4 de abr. de 2020

Estudo Taxonômico e Filogenético de Rhynchospora (Cyperaceae) complexo Tenuis

Hoje divulgamos o resumo para divulgação apresentado pelo bolsista pós-doc do INCT-Herbário Virtual Pedro Joel Silva da Silva Filho que trabalhou na UFRGS de agosto a dezembro de 2019.


A bolsa de Estágio Pós-Doutoral INCT - Herbário Virtual foi muito importante por dar continuidade aos estudos em Rhynchospora que venho desenvolvendo desde meu doutorado. Durante o período foram analisadas minunciosamente mais de 300 exsicatas de espécies/morfotipos pertencentes ao clado que envolve a espécie R. tenuis, selecionadas de diversos herbários do Brasil e do exterior. Estes espécimes foram comparados com as descrições e tipos de mais de 20 nomes relacionados ao clado de R. tenuis, sendo os espécimes não identificados agrupados em morfotipos, e posteriormente descritos. Com os morfotipos descritos, estamos dando continuidade às análises moleculares para validação de novas espécies. Após a aprovação deste projeto, me surgiu a possibilidade de trabalhar com Sequenciamento de Nova Geração (NGS), mais especificamente com a técnica de NextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA). Integrando a taxonomia clássica às análises filogenômica que estamos desenvolvendo, pretendemos ainda montar artigos robustos que serão submetidos a revistas de alto impacto, respondendo questões ainda não contempladas com as análises que foram até o momento desenvolvidas. Durante os cinco meses de vigência da bolsa, foram publicados dois artigos científicos descrevendo três novas espécies de Rhynchospora. Um artigo sobre a filogenia (marcadores ETS, ITS e trnL-F) de Rhynchospora seção Tenues também foi submetido e se encontra sob avaliação. Cabe ainda citar constante atualização das informações de Rhynchospora na Flora do Brasil 2020, que totaliza mais de 150 espécies;  correção de exsicatas de diversos herbários brasileiros, disponibilizando informação atualizada para os sistemas online; e colaboração em outros artigos relacionados ao tema.


26 de mar. de 2020

Think tank rede speciesLink



O CRIA planeja reestruturar a rede speciesLink e, para identificar novas funcionalidades e definir prioridades, gostaríamos de envolver os provedores de dados e usuários neste processo. Como primeiro passo, preparamos um formulário que disponibilizamos na página de busca do speciesLink.

Trata-se de um livre pensar



O formulário apresenta duas perguntas:
  • O que você acha do speciesLink hoje? 
  • O que gostaria de ver no speciesLink no futuro?

No momento, não temos os recursos necessários para desenvolver um novo speciesLink, mas com a colaboração da comunidade podemos elaborar um bom plano de trabalho para os próximos anos e buscar recursos para o seu desenvolvimento. Nada impede o atendimento das demandas que sejam de fácil implementação.

Trata-se de um passo muito importante para o futuro da rede, constituída por provedores de dados, usuários, redes temáticas e equipes do CRIA e da RNP.

Desde já, nosso muito obrigado!

Equipe do CRIA



3 de mar. de 2020

Lacunas de conhecimento das abelhas do Brasil

Dora Ann Lange Canhos (CRIA), Eduardo Almeida (USP) e Sidnei de Souza (CRIA)*



Em julho de 2019 foi lançado o sistema Lacunas de conhecimento das abelhas no Brasil, que teve como base o sistema Lacunas de conhecimento da flora e dos fungos do Brasil desenvolvido no escopo do projeto do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Os sistemas comparam as referências taxonômicas brasileiras, no caso de plantas a Flora do Brasil 2020 e de abelhas o Catálogo de Abelhas Moure, com os dados disponíveis na rede speciesLink. Entre outras informações, essa comparação indica as espécies e os estados sem registros na rede.

Essa ferramenta tem sido muito utilizada pela comunidade botânica na definição de estratégias para novas coletas e para priorizar a digitação de dados nos herbários. A Flora 2020 é um catálogo dinâmico, coordenado pelo Jardim Botânico do Rio de Janeiro, sendo atualizado online por taxonomistas credenciados, enquanto o Catálogo de Abelhas Moure, coordenado pelo Prof. Gabriel Augusto Rodrigues de Melo da UFPR, é um sistema estático, sendo atualizado mediante financiado por projetos. A última atualização do Catálogo de Abelhas Moure foi em 2013, mas está programada uma nova atualização no final de 2020, graças ao apoio do CNPq e da associação A.B.E.L.H.A.

O Catálogo Moure inclui as espécies de abelhas presentes na região neotropical, indicando os países onde ocorre. No desenho do sistema lacunas para abelhas, havia a opção de apenas analisar as espécies com ocorrência no Brasil no Catálogo Moure ou analisar todas as espécies nele incluídas.

Decidimos incluir na análise todas as espécies presentes no Catálogo, independente das informações indicarem sua ocorrência no Brasil. Pretendemos com isso evidenciar as espécies com registros de coletas no Brasil que não têm essa informação no Catálogo Moure e as que, de acordo com ele ocorrem no Brasil, mas não têm registro na rede speciesLink. Trata-se de uma estratégia para buscar acervos que, possivelmente, têm dados sobre as espécies que comprovadamente ocorrem no Brasil e, evidenciar as espécies com dados de ocorrência no Brasil para a avaliação dos responsáveis pela atualização do Catálogo Moure.

As espécies são apresentadas em cores diferentes de acordo com as informações do Catálogo Moure: as que ocorrem no Brasil (verde) e as que não têm evidência de ocorrência no Brasil no Catálogo Moure (marrom).
Vamos usar como exemplo a tribo Emphorini, que no Catálogo Moure possui 91 espécies.
No relatório Lacunas de julho de 2019, fazendo uma busca fonética, incluindo sinônimos, e registros com ou sem coordenadas, o sistema apresenta o seguinte resultado:

Figura 1. Busca fonética por nomes aceitos e seus sinônimos, sem considerar a coordenada geográfica (Lacunas julho 2019)

O sistema classifica as espécies em quatro grupos, de acordo com o número de registros na rede speciesLink: (1) sem registros; (2) com 1 - 5 registros; (3) com 6 – 20 registros; e, (4) com mais de 20 registros. Essa classificação procura indicar o potencial uso dos dados na elaboração de modelos de distribuição geográfica, sendo que o grupo (2) normalmente produz modelos exploratórios, o (3) modelos preliminares e o (4) modelos consistentes, normalmente passíveis de serem utilizados para políticas públicas. É evidente que existem espécies de distribuição restrita que, com poucos dados podem produzir bons modelos.

Na figura 1, as colunas em marrom representam o número de espécies que, de acordo com o Catálogo Moure, não têm indicação de ocorrência do Brasil. O sistema indica

55 espécies sem registros, 3 com 1 a 5 registros, 3 com 6 a 20 registros e 2 com mais de 20 registros de coletas realizadas no Brasil na rede speciesLink.

Podemos concluir que os responsáveis pelo Catálogo Moure poderiam avaliar as 8 espécies com registros de coletas no Brasil na rede speciesLink e validar ou não a sua ocorrência no Brasil nesse catálogo.

Com relação às colunas verdes, indicando as espécies que, de acordo com o Catálogo Moure, ocorrem no Brasil, existem 12 espécies sem registros, 6 com 6 a 20 registros e 10 com mais de 20 registros na rede speciesLink. As 12 espécies sem registros poderiam ser incluídas em estratégias de digitação, inclusão de novos acervos na rede e/ou coletas dessas espécies.

Clicando na espécie Ptilothrix heterochroa que não tem nenhum dado de ocorrência no speciesLink, obtemos a seguinte informação sobre a sua distribuição:


O relatório Lacunas mostra que o Catálogo Moure indica a ocorrência dessa espécie no estado do Rio Grande do Sul enquanto a rede speciesLink não tem nenhum registro dessa espécie. As coleções do Rio Grande do Sul poderiam verificar se essa espécie existe nos seus acervos e priorizar a digitação desses dados para incluí-los na rede speciesLink, ou essa espécie poderia ser incluída em uma lista prioritária de espécies a serem coletadas.

Se clicarmos na espécie Diadasina distincta o sistema mostra ter 59 registros de ocorrência no speciesLink e obtemos a seguinte informação sobre a sua distribuição:


O relatório Lacunas mostra que o Catálogo Moure não indica a ocorrência da espécie no Brasil, mas a rede speciesLink apresenta sua ocorrência em 5 estados. Essa informação pode ser útil para avaliação dos especialistas responsáveis pela atualização do Catálogo Moure sobre a sua distribuição geográfica.


Em janeiro de 2020 foi produzido novo relatório do sistema Lacunas, onde o resultado é comparado com o relatório anterior, talvez tornando a sua interpretação um pouco mais complexa. Continuando com a análise da tribo Emphorini, o relatório agora apresenta como resumo o seguinte gráfico:

Figura 2. Busca fonética por nomes aceitos e seus sinônimos, sem considerar a coordenada geográfica (Lacunas janeiro 2020)

O gráfico compara os dados da rede speciesLink de julho de 2019 com janeiro de 2020. As cores mais claras referem-se às espécies que não têm evidências de ocorrência no Brasil no Catálogo Moure e as mais escuras são as que, de acordo com esse catálogo, ocorrem no Brasil.

Comparando as colunas, em janeiro de 2020 temos dados de ocorrência para 10 espécies sem indicação de ocorrência no Catálogo Moure, lembrando que em julho de 2019 eram 8. Temos também 11 espécies do grupo que  ocorrem no Brasil de acordo com o Catálogo Moure, mas não têm registros na rede speciesLink. Esse número em julho de 2019 era 12. Comparando os dois relatórios, três espécies passaram a ter dados na rede speciesLink: Diadasia willineri (Moure, 1947), Ptilothrix heterochroa Cockerell, 1919, Ptilothrix scalaris (Holmberg, 1903). Escolhendo como exemplo a espécie Ptilothrix scalaris, a rede speciesLink em janeiro de 2020 registrou 5 registros, 3 de coletas realizadas na Fazenda Porto Conceição e 2 na Fazenda Pirizal, ambas em Porto Murtinho, Mato Grosso do Sul. As amostras são mantidas na Coleção de Hymenoptera do Museu de Biodiversidade da Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, que atualizou seus dados em agosto de 2019.

Quanto à ocorrência de Ptilothrix heterochroa, são dois indivíduos coletados na Fazenda São Maximiano em Guaíba, RS, que estão sendo mantidos na coleção de abelhas MCP-Abelhas da Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Os dados da Coleção de Abelhas MCP-Abelhas foram atualizados em novembro de 2019. O Catálogo Moure indica a ocorrência nesse estado.

Resumindo, o relatório Lacunas mostra a evolução da completude dos dados da rede speciesLink vis-a-vis o Catálogo Moure. Esperamos que esse sistema também possa contribuir para a expansão da informatização e disponibilização de dados da ocorrência das abelhas no Brasil.

* Nota: os autores agradecem o apoio do CNPq e da Associação Brasileira de Estudos das Abelhas (A.B.E.L.H.A.) ao projeto "Consolidação da e-infraestrutura de dados abertos sobre a diversidade das abelhas nativas do Brasil", Processo 400580/2018-7

28 de jan. de 2020

speciesLink 2019


O ano de 2019 foi importantíssimo para a rede speciesLink. Destacamos a transferência dos sistemas públicos de informação do CRIA do Internet Data Center em Brasília para o Centro de Dados Compartilhados em Recife, ambas infraestruturas da Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP). Essa ação contou com o apoio do Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (MCTIC) e com a parceria fundamental da RNP. Também contou com a cooperação das equipes das coleções biológicas parceiras da rede que compreenderam o momento delicado da equipe do CRIA na manutenção de um sistema tão importante em uma infraestrutura obsoleta e, além de explicitarem o seu apoio junto ao MCTIC, continuaram trabalhando na digitação, atualização e melhora da qualidade dos seus dados online.

Iniciamos 2019 com 483 conjuntos de dados integrados à rede e fechamos o ano com 505, um aumento de 4,6%. Os acervos são mantidos por:
Fonte: Network

  • Universidades brasileiras: 46 federais (56 campi), 21 estaduais (30 campi), 17 particulares e 1 municipal, além de 3 Institutos Federais de Educação e C&T
  • Institutos de Pesquisa brasileiros: 5 federais (8 estados), 19 estaduais e 1 municipal
  • Empresas: 3 públicas (7 estados) e 1 privada
  • Organizações não governamentais no Brasil: 3
  • Pessoas físicas no Brasil: 4 (fototecas)
  • Instituições do Exterior: 30
  • Outras instituições do Brasil: 2
(Fonte: Dashboard)

Assim, quando falamos da evolução do número de dados e informações online, nos referimos ao trabalho em rede, envolvendo equipes de 156 instituições no compartilhamento aberto de dados, do CRIA e da RNP no desenvolvimento e manutenção dos sistemas e das infraestruturas computacional e de comunicação e das instituições de fomento (MCTIC, CNPq, FINEP, FACEPE e A.B.E.L.H.A.).


Evolução da rede speciesLink em números


Fonte: Indicadores

O CRIA registra a evolução do número de registros online desde outubro de 2002, quando foi lançada, ainda de forma experimental, com dados do herbário da Unicamp (UEC). A rede promoveu uma mudança cultural no compartilhamento aberto de dados via Internet, e hoje é compreendida como um importante elemento de divulgação e valorização do trabalho de coleções biológicas.



A rede ainda é dependente do apoio de projetos, tanto para a manutenção e desenvolvimento da infraestrutura, como também para a digitação dos dados e digitalização das imagens. Em 2019 foram acrescidos cerca de 800 mil novos registros e 760 mil imagens. O uso médio foi 1,9 milhão de registros e 11 mil imagens por dia (fonte: Estatísticas do Uso dos Dados).

Mais de 90% dos registros têm uma amostra (voucher) associada ao dado, o que é considerado um dado de mais qualidade uma vez que pode ser reavaliado sempre que necessário. Cerca de 69% dos dados são de coleções de algas, fungos e plantas, 28% de animais, 0,3% de microrganismos e 0,07% de fósseis. Os demais dados são de coleções abrangentes.

São mais de 10 milhões de registros online que, sem dúvida alguma representa um enorme avanço. No entanto, somente considerando as coleções que participam da rede, tem-se ainda mais de 16 milhões de registro a serem digitados e integrados. Isso sem contar das coleções que ainda não participam da rede.

Devemos também destacar a parceria com instituições do exterior que hoje compartilham cerca de 1,7 milhões de registros com a rede speciesLink. Cerca de 74% são dados de algas, fungos e plantas, no contexto do INCT - Herbário Virtual das Plantas e Fungos. 23% são de animais, a maioria  abelhas, graças ao apoio da associação A.B.E.L.H.A. e do CNPq, e peixes, graças à integração voluntária dos dados da Academia de Ciências Naturais da Filadélfia.

Para concluir, novamente gostaríamos de destacar a importância da formação de redes colaborativas que compartilham seus dados e seu conhecimento de forma livre e aberta, acessível a todos os interessados. Esperamos, dessa forma, contribuir para o estabelecimento de políticas e sistemas educativos baseados em evidências científicas.