13 de ago. de 2020

Análise do Relatório Lacunas – subfamília Adreninae – julho 2020

Dora Canhos (CRIA), Sidnei de Souza (CRIA) e  Eduardo Almeida (FFCLRP, USP)


Figura 1. EY25663 Rhophitulus pygidialis (Vachal J., 1909) holotype (Fonte: The Hymenoptera collection (HY) (RECOLNAT_MNHN_EY) na rede speciesLink - http://www.splink.org.br, 12/08/2020)


Em julho de 2019 divulgamos nesse Blog o lançamento de uma nova ferramenta para evidenciar as lacunas de dados e conhecimento das abelhas neotropicais que ocorrem no Brasil. O desenvolvimento desse sistema é um produto do projeto "Consolidação da e-infraestrutura de dados abertos sobre a diversidade das abelhas nativas do Brasil" (Processo: 400580/2018-7), financiado pelo CNPq e pela associação A.B.E.L.H.A. e coordenado pelo Prof. Eduardo Andrade Botelho de Almeida da USP, Ribeirão Preto.


A ferramenta produz relatórios semestrais com o objetivo de acompanhar a evolução qualitativa do projeto. O sistema tem como usos esperados:
  • Auxiliar na identificação de abelhas dos grupos taxonômicos pouco estudados e indicar a necessidade de formação de taxonomistas
  • Orientar o trabalho de novas coletas, tanto em relação às espécies como também aos estados prioritários
  • Auxiliar na identificação de grupos prioritários para digitação ou georreferenciamento dos dados
  • Auxiliar na avaliação do status de conservação de espécies.

A presente análise do relatório do sistema Lacunas de conhecimento das abelhas do Brasil  compara os resultados produzidos nos meses de julho de 2019, janeiro de 2020 e julho de 2020 usando como critérios de busca:

Opção 1: busca fonética, incluindo sinônimos de todos os registros com ou sem coordenadas geográficas. Essa é a opção mais inclusiva. A opção “fonética com inclusão de sinônimos” consegue recuperar registros com pequenos erros de digitação e com nomenclatura desatualizada. Ao indicar “todos os registros”, a busca não irá considerar se o registro possui ou não coordenada, nem se é consistente.

Opção 2: busca fonética, incluindo sinônimos de todos os registros com coordenadas geográficas consistentes e distintas. Essa opção continua inclusive em relação ao nome da espécie, mas apresenta restrições quanto à coordenada geográfica, exigindo que ela seja consistente e distinta. No entanto não exige a coordenada na origem, ou seja, informada pela coleção e aceita coordenadas atribuídas pela ferramenta de georreferenciamento automático por município.

Resultados


Opção 1. Busca: fonética, incluindo sinônimos, todos os registros

O sistema classifica as espécies de acordo com o número de registros disponíveis online na rede speciesLink. Essa classificação (I) sem registros no speciesLink; (II) com 1 - 5 registros; (III) com 6 – 20 registros; e, (IV) com mais de 20 registros, procura indicar o potencial do uso dos dados disponíveis online na elaboração de modelos de distribuição geográfica exploratórios, preliminares ou consistentes. É evidente que a qualidade do modelo depende não só do número de registros, mas também da espécie em estudo e da precisão das coordenadas, mas dá uma ideia do esforço de coleta.

Adotamos como estratégia incluir todas as espécies citadas no Catálogo Moure, tanto as que têm indicação de ocorrência no Brasil, como as que não têm. Dessa forma o relatório Lacunas pode indicar as espécies que têm amostras coletadas no Brasil, mas que não têm essa informação no Catálogo Moure. É uma oportunidade para que os editores do Catálogo possam validar essa informação.

Nas tabelas 1 e 2 a seguir:
  • não Brasil significa espécies que não têm indicação de ocorrência no Brasil no Catálogo de Abelhas Moure, edição de julho de 2012.
  • sim Brasil significa espécies que têm indicação de ocorrência no Brasil no Catálogo de Abelhas Moure, edição de julho de 2012.

Tabela 1. Busca: fonética, incluir sinônimos, todos os registros

De acordo com o Catálogo Moure (versão online de julho de 2012), existem 109 espécies dessa subfamília que ocorrem no Brasil. Em um ano de projeto, o número de espécies sem registros na rede speciesLink caiu de 56 para 48, ou seja, de 51% de espécies sem registros em junho de 2019, a rede agora não apresenta dados de ocorrência para 44% das espécies da subfamília Adreninae que ocorrem no Brasil de acordo com o Catálogo Moure. A seguir á apresentada a lista das espécies da subfamília Adreninae que, de acordo com o Catálogo Moure, ocorrem no Brasil e não têm registros na rede speciesLink

O sistema também identificou espécies com registros de ocorrência no Brasil que, segundo os dados do Catálogo Moure, não se distribuem no país. De 10 espécies em julho de 2019 passou a 13 espécies em julho de 2020. 


Essas espécies podem representar registros novos para o Brasil (o que é possível, uma vez que os dados de ocorrência no Catálogo Moure são incorporados apenas quando há grande segurança sobre os registros e identidade taxonômica destes), mas podem ser também indicativos de um equívoco de identificação. Em ambos os casos, o Sistema Lacunas mostra-se importante para averiguação futura de informações taxonômicas e distribucionais de táxons.

Opção 2. Busca: fonética, incluir sinônimos, com coordenadas consistentes distintas

Essa busca inclui a análise dos dados geográficos, que, nessa opção de busca avalia somente os registros com coordenadas consistentes distintas. Podemos observar um maior número de espécies sem registros que ocorrem no Brasil, mas no período de um ano do projeto houve uma queda expressiva de 74 espécies (68%) em julho de 2019 para 56 espécies (51%) em julho de 2020.

Tabela 2. Busca: fonética, incluir sinônimos, com coordenadas consistentes distintas

O resultado indica que essa subfamília tem lacunas importantes de dados ou, possívelmente de conhecimento.

Lacunas Geográficas 

O sistema também apresenta as lacunas geográficas por estado da União. A busca nesse caso é fonética por nomes aceitos e sinônimos e pelo estado de ocorrência. Ao clicar no estado, o sistema apresenta a lista de espécies sem registros de ocorrência naquele estado.
Figura 2. Lacunas geográficas por estado da União e Distrito Federal (Fonte: Lacunas Moure, julho 2020)

A tabela a seguir compara o número de espécies sem nenhum registro nos estados de ocorrência do Catálogo Moure, nos relatórios de julho de 2019, janeiro de 2019 e julho de 2020 

Tabela 3. Comparação do número de espécies com lacunas geográficas por Estado

O relatório mostra que uma espécie deixou de ser lacuna no estado de Minas Gerais (Rhophitulus dubium (Vachal, 1909)), outra espécie para o estado de Santa Catarina (Callonychium petuniae Cure & Wittmann, 1990) e 5 espécies deixaram de ter lacunas no estado do Rio Grande do Sul (Anthrenoides admirabilis Urban, 2005; Anthrenoides francisci Urban, 2008; Anthrenoides gibbosus Urban, 2008; Anthrenoides sulinus Urban, 2008; Rhophitulus hamatus (Schlindwein & Moure, 1998)). Como o Catálogo Moure online ainda não sofreu nenhuma alteração, a redução das lacunas reflete a entrada de novos registros na rede speciesLink. A despeito da redução de sete lacunas de dados de ocorrência em estados brasileiros, resultado do aumento do número de registros compartilhados na rede speciesLink, a Tabela 4 mostra que ainda existem 96 lacunas de dados de ocorrência em estados brasileiros para Andreninae.

Tabela 4. Espécies com lacunas geográficas por Estado

Apesar desse post falar sobre as lacunas de dados das espécies da subfamília Adreninae, é importante destacar que, graças ao apoio do CNPq e da associação A.B.E.L.H.A. e ao trabalha das coleções de abelhas do país e do exterior, a rede speciesLink disponibiliza  mais de 13 mil registros dessa subfamília. Assim, fechamos esse post com um mapa com a distribuição geográfica dessas espécies na rede speciesLink.



8 de jun. de 2020

Field Museum of Natural History (Botany) Bryophyte Collection

Kátia Porto, UFPE, membro do Comitê Gestor INCT-Herbário Virtual



A Coleção de Briófitas da América do Sul do Herbário F - Field Museum está sendo compartilhada com o INCT-Herbário Virtual via rede specieslink. São 21.562 registros, dos quais 2.137 possuem imagens associadas, de espécimes coletadas em doze países da América do Sul com destaque para a Bolívia (17.332), Chile (2.180) e Venezuela (1.228).


São 246 registros de tipos, sendo o espécime Entosthodon puiggarii Geh. & Hempe, coletado no Brasil por J.I.Puiggari em 1833, o registro de tipo com data de coleta mais antiga.


Há 218 registros do Brasil referentes a coletas realizadas desde o início do século XIX até a atualidade, representados por táxons das hepáticas Cephaloziaceae, Frullaniaceae, Lejeuneaceae, Lepidoziaceae, Plagiochilaceae e dos musgos Calymperaceae, Dicranaceae, Fissidentaceae, Polytrichaceae, Sematophyllaceae e Sphagnaceae, bem como de outras famílias. A procedência dos espécimes é principalmente dos estados do Amazonas, Rio de Janeiro, São Paulo, Minas Gerais, Santa Catarina, Bahia e Goiás.

Trata-se de mais uma importante fonte de consulta e estudo a dados de coleções de Herbários de grande referência mundial, que veem sendo reunidos e compartilhados via INCT-Herbário Virtual, fundamentais ao conhecimento da biodiversidade e de uma ampla gama de áreas da ciência. 

Algumas imagens de espécimes tipo coletados no Brasil

2 de jun. de 2020

Dados da coleção entomológica de himenópteros do Museu Nacional de História Natural de Paris na rede speciesLink

Kátia Aleixo, Associação Brasileira de Estudo das Abelhas (A.B.E.L.H.A.)

Em maio de 2020 foram incorporados à rede speciesLink 487 registros de himenópteros distribuídos em famílias de abelhas, vespas e formigas, da coleção entomológica do Museu Nacional de História Natural (Muséum National d'Histoire Naturelle - MNHN) de Paris, França. Os dados compartilhados com a rede speciesLink são de coletas realizadas em países da América do Sul e representam uma parte de um total de cerca de 1 milhão de espécimes de himenópteros depositados na coleção. Os dados da coleção EY restritos a coletas realizadas na América do Sul estão disponíveis na coleção RECOLNAT_MNHN_EY na rede speciesLink.

Aproximadamente 350 registros possuem imagens digitalizadas online, que incluem diferentes vistas dos espécimes da coleção bem como suas etiquetas de identificação.

O grupo das abelhas está representado por 98 registros, distribuídos nas famílias Colletidae (47% dos registros), Halictidae (24%), Apidae (18%), Megachilidae (7%) e Andrenidae (4%).


 Espécime de Xylocopa subcyanea (família Apidae), em vista dorsal e frontal, acompanhado de suas etiquetas de identificação. Fonte: The Hymenoptera collection (EY) of the Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN - Paris)



Com ocorrência no Brasil, foram compartilhados 187 registros de himenópteros, dos quais 19 são abelhas. Os registros de abelhas estão distribuídos em 9 gêneros nas cinco famílias que ocorrem naturalmente no país. Apidae é a família com maior número de registros compartilhados, totalizando sete, seguida de Colletidae (6 registros), Halictidae (4) e Andrenidae e Megachilidae com um registro de abelha em cada.

Distribuição dos registros de abelhas coletadas no Brasil, por gênero, compartilhados pela coleção entomológica do MNHN. Fonte: speciesLink.

A coleção de himenópteros do MNHN de Paris tem sob sua guarda 6 mil registros de tipos, dos quais 231 estão compartilhados na rede speciesLink. Dos registros de tipos compartilhados, 63 foram coletados no Brasil. Desses, 19 são de abelhas e 13 possuem imagens online.

É válido destacar que os dados compartilhados pela coleção do MNHN para as espécies de abelha Hylaeus arsenicus, Hylaeus transversus e Rhophitulus dubium correspondem aos primeiros registros dessas espécies na rede speciesLink. Além disso, correspondem aos holótipos, ou seja, aos espécimes que basearam a descrição das espécies.


Espécime de Hylaeus arsenicus, da família Colletidae. O registro corresponde ao holótipo. Fonte: The Hymenoptera collection (EY) of the Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN - Paris).

Integração com o Sistema de Informação Científica sobre Abelhas Neotropicais (infoA.B.E.L.H.A.)


Os 19 registros de abelhas da coleção de himenópteros do MNHN coletados no Brasil estão distribuídos em 15 espécies, sendo 11 com nomes científicos aceitos de acordo com a classificação do Catálogo Moure e quatro sinônimos. 


Lista das espécies de abelhas com registros de espécimes coletados no Brasil disponibilizados pela coleção entomológica de MNHN. Em verde são os nomes científicos aceitos de acordo com o Catálogo Moure e em cinza, os sinônimos. Fonte: speciesLink (acessado em 29/05/2020).

Os dados dos registros na rede speciesLink estão integrados ao Sistema de Informação Científica sobre Abelhas Neotropicais e podem ser acessados ao digitar o nome científico da abelha no campo de busca. O sistema também retornará informações sobre as espécies de abelhas disponíveis nos demais sistemas que integram o infoA.B.E.L.H.A., incluindo trabalhos científicos em temas variados e espécies de plantas que visitam para a  coleta de alimento.


29 de mai. de 2020

A importância da coleção de Fungos do Field Museum para o Brasil

Tatiana Gibertoni, Professora Associada UFPE

O Herbário John G. Searle do Field Museum de Chicago (EUA) tem a 5a. maior coleção do hemisfério ocidental e inclui aproximadamente 3 milhões de espécimes de angiospermas, gimnospermas, pteridófitas, briófitas, fungos (incluindo ascomicetes liquenizados) e algas. O Herbário foi fundado em 1894 com a aquisição da World's Columbian Exposition de 1893. Várias expedições botânicas permitiram ao Herbário se estabelecer como um dos mais proeminentes repositórios de plantas da América Central e Sul.

Além das plantas, o Herbário conta com uma coleção de cerca de 350 mil fungos e líquens, dos quais 137 mil registros estão disponíveis online e 5400 representam espécimes-tipo. A coleção de fungos - Field Museum of Natural History (Botany) Fungi Collection (FMNH-Fungi)  compartilha seus dados de coletas realizadas na América do Sul com o INCT – Herbário Virtual através da rede speciesLink. São dados de 4.816 espécimes de 901 espécies distintas. Mais de 3 mil registros têm imagens associadas e 818 são tipos. Em relação a material coletado no Brasil, são 1.218 espécimes (783 com imagens associadas) de 293 espécies distintas, sendo que 306 registros são de tipos.

A maior parte dessa coleção micológica é formada por fungos liquenizados e agaricoides, coletados principalmente por Rolf Singer no fim da década de 1970, Greg Mueller em 1987, Marcela Cáceres e Andre Aptroot em 2012. Na coleção brasileira, destacam-se os espécimes-tipo, especialmente de fungos fitopatogênicos, coletados por E.H.G. Ule no Amazonas, Rio de Janeiro e Santa Catarina e descritos por diversos autores (Fig 1) e os fungos agaricoides coletados e descritos por Rolf Singer (Fig. 2).

Figura 1. Fungos fitopatogênicos coletados por E.H.G. Ule no Amazonas e Santa Catarina (Fonte: FMNH-Fungi, http://inct.splink.org.br, acessado em 27/05/2020)

Figura 2. Fungos agaricoides coletados e descritos por Rolf Singer ((Fonte: FMNH-Fungi, http://inct.splink.org.br, acessado em 27/05/2020)

Referências:

Field Museum. Focus: Fungi and Lichens (www.fieldmuseum.org/science/research/area/focus-fungi-and-lichenshttps://www.fieldmuseum.org/science/research/area/focus-fungi-and-lichens)

INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos online (inct.splink.org.brhttp://inct.splink.org.br/)


26 de mai. de 2020

Dados do Herbário da Universidade de Montpellier na rede speciesLink

Mariângela Menezes (Museu Nacional, Comitê Gestor INCT-Herbário Virtual)


O herbário da Universidade de Montpellier (MPU), pelo volume e valor histórico de suas coleções, é considerado o segundo mais importante da França e está entre os 20 maiores herbários do Mundo. Embora, algumas amostras da coleção geral sejam atribuídas a P.R. de Belleval (1564-1632), o herbário MPU foi criado no início do século XIX (1809) sob a direção de A.P de Candolle, associado à Faculdade de Medicina. Posteriormente, o herbário da Faculdade de Medicina foi agregado aos herbários da Faculdade de Farmácia e de Ciências em um único local, formando o Instituto de Botânica, em 1889. O prédio do Instituto de Botânica foi destruído e substituído pelo prédio atual, inaugurado em 1959.

O herbário detém aproximadamente 2,5 milhões de espécimes de plantas vasculares, criptógamos, fungos e líquens. Suas coleções mais antigas datam do séc. XVII e o número de tipos é estimado em mais de 50.000 amostras. Trata-se de um herbário muito representativo em termos da biodiversidade vegetal, uma vez que agrega material oriundo de inúmeros países, com destaque para amostras coletadas na Europa, região do Mediterrâneo e Oriente Próximo, e em menor número, amostras oriundas da América do Norte e do Sul (incluindo o Brasil), Oceania (incluindo a Austrália), África e Ásia.

Dentre as várias e importantes coleções de plantas fanerogâmicas se destacam as de Chirac, Broussonet, Boissier de Sauvages, Braun-Blanquet, Cambessèdes, Delile, Saint-Hilaire. As coleções de criptógamos, também, são particularmente importantes e incluem, p.ex. coletas de cianobactérias feitas por Ch. Flahault, de musgos e líquens por M. B.de Lesdain, além de outras coletas de samambaias e fungos.

Rollinia longifolia A.St.-Hil. typeDet: Saint-Hilaire
MPU010754 Coleta: Saint-Hilaire, A. de 
Loc: cueuilli auprès du lac de Fretas près Rio de Janeiro Brésil

Cerastium rivulare Cambess. lectotypeDet: Cambessèdes
MPU010806 Coleta: Saint-Hilaire, A. de 
Loc: Brésil
O herbário conta com um acervo de botânica tropical, cujas amostras foram coletadas na segunda metade do século XX, durante a exploração de florestas equatoriais pelas missões da “Operation Canopy”, coordenada por Francis Hallé, na África, América Latina, Ásia e Oceania; além de uma carpoteca, uma xiloteca e várias caixas com lâminas de pólens, esporos, tecidos, etc.

O herbário MPU tem sob a sua guarda inúmeras pranchas originais históricas, em geral acompanhadas de documentos, igualmente preciosos como: os desenhos em aquarela das plantas de Broussonet; as anotações e os manuscritos sobre cogumelos de Delile, complementados por aquarelas de Node-Véran; os manuscritos, os desenhos e as aquarelas sobre fungos do norte da África de G. Malençon e R. Maire; três coleções de ilustrações de plantas e fungos de Node-Véran (1773-1852), além de dezenas de esboços botânicos, notas e correspondências de diferentes pesquisadores.

É importante destacar que a rede nacional da França - RECOLNAT foi responsável pela organização e financiamento da digitalização do acervo.

O Herbário MPU compartilha com o INCT-Herbário Virtual 5.079 registros de 1.352 espécies aceitas de amostras coletadas na América do Sul entre 1767 e 2009. 

São 4.761 registros de tipos, sendo 1.959 coletados no Brasil. Desses, 477 possuem imagens online.


Agradecemos à Universidade de Montpellier por compartilhar, de forma livre e aberta, os dados de seu acervo de grande relevância para a botânica do Brasil. Acessem o Herbário da Universidade de Montpellier - Acervo América do Sul e enviem seus comentários.

14 de mai. de 2020

Coleções históricas da América do Sul disponibilizados no INCT-Herbário Virtual via rede speciesLink

O Muséum national d'Histoire naturelle de Paris compartilha dados de coletas realizadas no Brasil com a rede speciesLink desde 2009, quando foi estabelecida uma parceria entre o Museu, o Instituto de Botânica de São Paulo e o CRIA para o desenvolvimento do site do Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire, com o apoio da Fapesp. Novas parcerias foram estabelecidas em 2015 com o compartilhamento dos dados das coletas de Glaziou, resultando no Herbário Virtual Auguste Glaziou. Esse projeto teve o apoio do CNPq e contou com o envolvimento do Museu Nacional e do INCT-Herbário Virtual, além do MNHN e do CRIA.

Em 2020 iniciamos uma nova etapa dessa parceria. Com as coleções de história natural disponibilizadas na e-infraestrutura ReCOLNAT, foram incorporados ao INCT-Herbário Virtual, via rede speciesLink, os dados da América do Sul da Coleção de plantas vasculares e da Coleção de Criptógamas do Muséum national d'Histoire naturelle de Paris e os dados da América do Sul do Herbário da Universidade de Montpellier. Nesse post apresentamos os dados da coleção de plantas vasculares de Paris.

O acervo das coletas da América do Sul do herbário do Muséum national d’Histoire naturelle de Paris inclui importantes coleções históricas como as de Balansa, Blanchet, Bonpland, Burchell, Claussen, Hassler, Riedel, Saint-Hilaire, Sellow, entre outros.

A Coleção de plantas vasculares da América do Sul possui mais de 253 mil registros e cerca de 262 mil imagens de 24.772 espécies. Um total de 156.705 registros e 164.384 imagens são de amostras coletadas no Brasil, associadas a 14.975 espécies da nossa flora.

Ilex paraguariensis A.St.-Hil.

Desse montante, 30 mil são registros de typus nomenclaturais e suas respectivas imagens. São 14.514 registros de typus nomenclaturais e 2.542 de espécies ameaçadas de extinção da flora brasileira.


A figura destaca a amostra de Ilex paraguariensis (erva mate) coletada e descrita por Auguste de Saint-Hilaire em sua viagem ao Brasil entre 1816 a 1821. Trata-se do holótipo, espécime único usado na descrição original da espécie. O herbário P América do Sul possui 3.943 holótipos, 935 dos quais coletados no Brasil.




Grande parte dos registros é histórico (ver figura abaixo), datado do século XIX, período em que os 
naturalistas europeus viajaram pelo país.


A figura a seguir apresenta o montante de exsicatas de Pteridophyta e das 14 famílias de Angiospermas com o maior número de registros de coletas no Brasil, no herbário P.


Esse aporte de novos registros e imagens ao acervo do INCT-Herbário Virtual amplia o alcance e as possibilidades de usos dos dados, tanto do ponto de vista taxonômico, com registros históricos e materiais tipos, como fitogeográfico, permitindo acesso a amostras de plantas coletadas em outros países da América do Sul. 


4 de mai. de 2020

Campanha INCT-Herbário Virtual: o compartilhamento de conhecimento

Como amplamente divulgado no dia 15 de abril pp, o Comitê Gestor do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos lançou uma campanha convidando todos os especialistas para participarem de uma ação conjunta em comemoração ao Dia Nacional da Botânica (17 de abril). A ação proposta foi a de identificar amostras herborizadas de plantas, algas e fungos que estão online no herbário virtual (inct.splink.org.br). Os resultados mostram a importância e a oportunidade do trabalho em rede.

O convite aos especialistas teve como base (1) a existência de material não identificado online com imagens, (2) a ferramenta online para envio e registro de comentários; e, (3) uma rede de especialistas para a identificação de espécimes.

O primeiro movimento dos especialistas e curadores foi o aprimoramento da ferramenta Comentários. Foram duas demandas:

  1. alterar o sistema de validação do comentário para posterior envio ao curador; e,
  2. incluir no relatório data cleaning uma tabela com todos os comentários enviados para a coleção.
Ambas as demandas foram atendidas. O relatório data cleaning agora apresenta os comentários enviados às coleções.


Também foi produzido um vídeo com um tutorial sobre o uso da ferramenta Comentários no Canal YouTube da rede speciesLink.

Balanço da ação

Uma forma de avaliar o impacto dessa ação é analisando a evolução do uso da ferramenta desde o seu lançamento em 2012.

Nos últimos 3 anos tivemos em média, 737 comentários por ano. O gráfico mostra que, no ano de 2020 até o mês de abril, contabilizamos 1.843 comentários, ou seja, 1.843 novas anotações associadas a registros de espécimes. Até abril de 2020, a média anual foi superada em 250%. Os gráficos a seguir mostram a evolução do uso dessa ferramenta por mês em 2020 e por dia, para abril de 2020.



Os gráficos mostram a importância da campanha lançada pelo Comitê Gestor do INCT-Herbário Virtual e evidenciam a força da ação coordenada em rede e a importância do compartilhamento aberto de dados. Podemos também observar que a ação não se limitou ao dia da Botânica, e espera-se que os pesquisadores continuem contribuindo nesse esforço de melhoria dos dados dos herbários.

No final deste ano apresentaremos novos dados, mostrando como o esforço de identificação e o envio de comentários aos curadores tem contribuído para melhoria da qualidade das informações  disponibilizadas online pelos herbários da rede. Agradecemos a todos pelas sugestões de aperfeiçoamento do sistema e compartilhamento de seus dados e conhecimento.

22 de abr. de 2020

Trabalhando em rede


O Comitê Gestor do INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos no dia 15 de abril pp, lançou um convite a todos os especialistas para participarem de uma ação conjunta em comemoração ao Dia Nacional da Botânica. Essa atividade tem por objetivo identificar amostras herborizadas de plantas, algas e fungos que estão online com imagens. As novas identificações foram incluídas nos comentários de cada registro e encaminhadas aos curadores dos acervos. Cada comentário é registrado no sistema e dessa forma permite analisar a evolução numérica dessa ferramenta.

Resultados parciais do dia 21 de abril às 14:25 indicam uma participação sem precedentes nessa ação. Vamos aos números.

O primeiro gráfico apresenta o número de comentários enviados por ano, desde o lançamento dessa ferramenta em 2012.



Números ainda não consolidados para o mês de abril já indicam para o ano de 2020, praticamente o dobro dos comentários dos anos passados.

Analisando a evolução do número de comentários nos meses de 2020 temos:

Estávamos mantendo uma média mensal em torno de 50 comentários. O mês de abril já apresenta um número 23 vezes superior. 

Por fim, avaliando a evolução do número de comentários por dia, o mês de abril apresenta o seguinte quadro:


Esse gráfico demonstra o impacto do convite feito pelo Comitê Gestor do INCT-Herbário Virtual à comunidade botânica. Comunidade esta que há décadas se organiza através da Sociedade Botânica do Brasil e que teve, na organização do INCT-Herbário Virtual a oportunidade de compartilhar seus dados e conhecimentos online.

No início de maio apresentaremos os dados consolidados do mês de abril. Os números já demonstram a força do trabalho em rede que, além dos mais de mil registros com identificações dos espécimes, promoveu mudanças na ferramenta Comentários em atendimento às demandas dos especialistas.

17 de abr. de 2020

Ações do INCT-Herbário Virtual no Dia da Botânica


Herbários Brasileiros participantes do Herbário Virtual online
O dia 17 de abril é o “Dia da Botânica” no Brasil. Para comemorar esta data, o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HV) convida os especialistas para participarem de uma ação conjunta para identificar amostras herborizadas, sem identificação, de plantas, algas e fungos que estão online.


O INCT-HVFF integra 220 conjuntos de dados compartilhados por mais de uma centena de instituições do país e 23 do exterior. São cerca de 7,7 milhões de registros, todos de acesso livre e aberto a qualquer pessoa interessada. Cerca de 2,8 milhões de registros têm uma imagem da amostra associada ao registro.


No momento, nessa base de dados existem muitos registros de exsicatas, com imagens, não identificados. Se consultarmos o conjunto de dados com imagens de coletas realizadas no Brasil, vamos encontrar: 
MCCA 1721



  • 5.633 registros com os campos família e nome científico em branco;

  • 52.849 registros com o campo família preenchido e os campos gênero e espécie em branco; e, 

  • 217.058 registros com os campos família e gênero preenchidos e o nome da espécie em branco.








Trata-se de um volume bastante expressivo que poderia ser reduzido com um olhar cuidadoso de taxonomistas, promovendo, quando possível, identificações a partir das imagens, das famílias, gêneros e/ou espécies.


Cada especialista pode fazer uma busca no Herbário Virtual no speciesLink, por família ou gênero que queira revisar e filtrar aqueles que têm imagens. Pode-se filtrar também por país, pois agora temos também registros de outros países da América do Sul, ou por Unidade da Federação. Se for feita alguma identificação, é possível enviar um e-mail diretamente ao curador da coleção onde está depositado o espécime, através do aplicativo “comentário”, presente ao clicar no registro. Estes comentários podem ser conferidos pelo curador e, se este achar pertinente, poderá incluir a informação no banco de dados do seu herbário e atualizar os dados na rede speciesLink.

Um tutorial sobre como buscar material não identificado no Herbário Virtual e enviar seus comentários está disponível no Canal YouTube da rede speciesLink.

Sabemos que alguns especialistas já estão usando uma parte do seu tempo de trabalho em casa nesta atividade. Gostaríamos de agregar mais taxonomistas nos próximos dias para que esta atividade de comemoração do Dia da Botânica represente um ganho qualitativo no estudo da nossa flora. Se cada um enviar este convite aos seus parceiros de trabalho, equipe do herbário e estudantes, esta ação certamente será ampliada.

Torcemos para que, o mais breve possível, possamos voltar a nos encontrar e trabalhar com os nossos acervos presencialmente. 

Comitê Gestor do INCT – Herbário Virtual





4 de abr. de 2020

Estudo Taxonômico e Filogenético de Rhynchospora (Cyperaceae) complexo Tenuis

Hoje divulgamos o resumo para divulgação apresentado pelo bolsista pós-doc do INCT-Herbário Virtual Pedro Joel Silva da Silva Filho que trabalhou na UFRGS de agosto a dezembro de 2019.


A bolsa de Estágio Pós-Doutoral INCT - Herbário Virtual foi muito importante por dar continuidade aos estudos em Rhynchospora que venho desenvolvendo desde meu doutorado. Durante o período foram analisadas minunciosamente mais de 300 exsicatas de espécies/morfotipos pertencentes ao clado que envolve a espécie R. tenuis, selecionadas de diversos herbários do Brasil e do exterior. Estes espécimes foram comparados com as descrições e tipos de mais de 20 nomes relacionados ao clado de R. tenuis, sendo os espécimes não identificados agrupados em morfotipos, e posteriormente descritos. Com os morfotipos descritos, estamos dando continuidade às análises moleculares para validação de novas espécies. Após a aprovação deste projeto, me surgiu a possibilidade de trabalhar com Sequenciamento de Nova Geração (NGS), mais especificamente com a técnica de NextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA). Integrando a taxonomia clássica às análises filogenômica que estamos desenvolvendo, pretendemos ainda montar artigos robustos que serão submetidos a revistas de alto impacto, respondendo questões ainda não contempladas com as análises que foram até o momento desenvolvidas. Durante os cinco meses de vigência da bolsa, foram publicados dois artigos científicos descrevendo três novas espécies de Rhynchospora. Um artigo sobre a filogenia (marcadores ETS, ITS e trnL-F) de Rhynchospora seção Tenues também foi submetido e se encontra sob avaliação. Cabe ainda citar constante atualização das informações de Rhynchospora na Flora do Brasil 2020, que totaliza mais de 150 espécies;  correção de exsicatas de diversos herbários brasileiros, disponibilizando informação atualizada para os sistemas online; e colaboração em outros artigos relacionados ao tema.


26 de mar. de 2020

Think tank rede speciesLink



O CRIA planeja reestruturar a rede speciesLink e, para identificar novas funcionalidades e definir prioridades, gostaríamos de envolver os provedores de dados e usuários neste processo. Como primeiro passo, preparamos um formulário que disponibilizamos na página de busca do speciesLink.

Trata-se de um livre pensar



O formulário apresenta duas perguntas:
  • O que você acha do speciesLink hoje? 
  • O que gostaria de ver no speciesLink no futuro?

No momento, não temos os recursos necessários para desenvolver um novo speciesLink, mas com a colaboração da comunidade podemos elaborar um bom plano de trabalho para os próximos anos e buscar recursos para o seu desenvolvimento. Nada impede o atendimento das demandas que sejam de fácil implementação.

Trata-se de um passo muito importante para o futuro da rede, constituída por provedores de dados, usuários, redes temáticas e equipes do CRIA e da RNP.

Desde já, nosso muito obrigado!

Equipe do CRIA



3 de mar. de 2020

Lacunas de conhecimento das abelhas do Brasil

Dora Ann Lange Canhos (CRIA), Eduardo Almeida (USP) e Sidnei de Souza (CRIA)*



Em julho de 2019 foi lançado o sistema Lacunas de conhecimento das abelhas no Brasil, que teve como base o sistema Lacunas de conhecimento da flora e dos fungos do Brasil desenvolvido no escopo do projeto do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. Os sistemas comparam as referências taxonômicas brasileiras, no caso de plantas a Flora do Brasil 2020 e de abelhas o Catálogo de Abelhas Moure, com os dados disponíveis na rede speciesLink. Entre outras informações, essa comparação indica as espécies e os estados sem registros na rede.

Essa ferramenta tem sido muito utilizada pela comunidade botânica na definição de estratégias para novas coletas e para priorizar a digitação de dados nos herbários. A Flora 2020 é um catálogo dinâmico, coordenado pelo Jardim Botânico do Rio de Janeiro, sendo atualizado online por taxonomistas credenciados, enquanto o Catálogo de Abelhas Moure, coordenado pelo Prof. Gabriel Augusto Rodrigues de Melo da UFPR, é um sistema estático, sendo atualizado mediante financiado por projetos. A última atualização do Catálogo de Abelhas Moure foi em 2013, mas está programada uma nova atualização no final de 2020, graças ao apoio do CNPq e da associação A.B.E.L.H.A.

O Catálogo Moure inclui as espécies de abelhas presentes na região neotropical, indicando os países onde ocorre. No desenho do sistema lacunas para abelhas, havia a opção de apenas analisar as espécies com ocorrência no Brasil no Catálogo Moure ou analisar todas as espécies nele incluídas.

Decidimos incluir na análise todas as espécies presentes no Catálogo, independente das informações indicarem sua ocorrência no Brasil. Pretendemos com isso evidenciar as espécies com registros de coletas no Brasil que não têm essa informação no Catálogo Moure e as que, de acordo com ele ocorrem no Brasil, mas não têm registro na rede speciesLink. Trata-se de uma estratégia para buscar acervos que, possivelmente, têm dados sobre as espécies que comprovadamente ocorrem no Brasil e, evidenciar as espécies com dados de ocorrência no Brasil para a avaliação dos responsáveis pela atualização do Catálogo Moure.

As espécies são apresentadas em cores diferentes de acordo com as informações do Catálogo Moure: as que ocorrem no Brasil (verde) e as que não têm evidência de ocorrência no Brasil no Catálogo Moure (marrom).
Vamos usar como exemplo a tribo Emphorini, que no Catálogo Moure possui 91 espécies.
No relatório Lacunas de julho de 2019, fazendo uma busca fonética, incluindo sinônimos, e registros com ou sem coordenadas, o sistema apresenta o seguinte resultado:

Figura 1. Busca fonética por nomes aceitos e seus sinônimos, sem considerar a coordenada geográfica (Lacunas julho 2019)

O sistema classifica as espécies em quatro grupos, de acordo com o número de registros na rede speciesLink: (1) sem registros; (2) com 1 - 5 registros; (3) com 6 – 20 registros; e, (4) com mais de 20 registros. Essa classificação procura indicar o potencial uso dos dados na elaboração de modelos de distribuição geográfica, sendo que o grupo (2) normalmente produz modelos exploratórios, o (3) modelos preliminares e o (4) modelos consistentes, normalmente passíveis de serem utilizados para políticas públicas. É evidente que existem espécies de distribuição restrita que, com poucos dados podem produzir bons modelos.

Na figura 1, as colunas em marrom representam o número de espécies que, de acordo com o Catálogo Moure, não têm indicação de ocorrência do Brasil. O sistema indica

55 espécies sem registros, 3 com 1 a 5 registros, 3 com 6 a 20 registros e 2 com mais de 20 registros de coletas realizadas no Brasil na rede speciesLink.

Podemos concluir que os responsáveis pelo Catálogo Moure poderiam avaliar as 8 espécies com registros de coletas no Brasil na rede speciesLink e validar ou não a sua ocorrência no Brasil nesse catálogo.

Com relação às colunas verdes, indicando as espécies que, de acordo com o Catálogo Moure, ocorrem no Brasil, existem 12 espécies sem registros, 6 com 6 a 20 registros e 10 com mais de 20 registros na rede speciesLink. As 12 espécies sem registros poderiam ser incluídas em estratégias de digitação, inclusão de novos acervos na rede e/ou coletas dessas espécies.

Clicando na espécie Ptilothrix heterochroa que não tem nenhum dado de ocorrência no speciesLink, obtemos a seguinte informação sobre a sua distribuição:


O relatório Lacunas mostra que o Catálogo Moure indica a ocorrência dessa espécie no estado do Rio Grande do Sul enquanto a rede speciesLink não tem nenhum registro dessa espécie. As coleções do Rio Grande do Sul poderiam verificar se essa espécie existe nos seus acervos e priorizar a digitação desses dados para incluí-los na rede speciesLink, ou essa espécie poderia ser incluída em uma lista prioritária de espécies a serem coletadas.

Se clicarmos na espécie Diadasina distincta o sistema mostra ter 59 registros de ocorrência no speciesLink e obtemos a seguinte informação sobre a sua distribuição:


O relatório Lacunas mostra que o Catálogo Moure não indica a ocorrência da espécie no Brasil, mas a rede speciesLink apresenta sua ocorrência em 5 estados. Essa informação pode ser útil para avaliação dos especialistas responsáveis pela atualização do Catálogo Moure sobre a sua distribuição geográfica.


Em janeiro de 2020 foi produzido novo relatório do sistema Lacunas, onde o resultado é comparado com o relatório anterior, talvez tornando a sua interpretação um pouco mais complexa. Continuando com a análise da tribo Emphorini, o relatório agora apresenta como resumo o seguinte gráfico:

Figura 2. Busca fonética por nomes aceitos e seus sinônimos, sem considerar a coordenada geográfica (Lacunas janeiro 2020)

O gráfico compara os dados da rede speciesLink de julho de 2019 com janeiro de 2020. As cores mais claras referem-se às espécies que não têm evidências de ocorrência no Brasil no Catálogo Moure e as mais escuras são as que, de acordo com esse catálogo, ocorrem no Brasil.

Comparando as colunas, em janeiro de 2020 temos dados de ocorrência para 10 espécies sem indicação de ocorrência no Catálogo Moure, lembrando que em julho de 2019 eram 8. Temos também 11 espécies do grupo que  ocorrem no Brasil de acordo com o Catálogo Moure, mas não têm registros na rede speciesLink. Esse número em julho de 2019 era 12. Comparando os dois relatórios, três espécies passaram a ter dados na rede speciesLink: Diadasia willineri (Moure, 1947), Ptilothrix heterochroa Cockerell, 1919, Ptilothrix scalaris (Holmberg, 1903). Escolhendo como exemplo a espécie Ptilothrix scalaris, a rede speciesLink em janeiro de 2020 registrou 5 registros, 3 de coletas realizadas na Fazenda Porto Conceição e 2 na Fazenda Pirizal, ambas em Porto Murtinho, Mato Grosso do Sul. As amostras são mantidas na Coleção de Hymenoptera do Museu de Biodiversidade da Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, que atualizou seus dados em agosto de 2019.

Quanto à ocorrência de Ptilothrix heterochroa, são dois indivíduos coletados na Fazenda São Maximiano em Guaíba, RS, que estão sendo mantidos na coleção de abelhas MCP-Abelhas da Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Os dados da Coleção de Abelhas MCP-Abelhas foram atualizados em novembro de 2019. O Catálogo Moure indica a ocorrência nesse estado.

Resumindo, o relatório Lacunas mostra a evolução da completude dos dados da rede speciesLink vis-a-vis o Catálogo Moure. Esperamos que esse sistema também possa contribuir para a expansão da informatização e disponibilização de dados da ocorrência das abelhas no Brasil.

* Nota: os autores agradecem o apoio do CNPq e da Associação Brasileira de Estudos das Abelhas (A.B.E.L.H.A.) ao projeto "Consolidação da e-infraestrutura de dados abertos sobre a diversidade das abelhas nativas do Brasil", Processo 400580/2018-7

28 de jan. de 2020

speciesLink 2019


O ano de 2019 foi importantíssimo para a rede speciesLink. Destacamos a transferência dos sistemas públicos de informação do CRIA do Internet Data Center em Brasília para o Centro de Dados Compartilhados em Recife, ambas infraestruturas da Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP). Essa ação contou com o apoio do Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (MCTIC) e com a parceria fundamental da RNP. Também contou com a cooperação das equipes das coleções biológicas parceiras da rede que compreenderam o momento delicado da equipe do CRIA na manutenção de um sistema tão importante em uma infraestrutura obsoleta e, além de explicitarem o seu apoio junto ao MCTIC, continuaram trabalhando na digitação, atualização e melhora da qualidade dos seus dados online.

Iniciamos 2019 com 483 conjuntos de dados integrados à rede e fechamos o ano com 505, um aumento de 4,6%. Os acervos são mantidos por:
Fonte: Network

  • Universidades brasileiras: 46 federais (56 campi), 21 estaduais (30 campi), 17 particulares e 1 municipal, além de 3 Institutos Federais de Educação e C&T
  • Institutos de Pesquisa brasileiros: 5 federais (8 estados), 19 estaduais e 1 municipal
  • Empresas: 3 públicas (7 estados) e 1 privada
  • Organizações não governamentais no Brasil: 3
  • Pessoas físicas no Brasil: 4 (fototecas)
  • Instituições do Exterior: 30
  • Outras instituições do Brasil: 2
(Fonte: Dashboard)

Assim, quando falamos da evolução do número de dados e informações online, nos referimos ao trabalho em rede, envolvendo equipes de 156 instituições no compartilhamento aberto de dados, do CRIA e da RNP no desenvolvimento e manutenção dos sistemas e das infraestruturas computacional e de comunicação e das instituições de fomento (MCTIC, CNPq, FINEP, FACEPE e A.B.E.L.H.A.).


Evolução da rede speciesLink em números


Fonte: Indicadores

O CRIA registra a evolução do número de registros online desde outubro de 2002, quando foi lançada, ainda de forma experimental, com dados do herbário da Unicamp (UEC). A rede promoveu uma mudança cultural no compartilhamento aberto de dados via Internet, e hoje é compreendida como um importante elemento de divulgação e valorização do trabalho de coleções biológicas.



A rede ainda é dependente do apoio de projetos, tanto para a manutenção e desenvolvimento da infraestrutura, como também para a digitação dos dados e digitalização das imagens. Em 2019 foram acrescidos cerca de 800 mil novos registros e 760 mil imagens. O uso médio foi 1,9 milhão de registros e 11 mil imagens por dia (fonte: Estatísticas do Uso dos Dados).

Mais de 90% dos registros têm uma amostra (voucher) associada ao dado, o que é considerado um dado de mais qualidade uma vez que pode ser reavaliado sempre que necessário. Cerca de 69% dos dados são de coleções de algas, fungos e plantas, 28% de animais, 0,3% de microrganismos e 0,07% de fósseis. Os demais dados são de coleções abrangentes.

São mais de 10 milhões de registros online que, sem dúvida alguma representa um enorme avanço. No entanto, somente considerando as coleções que participam da rede, tem-se ainda mais de 16 milhões de registro a serem digitados e integrados. Isso sem contar das coleções que ainda não participam da rede.

Devemos também destacar a parceria com instituições do exterior que hoje compartilham cerca de 1,7 milhões de registros com a rede speciesLink. Cerca de 74% são dados de algas, fungos e plantas, no contexto do INCT - Herbário Virtual das Plantas e Fungos. 23% são de animais, a maioria  abelhas, graças ao apoio da associação A.B.E.L.H.A. e do CNPq, e peixes, graças à integração voluntária dos dados da Academia de Ciências Naturais da Filadélfia.

Para concluir, novamente gostaríamos de destacar a importância da formação de redes colaborativas que compartilham seus dados e seu conhecimento de forma livre e aberta, acessível a todos os interessados. Esperamos, dessa forma, contribuir para o estabelecimento de políticas e sistemas educativos baseados em evidências científicas.