Um ótimo 2022 para todos nós!

Aproveitamos o último post do ano para agradecer a todos os colaboradores e financiadores pela confiança e dedicação no compartilhamento de dados e conhecimento via rede, de forma aberta e livre.

2021 foi um ano muito complexo para o CRIA, que teve sua terceira grande transferência de todos os seus sistemas para outro centro de dados. A primeira ocorreu em 2013, quando os equipamentos do CRIA, em Campinas, foram fisicamente transferidos para o Internet Data Center da RNP em Brasília. Ganhamos muito com essa transferência, um ambiente mais seguro com infraestrutura profissional, incluindo excelente conectividade, além do fortalecimento da parceria com a RNP que também proporcionou a integração do CRIA à Redecomep em Campinas.

A segunda, em 2019, envolveu a transferência dos sistemas do IDC/RNP de Brasília para uma nova plataforma, o Centro de Dados Compartilhados da RNP (CDC/RNP) em Recife. O motivo foi a obsolescência dos nossos equipamentos e, com essa transferência, passamos a contar com os serviços em nuvem da RNP. Novamente o ganho foi grande, uma infraestrutura compatível com as nossas necessidades e uma despreocupação em relação à infraestrutura física necessária para manter nossos sistemas online.

Em setembro de 2020 fomos informados pela RNP da impossibilidade de manter os serviços do CDC por questões orçamentárias. Assim, em 2021 todos os sistemas foram transferidos para o Google Cloud Platform (CGP), dessa vez, numa mudança muito mais complexa por envolver a reestruturação de toda a infraestrutura do CRIA. Isso foi possível por termos recebido um crédito emergencial do Google para garantir que o sistema fosse mantido online enquanto buscamos uma solução mais perene. Portanto, além da transferência propriamente dita, nos preocupamos pela otimização do uso dos recursos para que o crédito concedido dure mais tempo. Novamente ganhamos muito nesse processo. Os grandes destaques são as parcerias com o Google e o MapBiomas, e o desenvolvimento do novo speciesLink, lembrando que a parceria com a RNP continua sendo fundamental.

Em relação ao novo speciesLink, gostaríamos de agradecer também às mais de 200 pessoas que responderam ao questionário lançado online em 2020 com o objetivo de receber um feedback com críticas e sugestões sobre o sistema. Acreditamos que a maior parte das sugestões foram atendidas no novo speciesLink cuja nova interface de busca foi lançada em agosto de 2021, mas continua em franco desenvolvimento. Outros componentes da rede serão lançados em 2022.

Com o uso de novas ferramentas, o sistema de busca ficou muito mais rápido, o que possibilitou a inclusão de filtros geográficos e diferentes formas de visualizar o resultado da busca. Com isso, o uso dos dados, que apresentava uma média de 680 milhões de registros por ano (1,9 milhão por dia), em 2021 apresenta um uso superior a 71 bilhões de registros, o que representa uma média de 195 milhões de registros por dia. A rede hoje disponibiliza 15,7 milhões de registros, portanto o sistema serve mais de 12 vezes o seu acervo por dia.

O número de imagens visualizadas praticamente dobrou, de 3,4 milhões de imagens em 2020 para 6,8 milhões, o que representa cerca de 19 mil imagens visualizadas por dia.

2022 certamente também será um ano desafiador para todos nós, mas acreditamos que a base construída através do trabalho colaborativo e em rede prosperará.

Desejamos um ótimo 2022 para todos!

Equipe do CRIA

Race to Zero - Race to Resilience

 Dora Ann Lange Canhos

Centro de Referência em Informação Ambiental - CRIA

No dia 14 de dezembro pp celebramos o 21º. aniversário do CRIA com uma reunião dos nossos Conselhos Deliberativo, Fiscal e Consultivo, Diretoria e equipe. Na ocasião pudemos contar com a palestra da Dra. Jussara de Lima Carvalho, coordenadora da Assessoria Internacional da Secretaria de Infraestrutura e Meio Ambiente (SIMA) do governo do Estado de São Paulo e presidente do Conselho Consultivo do CRIA. O papel da Dra. Jussara na Secretaria, além da atribuição usual das Assessorias Internacionais, é internalizar as Políticas Globais de Mudanças Climáticas, Biodiversidade e de Desenvolvimento Sustentável (ODS) em todas as estruturas da SIMA e empresas e instituições vinculadas.

Em julho de 2021 São Paulo aderiu às campanhas da ONU “Race to Zero” e “Race to Resilience” para zerar a emissão de poluentes até 2050. A Dra. Jussara participou da comitiva do governo de São Paulo que foi à COP26 em Glasgow, de 31 de outubro a 12 de novembro de 2021, onde apresentaram o documento “Plano de Ação Climática do Estado de São Paulo, Diretrizes e Ações Estratégicas – PAC NET ZERO 2050”.

Dra. Jussara apresentou as principais diretrizes do Plano de Ação Climática Net Zero 2050 para atingir, até o ano 2050, a neutralidade das emissões de gases de efeito estufa – GEE. Apresentou as linhas gerais do plano de ação que inclui a recuperação de 1,5 milhão de hectares com florestas nativas (Refloresta SP); um programa agronômico de produção eficiente combinado com proteção ambiental (Agrolegal) e o novo ICMS Verde que projeta a transferência de um bilhão de dólares norte americanos para municípios com administração ambiental eficiente, nos próximos 10 anos. Também apresentou programas existentes como o programa Nascentes, o de produção agrícola de baixo carbono, mobilidade urbana, arquitetura e engenharia de construções sustentáveis e o zoneamento ecológico-econômico do Estado de São Paulo.

Na reunião em Glasgow, São Paulo reafirmou o seu compromisso com as metas do acordo de Paris, demonstrou que:

• de acordo com o inventário florestal de 2020, houve um aumento da cobertura vegetal do estado em 5% nos últimos 10 anos; 
• há um controle do desmatamento legal do estado desde 2008; e que,
• 62% da energia de São Paulo é renovável.

Durante a reunião foi lançado o projeto Amazônia + 10, uma ação conjunta entre São Paulo e os nove estados da Amazônia legal (Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Mato Grosso, Pará, Rondônia, Roraima e Tocantins) em prol da Amazônia. Será investido um valor mínimo de R$ 100 milhões pela FAPESP (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo) para a resolução de desafios de mudanças climáticas da Amazônia Legal.

Esse programa terá quatro grandes áreas de atuação:

1. conservação da biodiversidade e mudanças climáticas;
2. proteção de populações e comunidades tradicionais;
3. desafios urbanos da Amazônia legal; e,
4. bioeconomia como política de desenvolvimento econômico.

O Governo de SP em breve publicará decretos para aprimorar o programa de Compras Públicas Sustentáveis, Madeira Legal e Pagamento por Serviços Ambientais, além da própria regulamentação da PEMC.

Os Governadores pelo Clima lançaram na COP26 o Consórcio Brasil Verde que tem por objetivo fortalecer a governança socioambiental e climática do país, além de buscar financiamentos internacionais.

É importante também destacar o Acordo Ambiental, um compromisso voluntário com as empresas para redução de emissão de gases de efeito estufa. 

Mais de 1.300 entidades, empresas e municípios já aderiram a esse acordo que pretende induzir a redução de gases de efeito estufa nos próximos 10 anos e incentivar a implementação de novas tecnologias e soluções inovadoras, realçando o protagonismo do Estado na agenda climática.

Por fim, Dra. Jussara destacou a importância do papel dos governos subnacionais na adaptação climática e no fomento científico. Também destacou o ativismo de jovens e dos povos originários na COP26.

A apresentação foi seguida de um debate cujo principal foco foi a sociedade:

Como envolver e engajar a sociedade na questão ambiental?

O Herbário Fernando Cardoso da Silva (HFC) integra seus dados à rede speciesLink

Antonio A. Carpanezzi, curador do HFC

O Herbário Fernando Cardoso da Silva-HFC situa-se na base física da Embrapa Florestas, na zona suburbana, quase rural de Colombo-PR. Sua primeira coleta é de 1978 e sua trajetória foi lenta e irregular, melhorando nos últimos dez anos. Hoje, a estrutura física é adequada, contando com prédio próprio e um sistema automatizado de climatização simples e eficiente (≤ 18°C e ≤ 50% UR). O acervo soma 10.608 exsicatas, cujos dados estão inseridos em um banco do programa BRAHMS. A equipe é reduzida e experiente, embora não conte com profissionais formalmente instruídos em botânica. As determinações mais complexas têm sido feitas por pessoas externas, destacando-se o corpo técnico do herbário MBM de Curitiba-PR.

O banco de dados do HFC foi incorporado ao speciesLink em setembro de 2021. Não há imagens de exsicatas, pois o HFC não dispõe de mesa fotográfica apropriada. Todavia, imagens constituem um objetivo importante do HFC, seja para auxiliar na identificação, seja para fins didáticos em palestras ou cursos junto ao público leigo. Por isso, como norma de procedimento nos últimos anos, nas coletas botânicas realizadas pela equipe do HFC as plantas vivas ou frescas são fotografadas, originando uma fototeca dentro do BRAHMS ora abrangendo c.450 registros. Tais imagens (três por registro, em média) devem integrar o speciesLink em novembro de 2021.

O objetivo principal do HFC é assessorar a pesquisa florestal da Embrapa Florestas e seus parceiros, voltada à produção sustentável e à restauração de ecossistemas. Assim, tanto a flora nativa como espécies comerciais introduzidas ou asselvajadas são objetos de interesse. Para coletas, há ênfase no sul do Brasil, por aspectos financeiro e de conexão com os projetos em andamento.

a) Prédio do herbário, que ocupa o piso inferior. b) Vista parcial interna. c) Sala de exsicatas, mostrando parte do conjunto de climatização. d) Painel de controle da climatização

Coletas no campo: e) em Barracão/RS, setembro 2012. f) Em Cerro Azul/PR, agosto 2017. Imagens no BRAHMS de plantas vivas de amostras tombadas: exemplos de 2021: g) Solanum atropurpureum e h) Erythroxylum argentinum.

Madeiras e suas imagens

Carmen Regina Marcati

Laboratório de Anatomia de Madeira

UNESP, FCA, Depto. Ciência Florestal, Solos e Ambiente

Botucatu, SP

A Xiloteca tem como principal objetivo apoiar estudos científicos em madeiras. É fonte importante de informações para a pesquisa, fornecendo possibilidades de identificação e resgate de dados sobre procedência, coletores, local onde estão depositadas as exsicatas e outras informações que auxiliam em estudos.

Sendo a madeira um material heterogêneo, constituído por células organizadas em diferentes direções, o melhor meio de se entender a sua estrutura é através de imagens das suas três secções: transversal, longitudinal tangencial e longitudinal radial. Desta forma, podemos visualizar as mesmas células em diferentes posições.

Estamos alimentando o banco de imagens das amostras da Xiloteca “Profa Dra Maria Aparecida Mourão Brasil” (BOTUw) e esperamos que isso contribua não apenas aos estudiosos da madeira, mas também para aproximar o público em geral a esse universo fantástico que é a madeira.

Registro online da amostra BOTUw 1322 da Xiloteca "Profa. Dra. Maria Aparecida Mourão Brasil"

Para acessar todas as imagens disponíveis da xiloteca BOTUw é só acessar a interface de busca da rede speciesLink e digitar o acrônimo BOTUw.

Evento: Biodiversity Digitization - Celebrating a decade of progress

 Dora Ann Lange Canhos, Diretora Associada do CRIA

As instituições iDigBio (Integrated Digitized Biocollections), GBIF (Global Biodiversity Information Facility), U.S. National Museum of Natural History (Smithsonian) e National Science Foundation (NSF) organizaram o evento “Biodiversity Digitization: Celebrating a Decade of Progress” nos dias 22 e 23 de setembro de 2021. Mais de mil pessoas de 53 países se registraram para o evento. 

Ao longo de dois dias foram 36 panelistas representando 12 países. O CRIA teve a honra de ser convidado para apresentar a sua experiência na rede speciesLink sobre qualidade e limpeza de dados (Data Cleaning Strategies). 

Os temas discutidos foram:

·      Inovações: Estratégia e Coordenação. Nesse tema foram apresentados trabalhos de produção de imagens 3D, digitalização de grandes coleções de insetos, entre outros.

·    Comunidade. Alguns trabalhos nesse tema foram a mobilização de coleções paleontológicas nos Estados Unidos, exemplos de Crowdsourcing, WeDigBio, automação e mobilização de dados para pequenas coleções regionais, o sistema distribuído Europeu de coleções e a colaboração regional na América do Sul e Caribe do GBIF.

·    Coleções de História Natural e os Grandes Desafios. As apresentações incluíram: Porque precisamos de digitação, machine learning, inteligência artificial em um momento de mudança global; Conectando coleções de história natural e genômica; Como coleções podem contribuir na pandemia; Valoração de dados digitais de coleções; Digitalização de coleções nos EUA nos últimos 10 anos; e, Estratégias de limpeza de dados do speciesLink.

·    What’s next? Para discutir esse tema, as apresentações incluíram: O Mecanismo Coordenador para a Gestão da Informação sobre Biodiversidade na África: Fortalecimento da Ciência, Tecnologia e Inovação; Inovação com participação; Novos fatores que impulsionam a digitalização no Museu de História Natural; Manejo de abelhas: estabelecimento da primeira coleção de referência de Abelhas da África Ocidental; Paleo, µCT, canais de aprendizado profundo e aplicações de pesquisa; Uso automatizado de espécimes digitalizados na botânica; Coleções biológicas como infraestrutura de pesquisa e desenvolvimento; Saltando de espécimes e amostras do projeto NEON em uma teia de dados vinculados; A comunidade falou: agora, como podemos traduzir palavras em ações?

O evento foi muito bem organizado e todas as apresentações e discussões foram gravadas. Também foram previamente preparados resumos e gravações individuais de cada apresentação. Recomendo o acesso ao wiki da conferência. 

Participação do CRIA no evento Setembro Botânico

Em comemoração ao dia do biólogo (dia 3), dia da Amazônia (dia 5) e dia da árvore (dia 21), o Herbário da Universidade Federal do Amazonas (HUAM) organizou o evento Setembro Botânico 2021, com o apoio dos principais Herbários do Amazonas (INPA, EAFM  e HERBIT).

O evento online ocorreu entre os dias 20 e 24 de setembro, com palestras, mesas redondas, oficinas e uma série de vídeos. A Dra. Helba Cirino, representando o CRIA, apresentou a palestra “Digitalizar para preservar e difundir” em que discorreu sobre a importância da integração e disponibilização dos registros das coleções biológicas online através da rede speciesLink. Na ocasião, a Dra. Helba mostrou alguns produtos derivados da integração de dados de herbários e procurou incentivar a participação das coleções que ainda não compartilham seus dados online, na rede speciesLink.

Ao longo da semana, o evento proporcionou a divulgação do trabalho de herbários e de temas importantes como paisagismo urbano e valorização dos polinizadores. Procurou incentivar a geração de estudantes e futuros pesquisadores a serem cada vez mais conscientes quanto à importância da botânica para a conservação e preservação ambiental.

O vídeo com a participação do CRIA no evento está disponível no YouTube pelo link https://www.youtube.com/watch?v=2VI7SY31htw.

A Coleção de Referência de Ovos e Larvas de Peixes do Laboratório de Ecologia do Ictioplâncton e Pesca em Águas Interiores (CROLP-LEIPAI) disponibiliza dados do seu acervo no CRIA.

Diego Maia Zacardi, Dr. Ciência Animal - Ecologia Aquática e Aquicultura, Coord. Laboratório de Ecologia do Ictioplâncton e Pesca em Águas Interiores - LEIPAI, Instituto de Ciências e Tecnologia das Águas - ICTA, Universidade Federal do Oeste do Pará - UFOPA

A Coleção de Referência de Ovos e Larvas de Peixes do Laboratório de Ecologia do Ictioplâncton e Pesca em Águas Interiores (CROLP-LEIPAI) da Universidade Federal do Oeste do Pará (UFOPA) foi pensada e criada para atender as determinações de inúmeros projetos de pesquisa, além de disponibilizar os dados para diversos outros pesquisadores. A coleção oferece apoio a pesquisas ecológicas e inventários ictioplanctônicos. Também procura divulgar a importância de coleções científicas, seja para produção de conhecimento ou em ações de extensão junto à comunidade local e/ou científica. Outras informações do LEIPAI podem ser encontradas e acessadas via: https://leipaiufopa.com

A coleção está preparada para receber amostras de várias bacias hidrográficas e estados brasileiros. Atualmente contempla mais de 80 espécies identificadas, compreendendo mais de 210.000 espécimes de larvas de peixes da Amazônia. É um acervo de expressão regional composto majoritariamente de material recente, principalmente de exemplares capturados em sistemas fluviais provenientes da região norte do Brasil (rio Solimões, rio Japurá, rio Amazonas, rio Tapajós, rio Trombetas, rio Xingu, rio Guamá, rio Pará, e suas zonas adjacentes como lagos, furos, canais, entre outros), além de amostras da região estuarina e costeira.

O processo de catalogação e informatização da coleção está em andamento, entretanto, os espécimes e os dados da coleção estão disponíveis a pesquisadores bem como a consulta por estudantes de graduação e pós-graduação, devidamente autorizados e acompanhados pelo curador ou técnico responsável. Destaca-se que dentre as coleções ictioplanctônicas reconhecidas no Brasil, apenas essa situa-se na Amazônia. Em curto espaço de tempo pretendemos disponibilizar, por meio do formulário de busca do speciesLink, arquivos de imagens em cores e com escala de tamanho, contemplando os diversos estágios de desenvolvimento larval de cada espécie catalogada.

a) Catalogação das larvas. b) Amostras tombadas

c) Espaço físico. d) Armários superiores de armazenamento das amostras tombadas

e) Amostras em via de tombamento

A importância do speciesLink para milhares de usuários

 Giselda Durigan, pesquisadora científica do Instituto de Pesquisas Ambientais do Estado de SP

Quando comecei minha carreira de cientista na década de 1980, estudando a vegetação nativa, sua ecologia e restauração, não existia um livro sequer com ilustrações das espécies onde eu pudesse confirmar a identificação de uma planta que tivesse em mãos, etapa fundamental de qualquer estudo em ecologia vegetal. Para chegar a essa informação, era preciso enfrentar a saga de visitar as coleções botânicas, nem sempre acessíveis, e encarar todas as limitações decorrentes de identificações incompletas, desatualizadas, ou pior, equivocadas. Um trabalho lento, cansativo, insalubre e, muitas vezes, infrutífero.

A existência, hoje, de bases de dados como o speciesLink, mantido pelo CRIA, tornou a minha vida e a de todos os que dependem da identificação de plantas (entre outros seres vivos) extremamente mais fácil. Esse gigantesco avanço geralmente não é percebido pelas novas gerações, que aprenderam a acessar a internet antes mesmo de aprender a ler e escrever. Por isso, é preciso falar sobre o assunto, pois a continuidade da existência dessas bases de dados depende de sua valorização por toda a sociedade. 

É preciso que se compreenda que o gigantesco acervo das coleções de biodiversidade no Brasil, construídos pelos taxonomistas ao longo de séculos, não teria a extraordinária utilidade que tem hoje se não existissem profissionais dispostos a viabilizar a disponibilização das imagens e informações por meio de um sistema ágil e inteligente de busca, como é hoje o speciesLink. 

   

  

Biodiversity Digitization: Celebrating a Decade of Progress

 Vale a pena conferir!

A agenda detalhada está disponível na página: 

https://www.idigbio.org/wiki/index.php/Biodiversity_Digitization:_Celebrating_a_decade_of_progress 

A conferência irá destacar experiências de sucesso na digitação e mobilização de dados sobre biodiversidade, apresentando diferentes estratégias para diferentes grupos taxonômicos.  O CRIA foi convidado para participar do evento para apresentar as estratégias adotadas pela rede speciesLink em relação à limpeza de dados (speciesLink's data cleaning strategies). Esse trabalho será apresentado pela Dora Canhos no segundo dia do evento, na 5a. feira dia 23 de setembro às 11:30, horário do Brasil.

Hoje fomos informados que já existem cerca de 700 pessoas inscritas no evento e o limite é de 1.000 inscrições. Daí esse anúncio para que as pessoas interessadas não deixem de se inscrever no endereço https://bit.ly/3zDMcQS 

Um campo de futebol não traduz a perda ocorrida em tragédias ambientais

 Dora Ann Lange Canhos, Centro de Referência em Informação Ambiental

Quando ocorre alguma tragédia ambiental, como uma queimada, por exemplo, o noticiário divulga a perda em área equivalente a tantos campos de futebol. Informar a área é importante, como também é interessante traduzir metros ou quilómetros quadrados usando um valor que o cidadão comum tenha como referência. Mas normalmente fica nisso. Perde-se, com essa imagem, o fator fundamental por trás da tragédia, além do fator humano. Qual foi a perda da biodiversidade? Quais ecossistemas foram afetados? Qual é o impacto dessa destruição em termos de serviços ambientais? Que espécies foram afetadas? Como recuperá-las?

Visualizar uma queimada em termos de campos de futebol pode passar uma ideia errada da dimensão da perda, uma vez que, no nosso imaginário de "campos de futebol", visualizamos apenas gramados extensos. A perda é muito maior e sua verdadeira dimensão deve ser divulgada.

A divulgação dos incêndios no pantanal, no ano passado, tocou as pessoas porque foram exibidas imagens de animais mortos e feridos, causando muita empatia. No entanto, até nesse caso, pouco se falou da perda de outros animais, plantas, fungos, algas e microrganismos importantíssimos para a cadeia alimentar, para a polinização, para a proteção dos rios, etc. etc. Sem falar no potencial uso de novas moléculas para diversos fins, como fármacos, por exemplo. Potencialmente também perdemos o que sequer conhecemos.

Exemplos de imagens online de espécimes coletados no pantanal (speciesLink, 03/09/2021)

A rede speciesLink hoje compartilha cerca de 15,5 milhões de registros de espécimes coletados ou observados no Brasil e em outros países da América do Sul. Os primeiros registros são do século 17, com coletas realizadas por Georg Marcgrave, geógrafo, astrônomo e naturalista, que esteve na então colônia holandesa, entre os anos de 1638 a 1644. 

A interface de busca da rede speciesLink possui filtros geográficos que facilitam a análise de áreas como unidades de conservação (federais, estaduais e municipais), terras indígenas, bacias hidrográficas além de biomas, regiões, estados e municípios brasileiros. Usando essa interface para obter registros de ocorrência de espécies no Pantanal, obtém-se mais de 100 mil registros e 13 mil imagens de mais de 6 mil espécies distintas de animais, plantas, algas, fungos e microrganismos, de amostras coletadas e depositadas em coleções biológicas do país e do exterior. 

É fundamental que as perdas resultantes de tragédias causadas ou não por ações humanas, sejam dimensionadas, "traduzidas" e comunicadas à população em sua dimensão real. É fundamental também ressaltar o trabalho cientifico de coleta, identificação e conservação desse material nas coleções mantidas por Universidades e instituições de pesquisa, verdadeiras bibliotecas da vida. 

Nota: Todos os dados e imagens da rede speciesLink são de acesso público e aberto, apenas solicitamos a citação à fonte dos dados.