Evento na UFMG discute as coleções biológicas e divulga a integração dos dados das plataformas speciesLink e MapBiomas

 João Renato Stehmann

Diretor Pro Tempore do Museu de História Natural e Jardim Botânico

O Centro de Coleções Taxonômicas da UFMG (CCT-UFMG) comemorou seus oito anos de existência no dia 26 de maio pp, realizando um workshop para discutir as ações de documentação e difusão do conhecimento sobre Biodiversidade. O evento contou com palestras e mesas-redondas incumbidas de discutir tópicos relacionados às coleções biológicas.

O CCT-UFMG se destaca como o maior repositório de amostras da biodiversidade de Minas Gerais e um dos maiores do Brasil, possuindo 26 coleções e um número estimado de cerca de dois milhões de organismos. Cerca de 20% do acervo encontra-se digitalizado e grande parcela desse montante está disponibilizada na plataforma speciesLink do Centro de Referência em Informação Ambiental - CRIA.

A palestra de abertura intitulada “Coleções biológicas, speciesLink e MapBiomas: tudo em todo lugar ao mesmo tempo”, proferida pela Dra. Dora Canhos, diretora de Projetos do CRIA, enfatizou a integração de dados do speciesLink com a base de dados da plataforma MapBiomas, uma novidade que permite a análise das mudanças da paisagem ocorridas de 1985 a 2021 nos locais onde as amostras foram coletadas. A ferramenta permite verificar se a vegetação onde muitos registros foram coletados ainda é a mesma ou se foi substituída, podendo representar nestes casos a extinção de populações associadas ao local de registro. A novidade foi objeto de muita discussão e possivelmente terá muitos usos a partir de sua divulgação.

As mesas-redondas versaram sobre as experiências de digitalização de diferentes acervos (Botânicos, Microbiológicos e Paleontológicos) e sobre a documentação existente sobre a biodiversidade das áreas verdes da UFMG, que são importantes no contexto da cidade. Além das palestras e mesas-redondas, houve exposição de pôsteres e sorteio de livros. O evento contou com a presença de 67 participantes, em sua maioria da UFMG, mas com destaque para representantes da PUC-Minas, Fiocruz, Universidade Estadual de Minas Gerais e Empresas de Consultoria e Gestão Ambiental.

Conheça o acervo do Centro de Coleções Taxonômicas da UFMG

LIVE DIA 18/05- 15H "Specieslink e MapBiomas: aplicações para a gestão pública sobre biodiversidade"

Live promovida pelo ICMBio. 

Participe: https://www.youtube.com/watch?v=OCypvjLl-R0

Novo relatório na saída "INVENTÁRIO" da rede speciesLink

 Equipe do CRIA

Na interface de busca da rede speciesLink, graças à parceria com o MapBiomas, os usuários da rede speciesLink agora podem produzir um inventário do uso e cobertura da terra nos pontos das coletas realizadas entre 1985 a 2021 das suas coleções ou no resultado da sua busca. 

Usaremos como exemplo o Herbário Pe. Camille Torrend - URM de fungos herborizados, que possui cerca de 93 mil registros online. A figura a seguir mostra o resultado da busca do acervo representado na rede speciesLink em NÚMEROS.

São mais de 8.500 espécies distintas. No entanto, para a análise dos dados do MapBiomas, só são utilizados os dados com coordenadas originais, portanto não são utilizadas as coordenadas obtidas por georeferenciamento automático por município. Ainda, como o MapBiomas possui dados de uso e cobertura da terra de 1985 a 2021, as coletas realizadas antes de 1985 ou depois de 2021 também não são consideradas.

Ao selecionar INVENTÁRIO como opção para visualizar o resultado da busca e optando por visualizar o uso e cobertura da terra no ano da coleta, o sistema encontra informações para 8.507 registros do acervo URM, representados no gráfico e tabela a seguir

O gráfico indica que a maioria das coletas foram feitas em áreas de formação florestal, seguida de pastagem, áreas urbanizadas, formação savânica e em áreas com mosaico de usos, conforme os dados de uso e cobertura da terra do MapBiomas, coleção 7. A tabela indica o número de registros para cada tipo de uso e cobertura da terra.

Trata-se, portanto, de mais um elemento para análise dos dados de acervos específicos ou do resultado de qualquer busca realizada no speciesLink, seja por país, regiões, estados, municípios, biomas ou unidades de conservação. 

Como sempre, toda crítica ou sugestão é bem vinda. 

Sustentabilidade com o Google - Amazônia

O CRIA, representado por sua diretora Dora Canhos, foi convidado para participar do evento "Sustentabilidade com o Google: ajudando a preservar a Amazônia e a construir um futuro mais sustentável". O evento foi realizado no dia 04 de abril de 2023 na cidade de Belém, no Pará. 

Google está apoiando várias iniciativas no uso de tecnologias e inovação, em particular inteligência artificial e aprendizado de máquina, para combaterem o desmatamento, capacitarem comunidades locais e indígenas e promoverem a bioeconomia na floresta amazônica brasileira. Essas iniciativas foram apresentadas no evento. 

Patrícia Florissi, diretora do escritório do Chief Technology Officer (CTO), Google Cloud, primeiro anunciou as ações junto ao MapBiomas, que utiliza a plataforma de análise geoespacial o Earth Engine e o Looker, convidando Tasso Azevedo, Coordenador Geral do MapBiomas para apresentar alguns de seus produtos. MapBiomas é um parceiro muito importante para o CRIA que agora conta com os dados de uso e cobertura da terra, MapBiomas coleção 7, acessíveis através da interface de busca da rede speciesLink.

Em seguida Patrícia apresentou o apoio dado ao CRIA na migração de todos os seus sistemas públicos de informação para a nuvem do Google Cloud. Apresentou também a nova fase do projeto que está estudando o uso de computação visual, baseada em modelos de inteligência artificial, para pré-classificar imagens de espécimes em herbários, cujo processo será validado por uma rede de taxonomistas, do país e do exterior, participantes do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF).

Imagens de exsicatas da rede speciesLink

Para mais informações sobre o evento, acesse o Blog do Google Brasil Sustentabilidade com o Google: ajudando a preservar a Amazônia e a construir um futuro mais sustentável

speciesLink e MapBiomas

Equipe do CRIA

É com enorme satisfação que comunicamos a inclusão dos dados de uso e cobertura da terra do MapBiomas (Coleção 7) à rede speciesLink. A importância do MapBiomas, responsável pelo mapeamento anual da cobertura e uso da terra, é notória. Assim como é a rede speciesLink na integração de dados de ocorrência de espéces. Outra característica importante dessas iniciativas é o trabalho em rede e seus objetivos. 

O MapBiomas tem como propósito “Revelar as transformações do território brasileiro por meio da ciência, com precisão, agilidade e qualidade, e tornar acessível o conhecimento sobre a cobertura e o uso da terra, para buscar a conservação e o manejo sustentável dos recursos naturais, como forma de combate às mudanças climáticas”.

A rede speciesLink tem por objetivo fomentar a pesquisa, a educação e a formulação de políticas para promover a conservação e o uso sustentável da biodiversidade.

Os resultados alcançados também contaram com a participação de equipes do ICMBio, no Grupo de Trabalho da Biodiversidade, do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) e sua rede de herbários, do Google Cloud Platform no apoio técnico e concessão de créditos para o uso da plataforma e do apoio financeiro do Instituto Clima e Sociedade (iCS), uma organização filantrópica que apoia projetos e instituições dedicadas ao enfrentamento das mudanças climáticas no Brasil.

A primeira etapa do projeto envolveu a inclusão dos dados de uso e cobertura da terra do MapBiomas (1985 a 2021) como metadados em cada registro da rede speciesLink, coletado no Brasil, com coordenadas originais (informadas pelo provedor de dados). Como resultado, na visualização do registro online, é apresentado um diagrama com o histórico de uso e cobertura da terra do ponto da coleta no período de 1985 a 2021. No sistema online, ao passar o mouse no diagrama o usuário identifica o uso e cobertura da terra em cada ano.

A figura da exsicata do herbário do Cenargen mostra o registro da espécie Lessingianthus venosissimus coletada em Luziania, Goiás em 2003 em área de formação campestre que, a partir de 2004, passou a ser área de plantio de soja. 

Na interface de busca do speciesLink foi implementado um filtro para uso dos dados do MapBiomas coleção 7, destacado na figura a seguir.

O usuário pode optar por buscar os diferentes usos e cobertura da terra pelo ano da coleta do espécime (entre 1985 a 2021) ou pela coordenada da coleta nos diferentes anos dos mapas apresentados, inclusive comparando diferentes situações de cobertura da terra em áreas Naturais ou Antrópicas entre 1985 a 2021. Portanto pode recuperar registros coletados em áreas naturais que em 2021 são antrópicas. 

A seguir são apresentados dois exemplos de busca. A primeira inclui espécies botânicas coletadas entre 1985 e 2021 em áreas naturais do bioma Amazônia (A) que em 2021 são áreas antrópicas (B).

                                                   A                                                             B

Nesse exemplo a busca (A) recuperou 308.540 registros de 15.518 espécies distintas e a busca (B) 32.705 registros de 5.677 espécies distintas. Pode-se concluir que 10,6% dos registros e 36,5% das espécies foram potencialmente afetadas pela perda de área natural.

No segundo exemplo a seguir, foram incluídos todos os registros cuja coordenada de coleta se encontra em áreas naturais em 1985, independente do ano de coleta (A) e que em 2021 são áreas antrópicas (B).

                                                    A                                                             B

Nesse exemplo, a busca (A) recuperou 655.595 registros de 27.863 espécies distintas e a busca (B) 84.442 registros de 9.518 espécies distintas. Pode-se concluir que 13% dos registros e 34% das espécies foram potencialmente afetadas pela perda de área natural.

Esses são alguns exemplos. Pedimos que os usuários interessados testem essa interface e apresentem suas críticas e sugestões entrando em contato com a equipe através do email: contato@cria.org.br 

Obrigada!

Equipe do CRIA

Link para a interface de busca da rede speciesLink: https://specieslink.net/search

Link para o site do MapBiomas: https://mapbiomas.org

Novidades no speciesLink

 Equipe do CRIA

Em dezembro de 2022 anunciamos a integração dos mapas da Coleção 7 do MapBiomas, sobre a transformação do uso e cobertura da terra entre 1985 a 2021, na interface de busca da rede speciesLink. Esses dados são usados como filtros na busca por registros de ocorrência de espécies. É importante lembrar que só são indexados com os dados do MapBiomas os registros com coordenadas geográficas originais, portanto com coordenadas informadas pelo provedor de dados. Pouco mais de 8,2 milhões de registros atendem esse critério.

No post de dezembro, também procuramos explicar o processo de indexação de cada registro da rede, mostrando a transformação do uso e cobertura da terra entre 1985 a 2021 no ponto de coleta, indicando o ano de coleta. A figura a seguir apresenta um local de coleta que até 1993 era uma formação florestal que, a partir de 1994, passou a ser pastagem. O registro mostra que a coleta em 2011 foi realizada em uma área de pastagem.

A novidade agora é a possibilidade de buscar registros que atendem os critérios de uso da terra no ano da coleta dos espécimes. A busca por espécimes coletados ou observados em áreas naturais é obtida usando como filtro o Ano da Coleta e as categorias de uso da terra de áreas naturais, segundo dados do MapBiomas.

O sistema recuperou mais de 2 milhões de registros de coletas realizadas entre 1985 e 2021 com coordenadas originais. O usuário também pode visualizar a quantidade de registros na rede speciesLink com coletas em diferentes áreas naturais.

 A mesma busca foi feita para áreas antrópicas, com a recuperação de mais de 1,3 milhão de registros. As duas tabelas com a quantidade de registros por uso e cobertura da terra no ano da coleta são apresentadas a seguir.

Esperamos que essa ferramenta possa atender novas demandas de análise e uso dos dados. Por favor usem essas ferramentas e mandem suas críticas e sugestões para speciesLink@cria.org.br. 

Novas ideias para a rede speciesLink

Recentemente o CRIA foi provocado a pensar numa ideia de projeto que pudesse ter grande impacto, tendo como ponto de partida a rede speciesLink em seu estágio atual. Ou seja, sem deixar de fazer e de continuar melhorando o que já fazemos bem. Por outro lado, a ideia deveria ser capaz de expandir os horizontes da rede speciesLink, talvez alcançando novos públicos, talvez ampliando os tipos de dados com os quais já trabalhamos, talvez incorporando estratégias que possibilitem um influxo muito maior de dados, criando condições para novas aplicações e análises.

Gostaríamos de envolver toda a comunidade nesse tipo de discussão, e nesse sentido preparamos uma pesquisa que encontra-se aberta a todos que possam participar: https://forms.gle/3rHzXdM2MYu2PT5o9 Se você tem boas ideias, não deixe de compartilhar conosco!

Quem sabe a gente consiga encontrar uma forma de torná-la realidade.

Novidade na rede speciesLink

Esse post tem por objetivo informar sobre o uso dos dados do backbone taxonômico do GBIF (GBIF Backbone Taxonomy) que utiliza os dados do Catálogo da Vida para a classificação superior completa, acima das famílias. O CRIA checa o gênero e indica a classificação desde o reino até o gênero proposto pelo GBIF em um campo específico. Os dados enviados pelos provedores de dados não são alterados.

A seguir apresentamos um exemplo de um registro da rede speciesLink, indicando a classificação do GBIF:

Esperamos que essa nova referência possa facilitar o trabalho de correção e atualização dos nomes científicos pelos curadores.

Obrigada e um ótimo 2023 para todos nós!

Equipe do CRIA