15 de jul de 2019

Lacunas de conhecimento das abelhas no Brasil

Divulgamos o lançamento de uma nova ferramenta para avaliar as lacunas de dados e conhecimento das abelhas neotropicais que ocorrem no Brasil. São utilizadas como fontes de dados a rede speciesLink e o Catálogo de Abelhas Moure. Esse sistema utiliza como referência o sistema Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil, lançado em setembro de 2012 no contexto do Instituto Nacional da Flora e dos Fungos (INCT) com o apoio do CNPq.

O objetivo é apresentar o status dos dados online para todas as espécies válidas do Catálogo Moure, inclusive listando aquelas que não possuem registros na rede speciesLink. O sistema segue a hierarquia taxonômica apresentada no Catálogo Moure e também permite a busca pelo nome de uma espécie.


Ao selecionar uma subfamília, por exemplo Apinae, o sistema apresenta um gráfico com quatro colunas: (1) com o número de espécies que não têm registros na rede speciesLink (2) com as que têm entre 1 a 5 registros; (3) com 6 a 20 registros; e, (4) com mais de 20 registros, sempre de acordo com o critério de busca adotado.


Esse agrupamento de acordo com o número de registros disponíveis na rede speciesLink, procura indicar o potencial do uso dos dados na elaboração de modelos de distribuição geográfica exploratórios (até 5 pontos distintos de ocorrência), preliminares (entre 6 a 20 pontos) ou consistentes (com mais de 20 pontos).

A cor castanha indica o número de espécies do Catálogo Moure para as quais não há citação de ocorrência no Brasil e, a cor verde, as que o Catálogo cita a ocorrência no Brasil.

Quanto aos critérios de busca, o usuário pode optar por só usar os nomes aceitos ou os aceitos e seus sinônimos, a busca exata ou fonética, e pode-se considerar todos os registros com ou sem coordenadas geográficas ou selecionar apenas os registros com coordenadas consistentes e distintas. A inclusão das coordenadas normalmente reduz o número de espécies com registros que atende esse critério.


Ainda no nível de subfamílias é possível identificar as lacunas geográficas por estado de ocorrência. Nesse caso, só estão sendo consideradas as espécies, cujas ocorrências nos estados brasileiros são citadas no Catálogo Moure.


O sistema mostra o número de espécies da subfamília Apinae reportadas no Catálogo Moure como ocorrendo nos estados indicados, mas que não apresentam registros na rede speciesLink. Clicando no estado de Sergipe, por exemplo, o sistema apresenta uma lista dessas espécies:


A mesma análise é feita para cada tribo e gênero, só que a partir da tribo a lista das espécies é apresentada. Selecionando a tribo Bombini e adotando o critério de busca mais abrangente (incluir sinônimos, busca fonética, com ou sem coordenadas geográficas), obtém-se um resultado muito interessante que pode tanto contribuir para a inclusão de informações sobre a ocorrência geográfica no Catálogo Moure, como também pode orientar novas coletas. O sistema mostra a espécie Bombus pullatus com 303 registros, sendo que o Catálogo Moure não cita sua ocorrência no Brasil. O sistema mostra mapas comparativos dos estados de ocorrência da espécie no Catálogo Moure e na rede speciesLink.


Mostra também o número de registros por ano de coleta, o que pode indicar lacunas temporais.


Só para mostrar outro exemplo onde um sistema pode se beneficiar da informação do outro, para a espécie Bombus transversalis (Olivier, 1789), tem-se a seguinte informação de distribuição no Lacunas:


Nesse caso a rede speciesLink indica a ocorrência nos estados de Roraima, Goiás e Paraná, não indicadas no Catálogo Moure; por outro lado o Catálogo indica a ocorrência no estado de Mato Grosso, para o qual a rede speciesLink não tem dados. Cabe aos especialistas avaliarem se os dados dos registros do speciesLink estão corretos.

Para Algas, Fungos e Plantas, o sistema Lacunas têm auxiliado a comunidade botânica na definição de estratégias de coleta, de digitação e de integração de dados de novos acervos à rede speciesLink.

Toda crítica ou sugestão é bem-vinda.

Lacunas de conhecimento das abelhas no Brasil: http://moure.cria.org.br/lacunas

3 de jul de 2019

INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos: Imagens


Enquanto a equipe do CRIA, nos últimos meses focava o seu trabalho na transferência dos sistemas hospedados no Internet Data Center (IDC/RNP) para o Centro de Dados Compartilhados da Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (CDC/RNP) em Recife, os herbários parceiros da rede speciesLink trabalhavam na digitação e correção dos dados e na digitalização de seus espécimes. Esse post procura mostrar o processo e a evolução do número de imagens compartilhadas, com destaque ao primeiro semestre do ano de 2019.

Imagens agregam um enorme valor às coleções biológicas. O apoio ao desenvolvimento do serviço de imagens do INCT-Herbário Virtual foi aprovado pelo CNPq em dezembro de 2010, e o serviço foi lançado em maio de 2011 com 9,2 mil imagens. 

Cada herbário tem sua metodologia e equipamentos para a produção de imagens. O diagrama a seguir mostra o processo de recebimento e integração das imagens à rede speciesLink.


Além do trabalho de digitalização e documentação de cada espécime, há o trabalho de envio, conversão de formato, verificação visual e ajustes, controle de imagens repetidas e atualização do banco de imagens e do banco de dados. 

As imagens de espécimes de algas, fungos e plantas representam 99,6% das imagens da rede speciesLink. Outros grupos que compartilham imagens são abelhas, peixes e microrganismos. Esses grupos se beneficiaram do desenvolvimento realizado no contexto do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, com o apoio do CNPq. 

O gráfico a seguir mostra a evolução do número de imagens enviadas ao CRIA. 



O INCT-Herbário Virtual fechou o ano de 2018 compartilhando cerca de 2,2 milhões de imagens, sendo 1,8 milhão de imagens de vouchers, 45 mil de material vivo, 3 mil de pólen e 300 mil de etiquetas. Hoje, dia 3 de julho de 2019, o INCT-Herbário Virtual compartilha mais de 2,55 milhões de imagens, sendo cerca de 2,2 milhões de imagens de vouchers, 47 mil de material vivo e 3 mil de pólen e 300 mil de etiquetas. De 1.875.621 registros com imagens no final de 2018, o INCT-Herbário Virtual passa a servir 2.130.048 registros com imagens.

Ao todo, 77 conjuntos de dados compartilham imagens associadas aos dados textuais, sendo que 6 iniciaram o envio de imagens esse ano. Ao todo 40 conjuntos de dados enviaram novas imagens em 2019. O grande destaque do semestre foi o Museu Botânico Municipal de Curitiba, que nesse período enviou mais de 368 mil imagens. São pouco mais de 257 mil registros com imagens, sendo 1.865 de typus.

O compartilhamento das imagens associadas aos dados textuais das amostras coletadas permite a validação da determinação por terceiros e representa uma importante ferramenta para pesquisa e ensino. 

Esse ano já foram utilizados cerca de 285 milhões de registros via interface de busca e mais de 1,7 milhão de imagens. Esses números representam um uso diário de mais de 1,5 milhão de registros e 9,4 mil imagens

Parabéns a todos os herbários e aos usuários da rede speciesLink, que, além de suas pesquisas e serviços, contribuem para o aprimoramento dos dados e dos sistemas, identificando material, corrigindo erros e enviando novas demandas.