pode orientar a digitação e integração online de dados existentes ou a realização de novas coletas.

O sistema Lacunas funciona como um agregador de informações gerando conhecimento sobre espécies e pode ser de grande valia para apontar onde esforços e investimentos devem ser feitos para que espécies sejam melhor conhecidas e documentadas, o que reflete diretamente na nossa capacidade de preservá-las.

O desenvolvimento do Lacunas faz parte do INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos e conta com o apoio do CNPq (processo nº 563342/2010-2).

23 de mar. de 2015

INCT REFLORA – NOVOS DADOS REPATRIADOS

Graças à visita da pesquisadora Tiina Särkinen do Jardim Botânico de Edimburgo ao CRIA e ao apoio do CNPq ao INCT-Reflora, foram concluídos os trabalhos de repatriamento dos dados de espécimes coletados no Brasil e depositados e mantidos nos herbários do Royal Botanic Garden Edinburgh (RBGE) e do Natural History Museum (NHM) de Londres.


 O RBGE possui cerca de 3 milhões de exemplares representando dois terços da flora do mundo. Apesar do Jardim ter sido fundado em 1670, o herbário foi criado no século 19. Além de várias coletas de Gardner e Spruce no início do século 20, destaque deve ser dado ao acervo do Cerrado, coletado pelo pesquisador James (Jimmy) Ratter. Ao todo, o acervo brasileiro do RBGE integrado ao INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos possui mais de 2 mil registros de tipos.


A coleção botânica do Museu de História Natural de Londres possui cerca de 6 milhões de espécimes sendo que, até o momento, somente cerca de 8% foram digitalizados. Aproximadamente 88% dos dados repatriados com informações sobre o ano de coleta são anteriores a 1970. O acervo online do Brasil possui cerca de 7 mil registros de tipos.

Juntos, esses acervos disponibilizam em torno de 24 mil registros com destaque para as famílias Fabaceae, Solanaceae, Orchidaceae, Melastomataceae e Rubiaceae e coletas realizadas nos estados do Rio de Janeiro, Minas Gerais, Bahia, Amazonas e São Paulo.

Também foram integrados ao Herbário Virtual da Flora e dos Fungos os dados do Solanaceae Source, um banco de dados desenvolvido por um projeto colaborativo do Planetary Biodiversity Inventory (PBI), envolvendo várias instituições e pesquisadores. As fontes de dados trazem descrições, imagens e registros de espécies de Solanaceae.

Juntos, esses três conjuntos de dados possuem 9.854 registros de tipos, 530 registros de espécies ameaçadas e 6.560 espécies aceitas distintas. São dados de amostras coletadas entre 1768 e 2014 (Figura 1), incluindo amostras obtidas por Glaziou, Blanchet, Burchell, Martius, Gardner e muitos outros.

Figura 1. Ano de coleta dos dados botânicos repatriados

O Natural History Museum de Londres também se mostrou disposto a compartilhar dados de espécimes coletados no Brasil dos acervos das divisões de entomologia (polinizadores), paleontologia e zoologia. Apesar desses acervos não fazerem parte dos objetivos do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, os dados foram repatriados e integrados à rede speciesLink por tratar-se de uma importante oportunidade para o país e para o futuro programa Refauna do CNPq.

Foram repatriados cerca de 22 mil registros, sendo 3.487 registros de tipos, 217 de espécies ameaçadas de extinção e 2.566 espécies aceitas distintas. Os registros referem-se a amostras coletadas entre 1768 e 2012.

9 de fev. de 2015

Balanço 2014: speciesLink fecha o ano com média de 1,4 milhão de registros utilizados por dia

Texto: Dora Canhos, Mariane Sousa-Baena, Eduardo Baena

A rede speciesLink fecha o ano de 2014 compartilhando 7.144.483 registros textuais e mais de 900 mil imagens provenientes de 371 conjuntos de dados (Fig. 1). Mais de 94% dos registros têm material testemunho associado, depositados em coleções biológicas do país e do exterior, estas responsáveis por cerca de 10% dos dados online.



Figura 1. Localização dos provedores nacionais de dados da rede speciesLink. Veja a relação em   http://www.splink.org.br/showNetwork 

Mais de 5 milhões são registros de coleções botânicas, que estão evoluindo graças ao apoio do CNPq ao desenvolvimento do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF), coordenado pela Dra. Leonor Costa Maia da Universidade Federal de Pernambuco.

Em 2014 a base textual da rede speciesLink aumentou 14%, com a inclusão de 870 mil novos registros. Mais de 600 mil novas imagens de plantas foram compartilhadas em 2014, representando um aumento de 236%. O acréscimo de conteúdo e o aprimoramento das ferramentas provavelmente são responsáveis pelo aumento de 163% no acesso à interface de busca.

A nova interface de busca, desenvolvida no escopo do INCT-HVFF, lançada em outubro de 2012 possui uma série de comandos que permitem ao usuário visualizar as imagens e dados textuais, comparar e medir imagens (Fig. 2), produzir gráficos e mapas dinamicamente, e baixar os dados (download). Em 2014, uma média diária de 1,4 milhão de registros foram utilizados, o que representa um crescimento anual de 32% em relação a 2013.


Figura 2. Imagens de material vivo de Asteraceae vistas em mosaico.

Outro indicador importante é a procedência dos usuários. De acordo com o Google Analytics, mais de 95% dos acessos à rede speciesLink são procedentes do Brasil. A tabela a seguir mostra os estados que mais acessam o sistema e que mais contribuem com dados.

Estado
Acesso ao sistema
Contribuição de dados
(%)
Colocação
(%)
Colocação
São Paulo
22,1%
1
22,1%
1
Rio de Janeiro
11,3%
2
9,8%
3
Minas Gerais
10,8%
3
6%
6
Bahia
7,1%
4
7,2%
4
Paraná
6,9%
5
10%
2
Rio Grande do Sul
5,9%
6
6,9%
5
Pernambuco
5,5%
7
3,9%
10
Santa Catarina
4,5%
8
1,95%
11
Distrito Federal
4,3%
9
4,86%
9
Espírito Santo
3,5%
10
4,9%
8
.......
......
......
5,4%
7
Amazonas
1,4%
16

Os seis estados que mais contribuem com dados são também aqueles que mais acessam a rede speciesLink. O estado de Santa Catarina está em 11º lugar na contribuição de dados e 8º em acesso enquanto o estado do Amazonas está em 7º lugar na contribuição dos dados e 16º em acesso.
A maioria dos acessos ao sistema é feito a partir das cidades do Rio de Janeiro, São Paulo, Belo Horizonte, Recife, Campinas, Brasília, Curitiba, Porto Alegre, Salvador e Vitória (Fig. 3).


Figura 3. Uso da rede speciesLink no Brasil. Os círculos representam as sessões únicas abertas por cidade no speciesLink em 2014. Uma sessão é o período no qual o usuário está utilizando ativamente a rede. Quanto maior e mais escuro o círculo, maior o uso da rede na região. Fonte: Google Analytics.

A rede integra dados dos acervos de 123 instituições nacionais e 11 Universidades/Instituições de Pesquisa do Exterior. As coleções biológicas participantes são mantidas por 88 universidades do país, 31 institutos de pesquisa e fundações, além de uma Secretaria Estadual do Meio Ambiente e 3 empresas privadas.

Várias coleções universitárias estão associadas a programas de pós-graduação, o que amplia o uso do sistema, indicando uma possível correlação entre o compartilhamento e o uso dos dados.

Destaque também deve ser dado à evolução dos sistemas Lacunas e BioGeo desenvolvidos, no escopo do projeto INCT-HVFF. Ao longo de 2014, foram produzidos três relatórios nos meses de janeiro, junho e outubro apresentando as lacunas de dados do Herbário Virtual. A partir de outubro, além das lacunas taxonômicas, o sistema passou a incluir as lacunas geográficas, (http://blog.cria.org.br/2014/11/lacunas-2014.html) integrando os modelos de distribuição geográfica para mais de três mil espécies, desenvolvidos no sistema BioGeo.

30 de jan. de 2015

Entrou oficialmente em operação, no dia 26 de Janeiro, a Rede Comunitária de Educação e Pesquisa de Campinas.

Texto: Luiz Henrique Pires Barione

Também conhecida como Rede Metropolitana de Campinas, ou Redecomep, é uma iniciativa do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI) e do Ministério da Educação (MEC), coordenada pela RNP, com o apoio da Agência Brasileira de Inovação Finep (Financiadora de Estudos e Projetos) e tem como objetivo a implementação de redes de alta velocidade nas regiões metropolitanas do país servidas pelos Pontos de Presença da RNP.




Fonte: REDECOMEP Campinas (Janeiro 2015)

Para a viabilização de um projeto grandioso e complexo tecnicamente como esse, além do investimento na compra de equipamentos e da instalação de aproximadamente 80 km de rede óptica em anel conectando as 14 instituições participantes, vale destacar a importância das parcerias firmadas com a Prefeitura e a Companhia Paulista de Força e Luz (CPFL). Igualmente importantes foram os esforços na articulação com as demais instituições, por parte da RNP, que idealizou e coordenou todo o trabalho de implementação e da Universidade de Campinas, que participou ativamente das diversas reuniões realizadas e atualmente é a instituição responsável por toda a administração da rede metropolitana.

A RNP explicou que a nova rede faz parte da segunda fase do programa Redecomep, onde o foco é a capilaridade da rede Ipê, o backbone da RNP, com a criação de redes de alta velocidade para colaboração entre instituições de pesquisa em cidades do interior do país. Representa uma oportunidade para contribuir com a democratização do acesso à informação e para a ampliação das áreas de excelência na produção e difusão de conhecimento. Também facilita o desenvolvimento de pesquisas científicas, a integração entre universidades e unidades de pesquisa e a troca de informações inserindo o país no cenário mundial de experimentação de redes ópticas de alto desempenho, oferecendo condições de igualdade aos pesquisadores brasileiros em projetos colaborativos internacionais.

Como o modelo adotado baseia-se na implantação de uma infraestrutura de fibras ópticas própria e na formação de consórcios entre as instituições participantes, espera-se que a rede, fruto da aplicação de recursos públicos para apoio ao desenvolvimento do sistema nacional de ciência, tecnologia e inovação possa crescer e se auto sustentar por pelo menos 20 anos.

O lançamento oficial aconteceu em cerimônia que foi realizada no último dia 26 de Janeiro, às 14h, no Auditório do Conselho Universitário da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), localizado no prédio da reitoria, na Cidade Universitária Zeferino Vaz, em Barão Geraldo, Campinas.

Estiveram presentes o coordenador-geral da Unicamp, Alvaro Penteado Crósta, e pró-reitores; autoridades do Exército Brasileiro e do Poder Executivo Municipal, e diretores da RNP e de instituições, órgãos e institutos que compõem a rede tais como a Pontifícia Universidade Católica Campinas (PUCC), o Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM), o Centro de Tecnologia da Informação Renato Archer (CTI), o Centro de Pesquisa e Desenvolvimento em Telecomunicações (CPqD), a Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA), a Embrapa Monitoramento por satélite (CNPM), o Instituto Agronômico de Campinas (IAC), o Instituto de Tecnologia de Alimentos (ITAL), a  Coordenadoria de Assistência Técnica Integral (CATI), o Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), a Escola Preparatória de Cadetes do Exército (EsPECx), a empresa Informática de Municípios Associados S/A (IMA),  além da própria RNP e da Unicamp

Trata-se de mais um importante passo para o CRIA estreitar as parcerias com as instituições de ensino e pesquisa e com a prefeitura de Campinas no campo da conservação da biodiversidade e do desenvolvimento sustentável da nossa cidade e região. Estreitamos também a parceria com a RNP, importante organização social do país que hoje é responsável pela hospedagem dos equipamentos e servidores com os sistemas de interesse público desenvolvidos e mantidos pelo CRIA.

13 de jan. de 2015

Workflows científicos automatizados

Texto: Renato De Giovanni

No final de 2014 foram apresentados os resultados do projeto BioVeL em evento realizado no Instituto Oceanográfico de Paris. Financiado pela comunidade europeia, o projeto BioVeL (laboratório virtual para pesquisa em biodiversidade) dedicou-se a criar uma infraestrutura computacional voltada à criação, execução e compartilhamento de workflows científicos automatizados. Um workflow é um conjunto de tarefas que devem ser executadas em determinada sequência para atingir um objetivo (figura 1). Workflows fazem parte da rotina de pesquisadores, que no entanto costumam realizá-los de maneira fragmentada utilizando diversas ferramentas que nem sempre conversam entre si, muitas vezes tornando o procedimento difícil de ser reproduzido e documentado.

Figura 1: Exemplo de workflow.
Ao longo dos últimos anos várias ferramentas computacionais foram desenvolvidas para facilitar a criação e execução de workflows automatizados, entre elas o gerenciador de workflows Taverna, utilizado pelo projeto BioVeL. O Taverna normalmente é usado em sua versão workbench que é instalada no computador do próprio usuário e dispõe de uma interface gráfica onde os workflows podem ser criados e em seguida executados. Workflows criados com o Taverna também podem ser executados em outros ambientes, como o portal do BioVeL.

Uma particularidade do projeto BioVeL foi utilizar serviços Web como principal recurso na construção de workflows. Ou seja, a maioria das tarefas dentro de cada workflow criado pelo projeto BioVeL na verdade executa o procedimento remotamente. Os serviços Web criados ou melhorados durante o projeto relacionam-se com as áreas de pesquisa em biodiversidade contempladas pelo projeto: taxonomia, modelagem de nicho ecológico, modelagem de ecossistemas, metagenômica, filogenia e modelagem de populações.

A atuação do CRIA no projeto teve como principal foco a área de modelagem de nicho ecológico. Com sua experiência, o CRIA participou ativamente na construção de workflows e aprimorou o serviço Web de modelagem de nicho ecológico que já vinha sendo usado por outros grupos e iniciativas, tais como o portal do GBIF, os usuários do openModeller Desktop e o Sistema de Biogeografia da Flora e dos Fungos do Brasil. Todos os workflows desenvolvidos no projeto encontram-se publicamente acessíveis na plataforma MyExperiment, bem como os respectivos serviços que estão todos registrados no BiodiversityCatalogue onde podem inclusive ser monitorados.

Veja abaixo um vídeo de apresentação do projeto.